云南变绿红菇的遗传多样性与群体遗传分化研究

以昆明、曲靖、楚雄、玉溪、昭通、临沧、大理等7个变绿红菇地理居群的30个子实体样本为试验材料,基于ITS序列和LSU序列,对其分子变异、遗传多样性、群体遗传分化进行分析。结果:30个样品中,基于ITS序列检测到18个单倍型,基于LSU序列检测到10个单倍型;基于ITS序列和LSU序列分别构建的单倍型系统发育树及30个样品的系统发育树显示,各地理居群的遗传距离与地理距离之间没有形成对应关系,二者无明显相关性。基于两个序列的分析结果均显示,各地理居群内单倍型多样性较丰富,而核苷酸多样性低。表明变绿红菇在不同的地理居群中的适应能力强,遗传多样性较低,绝大部分遗传分化来自于个体间的差异。     

三叶悬钩子自然居群遗传多样性的ISSR 分析

 利用ISSR分子标记对云南特有植物三叶悬钩子（Rubus delavayi Fanch.）的12个居群共248个个体进行了遗传多样性分析。结果表明：16个ISSR引物共扩增到199个位点,其中185个是多态性位点,占92.96%。三叶悬钩子居群具有很高的遗传多样性水平,在物种水平上平均每个位点的多态位点百分率（PPB）为97.99%,有效等位基因数（A_e）为1.427,Nei’s遗传多样性（H）为0.267,Shannon’s多态信息指数（I）为0.417;在居群水平上PPB为62.10%,A_e为1.289,H为0.177,I为0.275。居群间基因分化系数G_st = 0.3351,与AMOVA分析的居群间遗传变异量占总量的33.03%相近,说明三叶悬钩子居群间存在一定程度的遗传分化。居群间遗传分化占总遗传变异的33.51%,居群内的遗传变异为66.49%,基因流（N_m）为0.9923。通过Mantel检测,居群间的遗传距离与地理距离不存在相关性。UMPGA聚类分析和二维主成分分析（PCA）结果一致。导致居群内高遗传变异水平原因主要是有限的基因流,而居群间较低的遗传多样性水平可能与生态破坏和生物入侵有关。     

新疆天山地区弯刺蔷薇居群遗传多样性AFLP分析

对新疆天山地区弯刺蔷薇（Rosa beggeriana）居群进行遗传多样性分析,采用8对AFLP分子标记在5个居群中共检测到191个位点,其中多态性位点47个;各居群平均多态位点百分率为22.72%,Nei's基因多样性指数和Shannon指数分别为0.0904和0.1319,表明弯刺蔷薇存在丰富的遗传多样性。各居群遗传分化系数为0.1333,基因流为3.2513,表明居群间具较高的基因交流,遗传分化水平低,遗传变异主要存在于居群内。遗传相似度和聚类分析显示,各居群间遗传一致性很高,遗传距离较近,亲缘关系较近,并基本上依据地理距离进行聚类。通过与其它野生蔷薇比较分析发现,环境差异对于弯刺蔷薇居群的影响并不明显,其遗传多样性水平相对于其他物种较低,居群间的基因交流频繁,且遗传变异相对较小。     

新疆野扁桃种质资源遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对中国新疆分布的野扁桃(Amygdalus ledebouriana Schlecht.)5个居群共120个个体的遗传多样性进行了研究。9条引物共检测到114个位点,其中105个为多态位点。在物种水平上,野扁桃的多态位点百分率为92.1%,Nei's基因多样度(h)为0.2809,Shannon信息指数(I)为0.4327;在居群水平上,多态位点百分率平均为50.7%,Nei's基因多样度(h)平均为0.2062,Shannon信息指数(I)平均为0.2999。基于Nei's遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数Gst=0.2660,表明有26.6%的遗传变异存在于居群之间。居群间的遗传一致度平均为0.8964,估测的居群间基因流(Nm)为1.3794,可以认为5个野扁桃居群间基因流畅通,与Nei's多样性指数揭示的大部分遗传变异存在于居群内是一致的。根据Nei's遗传距离对不同居群进行UPGMA聚类分析显示居群间的遗传距离与居群的地理距离之间没有显著的相关性。基于试验分析结果,野扁桃种质资源保护和利用的策略为在优先保护现有群体的基础上,加强筛选和保存居群内的变异单株。     

