鹅催乳素基因外显子2变异及其遗传效应

动物垂体前叶分泌的催乳素(Prolactin,PRL)具有广泛的生理效应,在家禽中与就巢、产蛋等繁殖性能有重要关联.本试验以皖西白鹅和莱茵鹅作为研究素材,运用PCR-SSCP法检测鹅PRL基因外显子2的单核苷酸变异并分析了变异的遗传效应.检测发现在皖西白鹅中存在C196T碱基突变,在莱茵鹅群体发现C170T碱基突变.关联分析结果表明,2个品种中的PRL基因外显子2突变均对鹅的开产蛋质量有显著(P<0.05)影响.     

鹅MTTP基因多态性与脂质指标和屠体性状的相关研究

利用PCR-SSCP技术检测四川白鹅(n=24)和朗德鹅(n=33)MTTP基因的第8、18和21外显子的多态性,计算基因频率和基因型频率,并将发现的多态性与鹅肝脂质指标和屠体性状进行关联分析,研究MTTP基因多态性与鹅肝脂质指标和屠体性状的相关关系。结果发现,鹅MTTP基因第21外显子130 bp处存在G→A突变,该突变位点在朗德鹅群体中表现出AA和BB 2种基因型,AA基因型鹅的肝脂质指标和屠体性状与BB基因型个体差异不显著(P0.05);在四川白鹅群体中仅存在BB基因型,鹅MTTP基因的该突变位点对鹅肝脂质指标和屠体性状的影响不显著。     

浙东白鹅和四季鹅GH基因外显子多态性分析

以浙东白鹅和四季鹅为试验材料,采用PCR-SSCP技术,对鹅GH基因5个外显子序列进行多态性分析.结果表明:鹅GH基因外显子2和4发现了4个SNP多态位点,分别为外显子2的C39T、C74T突变和外显子4的T291C、G297A突变,其中C74T突变为错义突变,其他3个均为同义突变.在GH基因外显子2 SNP位点上,浙东白鹅和四季鹅分别以等位基因D和A为优势等位基因;在外显子4 SNP位点上,2个鹅群体均以等位基因A为优势等位基因.在外显子2和4多态位点上,浙东白鹅和四季鹅均处于Hardy-Weinberg平衡.     

6个鹅种GH基因单核苷酸多态性检测及群体遗传分析

确定鹅GH基因编码区是否存在单核苷酸多态性,并分析其在不同品种群体中的频率分布,为进一步探讨该基因与鹅生产性能关系而奠定基础.以太湖鹅、扬州鹅、豁眼鹅、浙东白鹅、皖西白鹅和四川白鹅6个鹅品种为试验材料,根据鸭、鹅GH基因序列设计了3对引物,分别扩增第3、4、5外显子,用PCR-SSCP方法进行单核苷酸多态性分析,并对不同品种群体进行群体遗传学分析.结果在引物2扩增片段上共检测到3个基因型(HH、HI和II),经过克隆测序比较发现2个单碱基突变,均为沉默突变,分别为编码区的T291C、G297A.统计结果发现3种基因型在6个鹅品种间分布存在极显著的差异(P<0.01).所有品种均处于Hardy-weinberg平衡状态.群体遗传分析表明豁眼鹩杂舍度、有效等位基因数、多态信息含量最低,浙东白鹩最高;所有鹅种均处于中度多态.表明鹅GH基因不同品种中具有丰富的单核苷酸多态性,可以进一步作为候选基因来分析其与产肉性状的相关性.     

4个绵羊品种Leptin基因部分片段的SNPs分析

利用PCR-SSCP技术对萨福克、道塞特、特克塞尔及滩羊4个绵羊品种358个个体Leptin基因2、3外显子进行多态性分析,共检测到7个SNPs,其中新发现5个SNPs。测序结果表明,在外显子2上无突变。内含子2上存在99位碱基由A突变为G;115位碱基由G突变为A;150位碱基由C突变为T;171位碱基由C突变为T。外显子3上,存在271位碱基由G突变为A,使编码的Arg转变为Gln;316位碱基由C突变为A,使编码的Pro转变为Gln;387位碱基由G突变为T,使编码的Val转变为Leu。     

