猪骨骼肌发育过程中免疫相关基因的表达分析

为探究猪骨骼肌发育过程中免疫相关基因的表达模式以及相关生物学功能,本研究根据蓝塘猪和长白猪骨骼肌10个发育时期的转录组数据,对各时期免疫相关基因的表达数目和表达量进行分析,鉴定了相邻发育时期之间以及同一时期品种间差异表达的免疫相关基因,并对后者进行功能注释分析。结果表明:在蓝塘猪与长白猪骨骼肌发育过程中存在1 129个表达的免疫相关基因;胚胎期35 d和49 d、胚胎期91 d和生后期2d这2组相邻时期之间的差异表达免疫相关基因数目最多;品种间差异表达免疫相关基因数目则在胚胎期49d以及生后期180d最多,且趋向于在蓝塘猪上调表达,并富集在NIK/NF-κB信号传导、细胞凋亡的负调控等生物学过程中。本研究表明免疫相关基因在猪骨骼肌发育过程中存在表达,长白猪与蓝塘猪骨骼肌生长发育差异可能与NF-κB介导的细胞凋亡有关。     

基于瘤胃转录组探究双峰驼沙漠适应性分子机制

旨在比较胚胎期和成年期双峰驼瘤胃在组织形态、编码基因表达上的变化,挖掘影响双峰驼瘤胃发育的关键基因和通路,从消化系统探究双峰驼的沙漠适应性机制。本研究选取3峰10～12岁健康状况良好的成年期阿拉善双峰驼,以及3峰9～10月龄健康状况良好的胚胎期阿拉善双峰驼,采集瘤胃组织样品,制作石蜡组织切片,观察成年期与胚胎期双峰驼瘤胃,比较其组织结构之间的差异。分别提取成年期和胚胎期双峰驼的瘤胃组织总RNA,利用Illumination Hiseq 2000测序平台分别进行转录组测序,对转录组数据进行质控、比对、差异基因筛选、GO、KEGG富集分析。随机选择6个差异表达基因进行荧光定量试验,关联转录组数据与荧光定量试验的表达趋势。结果表明,胚胎期瘤胃组织中上皮细胞和肌纤维细胞清晰可见,分布密集,在成年期的瘤胃组织中,可见明显的肌纤维,肌纤维直径较宽,肌纤维间的空隙较大。转录组测序结果显示,每个样本获得至少10G的数据量,各样本的质控率都在90%以上,Q30数据都在88%以上。对测序数据进行分析,以胚胎期为对照组,成年期为试验组,筛选到1 207个差异表达基因,其中上调基因456个,下调基因751个;对差异表达基因进行层次聚类分析,结果显示,成年期的3个个体(M1、M2、M3)表达模式接近,胚胎期的3个个体(T1、T2、T3)表达模式接近。对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,结果显示,上调差异表达基因显著富集到62条显著的GO条目,下调差异表达基因显著富集到366条显著的GO条目,73条显著的KEGG通路。差异表达基因主要富集在代谢过程的负调控、RNA生物合成过程的负调控、基因表达的负调控等GO条目中,KEGG主要富集到MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号、胰岛素信号通路、醛固酮的合成与分泌等通路中。同时筛选到MAPK12、MAPK13、FABP5、PPARγ、CaMK1等与双峰驼沙漠适应性相关的基因。荧光定量结果显示,差异基因在成年期和胚胎期瘤胃组织中的表达模式与RNA-Seq的结果一致。上述结果表明,双峰驼的瘤胃组织可能与脂肪细胞分化有关。在沙漠环境中,双峰驼可能降低瘤胃组织代谢效率、通过胰岛素抵抗作用提高血糖耐受性以及促进醛固酮的合成与分泌以调节血压平衡,以更好地在沙漠干燥缺水的环境中生存。     

