奶牛TLR2基因EcoR V酶切多态性与体细胞评分的关联分析

利用PCR-RFLP技术对中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛3个奶牛品种207头个体的TLR2基因进行多态性分析.结果表明：3个奶牛群体的扩增片段为448 bp,PCR产物经限制性内切酶EcoRV酶切后均表现出中度多态,其中中国西门塔尔牛PIC为最高,且3个奶牛品种在该基因座位均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P＞0.05）.最小二乘值表明：该酶切多态位点对3个奶牛品种SCS的影响达到了显著水平（P＜0.05）,且BB基因型个体的SCS显著低于AA和AB基因型个体（P＜0.05）,说明BB基因型为抗乳房炎的有利基因型.     

奶牛TLR2基因遗传变异与乳房炎体细胞评分的相关研究

选用中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛共207头奶牛为研究对象,采用PCR-RFLP和创造酶切位点RFLP（CRS-RFLP）技术对其TLR2基因进行多态性研究,发现TLR2基因第2外显子上T/G,G/A和G/A 3个突变,分别是EcoRⅤ,HaeⅢ和HhaⅠ限制性内切酶的酶切多态位点,其中T/G突变引起蛋白质氨基酸天冬氨酸/谷氨酸的变化。对3个酶切多态位点进行基因型分析,χ^2检验表明：中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛在3个酶切多态位点都达到了Hardy-Weinberg平衡。中国西门塔尔牛在3个酶切多态位点PIC为最高。运用SAS9.0软件,采用最小二乘拟合一般线性模型分析了3个酶切多态位点与中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛体细胞评分（SCS）的关系,结果表明：在这3个酶切多态位点中,只有EcoRⅤ酶切多态位点BB基因型个体的SCS显著低于AA和AB基因型个体（P〈0.05）,说明BB基因型可能为抵御乳房炎的有利基因型。     

TLR2基因多态性与奶牛体细胞评分的相关性研究

旨在分析Toll-样受体2在奶牛隐性乳房炎中的作用。本研究以同一牛场内的中国荷斯坦奶牛和新疆褐牛为研究对象,选取奶牛体细胞数小于20万和大于100万的个体各15头,对TLR2基因进行测序,然后对发现的多态位点进行PCR-RFLP检测,分析这些位点与体细胞评分(SCS)的相关性。结果发现了TLR2基因E+189、E+631和E+2260 3个SNP位点,其中E+631和E+2260位点为本试验首次发现。E+189、E+631和E+2260 3个SNP位点在2个品种内均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);3个位点在2个品种间的基因型分布差异都极显著(P<0.01)。分析每个SNP位点与SCS的相关性,显示TLR2E+189位点AA比BB和AB基因型个体的SCS高(P<0.05),AB与BB基因型个体的SCS差异不显著(P>0.05);说明BB基因型个体的乳房炎发病率低。而TLR2E+631的SCS和TLR2E+189位点表现相似,但各个基因型个体间的SCS差异不显著(P>0.05)。E+2260位点AA基因型个体比AB的SCS低(P>0.05)。新疆褐牛的SCS低于荷斯坦牛(P<0.01),...     

牛UCP3基因多态性及其与血清生化指标的相关性研究

解耦联蛋白3(UCP3)是位于线粒体内膜的质子转运体,其在适应性产热、体重调节和能量代谢中发挥重要作用。本试验利用PCR-RFLP技术研究了鲁西牛、西门塔尔牛、摩拉水牛和尼里-拉菲水牛4个品种151头牛的UCP3基因的多态性及其与血清生化指标的相关性,为研究牛的能量代谢及耐热、耐寒性提供参考依据。结果表明:牛UCP3基因的第3外显子存在限制性内切酶BglⅠ多态。4个群体中的优势等位基因均为A,鲁西牛和西门塔尔牛的优势基因型均为AB型,在尼里水牛和摩拉水牛中AA基因型略占优势。在所研究的群体中,该多态基因座均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。对遗传多态性与血清生化指标进行相关性分析后,发现鲁西牛的β球蛋白含量AA基因型个体显著高于AB型(P<0.05),尼里水牛的血清钾和α2球蛋白含量AA型个体显著高于AB型(P<0.05),水牛品种白蛋白含量和α2球蛋白含量与鲁西牛和西门塔尔牛差异显著,为进一步研究水牛与黄牛的差异提供了参考。     