鹅Pit-1基因部分序列多态性分析

根据鸡Pit-1 mRNA和基因组序列设计1对引物,以籽鹅、狮头鹅、皖西白鹅、四季鹅、浙东白鹅和朗德鹅6个群体的DNA为模板,扩增鹅Pit-1基因的部分片段。结果发现该片段存在2个插入/缺失突变,共出现3种基因型,分别为AA、AB和BB;与AA基因型相比,BB基因型分别在扩增片段的132和145 bp后插入3和13 bp。所有群体在该突变位点上的等位基因频率均处于哈代-温伯格平衡状态（P〉0.05）;朗德鹅群体基因型分布与其他5个鹅群体均存在极显著差异（P〈0.01）;籽鹅和狮头鹅群体内基因型的分布与其他3个鹅群体存在显著差异（P〈0.05）。在狮头鹅和朗德鹅群体内,等位基因A为优势等位基因,而在皖西白鹅、四季鹅和浙东白鹅群体内等位基因B为优势等位基因。     

中国地方黄牛GH基因遗传多态性研究

以鲁西牛、南阳牛为试验动物，利用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术研究了以上2个地方黄牛品种生长激素（GH）基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3’端和5’端位点的遗传多态性。检测结果表明：GH基因第3内含子1547bp处发生碱基C→T的替换；GH基因第4内含子位点多态的产生是由于1947bp处发生碱基T→G的替换；GH基因第5外显子2141bp处碱基C→G的突变，使得亮氨酸变成缬氨酸，造成氨基酸发生变化。GH基因3’端的PCR-RFLP结果表明：由于2639bp处碱基GCC→GGC的突变造成HaeⅢ酶增加1个酶切位点；GH基因5’端位点多态的产生是由303bp处碱基C→T的突变造成。     

鹅Myostatin基因单核苷酸多态性检测及群体遗传分析

肌肉生长抑制素是TGF-β超家族的新成员，其主要在骨骼肌中特异性表达，且对骨骼肌的生长发育起负调控作用。本研究采用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测了鹅Myostatin基因的单核苷酸多态性，并对浙东白鹅、五龙鹅、扬州鹅、朗德鹅、莱茵鹅、豁眼鹅、吉林农大白鹅、狮头鹅、皖西白鹅、籽鹅等不同品种（系）鹅单核苷酸多态性进行了群体遗传分析。结果表明：（1）在检验的12对Myostatin基因的引物中，发现3对引物的扩增片段具有多态性，分别为启动子区域T769G、C543T的突变，内含子1的A1632G突变。（2）不同鹅品种（系）群体遗传学分析表明，启动子区域引物P3扩增片段多态性位点在各群体中等位基因A的频率均高于B，且等位基因频率均高于0．77，表现为优势等位基因；引物P4扩增片段多态性位点在扬州鹅、朗德鹅、狮头鹅群体中等位基因D的频率均高于C的频率，等位基因D的频率分别为0．6250、0．5488、0．6474，而在其余群体中均表现为等位基因C的频率高于D的频率。     

牛类胰岛素生长因子IGF-Ⅰ基因研究

采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术分析了类胰岛素生长因子1(IGF-Ⅰ)基因5′侧翼区、第5外显子、第2外显子在南阳牛、鲁西牛、中国西门塔尔牛3个牛品种中的遗传多态.结果表明在IGF-Ⅰ基因的5′侧翼区、第5外显子上未发现PCR-SSCP或PCR-RFLP遗传多态;在第2外显子中发现PCR-SSCP多态,有3种基因型AA型、AB型、BB型.对第2外显子的多态片段测序分析表明在35 bp处有碱基A→G的突变,248 bp处有碱基C→T的突变,256 bp处有碱基A→G的突变;35 bp、248 bp的碱基突变都是无义突变,而256 bp处碱基A→G的突变为有义突变,使谷氨酸变为甘氨酸.     

牛类胰岛素生长因子IGF-I基因研究

采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术分析了类胰岛素生长因子1（IGF-I）基因5’侧翼区、第5外显子、第2外显子在南阳牛、鲁西牛、中国西门塔尔牛3个牛品种中的遗传多态。结果表明在IGF-I基因的5’侧翼区、第5外显子上未发现PCR-SSCP或PCR-RFLP遗传多态；在第2外显子中发现PCR-SSCP多态，有3种基因型AA型、AB型、BB型。对第2外显子的多态片段测序分析表明；在35bp处有碱基A→G的突变，248bp处有碱基C→T的突变，256bp处有碱基A→G的突变；35bp、248bp的碱基突变都是无义突变，而256bp处碱基A→G的突变为有义突变，使谷氨酸变为甘氨酸。     

