回归分析在渔具材料标准制订中的应用

<正> 在制订渔具材料标准中,特别是一些产品标准,首先涉及到技术指标的确定.例如:绳索和网线的直径、线密度、断裂强力等.对于这些具有相关关系的技术指标,能否应用回归分析?本文就回归分析在渔具材料标准制订中的应用作一探讨.一、概述回归分析欲将回归分析用之于标准制订,应着重掌握回归分析的方法.回归分析的主要方法:一元线性回归、     

利用鲫鱼监测水环境中汞污染的研究

为科学利用鱼类等水生动物监测并评价水环境中汞污染的程度,试验在松花江、黑龙江、乌苏里江等河流的特定区域设置5个采样点,先监测对应水环境中汞含量,然后在禁渔期前采集监测区域内的鲫鱼(Carassius auratus),测定体重和肌肉中的汞含量.结果发现,同一水域中鲫鱼肌肉汞含量与其体重明显正相关(r>0.765),当鱼体大小不统一时,可用线性回归方法拟合计算相同规格的鲫鱼肌肉汞含量,经拟合计算的同一规格的鲫鱼肌肉汞含量与其栖息水环境中汞的污染水平极显著正相关(p<0.01).利用线性回归方法拟合计算的鲫鱼肌肉汞含量可以定量评价和比较水环境受汞污染的程度和大小.     

绥芬河驼背大麻哈鱼移殖放流及回归效果的初步研究

本文首次报道驼背大麻哈鱼人工放流及其回归效果。根据驼背大麻哈鱼具回归母河川的生物学特异性,在注入日本海的绥芬河水系进行移植放流试验。1988年4月放流稚鱼72万尾,1989年6～8月放流群体回归母河川,在我国境内河区重捕回归成鱼 647尾,比该水系自然群体猛增约30倍,回归率为0.087％,标志回归率为0.023％。该项放流试验效果显著,为绥芬河水系驼背大麻哈鱼资源增殖提供重要的科学依据。     

利用气候因子对Fox模型计算东海总经济鱼类CPUE的优化

气候因子是影响海洋鱼类资源的重要因素之一.本研究采用1951-1984年东海总渔获量和捕捞努力量数据,尝试将海表温度(SST)、冬夏季风、台风、长江径流4个气候因子引入Fox剩余产量模型中来对单位捕捞努力渔获量(CPUE)进行优化.在线性和指数回归模型中,运用AIC准则将气候因子对模型参数α进行逐步回归.结果均筛选出SST、夏季风2个主要气候因子作为模型的补充变量,经AIC准则判断,线性模型为最适模型.气候因子和参数α的线性回归模型回归系数R2为0.495,模型中各参数的P值都小于0.01,95%置信区间均不包含0.经气候因子优化后的模型对CPUE的拟合效果比优化前显著增强,说明SST、夏季风对东海渔业资源量的影响最为显著.     

水库渔获量与环境因素的多元回归模型

建国以来，全国共兴建水库86，000多座，养鱼面积达3，000万亩。为了充分发挥水库的渔业生产潜力，不少同志从资源利用、放养效益、浮游生物与鱼产力关系等方面探索了水库的渔业生产力。本文试图从水库渔获量与环境因素的关系出发，应用线性全回归模型、秩相关模型和对数偏相关模型等三种不同的方法，建立渔获量与环境的多元回归方程，     

鲤低氧适应性状的全基因组关联分析

低氧适应是水产养殖物种的重要性状,筛选用于改良低氧适应性状的分子标记及候选基因有助于鱼类耐低氧品种选育.在数量性状和质量性状的遗传研究中,全基因组关联分析(GWAS)广泛应用于性状相关标记和基因的发掘.本研究对鲤(Cyprinus carpio)养殖群体开展了低氧胁迫实验,选取了低氧敏感和低氧耐受的极端性状个体作为研究...     

