荒漠刺叶墙藓DNA的提取及PCR扩增反应条件

采用改进CTAB法、NaOH法和直接PCR法(direct PCR amplification)提取藓类生物结皮中刺叶墙藓(Tortula desertorumBroth.)基因组DNA,比较其分离效果以及ISSR扩增效果。结果表明:改进CTAB法提取的基因组DNA质量好、纯度高,ISSR扩增反应效果好。直接PCR法一旦体系建立,则是最简易快速、经济高效的模板制备方法,适于植株矮小、生物量很小的荒漠藓类植物个体模板DNA的制备。利用改进CTAB法获得的基因组DNA作为模板,对ISSR反应组分浓度及反应程序中的一些重要参数进行摸索和优化实验,建立了刺叶墙藓最优ISSR反应体系。反应总体积为20μL,各反应组分终浓度为:2μL10×Buffer,2 mM Mg2 ,0.1 mM dNTPs,0.2μM引物,10~40 ng模板DNA,1U Taq酶。扩增程序为:94℃4 min,1个循环;94℃45 s,退火温度(Tm)45 s,72℃1 min,35个循环;72℃7 min,1个循环;4℃保存。刺叶墙藓是组成古尔班通古特沙漠藓类生物结皮的优势种,研究结果为进一步开展刺叶墙藓遗传多样性的研究奠定了基础。     

一种改进的水稻总DNA的快速提取方法

植物总DNA的提取质量是植物分子生物学操作成败的关键,一个优秀的总DNA提取方法往往可以达到事半功倍的效果.本文以水稻叶片为材料,提出了一种改进的植物叶片总DNA快速提取方法,该方法能在35min之内提取到水稻总DNA.电泳结果表明此改进方法提取的总DNA产量与传统CTAB法相当,PCR扩增结果表明其质量可靠,完全可以满足分子生物学操作的要求.     

法国野燕麦单粒种子DNA 快速提取方法的比较

本文以法国野燕麦作为材料,比较了CTAB、SDS、NaOH裂解3种方法提取单粒种子DNA的效果,根据核糖体DNA的PCR扩增结果,结合准确、快速和简便的原则,挑选出快速提取单粒种子DNA的方法,为杂草种子快速分子鉴定打下基础。     

西瓜细菌性果斑病菌快速免疫PCR检测

对种子携带的西瓜细菌性果斑病菌(Acidovorax avenae subsp. citrulli)进行简单抽提和纯化,不经过DNA提取而以病原菌为模板进行PCR检测.结果显示,对带菌种子提取液采用直接PCR法最低检出限为3600个细菌/mL,而免疫PCR最低检出限可达到600个细菌/mL.免疫PCR法可以有效富集病原后再扩增,方便快速,成本低,灵敏度高,适用于种子携带微量的西瓜细菌性果斑病菌的快速鉴定.     

小麦白粉病菌基因组DNA的微量提取及ISSR-PCR反应体系的优化

为了寻找适合小麦白粉菌基因组DNA微量提取的方法,本试验利用改进的CTAB法、电钻微量研磨一管法、FastPrep DNA试剂盒法和Chelex-100法分别提取小麦白粉菌基因组DNA。比较得出,在微量提取时,CTAB法的提取率较高;在分生孢子量较多时,FastPrep DNA试剂盒方法提取的DNA质量较高,这两种方法提取的DNA均适用于ISSR-PCR。采用正交设计L16(45)法优化了适合于小麦白粉病菌群体的ISSR体系,确定了25μL时优化的反应体系:1×buffer、模板DNA0.5ng、dNTP0.14mmol/L、TaqDNA聚合酶1U、引物1.4μmol/L、Mg2+1.8mmol/L。利用该体系筛选出了一批多态性较好的ISSR引物,为小麦白粉病菌遗传多样性研究奠定了基础。     

