河南境内四水系宽鳍鱲野生群体的遗传多样性

为准确掌握河南野生宽鳍鱲(Zacco platypus)群体遗传结构,本研究利用线粒体CO I基因检测了海河、黄河、淮河和长江水系宽鳍鱲群体的遗传多样性和种群分化情况。110个样品共检测出40个单倍型,平均单倍型多样性为0.92077,平均核苷酸多样性为0.02439。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于宽鳍鱲群体间(60.59%),群体内的遗传变异为37.67%。系统发育树结果表明,长江水系宽鳍鱲群体遗传分化较大,一部分群体单独聚为一支,另外一部分群体与海河、黄河、淮河水系宽鳍鱲聚在一起,没有显示出明显的南北分化格局。种群历史动态结果推测宽鳍鱲群体经历过瓶颈效应,且该过程可能与第四纪中更新世气候波动有关。建议对河南境内的宽鳍鱲种群,特别是遗传多样性低的种群(海河水系)进行保护。     

基于SSR标记的长江下游原良种场鳙亲本和后备亲本种质资源现状分析

分析长江下游原良种场鳙(Aristichthys nobilis)亲本和后备亲本的遗传多样性和遗传结构,评估鳙育种群体的种质资源现状,可为鳙的种质资源管理和活体资源库建设提供科学的参考依据。本研究利用已发表的10对SSR荧光引物结合毛细管电泳技术,对7个亲本群体和1个后备亲本群体共638份DNA进行基因分型。主要应用GenAlEx 6.501、Cervus 3.0和Structure 2.3.4等软件进行遗传多样性参数计算和群体遗传结构分析。结果表明,8个群体总体遗传多样性水平较高,但存在一定程度的近亲繁殖风险。其平均等位基因数(N_a)为14.83±1.45,观测杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)分别为0.76±0.05、0.82±0.02,Shannon's信息指数(I)为2.08±0.09,近交系数(F)为0.08±0.05。各亲本群体之间遗传多样性水平存在差异,后备亲本遗传多样性水平最高。鳙的贝叶斯群体遗传结构分析图(Structure)与主坐标分析(PCoA)结果具有一致性,将所有样本划分为两个类群,大部分亲本群体之间并无明显的遗传分化,而后备亲本和亲本之间则表现明显的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)显示,11%的遗传变异来自群体间,群体间的遗传分化处于中等水平,而89%的遗传变异来自群体内。本研究探究了鳙亲本和后备亲本的遗传差异性,对野生原种引进和保护提供了建议,以期为构建健康负责的增殖放流种苗繁育体系提供理论支持和数据参考。     

松江鲈群体遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对辽宁丹东和河北秦皇岛2个地区松江鲈(Trachidermus fasciatus)群体的遗传多样性进行了分析。结果显示:77个ISSR引物中有4个引物能扩增出清晰条带,4个引物对两个群体各24个样品扩增出27个位点。松江鲈丹东和秦皇岛两群体的多态位点比率均为44.44%,Shannon′s指数分别为0.2728、0.2836。Shannon′s指数和AMOVA分析均显示松江鲈的遗传变异主要来自于群体内个体间。松江鲈UPGMA系统树没有依据群体分别聚类,无明显遗传趋异。两个松江鲈野生群体的平均杂合度和多态位点与处于濒危状态的江豚类似,多态性位点比例低于濒危状态的平胸龟和长江刀鲚。结果表明:两个地区松江鲈群体的遗传多样性处于较低水平,遗传变异相对贫乏;松江鲈丹东和秦皇岛两个群体间无明显的遗传分化,亲缘关系较近。     

