牙鲆(Paralichthys olivaceus)仔稚幼鱼肠道菌群结构比较分析

采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16SrRNA基因测序文库,共获得7462个OTU (Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属.对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群.在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80-115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道.本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律.     

2种活菌饲料对金鲫幼鱼肠道及水体微生态的影响

研究了2种活菌饲料对金鲫幼鱼肠道及水体菌群结构的影响,并分析了饲料、水体及肠道菌群进化关系。选取270尾规格整齐、体质健壮,平均体质量(8.49±0.26)g的金鲫幼鱼,利用嗜酸乳杆菌和枯草芽孢杆菌制备2种活菌饲料,以基础饲料为对照组A,基础饲料添加复合菌液为试验组B,复合菌液发酵基础饲料为试验组C,于室内循环水养殖系统中进行饲养试验。8周的饲养表明,与A组相比,摄食B组饲料的鱼,质量增加率显著提高5.15%(P0.05);摄食C组饲料的鱼,质量增加率显著降低3.44%(P0.05);养殖末期试验组水体中多核杆菌属、微小杆菌属等相对丰度明显增加(P0.05),黄杆菌属等相对丰度明显降低(P0.05),B组水体菌群物种丰度降低,多样性无明显变化,C组水体菌群物种丰度和多样性均明显降低;养殖末期B组试验鱼肠道菌群中气单胞菌属相对丰度明显降低(P0.05),微小杆菌属、柠檬酸杆菌属等相对丰度显著增加(P0.05),菌群多样性变高,物种丰度无明显变化;C组试验鱼肠道菌群中不动杆菌属、假单胞菌属等几乎消失,气单胞菌属、微小杆菌属、柠檬酸杆菌属等占绝对优势地位,菌群结构趋于简化。     

牙鲆(Paralichthys olivaceus)仔稚幼鱼肠道菌群结构比较分析

采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16S rRNA基因测序文库,共获得7462个OTU(Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属。对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群。在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80–115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道。本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律。     

养殖花鲈（Lateolabrax maculatus）肠道菌群的多样性分析

为探究养殖花鲈(Lateolabrax maculatus)肠道菌群的结构特征,采用Illumina Hiseq2500高通量测序技术,对福建宁德三都澳网箱养殖花鲈的肠道内容物及肠壁菌群16S r DNA V3-V4区进行测序。肠道内容物和肠壁样品分别获得456和293个OTUs(operational taxonomic units),分属22个门120个属。花鲈肠道菌群以厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和梭杆菌门(Fusobacteria)细菌为主要优势菌群,分别占其肠道菌群数量的47.2%、25.8%、14.4%和10.3%。在属分类水平上,发光杆菌属(Photobacterium)、梭菌属(Clostridium)及鲸杆菌属(Cetobacterium)等属细菌是主要类别。对养殖花鲈的肠道内容物与肠壁菌群进行比较分析显示,肠壁菌群多样性略高于肠道内容物。肠道内容物中,发光杆菌属、梭菌属及鲸杆菌属等是主要菌属,其中鲸杆菌属和梭菌属分别占肠道内容物菌群总菌数的17.8%和12.5%,为主要标志性差异种类;在肠壁样品的菌群中,乳球菌属(Lactococcus)、真杆菌属(Eubacterium)、Lachnoclostridium、弓形菌属(Arcobacter)和Flavonifractor为丰度较高的菌属,其中格氏乳球菌(Lactococcus garvieae)为主要标志性物种,占肠壁菌群总数的5.6%。在花鲈肠壁上定殖着格氏乳球菌(L. garvieae)和美人鱼发光杆菌(Photobacterium damselae subsp. damselae)等条件致病菌,因此,在养殖中需要注重饵料及环境的管理,避免致病菌大量增殖引起暴发性鱼病。     

