扇贝“红墨1号”生长性状遗传参数和F5遗传获得估计

为评估扇贝新品系“红墨1号”的选育效果,在同一养殖海域、相同管理模式以及相同养殖周期下,以墨西哥湾扇贝(Argopecten irradians concentricus)与扇贝“渤海红”杂交子代,经连续4代继代选育获得的扇贝新品系“红墨1号”为基础,在F4中开展继代选育与不选育对比研究,比较了二者群体生长存活情况的差异,并对F5生长性状遗传参数和遗传获得进行评估。结果表明,“红墨1号”F5选育系各生长性状明显优于非选育系(P<0.05),但二者的存活率在各阶段无显著性差异(P>0.05);“红墨1号”F5两群体质量性状变异系数为14.60%～28.30%,仍具有选育潜力;“红墨1号”F5壳长、壳高、壳宽、体重、闭壳肌重、软体重和壳重等性状遗传获得分别为7.25%、7.13%、4.86%、25.42%、31.60%、27.70%和21.29%;“红墨1号”壳长、壳高、壳宽、体重、闭壳肌重、软体重和壳重现实遗传力分别为0.37、0.36、0.25、0.36、0.32、0.38和0.32,均属中等遗传力。综上,对扇贝“红墨1号”选育效果显著, F5仍具有继续选育的空间。研究结果...     

栉孔扇贝BES-SSR的开发及遗传多样性分析

通过分析栉孔扇贝BAC末端序列,发现大量微卫星DNA;随机选择14个多态性BES-SSR标记,在我国栉孔扇贝大连群体(DL)和青岛群体(QD)中验证标记的可用性,同时对这两个群体的遗传结构及其分化进行研究。结果表明,从17447条BESs中得到微卫星3374个,以四核苷酸重复为主(26.6%),五核苷酸重复次之(17.7%),六核苷酸重复最少(12.0%)。BES-SSR引物的扩增效率为77.3%(99/128),在作图亲本中的多态比例为33.6%(43/128),14个基因座在两群体中的平均等位基因数Na分别为18.9286和26.2143,平均有效等位基因数Ne为11.7505和17.0891,平均观察杂合度Ho为0.5100和0.4204,平均期望杂合度He为0.9156和0.9450,多态信息含量PIC分别为0.8940和0.9302,群体遗传多样性水平较高。两群体间的无偏遗传相似性系数为0.4879,遗传距离为0.7177,平均基因分化指数FST为0.0243,基因流Nm为10.0179,显示群体间遗传分化程度较弱,遗传变异主要来自于群体内个体之间,经Hardy-Weinberg平衡检验,两群体普遍存在杂合子缺失现象。研究表明,所开发的BES-SSR是高度多态位点,用于群体遗传多样性分析效果很好,显示BES是微卫星标记开发和应用的重要资源。     

栉孔扇贝、虾夷扇贝及其杂交子代的群体遗传多样性分析

采用扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism,AFLP)标记对栉孔扇贝(Chlamys farreri,♀)、虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis,♂)及其Fl群体的遗传多样性进行分析.5对引物组合共扩增得到315个位点,其中311个为多态位点,总的多态位点比例为98.73%.栉孔扇贝、虾夷扇贝及其F1群体的Shannon信息指数分别为0.477 1±0.260 6、0.423 9±0.277 7、0.548 8±0.220 9;3个群体的Nei's基因多样性指数分别为0.329 1±0.185 0、0.289 7±0.195 9、0.382 8±0.161 2,表明杂交子代群体的遗传多样性水平比2个亲本群体都高.栉孔扇贝与虾夷扇贝群体间的遗传距离为0.411 6,栉孔扇贝与F1群体间的遗传距离是0.131 6,虾夷扇贝与F1群体间的遗传距离是0.278 0,表明杂种子代与母本栉孔扇贝遗传距离较近.聚类分析显示,虾夷扇贝群体、栉孔扇贝群体以及F1群体的所有个体分别聚到一起,且都形成独立群体;分子方差分析(AMOVA)结果显示,变异来源有30.47%来自群体间,有69.53%来自群体内,表明群体内的遗传多样性比较丰富.杂种优势的产生与群体遗传多态性有关.     

