利用SSR引物分析西藏青稞种质资源的遗传多样性

为了评价西藏青稞种质资源的遗传多样性,用260对SSR引物对来自青藏高原主要农区的75份青稞育成品种、17份野生大麦、39份青稞地方品种和44份国外大麦材料的遗传多样性进行了分析.结果表明,从260对SSR引物中筛选出23对多态性高的引物,占筛选引物的8.1％.23对SSR引物在西藏野生大麦中共扩增出稳定、清晰的条带92条,多态性条带为81条,其比例为88.04％;在西藏青稞地方品种中共扩增出稳定、清晰的条带89条,多态性条带为78条,其比例为87.6％;在青稞育成品种中共扩增出稳定、清晰的条带109条,多态性条带98条,其比例为89.9％;在引进材料中共扩增出稳定、清晰的条带64条,多态性条带53条,其比例为82.8％.遗传多样性分析结果为青稞育成品种(0.9882)＞西藏野生大麦(0.8033)＞西藏青稞地方品种(0.5820)＞国外大麦材料(0.4218).聚类与主坐标分析表明,实验材料可以清楚的分为4类,西藏野生大麦分在两个类群,西藏青稞地方品种分在两个类群,引进大麦材料分在一个类群,青稞育成品种分在四个类群.同一来源地区的青稞育成品种遗传基础较为狭窄,不同地区间的青稞育成品种遗传差异较大.以上结果说明,在西藏青稞新品种选育和遗传改良中,在发掘和利用西藏野生大麦资源、西藏青稞地方品种资源的同时,更应该加强不同地区青稞育成品种资源的交换和配合使用.     

茶树多态性SSR分子标记引物筛选

本实验采用国家鉴定茶树品种丹桂自然杂交F1代12个新品(株)系DNA为模板,对60对茶树SSR分子标记引物进行筛选,其中12对引物PCR产物电泳结果较为理想,条带清晰、多态性丰富。其他48对引物没有多态性,或者条带模糊无法统计,或者扩增不出任何条带。从已筛选出的多态性引物中随机挑选2对引物D02、D08,对丹桂自然杂交FI代59个新品(株)系做PCR扩增,电泳检测能获得条带清晰、多态性丰富的胶图,说明筛选获得的12对多态性SSR引物可用于遗传多样性或亲缘关系等分子生物学实验。     

广东茶树种质资源AFLP分析

本研究采用AFLP技术,选用多态性高分辨能力强的5对引物对25个广东茶树群体品种和5个对照品种进行选择性扩增,获得了较清晰的DNA指纹图谱。5对引物共扩增出365条带,平均每对引物扩增73条带,多态性条带338条,占总带数的92.6%。扩增片段大小在50~600bp之间。采用DPS2000软件进行聚类,30份供试材料以清凉山茶和清远笔架茶遗传距离最近(0.12752),桂北大叶种和凤凰水仙之间的遗传距离最远(0.5),本实验结果表明广东地方茶树群体品种遗传多样性比较丰富。     

咖啡种质资源DNA指纹图谱的构建

选用4份咖啡种质资源为材料,对S1-S100共100个RAPD引物进行筛选,选出多态性好的引物10个。利用这10个RAPD引物对28份咖啡资源进行扩增,共获得86条带,平均每个RAPD引物扩增出8.6条带,多态性谱带74条,多态性条带比率为86.0%。结果表明：供试咖啡种质资源遗传多样性较丰富;10个多态性好的RAPD引物中S8的鉴别效率最高,能将全部供试材料全部区分开,通过整合软件录入如所属种类、种质名称、采样地点、引物、RAPD-PCR 扩增数据以及电泳图片等相关信息,形成指纹图谱二维编码,构成咖啡种质资源的DNA指纹图谱,为咖啡种质资源品种权益保护及分子身份证构建奠定了基础。     

利用SSR分析云南省小麦资源的遗传多样性

本研究利用微卫星(SSR)分子标记对云南铁壳麦、地方品种和推广品种遗传多样性进行研究比较分析.20对SSR引物对102份材料进行PCR扩增,共扩增出54条带,平均2.7条带.其中有52条具有多态性,每个多态性引物可扩增出1～5条带.云南铁壳麦、地方品种、推广品种的平均遗传距离分别为0.143 9、0.183 8、0.201 3; Nei's基因多样性指数(H)平均为0.233 6、0.230 1、0.222 4;Shannon信息指数(I)平均为0.351 9、0.349 8、0.333 8;多态位点百分率分别为72.22%、81.48%、68.52%.采用类平均法 (UPGMA)聚类分析,在域值为0.31处被聚为6类,云南铁壳麦聚为一类,地方品种聚为4类,推广品种29份聚为一类,一份单独聚为一类.根据上述指标和聚类分析得:云南铁壳麦在DNA分子水平上有一定多样性,大于推广品种但低于地方品种.     

