猪骨骼肌纤维类型和能量代谢相关基因的表达特性研究

【目的】研究马身猪、晋汾白猪和杜长大猪骨骼肌肌纤维类型和能量代谢相关基因的表达特性。【方法】选取6月龄马身猪、晋汾白猪和杜长大猪,屠宰后采集背最长肌和趾长伸肌,采用HE染色检测肌纤维的直径、密度和横截面积,通过实时荧光定量PCR分别检测Ⅰ型、Ⅱa型、Ⅱb型和Ⅱx型肌纤维的标记基因(MYH7、MYH2、MYH4和MYH1),线粒体活性相关基因(ATP5A1、PGC1-α和PPARβ),电子传递链活性相关基因(UQCRC2、SDHA、NDUFA9),以及糖酵解活性相关基因(LDHA、LDHB和GK)的表达量。【结果】马身猪背最长肌肌纤维直径和横截面积均显著低于晋汾白猪和杜长大猪,而密度显著高于晋汾白猪和杜长大猪(P<0.05);马身猪和晋汾白猪趾长伸肌肌纤维直径和横截面积均显著低于杜长大猪,而密度显著高于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌MYH7基因的表达量最高,晋汾白猪最低;马身猪和晋汾白猪趾长伸肌MYH7基因的表达量显著高于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌和趾长伸肌MYH2基因的表达量显著高于晋汾白猪和杜长大猪,晋汾白猪趾长伸肌MYH2基因的表达量显著高于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌MYH4基因的表达量显著低于晋汾白猪和杜长大猪,马身猪和晋汾白猪趾长伸肌MYH4基因的表达量显著低于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌中ATP5A1和PGC1-α基因的表达量均显著低于晋汾白猪和杜长大猪,晋汾白猪PGC1-α和PPARβ基因的表达量均显著低于杜长大猪(P<0.05);马身猪和晋汾白猪趾长伸肌中ATP5A1、PGC1-α和PPARβ基因的表达量均显著低于杜长大猪(P<0.05)。晋汾白猪背最长肌中UQCRC2、SDHA和NDUFA9基因的表达量均显著低于杜长大猪和马身猪(P<0.05);晋汾白猪和马身猪趾长伸肌中UQCRC2、SDHA和NDUFA9基因的表达量均显著低于杜长大猪,马身猪UQCRC2和SDHA基因的表达量均显著低于晋汾白猪(P<0.05)。晋汾白猪和马身猪背最长肌和趾长伸肌中LDHA、LDHB和GK基因的表达量均显著低于杜长大猪(P<0.05)。【结论】马身猪骨骼肌肌纤维直径和横截面积都较小,Ⅰ型和Ⅱa型肌纤维标记基因的表达量较高;杜长大猪骨骼肌Ⅱb型肌纤维标记基因的表达量较高,氧化磷酸化和糖酵解相关基因的表达量均较高。     

