侵染‘舞美’苹果的苹果锈果类病毒检测与全序列分析

2017年9月,在山东胶州调查苹果病毒病时发现‘舞美’果实表现出明显的花脸症状,取发病树体芽组织嫁接于健康‘富士’苹果幼树上,采用RT-PCR技术对其是否含有苹果锈果类病毒进行了检测,并利用DNAMAN、MEGA 5.1等软件对其全序列进行了分析。结果表明,显症‘舞美’果实、发病树体枝条及嫁接‘富士’枝条中均可检测出ASSVd,无症状‘舞美’果实和相应树体枝条中均未检测到ASSVd。‘舞美’分离物基因组主流序列为333 nt (登录号MG745387),与GenBank中已报道的ASSVd序列一致性为92%～99%。序列多重比对及系统进化树分析发现,该分离物的末端保守区和中央保守区与ASSVd参考序列一致,且与不同来源的ASSVd分离物亲缘关系较近。这是首次在‘舞美’苹果上发现和鉴定出苹果锈果类病毒。     

苹果花脸和锈果症状伴随的苹果锈果类病毒分离物的分子特性分析

苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid, ASSVd)侵染引起苹果花脸病和锈果病,近年来对我国苹果产业造成了严重损失,但造成两种症状差异的分子特性尚不明确。本研究前期从我国山东和山西收集表现花脸和锈果症状的苹果果实样品,进行了克隆和测序,获得56个ASSVd分子变种的全长核苷酸序列,长度在330～333 nt之间。通过对本研究获得的ASSVd分子变种比对分析及与报道的症状相关分子变种间的比较,表明花脸和锈果症状的ASSVd分子变种之间的一致率为86.9%～100%,变异率为0.0%～13.3%,均有4个主要变异区域(含21个变异位点),位于致病(P)区、P区与左端区(T_L)邻接区域及P区与中央保守(C)区的邻接区域,二级结构呈紧凑的棍棒状。选取我国症状相关及国内外其他代表性ASSVd分子变种进行进化分析,显示我国ASSVd分离物分为7个簇(Ⅰ～Ⅶ),且两种不同症状相关分子变种聚在相同簇(Ⅰ、Ⅲ和Ⅵ)。其中,ASSVd簇Ⅰ为优势组群,含有我国新疆及其他地区和希腊及其他国家来源的分离物,推测为原始组群;簇Ⅱ、Ⅳ、V和Ⅶ表现出明显的我国地域专化性,...     

侵染小苹果的苹果锈果类病毒的检测和全序列分析

小苹果是抗寒海棠类与大苹果的杂交后代,因耐寒能力强,口感好,被广泛用于嫁接与育种材料,是我国寒凉苹果产区宝贵的种质资源。苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)侵染苹果后引起果实表面产生锈状斑、花脸、畸形等症状,严重降低果实品质和市场价值。2013年在调查苹果病毒病时发现北京市延庆县种植的小苹果表现出典型畸形症状,应用RT-PCR方法对其进行检测后经测序和序列分析表明,小苹果被苹果锈果类病毒侵染。克隆此分离物(ASSVd-YQ)全基因组序列,分析后得到其基因组全长为329个核苷酸,系统发育分析表明该分离物与来自不同国家和地区的ASSVd分离物间的进化关系极近。二级结构预测表明,该分离物的中央保守区与末端保守区与ASSVd参考序列相同。这是对侵染小苹果的ASSVd的首次检测和鉴定。     

苹果锈果类病毒山东栖霞分离物的分子鉴定及序列分析

本研究以采自山东省栖霞市的两个苹果样品为试验材料,利用二维电泳、斑点杂交、RT PCR等分子生物学技术对样品中的苹果锈果类病毒(ASSVd)带毒情况进行了检测。结果表明：两个样品均携带ASSVd。对两个样品中的ASSVd进行克隆测序,并利用生物学软件DNAMAN对所得序列进行分析,结果表明：与世界上首次报道的ASSVd序列(X17696)相比,本研究所得到的ASSVd序列变异较小,相对比较保守。     