牦牛GHR exon 10-2序列SNP多态性分析

生长激素受体基因是泌乳性状重要候选基因,研究牦牛GHR基因SNP多态性是开展牦牛乳用性能分子标记辅助选育的重要基础。本试验对牦牛GHR基因exon 10-2片段SNP多态性检测结果表明:相对于普通牛GHR exon 10 (Genebank登录号AM161140.1),本试验青海泽库高原型牦牛GHR基因exon 10-2含SNP多态位点5个,AM161140.1-10第702位T(C/C型),该碱基编码的氨基酸为半胱氨酸(C),本群体所有样本该SNP位点编码氨基酸均为精氨酸(R)。第730位A(A/G型),导致编码的氨基酸由丝氨酸(S)变成甘氨酸(G),第755位C(T/T型),该位点碱基突变并未造成氨基酸的变化,为同义突变。第810位T(C/T型),导致编码的氨基酸由脯氨酸(P)变成丝氨酸(S)。第989位T(C/C型),碱基T编码的氨基酸为酪氨酸(Y),本群体所有样本该SNP位点编码氨基酸均为组氨酸(H);相对于本试验群体,共含SNP多态位点2个(第730位A,第810位T),且2个SNP多态位点共形成3种基因型,AA/CT共1头,基因型频率为4.35%,AG/TT共7头,基因型频率为30.43%,AA/TT共15头,基因型频率为65.22%,AA/TT为该群体优势基因型.     

朗德鹅Spot14基因多态性与产肝性能的关联性分析

Spot14基因是动物脂肪生成的关键基因,在朗德鹅肝脏脂肪沉积过程中发挥重要作用。本试验采用PCR-SSCP法检测了278只朗德鹅Spot14基因的多态性,并对基因多态性与屠体性状、产肝性能进行了关联分析。结果表明,在Spot14基因编码区210 bp处存在1个突变位点即A→G碱基突变;在朗德鹅群体Spot14基因A210G位点检测到AA、AB等2种基因型,AA为优势等位基因型,频率为0.856 1,A势等位基因,频率为0.928 1;χ2检验结果显示该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态;关联性分析发现,AB型朗德鹅体重显著高于AA型(P<0.05),AB型朗德鹅肝重比AA型高29.73 g,达到显著水平。     

山羊GnRHR基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析GnRHR基因外显子1、外显子2和外显子3部分序列在建昌黑山羊、努比亚山羊2个山羊品种中的多态性。结果表明,外显子2、3的扩增片段中,2个山羊品种都无多态性。而在外显子1的扩增片段中,2个山羊品种均检测到CC、CD基因型;建昌黑山羊的CC、CD基因型频率分别为0.62和0.38,努比亚山羊CC、CD基因型频率分别为0.64和0.36。多态片段测序分析表明,GnRHR基因c DNA序列的第85处碱基发生C→A的突变,突变导致编码的氨基酸由亮氨酸(Leu)→异亮氨酸(IIe);第156处碱基发生A→G的突变,该突变没有导致氨基酸的突变,为沉默突变。     

7个猪种MyoD基因家族中3个基因外显子的SNPs检测分析

本研究利用PCR SSCP技术,以7个猪种为研究对象,根据GenBank上猪的MyoG、MyoD和Myf5基因序列设计了17对引物,对此三基因的外显子进行了SNPs检测。检测结果:MyoG和MyoD两个基因均未检测到多态;在Myf5基因的3个外显子上都检测到了多态:第1外显子上有1个点突变G→C;第2外显子上有3个点突变C→A、A→G、G→A;第3外显子上,3387bp处有1个碱基A缺失,3417bp处有3个碱基T缺失,3443bp处有1个点突变T→C。Myf5基因的高度多态性,说明7个猪种含有丰富的遗传变异信息,具有很高的选择潜力。     

家养水牛催乳素基因外显子2多态性及其群体遗传特征

催乳素基因(prolactin gene,PRL)被视为与水牛产奶性状相关的重要候选基因,目前还未见有水牛PRL基因外显子2遗传特征的报道。本研究采用PCR-SSCP及PCR产物直接测序技术,检测了12个沼泽型水牛群体和3个河流型水牛群体共581个样本PRL基因外显子2的遗传变异。结果:水牛PRL基因外显子2由182个核苷酸组成,编码61个氨基酸,在进化上高度保守,测序结果显示沼泽型水牛群体中PRL基因外显子2有c.G192A替换,为同义替换,与泌乳性状之间没有显著相关性。在12个沼泽型水牛群体中均检测到该多态位点,PG基因频率在0.719～0.897之间,群体平均值为0.785±0.015,该基因为优势等位基因。Hardy-Weinberg平衡检测显示,10个沼泽型水牛群体处于平衡状态,而德宏水牛群体和福安水牛群体处于不平衡状态。在3个河流型水牛群体中,第192位碱基均为G,未检测到G>A替换。     