不同地理群体三疣梭子蟹mtDNA本底甲基化水平分析

利用重亚硫酸盐测序法,对适于三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)线粒体基因组甲基化分析的BSP(Bisulfite sequencing PCR)引物进行了筛选,在设计的21对引物中,获得了12对BSP引物。利用这12对引物分析了三疣梭子蟹海州湾群体(江苏连云港)和莱州湾群体(山东东营)线粒体基因组本底甲基化水平,结果表明:海州湾群体不存在甲基化现象,莱州湾群体发现了2个个体在ND2基因(NADH脱氢酶亚基2)位点存在甲基化现象;在存在甲基化的个体中,甲基化类型主要为CHG和CHH类型,还有少量Cp G类型。该研究结果说明,莱州湾群体和海州湾群体线粒体基因组本底水平上的甲基化特征存在一定差异,相关研究值得进一步深入探讨。     

畜禽全基因组关联分析概述

全基因组关联分析(GWAS),这一方法基于常见疾病(性状)、常见变异(common disease,common variant)的假设,也就是认为常见的疾病或者性状主要由少数常见(这里指等位基因频率在群体中不低于1%)突变引起的,GWAS分析是利用遍布于整个基因组范围的SNP分子标记,并借助统计学工具对影响复杂性状的遗传变异进行鉴定和分析的方法 ~([1])。与以往的候选基因研究策略明显不同的是,GWAS不再受预先设定的候选基因的限制,使得众多功能不明的基因及大量基因间区域的SNP都为复杂性状的研究提供了线索。概述全基因组关联分析的特点方法、局限性及在畜禽中的作用。     

水产群体基因组重测序数据分析软件包的开发

为了帮助水生动物学研究者解决群体遗传学基础分析的困难，本实验在调研现有的水生动物重测序数据分析研究和成果的基础上，基于水生动物群体遗传学的常用方法和通用分析软件，构建可于本地运行的、能够完成大部分基因组重测序数据基础计算的软件包。软件包首先将质控过滤后的重测序数据与参考基因组序列进行比对，利用比对结果检测基因组的遗传变异，对群体进行系统发育分析、群体结构分析、主成分分析、遗传多样性重要量化指标的计算和选择性消除分析等，并通过R或Python语言工具包对分析结果进行可视化。根据该软件包对来自3个群体、共约30尾大黄鱼个体的简化基因组测序数据进行分析测试的结果，完成了软件包携带的测序数据比对、单核苷酸多态性(SNP)鉴定、系统进化树构建、群体结构预测、连锁不平衡检测和多样性指标等计算功能，并且较好地图形可视化了分析结果。该群体基因组重测序分析的简易软件包可用于野生和自然群体的群体遗传学分析的大部分基础统计、计算和绘图，适合包括水生生物学在内的相关领域的生物学研究者进行群体基因组学研究。本研究为水生动物重测序数据分析提供便利，节约科研时间，减少人力物力成本。相关源码和使用说明文档已公开上传至...     

凡纳滨对虾多个引进群体的杂交配合力分析

利用人工授精技术,通过双列杂交和巢式交配设计,以7个凡纳滨对虾群体生产家系130个,建立育种基础群体.利用混合线性模型和广义线性模型,结合约束极大似然法估计不同引进群体体质量和存活性状的一般配合力(general combining ability,GCA)和特殊配合力(special combining ability,SCA).结果显示,对于体质量性状,UA5、UA4和SIN 3个群体的GCA值最高,分别为0.42、0.32和0.19;17个杂交组合中,UA5×SIN、UA1×UA2、UA4×UA5、UA4×SIN和UA1×SIN 5个组合体质量和存活性状的SCA值正向优势较明显,是生产优良子代的优先搭配组合;体质量和存活性状配合力方差分析结果显示,不同环境下体质量性状GCA和SCA方差组分所占比例不同,但总体差异不大;相关性分析显示,不同环境下体质量性状配合力之间存在正相关,而存活性状存在负相关.     

