云南省美味牛肝菌的遗传多样性分析

以采自云南省昆明、迪庆、大理、玉溪、曲靖、楚雄、文山等地的美味牛肝菌子实体为试材,采用ITS、LSU保守区段克隆测序和序列同源性比对的方法,将从GenBank中获得的部分牛肝菌属物种ITS和LSU序列与美味牛肝菌通过邻接法进行系统发育分析。结果表明:基于ITS系列构建的系统发育树表明,美味牛肝菌与Boletus reticulatus和Boletus aereus间序列差异较小,亲缘关系较近,以76%的支持率聚为一簇;基于LSU序列构建的系统发育树表明美味牛肝菌独立成为一枝,且除样品DJ外,其余样品以96%的支持率聚为一簇,表明它们有较近的亲缘关系。     

基于NCBI数据对五味子种质遗传多样性的分析

以NCBI核酸数据库中五味子DNA序列为研究对象,采用MEGA 6.0和DnaSP6软件分析法,研究了ITS2、PEPC、trnH-psbA和matK 4个目标片段的序列特征,以期获得五味子的遗传多样性和种质资源的来源。结果表明:ITS2序列的变异位点最多为15个;PEPC序列的单倍型最多为11个;最大遗传距离在ITS2序列之间为0.046;PEPC序列具有最高单倍型多样性为0.985,ITS2序列具有最高核苷酸多态性为0.004 93,所有序列的转换/颠换值均小于2;且4种序列构建的邻接法系统树结果均可以分为3个主要分支。     

基于ITS序列的中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃种内遗传多样性及种间关系分析

对中国樱桃[Cerasus pseudocerasus(Lindl.)G.Don](地方种质35份,野生资源35份),欧洲甜樱桃[C.avium(L.)Moench](18份)和毛樱桃[C.tomentosa(Thunb.)Wall.](7份)共95份材料的核糖体内转录间隔区(ITS,internal transcribed spacer)序列进行了测定和分析,以期从ITS的DNA序列变异角度揭示种内遗传多样性及种间遗传关系。结果表明:(1)96条ITS序列比对后长度为712 bp,G+C含量为58.1%,检测到71个变异位点(9.97%),共定义了37个单倍型;中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃的单倍型多样性和核酸多样性分别为0.840和0.00466、0.928和0.00396、0.905和0.00564,中国樱桃中栽培种质遗传多样性明显低于其野生资源;(2)种间遗传关系显示,中国樱桃与欧洲甜樱桃之间的遗传距离较近(0.019),而与毛樱桃遗传距离较远(0.048);(3)邻接聚类和单倍型网络分析显示3个种分别聚为3个分支,种间具有较大的遗传分化。同时,选择3个种的代表单倍型进行其ITS序列的二级结构预测分析,3个种之间ITS1区、ITS2区的二级结构差异较大,最小自由能差异显著,进一步揭示了3个种间的遗传关系较远。综合分析认为,3个樱桃种内均具有较高的遗传多样性,种间具有较大的遗传分化,遗传关系较远,其中毛樱桃与中国樱桃和欧洲甜樱桃的遗传关系均较远。     

10 个山茶岛屿天然居群的遗传多样性分析

 采用ISSR 分子标记对舟山群岛、长门岩岛、鹿儿岛、四国岛和五岛的10 个山茶（Camellia japonica）居群的遗传多样性和分化程度进行分析。20 条随机引物扩增出210 个可分析位点,多态性百分比（PPL）为90%。试验结果显示,山茶居群水平的Nei’s 基因多样性指数为0.2732,Shannon 信息多态性指数为0.4003,表明其具有较高的遗传多样性。鹿儿岛、四国岛和五岛的居群相对于舟山群岛和长门岩岛居群而言,遗传多样性水平更高。10 个居群间遗传分化系数Gst = 0.2028;地理距离与遗传距离之间具有显著相关性（r = 0.9081,P < 0.05）,表明岛屿地理隔离对山茶居群间的遗传分化具有重要影响。UPGMA 聚类显示了居群间的亲缘关系,同岛内居群间亲缘关系更近,长门岩岛居群与舟山群岛居群亲缘关系近于和鹿儿岛、四国岛以及五岛居群间的亲缘关系。     