栉孔扇贝♀×虾夷扇贝♂杂交子一代与其双亲同工酶的比较研究

采用不连续垂直聚丙烯酰胺凝胶电泳法,对栉孔扇贝(Chlamys farreri)♀、虾夷扇贝(Pa-tinopecten yessoensis)♂及其杂交子一代的ADH、MDH、SDH、IDH、ME和SOD共6种同工酶的酶谱进行分析,以探讨双亲遗传物质在杂交子代中的表达情况及杂交子代基因的表达特征。结果表明,杂交子代的同工酶酶谱与母本栉孔扇贝的相似,而与父本虾夷扇贝的明显不同,说明父本虾夷扇贝的同工酶在杂交子代中没有表达。幼虫阶段的同工酶酶谱亦表明,父本虾夷扇贝的同工酶在杂交子代的幼虫阶段仍然没有表达。另外,在对母本栉孔扇贝群体和杂交子代群体的同工酶酶谱进行比较研究时发现,在杂交子代中出现了一定比例的杂合子,因此不能确定杂交子代是由雌核发育而来。     

虾夷扇贝EST-SSR标记在栉孔扇贝中的通用性研究

为研究虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)和栉孔扇贝(Chlamys farreri)的群体遗传多样性并分析其亲缘关系,对在虾夷扇贝中开发的60个EST-SSR位点在栉孔扇贝中的通用性进行了研究。结果显示,21个位点可在栉孔扇贝中扩增出特异性条带,通用性比例达35.00%,其中,17个位点具有多态性,多态性比例达28.33%。在虾夷扇贝和栉孔扇贝群体中,平均等位基因数(N_a)分别为2.7647和2.3529;平均有效等位基因数(N_e)分别为1.9487和1.6350;平均观测杂合度(H_o)为0.6314和0.3333;平均期望杂合度(H_e)为0.4569和0.3139;平均多态信息含量(PIC)为0.3726和0.2597;Nei's(1973)基因多样性指数(I)分别为0.4493和0.3087;Shannon信息指数分别为0.7176和0.5041;固定指数(F_(is))检测发现,7个位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;遗传分化系数(F_(st))为0.2398。本研究开发的21对通用性EST-SSR标记,为进一步开展虾夷扇贝和栉孔扇贝遗传多样性分析、分子辅助育种、基因发掘和种质资源评价奠定了基础。     

墨西哥湾扇贝与华贵栉孔扇贝的远缘杂交

为进一步研究扇贝属间远缘杂交的可行性,以墨西哥湾扇贝(Argopecten irradians concentricus)与华贵栉孔扇贝(Chlamys nobilis)作为亲本,建立了两种扇贝的正交组MH、反交组HM、墨西哥湾扇贝自交组MM和华贵栉孔扇贝自交组HH。对各实验组的胚胎发育速度、受精率、孵化率、D形幼虫发生率和幼虫生长速度进行比较,分析了不同温度、盐度和精子浓度对各实验组配子亲和力及合子育性的影响,并尝试运用BP神经网络模型预测杂交组浮游幼虫的生长趋势。结果表明,两种扇贝的正反杂交均可获得早期杂交子代(F_1)。从胚胎发育情况看,正反杂交组幼虫发育到D形幼虫的时间均少于两个自交对照组;其受精率、孵化率、D形幼虫发生率也低于两个自交对照组;即使在不同温度、盐度和不同精子浓度下正反交组的受精率和孵化率也均低于两个自交组。从浮游幼虫生长情况看,正反交组D形幼虫的壳长和壳高均高于两个自交组,具有显著的差异性(P0.01),表现出较明显的杂种优势。运用BP神经网络模型对正反交组的浮游幼虫进行预测,其预测值与实测值的误差率均小于4%。     

