豌豆肌动蛋白异型体PEAc3在不同干旱条件下的表达分析

以豌豆幼苗为试材,采用半定量和实时荧光定量RT-PCR技术,研究了不同浓度PEG 6000对肌动蛋白异型体PEAc3表达的影响,为深入了解豌豆幼苗抗旱分子机理以及筛选耐旱豌豆品种奠定基础。结果表明:与正常供水处理相比,15%PEG 6000处理下PEAc3基因的表达量略有升高,20%PEG 6000处理下PEAc3基因的表达量显著升高,低于10%PEG 6000处理,PEAc3的表达量基本没有变化,而25%PEG 6000处理下PEAc3基因的表达量则有所下降。不同干旱条件下PEAc3基因表达量不同这一结果表明,PEAc3基因可能参与豌豆幼苗适应干旱胁迫的生理生化过程,该基因有可能用于豌豆抗旱性强弱的分子筛选。     

斑玉蕈β-葡萄糖苷酶基因的序列分析及皂苷对基因表达的影响

通过转录组测序获得了斑玉蕈(Hypsizygus marmoreus)SIEF3133菌株的β-葡萄糖苷酶基因的cDNA序列(命名为bgl1),采用荧光定量PCR检测bgl1的相对表达量。当PDB中加入0.05g/L的皂苷溶液,菌丝培养4~6d时,bgl1相对表达量降低了1/2左右(相比对照),8d开始升高,第10天为对照组的1.8倍;向工厂化生产用的栽培瓶(接种培养85d后搔菌处理)中添加0.05g/L的皂苷溶液15mL,可缩短子实体采收时间约3d(与对照组相比),在此过程中bgl1相对表达量在第5天时最低,20d时超过对照组,5d时为对照组的1.66倍。     

(捺)叶片β-羟脂酰-CoA脱水酶(HCD)基因全长cDNA的分离与表达研究

以(Prunus salicina Lindl.var.cordataJ.Y.Zhangetal)5个不同生长发育时期叶片为试材,根据已构建的5个不同生长发育时期叶片的均一化全长cDNA文库,分离得到了一个羟脂酰-CoA脱水酶(HCD)基因,命名为PsHCD。对PsHCD基因生物信息进行分析,同时利用Real-time PCR检测PsHCD基因在叶片中5个不同生长发育时期的表达量。结果表明:该基因的cDNA开放阅读框编码区为第322个核苷酸到第987个核苷酸,编码221个氨基酸残基,5′UTR长度为321bp,3′UTR长度为156bp。利用TMHMM server软件分析,该基因编码的蛋白质有4个跨膜区域,PSORTⅡPrediction软件分析推测,亚细胞定位于内质网、微体和溶酶体中。实时荧光定量PCR结果表明,PsHCD的表达量随着叶片生长逐渐升高,在展开叶时达到最高峰,在幼叶到成熟叶时处于一种稳定水平,随后降低,老叶表达量最低。     

番茄细菌性斑点病菌实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

以番茄细菌性斑点病病原菌丁香假单胞菌番茄致病变种(Pseudomonas syringae pv. tomato,Pst)的致病相关基因HrpZ为靶序列,设计了特异性引物Pst3F/Pst3R,能从Pst基因组DNA中特异性扩增出大小为161 bp的目的片段。建立的Pst实时荧光定量PCR检测技术体系的检测灵敏度比普通PCR高1 000倍。利用实时荧光定量PCR检测体系,检测模拟带菌种子中Pst的带菌量,检测下限为4.21 cfu·g~(-1);检测人工接种叶片组织中Pst的带菌量,检测到1级发病叶片带菌量为4.15×102 cfu·g~(-1)。对田间采集的63个番茄细菌性斑点病明显症状和疑似症状样本,分别进行了实时荧光定量PCR、普通PCR和病原菌分离检测,检测到54个样本中含有Pst,3种方法检测结果一致。结果表明,建立的Pst实时荧光定量PCR检测体系具有特异性强、灵敏度高的特点,可以快速准确地定量检测番茄种子和发病组织中Pst的含量,为番茄细菌性斑点病的早期预防和流行监测提供了有效的技术手段。     