不同养殖模式黄鳝胃肠道微生物群落结构分析

为探究不同养殖模式下黄鳝(Monopterus albus)胃肠道微生物的群落结构，本实验采用16S rRNA高通量测序技术研究虾塘散养、蟹塘散养、网箱投喂鱼浆和网箱投喂水蚯蚓4种养殖模式下黄鳝胃肠道微生物的组成和群落结构。Alpha多样性分析和Venn图结果显示，网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，而蟹塘散养组最低。除蟹塘散养组黄鳝肠道的优势菌为变形菌门，其余3种养殖模式黄鳝胃肠道优势菌群均为厚壁菌门，推测黄鳝胃肠道微生物的核心菌群为厚壁菌门。在属水平上，网箱投喂水蚯蚓养殖模式中黄鳝胃的优势菌群为粪杆菌属(Faecalibacterium)与嗜黏蛋白阿克曼菌属(Akkermansia),其余3种养殖模式中黄鳝胃的优势菌群都为韦荣球菌属(Veillonella);而虾塘散养组黄鳝肠道的优势菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus),其余3种养殖模式的优势菌群中都有双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结果表明：网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，且益生菌群占比高，潜在致病菌较少，是比较健康的养殖模式。     

水解单宁对凡纳滨对虾生长性能和肠道微生物的影响

为分析水解单宁对凡纳滨对虾生长及其肠道微生物菌群结构的影响,以基础饲料为空白组,在基础饲料中分别添加0.1%、0.2%和0.3%的水解单宁作为实验组,进行为期60 d的养殖实验后,统计生长性能,并取其肠道内容物提取DNA,用Illumina MiSeq测序平台进行16S rDNA基因V3～V4区高通量测序,检测对虾肠道内菌群结构及变化情况。结果表明:(1) 3个水解单宁添加组的增重率、特定生长率和肥满度与对照组相比均显著升高(P0.05),肝体比均显著降低(P0.05)。(2)4组样品中共获得206192条优化序列,操作分类单元(OUT)总数达542个。对照组凡纳滨对虾肠道微生物以变形菌门和蓝细菌门为主,其次是放线菌门和拟杆菌门;试验组肠道主要菌群为变形菌门、软壁菌门。试验组与对照组相比,蓝细菌门、放线菌门和拟杆菌门的比例降低,变形菌门、软壁菌门和厚壁菌门比例增加。(3)Rank-Abundance曲线和多样性指数结果可见,实验组的物种丰度和均匀度大体上均高于对照组。PCoA分析发现, 0.1%和0.3%添加组的微生物群落较为接近,而与0.2%添加组差别较大,结合生长性能指标可知,饲料中水解单宁的最适添加量为0.1%。以上研究表明,饲料添加水解单宁可显著改变对虾肠道的微生物组成,提高对虾生长速度,影响凡纳滨对虾的生长性能。     

稻田和池塘两种模式下金边鲤与建鲤肠道菌群 差异分析

利用MiSeq高通量测序技术测定16S rRNA基因序列,分析比较池塘金边鲤、稻田金边鲤、池塘建鲤和稻田建鲤4组鲤鱼肠道菌群的结构组成和丰度差异。试验结果显示,池塘金边鲤组、稻田金边鲤组、池塘建鲤组和稻田建鲤组分别获得了377、250、367和455个运算分类单元,其中运算分类单元聚类分析发现,稻田建鲤组与另外3组差异最大;菌群多样性分析发现,池塘金边鲤组的辛普森指数显著高于其他3组(P0.05),而稻田建鲤组及稻田金边鲤组的香农指数分别为1.56±0.22和2.53±0.82,均高于对应的池塘组,但差异不显著(P0.05);此外,池塘金边鲤组中变形菌门(89.56%)和气单胞菌属(82.68%)在其肠道菌群组成中占有绝对优势(P0.05),而另外3组在门分类水平和属分类水平的菌群结构和相对丰度较为相似,优势菌门均为变形菌门、梭杆菌门和厚壁菌门,主要优势菌属为鲸杆菌属、气单胞菌属和乳球菌属;京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能预测比较分析发现,各组样品的肠道微生物富集到了多个相同的代谢途径以及部分信号传导、调节和修复机制相关信号通路。本研究结果发现,在稻田和池塘养殖模式下,金边鲤的肠道优势菌群种类、相对丰度以及参与的信号通路与建鲤无显著差异,提示金边鲤与其他鲤鱼一样可适应这两种养殖模式。     