猪肌内脂肪沉积相关基因的筛选及其表达特性分析

【目的】 通过分析马身猪和大白猪背最长肌转录组测序数据,筛选肌内脂肪沉积相关基因,并对其表达特性进行分析。【方法】 采集180日龄马身猪和大白猪背最长肌,采用RNA-Seq技术对其进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析;采用GeneCards在线查询基因功能,进一步筛选与肌内脂肪沉积相关的差异基因;采用实时荧光定量PCR技术检测差异基因在2个品种猪不同组织以及肌内脂肪细胞成脂分化过程中的表达变化。【结果】 获得2个品种猪背最长肌差异表达基因共280个,其中128个表达显著上调,152个表达显著下调。GO功能富集分析注释到46个条目,其中生物过程24条,分子功能8条,细胞组分14条。KEGG通路分析显著富集到PPAR信号通路、MAPK信号通路和脂肪细胞因子信号等脂肪沉积相关通路。GeneCards功能查询获得TRAF2、DUSP1、ACOT4、NR4A1、SLC27A6、PLIN5共6个与脂肪沉积相关的基因。实时荧光定量PCR分析表明,马身猪和大白猪背最长肌中NR4A1、DUSP1、PLIN5基因表达量差异显著或极显著(P<0.05;P<0.01),TRAF2、ACOT4和SLC27A6基因表达量差异不显著(P>0.05),但表达变化趋势与测序结果一致;马身猪腹部皮下脂肪组织中NR4A1和PLIN5基因表达量极显著高于背部皮下脂肪组织(P<0.01),而大白猪背部皮下脂肪组织中NR4A1和DUSP1基因表达量极显著高于腹部皮下脂肪组织(P<0.01),PLIN5基因表达量显著高于腹部皮下脂肪组织(P<0.05)。在背部皮下脂肪组织中,NR4A1、DUSP1和PLIN5基因在大白猪中的表达量极显著高于马身猪(P<0.01);在腹部皮下脂肪组织中,NR4A1和DUSP1基因在大白猪中的表达量显著高于马身猪(P<0.05),PLIN5基因表达量在2个品种间无显著差异(P>0.05)。体外培养的猪肌内脂肪细胞分析表明,随着成脂天数的增加,NR4A1基因表达量呈下降趋势,DUSP1和PLIN5基因表达量均呈上升趋势。【结论】 本研究获得了NR4A1、DUSP1、PLIN5 3个与猪肌内脂肪沉积相关的候选基因,可为后续进一步探讨猪肌内脂肪沉积调控机制提供一定的参考。     

基于RNA-Seq技术对高黎贡山猪与杜洛克猪背最长肌差异表达基因的筛选

为了筛选出高黎贡山猪与杜洛克猪背最长肌的差异表达基因,为高黎贡山猪的分子选育提供科学依据,试验选用胎次相近、70日龄的高黎贡山猪和杜洛克猪各10头(5♂,5♀),在相同的饲养管理条件下饲养至260日龄,屠宰12头,其中高黎贡山猪6头(3♂,3♀)、杜洛克猪6头(3♂,3♀),利用RNA-Seq技术对两个品种猪背最长肌肌肉组织进行测序,先使用edgeR软件对高黎贡山猪与杜洛克猪背最长肌转录组数据进行差异分析,再将差异表达基因进行GO富集分析和KEGG富集分析。结果表明:高黎贡山猪与杜洛克猪差异表达的基因、显著富集的通路大部分与脂肪的沉积、代谢和脂肪细胞分化相关。说明高黎贡山猪与杜洛克猪背最长肌的肌内脂肪含量受基因转录水平的调控。     

Pax7基因在猪不同组织中的表达特征及其在背最长肌中的发育性表达规律研究

本试验旨在探究Pax7(paired box 7)基因在猪不同组织中的表达特征及其在背最长肌中的发育性表达规律.采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术和Western blotting技术检测了Pax7基因在1日龄马身猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胃、小肠、下丘脑、小脑、背最长肌、腰大肌、股二头肌12种组织中的mRNA和蛋白质表达谱,以及马身猪和大白猪从出生1日龄到180日龄7个发育阶段(1、30、60、90、120、150、180日龄)背最长肌中的发育性表达规律.结果表明,Pax7基因mRNA在背最长肌、腰大肌、股二头肌、下丘脑和小脑组织中表达,而Pax7蛋白仅在背最长肌、腰大肌和股二头肌中表达.背最长肌中Pax7基因mRNA和蛋白质的发育性表达趋势在马身猪和大白猪中基本一致.在mRNA水平上,30日龄的表达量最高,极显著高于其他日龄(P <0.01);1日龄的表达量次之;其他日龄维持低表达的稳定状态.Pax7蛋白表达量在1日龄时最高,极显著高于其他日龄(P <0.01);30日龄次之;其他日龄维持低表达的稳定状态.从出生1日龄到180日龄,马身猪背最长肌中Pax7蛋白的表达量均显著或极显著地高于大白猪(P <0.05;P <0.01).Pax7 基因的表达与组织、日龄及品种的遗传背景有关.     