金针菇疏水蛋白编码基因fvh1和fv-hyd1在双、单核菌株不同发育阶段的定量表达研究

以金针菇(Flammulina velutipes)双核菌株G和单核菌株dan3为试验材料,采用实时荧光定量PCR技术,比较fvh1和fv-hyd1基因在不同生长发育阶段中的相对表达量差异。实时荧光定量PCR结果显示:基因fvh1在双核菌株G中,菌丝阶段的相对表达量显著高于原基和子实体阶段,而单核菌株dan3中,测试3个阶段的相对表达量无显著差异;基因fv-hyd1在双核菌株G和单核菌株dan3中,原基阶段相对表达量均显著低于子实体阶段,而菌丝阶段表达量未检测到。     

黄瓜CMV复制酶基因相对表达定量PCR方法的建立

为了对黄瓜感染CMV植株体内CMV复制酶基因表达水平进行测定,建立CMV复制酶基因的相对表达定量检测技术,并用该方法开展黄瓜植株CMV抗性鉴定试验,以18SrRNA基因为对照,CMV复制酶基因为目标基因,设计引物,探索SYBRGreen实时荧光定量PCR反应体系,同时对CMV复制酶基因进行均一化处理,利用荧光阈值(Q值)计算p-防御素基因的相对表达量。结果表明:利用SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR技术测定黄瓜CMV复制酶基因相对表达定量具有较高的准确性,耗时短,该技术可应用于CMV抗性植株的筛选。     

苹果梨果皮花色素苷合成相关基因PyANS的克隆与表达分析

以延边地区苹果梨为试材,采用同源克隆及实时荧光定量PCR的试验方法,研究PyANS基因在苹果梨解袋前后果实着色过程中的表达特性及与花青苷积累的关系。结果表明:PyANS的全长cDNA为1 075bp,其开放阅读框(ORF)编码358个氨基酸,分子量约为40kDa,理论等电点pI为5.38。同源性分析表明与同属的砂梨相似性高达99%,实时荧光定量PCR分析表明PyANS基因受到光诱导表达量迅速上升,去袋1d后表达量迅速增加,第10天时达到最大值,随后迅速下降,最终稳定在同一表达水平,与果实着色和花色苷含量测定的结果相对应,表明PyANS基因对果实花色素苷积累有一定的促进作用。     

百合肌动蛋白基因lilyActin 的克隆与表达分析

 为了在百合功能基因表达研究中选择一个理想内参基因,依据岷江百合cDNA 文库所获得的百合肌动蛋白（Actin）基因的EST 序列,采用RACE 技术进行该基因cDNA 全长克隆,并利用实时荧光定量PCR 分析其在不同组织中的表达模式,获得百合肌动蛋白基因cDNA 全长序列（GenBank 登录号：JX826390）,命名为lilyActin。该基因cDNA 全长1 367 bp,其中,5′非编码区91 bp,3′非编码区233 bp,开放读码框1 134 bp,编码377 个氨基酸。序列比对发现,该基因与其它15 种植物肌动蛋白核苷酸序列的相似性均在80%以上,氨基酸序列的相似性达98%。进化分析显示,百合肌动蛋白与郁金香肌动蛋白的亲缘关系最近。实时荧光定量PCR 结果显示,该基因在百合的花蕾、叶片和鳞片组织中恒定表达,表明相对于其他物种的内参基因,lilyActin 更适宜作为百合属植物的内参基因。     

