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1.
旨在采用生物信息学方法筛选鸡IGF2基因中具有潜在生物学功能的非同义单核苷酸多态性(non-synonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)位点,为开展标记辅助选择改良鸡重要经济性状提供理论参考。本研究从dbSNP数据库中检索出鸡IGF2基因的12个nsSNPs位点,利用生物信息学软件SIFT、Polyphen-2、PhD-SNP和SNAP预测其中可能的功能性SNP;使用I-Mutant3.0和Mupro方法对突变位点的氨基酸稳定性进行分析;对鸡IGF2基因编码的氨基酸序列进行多序列比对和进化位点保守性预测,并结合MutPred2预测突变可能造成的功能后果;最后使用Sopma预测IGF2野生型和突变型的蛋白质二级结构,运用I-TASSER构建它们的蛋白质三级结构。结果发现,rs740391349(E29G)、rs735633122(T30P)、rs739078786(L31P)、rs736255842(E35G)及rs736800980(V37G)这5个nsSNPs可能影响鸡IGF2的蛋白功能,且所有位点突变都会使IGF2蛋白稳定性降低。多序列比对及保守性分析显示,rs740391349(E29G)、rs735633122(T30P)和rs736255842(E35G)为高度保守并暴露的功能性残基,MutPred2与二级结构分析结果表明,rs735633122(T30P)和rs736255842(E35G)这两个位点上的突变都导致了α螺旋百分比下降。三级结构分析表明,rs735633122(T30P)和rs736255842(E35G)这2个nsSNPs均会导致IGF2的蛋白空间结构发生变化。综上所述,T30P和E35G位点突变严重影响鸡IGF2蛋白质的结构,可能是影响鸡生长和体组成性状的重要功能性SNPs。  相似文献   

2.
试验旨在筛选鸡TLR3、TLR4和TLR21基因中的功能性nsSNPs。利用SIFT、PolyPhen-2、PANTHER、PMut和PROVEAN五种软件方法分析引起的氨基酸替换nsSNPs是否可能影响基因的功能。进一步对三个基因氨基酸序列进行翻译后修饰位点及进化位点保守性的预测,使用easymodeller和SWISS-MODEL构建了其野生型及突变型蛋白质的空间结构,并计算突变前后的RMSD。结果表明:TLR3的K240T、T767S、D849N,TLR4的F427V、K714R和TLR21的T455A、Y553H、L602P、W926S可能严重影响蛋白质的结构功能。  相似文献   

3.
为了筛选出猪FASN基因中具有生物学功能的非同义单核苷酸多态性(non-synonymous single nucleotide polymorphisms, nsSNPs)位点,试验采用生物信息学方法对FASN基因的nsSNPs位点进行了研究。首先利用Ensembl数据库分析FASN基因nsSNPs位点的相关信息,然后利用SIFT、Polyphen2和Provean三种方法预测nsSNPs位点的有害性,再利用ConSurf server、I-Mutant 3.0、Mupro、BDM-PUB、SUMO plotTM、NetPhos 2.0 Server等在线软件对nsSNPs位点的进化保守位点、蛋白质稳定性、泛素化位点、磷酸化位点进行预测,SOPMA和MutPred2在线软件分析nsSNPs位点对FASN蛋白二级结构和三级结构的影响,最后使用Phyre2和VMD软件预测和构建野生型和突变型FASN蛋白的空间结构。结果表明:FASN基因有2个转录子,共38个nsSNPs位点,其中有7个位点被SIFT、Polyphen2和Provean三种方法均预测为有害突变位点,分...  相似文献   

