侵染梨的苹果茎痘病毒基因组序列及小RNA分析

苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是危害梨(Pyrus spp.)和苹果(Malus spp.)的重要病毒。本研究采用小RNA深度测序技术获得了ASPV基因组的部分序列,在此基础上设计引物对该病毒基因组进行RT-PCR扩增,通过序列拼接得到1个来源于玉露香(Yuluxiang)梨的ASPV分离物(YLX)长度为9 291个核苷酸(nt)(不包括基因组5'末端约30个核苷酸)的基因组序列,该序列与已报道的13个ASPV分离物的基因组核苷酸序列相似性为71.6%~80.7%,与多个来自苹果的ASPV分离物系统进化关系较近。首次分析了来源于ASPV基因组的干扰性小RNA(siRNA),发现来源于ASPV基因组链和互补链的siRNA长度均以21 nt和22 nt为主,siRNA的5'端具有一定的碱基偏好性。本研究结果为深入了解ASPV的分子特性提供了重要信息。     

苹果花叶病毒的RT-PCR检测及其在我国苹果产区的分布

为了开发苹果花叶病毒（Apple mosaic virus,ApMV）田间样本RT-PCR检测方法和揭示我国ApMV的发生情况,以田间染病苹果组织为材料,对ApMV RT-PCR检测体系中总RNA提取方法、反应体系及程序进行了选择和优化,并利用优化的检测方法对我国苹果主产区13个省的23个市（县）ApMV发生情况进行了检测。以RNA提取改良法提取的田间样本总RNA为模板,RT-PCR优化体系的灵敏度达到能够检测15μg田间样本组织中的ApMV,且在果树整个生长发育时期能够检测1年生枝条树皮组织的带毒情况;ApMV在我国普遍发生,13个省的23个市（县）均检测到了ApMV,采集的327个样本带毒率为80.1%,其中未显花叶症状样本205个,ApMV阳性率为68.3%;在23个地区中,只有河北张家口、河南三门峡和陕西白水样本带毒率低于50%。     

大豆干种子中大豆花叶病毒的RT-PCR检测

 应用改进的SDS-酚氯仿法,在沉淀RNA前先加入1/4体积无水乙醇、1/10体积5mol/L乙酸钾沉淀多糖,然后再用异丙醇沉淀RNA,成功地从大豆干种子中提取了大豆花叶病毒(SMV)总RNA;应用RT-PCR技术对大豆种子中携带的SMV进行了检测,同时以DAS-ELISA方法作比较,建立了能直接以大豆干种子为检测对象的SMV快速、灵敏、特异的RT-PCR检测技术。     

啤酒花潜隐类病毒RNA提取方法及检测技术的研究

本研究采用纳米磁珠提取法(Magnetic Nanoparticles,MNP)、改良的Li Cl沉淀法、CTAB法、TRIzol法和RNeasy Plant M ini Kit 5种方法提取感染啤酒花潜隐类病毒(Hop latent viroid,HLVd)的啤酒花叶片总RNA,结果显示Li Cl沉淀法、CTAB法和M NP法提取的RNA的质量较好,而M NP法具有提取时间短、操作简便,环境友好和批量提取的优势,适用于啤酒花潜隐类病毒RNA的快速提取。体外转录制备HLVd RNA标准品,利用实时荧光定量RT-PCR绘制标准曲线,并对其特异性、灵敏度进行评估。应用纳米磁珠提取啤酒花总RNA,结合实时荧光RT-PCR技术,建立了HLVd的快速、高效的M NP-RT-q PCR定量检测方法。     

基于抗原表位策略的苹果茎痘病毒抗血清的制备

苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是一种严重危害果树生产的潜隐性病毒,但缺乏实用的ASPV抗血清。应用不同生物信息学软件对ASPV外壳蛋白不同区域的抗原指数、蛋白二级结构中α螺旋、β片层、β转角、无规则卷曲结构、亲水性、可塑性(Flexibility)和表面可及性(Surface probability)进行了分析。根据抗原表位主要分布在β转角结构和无规则卷曲区域、亲水性和表面可及性参数较高的特点,综合分析预测ASPV外壳蛋白抗原表位区可能位于N端6-20、100-114、400-414位氨基酸残基附近。通过合成2条多肽(CRGYEEGSRPNQRVLP、CTGGKIGPKPVLSIRK),与载体蛋白偶联后免疫动物,最后得到了2份抗血清(编号为1468和1469)。制备的抗血清可与ASPV外壳蛋白基因原核表达产物产生免疫反应。应用此抗血清检测苹果样品,抗血清1468检测结果与RT-PCR检测结果一致,而抗血清1469仅能检测到部分样品。     