中国荷斯坦牛PPAR-α基因多态性研究及其与耐热性能的关联分析

本研究采用PCR方法扩增牛过氧化物酶增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptors,PPAR-α)基因的内含子3,获得589 bp的片段,利用DNA测序技术发现1个新SNP位点,即44087(G/A);同时利用PCR-RFLP技术对这该SNP位点进行基因型分型,分别分析了771头中国荷斯坦牛、136头鲁西黄牛和37头渤海黑牛PPAR-α基因该位点的多态性。结果表明,在这3个群体中PPAR-α基因44087(G/A)位点普遍表现为GG基因型频率最高,优势等位基因为G;χ²适合性检验结果表明,该位点在中国荷斯坦牛和鲁西黄牛群体中都未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05),在这个基因座位上均有丰富的多态信息含量。对中国荷斯坦奶牛44087(G/A)位点不同基因型与SCS、产奶性能及耐热性能进行最小二乘均值显著性检验结果表明,在PPAR-α基因该位点GA基因型是优良基因型,其个体的SCS值显著低于GG基因型(P<0.05),并且GA基因型乳蛋白率显著高于GG基因型(P<0.05),在炎热环境中产奶下降率显著低于GG基因型(P<0.05)。由此分析GA基因型可能有利于提高中国荷斯坦奶牛的产奶性能。在人工选择的过程中,选择GA基因型的个体,可以降低热应激给奶牛带来的危害,同时又能够提高牛奶品质和产量。     

中国西门塔尔牛GH基因SNPs与经济性状的关联分析

本试验采用PCR-RFLP和DNA测序等技术检测牛生长激素基因P3位点(growth hormone,GH-P3)在中国西门塔尔牛群体中的多态性,并利用最小二乘法拟合线性模型对该位点与牛经济性状进行关联分析。结果表明,BB基因型个体胴体重和净肉重极显著高于AA和AB基因型个体(P<0.01),屠宰率和净肉率显著高于AA和AB基因型(P<0.05),AA基因型背膘厚极显著低于AB、BB基因型(P<0.01)。本研究结果显示,GH-P3位点对中国西门塔尔牛个体胴体重、屠宰率、净肉重、净肉率及背膘厚等经济性状有显著或极显著的影响,为中国西门塔尔牛重要经济性状的分子标记辅助选择(MAS)及品系培育提供理论依据。     

牛UCP3基因多态性及其与血清生化指标的相关性研究

解耦联蛋白3(UCP3)是位于线粒体内膜的质子转运体,其在适应性产热、体重调节和能量代谢中发挥重要作用.本试验利用PCR-RFLP技术研究了鲁西牛、西门塔尔牛、摩拉水牛和尼里-拉菲水牛4个品种151头牛的UCP3基因的多态性及其与血清生化指标的相关性,为研究牛的能量代谢及耐热、耐寒性提供参考依据.结果表明:牛UCP3基因的第3外显子存在限制性内切酶BglⅠ多态.4个群体中的优势等位基因均为A,鲁西牛和西门塔尔牛的优势基因型均为AB型,在尼里水牛和摩拉水牛中AA基因型略占优势.在所研究的群体中,该多态基因座均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).对遗传多态性与血清生化指标进行相关性分析后,发现鲁西牛的β球蛋白含量AA基因型个体显著高于AB型(P＜0.05),尼里水牛的血清钾和α2球蛋白含量AA型个体显著高于AB型(P＜0.05),水牛品种白蛋白含量和α2球蛋白含量与鲁西牛和西门塔尔牛差异显著,为进一步研究水牛与黄牛的差异提供了参考.     

