水貂冠状病毒中国分离株全基因序列测定及分析

为分析水貂冠状病毒中国分离株的遗传特征,采用高通量测序方法测定从山东省青岛市某养殖场分离的水貂冠状病毒基因组,首次报道了水貂冠状病毒中国分离株的全基因序列,并对其进行特性分析与比较基因组研究。结果显示:该病毒全基因组大小为28924 bp,具有与其他冠状病毒相似的基因组结构和基因顺序;5′端具有帽子结构,3′端具有poly(A)尾。该分离株与19株代表性毒株的全基因组和N基因进化和同源性分析都证实,该分离株与美国分离株的同源性较高,与其余2株水貂冠状病毒和2株雪貂冠状病毒同属于冠状病毒的一个新种。     

山东省部分地区水貂养殖场户貂源冠状病毒和新型冠状病毒认知调查及病原检测

国外水貂感染新型冠状病毒(SARS-CoV-2)遭扑杀事件引起了国内水貂养殖业关注。为了解SARS?CoV-2对山东省水貂养殖场户的影响,通过问卷调查方法了解水貂养殖场户对貂源冠状病毒和SARS-CoV-2的认知情况,同时采集样本应用双重荧光定量PCR方法进行核酸检测,确定水貂中两种病毒的感染状况。结果显示:47.83%的养殖场户对国外水貂感染SARS-CoV-2被扑杀事件有所了解,36.23%的养殖场户认为该事件会对水貂养殖业带来影响,其中10.14%的养殖场户对水貂进行过SARS-CoV-2核酸检测;84.06%的养殖场户认为貂源冠状病毒不会感染人,57.49%认为国外水貂感染SARS-CoV-2的主要途径是通过养殖场其他动物(如犬猫等)感染,仅0.97%认为貂源冠状病毒与SARS-CoV-2存在一定关系,更多的(52.17%)是不清楚;310份样品的双重荧光定量PCR检测结果均为阴性。结果表明,山东省水貂养殖场户普遍意识到貂源冠状病毒与SARS?CoV-2相关性很小,其对水貂养殖业影响不大。但部分养殖场户对这两种病毒及其对水貂养殖业的潜在威胁尚缺乏足够认知,因此需要加强对养殖场户的认知宣传和病毒监测。     

新型冠状病毒2019-nCoV与动物冠状病毒进化关系分析

新型冠状病毒(2019-nCoV)感染肺炎疫情自2019年12月在湖北省武汉市发生以来,已在我国和世界多个国家传播,引发全球关注。为阐明2019-nCoV与已知动物冠状病毒的关系,从冠状病毒的宿主分布、遗传进化分析、宿主受体分析等角度,对2019-nCoV的可能来源进行了综合分析。结果显示:2019-nCoV与从云南省中菊头蝠中检测到的冠状病毒分离株RaTG13基因组同源性最高,为96.2%,两者遗传进化关系也较为接近;从我国广东省和广西壮族自治区查获的走私穿山甲中检测到的冠状病毒则与2019-nCoV遗传关系相对稍远,与2019-nCoV基因组同源性分别为90.4%和85.5%;2019-nCoV与已知家畜、家禽,以及犬猫等宠物中检测到的冠状病毒基因组同源性≤54.2%,遗传进化关系较远。结合监测结果,基本排除2019-nCoV来源于已知家畜、家禽以及犬猫等宠物冠状病毒的可能性。     

水生动物冠状病毒研究进展

冠状病毒在自然界中普遍存在,可感染多种哺乳动物和鸟类,给畜牧业生产安全和公共卫生安全带来严重威胁。自北京新发地批发市场从切割进口三文鱼案板上检测到人新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸以来,三文鱼以及水生动物冠状病毒与SARS-CoV-2的关系成为公众关注的焦点。本文详细描述了白鲸、宽吻海豚、三文鱼等水生动物感染冠状病毒后的临床症状,以及病毒基因组结构特征,并对水生动物冠状病毒与SARS-CoV-2进行了遗传演化分析,结果显示目前已知的水生动物冠状病毒属于γ冠状病毒属和Alphaletovirus属,而SARS-CoV-2属于β冠状病毒属,二者基因组和主要基因(1ab、S、E、M、N)核苷酸同源性仅为43.7%～54.1%,可初步排除SARS-CoV-2来源于已知水生动物冠状病毒的可能性。本文通过系统阐述水生动物冠状病毒感染状况,旨在进一步提高公众对水生动物冠状病毒的认知,为科学防控冠状病毒提供理论依据。     

2020—2021年山东省部分地区鸭圆环病毒全基因组遗传进化及特征分析

为了解山东地区鸭圆环病毒(DuCV)流行状况及基因组特征,对山东济宁、潍坊等地区的病鸭病料进行DuCV检测及鉴定,DuCV阳性样品进行全基因组扩增,并进行遗传进化和基因组特征分析。结果显示:成功获得了14株DuCV的全基因组序列,全长为1 993～1 995 bp,遗传进化显示这些毒株与德国株AY22855处同一进化分支,均属于DuCV基因Ⅰ型,但不同年份之间已形成独立小分支且彼此之间同源性不高;Cap和ORF3蛋白氨基酸序列分析发现,2020年与2021年监测毒株Cap蛋白氨基酸同源性为96.7%,提示病毒变异速度和程度较高,增加了防控的难度。研究为山东地区鸭圆环病毒病的防控提供了重要数据支撑。     