不同来源花生品种的ISSR分析及亲缘关系研究

利用13对ISSR引物对28个栽培种花生品种进行PCR扩增,研究这些品种的DNA多态性及其亲缘关系。结果表明,有7对引物检测到明显的多态性,从28个花生品种中扩增出90条带,其中多态性带达到79条,多态性比率为87.8%,平均每个引物可扩增出12.86条带,11.29条为多态性条带。品种间的遗传相似系数值在0.411~0.800之间,平均为0.620。在UPGMA聚类分析简单匹配系数值为0.57处,可把28个花生品种分成3个品种群。由此表明,这些不同来源的花生品种具有较高的DNA多态性,亲缘关系不同。     

利用SSR荧光标记毛细管电泳法检测蝴蝶兰组培突变体

以8份蝴蝶兰种质资源为材料,使用SSR标记进行蝴蝶兰种质资源和突变体的鉴定。从25对SSR荧光标记引物中筛选出10对扩增效果理想的SSR荧光标记引物,鉴定4个不同品种的蝴蝶兰及其相应的突变体。10对SSR引物中有9对引物在这8个种质中能扩增出多态性条带,共扩增出38个等位基因,利用其中3对引物SSR3+SSR8+SSR9的组合即可将4个品种及其突变体全部区分开,说明SSR荧光标记毛细管电泳法检测蝴蝶兰突变体高效可行。     

SRAP和SSR标记构建的甘蓝型油菜品种指纹图谱比较

利用SRAP ( sequence - related amp lified polymorphism)和SSR标记构建了甘蓝型油菜品种指纹图谱,并对 两种标记方法进行了比较。结果表明: (1)每对SRAP引物扩增出20. 36个条带,其中4. 44个是清晰、易于辩认的 多态性带;每对SSR引物扩增出3. 88个条带,均为多态性条带。(2)采用25对SRAP和SSR引物分别构建40个和 75个品种的特异指纹图谱, SRAP指纹中具有特异图谱的比例(82. 5%和50. 7% )高于SSR指纹图谱的结果( 60. 0%和44. 4% ) 。品种数越多具有特异指纹的品种越少。(3)运用引物组合法构建品种指纹图谱,大大地提高了指 纹图谱的特异性。25对SSR引物组合扩增97个多态性谱带,两个不同的品种具有相同谱带的概率只有6. 3108 × 10 - 30。组合指纹图谱比组合数码图谱更直观。与SRAP标记相比, SSR标记以其扩增谱带少、易于识别和统计而 更适合用于引物组合法构建品种指纹图谱。     

不同化性亚洲玉米螟遗传多样性的AFLP分析

从50对AFLP引物中筛选出9对多态性高、扩增稳定、重复性好的引物,对敦化一化型、洮南二化型和公主岭二化型3个地理种群共24个个体进行遗传多样性分析,研究不同化性亚洲玉米螟间的遗传关系。结果表明,9对引物共扩增出1 127条清晰可辨的DNA条带,其中多态性条带1 029条,平均多态性比例为91.30%;亚洲玉米螟不同种群个体间遗传相似性指数分布在0.430 7～0.667 5之间;同一种群内个体间的遗传相似性指数敦化一化型为0.439 9～0.524 0,洮南二化型为0.487 8～0.667 5,公主岭二化型为0.459 7～0.563 9,遗传相似性较低,表明亚洲玉米螟遗传多样性十分丰富。聚类分析结果表明,供试的24个亚洲玉米螟聚成两大类,敦化一化型聚为一类,洮南二化型和公主岭二化型聚为一类。     