4.
以羊BMPR-IB基因为研究对象,采用生物信息学方法,对该基因潜在的、具有生物学功能的非同义单核苷酸多态性位点(nsSNPs)进行预测,通过SIFI、PolyPhen-2、PROVEN等软件分析预测nsSNPs是否对BMPR-IB蛋白的结构及功能产生影响;通过I-Mutant 3.0、BDM-PUB、GPS-SUMO、Consurf等软件分析预测有害位点nsSNPs对蛋白质稳定性、泛素化修饰位点、磷酸化修饰位点、氨基酸进化位保守水平等是否有影响。结果表明:BMPR-IB基因存在9个nsSNPs位点,其中Q305R、R469K两个位点为主要的有害突变;9个nsSNPs位点BMPR-IB蛋白稳定性均有所降低,其中C35Y、C45S、R44H的稳定性大大降低。预测结果显示,Q305R、R469K为羊BMPR-IB基因的潜在功能性位点。  相似文献   

5.
为了筛选影响京海黄鸡生长性状的SNP标记,寻找影响生长性状的关键基因,本研究利用定制的SNP芯片,对396只京海黄鸡10个SNPs位点直接进行SNP分型,并与京海黄鸡12个生长性状进行关联分析。结果显示,10个SNPs中,共检测到9个SNPs与京海黄鸡1个或多个生长性状显著相关(P0.05),这其中有6个SNPs与2个以上的生长性状显著相关(P0.05),另外3个SNPs(rs431883888,rs16432721和rs16434767)分别与8周龄体质量(BW8)、0~4周龄平均日增重以及2周龄体质量(BW2)显著相关(P0.05)。此外,rs15618356,rs15618356和rs15620544与很长一段时期内(2~16周龄)的生长性状相关(P0.05)。rs431883888,rs16438236,rs16432721和rs16434767对京海黄鸡早期生长性状(2~8周龄体质量)有显著影响(P0.05),而rs14489341和rs13939265与京海黄鸡后期生长性状(8~16周龄体质量)显著相关(P0.05)。遗传学参数表明需要进一步对京海黄鸡进行选育来增加有利基因型的频率。在显著SNPs位点附近共找到8个可能的候选基因,大部分基因在鸡尚属首次报道,其功能尚需进一步研究。本研究验证了之前鸡生长性状的GWAS结果,为京海黄鸡乃至地方鸡种的分子标记辅助选择奠定了基础。  相似文献   

6.
为探究鸡TLR1A基因正选择nsSNP位点与沙门氏菌易感性的关联,挖掘其潜在的功能性位点,本研究利用多种生物信息学方法对ChTLR1A的21个nsSNP位点及基因的选择压力进行综合分析,筛选ChTLR1A正选择nsSNP功能性位点,深入分析其与鸡沙门氏菌易感性之间的相关性。结果显示,rs739087452(I388L)和rs313678806(C815R)在种上及种内均受到正选择作用,且rs739087452(I388L)位点的变异使其蛋白稳定性降低。rs313678806(C815R)与鸡沙门氏菌的易感性显著相关(P<0.001),C/C基因型为沙门氏菌抵抗型,表明rs313678806(C815R)可能是影响鸡沙门氏菌易感性的重要功能性SNP。本实验结果可为TLR1A基因标记在鸡抗病育种中的利用提供参考依据。  相似文献   

7.
抗原处理相关转运体基因(TAP)位于主要组织相容性复合体区域,而由TAP1 和TAP2 组成的二聚体能够将抗原肽从细胞质转运入内质网腔,因此,其在免疫反应过程中发挥重要的呈递作用。[目的]检测26个鸡种TAP2基因全长的序列信息,分析TAP2基因单核苷酸多态性,并进一步研究TAP2不同SNPs位点对其蛋白结构的影响及其在不同鸡种中的遗传变异特点。[方法]采用目标捕获序列测序方法,检测26个鸡种的260个体的TAP2基因全长,利用DNAMAN软件对26个鸡品种的测序序列进行比对分析,筛选不同鸡种TAP2基因存在的SNP位置以及类型,并通过软件预测分析SNP对蛋白的影响,进一步构建系统进化树,探究不同鸡种同源性。[结果]TAP2基因总共有效测序长度为3 037 bp,在不同鸡种中一共发生了20个位点的突变,具有较为丰富的遗传多样性,其中9个SNP发生在外显子上,其余则存在于内含子,同时分析了对编码氨基酸产生影响的4个SNP(rs316795220、rs738706078、rs739725385、rs732937653)对蛋白结构的影响。[结论]鸡TAP2基因具有较高的多态性,这些丰富多态的基因的存在为进一步利用丰富的资源提供了原始材料。该研究为TAP2基因转运抗体功能关联研究候选SNPs的选择提供了科学依据。  相似文献   

