食源性单核细胞增生型李斯特菌arcD基因克隆及序列分析

为了对食源性单核细胞增生型李斯特菌LM5567的arcD基因进行克隆和序列分析,实验利用PCR方法对arcD基因进行扩增,连接至pMD19-T载体,将连接产物转化至DH5接感受态细胞,筛选阳性菌株进行测序比对分析。结果显示:扩增获得的arcD基因序列长为915bp,克隆得到arcD基因的阳性转化子;生物信息学分析表明:arcD蛋白属于跨膜蛋白,无信号肽序列;LM5567的arcD基因核苷酸序列与02-6680株(4b,奶酪,加拿大)相似性99.9%,与10-0811株(1/2b,螃蟹,加拿大)相似性99.7%,与10-0809株(4b,粪便,加拿大)、81-0558株(4b,脑脊髓液,加拿大)、02-1103株、02-1792(4b,奶酪,加拿大)和81-0861株(4b,卷心菜,加拿大)相似性均为100%。LM5567arcD基因编码的氨基酸序列与上述菌株相似性为89.4%～89.9%。本实验成功克隆了arcD基因,为进一步探究arcD基因的功能奠定了基础。     

食源性单增李斯特菌lismff_0038基因克隆及序列分析

单核细胞增多性李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)作为四大重要食源性病原菌之一,对公共安全及畜牧业发展威胁极大。其lismff_0038是新发现的一个潜在毒力因子,与LM的神经感染和母胎感染密切相关。对食源性单核细胞增多性李斯特菌LM5567的lismff_0038基因进行克隆和生物信息学分析,为功能验证提供基础。根据GenBank中收录的lismff_0038基因序列设计特异性引物,利用PCR方法对食源性单核细胞增多性李斯特菌LM5567的lismff_0038基因进行扩增,将扩增产物克隆到pMD19-T载体,进行PCR、双酶切鉴定及序列测定,并对基因核苷酸序列和蛋白序列进行分析。结果显示,食源性单核细胞增多性李斯特菌LM5567的lismff_0038基因序列全长为988 bp。LM5567的lismff_0038核苷酸序列与02-6680株(4b,奶酪,加拿大)、10-0811株(1/2b,螃蟹,加拿大)、10-0809株(4b,粪便,加拿大)、81-0558株(4b,脑脊髓液,加拿大)、02-1103株、02-1792株(4b,奶酪,加拿大)、81-0861株(4b,卷心菜,加拿大)相似性91.1%。其推导的氨基酸序列与上述菌株相似性100%。蛋白质二级结构预测表明,LM5567的lismff_0038蛋白为疏水性蛋白,无信号肽,属于跨膜蛋白。表明,克隆了LM5567的lismff_0038基因,为进一步探究lismff_0038基因的功能奠定了一定基础。     

单增李斯特菌llsB基因克隆及序列分析

试验旨在对新疆绵羊脑炎临床分离株LM90SB2单增李斯特菌llsB基因进行克隆及生物信息学分析,以期进一步完善单增李斯特菌溶血素S的功能研究。根据GenBank中单增李斯特菌F2365基因全长序列(登录号为:AE017262)设计其特异性引物,利用PCR方法对新疆分离株LM90SB2的llsB基因进行扩增,回收目的基因与pMD19-T载体连接,采用PCR、双酶切鉴定筛选阳性菌并进行测序,对所获序列进行同源性比对及遗传变异分析。结果显示,新疆分离株LM90SB2的llsB基因序列全长为876 bp,共编码291个氨基酸;LM90SB2分离株llsB基因核苷酸序列与10-0809、81-0592、81-0558、02-1792、NTSN、02-1289不同分离株同源性均为100%,与CIIMS-PH-1、NRRLB-57603株的同源性均为99.9%,与J1816、R2-502株的同源性为44.7%～45.0%。分子进化树显示,LM90SB2菌株llsB基因与血清型为4b的菌株亲缘关系较近,聚类为同一分支。蛋白质二级结构预测表明,LM90SB2 llsB蛋白为亲水性蛋白,无信号肽,不形成跨膜结构。本试验成功克隆了LM90SB2株llsB基因,为深入探讨该基因功能提供全面的理论依据。     