甜菜分子标记InDel-PCR引物的筛选

为了筛选出适合甜菜分子标记的InDel引物以及利用InDel引物构建能够扩增多重InDelPCR反应的引物,以提高甜菜InDel-PCR扩增的效率,利用8个甜菜品种的DNA对300对甜菜InDel引物进行筛选,结果筛选出多态性较好、条带清晰、易于识别的甜菜InDel引物44对,这44对引物共扩增出总条带116条,其中多态性条带109条,多态性比率为94%;其中有37对引物扩增的总条带为2或3条,可以作为将来多重InDel引物的首选;又从中筛选出7对多重InDel引物:ND228、ND31、ND267、ND229、ND66、ND231、ND22。     

川渝地区重要野生大茶树遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR技术对四川、重庆等地12份重要的野生大茶树资源的遗传多态性进行了分析。从60个随机引物中筛选出7个多态性引物,共扩增出146条DNA带,其中139条为多态性带,占95.2%,平均每个引物扩增的DNA带数为21条。按照相同迁移位上有扩增带记为1、无带为0的方法构建ISSR表型数据矩阵,供试品种的基因(H)和shannon信息系数分别为0.20和0.34。对12株野生大茶树进行UPGMA聚类分析,品种间的相似系数介于0.37～0.71,平均为0.51。并在此基础上建立了聚类分析树状图,将其12个品种划分为3大聚类组。     

马铃薯遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记分析了20个马铃薯材料的遗传多样性和亲缘关系。从60条ISSR引物中筛选出10个ISSR引物,在供试材料中共扩增出57个清晰条带,其中48个具有多态性,多态性比率为84.21%,各扩增条带的多态性信息指数(PIC)平均为0.2055。种质间遗传相似系数变化范围为0.5263～0.9825,平均值为0.7220。通过聚类分析20份马铃薯材料分为五大类,富金单独是一类,第二类有2个品种,即克新17号和黑美人,大西洋和YN-1为第三大类,克新20号和中薯1号为第四类,其余归到第五大类。试验结果显示,所选马铃薯材料的遗传差异比较大,遗传多样性相对丰富。本研究的结果为马铃薯杂交育种的亲本选配提供了理论依据。     

睡莲种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

利用ISSR分子标记技术对从国内外引种的46份睡莲种质资源进行遗传多样性分析,并对其中的原生种及原生变种构建DNA指纹图谱,旨在阐明其亲缘关系基础上,为睡莲分类鉴定、杂交育种、功能基因的挖掘和利用及图位克隆等提供理论依据。结果表明：从100条ISSR引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在46份睡莲种质资源中共扩增出281条带,平均每条引物扩增条带数为28.1条,多态性条带281条,多态性比例为100%;平均Shannon信息指数（I）为0.4197,平均Nei’s基因多样性指数（H）为0.2657,平均有效等位基因数（N）1.4139,表现出丰富的遗传多样性;遗传相似系数值在0.51~0.98之间,基于遗传相似系数建立了聚类树状图,揭示了46份睡莲种质资源的亲缘关系,并在相似系数水平为0.68时,可将所有供试材料聚为6类。对总计24个睡莲原生种及原生变种构建了DNA指纹图谱,依据图谱差异可鉴定不同的睡莲种质。     

“黄金茶”特异种质资源遗传多样性和亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记对珍稀地方种质资源"黄金茶"的110个株系进行遗传多样性和亲缘关系分析。从100条ISSR引物中筛选出18条多态性高、重复性好的引物,分别对供试材料的基因组进行扩增,共获得205条清晰可辨的谱带,其中多态性带187条,多态性比率达91.22%,反映了黄金茶群体基因组DNA多态性较高。110个黄金茶株系的平均有效等位基因数为1.51,平均Nei’s基因多样性指数为0.30,平均Shannon信息指数为0.45,说明黄金茶群体的遗传多样性较高。110个黄金茶株系间的Jaccard相似系数在0.22~1.00之间,平均值为0.55。根据相似系数平均值,用UPGMA法将供试的110个株系分成七大类群,并绘制ISSR聚类树状图,揭示了黄金茶群体各株系之间的亲缘关系。该研究为今后加强对黄金茶特异种质资源的保护和利用、优良品种的选育及杂交亲本的选配等从分子水平上提供了一定的参考依据。     