我国部分苹果产区苹果锈果类病毒的检测和全序列分析

近年来,由苹果锈果类病毒Apple scar skin viroid(ASSVd)引起的苹果花脸病、锈果病在我国一些苹果产区日趋严重,对我国苹果生产和苹果产业发展造成严重危害。为了解ASSVd在我国一些苹果产区的发生和变异情况,采用RT-PCR对陕西、山东、山西、河北、北京和黑龙江6个苹果产区的35份苹果样品进行检测,并克隆获得30个分离物的基因组全序列,大小为330~333个核苷酸。分析表明,这些分离物的基因组全序列与GenBank中ASSVd基因组核苷酸序列相似度为96%~100%,在苹果锈果类病毒属的末端保守区及中央保守区保守,在致病区和左端区域有突变,一些分离物的突变位点相同。系统发育分析表明分离物因相同的突变位点而聚类,而与地理来源无关。     

烟台市富士苹果上苹果锈果类病毒分子变异分析

为明确苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)在烟台市富士苹果上的变异情况,通过特异性引物对携带苹果锈果类病毒的富士嫩叶进行ASSVd全长扩增,利用生物学软件DNAMAN对所得变异序列进行分析并构建系统进化树。结果表明,从130个样品中筛选到36个阳性样品,36个阳性样品中共克隆获得52条329~333 nt的ASSVd变异序列,其中30个阳性样品含2条或2条以上的ASSVd序列。对所得变异序列进行序列比对发现,同一样品不同克隆间核苷酸序列相似性为94.0%~100.0%,所有变异序列核苷酸序列相似性为94.0%~99.7%,与Gen Bank中来自不同国家或地区的10条ASSVd分离物核苷酸序列相似性为88.3%~99.7%。将序列相似性低于97.0%的12条变异序列进行系统进化分析,结果显示除了333 nt变异序列ZS2-6与伊朗苹果分离物在同一分支外,其余11条变异序列位于同一分支。52条变异序列多序列比对发现,变异位点主要集中在TL区、P区和C区。研究表明烟台市富士苹果上ASSVd存在一定的分子变异。     

苹果锈果病的病原

 从苹果锈果病枝条减压抽取出输导组织液,在其离心沉淀物的超薄切片中,电镜检查到形态类似立克次体的难养细菌(fastidious bacteria)。病株花柄和幼嫩果柄的超薄切片中也观察到这种细菌。健树制备的对照样品中没有。从锈果病带病者——梨树中也发现有这种菌。用难养菌液接种,苗木叶片表现典型的弯叶症状。青霉素处理有减轻病情的疗效。可以认为这种难养菌是引起苹果锈果病的病原物。     

苹果锈果病的发生与防治

山东文登一果农 ,８年前发现自家新红星果园有一病株 ,其果实随着生长而龟裂 ,果面粗糙 ,不知何病。后改接红富士 ,最初两年结果良好 ,但其后全树果实表面呈红、黄、绿相间的花脸状 ,并且已有８株同症状的病树。经专家诊断为锈果病 ,只得全部刨掉 ,损失很大。那么该病是如何发生的？又怎样防治呢？一、症状苹果锈果病的症状主要表现在果实上 ,被害果实症状主要有３种类型。１．锈果型。病果从幼果期始表现症状 ,先在果面锈斑明显 ,而产生许多深入果肉的纵横裂纹 ,裂纹处稍有凹陷 ,病果易萎缩脱落 ,不堪食用。这种类型常见于国光、富士、青香…     

苹果锈果类病毒陕西秦冠分离物的鉴定与序列分析

<正>陕西省是我国苹果种植大省,苹果锈果病的发生严重影响其苹果产业,该病是由苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)引起的,陈炜和田波(1985)首次在国内发现了ASSVd的RNA,HashimotoKoganezawa(1987)首次报道了ASSVd的全基因组序列。郭瑞等(2005)报道了我国ASSVd辽宁和新疆苹果分离物的序列,郝璐等(2015)发现ASS-     

苹果锈果病的发生与防治

苹果锈果病俗称花脸病,各苹果产区均有发生,一般多为零星发生,有的果园病株率高达10%以上,并有扩展蔓延的趋势。     

Molecular characterization and variability analysis of <Emphasis Type="Italic">Apple scar skin viroid</Emphasis> in India

Apple scar skin viroid (ASSVd) infection is a major limitation to apple fruit quality and causes huge economic losses. In surveys of apple orchards in the northern Indian state of Himachal Pradesh, fruits with dappling symptoms were noticed. ASSVd was detected from these fruits and molecularly characterized. Ten clones from three isolates were sequenced, of which seven were new sequence variants of ASSVd. The clones had significant sequence variability (94–100%) with each other. Variability was more common in the pathogenic domain of the viroid genome. Four of the clones were 330 nucleotides (nt) long, and the other six had an additional nucleotide. Phylogenetic analysis showed close affinity of the present isolates with some Chinese and Korean isolates. The study reports seven new variants of ASSVd and also provides the first molecular evidence of viroid infection (ASSVd) in apple in India.     