基于瘤胃转录组探究双峰驼沙漠适应性分子机制

旨在比较胚胎期和成年期双峰驼瘤胃在组织形态、编码基因表达上的变化,挖掘影响双峰驼瘤胃发育的关键基因和通路,从消化系统探究双峰驼的沙漠适应性机制。本研究选取3峰10~12岁健康状况良好的成年期阿拉善双峰驼,以及3峰9~10月龄健康状况良好的胚胎期阿拉善双峰驼,采集瘤胃组织样品,制作石蜡组织切片,观察成年期与胚胎期双峰驼瘤胃,比较其组织结构之间的差异。分别提取成年期和胚胎期双峰驼的瘤胃组织总RNA,利用Illumination Hiseq 2000测序平台分别进行转录组测序,对转录组数据进行质控、比对、差异基因筛选、GO、KEGG富集分析。随机选择6个差异表达基因进行荧光定量试验,关联转录组数据与荧光定量试验的表达趋势。结果表明,胚胎期瘤胃组织中上皮细胞和肌纤维细胞清晰可见,分布密集,在成年期的瘤胃组织中,可见明显的肌纤维,肌纤维直径较宽,肌纤维间的空隙较大。转录组测序结果显示,每个样本获得至少10G的数据量,各样本的质控率都在90%以上,Q30数据都在88%以上。对测序数据进行分析,以胚胎期为对照组,成年期为试验组,筛选到1 207个差异表达基因,其中上调基因456个,下调基因751个;对差异表达基因进行层次聚类分析,结果显示,成年期的3个个体（M1、M2、M3）表达模式接近,胚胎期的3个个体（T1、T2、T3）表达模式接近。对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,结果显示,上调差异表达基因显著富集到62条显著的GO条目,下调差异表达基因显著富集到366条显著的GO条目,73条显著的KEGG通路。差异表达基因主要富集在代谢过程的负调控、RNA生物合成过程的负调控、基因表达的负调控等GO条目中,KEGG主要富集到MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号、胰岛素信号通路、醛固酮的合成与分泌等通路中。同时筛选到MAPK12、MAPK13、FABP5、PPARγ、CaMK1等与双峰驼沙漠适应性相关的基因。荧光定量结果显示,差异基因在成年期和胚胎期瘤胃组织中的表达模式与RNA-Seq的结果一致。上述结果表明,双峰驼的瘤胃组织可能与脂肪细胞分化有关。在沙漠环境中,双峰驼可能降低瘤胃组织代谢效率、通过胰岛素抵抗作用提高血糖耐受性以及促进醛固酮的合成与分泌以调节血压平衡,以更好地在沙漠干燥缺水的环境中生存。     

沙子岭猪睾丸组织发育过程中差异表达基因的筛选及注释

本研究采用RNA-seq技术对60(DS)、90(DN)、120(DT)、150(DF)日龄沙子岭猪睾丸组织进行转录测序，筛选差异表达基因并进行功能注释，从而为进一步研究猪睾丸组织发育和精子生成的分子调控机制奠定理论基础。结果表明，各文库获得的序列数量共计1 095 135 628条，164.26 GB，其中比对至猪参考基因组的序列比例为73.07%～75.64%，共有25 491条转录本，对应21 606个基因；DN VS. DS组的差异表达基因数量为1 606个，其中1 216个上调基因显著富集于40条GO项，390个下调基因显著富集于166条GO项；DT VS. DN组的差异表达基因数量为180个，其中97个下调基因显著富集于37条GO项；DF VS.DT组的差异表达基因数量为438个，其中243个下调基因显著富集于22条GO项。说明沙子岭猪睾丸组织发育过程中基因表达存在明显差异，尤其是60日龄至90日龄期间，这些差异表达基因可为进一步研究沙子岭猪睾丸组织发育和精子生成的分子机制提供参考依据。     