新疆天山地区弯刺蔷薇居群遗传多样性AFLP分析

对新疆天山地区弯刺蔷薇（Rosa beggeriana）居群进行遗传多样性分析,采用8对AFLP分子标记在5个居群中共检测到191个位点,其中多态性位点47个;各居群平均多态位点百分率为22.72%,Nei's基因多样性指数和Shannon指数分别为0.0904和0.1319,表明弯刺蔷薇存在丰富的遗传多样性。各居群遗传分化系数为0.1333,基因流为3.2513,表明居群间具较高的基因交流,遗传分化水平低,遗传变异主要存在于居群内。遗传相似度和聚类分析显示,各居群间遗传一致性很高,遗传距离较近,亲缘关系较近,并基本上依据地理距离进行聚类。通过与其它野生蔷薇比较分析发现,环境差异对于弯刺蔷薇居群的影响并不明显,其遗传多样性水平相对于其他物种较低,居群间的基因交流频繁,且遗传变异相对较小。     

福建省梨地方品种的遗传多样性研究

利用叶绿体DNA非编码区序列acc D-psa I和17对SSR引物对原产于福建省的49个梨地方品种的遗传多样性进行分析,旨在为育种利用提供参考。获得49份福建地方品种的acc D-psa I序列,并检测到4个多态性位点,包含5个叶绿体单倍型(Hap1~Hap5),其中核苷酸多态性(Pi)为0.00139,单倍型多样性(Hd)为0.660。TCS网络图显示Hap5是最古老的单倍型,其仅在两个样品中检测到。17个SSR位点共检测到211个等位基因位点,有效等位基因数(A)为5~23个,平均值为12.41;观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)的平均值分别为0.5802和0.7549;17个SSR位点的Shannon’s信息指数(I)值为0.5830~2.7683,平均值为1.8661,表现出较高的遗传多样性。基于Nei和Li的遗传距离的邻接法(Neighbor-Joining,NJ)将49份样品聚为9个组,其中大部分聚类结果与单倍型类型表现的亲缘关系较为一致。叶绿体单倍型和SSR多态性位点信息证实福建地方品种具有较为丰富的遗传多样性。     

湖北省十堰地区野生板栗cpSSR遗传多样性研究

为了明确神农架地区野生板栗资源遗传背景,选用4对呈现多态性的叶绿体微卫星引物,对湖北省十堰辖区内野生板栗进行了遗传结构和叶绿体单倍型分析。结果表明4个位点在4个居群的53个样本中扩增出10个等位基因。等位基因数(A)平均为2.5,有效等位基因数(Ne)平均为1.696,PIC值平均为0.312,各遗传参数值远低于核基因组对群体研究的相应值。4个等位基因从53个样本中共给出5种单倍型,既有共享率超过66%的单倍型,在房县居群中也存在稀有单倍型,其中丹江口和房县板栗天然野生居群,具有较高的单倍型多样性,杂合度分别为0.4062和0.3794,明显高于其他地区,显示两地是板栗的分布及遗传多样性中心。基于cpSSR数据,对板栗地方品种与天然野生居群间的遗传结构、关系及地方品种的起源进行了初步探讨。AMOVA分析显示,83%的cpSSR变异存在于居群之间,17%来自居群内。研究表明,十堰地区野生板栗具有较高的多样性,叶绿体单倍型分析更能直观的表现野生板栗的区域分布规律。     

云南野生猕猴桃资源不同居群遗传多样性及遗传演化关系

应用SSR分子标记研究云南10个地理居群野生猕猴桃的遗传多样性及遗传演化关系。结果表明,不同地理居群间的遗传多样性水平差异不大;居群间的遗传一致度在0.989 9～0.999 1之间,遗传分化系数(Gst)在0.001 1～0.174 3之间。威信居群与彝良居群间的遗传一致度最高,遗传距离最小,亲缘关系最近;永善居群与云龙居群间的遗传一致度最低,遗传距离最大,亲缘关系最远。10个居群可分为两大类群,师宗、绥江、西畴和永善4个居群聚为类群Ⅰ,麻栗坡、屏边、云龙、镇雄、彝良和威信6个居群聚为类群Ⅱ。类群Ⅰ内的遗传演化关系可分为2个进化层次,师宗居群与绥江居群之间以及西畴居群与永善居群之间的遗传进化关系最近。类群Ⅱ内的遗传演化关系可分为5个进化层次,麻栗坡居群与屏边居群之间的遗传进化关系最近,云龙居群与威信居群之间的亲缘关系较远。研究结果可为加快云南猕猴桃属种质资源的研究利用提供参考。     