大菱鲆体重和体尺性状联合GWAS分析

为了揭示大菱鲆(Scophthalmus maximus)体重和体尺性状的分子遗传机制，探寻用于改良目标性状的分子标记及候选基因，本研究以大菱鲆育种群体为研究对象，分别测量其体重、体长、体宽和尾柄宽性状的表型值，利用简化基因组测序技术(2b-RAD)获得相应基因型数据，进行全基因组关联研究(Genome-wide association study, GWAS)，筛选与大菱鲆体重和体尺性状显著关联的数量性状核苷酸(Quantitative trait nucleotides, QTNs)遗传位点。结果显示，以多性状线性混合模型(mvLMM)对体重–体长和体长–体宽–尾柄宽2个性状组合进行多性状GWAS分析，分别检测到9个和2个一因多效QTNs；以单一性状线性混合模型(LMM)对各个性状进行GWAS分析，在体重性状中检测到4个与之显著关联的QTNs，在体长和体宽性状中各检测到1个QTN，而在尾柄宽性状中则没有检测到显著的遗传位点。比较2种模型的结果，发现mvLMM相较于LMM能够检测到更多QTNs，且检测到的QTNs为更具生物学意义的一因多效QTNs。本研究首次利用mvLMM和LMM对大菱鲆体重和体尺性状进行联合GWAS分析，共筛选到17个显著的QTNs，其中，有4个QTNs被重复检测到。以这些检测到的QTNs为探针，在大菱鲆全基因组上找到了距离其最近的12个候选基因，它们可能是影响大菱鲆体重和体尺性状的重要候选标记和功能基因，本研究为大菱鲆体重和体尺性状的分子标记辅助选育提供了理论素材和参考。     

半滑舌鳎有效群体大小估计

为了解半滑舌鳎当前的群体遗传结构，探究半滑舌鳎有效群体大小(N_e)发展趋势及现状，实验通过性别特异性分子标记随机鉴定了800尾半滑舌鳎的遗传性别，选取297个遗传雌性半滑舌鳎样本进行简化基因组测序(2b-RAD)，获得了64 416个可用SNP标记，利用这些标记进行全基因组范围的连锁不平衡分析得到各染色体上连锁不平衡分布；根据标记间不同物理间距进行半滑舌鳎有效群体大小的估计，初步了解各历史世代下有效群体规模；通过选择0.1、0.2、0.5、1.0、2.0、5.0、10.0 Mb等7个不同染色体片段大小反映出半滑舌鳎群体遗传结构经过自然与人工共同选择的历史发展趋势。结果显示，半滑舌鳎有效群体大小随其连锁不平衡程度衰减而呈连续下降趋势，至2世代前其有效群体大小仅为29尾左右。     

半滑舌鳎养殖群体的性比与雌雄形态差异比较

为研究半滑舌鳎养殖群体幼鱼阶段的性比变化,实验用分子标记法鉴定半滑舌鳎遗传性别,用组织切片方法鉴定表型性别,并比较了表型雌雄的生长差异。结果发现,在半滑舌鳎幼鱼阶段,在遗传性别上,雌雄所占比例约为1∶1,差异不显著(P>0.05)。在表型性别上,雌雄比例约为1∶3,差异极显著(P<0.01)。表型雄性中,由遗传性雄性和遗传上为雌性而表型上为雄性的"伪雄鱼"两部分组成。在养殖群体中,表型雌性、伪雄鱼和雄性三者的比例大致为1∶1∶2。养殖现场反映的雌性约占1/4的情况与本研究结果基本一致。本研究没有发现遗传上为雄性,而表型上为雌性的个体。在6～8月龄间,伪雄鱼的全长、体质量处于表型雌性与正常雄性之间,与两者均无显著差异。在相似全长范围内,雄鱼体高小于雌鱼,雄鱼的全长/体高的平均值为4.05,雌鱼的平均值为3.89,雄鱼的全长/体高比值显著大于雌鱼(P<0.05),此比值可以作为区分雌雄鱼苗种的参考。     

半滑舌鳎养殖群体中自然性逆转伪雄鱼的发现

利用雌性特异标记遗传性别鉴定技术,对71尾4龄半滑舌鳎的生理和遗传性别进行鉴定,结果显示32尾生理型雌鱼均能扩增出205bp的雌性特异条带;39尾生理型雄鱼,仅一尾鱼体重显著高于其他雄鱼并扩增出了雌性特异条带,因此这尾鱼遗传上为雌性,是一尾伪雄鱼。对养殖的600尾半滑舌鳎生理雄鱼大规模检测发现,养殖群体自然性逆转伪雄鱼比例为1.66%。对正常雌、雄鱼和1龄自然性逆转伪雄鱼的性腺组织学观察显示,与正常雄鱼相比,伪雄鱼性腺中也有大量的精母细胞,但数量比正常雄鱼的要略少;且未在伪雄鱼的性腺组织中观察到卵母细胞,说明半滑舌鳎性逆转发生在性腺分化期。半滑舌鳎自然性逆转现象的发现有助于解释当前半滑舌鳎养殖群体中雄性率偏高的现象,为半滑舌鳎全雌苗种生产提供了一条新的技术途径,并丰富了鱼类性别分化理论。     