菠萝凋萎相关病毒-3实时荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立菠萝凋萎相关病毒-3实时荧光定量PCR检测方法。【方法】根据PMWa V-3外壳蛋白基因的保守区域设计特异性引物和探针,通过优化PMWa V-3实时荧光定量PCR检测体系,构建以重组质粒为标准品的标准曲线,建立起PMWa V-3实时荧光定量PCR检测方法。【结果】该方法能特异性地检测PMWa V-3,且灵敏度是普通RTPCR的10倍;该方法重复性良好,组间和组内变异系数均小于1.73。【结论】建立的实时荧光定量PCR方法是一种快速、简便、可信度高的PMWa V-3定量检测方法。     

巨大口蘑内参基因的筛选

根据巨大口蘑(Tricholoma giganteum)转录组测序组装结果,选取6个组成型表达基因(β微管蛋白基因β-tubulin、肌动蛋白基因act、核糖体蛋白基因60S、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸还原酶基因ND、RNA聚合酶Ⅱ基因rpb2、3-磷酸甘油醛脱氢酶基因gapdh)为候选内参基因,结合geNorm、NormFinder以及BestKeeper软件与实时荧光定量PCR技术,对巨大口蘑各候选内参基因在不同生长阶段(Ⅰ组)、不同组织(Ⅱ组)以及不同亚铁离子浓度胁迫条件下(Ⅲ组)的表达稳定性进行分析。结果表明:β-tubulin基因在供试条件下的相对表达量较稳定,可作为巨大口蘑功能基因转录水平分析的内参基因。     

结球甘蓝花粉膜联蛋白基因的克隆及其表达分析

 对结球甘蓝（Brassica oleracea L. var. capitata L.）花粉总蛋白双向电泳及差异蛋白质谱分析, 发现膜联蛋白在花粉萌发后较萌发前表达下调。通过同源扩增和RACE 等方法首次在结球甘蓝花粉中扩增得到BoAnnexin2 基因的cDNA 序列,该基因cDNA 全长1 157 bp,开放阅读框为951 bp,编码316 个氨基酸残基,预测分子量为36.02 kD,等电点6.33。BoAnnexin2 编码蛋白C 端有4 个膜联蛋白重复序列,共2 个Ⅱ型钙结合区域,在第4 个钙结合区位点包含GXXXGXS（T）/DXXG 基序。实时荧光定量试验表明,BoAnnexin2 在甘蓝成熟未萌发花粉中的表达量是萌发45 min 后表达量的8 倍,表明BoAnnexin2 在甘蓝花粉萌发起始阶段起到重要调控作用。     

49种山茶在低温和盐胁迫下的双抗能力分析

根据杜鹃红山茶(Camellia azalea)抗坏血酸过氧化物酶(ascorbate peroxidase,APX)基因(CaAPX1,GenBank登录号:KP635267)序列,设计实时荧光定量PCR引物,并对4℃低温和200 mg·L~(-1)NaCl胁迫下杜鹃红山茶CaAPX1表达量进行分析,发现该基因能够在低温和NaCl胁迫下应激上调表达。实时荧光定量PCR分析发现,CaAPX1在49个山茶品种中均得到表达,但表达量有差异。通过田间抗寒耐盐指数和APX1表达量隶属函数值对49个山茶品种抗寒和耐盐双抗能力进行分析,其中Ⅰ类抗寒和耐盐能力强的有4个品种,Ⅱ类抗寒和耐盐能力中等的有11个品种,Ⅲ类抗寒和耐盐能力弱的有34个品种。     

番茄黄化曲叶病毒的实时荧光定量PCR 检测

番茄黄化曲叶病毒病（Tomato yellow leaf curl virus disease,TY LCVD）是目前为害番茄生
产的重要病害,准确检测TYLCV 含量是深入研究该病毒致病机理以及抗病育种的基础。根据TYLCV 的
DNA 保守序列设计引物,基于SYBR Green I 检测模式,构建了TYLCV 实时荧光定量PCR 检测体系,并
且对接种病毒30 d 后的感病番茄植株中的TYLCV 进行检测。结果显示,1ng·μL^-1 感病番茄总DNA 中
约含有3.47×10⁶ 个病毒拷贝。利用实时荧光定量PCR 法比普通PCR 法的灵敏度提高100 倍。     