‘阳光玫瑰’葡萄病毒小RNA测序鉴定及RT-PCR检测

 ‘阳光玫瑰’是我国从日本引进的葡萄优良品种。为了明确我国‘阳光玫瑰’葡萄病毒病的病原,本研究采用小RNA测序技术对2株显症和无症状的‘阳光玫瑰’葡萄样品进行病毒鉴定结果显示:显症样品中测定到8种病毒,其中包含葡萄蚕豆萎蔫病毒(Grapevine fabavirus, GFabV)和灰比诺葡萄病毒(Grapevine Pinot gris virus, GPGV);无症状样品中测定到3种葡萄病毒。对46个‘阳光玫瑰’样品进行14种葡萄病毒的RT-PCR检测,结果表明:‘阳光玫瑰’葡萄带毒率较高,病毒复合侵染情况普遍;显症样品中,GFabV检出率为88.2%,GPGV和葡萄浆果内坏死病毒(Grapevine berry inner necrosis virus,GINV)检出率为64.7%和29.4%,均明显高于无症状样品(13.8%和10.3%)。本研究旨在探明‘阳光玫瑰’葡萄携带病毒的种类和侵染状况,为其病毒病防控及病毒脱除奠定基础。     

‘阳光玫瑰’葡萄病毒小RNA测序鉴定及RT-PCR检测

 ‘阳光玫瑰’是我国从日本引进的葡萄优良品种。为了明确我国‘阳光玫瑰’葡萄病毒病的病原,本研究采用小RNA测序技术对2株显症和无症状的‘阳光玫瑰’葡萄样品进行病毒鉴定结果显示:显症样品中测定到8种病毒,其中包含葡萄蚕豆萎蔫病毒(Grapevine fabavirus, GFabV)和灰比诺葡萄病毒(Grapevine Pinot gris virus, GPGV);无症状样品中测定到3种葡萄病毒。对46个‘阳光玫瑰’样品进行14种葡萄病毒的RT-PCR检测,结果表明:‘阳光玫瑰’葡萄带毒率较高,病毒复合侵染情况普遍;显症样品中,GFabV检出率为88.2%,GPGV和葡萄浆果内坏死病毒(Grapevine berry inner necrosis virus,GINV)检出率为64.7%和29.4%,均明显高于无症状样品(13.8%和10.3%)。本研究旨在探明‘阳光玫瑰’葡萄携带病毒的种类和侵染状况,为其病毒病防控及病毒脱除奠定基础。     

苹果锈果类病毒(ASSVd)的种群及遗传变异分析

苹果锈果类病毒apple scar skin viroid(ASSVd)引起苹果锈果病,是限制我国苹果生产的重要因素之一。然而,目前对ASSVd全球种群的组成及遗传变异仍缺乏足够的了解。为此,本研究对GenBank中登录的212条基因组序列进行了比较、变异分析以及系统发育分析。确认ASSVd的种群符合准种模式,由165种序列相似但不相同的变体组成。以来自我国苹果的MW315909和MW302328为代表的两种变体的数量最多,是主流变体。依据参考序列(NC001340)分析碱基变异,发现碱基变异偏好于某种碱基,并且偏好于基因组上的一些特定位点。变异不仅发生在基因组二级结构的左末端区、致病区、中央区,也发生在可变区和右末端区。值得指出的是,基因组上有4个区域极少发生变异,为保守区。其中的两个保守区(末端保守区和中央保守区)是已知的,而在可变区与右末端区交界处的两个保守区是新发现的,它们对ASSVd的复制和移动可能具有重要作用。这些结果不仅有助于掌握ASSVd的发生及流行,而且为研发RT-PCR/qPCR检测技术提供了参考,为研究ASSVd与寄主的相互作用提供了线索。