猎豹线粒体DNA控制区序列变异研究

18头猎豹线粒体DNA被测序,用来筛选影响猎豹神经衰退疾病的候选基因和候选位点。猎豹的线粒体DNA控制区全长525bp,本研究共发现了28个单核苷酸多态位点,9种单体型。通过构建系统进化树和DNA单体型的降维网的分析,控制区的基因序列根据来源不同明显地分成3个类。本研究为进一步筛选可能影响神经衰退疾病的候选基因和候选位点奠定了基础。     

特克赛尔羊×阿勒泰羊F2代部分肉质性状的全基因组关联分析

本研究测定了462只特克赛尔羊×阿勒泰羊杂交F2代羊背最长肌的肉质性状，利用全基因组关联分析（GWAS）方法初步筛选肉质性状（熟肉率、失水率）的候选基因，并通过QQ-plot图对群体层化效应进行了检测。结果表明，以上肉质性状群体层化分析没有发现明显的整体系统偏差，也不存在明显群体层化效应。关联分析结果表明共有16个SNP位点达到基因组显著水平，其中与熟肉率显著相关的位点8个，与失水率显著相关的位点8个。根据基因注释和文献检索结果，推测DOCK4、AOAH和CREB5基因可作为影响绵羊熟肉率的候选基因，所筛选出的候选基因主要通过调控肌纤维类型、参与肌肉生长过程等途径影响熟肉率；推测PRKCE和PRKG1基因可作为影响绵羊失水率的候选基因，筛选出的候选基因主要通过调控细胞分化、肌肉收缩、脂肪生成及参与肌动蛋白细胞骨架等作用而影响失水率。本研究结果将为改良绵羊肉质嫩度、多汁性提供候选分子标记，为地方品种绵羊标记辅助选择提供新的思路。     

用PCR方法对虎DNA进行特异性检测

为了能在野外调查中和野生动物执法检查、打击虎产品走私工作中对发现的可疑虎残余物或虎产品等样品进行快速，准确的鉴定，东北林业大学野生动物资源学院近日建立了可以对虎线粒体ＤＮＡ进行特异性扩增的ＰＣＲ方法。 虎线粒体ＤＮＡ细胞色素Ｂ（Ｃｔｙｂ）段由１１４０个碱基组成，通过用Ｗｄｎａｓｉｓ软件比较１０只苏门达腊虎、１５只东北虎、７只孟加拉虎、３只印支虎及５只华南虎Ｃｔｙｂ的碱荃序列，寻找到它在Ｃｔｙｂ段的保守区域，再与猞猁、雪豹、狮、豹猫、金钱豹、云豹、猎豹及家猫等多种猫科动物和梅花鹿，黑麂、赤鹿、獐、…     

猎豹狮弓蛔虫线粒体cox1基因的序列测定及系统发育分析

以来源于湖南省长沙生态动物园猎豹体内的狮弓蛔虫为研究对象,利用保守引物,通过聚合酶链反应(PCR),扩增猎豹狮弓蛔虫线粒体细胞色素c氧化酶I亚基基因(cox1)部分序列(pcox1),并用pcox1序列构建与其他相关蛔虫的进化关系。将获得的序列,用Clustal X 1.83程序进行比对,用Phy ML 3.0程序中的最大似然树法(ML)绘制种系进化树。结果显示:样品pcox1序列长度均为367 bp,种内相对保守(1.4%～6.8%),种间变异显著(9.7%～21.4%);种系发育关系指示,猫科动物狮弓蛔虫分离株位于同一分支,犬科动物狮弓蛔虫分离株位于另一分支。由于狮弓蛔虫cox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为狮弓蛔虫种间遗传变异研究的标记。     