广西百色马生长激素基因的克隆与序列分析

为了丰富优良地方品种百色马的分子遗传学基础数据,试验设计1对特异性引物,利用PCR技术成功克隆百色马的生长激素基因全序列.结果表明:百色马GH基因碱基序列全长1 922 bp(GenBank登录号为FJ604598),包含完整的5个外显子和4个内含子;与蒙古马比较,百色马GH基因DNA序列出现12个碱基的变异,有3个变异位点处于编码区,均为有义突变,突变方式都为G→A的转换,其中第981位碱基G→A致使第89位氨基酸由Arg突变为Lys,第1739位碱基G→A使第185位氨基酸由Gly→Arg,第1 764位碱基G→A使第193位氨基酸由Gly→Asp.基于GH基因构建的不同,动物亲缘进化树的拓扑结构与物种树一致,哺乳动物的GH基因在进化中比较保守.     

猪红细胞生成素受体基因外显子区多态性研究

研究以5头北京黑猪和5头东北民猪DNA混合池为模板,采用测序的方法研究猪红细胞生成素受体（erythropoietin receptor,EPOR）基因外显子区序列遗传变异。研究结果发现,EPOR基因外显子区共存在3个SNP位点,其中g.1147C＞G位于外显子2,可导致第50位氨基酸改变（Leu＞Val）;g.1645G＞A位于外显子3,可导致第92位氨基酸改变（Arg＞His）;g.4953C＞T位于外显子8,为同义突变。经检测,在一个30头的北京黑猪群体中,除g.1147C＞G位点外,另外2个位点均处于哈代－温伯格平衡状态。     

藏鸡MHCB-G基因第1、2外显子的遗传多态性分析

本研究根据NCBI上红色原鸡MHC（主要组织相容性复合物）B—G基因序列设计特异性引物,在藏鸡、白来航鸡、寿光鸡基因组中扩增出包含第一外显子、第二外显子在内的长度为1178bp的DNA特异性片段,并对该片段的核苷酸序列进行PCR测序及比对分析。结果发现：在MHCB—G基因的第1、2外显子上,藏鸡在177位存在突变点,由C→T;藏鸡在345位存在缺失现象,白来航鸡和寿光鸡都为C;藏鸡在511位存在突变点。由C→T;藏鸡在547位存在突变点．由T→C。     

鹅MAPK14基因部分序列克隆及填饲对其mRNA丰度的影响

为研究填饲对鹅丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)mRNA表达水平的影响,本实验克隆了鹅MAPK14部分编码区序列,并用荧光定量PCR方法检测了填饲对四川白鹅和朗德鹅肝组织MAPK14基因表达量的影响。结果表明:获得鹅MAPK14基因cDNA 951 bp序列,可编码316个氨基酸残基。经分析,鹅MAPK14部分核苷酸序列与原鸡MAPK14基因的同源性为94.8%,对应的氨基酸同源性为99.7%;荧光定量PCR检测发现,无论在对照组还是填饲组,四川白鹅的MAPK14表达量均高于朗德鹅,填饲能显著上调MAPK14 mRNA在2个鹅品种中的表达丰度。结果提示,填饲能够引起鹅肝组织中MAPK14表达丰度显著增加,且该影响存在显著的品种差异。     

广西百色马生长激素基因的克隆与序列分析

为了丰富优良地方品种百色马的分子遗传学基础数据,试验设计1对特异性引物,利用PCR技术成功克隆百色马的生长激素基因全序列。结果表明:百色马GH基因碱基序列全长1922bp(GenBank登录号为FJ604598),包含完整的5个外显子和4个内含子;与蒙古马比较,百色马GH基因DNA序列出现12个碱基的变异,有3个变异位点处于编码区,均为有义突变,突变方式都为G→A的转换,其中第981位碱基G→A致使第89位氨基酸由Arg突变为Lys,第1739位碱基G→A使第185位氨基酸由Gly→Arg,第1764位碱基G→A使第193位氨基酸由Gly→Asp。基于GH基因构建的不同,动物亲缘进化树的拓扑结构与物种树一致,哺乳动物的GH基因在进化中比较保守。