基于转录组测序的饲料添加淫羊藿对番鸭睾丸组织差异表达基因分析

为研究饲料添加淫羊藿的番鸭睾丸组织相关基因和调控通路变化，本研究将60只公番鸭随机分为2组，每组3个重复，一组饲喂基础日粮（对照组），另一组饲喂基础日粮的基础上添加量为1%的淫羊藿（实验组）。饲喂75 d结束后，测定血清生殖激素和抗氧化指标，并进行睾丸组织形态学观察和高通量转录组测序。结果显示，实验组生精上皮层数多，生精细胞数量多，管腔饱满，成熟精子多。实验组血清生殖激素中睾酮含量、雌二醇含量、促卵泡素含量和促黄体素含量均显著高于对照组，实验组血清抗氧化指标中超氧化物歧化酶含量、谷胱甘肽过氧化物酶含量、总抗氧化水平均显著高于对照组，丙二醛含量显著低于对照组。通过转录组测序分析，本研究最终得到2 414个差异表达基因，这些差异表达基因主要被注释到白细胞激活、受体等过程，主要富集于细胞因子受体相互作用、铁死亡等代谢途径和信号通路。本文研究表明饲料添加淫羊藿激活了番鸭睾丸相关基因或通路表达，对番鸭繁殖力的提高具有重要意义。     

猪睾丸组织与雄性生殖相关circRNA鉴定

为研究环状RNA （circRNA）在杜洛克和大白猪睾丸中的表达差异，采用去除组织总RNA中核糖体RNA （rRNA）和线性RNA的方法构建特异性猪睾丸circRNA文库，并在Illumina PE150平台上进行测序，测序数据经过质控、比对、拼接后得到用于后续分析的数据。运用生物信息学软件find_circ和CIRI识别circRNA，并进行表达水平统计，从而得到猪睾丸组织circRNA表达谱，然后用DEseq2进行组间表达差异分析，对差异表达circRNA进行功能富集分析以筛选与雄性生殖相关的circRNA。结果发现，共识别到21 743个circRNAs，其中632个circRNAs在杜洛克和大白猪中的表达差异显著（|log₂（FoldChange）|>1，P<0.05），在杜洛克猪上调表达的circRNAs有281个，下调表达的有351个。差异表达circRNA富集结果显示，有52个GO条目与繁殖相关，其中有9个与雄性生殖相关。经进一步筛选鉴定，有6个与雄性生殖相关的circRNAs （circ_0030058、circ_0009504、circ_00178101、circ_0019933、circ_0033379和circ_0017932），它们可能参与精原细胞分化、精子发生和精子细胞发育等生物学过程。综上所述，杜洛克和大白公猪睾丸中存在表达丰度不同的circRNA，这些circRNA可能参与精子生成，可以作为预测公猪生育能力的生物标记。     

热应激下公兔睾丸组织形态和精液转录组分析

旨在深入了解公兔在热应激环境中睾丸组织形态改变及相应基因谱，对揭示热应激下公兔精液质量下降的机理具有重要意义。本研究选取了6只具有相同饲养水平，体况和体重相近的8月龄新西兰种公兔，通过建立热应激模型得到热应激组(8月份，HS)和未热应激组(5月份，NHS)各3只，分别采集2组公兔的睾丸和精液。通过HE染色，比较不同条件下睾丸组织结构的差异，并利用Illumina Hiseq高通量测序技术对精子进行转录组测序分析，通过生物信息学方法对2组样本间的差异表达基因进行GO、KEGG富集分析，并通过RT-qPCR方法验证转录组测序数据。公兔睾丸组织切片结果显示，与NHS组相比，HS组的睾丸中央出现明显的空泡化和撕裂，生精上皮较薄，受损情况显著，精子细胞数量下降。进一步以■和P<0.05为阈值，共筛选出与精子热应激响应相关的差异表达基因1 676个，包括ATP5MC1、MDH2、ALDH7A1、GAPDHS、PRPS1等，其中上调基因894个，下调基因782个。GO分析结果显示，差异表达基因富集在应激反应、蛋白质代谢过程、催化活性等相关条目上，KEGG结果显示，差异表达基因富集到MAPK、P...     