绵羊线粒体基因变异与产羔数性状的关联分析

本研究旨在分析mtDNA变异与产羔数性状的关系。以杜泊、陶赛特、萨福克绵羊为研究对象,通过线粒体基因组测序、基因型分析等技术发现,杜泊羊线粒体基因组编码区存在25个突变位点,包括rRNA突变位点2个,tRNA突变位点2个,多肽编码基因突变位点21个(包括错义突变9个和同义突变12个);陶赛特羊线粒体基因组编码区存在20个突变位点,包括rRNA突变位点5个,tRNA突变位点1个,多肽编码基因突变位点14个(包括错义突变3个和同义突变11个);萨福克羊线粒体基因组编码区存在77个突变位点,包括rRNA突变位点7个,tRNA突变位点3个,多肽编码基因突变位点67个(包括错义突变7个和同义突变60个)。杜泊、陶赛特绵羊mtDNA各突变位点均与产羔数关联不显著;萨福克绵羊中发现的14个变异位点与产羔数显著相关(P0.05),其中单个突变位点(T7759C)和单倍型(ATTCATTAAACTTT)最大效应均为0.22只·胎-1。结果表明,杜泊、陶赛特绵羊产羔数性状线粒体基因效应不显著;萨福克绵羊mtDNA变异与产羔数显著相关。     

基于全基因组关联分析揭示肉鸡腿病发生的遗传机制

旨在揭示肉鸡腿病发生的遗传机制以降低肉鸡腿病发生率。采用我国自主培育的“广明2号”多品系、多世代共2 331只白羽肉鸡公鸡作为试验素材,于42日龄通过X光鉴定腿部健康状况,利用“京芯一号”55K SNP芯片对全部个体进行基因分型,使用plink运用二分类性状的逻辑回归模型(logistic regression model, LR Model)对腿部健康表型进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)。将不同群体芯片数据合并进行质控后,保留2 330个个体(2 256只健康,74只患病)和30 414个SNPs位点用于后续分析。通过GWAS分析筛选到5个潜在SNPs位点,分布在6号和18号染色体上,分别注释到与腿病相关的3个功能候选基因TBCD、SIRT1和PBLD上。本研究为白羽肉鸡腿部健康表型提供了重要的遗传位点和候选基因,为推进肉鸡抗病育种进程提供遗传基础。     

全球猎豹面临濒危仅剩约7100只

<正>动物保护专家12月26日在一项新研究中警告说,全球陆地上跑得最快的动物——猎豹仅剩约7100只,正迅速接近灭绝的边缘。这项研究由英国伦敦动物学会、野生猫科动物保护机构Panthera与野生动物保护协会共同实施,论文发表在新一期美国《国家科学院学报》上。研究人员指出,从总体上看,全球猎豹数量趋于下降,估计只剩下约7100只,它们的活动区域也只占历史活动区域的9%。其中,亚洲猎豹受影响最大,目前只有伊朗剩下不到50只,津巴布韦的猎豹也在过去16年里从1200只降至最多     

中国荷斯坦牛肢蹄结构和乳房形态的全基因组关联分析

该研究旨在检测与中国荷斯坦牛体型性状(肢蹄结构和乳房形态)相关的显著位点和候选基因。在300头中国荷斯坦牛群体中,利用GeneSeek Genomic Profiler Bovine 50 K SNP chip芯片进行基于混合线性模型全基因组关联分析。分析结果经过Bonferroni校正后,共检测到25个显著SNPs(P1/40501)位点,其中8个与肢蹄结构相关,17个与乳房形态相关。基于显著SNP位点寻找候选基因,鉴定到与乳腺癌相关候选基因ZMYND8、PTK2及与调节多种代谢通路相关的基因LEP、OSTF1等基因。该研究为解析中国荷斯坦牛肢蹄结构和乳房形态性状提供可能的候选基因,同时为奶牛的分子育种提供重要理论支持。     

海兰鸡PRL、OVR、OIH和GnRHR基因多态性及其与产蛋性能的关联分析

本研究以海兰褐与海兰白两个蛋鸡品系作为研究素材,选择催乳素基因(PRL)、卵细胞卵黄受体基因(OVR)、卵抑制剂基因(OIH)以及促性腺激素释放激素受体基因(GnRHR)4个基因作为产蛋性状相关候选基因,采用PCR-RFLP方法对候选基因进行多样性检测,并与蛋重及产蛋数两性状进行关联分析.结果表明,PRL、OVR和OIH3个基因候选位点在本研究海兰蛋鸡群体中存在SNPs,但3个基因候选位点不同基因型与产蛋性状关联分析均未能达到显著水平(P＞0.05);GnRHR基因候选位点在本研究群体中未检测到多态性的存在.     