辣椒疫霉菌RT-PCR检测技术的建立及应用

根据辣椒疫霉菌（Phytophthora capsici Leonian）与致病疫霉菌（Phytophthora infestans）及其他8种常见土传病害病原菌Actin基因序列差异,设计并筛选出辣椒疫霉菌的特异性引物YM2F/YM2R,建立辣椒疫霉菌的实时荧光定量PCR检测体系,并利用该体系定量检测人工模拟带菌样品及田间发病土壤样品中的辣椒疫霉菌。试验结果表明,利用该引物建立的实时荧光定量PCR检测体系线性关系良好,灵敏度为1 × 10-1 pg ? μL-1,是普通PCR的100倍。该体系无需病原菌的分离培养即可对土壤中的辣椒疫霉菌进行快速、特异且定量检测。对田间土壤样品的检测结果表明,在一定范围内病害发生、流行程度与病原菌密度成正比,从而为该病的流行监测和早期防控提供科学依据。     

(木奈)肉桂酸-4-羟化酶基因及其启动子克隆与表达分析

以不同发育时期的果实为试材,采用两步法逆转录与抑制PCR技术相结合的方法构建均一化全长cDNA文库,筛选出一条编码肉桂酸-4-羟化酶的全长cDNA(命名为PsC4 H);采用APA-Walking技术,分离获得该基因的启动子序列;采用实时荧光定量PCR技术,检测该基因在果实不同发育时期的表达动态。结果表明:PsC4 H基因全长为1 772bp,ORF(Open Reading Frame)为1 515bp,编码504个氨基酸,相对分子量为145 719.6,等电点为4.94,经序列同源性分析发现,PsC4 H氨基酸序列与李属果树高度同源;经PlantCare软件预测,PsC4 H基因的启动子除具有TATA/CAAT-box外,还含有G-box、HSE等特异作用元件;实时荧光定量结果显示,PsC4 H在果实整个生长发育过程中呈下调-上调的表达趋势,其中在成熟果中表达量最高。     

转chit42基因柠檬的分子鉴定及抗炭疽病研究

以转chit42基因柠檬为试材,对其进行了分子鉴定和抗炭疽病研究。用PCR和Southern杂交证实外源基因chit42已经整合到转化植株基因组中,chit42基因在转基因柠檬SR23株系中为3个拷贝,在SR24株系中为2个拷贝。对转基因柠檬进行离体和活体抗炭疽病试验表明转基因柠檬抗炭疽病能力得到明显提高。利用半定量RT-PCR技术检测chit42基因在柠檬中的表达,结果表明用炭疽病病菌接种处理24h后,chit42基因表达量开始增加;接种48h后,chit42基因表达量进一步明显增大;接种72h后,表达量开始有所下降,但仍然高于正常情况下chit42基因的表达量。     

柿果实内切-1,4-β-葡聚糖酶基因克隆与定量表达分析

以成熟期‘富平尖柿’（Diospyros kaki L．‘Fuping Jianshi’）为材料,采用RT-PCR和RACE相结合的方法,克隆柿果实中内切-1,4-β-葡聚糖酶基因（EG）cDNA,并在此基础上采用实时荧光PCR定量技术检测采后常温下柿果及GA,、ABA和1-MCP处理柿果软化过程中该EG基因转录水平的表达特点。试验结果：获得了一个内切-1,4-β-葡聚糖酶基因eDNA,命名为DKEG1（GenBank accession number：HQ222561）,长2叭1b口,编码545个氨基酸,末端含有CBD区域。实时荧光PCR定量技术检测发现常温下对照组柿果采后3d时出现DKEGl基因表达高峰,下降后又逐渐上升,并在12d时出现第2个高峰;赤霉素明显抑制了柿果实在整个后熟过程中DKEGl基因的表达,尽管在6d时也有升高,但与对照相比全程表达量均极低;ABA处理大大提高了DKEGl基因的表达量,没有出现采后3d的表达高峰,但在6～18d期间其表达量均高于对照的最高峰值,其表达高峰出现采后9d;1-MCP处理的柿果表达高峰比对照推迟9d,且前期表达量显著降低,但后期又上升。据此推断柿果实DKEGl的表达受乙烯生成和乙烯信号转导的调控,进而参与果实的后熟软化过程。     

