福建缢蛏野生群体与养殖群体的ITS-1和ITS-2分析

采用PCR技术对福建缢蛏的霞浦野生群体(WP)和漳湾养殖群体(CZ)进行了ITS-1和ITS-2的多态性分析。利用贝类通用引物扩增了ITS-1和ITS-2序列,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对,获得长度分别为495 bp的ITS-1和485 bp的ITS-2核苷酸序列,其中分别包括25 bp和22 bp的插入缺失。ITS-1和ITS-2片段的T、C、A、G四种碱基的平均含量分别为13.6%、30.2%、28.3%、29.7%(ITS-1),16.2%、33.7%、19.5%、30.6%(ITS-2),A+T含量显著低于G+C含量。序列分析显示,野生群体和养殖群体的单倍型多样性指数、多态位点数、平均核苷酸差异数分别为1.0、40、10.54(ITS-1),0.96、27、11.91(ITS-2)和1.0、28、8.23(ITS-1),0.96、28、10.16(ITS-2),揭示出福建两个缢蛏群体的遗传多样性均较为丰富,其变异主要源于碱基的插入和缺失,野生群体的多样性较高于养殖群体,但是遗传组成存在着较高的一致性,群体间没有遗传分化。     

条石鲷养殖群体线粒体控制区序列遗传变异分析

利用线粒体控制区序列研究了条石鲷养殖群体的遗传多样性水平和遗传结构.通过PCR扩增与序列测定获得了长度为469 bp的线粒体控制区基因片段,在30个个体中共发现27处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为36.5%、30.2%、12.5%和20.8%,A+T含量明显高于G+C含量.30条线粒体控制区序列共定义了1...     

魁蚶核糖体DNA基因转录间隔区的序列特征

以相应引物PCR扩增魁蚶(Scapharca broughtonii)的核糖体转录间隔子ITS-1和ITS-2片段,测序后得到长度分别为461bp和533bp的核苷酸序列(含引物)。其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为21．91％、24．73％、28．20％和25．16％(ITS-1),27．02％、25．52％、25．52％和21．95％(ITS-2)。将这2个片段与其他双壳贝类的相应片段进行比较,发现11S1和11S2引物在贝类中具有良好的通用性。比较几种贝类的11S1片段发现有1～100bp长度不等、弥散状态的插入／缺失;对5种蚶科贝类的ITS-2相应片段进行比较,发现中间有75bp的保守区域,与本研究在魁蚶ITS-2群体序列研究中观察到的情况相同。     

栉孔扇贝核糖体DNA转录间隔子序列研究及其潜在应用

以相应引物PCR扩增栉孔扇贝(Chlamys farreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子(ITS-1和ITS-2)，PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序，分别得到了340bp和510bp的碱基序列，序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T、G、C含量在ITS-1分别为32.06％，20.59％，22.35％和25.00％，在ITS-2分别为30.00％，21.37％24.12％和24.51％。这两个变异性较大的序列在扇贝种群中应用潜力很大，可广泛用于种内群体间遗传变异研究、种质鉴别及系统学研究。     

4种笛鲷属鱼类随机扩增多态性DNA及遗传多样性研究

使用RAPD技术分析了红鳍笛鲷、紫红笛鲷、勒氏笛鲷和约氏笛鲷的种内遗传多样性、种间遗传多样性和种间亲缘关系。在120个随机引物中筛选出扩增效果好的引物36个，平均每个引物在每个个体上产生7．7个条带。种内遗传多样性研究结果显示：遗传距离(D)分别为0．2257，0．2228，0．2679和0．2247；遗传多样性指数(H)分别为0．1854，0．1904，0．2015和0．1865。说明目前湛江近海这4种笛鲷的遗传多样性比较丰富，它们的种质资源仍处于一个良好的水平。种间遗传多样性结果显示：勒氏笛鲷与约氏笛鲷遗传距离(Dpq)最小，亲缘关系最密切，勒氏笛鲷与红鳍笛鲷种间Dpq最大，亲缘关系最远。     