基于叶绿体DNA分析的楸子种质遗传多样性研究

利用4对叶绿体DNA引物扩增49份楸子[Malus prunifolia（Willd.）Borkh.]种质资源的4个叶绿体DNA基因间区trnH-psbA、trnS-trnG spacer + intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF序列，基于4个叶绿体DNA基因间区的序列变异，从母系遗传的角度评价楸子的遗传多样性水平。结果显示：4个叶绿体DNA基因间区序列经测序、拼接、比对和合并之后的片段长度为3 790 bp，共有173个多态性变异位点，其中包含2个单一突变位点、20个简约信息位点和151个插入/缺失位点。在49份楸子种质中，trnH-psbA、trnS-trnG spacer + intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF区域的变异位点的数量分别为26个、25个、120个和2个，单倍型数量分别为9个、7个、8个和3个，合并之后的叶绿体DNA片段的单倍型有14个。核苷酸多样性和单倍型多样性最高的区域均为trnH-psbA（Hd = 0.775，Pi = 0.02143），最低的为5′trnL-trnF（Hd = 0.481，Pi = 0.00072）。49份楸子种质4个叶绿体DNA区域合并后的遗传多样性较高（Hd = 0.854，Pi = 0.00949）。Tajima’s D检验中，4个叶绿体DNA区域在P > 0.10水平上均不显著，楸子的4个叶绿体DNA区域在进化上遵循中性进化模型。楸子的遗传变异主要存在于群体内部，不同居群间基因交流频繁，多数居群间遗传分化较少，与地理距离不完全相关。     

利用RAPD标记分析主产地草果遗传多样性

以云南省红河州4个居群的48份草果为试材,采用RAPD分子标记技术,研究草果遗传多样性,以期为草果资源的保护及利用提供参考依据。结果表明:11条RAPD引物共扩增出139个条带,多态性条带比率(PPB)为98.56%。在群体水平上,金平居群的遗传多样性最高(PPB=82.01%),其次是绿春居群(PPB=66.91%),屏边居群(57.55%)和元阳居群(55.40%)多样性水平相对较低。草果总遗传多样性的87.67%(Hs=0.197)来自于居群内部,居群间遗传变异只占12.33%(Gst=0.123),AMOVA分析进一步证明草果的遗传变异主要存在于居群内部。遗传一致度分析表明不同居群间的遗传一致度较高,相似性系数在0.931 4～0.971 7,表明草果居群间遗传变异较小。     

苹果属15个种的叶绿体DNA变异与遗传分化

【目的】利用叶绿体基因(cpDNA)标记,对近十年间在我国苹果属植物的主要密集分布区收集的15种苹果属植物的叶绿体DNA进行序列变异分析,开展其遗传分化和遗传结构研究。【方法】利用4对叶绿体DNA引物扩增722份种质的4个非编码区trn H-psb A、trn S-trn G spacer+intron、trn T-5’trn L和5’trn L-trn F,对每个基因间区正反向测序获得的序列进行人工校对后,使用MEGA 7.0进行序列拼接和比对,使用Dna SP ver5.10.01计算叶绿体DNA的遗传多样性参数,利用Arlequin v3.5分析标准分子变异(AMOVA),运用Net Work ver4.6.1.2构建种内居群间的叶绿体DNA单倍型邻接网络关联图。【结果】4个cp DNA区域经测序、拼接、比对和合并之后的片段长度为4 120 bp,共有579个多态性变异位点,单倍型为100个,核苷酸多样性(Pi)和单倍型多样性(H_d)分别为0.008 52和0.879。Tajima’s D检验中,15种苹果属植物的4个cp DNA区域合并后遵循中性模型。AMOVA分析表明,遗传变异主要存在于种群内,但种群间遗传变异也占较大比重。【结论】中国原产苹果属植物在叶绿体DNA水平具有较高的遗传多样性,苹果属植物不同种具有不同的演化路线,各个种间以及种内起源演化关系错综复杂。山荆子和新疆野苹果的部分种质占据较为古老的单倍型,并在发展演化过程中经历过种群扩张。苹果属栽培种中国苹果、花红、楸子和八棱海棠的部分单倍型晚于部分新疆野苹果的单倍型。     

河南境内桑叶葡萄种内形态和遗传多样性分析

对河南省境内桑叶葡萄(Vitis ficifolia Bge.)的形态变异水平、遗传变异水平以及分布进行了研究。形态学分析结果表明,新梢、幼叶和成龄叶的17个性状中有10个性状在居群间存在显著或极显著差异,所有性状的变异系数在2.6%～54.7%,表明形态变异较丰富。SSR分析检测到69个位点,其中多态位点64个,多态位点比率(PPB)为92.75%,表明桑叶葡萄遗传多样性水平较高。居群间的遗传分化系数(GST)和Nei’s基因多样性指数分析显示,大部分遗传变异存在于居群内(分别为24.05%、11.83%)。     