基于高通量测序技术筛选与山羊精子发生有关的lncRNAs

为了筛选出与精子发生有关的lncRNAs,本研究利用Illumina HiseQ 4000平台对山羊在出生期、初情期和成年期3个阶段的睾丸进行了lncRNAs测序分析。共产生了8 183个新的lncRNAs转录本。不同组间lncRNAs的差异表达分析显示,分别有1 167,5 392和5 465条lncRNAs转录本的表达有显著性差异,随机选择9个差异表达的基因进行qPCR验证,定量结果与测序结果一致。对lncRNAs的靶基因进行预测,其中5 477个编码蛋白的基因受到顺式作用调控,445个编码蛋白的基因受到反式作用调控。将差异显著的lncRNAs的靶基因进行了GO功能富集分析和KEGG途径富集分析,共有57个候选mRNA富集到精子发生功能中,它们分别靶向到50条新发现的lncRNAs,选出3个进行qPCR验证发现其在不同时期差异显著且表达趋势与靶基因一致,推测这些lncRNAs可能对靶基因有调控作用。该研究为进一步了解lncRNAs在睾丸发育和精子发生中的功能和机制提供了数据支持,极大地缩小了与精子发生相关lncRNA的研究范围,为揭示雄性的生殖功能提供了重要靶点。     

基于RNA-seq数据筛选鸡睾丸附睾间差异表达基因及其功能分析

本文旨在通过对种公鸡睾丸和附睾进行转录组测序和生物信息学分析,筛选出2种组织中的差异表达基因并分析其生物学功能,探究睾丸和附睾在鸡精子发生和成熟过程中的作用。本研究共以8只公鸡的睾丸和附睾组织为对象,采用RNA-seq技术分析2种组织中的基因表达情况,筛选出差异表达基因并对差异表达基因进行GO和KEGG通路富集分析。结果表明,在种公鸡的睾丸和附睾组织的样本中平均获得3.1×107条cleanreads,其中80%的cleanreads比对到鸡参考基因组上。与附睾组织相比,睾丸中共有5124个差异表达基因,包括2 300个上调基因和2 814个睾丸下调基因。GO富集分析表明,差异表达基因主要富集在细胞分化、细胞发育和细胞粘附以及蛋白质分解过程;KEGG通路主要富集在MAPK通路、谷胱甘肽代谢途径、细胞色素P450对外源物质的代谢作用途径、药物代谢-细胞色素P450途径。综合分析基因表达水平,GO和KEGG富集结果表明,睾丸中上调表达基因LAMTOR3、AVBD10、HPGDS可能在精子发生过程中发挥作用;附睾中上调基因TRIM36、TCP11在调节精子运动能力中发挥重要作用;睾丸在外源物...     

不同鸡种胚胎腿肌差异表达mRNA和lncRNA的筛选及其竞争性调控网络的构建

旨在筛选藏鸡和大恒肉鸡胚胎期骨骼肌差异表达的mRNA和lncRNA,并构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,为进一步探讨两个鸡品种骨骼肌生长发育速度的差异机制奠定基础。随机选取已孵化18 d的藏鸡和大恒肉鸡胚胎各3个,采集胚胎腿肌组织进行转录组测序。筛选两个品种中差异表达的mRNAs和lncRNAs,对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,并对lncRNA的靶标miRNA以及靶向mRNA的miRNA进行预测,筛选与肌肉发育相关的mRNA和lncRNA构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,最后利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对测序结果进行验证。结果显示,共有106个mRNAs在两个品种中差异表达,其中上调表达mRNAs 48个,下调表达mRNAs 58个。差异表达lncRNAs共有28个,其中10个上调,18个下调。差异表达mRNA的GO富集结果显示,骨骼肌细胞分化条目被显著富集,KEGG富集分析中脂质代谢通路被显著富集。lncRNA靶基因的KEGG富集结果显示,在10个显著富集通路中,有基因显著富集于类固醇生物合成和脂肪酸生物合成等与脂质代谢相关的信号通路。筛选与骨骼肌发育相关的差异表达mRNAs和lncRNAs构建了骨骼肌发育相关的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,qRT-PCR结果显示其表达趋势与转录组测序结果一致,证实测序数据准确可靠。本研究筛选出藏鸡和大恒肉鸡胚胎期差异表达的mRNA和lncRNA,并构建了骨骼肌发育相关的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,为揭示不同鸡品种中骨骼肌生长发育的差异性提供理论依据。     