生物净水栅对凡纳滨对虾肠道菌群组成的影响

利用Illumina Miseq高通量测序技术和生物信息学分析手段,采集传统养殖池塘和添加生物净水栅养殖池塘凡纳滨对虾肠道样品,比较分析两个池塘凡纳滨对虾肠道菌群组成及其多样性。试验结果表明,对照组和试验组凡纳滨对虾肠道测得的可操作分类单元分别为239和296。对照组和试验组对虾肠道样品菌群的物种丰度和优势菌种存在一定差异,试验组和对照组样品细菌Shannon指数分别为2.04、1.80,前者细菌Shannon指数高于后者13.33%(P0.05)。对照组和试验组对虾肠道样品所鉴定出的细菌门类组成基本相似,组成比例存在一定差异,前三大优势细菌门类均为变形菌门、拟杆菌门和软壁菌门,分别占试验组细菌总数和对照组细菌总数的97.56%和98.54%。在优势菌群方面,试验组对虾肠道的优势群为弧菌属、希瓦氏菌属、Cloacibacterium、黄质菌属、红杆菌属,分别占细菌总数的70.83%、18.29%、1.97%、1.38%和1.06%,对照组对虾肠道的优势群为弧菌属和希瓦氏菌属,分别占细菌总数的58.51%和37.67%。本研究分析了两种养殖池塘下对虾肠道菌群结构,试验组对虾菌群丰富度高于对照组,其多样性也高于对照组,这有助于生物净水栅更好地应用于池塘养殖。     

饲用枯草芽孢杆菌HGcc-1对鲤肠肝健康、血清补体及肠道菌群的影响

为了研究枯草芽孢杆菌HGcc-1对鲤肠肝健康、血清补体和肠道菌群的影响,实验选择体质量为(13.10±0.39) g健康鲤,随机分为HGcc-1添加组和对照组,养殖20周后测定生长指标,用试剂盒检测了鲤血清内毒素(LPS)、谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、总补体和溶菌酶,并对肠道菌群进行了16S rRNA测序,同时将添加组和对照组的肠道菌群转接至无菌斑马鱼,然后检测无菌斑马鱼体内毒素结合蛋白(LBP)、ALT、AST的水平和C3、C4基因表达量;最后还检测了HGcc-1直接作用于无菌斑马鱼时,无菌斑马鱼的ALT、AST的水平和C3、C4基因表达量。结果显示,HGcc-1对鲤的增重率无显著影响;与对照组相比,饲料中添加HGcc-1显著降低鲤血清内毒素、ALT和AST水平;同时HGcc-1添加组血清总补体水平显著升高。在门水平上,HGcc-1添加组中梭杆菌门丰度比对照组增加了47.1%;变形菌门丰度比对照组减少了70.7%;在属水平上,HGcc-1添加组中鲸杆菌属(的丰度比对照组增加了47.1%;柠檬酸杆菌属和气单胞菌属(的丰度比对照组分别减少了56.6%和70.9%。利用无菌斑马鱼模型进一步发现,HGcc-1添加组鲤肠道菌群显著降低了无菌斑马鱼LBP含量和AST水平,显著上调了无菌斑马鱼补体C3和C4基因表达;与此同时,HGcc-1与无菌斑马鱼直接互作也降低了鱼体ALT和AST水平。研究表明,饲料中添加枯草芽孢杆菌HGcc-1能够改善鲤肠肝健康、血清补体以及肠道菌群稳态。本研究为枯草芽孢杆菌HGcc-1的下一步应用奠定了理论基础。     