滇西北地区5种羊肚菌遗传多样性的ISSR分析

以滇西北地区11个羊肚茵居群56个羊肚菌样品为研究材料,应用ISSR分子标记方法,进行了遗传多样性与亲缘关系分析。结果表明,11个多态性ISSR引物对全部试验样品进行PCR扩增,共获得88条稳定的条带,其中多态性条带70务（占79．55％）。应用软件POPGENE32分析得出11个羊肚菌居群间遗传距离的变化范围在0．1715～0．4853之间,相似系数的变化范围在0．6155～0．8424之间。遗传分化分析表明,61．35％的变异存在于居群间,38．65％的变异存在于居群内。对56个羊肚菌样品进行分子系统聚类分析（UPGMA）将资源分为三大组,对11个羊肚菌居群进行亲缘关系聚类分析将居群分为两大类群,聚类结果与地理距离有明显的相关性。     

基于ISSR标记的江西野生寒兰居群遗传多样性研究

采用ISSR分子标记对江西省主要山脉12个野生寒兰居群共185个体进行遗传多样性和群体遗传结构研究。结果表明:12条ISSR引物共扩增出123个条带,其中多态性条带97个,多态性条带百分率(PPB)为78.9%。12个寒兰居群在物种水平上的遗传多样性较高,群体总观测等位基因数(N_a)为1.7967,有效等位基因数(N_e)为1.4461,N_ei’s基因多样性(H_e)为0.2649,Shannon’s信息多样性指数(I)为0.3995;在居群水平上遗传多样性较低,PPB平均值为43.97%,N_a平均值为1.4397,N_e平均值为1.2478,H_e平均值为0.1462,I平均值为0.2204;遗传分化系数(G_(ST))为0.4415,居群间基因流(N_m)为0.6325,表明居群内的遗传分化大于居群间的遗传分化;UPGMA聚类结果显示12个寒兰居群可聚为两支,第一支由资溪、武夷山大叶、武夷山小叶、崇义小叶、靖安、宜丰、井冈山、邵武大叶和邵武小叶9个居群组成;第二支由石城、安远和崇义大叶3个居群组成,聚类结果没有呈现出山脉分布的特点;Mantel检验结果表明遗传距离和地理距离之间无显著相关性(r=0.3791)。     

基于SSR 标记的四川野生中国樱桃遗传多样性和居群遗传结构分析

 采用SSR 分子标记技术对四川野生中国樱桃5 个居群共133 株的遗传多样性水平及居群的 遗传结构进行了研究。结果显示：10 对SSR 引物共检测到78 个等位基因,平均每位点等位基因7.8 个。 Nei’s 基因多样性指数（H）为0.6112 ~ 0.6689,Shannon’s 信息指数（I）为1.1984 ~ 1.3786。基于分子方 差分析（AMOVA）,92.53%的变异来自居群内,7.47%的遗传变异来自于居群间。居群间遗传距离（GD < 0.2416）、遗传一致度（GI > 0.7854）、遗传分化指数（Fst = 0.0844）以及较强的基因流（Nm = 2.7125）均 表明居群间的遗传分化水平较低,居群内存在显著近交现象（Fis = 0.3986）,且居群在大多数位点上偏离 Hardy-Weinberg 平衡。基于上述结果,分析讨论了居群较高遗传多样性和居群间较低遗传分化形成的可能 原因,并提出野生中国樱桃的保护利用策略。     

野生天门冬遗传多样性的ISSR分析

通过ISSR技术对19个野生天门冬居群共67个个体进行遗传多样性分析.结果表明:用13个随机引物共扩增出125条清晰条带,其中92条具多态性,平均多态性位点比率为73％,建立了不同居群的ISSR标记;Nei's基因多样性指数H=0.19,Shannon,s多样性指数I=0.30,遗传分化指数Gst=0.8206.聚类分析表明,青海、云南和贵州省的5个居群聚为一大支,其它居群为另一大支.野生天门冬种内具有较高的遗传多样性,遗传变异主要存在于居群间;ISSR标记可以作为研究天门冬遗传多样性及居群鉴定的有效标记.     