从江香猪生精上皮周期及睾丸发育的形态学分析

试验旨在探究初情期前后生精上皮周期差异及睾丸发育过程中的形态学变化。通过测定15、30、60和90 d睾丸相关指数，结合睾丸组织形态学特征，判断香猪初情期，划分从江香猪生精上皮周期。结果显示，30 d的睾丸指数较15 d极显著升高（P<0.01），睾丸重、长轴及短轴的增长率分别为298.05%、66.42%和65.45%，60和90 d两个阶段睾丸重增长率相对稳定。形态学观察表明，从江香猪30 d时生精小管出现游离精子，完成第一次生精并进入初情期；与15 d相比，30 d生精小管面积和生精上皮厚度极显著增加（P<0.01），增长率分别为136.12%和40.19%，在60和90 d均处于稳定增长状态。睾丸细胞数统计显示，日龄增加不影响支持细胞（setoli cells，SC）数量（P>0.05），而30 d生殖细胞数（germ cells，GC）较15 d极显著增加（P<0.01）。相关分析结果发现，生殖细胞数量增加与生精小管面积增大、生精上皮厚度变化之间呈明显正相关（r=0.994；0.96）。根据生殖细胞组合形式差异，将初情期前后生精上皮分为3和8个阶段。初情期前生殖细胞以第一次减数分裂前期为主，A、B型精原细胞、SC、初级精母细胞（primary spermatocyte，Ps）、前细线期（preleptotene，PI）、细线期（leptotene，L）等生殖细胞在初情期前后生精上皮中均存在，而圆形精子（round spermatids，R）、延伸精子（elongating spermatid，E）、精子细胞（spermatozoa，S）仅存在于初情期后的生精上皮。本研究结果表明，从江香猪30 d初情，睾丸发育以生殖细胞和生精小管面积的迅速增加为主，该结果对从江香猪早熟性状挖掘、种猪选育及开发利用等有重要的指导意义。     

香猪睾丸2种miRNA在不同生长发育阶段的变化

旨在研究贵州从江香猪睾丸组织miRNA-34c和miRNA-221的表达变化,探讨其对睾丸发育的调节作用。用实时荧光定量PCR法检测1~4和18月龄香猪睾丸组织中miRNA-34c和miRNA-221的表达量变化,应用生物信息学软件推测miRNA-34c和miRNA-221的靶基因和信号转导通路。结果:miRNA-34c从2月龄开始表达量上升,3月龄达到峰值,之后下降。推测miRNA-34c的靶基因有594个,涉及细胞过程、代谢调节、转录调控、RNA聚合酶II启动子转录调控、细胞增殖正调控及繁殖等过程。miRNA-221的预测靶基因有429个,与细胞凋亡、转录调控、繁殖过程、发育等有关。miRNA-34c信号转导通路显著富集于pre-NOTCH转录和翻译信号通路、pre-NOTCG表达和生物学过程、NOTCH信号通路、生物发育通路,轴突传导、L1CAM作用信号等。miRNA-221靶基因的信号通路集中在细胞凋亡、Erb B和Ras信号通路等。本研究结果提示,miRNA-34c和miRNA-221参与香猪睾丸发育的调节。     