基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因

试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析,旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头,利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序,对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示,180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达,其中474个基因表达上调,1 181个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能,1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能;180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达,其中70个基因表达上调,313个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,70个表达上调基因未能显著富集,313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息,筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因：FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。     

基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因

试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析,旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头,利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序,对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示,180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达,其中474个基因表达上调,1 181个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能,1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能;180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达,其中70个基因表达上调,313个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,70个表达上调基因未能显著富集,313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息,筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因:FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。     

Fsp27基因在马身猪和大白猪三种组织中的表达差异研究

为探讨不同品种猪Fsp27的表达规律,本文选用山西省地方品种马身猪与大白猪为研究对象,通过实时荧光定量PCR对Fsp27基因mRNA在肝脏、背部脂肪和肌肉3种组织中不同发育阶段的时空性表达差异进行研究,结果显示:在肝脏组织中,大白猪Fsp27在各月龄mRNA的表达量均高于马身猪,而在脂肪组织中,除4月龄外,马身猪在其余月龄的表达量均高于大白猪.在背最长肌中,马身猪在4月龄的表达量非常高,极显著高于其它月龄(P＜0.01).除3月龄外,其余月龄Fsp27在大白猪肌肉中微量表达.本研究结果表明Fsp27在马身猪和大白猪不同组织中的表达存在差异,为进一步研究Fsp27在脂肪代谢中的调控机制奠定基础.     

新吉林黑猪不同部位肌纤维特性研究

为研究新吉林黑猪骨骼肌的肌纤维特性，采集4头120 kg育肥猪的背最长肌、腰大肌、臂三头肌及股二头肌组织，采用HE染色法对不同部位的肌纤维直径、横截面积及密度进行形态学观察，利用免疫组化法检测各肌肉部位快、慢肌纤维表达百分比，qPCR分析不同肌肉部位MyHCI/MYH7、IIa/MYH2、IIx/MYH1和IIb/MYH4基因mRNA水平的差异，试剂盒检测不同肌肉部位酵解酶乳酸脱氢酶（LDH）及氧化酶中的琥珀酸脱氢酶（SDH）、苹果酸脱氢酶（MDH）活力。结果显示：腰大肌肌纤维直径最小，密度最大，其次为臂三头肌、背最长肌，股二头肌直径最大，密度最小；臂三头肌、腰大肌、股二头肌、背最长肌的快肌比例分别为68.78%、69.37%、79.09%、85.93%左右；腰大肌与臂三头肌中MYH7、MYH2水平极显著高于背最长肌与股二头肌；腰大肌中MYH4 mRNA水平极显著低于其他3个部位肌肉，背最长肌中MYH4mRNA水平极显著高于股二头肌和与臂三头肌；各部位酵解酶LDH酶活力无显著差异，但以腰大肌、臂三头肌表达量更少；臂三头肌的SDH活力最高，依次为股二头和腰大肌，背最长肌酶活力最低；臂三头...     

CREB-H基因在猪不同组织中表达谱及肝脏中的表达规律

本研究旨在分析环腺苷酸应答元件结合蛋白H(cyclic AMP-responsive element-binding protein 3-like 3,CREB-H)在猪不同组织中的表达谱及其在马身猪和大白猪肝脏中的发育性表达规律。采用实时荧光定量PCR和Western blotting技术检测1日龄猪12个组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胃、小肠、小脑、下丘脑、背最长肌、股肌和腰肌)中CREB-H基因的表达谱,以及CREB-H在1、30、60、90、120、150和180日龄马身猪和大白猪肝脏中的表达规律。结果显示,CREB-H基因mRNA在马身猪的12个组织中广泛表达,其中在肝脏和小肠中高表达;CREB-H蛋白在肝脏组织中的表达量显著高于其他组织(P0.05),在心脏、脾脏和小脑中不表达。猪肝脏CREB-H基因mRNA和蛋白的发育表达受日龄、品种、品种与日龄相互作用的影响(P0.01)。马身猪和大白猪肝脏中CREB-H基因mRNA和蛋白的表达量均在1日龄时达到最大值。在各发育阶段,马身猪CREB-H蛋白的表达量均极显著高于大白猪(P0.01),且CREB-H主要在猪肝脏中表达。CREB-H在两猪种肝脏中的表达存在时空差异,可能与猪在不同发育期的脂质代谢能力有关,本试验结果为研究猪的脂质代谢调控机制提供一定的理论依据。     