单增李斯特菌llsB基因克隆及序列分析

试验旨在对新疆绵羊脑炎临床分离株LM90SB2单增李斯特菌llsB基因进行克隆及生物信息学分析，以期进一步完善单增李斯特菌溶血素S的功能研究。根据GenBank中单增李斯特菌F2365基因全长序列（登录号为：AE017262）设计其特异性引物，利用PCR方法对新疆分离株LM90SB2的llsB基因进行扩增，回收目的基因与pMD19-T载体连接，采用PCR、双酶切鉴定筛选阳性菌并进行测序，对所获序列进行同源性比对及遗传变异分析。结果显示，新疆分离株LM90SB2的llsB基因序列全长为876 bp，共编码291个氨基酸；LM90SB2分离株llsB基因核苷酸序列与10-0809、81-0592、81-0558、02-1792、NTSN、02-1289不同分离株同源性均为100%，与CⅡMS-PH-1、NRRLB-57603株的同源性均为99.9%，与J1816、R2-502株的同源性为44.7%~45.0%。分子进化树显示，LM90SB2菌株llsB基因与血清型为4b的菌株亲缘关系较近，聚类为同一分支。蛋白质二级结构预测表明，LM90SB2 llsB蛋白为亲水性蛋白，无信号肽，不形成跨膜结构。本试验成功克隆了LM90SB2株llsB基因，为深入探讨该基因功能提供全面的理论依据。     

单增李斯特菌新疆分离株lmo2192基因克隆及生物信息学分析

试验旨在对单增李斯特菌新疆绵羊脑炎临床分离株LM90SB2的lmo2192基因进行克隆及生物信息学分析。根据GenBank中lmo2192基因序列(登录号:CAD00270)设计特异性引物,利用PCR方法对lmo2192基因进行扩增,回收目的基因,连接到pMD19-T载体上进行克隆,筛选阳性菌进行测序,测序后对lmo2192基因核苷酸序列进行分析,预测其编码蛋白质的二级结构、三级结构,对其进行同源性比对及遗传变异分析。结果显示,新疆分离株LM90SB2的lmo2192基因序列全长为1 277bp,包含969bp开放阅读框,共编码322个氨基酸;LM90SB2株lmo2192基因核苷酸序列与CIIMS-PH-1同源性为100.0%,与81-0861、10-0809、81-0592、81-0558、NTSN、F2365和WSLC1033的同源性为99.8%～99.9%,与L2074和NH1同源性分别为97.0%和96.9%。推导的氨基酸序列同源性为91.6%～100.0%。系统进化树显示,LM90SB2菌株lmo2192基因与4b血清型菌株亲缘关系较近,聚为同一分支。蛋白质二级结构预测表明,LM90SB2lmo2192蛋白为亲水性蛋白,无信号肽,不形成跨膜结构。蛋白结构域预测,lmo2192蛋白为ATP酶组分。本试验成功克隆LM90SB2分离株lmo2192基因,为进一步研究其基因功能提供理论依据。     

单增李斯特菌新疆分离株lmo2192基因克隆及生物信息学分析

试验旨在对单增李斯特菌新疆绵羊脑炎临床分离株LM90SB2的lmo2192基因进行克隆及生物信息学分析。根据GenBank中lmo2192基因序列（登录号：CAD00270）设计特异性引物,利用PCR方法对lmo2192基因进行扩增,回收目的基因,连接到pMD19-T载体上进行克隆,筛选阳性菌进行测序,测序后对lmo2192基因核苷酸序列进行分析,预测其编码蛋白质的二级结构、三级结构,对其进行同源性比对及遗传变异分析。结果显示,新疆分离株LM90SB2的lmo2192基因序列全长为1 277 bp,包含969 bp开放阅读框,共编码322个氨基酸;LM90SB2株lmo2192基因核苷酸序列与CⅡMS-PH-1同源性为100.0%,与81-0861、10-0809、81-0592、81-0558、NTSN、F2365和WSLC1033的同源性为99.8%~99.9%,与L2074和NH1同源性分别为97.0%和96.9%。推导的氨基酸序列同源性为91.6%~100.0%。系统进化树显示,LM90SB2菌株lmo2192基因与4b血清型菌株亲缘关系较近,聚为同一分支。蛋白质二级结构预测表明,LM90SB2 lmo2192蛋白为亲水性蛋白,无信号肽,不形成跨膜结构。蛋白结构域预测,lmo2192蛋白为ATP酶组分。本试验成功克隆LM90SB2分离株lmo2192基因,为进一步研究其基因功能提供理论依据。     