中国枣树干腐病菌(Botryosphaeria dothidea)群体遗传多样性的ISSR分析

【目的】从分子水平上揭示我国枣树干腐病菌群体的遗传特点,探究其遗传变异的规律。【方法】采用正交实验设计的方法,对影响ISSR-PCR扩增的4个因素进行研究。采用ISSR分子标记,对161株供试病原菌进行PCR扩增,通过Pop Gene和Arlequin软件对其群体遗传多样性和遗传分化情况进行分析。【结果】从40条ISSR引物中筛选到10条扩增多态性良好的引物,建立了适合枣树干腐病菌ISSR-PCR扩增的体系。采用该体系共在132个位点扩增出条带,其中多态性位点129个,多态性位点百分率为97.93%。Pop Gene结果显示,在物种水平上,供试病原菌的基因多样性指数和Shannon信息指数分别为0.256 3和0.397 8。分子方差分析表明,不同地理种群间的遗传变异占总变异量的7.94%,不同地理种群内的各自然种群间的遗传变异占总变异量的24.46%,自然种群内各分离株的遗传变异占总变异量的67.58%。聚类分析结果表明,在遗传相似系数为0.19时,可将9个病原菌自然种群划分为6个不同的聚类群。【结论】我国枣树干腐病菌(B.dothidea)群体具有丰富的遗传多样性,群体内多样性大于群体间多样性。自然种群内各分离株的遗传变异是我国枣树干腐病菌遗传变异的主要来源。我国枣树干腐病菌的各自然种群之间的遗传亲缘关系与其地理来源无明显相关性。     

新疆野苹果资源遗传多样性SSR分析

采用SSR标记技术对新疆野苹果7个天然居群180份样品进行了遗传多样性分析,旨在为新疆苹果的杂交育种及优良品种/品系的选育提供理论依据。13对SSR引物共扩增出119条多态性条带,各居群内的多态性位点比率为79.84%~92.25%;居群水平上新疆野苹果的遗传多样性变化趋势基本一致,其中新源居群的有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性(H)和Shannon信息指数(I)在7个居群中最大;种级水平上的Shannon信息指数(I)为0.551 6,居群内为0.468 9;新疆野苹果居群的变异主要存在于居群内部,居群间和居群内遗传多样性分别为15%和85%,说明新疆野苹果居群的变异主要存在于居群内部。     

紫丁香天然群体遗传多样性的AFLP分析

 抽取内蒙古大黑山、辽宁北票和山西五老峰3个紫丁香(Syringa oblata Lindl. ) 天然群体为拟似群体, 用筛选出的8对引物, 对群体家系组成的72个样品进行AFLP分析。Nei (1973) 基因多样性指数h = 0.2287, Shannon's信息指数I = 0.3464; 种级遗传多样性Ht = 0.3522, 群体内遗传多样性Hs =0.2287, 群体间遗传多样性Dst = 0.1235, 群体分化系数Gst = 0.3508, 群体间总的基因流的估算值Nm =0.9253, 群体遗传变异的AMOVA分析表明群体的遗传多样性主要分布在群体间, 群体间方差分量的贡献率占51.53%。基于Nei (1972) 遗传距离的UPGMA聚类分析显示群体间的遗传距离与群体的地理距离关系一致。结果表明: 紫丁香群体间的遗传分化较大, 其天然群体缺失造成的现有分布的间断性和地理隔离以及高自交率是导致其群体间的高度分化的主要因素。在目前分布残缺, 群体丢失严重的情况下, 紫丁香种质资源保护和利用策略应为采取优先保存尽可能多的群体。     

基于ITS序列的中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃种内遗传多样性及种间关系分析

对中国樱桃[Cerasus pseudocerasus(Lindl.)G.Don](地方种质35份,野生资源35份),欧洲甜樱桃[C.avium(L.)Moench](18份)和毛樱桃[C.tomentosa(Thunb.)Wall.](7份)共95份材料的核糖体内转录间隔区(ITS,internal transcribed spacer)序列进行了测定和分析,以期从ITS的DNA序列变异角度揭示种内遗传多样性及种间遗传关系。结果表明:(1)96条ITS序列比对后长度为712 bp,G+C含量为58.1%,检测到71个变异位点(9.97%),共定义了37个单倍型;中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃的单倍型多样性和核酸多样性分别为0.840和0.00466、0.928和0.00396、0.905和0.00564,中国樱桃中栽培种质遗传多样性明显低于其野生资源;(2)种间遗传关系显示,中国樱桃与欧洲甜樱桃之间的遗传距离较近(0.019),而与毛樱桃遗传距离较远(0.048);(3)邻接聚类和单倍型网络分析显示3个种分别聚为3个分支,种间具有较大的遗传分化。同时,选择3个种的代表单倍型进行其ITS序列的二级结构预测分析,3个种之间ITS1区、ITS2区的二级结构差异较大,最小自由能差异显著,进一步揭示了3个种间的遗传关系较远。综合分析认为,3个樱桃种内均具有较高的遗传多样性,种间具有较大的遗传分化,遗传关系较远,其中毛樱桃与中国樱桃和欧洲甜樱桃的遗传关系均较远。     