桃潜隐花叶类病毒RT-PCR和分子杂交检测技术的建立

本研究从武汉周边采集表现典型花叶症状的桃样品,提取总RNA为模板,采用RT-PCR方法对这些样品进了分析,结果显示所分析的5个样品(P1～P5)均获得了预期大小约为337bp的目标扩增条带,表明样品均带有PLMVd.通过回收RT-PCR产物,用生物素标记制备探针,分别采用DNA斑点杂交、RNA斑点杂交和组织印迹杂交3种杂交方法对这些样品进行检测比较,3种杂交方法中,组织印迹杂交操作步骤相对简单快捷,适合于对PLMVd进行大田快速检测.     

侵染芹菜的甜椒内源RNA病毒鉴定及序列分析

本试验利用双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)提取技术和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)方法对表现皱缩症状的芹菜进行分子鉴定,发现芹菜被甜椒内源RNA病毒Bell pepper alphaendornavirus(BPEV)所侵染。为进一步明确山西芹菜BPEV分离物(BPEV-QC,GenBank登录号为KY659226)的分类地位,根据SIA测序结果设计BPEV特异性引物进行RT-PCR检测,并进行序列相似性比较和系统进化分析。序列同源性分析表明:BPEV-QC与BPEV分离物(IS、Maor、Kyosuzu、BPEV、lj、BPEV-YW)的同源性为80.0%~97.8%,与其他内源RNA病毒科分离物的同源性仅为30.6%~37.6%,表明:BPEV-QC与BPEV分离物(IS、Maor、Kyosuzu、BPEV、lj)形成一个独立分支,亲缘关系最近。     

刺山柑(Capparis spinosa)总RNA不同提取方法的比较

以野生刺山柑叶片为材料,采用70%丙酮抽提研磨材料,结合TRIZOL,CTAB,SDS 3种常见的RNA提取方法提取总RNA,通过RNA获得率、纯度、电泳图谱以及RT-PCR反应等分析,初步确立了一种有效的提取刺山柑叶片总RNA的改良SDS法.该方法提取的RNA A<,260>/A<,280>值在1.88～1.94之间,电泳图谱完整,具有产量高、时间短、成本低等特点,所得的RNA可以用于RT-PCR和cDNA文库构建以及Northern杂交等后续实验.     

柑橘衰退病、裂皮病和碎叶病的多重RT-PCR检测方法研究

 本研究以广东省农业科学院果树研究所隔离网室内通过嫁接分别感染CTV、CEVd和CTLV的柑橘树皮为实验材料,建立了以oligo(dT)为反转录引物的RT-PCR检测体系,成功检测到在病毒RNA 3'末端带有ploy_(A)加尾的CTV和CTLV。实验过程中,发现不具有ploy_(A)加尾的环状类病毒CEVd,同样可以用oligo(dT)反转录的RT-PCR检测出来,通过测序分析,其同源性在96%以上,并发现在CEVd序列中有一个富含A的区段。在此基础上,进一步研究了同时检测CTV、CEVd和CTLV的多重RT-PCR检测体系,该方法能为这3种病害的检测简化步骤、节省时间、降低成本。     

山西苹果茎痘病毒遗传多样性分析

苹果茎痘病毒是苹果安全生产的巨大威胁,严重影响苹果产量和质量。探讨苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV)在山西省的分布、变异和多样性,可为制定可持续的病毒管理策略提供理论依据。从山西省11个地区采集苹果叶片样品进行RT-PCR检测。结合在线数据库,利用相关软件对文中研究获得的序列进行系统发育、遗传多样性、重组以及种群遗传分化等分析。RT-PCR检测结果显示从山西省11个地区采集的409份苹果叶片样品中,ASPV的检出率为36.33%(临漪)至55.37%(平遥)。选择15个ASPV检测为阳性的样品,分别克隆其CP基因并与22个不同的ASPV分离物进行核苷酸和氨基酸一致性分析,发现37个ASPV分离物的核酸一致率为70.27~96.31%,氨基酸一致率为37.04~96.64%,其中,Shanxi-2与JX673826.1的核酸一致率最高,为90.86%, Shanxi-2与MN617853.1的核酸一致率最低,为70.40%。基于CP的进化树分析结果显示37个ASPV分离物被划分为2个进化群体。遗传多样性分析结果表明ASPV种群发生了收缩,且在两个群体之间呈现较大的遗传差异。ASPV-CP基因受负选择压力影响。该研究结果将为评估山西省ASPV的流行病学特征提供重要线索。     