投喂鲍内脏多糖对罗非鱼肠道菌群结构的影响

利用PCR-DGGE和Illumina测序技术研究了罗非鱼(Oreochromisniloticus)肠道菌群结构及饲喂鲍内脏多糖后罗非鱼肠道菌群的动态变化。在罗非鱼肠道中检测到13个门的细菌,其中梭杆菌门(Fusobacteria,77.84%)为优势菌门,拟杆菌门(Bacteroidetes, 8.59%)、衣原体门(Chlamydiae, 6.18%)、变形菌门(Proteobacteria, 5.84%)和放线菌门(Actinobacteria, 1.20%)为次优势菌门,还检测到Saccharibacteria等8个菌门和一些未知类群。在属的水平上,优势菌属为鲸杆菌属(Cetobacterium)、Neochlamydia、邻单胞菌属(Plesiomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),分别占77.84%、5.796%、2.64%和1.13%,还有一个紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)的未知属,占8.29%。此外还有分枝杆菌属(Mycobacterium)等6个菌属和一些未知属。投喂添加鲍多糖的饲料对罗非鱼肠道微生物的构成造成了明显影响,饲喂鲍多糖的处理组和饲喂普通饲料的对照组样品分别聚为两大类。投喂添加鲍多糖饲料后,放线菌门、Saccharibacteria、疣微菌门和TM6_Dependentiae的丰度显著下调;在属的水平上,邻单胞菌属、鲸杆菌属的丰度上调;Neochlamydia、不动杆菌属、分枝杆菌属、Alsobacter、Aquicella、假单胞菌属、气单胞菌属、Alpinimonas等属的丰度下调。其中分枝杆菌属、Alsobacter、Aquicella和邻单胞菌属的丰度与对照差异显著(P0.05)。在种水平上,一些潜在致病菌,如鲍曼不动杆菌(Acinetobabacterbaumannii)、龟分枝杆菌(Mycobacteriumabscessus)、Aeromonas sharmana、耐酪酸冢村菌(Tsukamurella tyrosinosolvens)、铜绿色假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)等的丰度下调,其中龟分枝杆菌和耐酪酸冢村菌与对照差异显著(P0.05),而鲸杆菌属等有益菌的丰度上调。本研究从肠道微生物的角度来研究鲍内脏多糖对宿主的影响,为海洋生物活性物质的功效评价提供了新思路,也为鲍内脏活性物质的开发利用、益生元的研制等奠定理论基础。     

大豆浓缩蛋白对大黄鱼生长和肠道微生物菌群的影响

用大豆浓缩蛋白(SPC)替代鱼粉饲喂大黄鱼(Larimichthys crocea), 以探究其对幼鱼生长、肠道结构及肠道微生物菌群的影响。选取初始体重为(10.50±0.04) g的大黄鱼幼鱼, SPC替代鱼粉的比例分别为0% (SPC0, 对照组)、25% (SPC25)、50% (SPC50)、75% (SPC75)和100% (SPC100), 制作成5种等氮(粗蛋白水平为45%)等脂(粗脂肪水平为10%)的实验饲料, 进行为期56 d的饲养实验。结果表明, 与SPC0(对照组)相比, 幼鱼的存活率、增重率、特定生长率以及饲料系数受各SPC替代鱼粉水平的影响不显著(P>0.05)。肠道组织学显示, 各处理组幼鱼肠道的后肠黏膜厚度、皱襞高度、固有层宽度和杯状细胞个数差异性不显著(P>0.05)。Illumina HiSeq 高通量测序技术分析发现, SPC0 (TC: 对照组)、SPC25 (TB: 生长相对最佳组) 和SPC100 (TW: 生长相对最差组)的Chao1、香农指数(Shannon)、辛普森指数(Simpson)和覆盖率(good coverage)差异不显著(P>0.05); TC、TB和TW组幼鱼肠道细菌在门水平的优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes), 类芽孢杆菌(Paenibacillus)在属水平占绝对优势。根据属水平的菌属差异结果发现幼鱼的生长受细菌微生物的组成的影响: 与TC组相比, TB组微小杆菌属(Exiguobacterium)、红杆菌属(Rhodobacter)和伦黑墨氏菌属(Rheinheimera)的物种丰度显著降低(P<0.05); 与TC组相比较, TW组红杆菌属(Rhodobacter)的物种丰度显著降低(P<0.05), 乳杆菌属(Lactobacillus)的物种丰度显著增加(P<0.05)。综上所述, 大黄鱼幼鱼的生长、肠道结构及肠道优势菌群不会因为鱼粉完全被大豆浓缩蛋白替代而产生负面的影响。     