基于线粒体Cyt b基因的虾夷扇贝群体遗传结构分析

本研究利用线粒体细胞色素b(Cyt b)基因标记对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)6个群体(长岛底播增殖群、海洋岛底播增殖群、獐子岛底播增殖群、旅顺自然群、"獐子红"人工选育群以及日本青森陆奥湾群)进行种质状况评估,研究结果表明,6个群体120个个体的Cyt b基因序列共检测到20种单倍型,其中"獐子红"人工选育群单倍型最少,日本群体单倍型最为丰富,两者单倍型多样性指数分别为0.10000和0.88400。分子方差分析(AMOVA)发现,日本群体与中国群体间变异百分比为15.34%,明显高于作为一个基因池时群体间遗传变异水平;就中国组群而言,其83.41%的遗传变异来自于群体内部,组内群体间的变异只占1.52%,说明中国群体个体间的遗传变异远大于群体间的遗传变异。F_(st)分析显示,中国群体与日本群体之间发生了中等水平的遗传分化(0.07455~0.17895,Fst0.05)。以遗传距离矩阵构建群体间分子系统树(UPGMA树),拓扑结构图显示中国5个群体先聚为一支,再与日本群体聚为一支。由此可见,中国养殖区的虾夷扇贝与日本原产地群体间已出现明显的遗传分化,且虾夷扇贝中国群体的遗传多样性处于较低水平。本研究结果可为虾夷扇贝的种质资源保护与可持续开发利用提供理论依据。     

栉孔扇贝（♀）×虾夷扇贝（♂）杂交子代胚后发育过程中遗传构成变化研究

采用RAPD和GISH技术对栉孔扇贝（♀）和虾夷扇贝（♂）杂交子代胚后发育4个重要时期（担轮幼虫期、D形幼虫期、壳顶幼虫期和眼点幼虫期）的遗传构成进行了检测。在RAPD检测中,50条随机引物在亲贝中共扩增出35条栉孔扇贝的特异条带和28条虾夷扇贝特异条带,其中栉孔扇贝特异条带在杂交子代4个时期出现的条数分别为：担轮幼虫期21条、D形幼虫期19条、壳顶幼虫期23条和眼点幼虫期23条;而虾夷扇贝特异条带在杂交子代4个时期出现的条数分别为：17、16、1和1。GISH结果表明,杂交扇贝在担轮幼虫期和D形幼虫期均继承了来自父母本遗传物质,而在壳顶幼虫期和眼点幼虫期未检测到来自父本的遗传物质。结果表明,杂交子代遗传结构在进入壳顶幼虫期时发生重大改变,大部分父本遗传物质从杂交贝基因组中丧失。     

海湾扇贝杂交后代的微卫星鉴定

海湾扇贝(Argopecten irradians)是典型的雌雄同体型贝类,行体外受精,因此杂交育种过程中存在非目标配子污染的问题。本研究筛选10对多态性微卫星引物对海湾扇贝两个亲本及正反交两个F1子代群体各100个个体进行了分析。基因型分析结果表明,所有后代等位基因均来源于双亲,不存在外源等位基因污染情况。卡方检验表明,杂交后代基因型比例符合孟德尔遗传分离比,即微卫星标记符合孟德尔遗传。其中对AIMS026扩增位点的分析结果表明,杂交后代基因型均为双亲互补型,没有出现自交后代基因型,即杂交过程中没有自身配子的污染。该研究证实了微卫星在海湾扇贝中分离的孟德尔遗传规律,同时验证了海湾扇贝杂交过程中一系列避免异源配子污染方法的有效性,为海湾扇贝定向杂交配子隔离的可靠性提供了分子生物学证据。     

