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| 鲤低氧适应性状的全基因组关联分析 | |
| 作者姓名： | 吴碧银 许建 曹顶臣 徐鹏 张瀚元 朱优秀 江炎亮 赵紫霞 |
| 作者单位： | 上海海洋大学 水产科学国家级实验教学示范中心 上海 201306；中国水产科学研究院 农业农村部水生动物基因组学重点实验室 北京 100141;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所 黑龙江 哈尔滨 150070;厦门大学海洋与地球学院 福建省海洋生物资源开发利用协同创新中心 福建 厦门 361102 |
| 摘 要： | 低氧适应是水产养殖物种的重要性状，筛选用于改良低氧适应性状的分子标记及候选基因有助于鱼类耐低氧品种选育。在数量性状和质量性状的遗传研究中，全基因组关联分析(GWAS)广泛应用于性状相关标记和基因的发掘。本研究对鲤(Cyprinus carpio)养殖群体开展了低氧胁迫实验，选取了低氧敏感和低氧耐受的极端性状个体作为研究对象，应用鲤鱼250K高通量分型芯片进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点分型，经过数据质控后获得90个样本的87 222个多态性位点的分型结果。通过GWAS，筛选到4个低氧适应性状关联的位点：carp229220、carp195901、carp001519和carp063890，在关联位点附近注释到traf4等23个可能与低氧适应性状关联的候选基因；此外，还筛选到7个潜在关联的SNP位点。本研究初步获得了鲤低氧适应性状相关联的基因组区间，为后续效应基因精细定位奠定了基础。 |
| 关 键 词： | 鲤 低氧适应 单核苷酸多态性分型芯片 全基因组关联分析 |
| 收稿时间： | 2020/12/18 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2021/1/25 0:00:00 |
Genome-Wide Association Analysis of Hypoxia Adaptation Traits in Common Carp (Cyprinus carpio) |
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| Authors: | WU Biyin XU Jian CAO Dingchen XU Peng ZHANG Hanyuan ZHU Youxiu JIANG Yanliang ZHAO Zixia |
| Institution: | National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China; Key Laboratory of Aquatic Genomics, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Chinese Academy of Fishery Sciences, Beijing 100141, China;Heilongjiang River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Harbin, Heilongjiang 150070, China;College of Ocean and Earth Sciences, Xiamen University, Fujian Collaborative Innovation Center for Exploitation and Utilization of Marine Biological Resources, Xiamen, Fujian 361102, China |
| Abstract: | |
| Keywords: | Common carp Cyprinus carpio Hypoxia adaptation SNP array Genome-wide association study |
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