换锦花LsMYB4基因的克隆与表达分析

以换锦花（Lycoris sprengeri）为材料,采用RT-PCR方法和RACE技术相结合的方法,从花瓣中克隆了MYB基因的cDNA全长序列,命名为LsMYB4。该序列全长793 bp,包含606 bp完整开放阅读框,编码201个氨基酸,具有明显的R2R3-MYB结构域,与中国水仙NtMYB相似性达96%。实时荧光定量PCR分析结果表明,LsMYB4在换锦花不同组织和不同花期均有表达,其中在花瓣中的相对表达量比叶中多9 ~ 10倍,在盛花期的相对表达量比花苞期多20倍。不同花色无性系花瓣中表达量存在差异,花色较浅的无性系高于其它无性系,推测LsMYB4在调控换锦花花色形成的过程中起着负调控作用。     

茶树低温胁迫转录因子CsICE的亚细胞定位及表达分析

 以茶树[Camellia sinensis（L.）O. Kuntze]品种‘迎霜’为试验材料,采用PCR技术扩增出与茶树低温胁迫相关转录因子CsICE的开放阅读框,长度783 bp。采用荧光定量PCR分析CsICE的表达量,结果表明CsICE在根、茎、叶、花和果中都有表达,在叶中表达量最高,是根、茎、果中表达量的4倍;在500 μmol ? L^-1 ABA处理下,幼叶中CsICE表达峰值是对照的40倍,在4 ℃低温处理下,最高值是对照的20倍,在10%聚乙二醇6000处理的干旱条件下表达量最高值只有对照的5倍。亚细胞定位结果显示CsICE定位在细胞核上。     

茶树蛋白激酶基因CsCIPK的克隆与表达特性分析

以茶树品种‘龙井43’作为材料,利用RT-PCR方法,从茶树的cDNA中克隆得到1个编码蛋白激酶的基因,命名为CsCIPK。序列分析表明,CsCIPK开放阅读框长度为1 341 bp,编码446个氨基酸,蛋白质分子量为414234。蛋白功能域预测和多重对比显示,CsCIPK蛋白含有1个保守的N端激酶结构域和1个相对不保守的C端调节结构域,即丝氨酸/苏氨酸激酶结构域和NAF结构域。理化性质、亲/疏水性、无序化分析显示,CsCIPK属于疏水性蛋白,理论等电点为7.04,有4段无序化区域,其二级结构分析显示主要由α螺旋、不规则卷曲组成。通过实时荧光定量PCR对‘龙井43’和‘安吉白茶’中的CsCIPK表达特性进行分析。结果显示‘龙井43’中CsCIPK的相对表达量在高温、干旱及盐处理4 h、低温处理24 h时达到最高。‘安吉白茶’中CsCIPK的相对表达量在高温及盐处理4 h、低温及干旱处理1h时达到最高。CsCIPK在‘龙井43’的根中,‘安吉白茶’茎中表达量最高。不同浓度的GA和IBA处理‘龙井43’茶苗,结果显示0.2 mmol·L-1 GA处理后,CsCIPK表达量先升高后下降,6 d时处理组为对照组的62倍;0.6 mmol·L-1 IBA处理后,CsCIPK的表达量在3 d时显著高于对照组;不同浓度GA和IBA处理后,9 d时CsCIPK表达量均显著低于对照。