湖羊BMPR-IB、BMP15和GDF9基因的RFLP分析

以BMPR-IB、BMP15、GDF9基因作为湖羊多胎性状候选基因,采用PCR-RFLP技术检测了53只湖羊上述候选基因的单核苷酸多态性。结果表明:湖羊BMPR-IB基因的FecB位点只存在BB和+B两种基因型,二者的基因型频率分别为0.981 1和0.018 9;B等位基因为绝对优势等位基因,基因频率为0.990 6。未检测到BMP15基因的B4(FecXB)突变和GDF9基因的G8(FecGH)突变。因此,推测BMPR-IB基因的FecB位点是湖羊多胎性的主效基因,而BMP15基因和GDF9基因与湖羊群产羔数关系不大。研究结果同时反映了所测湖羊群体是一个高度纯化的宝贵绵羊品种资源。     

宁夏滩羊mtDNA Cyt b基因遗传多样性分析

为了分析宁夏滩羊线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b脱复辅基酶(Cytb)基因的遗传多样性,试验采用PCR扩增和基因测序的方法对线粒体Cyt b基因在宁夏地区3个绵羊品种(滩羊、小尾寒羊和蒙古羊)群体的遗传多样性进行检测,分析其碱基组成及序列间碱基的变异。结果表明:滩羊线粒体Cyt b基因部分序列长度为363 bp,A、C、G、T的平均含量分别为39.11%、19.84%、19.26%、21.79%,碱基组成的百分比显示,G相对缺乏,A+T平均含量(60.90%)比G+C(39.10%)平均含量高。在滩羊与蒙古羊、小尾寒羊品种间存在1个变异位点,在47位点处发生了A/G的转换,可以作为候选基因用于辅助检测。     

肉鸡腹脂双向选择系中RNA编辑位点的鉴定研究

旨在准确获得肉鸡腹脂双向选择系脂肪组织中的RNA编辑位点信息,进而为脂肪相关研究提供更多的信息来源。本研究以东北农业大学肉鸡高、低腹脂双向选择品系第十九世代肉鸡为试验材料,使用转录组测序(RNA-seq)和基因组测序数据识别肉鸡腹部脂肪组织RNA编辑位点。通过生物信息学手段,设定严格的数据过滤与筛选策略,构建RNA编辑位点候选集。结果表明,在候选集中,通过对RNA编辑位点的分类和注释,在低脂系肉鸡脂肪组织中发掘转换型RNA编辑位点28个,颠换型RNA编辑位点101个,插入缺失型RNA编辑位点71个;在高脂系肉鸡脂肪组织中,发掘转换型RNA编辑位点30个,颠换型RNA编辑位点84个,插入缺失型RNA编辑位点77个。绝大多数RNA编辑位点落在内含子、基因间区域及基因上游区域(内含子区41.91%,基因间区域33.08%,基因下游20.59%,基因上游2.94%和外显子区1.47%)。试验验证了4个候选RNA编辑位点,其中3个位点落在与脂肪形成有重要关系的ATP1B3、SLC6A6和FLNB基因区域。本研究鉴定和验证了存在于肉鸡脂肪组织中的RNA编辑位点,为进一步研究RNA编辑影响脂肪组织生长发育的分子机制奠定了基础。     