基于高通量转录组测序的红花籽油对肥育猪肝脏差异表达基因的影响

18头肥育猪按饲粮均分为2组,添加红花籽油组和不添加油脂组(对照组)。试验期60d结束,全部屠宰,分别采集肝脏组织样品,进行高通量转录组测序,找出2处理组间的差异表达基因和差异代谢通路。利用Illumina HiSeqTM2500高通量RNA-seq测序技术对2组肥育猪肝脏RNA测序,使用TopHat2软件将测序得到的reads序列与猪(Sscrofa10.2)参考基因组序列比对,找出差异表达基因,在Nr、GO和KEGG数据库中进行功能注释、富集分析和聚类分析。结果显示,红花籽油组和对照组肝脏中差异表达基因共有1 114个,与对照组相比,红花籽油组表达上调的基因有579个,下调的基因有535个。GO功能分类注释到细胞组成、生物学过程和分子功能数据库中的差异表达基因分别有902,903,857个。注释到KEGG通路中差异表达基因414个,显著富集通路4个(P0.05)。     

从江香猪生精上皮周期及睾丸发育的形态学分析

试验旨在探究初情期前后生精上皮周期差异及睾丸发育过程中的形态学变化。通过测定15、30、60和90 d睾丸相关指数,结合睾丸组织形态学特征,判断香猪初情期,划分从江香猪生精上皮周期。结果显示,30 d的睾丸指数较15 d极显著升高(P0.01),睾丸重、长轴及短轴的增长率分别为298.05%、66.42%和65.45%,60和90 d两个阶段睾丸重增长率相对稳定。形态学观察表明,从江香猪30 d时生精小管出现游离精子,完成第一次生精并进入初情期;与15 d相比,30 d生精小管面积和生精上皮厚度极显著增加(P0.01),增长率分别为136.12%和40.19%,在60和90 d均处于稳定增长状态。睾丸细胞数统计显示,日龄增加不影响支持细胞(setoli cells,SC)数量(P0.05),而30 d生殖细胞数(germ cells,GC)较15 d极显著增加(P0.01)。相关分析结果发现,生殖细胞数量增加与生精小管面积增大、生精上皮厚度变化之间呈明显正相关(r=0.994;0.96)。根据生殖细胞组合形式差异,将初情期前后生精上皮分为3和8个阶段。初情期前生殖细胞以第一次减数分裂前期为主,A、B型精原细胞、SC、初级精母细胞(primary spermatocyte,Ps)、前细线期(preleptotene,PI)、细线期(leptotene,L)等生殖细胞在初情期前后生精上皮中均存在,而圆形精子(round spermatids,R)、延伸精子(elongating spermatid,E)、精子细胞(spermatozoa,S)仅存在于初情期后的生精上皮。本研究结果表明,从江香猪30 d初情,睾丸发育以生殖细胞和生精小管面积的迅速增加为主,该结果对从江香猪早熟性状挖掘、种猪选育及开发利用等有重要的指导意义。     

环境高温诱导巴马香猪睾丸细胞凋亡并激活Nrf2/HO-1抗氧化信号通路

旨在通过研究高温环境对巴马香猪阴囊温度分布和睾丸组织中抗氧化和细胞凋亡相关蛋白表达的影响,筛选巴马香猪热敏感性指标。选取7月龄性成熟雄性巴马香猪12头,随机分成对照组和高温组。高温组饲养环境温度为24h内从25℃→40℃→25℃循环变温,连续8d,第8天试验结束后,取睾丸器官,采用免疫组织化学方法检测抗氧化通路标志蛋白(nuclear factor erythroid 2-related factor 2,Nrf2)、抗氧化蛋白(heme oxygenase 1,HO-1)和细胞凋亡标志蛋白(cleaved caspase 3,c-caspase 3)的组织表达情况。结果表明,高温组猪阴囊表面平均温度显著升高(P0.05),升高幅度达到3.7℃。高温组睾丸间质细胞、生精上皮细胞Nrf2和HO-1蛋白表达显著升高(P0.05),并且间质细胞核Nrf2蛋白表达明显升高。高温组猪睾丸间质和睾丸生精上皮细胞核阳性表达c-caspase 3蛋白细胞百分比显著升高(P0.05),其中睾丸生精上皮细胞核阳性表达c-caspase 3蛋白细胞百分比升高更为明显。综上表明,40℃环境温度已明显超过了巴马香猪阴囊的最大热调节能力范围,导致睾丸温度升高,诱使睾丸组织细胞凋亡增加。同时,环境高温也激活了猪睾丸间质细胞Nrf2抗氧化信号通路和HO-1抗氧化蛋白的高效表达,这为寻找应对热应激导致公猪精液品质下降问题提供潜在的有效分子靶点。     