不同生理状态中华鲟体表黏液与生境微生物组成差异分析

为揭示不同生理状态下中华鲟(Acipenser sinensis)体表黏液与生境微生物组成差异,本研究比较了健康和亚健康中华鲟体表黏液菌群的群落结构差异,探讨细菌群落结构与中华鲟生理状态的相关性。本研究采集健康与亚健康中华鲟的体表黏液和养殖水体,利用高通量测序技术分析其菌群结构。结果表明,亚健康组微生物多样性与丰富度显著高于健康组(P<0.05)。序列的统计分析表明,相较于水体,黏液样本存在大量的独有操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU),且与水体的共有OTU数目因中华鲟生理状况而发生变化。根据组间的相似性与差异分析,不同组之间的主成分与主坐标分析显示出较强的分离趋势,且组内样本相对距离较小。在门和属水平下,中华鲟体表黏液和水体群落组成和优势种有显著差异。水体中优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)(31.84%)和厚壁菌门(Firmicutes)(24.37%);健康组优势菌门为变形菌门(55.23%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(21.00%);亚健康组的变形菌门(40.23%)占比相较于健康组有所下降,但酸杆菌...     

牛磺酸缓解脂质氧化日粮对黄河鲤生长性能和肠道健康的负面影响

为了探究牛磺酸对脂质氧化饲料饲喂下黄河鲤生长性能和肠道健康的影响,实验先用等量的氧化鱼油（记为OFO）替换基础日粮（记为FO）中的新鲜鱼油,接着将不同含量（0.4%、0.8% 和1.2%）的牛磺酸分别加入OFO组饲料中（分别记为T0.4、T0.8和T1.2）,对初始体重为（8.74±0.01）g的黄河鲤进行为期10周的养殖实验。结果显示,与FO组相比,OFO组的终末体质量、增重率、特定增长率和饲料效率均显著降低。上述所有指标在T0.4、T0.8和T1.2组中均显著高于OFO组。另外,OFO组中肝胰脏抗氧化酶的mRNA表达水平显著低于FO组,而牛磺酸添加组中肝胰脏和肠道的抗氧化酶mRNA表达均有不同程度的上调。与FO组相比,OFO组中的肠道消化酶活性,肠绒毛高度、肠绒毛宽度和肌层厚度均显著降低,而在牛磺酸添加组中均得到提高。同样的,OFO组中肠道微生物组成的丰富度和多样性显著降低,条件致病菌丰度明显升高,而有益菌的丰度却有所下降,这些不良现象在牛磺酸组中均得到明显改善。研究表明,牛磺酸可缓解脂质氧化饲料对黄河鲤造成的生长性能抑制、肠道组织结构破坏、消化功能下降及肠道菌群紊乱等不良影响。结合本研究结果,在氧化脂质饲料中牛磺酸的建议添加剂量为0.4~0.8%。本研究为进一步探索牛磺酸对鱼类肠道的生物学功能奠定理论基础。     