垂体特异性转录因子1基因遗传多态性与中国西门塔尔牛生长及育肥性状的遗传效应分析

本研究旨在分析垂体特异性转录因子(Pit-1)基因SNPs与中国西门塔尔牛生长和育肥性状的相关性。试验以118头中国西门塔尔牛为材料,利用DNA测序和PCR-RFLP方法检测Pit-1基因Hinf Ⅰ酶切位点多态性,并进行相关分析。结果表明,Hinf Ⅰ酶切位点与料重比和平均日增重性状呈显著相关(P＜0.05),其中BB基因型个体显著优于AA基因型个体,饲料转化率较低,平均日增重较高;在8、15月龄体高性状,12、15月龄体长性状,8、12、15月龄胸围性状和8月龄腹围性状中,Hinf Ⅰ酶切位点多态差异显著,BB基因型个体表型值显著高于AA基因型(P＜0.05);在宰后体尺性状测量性状中,Pit-1基因Hinf Ⅰ多态位点对胴体长、胴体胸深和腰部肉厚性状影响显著,其中BB基因型个体表型值显著大于AA和AB基因型个体(P＜0.05)。初步认为,BB基因型与优良的生长育肥性能显著相关,对B等位基因的选择有利于优良性状的改良。     

中国西门塔尔牛CAPN1基因SNPs及其与经济性状关联分析

本研究旨在分析CAPN1基因部分SNPs与中国西门塔尔牛经济性状的关联性.试验选取同龄、同场的135头中国西门塔尔牛为材料,利用PCR-RFLP方法检测CAPN1 316和CAPN1 4751 2个SNPs位点的多态性,并进行方差分析.结果发现,CAPN1 316 SNP位点与大理石花纹显著相关(P＜0.05),杂合子AB基因型个体的大理石纹评分显著高于AA和BB基因型个体(P＜0.05);CAPN1 4751位点与大理石花纹和剪切力显著相关(P＜0.05),大理石花纹性状中杂合子AB基因型个体评分显著高于AA基因型个体,剪切力性状中BB基因型个体显著高于AA基因型个体.结果表明,CAPN1 316和CAPN1 4751位点适合用于中国西门塔尔牛眼肌、肌肉大理石花纹的分子标记选择.     

鸭脂蛋白脂酶基因内含子5多态性及其与肉质和脂肪性状的关联分析

根据鸡脂蛋白脂酶(LPL)基因序列设计引物对樱桃谷鸭和苏牧麻鸭LPL基因内含子5进行PCR-SSCP检测,并分析其多态对肉质和脂肪性状的遗传效应.结果表明,检测到3种基因型:AA、AB和BB,1个双碱基突变:243～244 bp(TA→AT),2个SNP:G265A和G269A;该座位在2个群体中均为中度多态,并偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),基因型分布差异显著(P<0.05);在樱桃谷鸭群体中,AB型个体的pH值显著高于从型,失水率显著高于BB型(P<0.05);苏牧麻鸭中AB型个体的总胆固醇显著高于从和BB型个体(P<0.05).     

奶牛溶菌酶基因多态性与乳房炎的关联分析

通过研究奶牛溶菌酶基因(Bos taurus 1ysozyme,LYZ)的多态性与乳房炎的相关性,为奶牛的抗病育种提供新的分子遗传标记。利用PCR-SSCP技术对420头中国荷斯坦牛LYZ基因进行多态性检测,并对LYZ基因的多态位点与SCS(somatic cell score)和泌乳性状进行相关分析。结果表明:LYZ基因的外显子1上存在115(TG)突变位点,使精氨酸变为亮氨酸;发现了3种基因型GG,TG和TT,频率分别为0.20、0.48和0.32;GG基因型个体的SCS最小二乘均值极显著低于TT基因型个体(P0.01),显著低于TG基因型个体(P0.05);GG基因型个体的305d产奶量最小二乘均值极显著高于TT基因型个体(P0.01),显著高于TG基因型个体(P0.05)。LYZ基因该位点的突变对奶牛的SCS和305d产奶量有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性和产奶量的筛选。     