“黄金茶”特异种质资源遗传多样性和亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记对珍稀地方种质资源“黄金茶”的110个株系进行遗传多样性和亲缘关系分析。从100条ISSR引物中筛选出18条多态性高、重复性好的引物,分别对供试材料的基因组进行扩增,共获得205条清晰可辨的谱带,其中多态性带187条,多态性比率达91.22%,反映了黄金茶群体基因组DNA多态性较高。110个黄金茶株系的平均有效等位基因数为1.51,平均Nei’s基因多样性指数为0.30,平均Shannon信息指数为0.45,说明黄金茶群体的遗传多样性较高。110个黄金茶株系间的Jaccard相似系数在0.22~1.00之间,平均值为0.55。根据相似系数平均值,用UPGMA法将供试的110个株系分成七大类群,并绘制ISSR聚类树状图,揭示了黄金茶群体各株系之间的亲缘关系。该研究为今后加强对黄金茶特异种质资源的保护和利用、优良品种的选育及杂交亲本的选配等从分子水平上提供了一定的参考依据。     

利用RAPD、ISSR分子标记分析野牡丹属亲缘关系

采用ISSR和RAPD分子标记技术对9个种44份野牡丹属种质资源进行了亲缘关系分析。结果表明:11条ISSR引物共扩增出91条谱带,其中多态性条带90条,多态性条带的比率为98.9%;16条RAPD引物共扩增出113条谱带,其中101条多态性条带,多态性比率为89.38%。2种分子标记相比较,ISSR分子标记检测出的多态性比率更高。44份野牡丹属种质明显聚为2组,种质资源遗传相似系数在0.61~0.88,平均相似系数0.75。基于不同引物的条带组合构建了供试的44份野牡丹属种质资源的ISSR和RAPD指纹图谱,采用这2种指纹图谱可对供试的所有野牡丹属种质资源进行鉴定。     

广东地区野生狗牙根遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记,对广东地区30份野生狗牙根进行遗传多样性研究。从50个ISSR引物中筛选出15个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出151条谱带,平均每个引物能扩增出10.07条带,其中多态性条带总数为142条,多态性条带比率达93.7%。材料间遗传相似系数GS=0.58278～0.92715。基于遗传相似系数,利用UPGMA聚类分析表明,供试材料可聚为4类。POPGENE分析软件结果表明,平均Shannon信息指数I=0.5689,平均Nei's基因多样性h=0.3813,每位点平均有效等位基因数ne=1.6196。     

海南龙血树种质遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记,对96份海南龙血树种质的遗传多样性进行研究。从100个ISSR引物中筛选出10个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出134条谱带,平均每个引物能扩增出13.4条带,多态性条带比率达99.25%。材料间遗传相似系数为0.589 6～0.985 1,POPGENE结果分析表明,平均Shannon信息指数(I)为0.370 2,平均Nei’s基因多样性(H)为0.232 1,每位点平均有效等位基因(NE)为1.369 2。用UPGMA法将96份海南龙血树种质分为4大类。     

银耳芽孢遗传多样性分析

利用ISSR和RAPD分子标记分析了不同来源的14株银耳芽孢多样性.4个ISSR引物和2个RAPD引物总扩增条带数为40条带,其中多态性位点数为39,多态性位点百分比97.50%.平均等位基因位点数为1.9750,平均有效等位基因位点数为1.393 1,物种水平上Nei's基因多样度指数为0.2270,Shannon遗传多样性指数为0.3559.UPGMA聚类方法对14个银耳菌株进行聚类分析,聚类结果表明,福建省内栽培的不同银耳菌种芽孢没有差异,福建省内银耳菌种比较单一,遗传背景相当狭隘;但这些菌株的芽孢与野生采集分离的银耳菌株的芽孢存在一定的差异.     

Diversity Analysis in Selected Non-basmati Scented Rice Collection

Diversity analysis among 23 rice varieties including 16 non-basmati scented accessions, 5 basmati accessions and 2 non-scented accessions was performed by random amplified polymorphic DNA (RAPD) and inter-simple sequence repeat (ISSR) marker systems. The varieties analyzed by 11 RAPD and 8 ISSR primers yielded an average of 65% and 80% polymorphism, respectively. The average number of polymorphic bands generated per RAPD primer was 6 and per ISSR primer was 5.87. RAPD and ISSR data analysis individually could not segregate basmati and non-basmati scented rice accessions. However, the analysis using a combined data could group basmati and non-basmati scented rice accessions separately. The bands present specifically among three accessions of non-basmati scented rice were also identified. The study revealed a high genetic diversity among non-basmati scented rice accessions.