基于SSR 标记的四川野生中国樱桃遗传多样性和居群遗传结构分析

 采用SSR 分子标记技术对四川野生中国樱桃5 个居群共133 株的遗传多样性水平及居群的 遗传结构进行了研究。结果显示：10 对SSR 引物共检测到78 个等位基因,平均每位点等位基因7.8 个。 Nei’s 基因多样性指数（H）为0.6112 ~ 0.6689,Shannon’s 信息指数（I）为1.1984 ~ 1.3786。基于分子方 差分析（AMOVA）,92.53%的变异来自居群内,7.47%的遗传变异来自于居群间。居群间遗传距离（GD < 0.2416）、遗传一致度（GI > 0.7854）、遗传分化指数（Fst = 0.0844）以及较强的基因流（Nm = 2.7125）均 表明居群间的遗传分化水平较低,居群内存在显著近交现象（Fis = 0.3986）,且居群在大多数位点上偏离 Hardy-Weinberg 平衡。基于上述结果,分析讨论了居群较高遗传多样性和居群间较低遗传分化形成的可能 原因,并提出野生中国樱桃的保护利用策略。     

基于叶绿体DNA分析的楸子种质遗传多样性研究

利用4对叶绿体DNA引物扩增49份楸子[Malus prunifolia（Willd.）Borkh.]种质资源的4个叶绿体DNA基因间区trnH-psbA、trnS-trnG spacer + intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF序列，基于4个叶绿体DNA基因间区的序列变异，从母系遗传的角度评价楸子的遗传多样性水平。结果显示：4个叶绿体DNA基因间区序列经测序、拼接、比对和合并之后的片段长度为3 790 bp，共有173个多态性变异位点，其中包含2个单一突变位点、20个简约信息位点和151个插入/缺失位点。在49份楸子种质中，trnH-psbA、trnS-trnG spacer + intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF区域的变异位点的数量分别为26个、25个、120个和2个，单倍型数量分别为9个、7个、8个和3个，合并之后的叶绿体DNA片段的单倍型有14个。核苷酸多样性和单倍型多样性最高的区域均为trnH-psbA（Hd = 0.775，Pi = 0.02143），最低的为5′trnL-trnF（Hd = 0.481，Pi = 0.00072）。49份楸子种质4个叶绿体DNA区域合并后的遗传多样性较高（Hd = 0.854，Pi = 0.00949）。Tajima’s D检验中，4个叶绿体DNA区域在P > 0.10水平上均不显著，楸子的4个叶绿体DNA区域在进化上遵循中性进化模型。楸子的遗传变异主要存在于群体内部，不同居群间基因交流频繁，多数居群间遗传分化较少，与地理距离不完全相关。     

云锦杜鹃自然居群遗传多样性的ISSR分析

 利用ISSR技术对浙江省境内的5个云锦杜鹃自然居群的遗传多样性进行分析。12个引物共检测到170个位点, 其中多态位点150个, 多态位点百分率P (% ) 为88.24%。物种水平的Shannon信息指数( I) 为0.4317, Nei指数( h) 为0.2848, 表明物种水平的遗传多样性很高; 而居群水平的遗传多样性较低, P%平均为48123%, I平均为0.2682, h平均为0.1818。AMOVA分子差异分析显示40.03%的变异存在于居群间, 59.97%的变异存在于居群内, 居群间的遗传分化明显。居群间的基因流较低, 为0.8824。居群隔离、自交衰退可能是导致云锦杜鹃居群间遗传分化的主要原因。5个居群间的平均遗传距离为0.1755。聚类显示, 括苍山居群和天台山居群组成一组, 凤阳山居群和百山祖居群组成另一组, 干坑居群单独成一组。     