复合益生菌对眼斑双锯鱼(Amphiprion ocellaris)肠道消化酶、菌群结构以及形态的影响

为探讨饲料中添加复合益生菌对眼斑双锯鱼(Amphiprion ocellaris)肠道消化酶、菌群结构及形态的影响,将135尾初始体重(0.79±0.01)g的眼斑双锯鱼随机分为3组,每组3个重复,分别投喂复合益生菌有效活菌添加量为0%(对照组)、3%(L3组)和6%(L6组)的饲料,进行为期28 d的养殖试验。结果显示,复合益生菌能提升试验鱼肠道蛋白酶的活性,其中L3组肠道蛋白酶显著提升(P<0.05);能显著降低试验鱼肠道淀粉酶活性(P<0.05);能降低脂肪酶活性(P>0.05)。随着饲料中益生菌添加量的增加,试验鱼肠道中变形菌门丰度开始增多,拟杆菌门丰度降低。饲料中益生菌添加量的增加显著降低试验鱼肠道肌层厚度并显著增加试验鱼肠道绒毛高度(P<0.05)。可见,饲料中添加3%复合益生菌可改善眼斑双锯鱼肠道消化酶活性,提高肠道微生物群落多样性,改善肠道组织形态和功能。     

池塘冷能气雾降温设备对高温期刺参养殖池塘环境理化指标及沉积物细菌群落结构的影响

近年来,极端高温灾害已成为限制仿刺参(Apostichopus japonicus)产业可持续发展的重要瓶颈之一。本团队前期研发出一款可实现池塘养殖刺参安全度夏的池塘冷能气雾降温设备,取得了较好的应用效果。为解析使用该设备对池塘环境的调控作用,本研究选取安装并使用该设备的5个池塘(实验组,根据相对区域的不同,标记为E1和E2组)和无任何降温措施的3个池塘(对照组,标记为C组)为研究对象,测定夏季高温期实验池塘水质及底质指标,并利用高通量测序技术对相应池塘沉积物中菌群结构差异进行解析,进一步分析细菌群落结构与相关环境影响因子的相关性。研究结果显示,2个实验组池塘的底层平均水温显著低于对照组,水体溶解氧含量显著高于对照组,水体氨氮和沉积物氨氮、亚硝酸氮以及化学需氧量均显著低于对照组池塘(P<0.05)。对2个实验组和1个对照组共8个测试池塘的沉积物菌群结构进行测定后分别获得707~880个分类操作单元(optical transform unit, OTU),α多样性计算结果显示,实验组沉积物菌群群落丰度和微生物群落多样性均高于对照组。对8个样品的PCoA分析结果显示,各组内养殖池塘沉积物样本的菌群组成及群落结构相似性较高,组间差异明显。在目水平的物种分布统计结果显示,2个实验组的物种组成相似性较高,实验组中根瘤菌目(Rhizobiales)、乳杆菌目(Lactobacillales)和微球菌目(Micrococcales)的相对丰度显著高于对照组(P<0.05)。LefSe分析筛选到在不同组间存在显著差异的13个细菌群类(P<0.05)。对菌群结构与环境因子的相关性分析显示,参与氮循环过程的微生物种类丰度显著高于对照组(P<0.05),进一步筛选到与实验池塘水体氨氮含量显著相关的3个OTUs,分别为OTU7、OTU29和OTU108,依次归属为变形菌门(Proteobacteria)下的苍白杆菌属(Ochrobactrum)和埃希氏菌属(Escherichia-Shigella)以及厚壁菌门(Firmicutes)下的芽孢杆菌属(Bacillus)。在所预测到的25个原核生物COG代谢途径中,实验组和对照组在18个代谢途径上存在显著性差异(P<0.05)。以上研究结果表明,使用该设备可显著改善池塘水质及底质环境,并影响沉积物菌群结构,相关研究结果可为该设备的推广应用提供数据支撑。     