雷琼牛与陆丰牛背最长肌lncRNA表达特点及其相关ceRNA网络分析

旨在筛选雷琼牛与陆丰牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs以及mRNAs,通过构建lncRNA-miRNA-mRNA的竞争调控网络、搜寻lncRNA顺式靶向调控基因并进行功能预测，挖掘可供提升华南地区地方品种黄牛肉用价值的关键候选基因。本研究随机选取4月龄雌性雷琼牛与陆丰牛各4头，取背最长肌组织用于RNA测序，测序结果使用RT-qPCR验证。筛选两品种黄牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs和mRNAs,用于构建差异表达转录本的竞争调控网络以及搜寻lncRNA顺式靶向调控基因。候选基因使用GO和KEGG富集分析进行功能预测。结果表明，以雷琼牛为对照组，两个品种中存在119个差异表达的lncRNAs,其中73个上调表达，46个下调表达；差异表达的miRNAs共有13个，其中7个上调表达，6个下调表达；差异表达的mRNAs共有599个，其中155个上调表达，444个下调表达。竞争性调控网络中mRNAs的GO富集结果显示，与肌生成相关的条目主要为磷酸化以及膜结构等，KEGG富集结果中与肌生成相关的通路主要为Rap1、MAPK、PI3K-Akt等信号通路。顺式靶向调控基因的GO...     

大白猪和莱芜猪肌内脂肪组织circRNAs的鉴定与分析

旨在探索circRNAs在脂肪组织可能发挥的潜在作用,为了解circRNA调控脂肪沉积和脂代谢作用的机制奠定基础。本研究采用RNA-Seq和生物信息学方法鉴定大白和莱芜猪肌内脂肪组织中circRNAs的表达情况,运用miRanda和Targetscan对差异表达circRNA进行靶基因预测,对靶基因进行GO和KEGG富集分析。结果发现,181个差异表达circRNAs得到鉴定,其中,102个在莱芜猪肌内脂肪组织中上调表达,79个下调表达。并对具有较多miRNA结合位点的ssc_circ_0002807、ssc_circ_0009352靶基因进行了GO和KEGG富集分析,发现靶基因富集于胆固醇平衡和磷脂平衡等与脂代谢相关的生物学过程。通过qRT-PCR,验证了ssc_circ_0002807、ssc_circ_0005382、ssc_circ_0009172和ssc_circ_0004824,与测序结果一致。由此推断,ssc_circ_0002807与ssc_circ_0009352可能参与调控脂肪沉积和脂质代谢。     

猪TNNC1基因和TNNC2基因在肌肉组织中的发育性表达研究

为了探明肌钙蛋白不同亚型在肌纤维增殖与类型转变上的作用和分子机理,本研究采用荧光定量PCR技术检测了TNNC1基因和TNNC2基因在25日龄、70日龄和150日龄三个生长阶段的大白猪和山西黑猪的背最长肌、腰肌和股肌中的表达变化。结果表明:这两种基因在大白猪和山西黑猪的三种肌肉组织中均有表达,但存在统计学意义上的极显著差异。TNNC1基因在大白猪的背最长肌和腰肌中的表达存在相似的变化趋势。在大白猪上,TNNC1基因在25日龄时的背最长肌和腰肌中表达量最高,在150日龄时的表达量降到最低水平;在山西黑猪上,TNNC1基因在25日龄时的股肌组织中表达量较低,而在70日龄时的腰肌、70日龄时的股肌组织、150日龄时的股肌组织中表达量最高。在大白猪上,TNNC2基因在25日龄时的背最长肌和150日龄时的股肌中表达量较高;在山西黑猪上,TNNC2基因在70日龄时的腰肌和股肌中表达量较高。说明TNNC1基因与TNNC2基因在肌纤维发育与分化过程中具有重要的调节作用,可作为检测肌纤维类型的分子标记,为探索猪的肌肉发育和改善肉品质的研究提供理论参考。     