虾夷扇贝微卫星标记的分离及其养殖群体的遗传结构分析

采用新型生物素-磁珠吸附微卫星与同位素杂交相结合的方法筛选出15对微卫星引物,并对大连地区3个虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)养殖群体(黑石礁海区、小长山岛海区、广鹿岛海区)的遗传结构进行分析.获得175个阳性克隆并测序,得到160个含微卫星的序列,其中完美型,非完美型和混合型分别占42.69%(73)、46.20%(79)和11.11%(19),经筛选得到15个微卫星标记.虾夷扇贝3个群体的有效等位基因数在1.000 0～8.857 3之间;期望杂合度在0.0211～0.9111之间;观测杂合度在0.000 0～0.877 8之间.表明这几个群体遗传多样件水平较高.群体间遗传相似系数在0.929 1～0.962 4,相似性较高.聚类分析显示,黑石礁群体与小长山岛群体遗传距离最小,亲缘关系最近.基于Hardy-Weinberg平衡的卡方检验表明3个群体均在一定程度上偏离了平衡.本研究所获得的微卫星位点可以为虾夷扇贝的群体遗传多样性分析和遗传图谱的构建等研究提供参考,群体的遗传结构分析对虾夷扇贝的养殖和遗传育种具有一定的指导意义.[中国水产科学,2009,16(1):39-46]     

脊尾白虾3个野生群体遗传多样性的微卫星分析

利用12对微卫星标记分析了莱州湾(LZ)、海州湾(HZ)、象山(XS)脊尾白虾野生群体的遗传多样性.12个位点在3个群体中均表现出高度的多态性.12个微卫星位点共得到115个等位基因,各个位点的等位基因数介于6～14,平均每个位点上的等位基因数为9.583 3个;各个位点的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)、平均多态信息含量(PIC)分别为0.8278、0.517 5、0.705 1,表明3个脊尾白虾野生群体均有良好的多态性.经F-统计分析,各个群体间的遗传分化指数均值为0.093 0(0.05＜Fst＜0.15),呈中等水平分化.基于Nei's遗传距离的UPGMA聚类分析显示莱州湾群体与象山群体距离最近,聚为一类,海州群体单独聚为一类.     

基于SSR标记的鲌鲂“先锋2号”、团头鲂及黑尾近红鲌的群体遗传分析

从黑尾近红鲌发表的46对微卫星引物中筛选出的11对多态性较高的引物,分析团头鲂(♀)和黑尾近红鲌(♂)及其杂交后选育的F4代,即鲌鲂“先锋2号”三个群体的遗传多样性和遗传结构。研究结果显示:这三个群体之间的平均等位基因数分别为4.182、4.273、4.273;平均有效等位基因数分别为2.482、2.803和3.080;平均观测杂合度分别为0.712、0.380和0.507;平均期望杂合度分别为0.579、0.474和0.656;多态信息含量分别为0.508、0.414和0.572。鲌鲂“先锋2号”与母本团头鲂的遗传距离为0.2709,小于与父本黑尾近红鲌的遗传距离(0.5381),在亲缘关系树状图上先与母本聚为一支。鲌鲂“先锋2号”从母本中获得较多的遗传物质,较双亲有丰富的遗传多样性和更高的基因杂合度。研究结果将为研究团头鲂和黑尾近红鲌杂交后代的遗传多样性,探索鲌亚科鱼类属间杂交育种后亲本与子代的亲缘关系和遗传规律提供理论依据。     

ELISA分析技术在华贵栉孔扇贝与墨西哥湾扇贝病毒检测的应用

运用ELISA分析技术,对湛江地区不同时期的华贵栉孔扇贝和墨西哥湾扇贝体内感染的病毒粒子的季节性变化进行了研究。结果表明1龄华贵栉孔扇贝体内病毒粒子的含量在11月份最高,其P/N值和OD值分别为0.8558和2.51,相比华贵栉孔扇贝大规模死亡提前10-20d。1龄墨西哥湾扇贝的OD值在10、11月份的检测中大于1,即表示墨西哥湾扇贝中可能存在华贵栉孔扇贝病毒粒子,其他月份的检测结果均为完全阴性,即没有检测到华贵栉孔扇贝病毒粒子。     