苏姜猪A-FABP基因遗传多态性及其与肉质性状的关联分析

研究采用PCR-RFLP技术分析苏姜猪、姜曲海猪、长白猪群体A-FABP基因遗传多态性,并用统计学方法分析基因座多态与肉质性状的相关性。结果表明:3个猪种A-FABP基因内含子1均具有Bsm I酶切多态性,分别检测到3种基因型(AA、AB和BB),χ~2适合性检验显示,3个猪种A-FABP基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。多态信息含量(PIC)分析显示,3个品种猪均为中度多态;基因型与肉质性状关联分析显示,不同基因型肌内脂肪含量、大理石纹差异显著,大理石纹AA、AB型显著高于BB型(P0.05),肌内脂肪含量AA显著高于AB、BB型(P0.05)。结论显示,苏姜猪、姜曲海猪、长白猪A-FABP基因intron 1多态性对肉质性状影响显著。     

荷斯坦牛TLR2基因遗传多态性与乳腺炎抗性关系分析

利用PCR-RFLP方法检测TLR2基因在297头中国荷斯坦牛中的多态性,并分析其多态性与体细胞评分(SCS)的相关性.结果显示,TLR2基因exon2扩增片断的109 bp处产生C→A的突变,并导致天冬氨酸改变为谷氨酸.TLR2基因exon2被EcoRV消化后表现多态性,表现AA、AB、BB 3种基因型,其中B等位基因为优势等住基因,等位基因频率为0.784 5,而A等位基因频率则为0.215 5.经X2适合性检验,中国荷斯坦牛在该位点达到Hardy-Weinberg平衡状态.同时,群体EcoRV基因座不同基因型与SCS相关分析的结果表明,BB、AB型个体的SCS指标显著高于AA型(P<0.05),AA基因型可作为乳腺炎抗性的有利基因型,可将TLR2作为奶牛乳腺炎候选基因,应用于乳腺炎抗性分子标记辅助选择育种.     

牛DGAT2基因第6内含子MspI-RFLPs和TaqI-RFLPs及其与牛经济性状相关性研究

利用PCR-RFLPs方法分析牛DGAT2基因第5、6和7内含子内部的MspI和TaqI等11种酶切多态性,并在第6内含子检测到MspI-RFLPs和TaqI-RFLPs 2个多态位点。分析表明,该MspI-RFLPs普遍存在于鲁西牛、晋南牛、秦川牛、利木赞×鲁西牛、西门塔尔×延边牛、夏洛来×延边牛、安格斯×延边牛和三河牛、中国荷斯坦牛等9个试验群体中,TaqI-RFLPs只在鲁西牛、晋南牛和秦川牛3个地方品种和利木赞与鲁西牛的杂交群体中检测到,而且等位基因B(T碱基)在除鲁西牛外的群体中分布频率很低。统计分析表明,MspI-RFLPs与肉牛的体脂没有相关,但显著影响屠宰率,AA型个体的屠宰率显著高于AB和BB型(P<0.05)。DGAT2基因第6内含子MspI酶切多态性与三河牛群体平均乳脂率和平均干物质含量有极显著或显著的相关性(P<0.01和P<0.05),AA型个体的平均乳脂率和平均干物质含量均高于BB型个体的均值,但在荷斯坦牛群体中却没有得到相同的结果。研究分析了鲁西牛中TaqI-RFLPs的AA型与AB型个体之间屠宰性能的差异,结果表明这2种基因型与鲁西牛的屠宰性能没有显著的相关(P>0.05),有待在更大的鲁西牛群体中检验TaqI-RFLPs是否影响屠宰性状。     