京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的全基因组关联分析

旨在寻找影响京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的SNP位点。本研究采用简化基因组测序的方法,检测京海黄鸡基因组的SNP位点,并对这些位点与新城疫和传染性支气管炎性状进行关联分析。结果表明:在基因组水平上有1个与京海黄鸡新城疫抗病性状显著相关的SNP位点,7个与该性状潜在显著的SNPs位点,并将这些位点定位到5个基因上,分别为EEA1、CARS2、SCML2、GRP20以及TOMIL2基因,这些基因均可能影响或调控机体的抗病及免疫能力,可以考虑作为京海黄鸡新城疫抗病性状的候选基因作为后续研究。没有发现与京海黄鸡传染性支气管炎显著相关的SNP位点,该性状可能是复杂性状,受到多种因素的影响。因此,本研究发现的几个标记位点可能对京海黄鸡的新城疫抗病性状存在一定的影响,可以作为候选基因,为京海黄鸡抗病育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。     

基于全基因组填充重测序关联分析鉴别影响苏山猪初生体尺与乳头数性状的遗传位点

旨在鉴别影响苏山猪初生体尺和乳头数性状的遗传位点,开发可用于辅助育种的分子标记,为苏山猪生长和繁殖性能的持续选育提供理论基础。本试验对269头苏山猪初生仔猪(出生后24 h内)的体尺和乳头数表型进行测定,并采集耳组织样品。基于全基因组重测序及基因型填充策略,利用全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)和群体分化指数(fixation index,Fst)的方法挖掘与目的性状强关联位点,并对位置功能候选基因开展GO和KEGG分析,确定最有可能的主效基因。本研究共鉴别到4个候选位点,分布在13、14和X染色体上,其中与初生体尺性状显著关联的位点有2个,与乳头数性状显著关联的位点有2个。本研究筛选出1个与体长性状相关的候选基因ACTA2;1个与胸围性状相关的候选基因COL4A6;3个与乳头数性状相关的候选基因ACTA2、CRTAP和SEPTIN6,为苏山猪初生体尺性状和乳头数性状的遗传改良提供了重要的分子标记。     

弓形虫致密颗粒蛋白GRA12的生物信息学分析

为分析并预测弓形虫致密颗粒蛋白GRA12基因编码蛋白的结构、功能以及其作为疫苗候选抗原的可能性,本研究从Gen Bank数据库获取GRA12基因序列,通过在线蛋白分析专家系统(Expasy)并结合GENERUNR、DNAStar、DNAMAN等生物信息学分析软件对GRA12序列的编码区进行分析、对该基因编码蛋白质的理化性质、信号肽、跨膜结构域、二级结构、亲/疏水性、抗原表位等信息预测。结果表明:该基因全长1 311 bp,编码436个氨基酸,蛋白性质稳定,理论分子质量约为47.8 ku,无信号肽,有6个跨膜区,14个丝氨酸磷酸化位点、7个苏氨酸磷酸化位点、3个酪氨酸磷酸化位点、18个O-糖基化位点、3个乙酰化蛋白附着位点、1个酪氨酸硫酸化位点、1个潜在的N-糖基化位点、1个棕榈酰化位点,15个潜在的抗原表位。研究结果分析说明GRA12有潜力成为弓形虫疫苗候选抗原。     

青脚麻鸡L系脾脏发育性状的全基因组关联分析

脾脏是家禽重要的免疫器官。本研究选取70日龄纯系公母鸡各150只,利用重测序技术获取基因组高密度SNP信息,通过全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)挖掘影响解析青脚麻鸡配套系父本纯系(L系)脾脏重和脾脏率的相关候选基因。研究发现,脾脏重和脾脏率的遗传力分别为0.28和0.32,脾脏率较脾脏重有更大的变异。基于单变量混合线性模型,利用质控后的7 882 695个高质量位点进行全基因组关联分析,发现7和9个SNP位点分别与脾脏重和脾脏率显著相关,位于1、2、4、10和26号染色体。对显著SNP位点进行注释,共筛选到MTMR2、CEP57、IL16和LGR6等11个可能与脾脏发育有关的候选基因。     