扇贝新品系“紫海墨”F4的生长特征和生产性能分析

为考察扇贝新品系"紫海墨"的生产性能,为新品系选育效果提供依据,在同一海域养殖、相同管理模式和相同养殖周期下,对新品系"紫海墨"F4与墨西哥湾扇贝(Argopecten irradians concentricus)养殖群体的壳长、壳高、壳宽、体质量、闭壳肌质量和壳质量等7个性状及各阶段成活率进行生长特征和生产性能分析。结果表明,新品系"紫海墨"F4从10月13日养殖至翌年4月28日,壳长从1~1.5 mm长至50~60 mm的成品时,累积成活率为51.32%,显著大于墨西哥湾扇贝的29.18%(P<0.01);养殖周期内,两个养殖群体同一时期的壳长、壳高、壳宽和体质量也有极显著差异(P<0.01),新品系"紫海墨"F₄的生长速度高于墨西哥湾扇贝;经过6.5个月的养殖,新品系"紫海墨"F₄的壳长、壳高、壳宽、体质量和闭壳肌质量分别比墨西哥湾扇贝提高了19.50%、19.84%、16.23%、56.30%和20.20%。     

栉孔扇贝和虾夷扇贝杂交子代的GlSH鉴定及其免疫学特性

以栉孔扇贝[Chlamys farreri(Jones etPreston)](♀)和虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)(♂)杂交子代担轮幼虫为材料，分别用栉孔扇贝和虾夷扇贝基因组作探针，采用基因组荧光原位杂交(GISH)的方法，对杂交后代杂交子的确切身份进行初步鉴定。结果表明，子代分别继承了双亲各     

马氏珠母贝F8代4种壳色选育群体的EST-SSR遗传多样性分析

利用10对EST-SSR分子标记研究红、白、黑、黄4种壳色马氏珠母贝F8代人工选育群体的遗传多样性。结果显示,10个位点共扩增出46个等位基因,各位点的等位基因数为2~7。红、黑、白、黄4种壳色群体的平均等位基因数分别为4.0、3.7、3.6、3.5;平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.445~0.627和0.479~0.580;Shannon多样性指数为0.850~1.042;平均多态信息含量为0.423~0.509。黄壳色群体中各遗传参数值最小,而红壳色群体中除有效等位基因数外,其余参数(等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、Shannon多样性指数)值均最大。40个群体—位点组合中有31个组合显著偏离平衡(P0.05),占总位点的77.5%。群体间的遗传分化指数为0.0101~0.3025,平均值为0.1206(0.05遗传分化指数0.15),处于中等程度分化,这与课题组8年定向选育有关。群体间的基因流值为0.5764~24.5841,平均值为1.8225。红壳色群体和黑壳色群体的遗传相似系数最大(0.8418),遗传距离最小(0.1722),最先聚为一类;白壳色群体和黄壳色群体的遗传相似系数最小(0.7107),遗传距离最大(0.3415)。经8代群体继代选育,4种壳色马氏珠母贝群体仍保持着较高的遗传多样性,其中红壳色群体的遗传多样性最高,黄壳色群体的遗传多样性最低。     

微卫星技术对黄、渤海海域7个不同地理群体中国对虾的遗传结构和遗传分化研究

采用微卫星DNA技术对黄、渤海海域7个不同地理群体的中国对虾进行了遗传结构和遗传分化研究.7个地理群体分别来自辽东湾(LD)、渤海湾(BH)、海州湾 (HZ)、乳山湾 (RS)、海洋岛 (HYD)、朝鲜半岛西海岸(KW)以及朝鲜半岛南海岸(KS).7对多态性良好的微卫星引物共检测到109个等位基因,群体平均期望杂合度(He)范围为0.810～0.864.49个群体位点中,只有15个符合Hardy-Weinberg平衡.UPGMA聚类分析显示,各地理群体亲缘关系与地理位置关系密切.根据各地理群体间遗传距离及AMOVA遗传分化检验结果,可将中国对虾分为3个独立种群,分别为中国沿岸黄、渤海群体、朝鲜半岛西海岸群体及朝鲜半岛南海群体;其中中国沿岸黄、渤海群体内部也发生了一定程度的遗传分化,但是否达到种群水平还有待于进一步验证.     