苹果茎痘病毒在山楂中的首次鉴定与序列分析

 山楂是我国重要的果树,但山楂病毒的相关研究较少。本研究通过高通量测序及生物信息学分析首次在山楂样品中发现苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)。利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术对ASPV山楂分离物全长序列进行扩增,结果表明,ASPV山楂分离物基因组全长由9 290个核苷酸组成,包含5个开放阅读框(open reading frames,ORFs)。ORF1编码与病毒复制相关的蛋白-RNA依赖的RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp),其在氨基酸水平上与ASPV苹果和梨分离物的RdRp序列相似性分别为72.8%~80.9%和81.7%~92.8%;ORFs 2~4表达与病毒移动相关的三基因块(triple gene block 1~3,TGB 1~3),其与印度苹果N分离物(LM999967)的氨基酸序列相似性最高,为92.9%~98.2%;ORF5编码外壳蛋白(coat protein,CP),与苹果和梨分离物CP的序列相似性较低,分别为64.8%~88.4%和69. 8%~92.2%,高于目前凹陷病毒属病毒新种的划分界限。将ASPV山楂分离物的全长核苷酸序列与其他ASPV分离物的全长序列进行比对,构建系统发育树,结果表明,ASPV山楂分离物与巴西苹果分离物BR-Brae2的亲缘关系最近,但两者核苷酸序列相似性较低(81.5%),说明与其他分离物相比该分离物具有较大的变异性。综上,本研究初步验证了山楂是ASPV的重要自然寄主,并首次获得了ASPV山楂分离物的全长基因组序列,为山楂病毒病诊断和防控策略的制定提供参考。     

Reliable RT-PCR detection of Apple stem pitting virus in pome fruits and its association with quince fruit deformation disease

In this study a spot nested RT-PCR assay was developed for the detection of Apple stem pitting virus (ASPV). A one step RT-PCR for the generic detection of foveaviruses using degenerate primers that target a conserved region of the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) gene was followed by a nested PCR that amplifies a 312 bp ASPV specific product. The method is rapid, simple and displays high sensitivity and broad detection range, overcoming the virus molecular variability. The optimum sampling conditions for reliable virus detection were also investigated. ASPV was detected throughout the year in different plant tissues of affected trees, thus the method could be used for routine screening and in certification schemes of pome fruits. ASPV was detected in quince orchards in Greece in all trees that were tested, showing a fruit deformation disorder. Sequencing and phylogenetic analysis of amplicons generated by RT-PCR from plant tissue affected with the deformation disease indicated that the agent responsible was a variant of ASPV.     

地高辛标记cDNA探针检测苹果茎痘病毒

 Partial sequence(314 bp) of ASPV was cloned and used as a probe labelled with digoxigenin-11dUTP. The total RNA extracted from samples with Apple stem pitting virus and a series of dilutions of plasmid with ASPV-cDNA were detected by dot blot hybridization. The results showed that the probe was sensitive and specific. The probe couldn't hybridize with total RNA of Apple stem grooving virus, Apple mosaic virus and Apple chlorotic leaf spot virus samples as well as negative control, only hybridized with that extracted from dormant shoot infected with ASPV. The sensitivity for detection of plasmid contained ASPV-cDNA was 1.64 μg.     

苹果茎痘病毒RdRp基因分子变异分析

To elaborate the molecular diversity of pear-infecting ASPV in China, partial RNA dependent RNA polymerase (RdRp) fragments (P1 and P2) of four ASPV isolates were analyzed. We sequenced 17 P1 sequences and 14 P2 sequences of RdRp from 4 different isolates. Phylogenetic trees analysis based on these sequenced clones from our study and related sequences retrieved from the GenBank suggested that: 1) ASPV grouping in phylogenetic trees were related to their hosts; 2) ASPV isolates could be divided into five evolu-tionary divergent subgroups (A-E) based on partial RdRp fragments (P1 and P2), wherein one new subgroups (D) was identified in our study based on partial RdRp fragments P1. Recombination events were detected in RdRp sequences in our study. Results from our study provide important information for studying molecular characteristics of ASPV.