8.
根据GenBank中鸡白细胞介素18(IL-18)和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)基因的序列设计2对特异引物,以白来航鸡脾淋巴细胞总RNA为模板进行RT-PCR扩增,克隆白来航鸡IL-18和GM-CSF工基因并进行序列分析.测序结果表明,白来航鸡IL-18基因开放阅读框为597 bp,编码199个氨基酸;序列分析表明,所获得的白来航鸡IL-18基因与GenBank中鸡IL-18的核苷酸同源性为99.0%~99.8%,氨基酸同源性为97.5%~99.5%.白来航鸡GM-CSF基因开放阅读框为435 bp,编码145个氨基酸;序列分析表明,所获得的白来航鸡GM-CSF基因与GenBank鸡GM-CSF的核苷酸同源性为99.3%~100%,氨基酸同源性为99.3%~100%,生物信息学分析表明,IL-18与GM-CSF基因编码的蛋白具有亲水性,都有很强的抗原性,IL-18共有2个潜在的N-糖基化位点,可能存在4个蛋白激酶C磷酸化位点,存在3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点;GM-CSF共有1个潜在的N-糖基化位点,可能存在1个蛋白激酶C磷酸化位点,存在4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点.  相似文献   

9.
试验旨在研究麻黄鸡皮肤黄度的遗传特性,以及β-胡萝卜素加氧酶2(BCO2)基因多态性与麻黄鸡皮肤黄度的关联性。选取310只80日龄商品代麻黄鸡,利用肤色仪对屠宰后鸡的胫部、腹脂以及5个不同躯干部位的颜色进行黄度值测定,并分析不同部位黄度值之间的相关性。同时筛查BCO2基因SNPs位点,鉴定个体基因型,分析基因多态性与麻黄鸡皮肤黄度的关联性。结果显示:(1)胫色与躯体皮肤黄度无相关,与腹脂黄度也无相关(P0.05);腹脂黄度与躯体整体的皮肤黄度极显著相关,躯体5个不同部位的皮肤黄度相互之间具有极显著相关性(P0.01);(2)BCO2的3个经典SNP(chr24:6264085、chr24:6273428、chr24:6287900)与试验群体的皮肤黄度无相关(P0.05);(3)单倍型GGTTAA个体的前胸黄度b*值显著高于单倍型GACTGG(P0.05),同时高于单倍型AATTGG和单倍型GACTGA个体。结果揭示了麻黄鸡胫色、腹脂颜色和表皮颜色相互之间的关系,发现BCO2基因上的一个单倍型与麻黄鸡皮肤黄度性状相关,为探讨其作为有效遗传标记的可行性提供了参考,为麻黄鸡的分子育种提供了依据。  相似文献   

10.
试验旨在揭示京海黄鸡腹脂重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡腹脂重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为研究对象,测定屠宰时的腹脂重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与腹脂重相关的SNPs位点。结果显示,共检测到5个在全基因组水平上与腹脂重存在潜在显著关联的SNP位点(P<1.1×10-5),并且4个处于染色体水平显著,分别为rs18144674、rs18144680、rs12246236、rs12257795。其中rs18144674、rs18144680、rs19745739位于2号染色体上一个1.6Mb区域内,rs12246236、rs12257795位于14号染色体上1个12kb区域内。筛选这2个区域0.1Mb范围内的基因,共找到11个可能的候选基因,分别为VIMTRDMT1、AXIN1、PDIA2、ARHGDIG、gga-mir-1763、gga-mir-1564、CLCN7、ECL1、DNASE1和SDOS基因。使用GO数据库对该基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析,由结果推断出这些基因可能为影响京海黄鸡腹脂重性状的候选基因。  相似文献   