副猪嗜血杆菌sapA基因克隆与生物信息学分析

试验旨在克隆副猪嗜血杆菌（Haemophilus parasuis,Hps）sapA基因,并对其进行生物信息学分析,以期为sapA基因缺失疫苗的开发与应用提供理论依据。以71株临床菌株为研究对象,经PCR扩增鉴定其中的阳性菌株;将扩增得到的sapA基因片段与pGEM-T载体连接,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,经PCR和双酶切鉴定为阳性克隆后进行测序;用生物信息学软件进行核苷酸与氨基酸序列比对、系统进化树分析、蛋白二级和三级结构预测、疏水性预测、柔性区域位预测、B细胞抗原表位预测和Jameson-Wolf抗原指数预测。试验结果显示,在71株临床菌株中,有29株成功扩增出sapA基因,29株Hps的sapA基因核苷酸序列与已公布的SH0165菌株相似性为96.5%~98.8%,除H88菌株外,氨基酸序列与SH0165菌株相似性为98.9%~100%。sapA蛋白二级结构主要有α-螺旋、β-转角和无规则卷曲,有13个亲水区、38个柔性区和23个B细胞潜在抗原表位。以上结果表明,Hps的sapA基因是一个保守基因,各菌株间核苷酸序列、氨基酸序列都有很高的相似性,sapA蛋白具有较强的抗原性。     

食源性单核细胞增生李斯特菌毒力岛4携带株的分型、毒力及生物被膜形成能力的测定

为了解食源性单核细胞增生李斯特菌(LM)毒力岛4(LIPI-4)携带株的血清分型、多位点序列分型、小鼠的半数致死量(LD_(50))和生物被膜的形成能力,本研究以新疆各师局2014年～2017年常规送检的1 027份食品中分离的5株携带LIPI-4的LM(菌株编号LM461、LM873、LM928、LM2947、LM5573)为研究对象,采用PCR对分离菌株进行血清分型,对其7个看家基因的序列进行多位点序列分型(MLST),并通过腹腔注射法测定小鼠LD_(50),利用结晶紫染色法测定其生物被膜的形成能力。结果显示,5株食源性LMLIPI-4携带菌株血清型PCR分组均为1/2b、3b和7;多位点序列分析结果均为ST87(CC87);LM928、LM2947、LM5573、LM461和LM873菌株对小鼠的LD_(50)分别为10~(7.2) cfu、10~(7.2)cfu、10~(7.3)cfu、10~(7.5)cfu、10~(8.6)cfu;5株LM分离株均能形成生物被膜,其中LM928和LM2947形成能力最强,LM873最弱。本研究首次明确LIPI-4不仅仅存在于LM CC4克隆群,同时也存在于ST87型,CC87克隆群,该结论对LM LIPI-4的致病性及其致病机理的进一步探究具有重要意义。     

绵羊肺炎支原体安徽株p113基因PCR检测与序列分析

旨在应用基于p113基因特异性的PCR方法对绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae,Mo)安徽流行株进行分子生物学鉴定。利用已报道的Mo p113基因引物,采用PCR方法对前期分离的Mo安徽流行株AH-01、AH-02、AH-03和AH-04进行p113基因扩增,并对菌株的p113基因扩增产物进行序列测定及分析。结果表明,利用建立的PCR方法,4株Mo临床分离株均可扩增到大小约为287 bp的特异性目的片段;安徽流行株AH01、AH02、AH03和AH04的p113基因序列两两之间的相似性均在95%以上,与Mo ATCC 29419和Mo贵州流行株GZ-QX1的p113基因序列相似性在88.6%～89.3%。提示基于p113基因的PCR方法可以用于绵羊肺炎支原体的分子生物学鉴定,为开展由Mo引起的绵羊和山羊肺炎的流行病学调查和科学防控提供了新方法。     