土壤蜡蚧轮枝菌DNA提取方法的改进及其应用效果

土壤真菌分子生态学研究需要大量和高效地提取真菌的DNA。应用市售的一般试剂盒提取土壤虫生真菌DNA,常常存在得率和质量低的问题,甚至根本提取不到土壤真菌的DNA样品。针对这一问题,本研究对细胞破碎方式及后续DNA提取参数进行了一系列的改进和优化,建立了一套针对性的提取方法。该提取法对虫生真菌—蜡蚧轮枝菌纯培养物的灵敏度极高,可在10个孢子的条件下提取到DNA,而市售的试剂盒则不能提取到(试剂盒在107个孢子条件仍提不到DNA);该提取法对人工投菌土样的DNA提取灵敏度达到102个孢子/克土,所得的DNA纯度高,无明显抑制后续PCR扩增的物质;施用过蜡蚧轮枝菌的田间土样所得DNA样品可成功扩增出蜡蚧轮枝菌特异片段,而未施用过蜡蚧轮枝菌的田间土样所得DNA样品不能扩增出蜡蚧轮枝菌特异片段。本提取方法具有灵敏度和纯度高的特点,适用于土壤虫生真菌的分子生态学样品制备。     

蚜虫内共生菌基因组DNA提取方法的比较和优化

为探究蚜虫共生菌基因组DNA的提取方案,以桃蚜为试验材料,比较了目前较为常用的4种蚜虫基因组DNA提取方法,从DNA纯度、完整性、PCR扩增效率及稳定性等方面进行了比较和评价,并通过调整蛋白酶K用量和水浴温度及时间对STE法进行了优化。结果表明,4种方法提取的蚜虫共生菌基因组DNA均可用于共生菌的PCR扩增检测;CTAB法和SDS法提取的DNA纯度较高,条带较完整,稳定性相对较高,不易降解,而STE法和PCR缓冲液法操作简便,适于快速提取单头蚜虫共生菌的基因组DNA,但纯度相对较低;可根据试验条件和要求进行选择。STE法优化条件为:用30 μL STE缓冲液将蚜虫匀浆,加入1.5 μL 20 mg/mL蛋白酶K,于56 ℃水浴1.5 h;再加入0.1 μL 10 mg/L RNA酶,于37 ℃培养1 h,95 ℃下处理5 min,5 000 r/min离心3 min,将提取到的DNA于-20 ℃保存或直接用于PCR扩增。优化后的STE法可作为提取蚜虫共生菌基因组DNA经济而快捷有效的方法。     

葡萄苦腐病菌的分子检测方法

葡萄苦腐病菌(Greeneria uvicola)是我国检疫性有害生物.本研究根据G.uvicola的ITS基因序列,设计了PCR引物GUA-1和GUA-2以及实时荧光PCR引物GUA-P1和GUA-P2及荧光探针GUA-Probe-117.利用引物GUA-1和GUA-2进行PCR扩增,G.uvicola和感染G.uvicola的红提葡萄可产生354 bp的特异性片段;实时荧光PCR扩增,G.uvicola和感染G.uvicola的红提葡萄均出现强荧光信号(△Rn)增加.而葡萄上其他常见真菌样品以及健康的红提葡萄既无特异性扩增也无荧光信号增加.灵敏度测试中,普通PCR可检测到含G.uvicola DNA浓度0.05ng/μL以上的样品,实时荧光PCR可检测到含G.uvicola DNA浓度0.0005 ng/μL以上的样品.由此确立了G.uvicola的两种稳定可靠、灵敏的分子检测方法.     

套式PCR直接检测印度腥黑穗病菌冬孢子

用印度腥黑穗病菌冬孢子制备模板DNA ,利用印腥特异性引物T3 /T6,T3 /T4和套式PCR(nestPCR)扩增技术直接检测印腥冬孢子 ,检测的灵敏度可达 1个冬孢子。检测时间缩短为 1天。这种简单、快速、灵敏、实用和准确的PCR检测技术适用于口岸印腥检疫的需要 ,解决了常规PCR检测中DNA制备需要萌发冬孢子和检测时间长的难题。     