辽宁省野生羊肚菌资源调查与遗传多样性分析

为了调查辽宁省的羊肚菌资源,了解其产地环境及种属的关系,探寻羊肚菌在辽宁省发生的适合条件,对辽宁省7市16个羊肚菌发生地开展了资源调查,共采集到羊肚菌样本53份。采用ITS和多基因系谱一致性系统发育种识别法(GCPSR),对采集到的羊肚菌样本进行鉴定和遗传多样性分析。结果表明,采集的羊肚菌样本被鉴定为5种,即Morchella sp.(Mes-6)、Morchella sp.(Mes-8)、Morchella sp.(Mes-9)、Morchella sp.(Mes-20)、Morchella sp.(Mes-21),其中,Mes-20和Mes-21为辽宁省新记录种。辽宁省的野生羊肚菌资源主要集中在朝阳市,以Mes-6为主。采用11条ISSR引物,共检测出多态位点51个。在居群水平上,Nei’s基因多样性为0.1201±0.0466,居群间遗传变异占总变异的60.79%,居群内占39.21%,遗传变异主要存在于居群间。     

10 个山茶岛屿天然居群的遗传多样性分析

 采用ISSR 分子标记对舟山群岛、长门岩岛、鹿儿岛、四国岛和五岛的10 个山茶（Camellia japonica）居群的遗传多样性和分化程度进行分析。20 条随机引物扩增出210 个可分析位点,多态性百分比（PPL）为90%。试验结果显示,山茶居群水平的Nei’s 基因多样性指数为0.2732,Shannon 信息多态性指数为0.4003,表明其具有较高的遗传多样性。鹿儿岛、四国岛和五岛的居群相对于舟山群岛和长门岩岛居群而言,遗传多样性水平更高。10 个居群间遗传分化系数Gst = 0.2028;地理距离与遗传距离之间具有显著相关性（r = 0.9081,P < 0.05）,表明岛屿地理隔离对山茶居群间的遗传分化具有重要影响。UPGMA 聚类显示了居群间的亲缘关系,同岛内居群间亲缘关系更近,长门岩岛居群与舟山群岛居群亲缘关系近于和鹿儿岛、四国岛以及五岛居群间的亲缘关系。     

不同坡向映山红种群遗传多样性的ISSR研究

以黄狮寨3个不同坡向的杜鹃花居群为试材,采用10个ISSR分子标记,研究了坡向对杜鹃花遗传多样性的影响。结果表明:采用的ISSR标记共扩增出38个位点,其中多态性位点36个,多态性比率94.74%,各位点扩增条带为3~5个。"南坡居群"多态性位点、Nei′s基因多样性指数(h)、Shannon信息指数(I)均最高,最低的是"西坡居群"。南坡的地理环境和伴生物种对野生杜鹃花遗传多样性影响较大。黄狮寨杜鹃花居群总的遗传变异Ht为0.268 9,仅6.01%的遗传变异发生在居群间,发生在居群内的遗传变异高达93.99%。3个居群间遗传一致度最高的居群是"西坡居群"和"北坡居群";遗传距离最大的是"北坡居群"和"南坡居群"。为杜鹃花的生物保护、可持续开发利用等研究提供了参考依据。     

湖北省十堰地区野生板栗cpSSR遗传多样性研究

为了明确神农架地区野生板栗资源遗传背景,选用4对呈现多态性的叶绿体微卫星引物,对湖北省十堰辖区内野生板栗进行了遗传结构和叶绿体单倍型分析。结果表明4个位点在4个居群的53个样本中扩增出10个等位基因。等位基因数(A)平均为2.5,有效等位基因数(Ne)平均为1.696,PIC值平均为0.312,各遗传参数值远低于核基因组对群体研究的相应值。4个等位基因从53个样本中共给出5种单倍型,既有共享率超过66%的单倍型,在房县居群中也存在稀有单倍型,其中丹江口和房县板栗天然野生居群,具有较高的单倍型多样性,杂合度分别为0.4062和0.3794,明显高于其他地区,显示两地是板栗的分布及遗传多样性中心。基于cpSSR数据,对板栗地方品种与天然野生居群间的遗传结构、关系及地方品种的起源进行了初步探讨。AMOVA分析显示,83%的cpSSR变异存在于居群之间,17%来自居群内。研究表明,十堰地区野生板栗具有较高的多样性,叶绿体单倍型分析更能直观的表现野生板栗的区域分布规律。