滇西北地区5种羊肚菌遗传多样性的ISSR分析

以滇西北地区11个羊肚茵居群56个羊肚菌样品为研究材料,应用ISSR分子标记方法,进行了遗传多样性与亲缘关系分析。结果表明,11个多态性ISSR引物对全部试验样品进行PCR扩增,共获得88条稳定的条带,其中多态性条带70务（占79．55％）。应用软件POPGENE32分析得出11个羊肚菌居群间遗传距离的变化范围在0．1715～0．4853之间,相似系数的变化范围在0．6155～0．8424之间。遗传分化分析表明,61．35％的变异存在于居群间,38．65％的变异存在于居群内。对56个羊肚菌样品进行分子系统聚类分析（UPGMA）将资源分为三大组,对11个羊肚菌居群进行亲缘关系聚类分析将居群分为两大类群,聚类结果与地理距离有明显的相关性。     

三叶悬钩子自然居群遗传多样性的ISSR 分析

 利用ISSR分子标记对云南特有植物三叶悬钩子（Rubus delavayi Fanch.）的12个居群共248个个体进行了遗传多样性分析。结果表明：16个ISSR引物共扩增到199个位点,其中185个是多态性位点,占92.96%。三叶悬钩子居群具有很高的遗传多样性水平,在物种水平上平均每个位点的多态位点百分率（PPB）为97.99%,有效等位基因数（A_e）为1.427,Nei’s遗传多样性（H）为0.267,Shannon’s多态信息指数（I）为0.417;在居群水平上PPB为62.10%,A_e为1.289,H为0.177,I为0.275。居群间基因分化系数G_st = 0.3351,与AMOVA分析的居群间遗传变异量占总量的33.03%相近,说明三叶悬钩子居群间存在一定程度的遗传分化。居群间遗传分化占总遗传变异的33.51%,居群内的遗传变异为66.49%,基因流（N_m）为0.9923。通过Mantel检测,居群间的遗传距离与地理距离不存在相关性。UMPGA聚类分析和二维主成分分析（PCA）结果一致。导致居群内高遗传变异水平原因主要是有限的基因流,而居群间较低的遗传多样性水平可能与生态破坏和生物入侵有关。     

基于ISSR标记的江西野生寒兰居群遗传多样性研究

采用ISSR分子标记对江西省主要山脉12个野生寒兰居群共185个体进行遗传多样性和群体遗传结构研究。结果表明:12条ISSR引物共扩增出123个条带,其中多态性条带97个,多态性条带百分率(PPB)为78.9%。12个寒兰居群在物种水平上的遗传多样性较高,群体总观测等位基因数(N_a)为1.7967,有效等位基因数(N_e)为1.4461,N_ei’s基因多样性(H_e)为0.2649,Shannon’s信息多样性指数(I)为0.3995;在居群水平上遗传多样性较低,PPB平均值为43.97%,N_a平均值为1.4397,N_e平均值为1.2478,H_e平均值为0.1462,I平均值为0.2204;遗传分化系数(G_(ST))为0.4415,居群间基因流(N_m)为0.6325,表明居群内的遗传分化大于居群间的遗传分化;UPGMA聚类结果显示12个寒兰居群可聚为两支,第一支由资溪、武夷山大叶、武夷山小叶、崇义小叶、靖安、宜丰、井冈山、邵武大叶和邵武小叶9个居群组成;第二支由石城、安远和崇义大叶3个居群组成,聚类结果没有呈现出山脉分布的特点;Mantel检验结果表明遗传距离和地理距离之间无显著相关性(r=0.3791)。     

不同居群艾种质遗传多样性和遗传结构分析

以12个艾居群和22条SCoT引物为试材,采用NTSYS-pc2.1、Popegen 1.32等分析方法对12个居群的遗传多样性和群体结构特征进行研究,以期为艾新品种选育提供参考依据。结果表明：22条SCoT引物共检测出87个主要等位基因变异,平均每条引物3.95个;多态性信息含量PIC值、Shannon′s多样性指数I值和Nei′s基因多样性指数H平均值分别为0.690、0.483和0.317,表现出较高的遗传多样性。居群每个位点平均等位基因数(Na)、每个位点平均有效等位基因数(Ne)、I和期望杂合度(He)平均值分别为1.444、1.419、0.349、0.238,以安阳汤阴县艾居群Na、I、H值最高。居群遗传相似系数和遗传距离范围为0.795～0.975和0.025～0.229,平均值为0.909和0.097。其中,济源艾居群和黄冈蕲春艾居群的遗传相似系数最高、遗传距离最近。SCoT遗传分化系数(Gst)为0.293,表明群体间的遗传多样性水平较低,9%遗传差异源自群体间。居群间基因流水平(Nm)值为2.022,表明居群间存在一定的基因流,导致居群间的遗传差异小。12个艾居群在...     