半滑舌鳎促滤泡激素基因全长cDNA的克隆与组织表达分析

从半滑舌鳎Cynoglossus semilaevis Günther脑垂体中提取总RNA,利用RT-PCR和RACE技术首次克隆得到半滑舌鳎促滤泡激素（FSH）基因全长cDNA序列。半滑舌鳎FSHcDNA全长为541bp,开放阅读框为393bp,编码130个氨基酸（GenBank序列登录号：JQ277933）。发现一个N-糖基化位点：24～27NTT。与其他脊椎动物的FSH成熟肽氨基酸序列同源性比较表明,半滑舌鳎FSH与鲽形目和鲈形目鱼类FSH同源性为42％～49％,与鲤形目和高等脊椎动物FSH同源性为27％～319/5。用MEGA4．0软件构建了NJ树,获得的进化树表明,半滑舌鳎FSH与其他鱼类FSH聚类,亲缘关系较近。实时荧光定量组织表达分析表明,FSHmRNA除在垂体中大量表达外,其他组织也有表达,尤以脑、性腺表达量较高。半滑舌鳎FSHmRNA在垂体以外组织中的广泛表达,暗示FSH可能具有广泛的生理功能。     

半滑舌鳎多聚免疫球蛋白受体(pIgR)基因的克隆和表达分析

本研究根据半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)基因组数据库中预测的多聚免疫球蛋白受体(Polymeric immunoglobulin receptor, pIgR)序列,通过PCR和RACE技术获得了半滑舌鳎pIgR基因cDNA,全长为1419 bp,开放阅读框(ORF)为1020 bp,编码339个氨基酸,5′UTR区域为109 bp,3′UTR区域为290bp。保守结构域分析显示,半滑舌鳎pIgR蛋白包含1个信号肽,2个免疫球蛋白功能域(Ig-like domain, ILD)和1个跨膜结构域。经蛋白序列同源比对和系统进化树分析,发现半滑舌鳎pIgR与大菱鲆(Scophthalmus maximus)和牙鲆(Paralichthy solivaceus)的pIgR亲缘关系最近。实时荧光定量PCR分析显示,pIgR基因在健康半滑舌鳎的不同组织中均有表达,在鳃中表达较高,在肌肉中表达最低。经哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)病原感染刺激后,pIgR基因在半滑舌鳎的5个组织(肝脏、脾脏、肾脏、肠和鳃)中均呈先上升后下降的趋势,其中,在脾脏和鳃中48 h达到最高值,在肝脏、肾脏和肠中72 h达到峰值。与内脏组织不同的是,pIgR基因在皮肤中呈一直上升的趋势。上述结果表明,pIgR基因在半滑舌鳎抵御哈维氏弧菌的免疫应答中发挥重要作用。     

半滑舌鳎微卫星标记的开发及其在F1家系中分离方式分析

利用富集文库-菌落原位杂交的方法筛选半滑舌鳎( Cynoglossus semilaevis)微卫星标记,构建富含(AC)和(AG)序列重复的半滑舌鳎微卫星富集文库,随机从文库中挑选1060个克隆,筛选得到883个(83.3％)阳性信号,菌落PCR检测742个阳性克隆片段的长度在500～1 200 bp范围内,随机挑选其中50个克隆进行测序,共设计引物33对,进行退火温度优化、多态性检测后,共得到20个多态的半滑舌鳎微卫星标记.对其进行分离方式分析,其中有17个位点符合孟德尔分离定律,共表现5种分离方式,可用于半滑舌鳎遗传连锁图谱的构建；另外有3个位点偏离孟德尔分离定律(P＜0.05).结果同时证明富集文库-菌落原位杂交是半滑舌鳎微卫星标记大量筛选和高密度遗传连锁图谱构建的一种行之有效的方法.     