金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析

对金鱼(Carassius auratus)核糖体转录间隔区(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示,克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为17.0%、14.6%、33.0%、35.4%;与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示,其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低,在26.0%~61.6%之间;根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。     

红鳍笛鲷(♀)×千年笛鲷(♂)子一代杂种优势的微卫星标记分析

利用12对微卫星引物对红鳍笛鲷(♀)、千年笛鲷(♂)及其红鳍笛鲷(♀)×千年笛鲷(♂)子一代(F1)3个群体进行扩增,对3个群体的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度、Shannon信息指数及群体间遗传距离进行了遗传检测,共检测到29个等位基因,平均每个基因座位2.4167个等位基因。红鳍笛鲷、F1、千年笛鲷3个群体的多态信息含量分别为0.3484、0.5008、0.4097;有效等位基因数分别为1.9787、2.5074、2.1334;杂合度分别为0.6548、1.0000、0.7384;Shannon信息指数分别为0.6207、0.9240、0.6957。红鳍笛鲷(♀)-F1、F1-千年笛鲷(♂)、红鳍笛鲷(♀)-千年笛鲷(♂)的遗传距离分别为0.3116、0.2346、0.7813。多态信息含量、有效等位基因数、杂合度、Shannon信息指数均显示F1代有杂种优势。     

5种笛鲷mtDNA及Cyt b基因片段的RFLP比较

采用线粒体DNA限制性片段长度多态性分析(mtDNA-RFLP)和线粒体DNA的细胞色素b基因(Cyt b)的部分序列扩增限制性片段长度多态性分析(mtDNA PCR-RFLP)两种方法，对笛鲷属5种鱼类进行种间系统发育的比较研究，结果显示：(1)画眉笛鲷依照其形态学上体侧条带颜色差异，可分为褐带画眉笛鲷和黄带画眉笛鲷两个种；(2)千年笛鲷和星点笛鲷、褐带画眉笛鲷和黄带画眉笛鲷、金带笛鲷和金焰笛鲷之间遗传距离相对较近；(3)两种分析方法都可以为种的区分提供方便有效的分子标记；(4)两种分析方法在构建发育系统树上不完全一致。本文从mtDNA角度深入研究了南海海域笛鲷的系统发生，表明了mtDNA作为一种广泛应用的分子标记的实用性，同时也有一些潜在问题需要进一步研究。     

三疣梭子蟹线粒体基因组单核苷酸多态性

为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点,本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs。统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%;C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比率为8.3%、A/T突变与G/C突变的比率均各占4.16%。本研究中所获得的SNP位点分布于三疣梭子蟹线粒体基因组的11个区域,且分布不均。其中COX1基因区域的SNP数目最多,其次在D-LOOP、ND1基因区域分别为3和4个SNP位点;而t RNA、12S r RNA等其他区域尚未发现突变位点。本研究所建立的三疣梭子蟹线粒体全基因组SNP的快速筛查方法及发现的SNPs,为进一步开展三疣梭子蟹种质遗传资源多样性、增殖放流标记等方面的研究提供了分析工具。     