大白公猪精液相关性状全基因组关联分析

本研究旨在通过全基因组关联分析技术挖掘大白公猪原精体积、原精密度、精子畸形率、精子总数和有效精子数等性状的关联SNP位点及候选基因。选取498头大白公猪,提取精液DNA,利用Gene Seek 50K芯片进行基因分型,通过混合线性模型计算个体随机效应值来作为全基因组关联分析表型值,利用Farm-CPU法进行全基因组关联分析。结果显示:发现4个与原精体积显著关联的位点,3个与畸形率显著关联的位点;各精液性状共19个潜在关联SNPs,其中17号染色体上的M1GA0021799位点与原精体积、精子畸形率和精子总数均有关联。根据文献和生物学过程推测认为FOXA2、PTMA、TCTE3、CAPN7、SH3P13和CSTS家族基因共9个基因可作为大白公猪精液性状重要候选基因。     

线粒体DNA COX3基因多态性与瓢鸡生长和屠体性状的相关性分析

采用DNA测序和PCR-RFLP方法,分析了瓢鸡线粒体DNA COX3基因(mt DNA COX3)变异,并与生长和屠体性状进行了关联分析。在瓢鸡线粒体DNA COX3基因发现C10669T多态位点,建立了Eco RV PCR-RFLP分子标记,利用该标记对300日龄具有生长和屠体性状记录的82只瓢鸡进行了基因分型。结果表明,线粒体DNA COX3基因C10669T多态位点在瓢鸡群体中C基因为优势基因,基因频率为69.5%,多态信息含量和杂合度分别为0.3341与0.4240。C10669T位点基因型在体重、龙骨长、跖长、屠体重与胸肌率5个性状差异显著,C基因型个体普遍高于T基因型。线粒体DNA COX3基因对瓢鸡生长和屠体性状的作用机理有待进一步深入分析。     

石岐鸽mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

为探究石岐鸽的遗传多样性和母系起源，研究对60只石岐鸽线粒体DNA(Mitochondrial genome,mtDNA)细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因进行PCR扩增和测序，并结合GenBank中鸽Cytb基因序列进行系统发育分析。结果显示：石岐鸽mtDNA Cytb基因序列全长为1 143 bp，碱基T、C、A和G的平均比例分别为24.57%、35.79%、27.36%和12.28%；单倍型多样性为0.782±0.029，核苷酸多样性为0.001 69±0.000 04，平均核苷酸差异为1.927；共发现11个变异位点，其中8个为单一变异位点，3个为简约信息位点，基于变异位点定义了8种单倍型；石岐鸽和原鸽分为A和B两个分支，石岐鸽只分布于A分支。研究表明石岐鸽具有较高的线粒体遗传多样性，母系来源单一。     

杜寒杂交羊四个候选基因多态性与体尺性状的关联分析

为了探寻影响杜寒杂交羊体尺性状的遗传标记，试验通过Multiplex SNaPshot技术对72只6月龄杜寒杂交羊的HMGA1、HMGA2、PLAG1和BMPR1B四个影响体型大小的候选基因中的20个SNPs位点进行了基因型分型，应用PLINK v1.07软件对单核苷酸多态性(SNPs)位点与体尺性状(体斜长、体高和管围)进行单点关联分析，利用Excel软件进行等位基因替代效应分析，并应用HaploView version 4.2软件进行单倍型构建及连锁不平衡分析。结果表明：除2个SNPs位点外，其他18个SNPs位点均存在突变基因型。HMGA1基因上游的rs405972023位点与体斜长和管围呈显著相关(P<0.05),rs404165907位点与体斜长呈显著相关(P<0.05);HMGA2基因第2内含子区域的rs399648873位点和该基因上游rs409565324位点与体高呈显著相关(P<0.05);位于PLAG1和BMPR1B基因及其周边区域的SNPs位点与杜寒杂交羊体尺性状未呈现显著相关(P>0.05)。HMGA1基因rs405972023位点TT基...