单条线虫DNA提取方法

大量线虫DNA的提取可能因线虫不纯而受到污染,溶液多次转移造成DNA损失,并且在提取过程中加入过多的溶质离子也可能对PCR扩增有干扰,从而影响下一步的研究。本研究用液氮快速冷冻单条线虫,继以85℃快速变温,用温度的剧烈变化使线虫裂解,再以蛋白酶K降解蛋白质,提高了获得的DNA的纯度和数量。通过多种线虫的验证试验表明,该方法高效、快速、稳定。该试验方法有如下优点:(1)使用Taq酶附带的PCR Buffer代替WLB裂解液和SDS裂解液,减少了配置的不确定性和外来离子的影响。(2)整个提取过程在一个PCR管中完成,并可直接用于PCR扩增,没有溶液的转移和过多的溶质添加,减少污染和对后续PCR的影响。(3)使用变温处理代替其他手工破碎方法,减少了外界污染物的掺入,不需要手工操作技巧。与另外2种提取线虫DNA的蛋白酶K方法相比,本研究提取单条线虫DNA的时间短,效率高,PCR扩增结果稳定可靠,符合快速检测的需求;此外,本研究所使用的方法降解单条线虫蛋白质彻底,提取DNA数量多,稀释32倍仍能扩增出明显的条带,可进行多次分子试验研究。     

数字PCR在转基因植物检测中的应用

随着转基因植物种植规模不断扩大，对其中转基因成分检测也提出了新的要求。近年来，数字PCR作为一种新兴的分子生物学技术在其检测方面得到了广泛应用。本文主要介绍了数字PCR的原理及数字PCR在转基因检测中的应用优势，并对转基因植物检测中的转基因成分定量检测、标准物质制备与定值及外源基因拷贝数鉴定等应用进行了总结。     

高GC含量青枯菌aac基因PCR扩增体系的建立与优化

通过添加增效剂、正交试验设计优化PCR反应体系、联合采用多种PCR程序等措施,建立并优化了PCR扩增体系,成功地从高GC青枯菌基因组中扩增出了长度为2434bp且GC含量高达70．9Y00的aac基因。PCR反应体系为20pL包括5％DMSO、2．5mmol／LMgCl2、500／xmol／L dNTP、10pmol／L引物、1．25U Taq酶、50ng模板DNA。首先采用热启动PCR：95℃5min,保持80℃,加入Taq酶;然后采用二步PCR：5个循环包括变性95℃1min,65℃1min;最后采用降落PCR：30个循环为95℃ 1min,78℃1min,每个循环降低0．5℃,72℃3min;补充10个循环为95℃1min,63℃1min,72℃3min;72℃10min。该试验体系的建立与优化为研究高GC含量生物的基因功能提供了方法。     

PCR-DHPLC技术快速检测玉米细菌性枯萎病菌

本研究成功建立了玉米细菌性枯萎病菌的PCR检测方法.该方法根据细菌ITS序列的特异性,设计了对玉米细菌性枯萎病菌具有稳定性点突变的特异性引物及探针,并对5株玉米细菌性枯萎病菌及18种植物原性细菌的DNA进行了PCR、实时荧光PCR及PCR结合变性高效液相色谱技术(PCR-DHPLC)检测.结果表明,几种方法特异性强,检测灵敏度均为菌液浓度102 cfu/mL,PCR-DHPLC技术具有检测成本较低、高通量、自动化程度高、污染风险小及鉴定结果准确等特点,能够满足快速、准确诊断玉米细菌性枯萎病菌的要求.     