CREB-H基因在猪不同组织中表达谱及肝脏中的表达规律

本研究旨在分析环腺苷酸应答元件结合蛋白H（cyclic AMP-responsive element-binding protein 3-like 3，CREB-H）在猪不同组织中的表达谱及其在马身猪和大白猪肝脏中的发育性表达规律。采用实时荧光定量PCR和Western blotting技术检测1日龄猪12个组织（心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胃、小肠、小脑、下丘脑、背最长肌、股肌和腰肌）中CREB-H基因的表达谱，以及CREB-H在1、30、60、90、120、150和180日龄马身猪和大白猪肝脏中的表达规律。结果显示，CREB-H基因mRNA在马身猪的12个组织中广泛表达，其中在肝脏和小肠中高表达；CREB-H蛋白在肝脏组织中的表达量显著高于其他组织（P<0.05），在心脏、脾脏和小脑中不表达。猪肝脏CREB-H基因mRNA和蛋白的发育表达受日龄、品种、品种与日龄相互作用的影响（P<0.01）。马身猪和大白猪肝脏中CREB-H基因mRNA和蛋白的表达量均在1日龄时达到最大值。在各发育阶段，马身猪CREB-H蛋白的表达量均极显著高于大白猪（P<0.01），且CREB-H主要在猪肝脏中表达。CREB-H在两猪种肝脏中的表达存在时空差异，可能与猪在不同发育期的脂质代谢能力有关，本试验结果为研究猪的脂质代谢调控机制提供一定的理论依据。     

纯种与杂种猪肌肉生长相关分子表达的差异分析

本研究旨在了解纯种与杂种猪肌肉生长发育过程中存在的分子调控差异,并分析其对猪胴体和肉质的影响。选用体重50kg左右的纯种杜洛克猪、长白猪和大白猪以及杜长大三元杂交猪为研究对象,每个重复6头猪,从表型和分子水平上对其背最长肌进行分析。结果表明,与纯种猪相比较,杂种猪背最长肌的肌纤维面积、白肌纤维比率、乳酸脱氢酶A基因表达量和线粒体DNA拷贝数显著提高(P0.01);虽然与纯种猪相比较,有些基因的表达量在杂种猪背最长肌中的提高或降低不显著(P0.05),但总体上来说,促进肌纤维生长发育的相关基因IGF1、PDK1和GLUT4的表达量显著提高(P0.05),抑制肌纤维生长发育的相关基因MSTN和FOXO1的表达量显著降低(P0.05);促进白肌纤维转化的相关基因PGC1A的表达量显著提高(P0.05),抑制白肌纤维转化的相关基因MEF2A、MYOZ1、MRF4和NFATC1的表达量显著降低(P0.05);促进肌纤维增殖的miR-1和miR-133表达量显著提高了(P0.01),抑制白肌纤维生长的miR-499表达量显著降低(P0.01)。结果提示,杂交改善猪的胴体性状是通过改变其分子调控水平来实现的,但对肉品质有不利影响。     