黑水虻油替代豆油对草鱼生长性能、抗氧化能力和肠道菌群的影响

为研究黑水虻油替代豆油在草鱼生产实践中的效果,本实验以黑水虻油替代草鱼基础饲料中0（SO）、25%（BSO25）、50%（BSO50）、75%（BSO75）和100%（BSO100）的豆油并配制成5种等氮等脂的饲料,饲喂草鱼[初始体质量（13.37±1.07 g）]56 d后检测生长性能、体成分、血清生化指标、抗氧化能力、肠道和肝脏组织结构及肠道菌群组成等变化。结果显示,各组之间草鱼增重率（WGR）、特定生长率（SGR）、饲料系数（FCR）、肥满度（CF）、脏体比（VSI）和肝体比（HSI）变化均不显著。与SO组相比,BSO25和BSO50组血清超氧化物歧化酶（SOD）活性显著增加,SM75和SM100组的丙二醛（MDA）含量均显著降低,BSO50、BSO75和BSO100组的过氧化氢酶（CAT）活性均显著上升。BSO100组肝细胞呈现为不规则形状,血清中谷草转氨酶（AST）、谷丙转氨酶（ALT）及低密度脂蛋白（LDL-C）的水平均显著高于SO组。BSO100组群落多样性指数Sobs、Shannon和丰富度指数Chao、Ace均显著高于SO组。研究表明,在本实验条件下,黑水虻油替代饲料中100%的豆油虽然不会影响草鱼的生长,能提高草鱼抗氧化能力及肠道菌群的丰度和多样性,但在BSO100组中,草鱼肝脏受损,长期饲喂会对机体产生不利影响,因此在草鱼饲料中黑水虻油不应全部替代豆油,建议替代比例不超过75%。     

三种不同海洋脂质对溃疡性结肠炎小鼠及其肠道菌群的影响

为了研究3种不同海洋脂质- 二十碳五烯酸（eicosapntemacnioc acid , EPA）, 二十二碳五烯酸（docosapentaenoic acid , DPA）和二十二碳六烯酸（ docosahexaenoic acid , DHA）对溃疡性结肠炎（UC）小鼠及其肠道菌群的影响,本实验采用葡聚硫酸钠（dextran sulfate sodium, DSS）诱导的C57BL/6小鼠为UC模型,以小鼠的体质量量减少量、疾病活动指数、结肠表观、结肠长度、结肠的重量与长度比、苏木精-伊红染色结肠组织切片的显微观察及组织学损伤评分为指标评价3种海洋脂质对UC的干预效果,采用16S rDNA高通量测序的方法研究了3种海洋脂质对小鼠肠道微生态的影响。结果表明,3种海洋脂质均可以有效抑制UC小鼠体质量的下降、疾病活动指数的升高、结肠长度的缩短及组织损伤评分的升高,其中DPA的在抑制体重下降、疾病活动指数升高以及组织损伤评分升高方面的干预效果显著优于其他两者。16S rDNA高通量测序的结果显示,3种海洋脂质可以有效抑制UC小鼠肠道内拟杆菌属、脱硫弧菌属、肠球菌属、埃希菌属/志贺氏菌属、乳球菌属、普雷沃菌属和毛螺菌属丰度的增加,阿克曼菌属、理研菌属、双歧杆菌属、布劳特氏菌属、丁酸杆菌属、真杆菌属和螺旋菌属丰度的降低,其中DPA对阿克曼菌属, 理研菌属, 丁酸杆菌属和埃希菌属/志贺氏菌属具有更加显著的调控作用。本研究表明,EPA、DPA和DHA这3种海洋脂质可以显著缓解UC小鼠的病症,并且可以显著改变UC小鼠肠道菌群的结构和组成,说明这3种海洋脂质对UC的管控作用或与其对肠道特定微生物的调控作用相关。本研究为海洋脂质,尤其是DPA的生物学效应提供了参考,并为膳食管控慢性疾病提供借鉴。     

