对虾抗病性状遗传标记的RAPD分析

对人工选育的第3代中国对虾和选育的第1代凡纳对虾进行个体人工感染WSSV后，选取感染WSSV十余天但仍健康的对虾为实验材料，用220个随机引物进行RAPD分析，得到抗病性状相关的特异性遗传标记99个。其中中国对虾抗病组特异性片段出现了18个，片段大小在460－2305bp之间；凡纳对虾抗病组特异性片段产生81个，片段大小在435－2287bp。77个引物在两种对虾的抗病组扩增出特异性遗传标记，其中有4个引物各获得了三个特异性片段，有13个引物各获得了两个特异性片段，其余61个引物各获得了1个特异性片段。     

3种扇贝遗传结构的RAPD分析

用RAPD方法对扇贝科中的虾夷扇贝、海湾扇贝和栉孔扇贝的基因组DNA的特异性遗传标记进行分析,筛选了43个随机引物,有13个引物获得了片段长度在250～2000 bp之间且重复性良好的谱带,每个引物分别获得了4～17个大小不等的片段,共获得了170个扩增片段,其中12个引物得到特异性片段58个,可以将两种或者3种扇贝区别开来。通过Popgene 3.2分析软件包统计表明,虾夷扇贝与海湾扇贝的遗传距离最大,为0.2481;栉孔扇贝与海湾扇贝的遗传距离次之,为0.2161;虾夷扇贝和栉孔扇贝遗传距离最小,其值为0.2133。根据遗传距离指数,用MEGA3统计软件中的UPGMA方法进行聚类分析,构建系统树。     

四种淡水鱼的RAPD分析

用RAPD技术分析了四种淡水鱼-鲫鱼、鳊鱼、草鱼及鲢鱼的种间和种内的遗传变异。用30个随机引物进行了RAPD扩增，其中29个引物得到扩增产物，选取其中11个带纹清晰、多态性较丰富的引物的扩增图谱进行遗传距离的计算，并进行聚类分析，同时获得四种淡水鱼各自的特异性标记。     

凡纳滨对虾中发光坎氏弧菌的分离、鉴定及致病性

为研究凡纳滨对虾死亡的致病机理,实验采用TCBS培养基从濒死凡纳滨对虾肝胰腺分离到浅绿色、直径3～7 mm的发荧光菌落;革兰氏染色为阴性短杆菌;经API20E鉴定,分离株PvL-1与坎氏弧菌参考菌株CAIM249相似度为90%;fitZ序列与坎氏弧菌CP020076相似度为99.31%;gapA序列与坎氏弧菌EF596552相似度为98.89%;采用坎氏弧菌种特异性引物对PvL-1进行PCR分析,可扩增出坎氏弧菌种特异性片段,不能扩增出轮虫弧菌和哈维氏弧菌特异性片段,上述结果表明PvL-1为坎氏弧菌成员。分离菌株在10%脱纤维羊血平板呈β溶血,脱脂奶粉平板出现明显透明圈,表明存在溶血性和胞外蛋白酶活性。分析了PvL-1的急性肝胰腺坏死病、溶血素基因、菌毛基因和其他毒力基因,表明PvL-1具有AP4、TLH、vcahHly、flaC、mukF、gloB、sodB和esrB等毒力基因。PvL-1可使健康凡纳滨对虾发病死亡,濒死凡纳滨对虾与自然发病虾呈现类似症状,对凡纳滨对虾半数致死浓度(LD50)2.94×104 CFU/尾;病理组织观察发现,人工感染发病凡纳滨对虾肝胰腺小管细胞脱落、崩解、血细胞浸润等,与自然发病凡纳滨对虾病理特征相同。研究表明,本次实验分离到可发光的坎氏弧菌PvL-1,对凡纳滨对虾有较强致病性,拓展了对凡纳滨对虾发光坎氏弧菌的认知。     

凡纳滨对虾养殖亲本群体遗传多样性分析

运用微卫星标记技术,选用8对微卫星引物对厦门市5个凡纳滨对虾亲虾群体(ZA1、HN、ZA2、ZP、DS)进行遗传多样性分析。结果显示,8对微卫星引物在5个凡纳滨对虾亲虾群体中共检测到75个等位基因,各群体的平均等位基因数(Na)为3. 875～7. 000、平均有效等位基因数(Ne)为2. 632～3. 719、平均PIC值范围在0. 498～0. 624。平均观测杂合度(Ho)为0. 410～0. 562、平均期望杂合度(He)为0. 589～0. 687。各群体的平均近交系数(Fis)为0. 147～0. 305,说明各群体内近交程度较高,存在杂合子缺失现象。除ZP与DS群体外,其他群体在多个微卫星位点上均显著偏离平衡(P 0. 05),说明大部分群体存在杂合子缺失现象。遗传变异分析结果显示,各群体间的遗传分化指数(Fst)为0. 028～0. 199;根据Fst计算得到各群体间的Slatkin’s遗传距离在0. 029～0. 249之间。本研究结果表明,采自厦门市的5个凡纳滨对虾亲虾群体均存在不同程度的近交现象。本文通过对厦门市5个凡纳滨对虾亲虾群体进行遗传多样性分析,旨在明确厦门市凡纳滨对虾亲虾群体的遗传结构、种质资源状况及近交程度,为该地区凡纳滨对虾种质资源的提纯、保优、复壮及遗传选育提供背景资料和建议。     