塔里木裂腹鱼群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对喀拉喀什河、塔什库尔干河、阿克苏河多浪渠首、木扎提河4个群体共80尾塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi Günther)个体进行了遗传多样性分析。6对选择性扩增引物共扩增得到212个位点,其中多态性位点141个,多态位点比例为66.51%。4个群体的Shannon多样性指数(I)为0.316 9-0.544 3,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.213 9-0.376 2,群体间的遗传距离为0.078 1-0.250 2。塔什库尔干河群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和Nei’s遗传多样性指数均高于其它三个群体。AMOVA分析结果显示,群体总遗传变异85.17%来自群体内差异,而14.83%来自群体间差异,表明塔里木裂腹鱼遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已存在一定程度的遗传分化。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,多浪渠首群体和木扎提河群体首先聚类,然后依次与塔什库尔干河群体、喀拉喀什河群体聚类,这一方面与地理位置有关,另一方面与河流的自然环境有关。     

根据mtDNA控制区序列分析野生唇 的种群遗传结构

为了掌握不同地理种群唇(鱼骨)(Hemibarbu labeo)的遗传多样性和遗传结构,探讨其亲缘地理演化过程,研究分析了乌苏里江、长江、黑龙江、鸭绿江和牡丹江5大水系,8个地理群体(n=42)的mtDNA控制区404 bp片段的变异,该片段共有26个变异位点,变异率为6.43%,平均核苷酸多样性为0.011 5.42尾样本共检测到18个单倍型,这8个地理群体是以HT1和HT2单倍型为中心向外辐射演化的.AMOVA分析结果表明,群体内变异为59.29%,同一水系群体间变异为23.50%,不同水系群体间变异为17.20%,以上变异均达到显著水平(P＜0.05),群体间配对FST分析结果表明,同一水系内有些群体间差异也达到了显著水平.聚类分析发现,最大简约法(MP)和最大似然率法(ML)结果基本一致,嘉荫群体(HRJY)和四川群体(YRSC)绝大部分个体被聚在一支,鸭绿江群体(YRLJ)聚在一支,这与单倍型网络的分析结果一致,以上结果表明唇(鱼骨)的遗传多样较为丰富,黑龙江流域的唇(鱼骨)保持了祖先单倍型,其他地理群体为黑龙江流域内群体向不同方向演化的结果,并且部分地理群体已经形成了特有的单倍型.     

安徽两水系黄颡鱼的微卫星遗传多样性分析

为了解安徽省内长江和淮河水系黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性和遗传结构,选用10个微卫星标记对9个自然群体共254尾黄颡鱼进行了遗传分析。共检测到等位基因数(N_a) 245个,平均有效等位基因数(N_e) 9.75个。各群体的平均N_a为5.20～14.80,平均N_e为2.64～8.93;平均观测杂合度(H_o)为0.496～0.671,平均期望杂合度(H_e)为0.557～0.818;平均多态信息含量(PIC)为0.500～0.790。AMOVA分析显示仅8.15%的遗传变异来自群体间,各群体间的遗传分化指数(F_(ST))为0.006～0.236。基于Nei's遗传距离的UPGMA系统树和利用Structure软件的群体遗传结构分析均显示,9个群体可被划分4或5个谱系,其中石台(秋浦河水系)、麻川河(青弋江支流)、阜南(淮河水系) 3个群体的个体遗传结构均比较独立,与其他群体亲缘关系较远;其他6个群体(长江水系的望江、无为、龙窝湖、泾县群体和淮河水系的凤台、瓦埠湖)的较为复杂,可能存在谱系间的混杂。结果表明,研究区域内黄颡鱼野生资源遗传多样性较高,地理群体间存在遗传分化且部分群体可能经历了瓶颈效应。     