水稻白叶枯病菌北方菌株的分子鉴别和致病型分析

为了阐明水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzaepv.oryzae,Xoo)北方菌株的毒性组成,对2008年和2009年从辽宁、吉林、河北、山东稻区采集的103个菌株进行了PCR分子鉴定,并利用一套水稻抗白叶枯病近等基因系作为鉴别品种,进行了致病性测定。结果表明,用3种不同引物对测定菌株基因组进行PCR扩增,均可以鉴别出与Xoo代表菌株完全一致、而与水稻条斑病菌明显不同的特异性扩增片段带型。6个水稻鉴别品种对测定菌株的感病反应明显不同,抗病性强弱依次为IRBB5IRBB13IRBB3IRBB14IRBB2IRBB24。103个菌株对6个水稻鉴别品种表现出毒力多样性,92个菌株(89.32%)表现与9个标准小种(R1~R9)代表菌株相同的致病型,其中36个R5和R8菌株为优势菌株,9个菌株为对6个水稻品种都致病的R9强毒力菌株;此外,新发现了其余11个菌株(10.68%)具有7种新的致病型(R10~R16)。     

PCR技术快速检测玉米内州萎蔫病菌研究

玉米内州萎蔫病是北美玉米生产中的严重病害,为防止其传入我国,本研究采用Clavibacter michiganensis不同亚种的转录间隔区序列,设计了特异性的PCR引物,对C.michiganensis种下不同亚种的DNA进行了PCR扩增反应,结果表明,只有玉米内州萎蔫病菌的特异性扩增得到大小为170bp的目标片段,且仅有此一条明显的PCR扩增产物,C.michganensis种下其他亚种无扩增产物。PCR反应的灵敏度为4.36×105cfu/mL和1.56×102pg,可以满足检疫的要求。     

彩色马蹄莲欧文氏菌PCR检测

采用聚合酶链式反应(PCR)技术检测彩色马蹄莲欧文氏菌纯培养和彩色马蹄莲样品,并用分离培养技术加以验证。结果表明,PCR能特异地检测出所有10个彩色马蹄莲欧文氏菌菌株,并证实了昆明地区侵染彩色马蹄莲的细菌为胡萝卜软腐欧文氏菌(Erwiniacarotovora subsp.carotovora)。PCR与分离培养技术检测结果基本一致,但总体上PCR检测阳性率稍高于分离培养检测的发病率。接种马铃薯、大白菜24h后接种点处均出现明显软腐症状。该项技术具有更高的灵敏度,适用于彩色马蹄莲种苗的检测和病害流行学研究。     

PCR方法从进口饲料中检出转基因成分

本方法通过PCR扩增,从进口饲料泰农-40中得到35S启动子和Nos终止子外源基因片段,同时,从进口饲料效美素中得到Nos终止子基因片段,经酶切验证,最后判定这两种饲料中均含有转基因成分.     

PCR技术检测种传植病细菌研究进展

本文综述了PCR技术在种传植病细菌检测方面近年来的研究进展状况，对各种检测方法进行了比较详细的介绍，着重阐述了种类、原理、灵敏度等方面的研究进展。     

进境兰花褐斑病菌的分离及PCR鉴定

兰花褐斑病（Acidovorax avenae subsp. cattleyae）是兰花上一种很重要的细菌性病害.在检疫监管中,对进境文心兰（Oncidiums spp.）疑似兰花褐斑病症状的植株分离所得细菌进行过敏性坏死反应、生理生化反应的基础上,利用特异性引物和ITS通用引物进行了PCR扩增及序列分析,确认该病害为A. avenae subsp. cattleyae.此为我国首次从进境兰花中截获兰花褐斑病菌.     

南芥菜花叶病毒的几种PCR检测方法的建立和比较研究

 以进境种球中截获的带毒洋水仙和郁金香为试验材料,建立了ArMV的免疫捕获RT-PCR、巢式PCR和Real-time PCR方法,并比较了几种检测方法的灵敏度。DAS-ELISA的检测灵敏度较低,为1mg洋水仙或10mg郁金香带毒种球,而各种PCR方法的灵敏度可高于DAS-ELISA 100倍以上,其中Real-time PCR检测的灵敏度最高,可从20ng洋水仙或2μg郁金香的带毒种球中检出ArMV。鉴于DAS-ELISA灵敏度较低,建议在用ELISA初筛时,如样品OD₄₀₅值与阴性对照OD₄₀₅值之比在2.0左右时需要再用分子方法加以确证,以防漏检。