11.
磷脂酰肌醇-4-磷酸3-激酶催化亚基2型α(phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase,catalytic subunit type 2 alpha,PIK3C2A)基因在生物体中主要参与细胞代谢、细胞增殖以及细胞内蛋白质的转移,并与蛋白质合成以及肌肉质量有关。本研究分析宁海黄鸡和广西黄鸡2个国内优质地方鸡种PIK3C2A基因多态性及其与屠体性状之间的相关性,以期为标记辅助选择提供理论依据。应用鸡高密度(600 K)SNP芯片对PIK3C2A基因中的单核苷酸多态性(SNP)进行分析,在总共被检测出的42个SNPs中,有4个SNPs(rs312835349、rs13757033、rs16466818和rs317679804)位于PIK3C2A基因的外显子区域,且这4个SNPs共显示出3种基因型(AA、AB和BB),并呈现出中度多态性;在PIK3C2A基因内含子区域的38个SNPs中,发现宁海黄鸡的7个SNPs和广西黄鸡的6个SNPs分别与部分屠体性状显著相关(P0.05或P0.01),其中有3个SNPs为2个鸡品种共有(C939A、T6477C和A38680G),推测这3个SNPs可能是鸡标记辅助选种的潜在候选遗传标记。研究结果表明,PIK3C2A基因可能是影响鸡屠体性状的关键基因之一,可作为分子标记辅助选择的候选基因。  相似文献   

12.
鸡皮肤表现出黄色主要是由于表皮层类胡萝卜素沉积的结果,类胡萝卜素被降解,鸡皮肤呈现白色。在鸡皮肤中主要由BCO2基因编码的β-胡萝卜素加氧酶2(beta-carotene oxygenase 2,BCO2)发挥其降解类胡萝卜素的作用。为了探究BCO2基因与鸡皮肤颜色的相关性,本研究选取黄皮肤鸡种-广西黄鸡、胡须鸡及白皮肤鸡种-青脚麻鸡、丝羽乌骨鸡通过分子克隆测序的方法对该基因进行单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)扫描,发现在黄皮肤鸡种中的5’非编码区存在C/G突变,并通过PCR测序在各个鸡种中进行了检测,发现检测的黄皮肤鸡种中均存在该突变,证明BCO2基因的SNP与黄皮肤性状有相关性。  相似文献   

13.
试验旨在揭示京海黄鸡翅重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡翅重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了屠宰时的单侧翅重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与翅重相关的SNPs位点。结果表明:共检测到7个与翅重相关的SNPs位点,其中,rs2011502599、rsz26128672、rs1830645和rs475641139 4个SNP位点达到全基因组显著水平(P5.5E-07),rs476249085、rs475679707和rs473712263 3个SNP位点达到全基因组潜在显著水平(P1.1E-05);筛选每个显著SNP周围1Mb区域内的基因,共找到7个可能的候选基因,分别为PGO2、SMARCA2、ZNF302、QDPR、FBXL5、LDB2、PPARGCIA 7个基因;使用G0数据库对7个候选基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析发现,4个SNPs集中分布在4号染色体上的73.71~76.25Mb的区域内。表明PGO2、SMARCA2、ZNF302、QDPR、FBXL5、LDB2、PPARGC1A 7个基因和4号染色体73.71~76.25Mb区域可能为影响京海黄鸡翅重性状的重要候选基因和区域。  相似文献   