MSTN-/-鲁西黄牛肌肉全转录组共表达网络及转录本富集分析

为了探究与牛骨骼肌发育相关的共表达网络及核心转录本,挖掘牛骨骼肌在发育过程中的调控转录本,试验采用新的fastp+kallisto+Sleuth分析方法对牛骨骼肌转录组测序数据进行分析,通过转录组测序分析筛选出两组肌肉样本差异表达的RNA,对其进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析、WGCNA分析和GSEA富集分析。结果表明：转录组测序共鉴定出32 919个转录本,按照是否满足|lbFC|≥2、P<0.05的条件共筛选出457个差异表达转录本,其中上调转录本303个,下调转录本154个。457个差异表达转录本共涉及106个GO功能注释条目和14个KEGG信号通路,差异表达转录本主要富集在与细胞周期、细胞生长密切相关的基因功能注释和信号通路中。457个差异表达转录本被划分到显著相关的3个转录本模块,棕色模块有83个转录本,蓝色模块有93个转录本,绿色模块有111个转录本,并且筛选出10个核心转录本。核心转录本多数集中在细胞黏附分子、AMPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、肌动蛋白细胞骨架的调节等与细胞周期、细胞生长密切相关的通路中。说明牛骨骼肌发育受基因转录水平调控的影...     

不同月龄山羊睾丸生精小管及固有层结构分析

试验旨在探究不同月龄山羊睾丸生精小管、固有层的结构及成分变化，及睾丸中α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)蛋白的分布情况。选用1月龄和2月龄(幼龄)、12月龄(成年)山羊睾丸，利用特殊组织染色、免疫荧光、透射电镜并结合形态学计量统计分析，研究性成熟前后山羊睾丸生精小管、固有层细胞的结构成分及变化。结果显示：随着睾丸发育，生精小管管径增大，生精细胞种类、数量增多；支持细胞发育完善，体积增大，但轮廓不明显；睾丸间质细胞逐渐发育成熟，胶原纤维广泛分布于生精小管固有层基膜和睾丸间质中。免疫荧光染色观察可见：在1月龄、2月龄山羊睾丸中，α-SMA在管周肌样细胞、小动脉血管管周平滑肌细胞中表达阳性，在支持细胞、各级生精细胞、睾丸间质细胞中无表达；在12月龄山羊睾丸中，α-SMA在管周肌样细胞、小动脉血管管周平滑肌细胞中表达阳性，在支持细胞、各级生精细胞、睾丸间质细胞中无表达。本试验为深入研究睾丸的生理功能提供了基础形态学依据。     

己烯雌酚致胎鼠睾丸病理损伤的研究

本试验就己烯雌酚对胎鼠睾丸发育的影响作以下研究:试验分别设空白组、对照组、DES 2μg组、DES 4μg组、DES 8μg组,试验组母鼠从怀孕第10日至第18日分别连续皮下注射DES,分娩前取出胎鼠睾丸。经切片HE染色观察并应用免疫组织化学方法检测雄性胎鼠睾丸中增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen PCNA)的表达情况。发现较大剂量的DES作用如8 mg蘥、4 mg组均可引起睾丸生精细胞、支持细胞间质细胞形态、排列结构上的变化,同时可导致睾丸中PCNA含量降低。得出结论DES会抑制胚胎期睾丸细胞的增殖,从而影响睾丸的发育,破坏睾丸的组织结构,并进而影响睾丸功能的执行。     