民猪和大白猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释

为了筛选民猪和大白猪背最长肌中的差异表达基因,本研究采用高通量测序技术,构建了民猪(脂肪型)和大白猪(瘦肉型)背最长肌组织的数字基因表达谱,对差异表达的数字基因进行了筛选与注释,并进行了GO和通路的功能显著性富集分析.结果表明,民猪和大白猪分别获得5 000 000多条可用的标签数据(Clean tag),其中拷贝数大于100的标签所占比例最高,分别为88.62％和84.62％;完全比对到正义链上,且1个标签仅比对到1个基因的分别为2 351 788和2 388 175条.以大白猪为对照组,民猪与之相比,差异倍数在2倍以上的共有1 098个基因,其中44个上调表达,1 054个下调表达,有11个基因只在民猪中表达,256个基因只在大白猪中表达,差异表达基因中包括多个与肌内脂肪含量、脂类代谢、肉色、嫩度和肌肉生长发育相关的基因或转录子.民猪和大白猪分别预测到了23 853个和34 731个定位在猪基因组不同位置的新转录本,其中包含存在1个碱基错配的标签.民猪和大白猪之间的差异基因在细胞所处位置方面显著富集的条目有细胞质、膜旁细胞器、色素粒、水解性液泡、部分细胞内等共计18个;在基因分子功能方面显著富集的条目有蛋白结合和氧化还原酶活性2个;在参与的生物过程方面显著富集的条目有对压力的应答、对活性氧的应答和羧酸代谢过程等14个.显著富集的通路共计11个,按照P值从小到大的顺序,溶酶体、PPAR信号通路和胆汁酸合成通路为差异最显著的3个通路.本研究结果可为今后挖掘新基因和研究影响猪肉品质的遗传因素等提供理论依据.     

猪miR-199a-5p对脂质生成的影响及其靶基因的预测和分析

本研究旨在分析miR-199a-5p对猪肌内脂肪细胞脂质生成的影响及作用机制。采集淮南猪不同育肥时期（育肥前期、中期和后期）的背最长肌和皮下脂肪组织,通过实时荧光定量PCR分析其表达变化趋势;合成miR-199a-5p的mimics,转染猪原代肌内脂肪细胞,诱导分化后通过油红O染色观察过表达miR-199a-5p对脂质生成的影响;结合之前筛选到的脂肪型和瘦肉型猪差异表达mRNAs、lncRNAs和circRNAs,使用miRanda软件筛选miR-199a-5p的靶分子,并用GO和KEGG富集分析法对这些mRNAs、lncRNAs的共表达基因和circRNAs的来源基因进行功能分析。结果显示,随着育肥进程,miR-199a-5p在背最长肌中表达量持续上调,而在皮下脂肪组织中表达量先下调后上调;过表达miR-199a-5p可抑制肌内脂肪细胞的脂质生成。共筛选到9个mRNAs、5个lncRNAs和1 258个circRNAs包含miR-199a-5p结合位点,GO分析主要富集于内质网和肌动蛋白结合,KEGG分析发现主要富集于糖、脂质和蛋白质代谢。提示miR-199a-5p可能通过与lncRNAs和circRNAs互作间接调控靶基因,参与调控肌肉发育、脂质生成和代谢,可作为影响肉质性状的候选miRNA。     

猪miR-199a-5p对脂质生成的影响及其靶基因的预测和分析

本研究旨在分析miR-199a-5p对猪肌内脂肪细胞脂质生成的影响及作用机制。采集淮南猪不同育肥时期(育肥前期、中期和后期)的背最长肌和皮下脂肪组织,通过实时荧光定量PCR分析其表达变化趋势;合成miR-199a-5p的mimics,转染猪原代肌内脂肪细胞,诱导分化后通过油红O染色观察过表达miR-199a-5p对脂质生成的影响;结合之前筛选到的脂肪型和瘦肉型猪差异表达mRNAs、lncRNAs和circRNAs,使用miRanda软件筛选miR-199a-5p的靶分子,并用GO和KEGG富集分析法对这些mRNAs、lncRNAs的共表达基因和circRNAs的来源基因进行功能分析。结果显示,随着育肥进程,miR-199a-5p在背最长肌中表达量持续上调,而在皮下脂肪组织中表达量先下调后上调;过表达miR-199a-5p可抑制肌内脂肪细胞的脂质生成。共筛选到9个mRNAs、5个lncRNAs和1258个circRNAs包含miR-199a-5p结合位点,GO分析主要富集于内质网和肌动蛋白结合,KEGG分析发现主要富集于糖、脂质和蛋白质代谢。提示miR-199a-5p可能通过与lncRNAs和circRNAs互作间接调控靶基因,参与调控肌肉发育、脂质生成和代谢,可作为影响肉质性状的候选miRNA。     