14.
为鉴定与宁海黄鸡和广西黄鸡繁殖性状相关的分子标记及候选基因,本研究利用600K SNP芯片技术对鸡繁殖性状进行了全基因组关联分析(GWAS)。结果显示:4个单核苷酸多态性位点(SNPs)与繁殖性状的相关性达到了Bonferroni校正的5%全基因组显著性水平,其中,rs313221983与死胚蛋数相关,rs314844182与死胚蛋数及受精蛋孵化率相关,rs14758703与受精率相关,rs312721292与入孵蛋孵化率和受精蛋孵化率相关;在每个显著的SNP位点上下游5 kb范围内进行检测,共发现3个可能与死胚蛋数、受精率、入孵蛋孵化率和受精蛋孵化率相关近端基因,即唾液酸转移酶1(ST8SIA1)基因、神经外胚层皮质1(ENC1)基因和LOC101750905。本研究为地方品种鸡标记辅助选择和基因组选择提供了理论依据。  相似文献   

15.
为了探究CYP21A2基因在鸡中的遗传多样性,对25个地方鸡品种的CYP21A2基因外显子1序列进行目标捕获测序,以红色原鸡(Gallusgallus)为标准基因库,并用MEGA6软件对25个鸡种CYP21A2基因外显子1序列进行对比分析,筛选CYP21A2基因外显子1的SNPs位点和Indels位点,以及氨基酸对应的变化,最后运用邻接法构建进化树进行聚类分析。结果显示:在25个品种中有2个SNPs位点和1个Indels位点;在36bp处的SNP1,由G→C,为同义突变;在119bp处的SNP2,由G→A,为错义突变,编码的氨基酸由谷氨酰胺突变为精氨酸;聚类分析显示25个鸡种大致分为3类,其中AA鸡单独为一类,安卡鸡、SPF来航鸡和广西黄鸡等12个鸡种聚为一类,其余12个鸡种聚为一类,表明AA鸡CYP21A2基因外显子1为单独起源。综上分析,我国地方鸡品种中CYP21A2基因外显子1具有丰富的遗传多样性,在抗病性和免疫能力不同的鸡品种间存在差异,提示其与我国地方鸡种的先天免疫功能和抗病有关。  相似文献   

16.
根据GenBank中鸡白细胞介素18(inteleukin 18,IL-18)和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(granulocyte-macrophage colony stimulating factor,GM-CSF)基因序列,克隆白来杭鸡IL-18和GM-CSF基因并进行序列分析。结果显示:白来杭鸡IL-18基因开放阅读框为597 bp,编码199个氨基酸,所获得的白来杭鸡IL-18基因与GenBank鸡IL-18的核苷酸同源性为99.0%~99.8%,氨基酸同源性为97.5%~99.5%。白来杭鸡GM-CSF基因开放阅读框为435 bp,编码145个氨基酸,所获得的白来杭鸡GM-CSF基因与GenBank鸡GM-CSF的核苷酸同源性为99.3%~100%,氨基酸同源性为99.3%-100%。IL-18与GM-CSF基因编码的蛋白具有亲水性,都有很强的抗原性。IL-18共有2个潜在的N-糖基化位点,可能存在4个蛋白激酶C磷酸化位点及3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。GM-CSF共有1个潜在的N-糖基化位点,可能存在1个蛋白激酶C磷酸化位点及4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。本研究结果为进一步研究鸡IL-18、GM-CSF基因表达、生物学活性和应用奠定了基础。  相似文献   

17.
根据GenBank已发表的鸡基质蛋白3(matrin 3)基因序列,设计合成一对特异性引物,以鸡胚成纤维细胞提取的总RNA反转录产物为模板,通过PCR扩增鸡matrin 3基因并进行克隆与生物信息学分析。测序结果表明:鸡matrin 3基因编码区全长为2 709 bp,共编码902个氨基酸,理论pI为5.79,分子质量约为100.71 ku,分子式为C_(4362)H_(6903)N_(1267)O_(1418)S_(29)。序列分析结果显示:鸡matrin 3蛋白有丰富的二级结构,以无规则卷曲和α-螺旋为主;该蛋白中包含两个锌指结构域和两个RNA识别基序,其中人、小鼠和野猪的4个功能结构域氨基酸位点相同,而在鸡matrin 3蛋白中存在多个氨基酸位点变异。核苷酸同源性及遗传进化分析发现:鸡与火鸡的matrin 3基因核苷酸同源性最高(为98.0%),并且与火鸡的亲缘关系最近。研究结果为进一步研究鸡matrin 3蛋白的生物学功能奠定了基础。  相似文献   