凡纳滨对虾亲本和子一代群体的线粒体DNA遗传特征研究

对凡纳滨对虾亲本和子一代进行线粒体控制区扩增,经测序共获得53个样本(亲虾15个,子一代38个)的线粒体D-loop区序列,长为530 bp,序列有24个变异位点,总变异为4.53%,1个插入和(或)缺失位点,共13种单倍型,13个单倍型T、C、A、G的平均含量分别为48.8%、10.6%、33.6%和7.0%,(A+T)%为82.4%,远大于(G+C)%的17.6%。亲本群体与子一代群体碱基含量相同,没有差异。凡纳滨对虾亲本15个个体有5个单倍型,单倍型多样性为0.695,核苷酸多样性为0.010 26,子一代单倍型多样性为0.772,核苷酸多样性为0.01038。凡纳滨对虾亲本群体与子一代群体的遗传距离为0.001,其中亲本群体内个体间的平均遗传距离为0.0145,子一代群体内平均遗传距离为0.0120。亲本和子一代间的遗传分化系数为-0.036 44,AMOVA分析显示,变异主要来自于群体内,亲本与子一代间无分化。     

基于两种对虾参考基因组的中国明对虾性别分化区域初步探查

中国明对虾是我国最重要的养殖虾类之一。性成熟后的中国明对虾在生长和体色上表现出性别二态性。为了探查基因组上潜在的性别分化相关区域,对中国明对虾进行了全基因组重测序研究。分别使用中国明对虾基因组和其近缘物种凡纳滨对虾的基因组作为参考基因组,计算了雌雄中国明对虾之间的遗传分化指数F_st,以筛查基因组上的性别分化相关区域。当使用中国明对虾参考基因组时,有约89%的中国明对虾测序读段全部或部分比对到中国明对虾参考基因,覆盖度大约为84%。基因组上F_st出现较多杂乱的峰,其中LG5的F_st值整体呈升高的趋势,另外LG13、LG17及LG35均有F_st指数相对较高的区域。而当使用凡纳滨对虾参考基因组时,有约60%的中国明对虾测序读段全部或部分比对到凡纳滨对虾参考基因,覆盖度约为52%。Scaffold 2550和Scaffold 3683上分别有2个最显著的峰。将雌雄中国明对虾转录组测序数据与凡纳滨对虾的参考基因组比对后,获得了中国明对虾的粗略表达谱,挖掘出了丰富的差异表达基因。分析了前述2个Scaffold上...     

凡纳滨对虾28.5D血蓝蛋白的降解新片段

血蓝蛋白是一种具有多种非特异性免疫学活性且可以产生免疫学活性降解片段的多功能蛋白。为了探索血蓝蛋白新的降解片段，本研究以凡纳滨对虾旺itopenaeus vannamei）为研究对象，采用比较蛋白质学技术分析对虾感染病原菌后血清蛋白质组的变化。结果发现，对虾感染副溶血弧菌（Hbrio parahaemolyticus）12h后，血清中新增一种28．5kD的蛋白（命名为p28．5）。经MALDI-TOF／MS分析，其与凡纳滨对虾血蓝蛋白75kD亚基具有高度同源性。进一步研究显示，p28．5蛋白不仅可与抗血蓝蛋白抗体发生特异性结合，而且还与对虾抗感染能力呈正相关。由此推测，p28．5蛋白应该是对虾感染病原菌后产生的一种28．5kD血蓝蛋白降解新片段，其可能是血蓝蛋白发挥免疫学功能的一种新方式的产物。[中国水产科学，2008，15（3）：425-430]     

凡纳滨对虾６群体的形态差异及判别分析

运用3种多元分析方法对6个不同地理群体凡纳滨对虾的形态差异进行了比较研究，聚类分析显示广东和厦门的群体形态较为接近，而与浙江，海南三亚（盐度10‰、70‰）的差异程度较大，渤海湾捕捞的野生凡纳滨对虾与另外5个群体欧氏距离最远；主成分分析构建了4个主成分，贡献率分别为主成分1：28.96%，主成分2：18.22%，主成分3：14.89%，主成分4：10.51%，累计贡献率72.58%；判别分析结果，判别准确率P1为76.7%-96.6%，判别准确率P2为82.3%-100%，综合判别准确率为88.33%。虽然6个凡纳滨对虾群体在形态上已有一定程度的差异，但均未达到亚种水平。     

凡纳滨对虾引进群体与养殖群体遗传多样性的AFLP分析

为了解引进群体与国内养殖凡纳滨对虾群体遗传多样性水平,提高我国凡纳滨对虾种质改良效果,应用AFLP标记技术对国外引进群体和国内养殖凡纳滨对虾群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对7个群体(4个引进群体,3个养殖群体)210个个体进行扩增,结果发现,7个群体在100~500 bp共检测到105个位点,其中多态性位点为90个,多态位点比例为85.71%。4个引进群体(KONABA、SISMAN、OI、CHAI)的多态性位点百分率分别为62.5%,57.29%,61.21%,61.46%;3个国内养殖群体(ZX、ZK、GDOU)的多态性位点百分率分别为65.63%,61.46%,54.17%。7个群体的平均期望杂合度为0.202,表明所检测的7个群体均具有较高的遗传多样性。AMOVA分析显示,51.79%的变异来源于群体间,群体的平均ΦST值为0.518,表明凡纳滨对虾群体内遗传多样性非常丰富,群体间相似性较大,且存在较强的基因交流。本研究可为我国凡纳滨对虾种质改良提供基础资料。