乌鳢群体遗传多样性和遗传结构分析

为了解乌鳢群体遗传变异规律,本研究对8个群体共212个个体的mtDNA控制区全序列进行群体遗传多样性、遗传结构和群体历史动态分析。结果显示,乌鳢控制区全序列长度为907 bp,乌鳢群体单倍型多样性水平变化较大,中国黄河及以北的乌鳢群体单倍型多样性水平比淮河和长江等南方群体相对较低,所有群体表现出较低的核苷酸多样性水平(h0.5%)。基于单倍型构建的系统发育树和群体聚类树结果均未显示出与地理位置相对应的谱系结构。单倍型网络图显示存在多个主单倍型。遗传结构分析显示,不同水系间存在显著的遗传差异,相同水系间遗传差异较小。群体历史动态分析显示,中国乌鳢所有群体有效种群数量在中更新世晚期到晚更新世0.222—0.050百万年出现了一次较明显的快速增长,之后在晚更新世末次冰期0.050—0.010百万年出现了有效种群下降,伴随着全新世到来,在0.010百万年之后,乌鳢群体又发生了一次较小的有效种群增长。洞庭湖群体则发生一次有效种群的快速增长,增长时间大约在0.160百万年。研究表明,青藏高原隆起后,东亚季风在中国南北方气候的差异和秦岭山脉屏障对季风的阻断作用加大了这一差异,可能对乌鳢群体的遗传多样度差异造成一定影响。乌鳢群体不存在显著的谱系结构可能与乌鳢遗传分化时间较短有关,但是地理隔离等因素导致了不同水系间确切的遗传差异。第四纪更新世气候的波动,尤其是中更新世间冰期气候的转暖、末次盛冰期的降温和冰后期全新世的到来可能对乌鳢群体的数量和栖息地的扩缩起着重要影响。     

基于线粒体COI序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性和遗传结构分析

本研究采用线粒体COI序列为分子标记，探究了长江、淮河下游8个湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)群体的遗传多样性和遗传结构。通过PCR和测序技术，获得鲢COI基因序列片段。分析结果显示：COI序列片段长度为630 bp, 243条COI序列共检出23个变异位点，定义14种单倍型，平均单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为0.692和0.005 12。8个群体的单倍型多样性为0.508～0.803,核苷酸多样性为0.002 41～0.006 94,表明鲢群体的遗传多样性有较大差异。分子方差分析结果显示，遗传变异主要来自于群体内，遗传分化指数(F_ST)为0.008 3,表明群体间没有显著遗传分化。系统发育树和网络结构图显示，单倍型分化为2个分支，但群体没有形成特定的地理遗传结构。中性检验结果和歧点分布曲线表明，鲢群体没有显著偏离中性选择，群体大小保持相对稳定。     

草鱼选育群体不同世代遗传变异的微卫星分析

为了分析草鱼(Ctenopharyngodon idella)选育群体不同世代的遗传变异和遗传结构, 本研究利用了已建立的一套标准微卫星标记对草鱼长江选育群体 F0、F3、F4 进行了遗传变异的评估, 并与黑龙江选育群体和珠江选育群体进行了遗传变异的比较分析。实验结果表明长江选育群体的各世代均具有高度的遗传多样性(PIC＞0.05), 且长江选育群体的遗传多样性相对于黑龙江和珠江选育群体的遗传多样性水平更高(P＜0.05)。遗传分化指数(Fst)分析结果表明, 长江选育群体 F0、F3、F4 之间遗传分化的水平较低(0     

基于Cyt b基因序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性分析

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况，采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记，对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的239尾鲢进行扩增和测序。结果显示，鲢Cty b基因全长为1 141 bp, 239条Cyt b序列检出74个变异位点，定义24种单倍型，平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.697和0.010 12。太湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高，分别为0.830和0.015 84,长荡湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低，分别为0.379和0.003 98。8个鲢群体间的遗传距离变幅为0.005～0.015;分子方差分析结果显示，遗传变异主要来自群体内部(98.0%),群体的遗传分化指数F_st值为0.019 97;两两群体间F_st值统计表明，长江水系和淮河水系群体间有显著的遗传差异(P<0.05)。单倍型系统进化树和网络结构图显示，单倍型划分为2个谱系，但没有形成明显的地理聚群。歧点...