禽源冠状病毒监测简报

冠状病毒(Coronaviruses)在分类地位上属于套式病毒目(Nidovirales)冠状病毒科(Coronaviridae)正冠状病毒亚科(Orthocoronavirinae),包括α、β、γ和δ等4个属,可感染包括人类在内的多种动物。其中,α冠状病毒属主要感染人和猪、犬、猫、蝙蝠等,β冠状病毒属主要感染人和牛、马、猪、鼠、蝙蝠等哺乳动物,γ冠状病毒属主要感染鸡、火鸡、鸭、鹅等禽类,δ冠状病毒属主要感染野禽和猪。引起此次新型冠状病毒肺炎疫情的病毒(2019-nCoV)属于冠状病毒科β冠状病毒属。可感染禽类的冠状病毒主要来自γ冠状病毒属和δ冠状病毒属。鸡传染性支气管炎病毒(IBV)等家禽中分离到的冠状病毒均为γ冠状病毒属。家禽冠状病毒感染危害较大的是IBV。此外,鸭冠状病毒、鹅冠状病毒和鸽冠状病毒等在家禽中也有检出。一些野禽可感染δ属冠状病毒(如鹅口疮冠状病毒HKU12等)。2013年以来,中国动物卫生与流行病学中心对全国17省份共计5 249份家禽样品进行了禽源冠状病毒检测,共检测到IBV 446株,新型鸭冠状病毒和新型鸽冠状病毒等新型禽冠状病毒共277株,IBV、新型鸭冠状病毒、新型鸽冠状病毒的检出率分别为8.50%、2.04%、3.24%。对2019-nCoV与禽源冠状病毒的亲缘关系进行分析发现,2019-nCoV与已知的禽源冠状病毒核苷酸同源性较低;基于冠状病毒1ab基因保守区域的进化分析表明,2019-nCoV与禽源冠状病毒亲缘关系较远。基于上述分析,初步排除2019-nCoV来源于已知家禽冠状病毒的可能性。     

2019年我国部分地区鸭圆环病毒基因序列测定与分析研究

为了解近年鸭圆环病毒流行毒株的基因遗传特点和变异情况,通过采用PCR的方法对我国部分地区的30份鸭圆环病毒阳性样品进行全基因组扩增与克隆、序列测定及遗传进化分析。结果显示:30株DuCV流行毒株之间的全基因序列同源性为85.8%~99.9%,其中26株DuCV的全基因序列长为1993~1995 bp,与德国代表株处于同一进化分支,属于基因1型,4株DuCV的全基因序列仅有1988 bp,与中国台湾代表株属于同一进化分支,属于基因2型;Cap蛋白和Rep蛋白的氨基酸序列的变异分析表明Cap蛋白的变异程度要显著高于Rep蛋白。     

冠状病毒非结构蛋白的研究进展

冠状病毒（Coronavirus）家族成员是许多家畜、宠物包括人类的重要病原,引起多种急性和慢性疾病。冠状病毒有一巨大的基因组RNA,全长27~32 kb,编码结构蛋白、非结构蛋白和一些辅助蛋白。冠状病毒非结构蛋白（nonstructural prtein, nsp）由病毒编码的多聚蛋白1a/1ab水解而来,共有15或16个。这些非结构蛋白参与调节病毒基因组RNA的复制和亚基因组RNA的转录,或作为转录/复制复合体参与基因组的复制转录,并参与感染宿主等过程,是冠状病毒重要的功能蛋白。随着冠状病毒引起的严重急性呼吸系统综合症(severe acute respiratory syndrome,SARS）在中国乃至全球的爆发,对冠状病毒尤其是其非结构蛋白的研究得到越来越多的重视。本文就冠状病毒非结构蛋白的研究进展做一综述。     

水貂肠道冠状病毒的分离鉴定

通过试验,筛选出对水貂肠道冠状病毒敏感的貂肺传代细胞系(ML),经胰酶处理后,从6份病貂粪样中分离获得2株冠状病毒.培养时所用的犊牛血清也作了一定处理.该病毒粒子经电镜观察,多呈不规整的圆形,直径80～160nm,有囊膜,外周有花瓣样突起,经鉴定为RNA病毒.对乙醚敏感.37℃12h可失去感染性.该病毒在pH3条件下室温3h仍保持一定活力.该病毒接种健貂可引起部分貂出现轻度腹泻.     

猪源冠状病毒监测简报

目前,已知感染猪群的冠状病毒有6种,分别是猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪呼吸道冠状病毒(PRCV)、猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)、猪血凝性脑脊髓炎病毒(PHEV)和猪δ冠状病毒(PDCoV)。在冠状病毒科α、β、γ、δ等4个属中,PEDV、TGEV、PRCV、SADS-CoV均为α冠状病毒,PHEV为β冠状病毒,PDCoV为δ冠状病毒。PRCV在临床上引发仔猪呼吸道症状,PHEV感染会造成仔猪呕吐和神经症状,其他4种病毒均可引起猪群腹泻。中国动物卫生与流行病学中心对2011年以来收集自全国16个省份的2 915份临床腹泻猪群样品(肠道、粪便等)进行了PEDV、TGEV检测,检出PEDV阳性1 223份、TGEV阳性109份,PEDV、TGEV检出率分别为41.96%、3.74%;对2014年以来收集自14个省份的12 430份临床健康猪组织样品(淋巴结、扁桃体等)进行了PEDV检测,检出阳性325份,检出率为2.61%。针对引发新型冠状病毒肺炎的病原2019新型冠状病毒(2019-nCoV),对2018—2019年收集自15个省份的2 658份生猪组织样品开展了追溯性检测,结果均为阴性。对2019-nCoV与猪源冠状病毒的亲缘关系进行了分析。基于全基因组的遗传进化分析表明:2019-nCoV与同为β冠状病毒属的PHEV核苷酸同源性仅为54%,与α、δ属猪源冠状病毒亲缘关系更远。基于以上数据与分析,可初步排除2019-nCoV来源于已知猪源冠状病毒的可能性。