中国荷斯坦牛Toll样受体4基因的遗传多态性与体细胞评分的关联分析

试验旨在研究中国荷斯坦牛Toll样受体4(toll-like receptor 4,TLR4)基因的遗传多态性及其与体细胞评分(somatic cell score,SCS)的关联性,寻找与乳房炎相关的分子标记,加快中国荷斯坦牛的抗病育种。利用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术对30个公牛家系的610头中国荷斯坦牛TLR4基因进行多态性检测,用最小二乘均数法对TLR4基因的多态位点与SCS进行相关分析。结果发现,试验共检测到2个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs),TLR4基因5'侧翼区存在SNP -226 G>C突变,经PCR-RFLP检测发现3种基因型:GG、GC和CC,基因型频率分别为0.208、0.482和0.310;外显子3存在SNP 1760 C>T突变,经PCR-SSCP检测发现3种基因型:CC、TC和TT,基因型频率分别为0.738、0.225和0.007,以上2位点均偏离Hardy-Weinberg 平衡。对于SNP -226 G>C位点,基因型个体的SCS差异不显著;对于SNP 1760 C>T位点,CC基因型个体的SCS最小二乘均值极显著低于TT和TC基因型个体(P<0.01)。SNP 1760 C>T的CC基因型对于中国荷斯坦牛的SCS有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性筛选。     

草原红牛与中国荷斯坦牛GHR基因多态性及与产奶性状相关性分析

研究旨在分析生长激素受体(GHR)基因外显子10的多态性及其与奶牛产奶性状的相关性。选用30头草原红牛与145头中国荷斯坦牛为材料,采用PCR-RFLP的方法对该基因外显子多态性进行分析,并对突变位点用SPSS软件分析其与产奶性状的相关性。结果表明:GHR基因外显子10的扩增产物被限制性酶BsaH I酶切消化后表现出多态性,经电泳检测显现AA、AB、BB 3种不同的基因型。使用SPSS软件对所得基因型与产奶性状进行相关性分析发现,在中国荷斯坦牛群体中,AA型个体乳脂率显著高于BB型(P<0.05),AA型个体的体细胞数显著低于AB型个体(P<0.05),AA型为优势基因型,等位基因A可显著提高个体的乳脂率,降低个体体细胞数,为中国荷斯坦牛的早期选种选育、改善乳品质提供依据。     

7个牛品种PON2基因第9外显子SSCP分析及其外显子多态性扫描

对氧磷酶2（Paraoxonase-2,PON2）产物是脂肪代谢过程中的抗氧化酶,被确定为影响相关重大心血管疾病和人类寿命的重要候选基因。本研究利用直接测序法对PON2基因所有外显子进行多态位点扫描,利用PCR-SSCP技术对中国西门塔尔牛、鲁西牛、秦川牛、晋南牛、荷斯坦牛、摩拉水牛和尼里-拉菲水牛7个品种的478头个体PON2基因第9外显子T98C位点进行多态性分析。结果表明,PON2基因外显子上共发现4个单核苷酸突变位点,但均未引起氨基酸的改变;第9外显子扩增大小为167bp的片段存在单链构象多态性。除鲁西牛和荷斯坦牛外,其它5个品种牛在该基因座位都处于Hardy—Weinberg平衡状态（P〉0．05）。鲁西牛、南阳牛、晋南牛和荷斯坦牛4个群体处于中度多态（0．25〈PIC〈0．50）,其它3个牛种为低度多态。除摩拉水牛和尼里-拉菲水牛不存在AA基因型外,其它5个牛品种中均存在AA、AB、BB3种基因型,但优势等位基因在7个品种牛群体中存在差异,基因型频率在鲁西牛和南阳牛中AA〉AB〉BB;晋南牛则3种基因型频率之比约为1：1：1;中国西门塔尔牛则出现严重的偏态,B等位基因为绝对优势等位基因;2种水牛中,BB基因型为优势基因型,B等位基因为优势等位基因。利用SAS9．1软件GLM过程分析基因型均值,用邓肯法（Duncan’s）进行基因型间的多重比较,将该基因座不同基因型与7个牛品种间和鲁西牛6个年龄组（n=238）进行了差异分析,结果表明,不同基因型在品种间存在极显著的差异（P〈0．01）;鲁西牛各年龄组与各基因型间差异不显著（P〉0．05）,但各种基因型间存在有着极显著的差异（P〈0．01）。结合各种基因型个体在不同年龄组间的变化趋势,AA型个体可能具有相对较长的使用寿命。     