猪圆环病毒2型贵州株全基因组的克隆与序列分析

应用PCR方法对采自贵州长顺、清镇和仁怀地区疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征的病料进行了猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组扩增、克隆和测序分析。结果表明:所扩增克隆的3株PCV2中,GZ-QZ1(JQ809463)和GZ-RH1(JQ809464)2个PCV2毒株基因组全长为1 767 bp,GZ-CS1(JQ809462)株为1 768 bp;3株PCV2之间的核苷酸序列相似性介于94.5%⁹9.9%,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为93.6%99.9%,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为93.6%⁹9.9%;全基因组序列比对分析表明,GZ-QZ1和GZ-RH1两个毒株属于PCV2b,GZ-CS1株属于PCV2a。对3株病毒编码Cap蛋白的ORF2基因分析发现,GZ-QZ1和GZ-RH1毒株与GZ-CS1毒株相比在696位缺失了一个碱基A,导致移码突变,使得末端氨基酸序列变由L K P变为L N P R。     

传染性支气管炎病毒青岛腺胃分离株(SD/97/02)基质蛋白、5a、5b 蛋白基因的克隆和序列分析

参考 Gen Bank上的传染性支气管炎病毒 (IBV)序列 ,自行设计合成了 3条引物 ,对 IBV青岛腺胃分离株 (SD/97/ 0 2 ) RNA进行 RT- PCR扩增 ,扩增含基质蛋白 (M)及 5 a、5 b蛋白基因的约 1.6 5 kb的片段 ,对 PCR产物进行克隆后测序。序列分析显示 ,M蛋白基因与其他 IBV相应的基因同源性在 90 .33%～ 92 .75 %之间 ,氨基酸序列比较 ,同源性在 89.82 %～ 94.2 5 %之间 ;5 a基因与其他 IBV的基因同源性在 84.34 %～ 87.37%之间 ,氨基酸同源性在 81%～82 %;5 b基因与其他 IBV的基因同源性在 91%～ 92 %之间 ,氨基酸同源性在 93%左右。     

单增李斯特菌lmo0331基因的克隆、序列分析及原核表达

试验旨在对单增李斯特菌临床分离株（LM90SB2）的LPXTG基序表面蛋白lmo0331基因进行克隆、序列分析和原核表达。根据GenBank中lmo0331基因序列设计特异性引物,利用PCR方法扩增LM90SB2 lmo0331基因,将扩增产物克隆到pMD19-T载体,测序后进行核苷酸序列和蛋白结构域分析;构建表达质粒pET32a-0331,转化大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞,经IPTG诱导后,利用SDS-PAGE和Western blotting检测重组蛋白。结果显示,LM90SB2 lmo0331基因核苷酸序列与NTSN株、F2365株、LL195株及WSLC 1033株的同源性均为100.0%,与N2306株、02-1792株、H34株的同源性均为99.9%。LM90SB2 lmo0331基因全长1 956 bp,ORF全长为1 857 bp,共编码618个氨基酸;蛋白结构域预测结果显示,lmo0331蛋白具有NEL、LRR、IR、PulA、LPXTG结构域。SDS-PAGE结果可见约88 ku重组蛋白带,Western blotting表明该蛋白可与小鼠抗His标签单克隆抗体发生特异性结合。本研究成功构建了原核表达载体pET32a-0331,实现了lmo0331融合蛋白的表达,为进一步研究lmo0331基因的功能及单克隆抗体的制备奠定了基础。     

番鸭源新城疫病毒F蛋白基因的克隆及序列分析

利用RT-PCR技术对番鸭源新城疫病毒FP1/02株的F蛋白基因进行分段扩增、定向克隆到pMD 18-T Simple Vector质粒载体，然后制定其核苷酸序列，拼接出F基因全序列．并推导出其相应的氨基酸序列。FP1／02株的F蛋白基因全长1690bp．编码553个氨基酸，其裂解位点的氨基酸序列为^112R-R-Q-K-R-F^112．具有强毒蛛特有的氨基酸序列结构特征。核苷酸序列分析结果表明，FP1／02株与其他不同源新城疫病毒毒株之间的核苷酸序列同源性为87.2%～93.3%.     