基于COⅠ基因的中国及邻近海域部分笛鲷属鱼类DNA条形码研究

笛鲷属(Lutjanus)鱼类经济价值高,物种数量多,但外部形态保守,传统分类鉴定困难。为了解中国笛鲷属鱼类的物种多样性状况,测定了中国沿海19个地点11种笛鲷73个样本线粒体COⅠ基因5'端序列,并与从GenBank下载中国及邻近海域69条同源序列进行DNA条形码分析。研究表明,勒氏笛鲷(L. russelli)、金焰笛鲷(L. fulviflamma)、奥氏笛鲷(L. ophuysenii)、约氏笛鲷(L. johni)、蓝点笛鲷(L. rivulatus)、五线笛鲷(L. quinquelineatus)、千年笛鲷(L. sebae)、紫红笛鲷(L. argentimaculatus)、白斑笛鲷(L. bohar)、马拉巴笛鲷(L. malabaricus)、黄笛鲷(L. lutjanus)、印度笛鲷(L. indicus)、画眉笛鲷(L. vitta)、星点笛鲷(L. stellatus)、四带笛鲷(L. kasmira)、驼背笛鲷(L. gibbus)、焦黄笛鲷(L. fulvus)、红鳍笛鲷(L. erythopterus)等18种笛鲷142条COⅠ序列组成18个自展数据支持率(bootstrap)为99%～100%的单系分支,分支间平均遗传距离14.4%(2.9%～21.8%)约为分支内平均遗传距离0.17%(0～0.6%)的85倍,其中10种笛鲷独立成支,支持其物种有效性。勒氏笛鲷分成2小支,小支间平均遗传距离(2.9%)是小支内平均遗传距离(0.5%)的5.8倍,未满足"10×法则",其准确的物种分类地位尚待明确。印度笛鲷与勒氏笛鲷、画眉笛鲷与奥氏笛鲷出现混杂,推测从GenBank下载的印度笛鲷序列KF830898和KF830905可能来自勒氏笛鲷;画眉笛鲷序列KU943888可能来自奥氏笛鲷。中国近海星点笛鲷和蓝点笛鲷混杂且种间遗传距离仅为2.1%,接近一般种内遗传距离2%;红鳍笛鲷和马拉巴笛鲷遗传距离种间(0.3%)与种内(0.2%～0.3%)相当,且形态相似,推测是同一物种,也不排除它们存在种间杂交和为近期分化物种的可能。     

中华绒螯蟹核糖体DNA全序列分析

核糖体DNA通常被选作系统发育研究的分子标记,核糖体DNA中IGS部分序列的变异在一定程度上影响着生物的生长。报道了中华绒螯蟹核糖体DNA全序列的分离和序列特征。中华绒螯蟹核糖体DNA全长11660bp,包括18S(1873bp),ITS1(317bp),5.8S(163bp),ITS2(614bp),28S(4461bp)和IGS(4240bp);不同部分AT含量在40.1%～48.6%之间,低于果蝇(55.8%～80.0%),高于鲤(22.0%～43.7%)。平均100个核苷酸含简单重复序列(SSR)数由高到低依次为ITS2(0.98%),IGS(0.49%),28S(0.38%),ITS1(0.32%),18S(0.21%),5.8S(0%)。个体内差异分析结果表明,中华绒螯蟹个体内存在两类ITS2序列,其中一类在405nt处有一12bp(CGCAGGACCACC)插入序列。中华绒螯蟹rDNA的IGS部分长4240bp,AT含量为42.6%。IGS部分包含一个有约7个连续136～139bp单元组成的重复序列区,重复序列单元中存在XhoⅠ内切酶位点,为河蟹特有的重复序列;重复序列区后有一个由182个碱基对...     

洪湖碘泡虫PCR检测方法的建立与初步应用

为建立一种灵敏、特异的快速检测异育银鲫寄生洪湖碘泡虫(Myxobolus honghuensis)的方法,本研究根据洪湖碘泡虫ITS-5.8S r DNA基因序列筛选出一对特异性引物Mh F/R,建立PCR检测方法,对反应条件进行优化,并通过特异性试验、灵敏性试验与临床检测验证其可行性。结果显示,建立的PCR检测方法能特异性扩增洪湖碘泡虫相应的基因片段,长度为479 bp,而对试验中其他9种粘孢子虫的扩增结果均为阴性;最低能检测0.1 pg的虫体基因组DNA。通过临床样品检测,PCR方法比显微镜检测的检出率提高了19.5%。结果表明,该PCR方法特异、灵敏,适用于洪湖碘泡虫的快速检测。     

Polymorphisms in the sequences of Marteilia internal transcribed spacer region of the ribosomal RNA genes (ITS-1) in Spain: genetic types are not related with bivalve hosts