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis) c-Jun基因的克隆及免疫应答分析

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)AP-1家族转录因子c-Jun基因(Jun proto-oncogene)及其在免疫应答中的作用尚无报道.本研究根据半滑舌鳎转录组数据库中预测的c-Jun序列,通过RACE技术和PCR扩增方法获得了半滑舌鳎c-Jun基因cDNA全长2093 bp,CDS区域共981 bp,编码326个氨基酸,5'UTR区域377 bp,3'UTR区域735 bp.SMART分析显示,C-JUN蛋白具有2个结构域:AP-1家族典型结构域Jun,以及高度保守的亮氨酸拉链结构域(BRLZ).经蛋白多序列同源比对、系统进化树分析,发现半滑舌鳎c-Jun与虹鳟(Oncorhynchus mykiss)c-Jun亲缘关系最近.实时荧光定量PCR分析显示,c-Jun基因在半滑舌鳎不同组织中普遍表达,在卵巢中表达量最高.鳗弧菌(Vibrio anguillarum)人工感染半滑舌鳎后,c-Jun基因在肝脏、脾脏、头肾、小肠、鳃、血液中表达量都出现不同程度上调,其中,鳃中变化最明显:感染12h后表达量达到0h时的13.20倍.使用LPS、PGN、PolyI:C和WGP病原模拟物刺激半滑舌鳎外周血淋巴细胞,结果显示,WGP诱导c-Jun基因上调表达,而LPS与PolyI:C均下调基因表达.以上实验结果表明,c-Jun基因在半滑舌鳎的免疫防御中发挥重要作用.     

引起半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis Günther)鱼苗大规模死亡的神经坏死病毒病

2012和2013年,山东某育苗场15–20日龄的半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis Günther)鱼苗出现暴发性大规模死亡,7 d内死亡率高达90%–100%。本研究调查了疾病的发生情况和临床特征,采集病鱼样品进行了组织病理学检查,并运用RT-PCR方法进行了病原的检测和基因序列分析。结果发现,半滑舌鳎鱼苗一般在7月和8月发病,发病时养殖水温为22–24℃。病鱼游泳行为异常,表现为上下翻游、螺旋性游动、全身大幅度波浪状浮动症状,但病鱼体表无出血和溃疡症状。组织病理检查发现,病鱼脑和视网膜组织出现严重的空泡化及坏死。病鱼样品的RT-PCR检测结果全部呈鱼类神经坏死病毒阳性。对得到的RT-PCR产物测序,进行BLAST比对,发现该病毒与鱼类神经坏死病毒的赤点石斑鱼神经坏死病毒(Red-spotted grouper nervous necrosis virus, RGNNV)基因型的相似性达98%以上,而与鱼类神经坏死病毒的其他3个基因型：黄带拟鲹神经坏死病毒(Striped jack nervous necrosis virus,SJNNV)、红鳍东方鲀神经坏死病毒(Tiger puffer nervous necrosis virus, TPNNV)和条斑星鲽神经坏死病毒(Barfin flounder nervous necrosis virus,BFNNV)的相似性仅为71%–78%。由此可以判定,本研究发现的引起半滑舌鳎鱼苗大规模死亡的神经坏死病毒为RGNNV基因型,半滑舌鳎也是鱼类神经坏死病毒的天然宿主。该发现在半滑舌鳎疾病防治和鱼类神经坏死病毒的流行机制研究方面都具有重要意义。     

基于径向基函数(RBF)神经网络的红鳍东方鲀体质量预测

基于表型性状预测红鳍东方鲀体重时,由于不同表型性状间的自相关、部分性状和体重之间的非线性关系以及线性回归方法自变量间的共线性,结果导致预测误差过大。为了解决这一问题,根据人工神经网络(Artificial Neural Networks, ANN)建模原理,采用径向基函数(Radial Basis Function, RBF) 模型,利用72个红鳍东方鲀样品的生长数据, 通过最近邻聚类算法, 构建了基于RBF神经网络的红鳍东方鲀体重预测模型,并采用线性回归检验法对所构建模型的可信度进行检验。结果发现,基于RBF神经网络预测模型的拟合优度为0.992,接近于1,而线性回归模型的拟合度为0.949。这表明: 基于RBF神经网络方法构建的预测模型消除了线性分析中自变量的共线性问题, 比线性回归预测模型的拟合度提高4.53%,预测精度高于线性回归方法。基于RBF神经网络体重预测模型的构建,为利用表型性状精确评估红鳍东方鲀的体重提供了一种新的方法。