毛蚶三个地理群体生化遗传特征分析

利用同工酶技术结合聚丙烯酰胺电泳对江苏海州湾、浙江象山港、辽宁辽东湾三个海区毛蚶群体的同工酶遗传多样性进行了研究。在三个群体的9种同工酶中,共检测到了18个基因位点,海州湾、象山港和辽东湾三个群体的多态位点比率(P.95)分别为61.11%、55.56%、64.71%,平均杂合度观测值(Ho)变化范围在0.1689~0.1770间,位点有效等位基因数分别为1.4417、1.3917、1.4219,遗传多样性较丰富。各群体普遍存在着杂合子缺失现象,近交系数(Fis)分别为0.2140、0.1232、0.1797。比较了三个群体间的遗传分化指数(Fst)和群体每代迁移数(Nm),结果表明,海州湾群体和象山港群体间遗传分化较小,Fst=0.0448;而辽东湾群体与其它两个群体间的遗传分化较大,分别为Fst=0.0755,Fst=0.0812。聚类分析结果同样表明,海州湾群体首先与象山港群体相聚,后与辽东湾群体聚类。讨论了毛蚶群体分化机制,近交系数与繁殖生物学的相关性。     

海湾扇贝南部亚种遗传多样性和选择特征的基因组学解析

为了探究海湾扇贝南部亚种(Argopecten irradians concentricus)的遗传多样性特征,通过全基因组重测序分析,系统解析了其群体遗传结构以及其与海湾扇贝北部亚种(Argopecten irradians irradians)间的遗传差异,共筛查出15059961个高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点。基于全基因组SNP的群体祖先成分推断、主成分分析和系统发生重构皆表明,南北亚种之间存在较为显著的遗传分化。其中,海湾扇贝南部亚种的近交水平和连锁不平衡程度更高。通过选择性清除分析,在海湾扇贝南部亚种中共鉴定出349个正选择基因,其中GHSR、HSF1、HABP2和Dna J等基因可能与其生长速度较快、耐热性较强以及免疫功能较强等环境适应性特征相关。该研究揭示了海湾扇贝亚种间遗传分化和选择特征,为扇贝的基因组研究和分子育种提供了数据支持。     

栉孔扇贝和虾夷扇贝杂交子代的GISH鉴定及其免疫学特性

以栉孔扇贝[Chlamys farreri（Jones et Preston）]（♀）和虾夷扇贝（Patinopecten yessoensis）（♂）杂交子代担轮幼虫为材料，分别用栉孔扇贝和虾夷扇贝基因组作探针，采用基因组荧光原位杂交（GISH）的方法，对杂交后代杂交子的确切身份进行初步鉴定。结果表明，子代分别继承了双亲各一套染色体（n=19），为真正的杂交种。为了解杂交扇贝的免疫学特性，在自然海域栉孔扇贝大规模死亡的情况下，分别对杂交扇贝及其亲本3个扇贝群体血细胞的胞内活性氧含量（ROIs）、血清凝集素效价（HA）、溶菌酶活力（LSZ）、抑菌活力、酚氧化酶活性（P0）、过氧化氢酶（CAT）、超氧化物歧化酶（SOD）以及酸性磷酸酶（ACP）和碱性磷酸酶（ALP）等9种非特异性免疫学指标进行测定。结果表明，栉孔扇贝除ROIs、SOD、ACP等3个指标显著低于虾夷扇贝外（P〈0．01），其他6种指标均高于虾夷扇贝，且除血清凝集素效价外均达显著水平（P〈0．05）。在杂交子代中，上述免疫指标除SOD活性低于低值亲本外（P〉0．6），其余8种免疫指标均介于双亲之间。杂交子代在9种免疫指标中有8种与母本无显著性差异，而子代与父本之间9种免疫指标中有7种达显著差异（P〈0．05）。这些结果说明，杂交扇贝在非特异性免疫上存在明显的偏母性特征，这点与子代在外形特征上的偏母性相吻合。因此杂交扇贝相对于其母本在生产实践中表现出的一定程度的抗逆优势可能与非特异性免疫无明显关系。[中国水产科学，2006，13（4）：597—602]