猪链球菌血清2型JX02株溶血素基因的克隆及序列分析

采用特异性引物对猪链球菌2型(Streptococus suis type 2)JX02菌株进行PCR扩增，将扩增到的溶血素基因克隆到pMDl8-T质粒栽体中，经鉴定后测序。结果显示，扩增的JX02株溶血素基因长度为1494bp，与P1／7株和US-1933株等进行序列比较，核苷酸同源性为100％和99．7％，氨基酸序列同源性为100％和99．8％。     

广西陆川猪肺炎支原体P46基因克隆及序列分析

In order to understand the sequence characteristics, basic structure and genetic variation of P46 gene which was the main immunogenic surface membrane protein gene of local prevalent Mycoplasma hyopneumoniae (Mhp) strains in Guangxi Luchuan pig.The Mhp P46 gene in positive diseased swine samples which were collected from the purebred Luchuan pig farms in Guangxi from 2011 to 2013 was amplified using PCR,and then cloned into pMD18-T vector and transformed into E.coli DH5α.We chose the positive clones and sequenced.We amplified P46 genes of four positive strains (GXLC1,GXLC2,GXLC3 and GXLC4).Use the DNAStar software to analyse the cloned sequence.The results showed that P46 gene sequence was 1104 bp coding 368 amino acids.The sequence included three Trps coded by TGA codons which weren’t termination codons and one Arg coded by CGG codons which weren’t nonsense code.The homologies of nucleotide sequences of 4 strains were 98.4% to 99.4%,and the homologies of deduced amino acid sequences were 98.6% to 99.5% with these sequences of standard J strain,232 strain,7448 strain and 168 strain.The P46 genes of these strains had highly conservation because of the high-level homologies.     

单增李斯特菌srtA基因缺失株的构建及srtA基因对其毒力的影响研究

为了研究srtA 基因对单增李斯特菌LM90SB2毒力的影响,本研究利用同源重组技术构建了LM90SB2 srtA 基因缺失株LM90SB2-ΔsrtA,比较分析了亲本株LM90SB2与缺失株LM90SB2-ΔsrtA对MBMEC、HBMEC、RAW264.7、SIEC 4种细胞系的粘附、侵袭、胞内增值能力及LM90SB2和LM90SB2-ΔsrtA 感染小鼠后,小鼠的LD50及肝脏、脾脏、脑载菌量变化差异。结果显示,本研究成功构建了srtA 基因缺失株;与亲本株LM90SB2比较,缺失株LM90SB2-ΔsrtA 对RAW264.7和SIEC的粘附率、侵袭率及胞内细菌数量均下降,且差异具有显著统计学意义(p <0.05);小鼠 LD50降低了21.38倍,肝脏、脾脏载菌量降低,差异具有显著统计学意义(p <0.05)。本研究结果表明,srtA 基因对单增李斯特菌LM90SB2的毒力具有关键作用,参与粘附、侵袭BMEC,该研究结果为进一步阐明单增李斯特菌毒力因子的致病机制提供理论依据。     

小反刍兽疫病毒四川简阳株N基因的系统进化分析

为了调查小反刍兽疫病毒四川简阳株(SCJY株)的分子遗传特征,我们对四川简阳发病羊鼻拭子中的小反刍兽疫病毒N基因进行了遗传进化分析。通过RT-PCR、克隆测序获得SCJY株N基因序列,使用DNASTAR软件将其与GenBank中的15条参考株序列进行同源性比对,使用MEGA6软件进行系统进化分析。结果显示:SCJY株N基因序列全长1578nt,与参考株的核苷酸同源性为88.9%～100%,氨基酸同源性为92.8%～100%,与2013～2014年小反刍兽疫中国流行毒株高度同源;系统进化分析将16个毒株N基因划分为4个谱系,SCJY株属于Ⅳ系。