Marteilia refringens is a protozoan parasite causing a disease notifiable to the Office International des Epizooties (OIE) and its distribution has implications for the transfer of live animals. The internal transcribed spacer-1 (ITS-1) from Marteilia clones contains polymorphism. Digestion with HhaI reveals two different restriction profiles, previously referred as 'O' (Marteilia from oyster or Marteilia refringens) and 'M' (Marteilia from mussels or Marteilia maurini). The aim of the present work was to determine whether the two previously described Marteilia molecular types (O and M) exist in the Iberian Peninsula and the strictness of the association with their bivalve host species. The sequence variability in the ITS-1 of Marteilia species was studied in mussels, Mytilus galloprovincialis, and flat oysters, Ostrea edulis, from different geographical locations in Spain, to establish the existence and the distribution of different species or molecular types. Although there were two distinct evolutionary lineages that corresponded more or less strictly with the 'M' and 'O' types, it was evident from the estimated phylogeny that some 'O' types have switched to 'M' type, and vice versa. Moreover, 'O' types were found in mussels and 'M' types were found in oysters, which suggests that there have been several cross-species transmissions of Marteilia between mussels and oysters.     

几种海水鱼类人工育苗的研究

进行了红鳍笛鲷、紫红笛鲷、斜带髭鲷、美国红鱼、尖吻鲈、卵形鲳堃等10种海水鱼人工育苗的研究，试验共计32次，培育出了一定数量的鱼苗，其中尖吻鲈鱼苗391万尾，布氏鲳堃鱼苗88万尾，卵形鲳鱼堃苗23万尾，红鳍笛鲷鱼苗0．5万尾，花尾胡椒鲷鱼苗10．7万尾，斜带髭鲷鱼苗20．1万尾，大黄鱼鱼苗56万尾，美国红鱼鱼苗234万尾，其平均成活率分别为83％、49％、58％、0．1％、14％、6％、42％、48％。对各种鱼类的人工育苗进行了对比、分析，对海水鱼类人工育苗的方法及目前育苗过程中存在的一些问题进行了讨论，试验表明：海水鱼类的人工育苗与藻类、海水比重等因素存在着密切的关系。     

福建沿海不同养殖区泥蚶的ITS-1基因片段序列分析

泥蚶是福建省重要的经济海水养殖贝类,不同地区的泥蚶品质相差较大,其中以生长在宁德飞鸾铁基湾和东山湾竹塔的泥蚶品质较佳.本实验克隆了福建沿海六个养殖区的六个泥蚶的ITS-1序列,测序后,进行序列分析,并构建了ME、NJ和UPGMA系统树.结果表明:不同养殖区的泥蚶在DNA水平上的差异不大,遗传相似度为97.01～99.76%;所分析的六个群体未形成明显的地理隔离;福建泥蚶在品质上的差异没有体现在基于ITS基因序列分析的遗传差异中.     

Molecular divergence and application of the ITS-5.8S rDNA and RUBISCO spacer in <Emphasis Type="Italic">Porphyra haitanensis</Emphasis> Chang et Zheng (Bangiales,Rhodophyta)

To select a reliable and sensitive method for discriminating strains of Porphyra haitanensis, the nucleotide sequence of the internal transcribed spacer 1 to internal transcribed spacer 2 regions (ITS-5.8S) of nuclear ribosomal DNA and the intergenic spacer region of RUBISCO were compared in five wild and five cultivated Porphyra haitanensis strains. Based on molecular analyses, sequences of ITS-5.8S (about 1,210 bp) could be divided into three regions: ITS1, 5.8S, and ITS2. The ITS1 and ITS2 sequences of each strain differed, even between individuals collected from the same site. In contrast, 5.8S rDNA and RUBISCO spacer sequences were identical among the ten P. haitanensis strains, although differences were found among different Porphyra species. Phylogenetic analysis also supported these conclusions. These sequence features of highly conserved regions and diversified regions that occurred repeatedly in ITS-5.8S could be useful in discriminating germplasm of P. haitanensis strains or Porphyra species. In contrast, the RUBISCO spacer is only suitable for identifying Porphyra species. New coupled primers were designed to amplify only the 5.8S rDNA and ITS2 region of Porphyra. The sequences of these amplified fragments can be readily used to identify germplasm or to perform phylogenetic analysis of Porphyra spp.