脂肪酸合成酶基因mRNA在马身猪和大白猪3种组织中的发育性表达研究

为探究脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,FAS)基因在猪不同组织中的发育性表达规律,本研究采用实时荧光定量PCR技术检测马身猪和大白猪7个阶段(初生、30、60、90、120、150和180日龄)肝脏、背最长肌和背部皮下脂肪3种组织中FAS基因mRNA的相对表达量。结果表明,品种间比较,FAS基因mRNA在马身猪和大白猪肝脏、背最长肌和背部皮下脂肪组织各生长发育阶段中的表达差异均达到显著或极显著(除肝脏组织初生阶段和背部皮下脂肪组织120日龄阶段)(P<0.05;P<0.01)。FAS基因mRNA在大白猪组织间的表达差异与生长发育相关,150和180日龄阶段,背部皮下脂肪组织中表达量极显著高于肝脏和背最长肌组织(P<0.01),初生、30日龄和90日龄阶段,背最长肌中的表达量极显著高于肝脏和背部皮下脂肪组织(初生阶段无脂肪组织样)(P<0.01);而马身猪整个发育过程中,背最长肌组织表现为优势组织,极显著高于其他2种组织(除120日龄阶段外)(P<0.01),脂肪组织表达量次之,肝脏组织中表达量较少。品种、日龄、组织及品种与日龄、组织与日龄的互作效应对FAS基因mRNA的相对表达量均有极显著影响(P<0.01)。FAS基因直接参与脂肪酸的合成,对猪肉质性状的遗传改良具有重要意义。     

民猪和大白猪背最长肌中肌红蛋白基因的表达量差异

为揭示肌红蛋白基因对民猪和大白猪肉色的影响,本实验选取体重95 kg民猪、160日龄民猪和大白猪(体重95 kg,160 d)各6头,共计18头,取胸腰椎连接部背最长肌鲜肉样进行肉色检测,采用RealtimePCR法检测民猪和大白猪背最长肌中肌红蛋白基因的表达差异。结果表明:同体重和同日龄的民猪肉色红度值均高于大白猪(P0.05),民猪肌红蛋白mRNA表达量均高于同体重和同日龄的大白猪(P0.05),在一定程度上说明民猪与大白猪肉色差异的主要因素是肌红蛋白含量。     

长白山野杂猪和东北民猪背最长肌的mRNA转录组比较分析

本研究通过RNA-seq技术对3个长白山野杂猪与3个东北民猪背最长肌样本进行了mRNA测序和差异分析,从而为筛选长白山野杂猪肉质性状功能基因奠定基础。结果显示:在长白山野杂猪与东北民猪中均有100%以上的序列能完全比对到猪的基因组上,而所转录的基因占总基因的比例在3头长白山野杂猪中平均为59.67%,3头东北民猪为58.73%,而在不同个体间SNP位点数为14 299～19 671;在2个品种猪背最长肌中共表达基因有15 842个,仅在长白山野杂猪中表达的基因有619个,仅在东北民猪中表达的基因有710个;在2个品种猪背最长肌中共获得显著差异表达的基因153个,其中在长白山野杂猪中上调表达的基因有55个,下调表达的基因有98个;GO分析显示,153个差异表达基因被注释到33条GO条目中,其中11条被注释到生物学过程中,11条被注释到细胞组分,11条被注释到分子功能;KEGG分析显示,这些差异表达基因被富集到130条通路中,其中主要与脂肪代谢相关的信号通路有关。结果表明,长白山野杂猪与东北民猪背最长肌中mRNA表达存在差异,这些差异表达基因将是将来研究2个品种猪间肉质差异的主要靶标之一。