硒代蛋氨酸对种公鸡睾丸基因差异表达的影响及功能预测分析

本试验以配种后期种公鸡为动物模型,比较对照组和有机硒组睾丸组织基因的差异表达,结合GO和KEGG功能富集性分析,旨在探讨硒对种公鸡繁殖能力的影响,为后续提高种公鸡繁殖性能的营养调控提供理论支撑。试验选取120只378日龄健康、体况一致的罗曼褐蛋用种公鸡,随机分为2个组,每组6个重复,每个重复10只鸡。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加硒水平为1 mg/kg的硒代蛋氨酸。试验预试期1周,正试期4周。试验期末,从每个重复中随机挑选1只种公鸡取其左侧睾丸,进行睾丸转录组测序,筛选睾丸组织中显著差异表达的基因。结果表明,通过对2组种公鸡的睾丸组织样本进行转录组测序,总共挖掘出111个显著差异表达基因,包括55个上调基因和56个下调基因,注释到的基因个数为86个。在这些差异表达的基因中,上调差异表达倍数最大的基因是微管蛋白alpha-8链(TUBA8A),下调差异表达倍数最大的基因是钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶Ⅳ样(CAMK4L)。相对荧光定量PCR结果与睾丸组织转录组测序结果表达趋势相似。GO功能分析显示,蛋白质chibby同源物1(CBY1)、TUBA8A、ADP核糖基转移酶4(ART4)、钙周期蛋白结合蛋白(CACYBP)、腺苷酸激酶7(AK7)和线粒体核糖体蛋白L17(MRPL17)等基因通过参与细胞过程、生物调节、代谢过程、细胞组分和分子功能等提高种公鸡繁殖性能,可作为研究种公鸡繁殖性能的候选基因并进行进一步地研究和探讨。     

ZBED6基因对巴马香猪脾发育的作用机制分析

ZBED6基因作为一个转录因子,能够与IGF2结合进而调节肌肉的生长发育。但其在脾生长发育中的作用尚不清楚,本研究利用RNA-seq测序技术比较ZBED6基因敲除巴马香猪（ZBED6-KO）和同日龄野生型巴马香猪（WT）的脾组织转录组,探究ZBED6基因对巴马香猪脾组织的发育影响。利用t检验对ZBED6-KO猪和WT猪脾组织大小的表型差异及ZBED6直接调控的靶基因IGF2的表达量进行显著性分析。提取ZBED6-KO猪和WT猪脾组织的总RNA,在Illumina Hiseq 2500平台进行RNA-seq分析。以猪Sus scrofa11.1为参考基因组,用转录组分析的标准流程筛选ZBED6-KO猪和WT猪脾组织中的差异表达基因。用DAVID在线网站对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。然后,随机选取7个差异表达的基因,利用实时荧光定量PCR技术验证测序结果的准确性与可靠性。结果显示,与WT猪相比,ZBED6-KO猪脾的重量和IGF2基因表达量均显著增加（P<0.05）,表明ZBED6基因的敲除对巴马香猪脾组织的生长发育有一定的促进作用。测序结果显示,各样本至少获得4G的数据量,每个样本的Clean Ratio及Q30比率均在90%以上,83.94%以上的reads可比对在猪的参考基因组上,表明测序数据质量良好,真实可靠;对测序数据进行转录组分析,共筛选到161个差异表达基因,其中上调基因90个,下调基因71个;差异表达基因的层次聚类分析显示,ZBED6-KO猪的3个个体（spleen1、spleen3、spleen6）的表达模式相似,WT的3个个体（spleen2、spleen4、spleen5）的表达模式相似,进一步证明测序数据的准确可靠;GO和KEGG富集分析中,富集到10条显著的GO条目以及5条显著的信号通路,2条与肌肉发育相关的通路;实时荧光定量PCR试验随机检测7个差异表达基因的表达模式与RNA-seq分析结果相一致,证实了测序数据的可靠性。以巴马香猪为模型,利用RNA-seq技术研究ZBED6基因的敲除对中国地方猪脾发育的作用影响,为挖掘ZBED6基因的更多功能提供了基础。