中国荷斯坦奶牛EEF1D和TRAPPC9基因多态性与SCS关联性分析

乳房炎抗性的遗传选择已成为抗病育种的新措施,对现代畜牧业预防疾病具有重要的意义,可以永久地改变群体遗传组成,长期有效地控制疾病的发生。笔者采用Sequenom SNP分型测序方法对宁夏地区764头中国荷斯坦奶牛的EEF1D和TRAPPC9基因进行单核苷酸多态性分析,并研究不同基因型与体细胞评分(SCS)关联性。结果表明:EEF1D-3位点有GG、AA和GA 3种基因型,其基因型频率分别为0.58,0.04,0.38;TRAPPC9-2525852位点有GG、TT和GT 3种基因型,其基因型频率分别为0.18,0.30,0.52;2个位点均偏离Hardy-Weinberg平衡状态且处于中度多态;平均小于5,其中EEF1D-3位点中GA基因型SCS最低为3.95;TRAPPC9-2525852位点中TT基因型SCS最低为3.91,即该地区中国荷斯坦奶牛均为健康牛。不同基因型与SCS关联性分析表明,基因型个体的SCS差异不显著(P0.05)。     

大河乌猪血浆胆固醇脂转移蛋白基因多态性与 生产性能的相关性分析

试验应用PCR-RFLP技术对云南培育品种大河乌猪4代(F4)、5代(F5)和6代(F6))共334头个体的血浆胆固醇脂转移蛋白(cholesteryl ester transfer protein,CETP)基因内含子1436 bp进行扩增,用限制性内切酶AvaⅡ对其酶切可得到3种基因型:BB、Bb和bb,F4、F5、F6都以b等位基因为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.5821、0.6042和0.6885。取不同基因型纯合子样品进行测序,共发现7个单核苷酸多态位点(SNPs),其有3个为转换,4个突变为颠换,多态位点分别位于19、69、132、175、203、224、234 bp处。应用最小二乘分析不同基因型和不同性别的基因型对生长性状(初生重、45日龄重、4月龄体重、6月龄体重、体高、体长、管围、背膘厚)的影响。结果显示,F4代Bb和bb基因型个体体长显著高于BB基因型(P＜0.05);bb基因型6月龄管围显著高于BB基因型(P＜0.05),与Bb基因型个体间差异不显著(P＞0.05);F5代Bb和bb基因型个体初生重显著高于BB基因型(P＜0.05),两者之间差异不显著(P＞0.05);F6代bb基因型个体初生重、45日龄重显著高于BB基因型(P＜0.05),与Bb基因型个体间差异不显著(P＞0.05);其余性状不同基因型间无显著差异(P＞0.05)。另外,bb基因型雄性和雌性个体在初生重都存在显著差异(P＜0.05)。研究结果提示,CETP基因对猪生长性状(特别是初生重)存在一定影响;选择带有b等位基因的个体有望提高猪体质量相关的生长性状,该SNP可能是改良猪生长速度性状的重要分子标记位点。     

猪繁殖性状主效基因及其合并基因型对产活仔数的影响

研究分析了大白、长白和杜洛克3个品种ESR和FSH-β基因的多态性及单基因、多基因合并与产活仔数的关系。结果表明:ESR和FSH-β基因在3个品种中均检测到AA、AB和BB 3种基因型,且A基因为优势基因型。ESR和FSH-β基因在3个品种中,产活仔数具有按照基因型AA、AB、BB递增的趋势,BB型个体产活仔数显著高于AA和AB型(P0.05),BB型为优良基因型。合并基因型在3个品种中,BBBB型产活仔数均显著高于其他合并基因型(P0.05),为最优合并基因型,AAAA为最劣合并基因性;合并基因型效应显著(P0.05),且高于单基因效应。因此,可以将这2个基因通过分子标记辅助选择或分子标记辅助选配的方法应用到猪的生产实践中,以提高猪的产仔数。