野生金针菇的分子鉴定及遗传多样性分析

针对采自全国7个自然保护区共计11个野生金针菇和2个常见栽培金针菇菌株,进行ITS-PCR和产物测序,经过与Gen Bank上已知序列的比对,结合传统形态特征鉴定,确定各菌株的拉丁名,并用MEGA6.0进行ITS序列的遗传距离分析和系统发育树构建。结果表明,金针菇的ITS1比ITS2进化速率快,变异位点和简约信息位点差异较大;13株金针菇种内遗传距离为0~0.014,种间遗传距离为0.029~0.045;ITS系统发育树也支持将13个菌株分为3个类群,即3个种,这与分子鉴定和传统形态鉴定结果相吻合,且同一菌种地域分布越近的菌株越容易聚为一支。研究表明,ITS序列分析可用于野生金针菇的分子鉴定和种间遗传多样性分析。     

云南昭通野生紫丁香蘑群体的遗传多样性分析

以采自云南昭通的66株野生紫丁香蘑(Lepista nuda,L.nuda)为研究对象,分析了其ITS序列及其单核苷酸多态性(SNP)。结果表明:经结合形态和分子水平的鉴定,确定所采的野生蘑菇为紫丁香蘑;66个紫丁香蘑的ITS序列长度变化范围为666~671bp,ITS1为241~244bp,5.8S为155bp,ITS2为267~275bp,G+C含量的变化范围为41.5%~42.4%,所有样本的平均遗传距离为0.003 0;通过序列比对,共筛选出7个SNP位点,单突变位点3个,简约信息位点4个;转换与颠换的比值R为0.672;该群体的核酸多态性指数Pi为0.002 91,每位点核苷酸多态性指数Theta(per site from Eta)为0.002 36。采用邻接法(neighbour joining,NJ)构建的系统发育树分支支持率低,表明群体内各菌株遗传距离小,该群体的遗传多样性丰度较低。综上说明云南昭通野生紫丁香蘑群体的遗传多样性水平很低,需要加强保护。     

利用SRAP和EST-SSR分析香椿资源的遗传多样性

利用SRAP和EST-SSR标记技术对中国9省10个香椿居群的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,试图为香椿种质资源的保护和开发利用奠定基础。结果表明,33对SRAP标记共扩增出167个多态性位点,平均每对引物产生5.06个多态性位点;45对EST-SSR引物共检测到221个多态性位点,平均每对引物检测到4.9个多态位点;所选香椿居群的等位基因数和期望杂合度（EST-SSR,Na = 2.3506,He = 0.4632）及Shannon’s信息指数（SRAP,I = 0.6140;EST-SSR,I = 0.6752）较高,表明中国香椿资源具有较高的遗传多样性;居群间的遗传分化系数（SRAP,Gst = 0.3124;EST-SSR,Fst = 0.2462）表明所研究的香椿资源分化程度较高;聚类结果显示,10个香椿居群可分成3类,其中衡水、泰安和太和居群为一类,成都、昆明、武汉和汝阳居群为一类,德州和泉州居群聚为一类,南京居群的结果因两类引物略有不同;香椿居群间的遗传距离与实际的地理距离相关性不显著。     

中国野生白灵菇遗传多样性的SCoT 分析

 对来自新疆裕民、托里、青河等3个县的63株野生白灵菇（Pleurotus eryngii var. tuoliensis）的遗传多样性进行了SCoT分析。9条SCoT引物共产生147条带,多态性条带比率为92.52%,平均多态性条带数为15.11。总样本的Nei’s基因多样性指数为0.261,Nei’s遗传一致度0.612 ~ 0.932,平均为0.772,这表明中国野生白灵菇具有丰富的遗传多样性。聚类分析和主坐标分析结果高度相似,几乎将供试样本完全按地理分布划分为3大类群,表明野生白灵菇的遗传多样性与地理分布密切相关。遗传距离分析表明,3个居群中,裕民居群与托里居群的亲缘关系最近,遗传距离为0.086;托里居群与青河居群的亲缘关系最远,遗传距离为0.156。相关性分析表明,遗传距离与直线地理距离和经向地理距离均不存在相关性,而与纬向地理距离存在明显的正相关关系。