18.
四川草科鸡IL-15 cDNA的克隆与序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
根据GenBank上登录的鸡白介素15(IL-15)基因序列,设计合成一对特异性引物,以ConA诱导的鸡脾淋巴细胞提取的总RNA为模板进行RT-PCR扩增,并克隆到pMD18-T载体测序.测序结果表明,四川草科鸡IL-15开放阅读框(ORF)由564个核苷酸组成,编码187个氨基酸,与GenBank中公布的鸡白介素15基因进行比较,核苷酸和氨基酸同源性为98.6%~99.5%.生物信息学分析表明,该基因编码的蛋白具有亲水性,有很强的抗原性,共有3个潜在的N-糖基化位点,可能存在3个蛋白激酶C磷酸化位点,存在2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点.  相似文献   

19.
为探究鸡IFIT5基因多态性,预测其蛋白质的结构并分析功能特征,采用PCR技术对IFIT5的CDS进行扩增,并结合多种生物信息学等方法对蛋白的理化性质及蛋白结构功能进行系统性预测分析。结果显示:通过PCR成功克隆了IFIT5外显子2的CDS区域,测序结果为1 411 bp;经分析得到完整的IFIT5 CDS区为1 440 bp,共编码479个氨基酸,测序比对结果准确。IFIT5蛋白为不稳定的、小分子的、非分泌型的亲水蛋白,且具有磷酸化和糖基化位点;二级结构主要以α-螺旋为主,结构域以TPR结构域为主。研究发现了12个SNP,其中SNP1(g.405 GA)和SNP9(g.1 124 GA)在原鸡为A,在家鸡中已固定为G;只有SNP8(g.110 8 AG)和SNP12(g.1 273 AG)位点具有中度多态性,其他位点是低度。12个SNP位点中存在4个nsSNP位点(D370N、Y375C、N402K和G425R)。其中D370N、Y375C和N402K位点被预测为有害性位点;并且D370N和N402K突变可能改变相关氨基酸的氢键数目和蛋白的高级结构,进而影响蛋白的结构和功能。这些nsSNP位点,特别是D370N和N402K可尝试作为鸡先天免疫的候选分子标记,为遗传资源的保护及抗病性分子育种提供理论依据。  相似文献   

20.
为了研究来航鸡FOXL2基因的结构及功能,根据GenBank上登录的红色原鸡FOXL2基因序列设计引物,对来航鸡FOXL2基因进行了克隆、测序,并对该序列进行生物信息学分析。结果表明:克隆得到的来航鸡FOXL2基因全长为1 130 bp(GenBank登录号为JF708868),包含1个918 bp的完整开放式阅读框,编码305个氨基酸,其CDS编码区的核苷酸序列与红色原鸡、人、牛、野猪、家鼠、欧洲兔、蟾蜍、斑马鱼及罗非鱼的FOXL2基因对应序列的同源性分别为99.8%、80.0%、80.4%、80.3%、80.5%、81.5%、77.7%、71.8%、75.5%,推导的氨基酸序列同源性分别为99.7%、64.7%、64.7%、65.4%、63.5%、63.8%、79.7%、78.3%、79.9%;FOXL2编码蛋白主要存在于细胞核中,存在1个保守结构域,不含信号肽、跨膜结构域和剪切位点,并存在2个蛋白质激酶C磷酸化位点、1个cAMP和cGMP依赖的蛋白激酶磷酸化位点、2个N-糖基化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和4个N-豆蔻酰化位点,预测最佳抗原表位候选区域为45~49位(SQKPP)、147~152位(RPPPTH)和169~173位(SPPKY)。  相似文献   

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