微生态制剂对草鱼生产性能和肠道菌群的影响

在水温25~30℃下,将体质量为(110.23±0.43)g的草鱼饲养在3.0 m×2.0 m×1.2 m的加盖网箱中,分别投喂添加0%(对照组)、0.5%和2%的由芽孢杆菌、乳酸菌以及酵母菌复配且以麸皮为载体制成的微生态制剂(8.0×10~9 cfu/g)的膨化饲料饲养60 d,探究微生态制剂对草鱼生产性能和肠结构、菌群及酶活性的影响。试验结果显示,饲料中添加2%微生态制剂显著提高草鱼质量增加率、特定生长率(P<0.05),显著降低饲料系数、脏体比(P<0.05);饲料中添加2%微生态制显著提高肠伸展率、中肠肌层厚度和绒毛高度(P<0.05),提高中肠淀粉酶和脂肪酶活性(P<0.05)。饲料中添加微生态制剂增加草鱼肠道菌群α多样性、丰富度;改变草鱼肠道微生物组成,门水平上,对照组的草鱼肠道微生物中梭杆菌门和厚壁菌门含量最高(63.56%、32.52%)。0.5%添加组的草鱼肠道微生物中梭杆菌门和厚壁菌门含量最高(61.82%、20.27%)。2%添加组的草鱼肠道微生物中厚壁菌门含量最高(64.20%)。属水平上,2%添加组草鱼肠道优势菌属直接发生改变,Paeniclostridium和Erysipelatoclostridium丰度大幅上升。随着微生态制剂添加量的增加,肠道微生物的代谢功能增强,组成中与无机离子转运和代谢、碳水化合物转运与代谢、氨基酸转运与代谢等功能相关的菌群丰度升高。综上可知,饲料中添加芽孢杆菌、乳酸菌以及酵母菌等组成的微生物制剂可作为生产草鱼绿色饲料的重要措施。     

陈氏刺棘虫感染对洄游型刀鲚肠道微生物群落的影响

于2017年洄游汛期内采集刀鲚(Coilianasus)样本,解剖后选取6尾感染陈氏刺棘虫(Acanthosentischeni)的刀鲚样本作为感染组,同时选取6尾未感染刀鲚作为对照组,采用16S rDNA高通量测序技术研究陈氏刺棘虫感染对刀鲚肠道微生物群落结构的影响。结果共鉴定出23个细菌门,其中对照组包含22个门,感染组鉴定出18个门,其中疣微菌门(Verrucomicrobia)只在感染组刀鲚中检测到;两组刀鲚肠道中主要的微生物类群均为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和软壁菌门(Tenericutes),且相对丰度总量均高于85%;感染组中厚壁菌门、梭杆菌门(Fusobacteria)和纤维杆菌门(Fibrobacteres)平均含量高于对照组,其余菌门相对丰度含量与对照组相比均呈下降趋势,但两组间微生物组成比例没有显著差异(P0.05)。此外,在已明确的130个科中,厚壁菌门中的梭菌科(Clostridiaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和变形菌门中的肠杆菌科(Enterobacteriaceae)含量高于对照组(P0.05),紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)中的Eisenbergiella丰富度在感染组刀鲚肠道中显著更高(P0.05);在群落多样性水平上,对照组和感染组间Shannon指数、Chao1指数和Simpson指数差异不显著(P0.05)。虽然陈氏刺棘虫感染对肠道微生物的群落结构和物种多样性影响不显著,但是在特定微生物物种的组成上存在显著差异。     

辅酶渣替代鱼粉对中华绒螯蟹生长及肠道菌群的影响

为探究饲料中辅酶渣替代鱼粉对中华绒螯蟹生长性能、健康情况和肠道菌群的影响，以中华绒螯蟹幼蟹(0.70±0.01g)为研究对象，分别以等蛋白的辅酶渣替代基础饲料中鱼粉的0%(对照组，含20%鱼粉)、20%、40%、60%、80%、100%(记为C、T20、T40、T60、T80、T100)的饲料投喂8周。结果显示，与C组相比，T40组生长性能无显著改变，T60组肌肉粗蛋白含量显著降低。T80组、T100组生长性能、体粗蛋白和粗脂肪含量显著降低；与C组相比，替代组血清谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、碱性磷酸酶(AKP)、甘油三酯(TG)水平未见显著差异，总蛋白水平(TP)在T100组显著降低。血清葡萄糖(Glu)在替代组中显著降低。T60、T80、T100组的血清总胆固醇(T-CHO)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)含量显著降低，T80、T100组的血清低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)含量显著降低；与C组相比，各替代组肝胰腺超氧化物歧化酶(SOD)活性无显著差异，谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活性显著上升，T100组丙二醛(MDA)含量显著降低；C、T40、T80组肠道菌...