猕猴桃病毒A和B的RT-PCR检测及分子变异初步研究

为明确猕猴桃病毒A（Actinidia virus A,AcVA）和猕猴桃病毒B（Actinidia virus B,AcVB）在中国猕猴桃（Actinidia sp.）上的侵染状况和分子特性,采用RT-PCR技术对151份猕猴桃样品的AcVA和AcVB进行检测,检出率分别为15.2%和17.9%,所收集的6种猕猴桃样品中均检测到一种或两种病毒。发现AcVA的ORF1、ORF4和ORF5扩增片段序列存在较大分子变异,不同分离物的269 bp片段（ORF1）核苷酸序列相似性为77.3% ~ 99.3%。在基于各扩增片段核苷酸序列的系统进化树中,AcVA分离物聚为2 ~ 3组。采用引物AcVB5F/5R扩增获得20个AcVB分离物的342 bp或338 bp的ORF5片段,核苷酸序列相似性为81% ~ 100%,与新西兰AcVB分离物TP7-93B相应片段的核苷酸序列相似性为83.9% ~ 99.7%,在系统进化树中聚为3组。     

猕猴桃病毒A和B在陕西省的分布、分子变异与基因组研究

系统调查了中国陕西省猕猴桃主产区周至、眉县、杨凌和汉中‘徐香’、‘海沃德’、‘华优’和‘秦美’猕猴桃上猕猴桃病毒A（AcVA）和猕猴桃病毒B（AcVB）的带毒率和分布情况。结果表明，AcVA和AcVB在4个产区均有广泛地分布和较高的带毒率。其中，AcVA和AcVB分别在杨凌（36.7%）和眉县（36.9%）有最高的带毒率。按照品种划分，AcVA（32.3%）和AcVB（32.9%）均在‘徐香’品种上有最高的带毒率。通过高通量测序与分析获得了AcVA和AcVB的基因组序列，其分别由7 654和7 454个核苷酸组成，与之前报道的TP7-93A和TP7-93B分离物对应的同源率分别为82.7%和78.5%。AcVA和AcVB外壳蛋白基因系统发育树显示，2种病毒分成2个组，存在较大的分子变异。     

喇叭水仙中百合斑驳病毒的RT-PCR检测及序列分析

 根据基因库中已发表的百合斑驳病毒（Lily mottle virus, LMoV）外壳蛋白基因序列设计引物,通过RT-PCR方法从喇叭水仙Narcissus pseudonarcissus‘Pink-charm’ 样品中扩增出1条大小与试验设计相符的553 bp的特异性LMoV RT-PCR带。扩增产物序列分析表明：与GenBank中百合斑驳病毒百合分离物核苷酸相似性在90%以上。将该序列翻译为外壳蛋白的氨基酸序列ABW16938发现它完全存在于GenBank上已登录的LMoV病毒外壳蛋白序列NP-945145中,确认喇叭水仙该样品感染了百合斑驳病毒。     

山东省芋花叶病毒病的田间调查及鉴定

为明确芋花叶病毒(Dasheen mosaic virus,Ds MV)在山东芋种植区的发生和遗传进化,在山东潍坊、青岛、烟台、日照和临沂等5个芋主栽区进行调查,对采集样品进行病毒病病原鉴定、序列分析和遗传进化分析。结果显示,芋花叶病毒的检出率为55.9%,在5个地区皆有分布。5个Ds MV分离物cp基因的核苷酸序列相似性为88.5%~91.9%,氨基酸序列相似性为93.4%~97.5%;与国内外已报道代表性Ds MV分离物cp基因的核苷酸与氨基酸的序列相似性分别为74.8%~99.4%、79.7%~99.1%。遗传进化分析显示,Ds MV山东分离物与日本分离物(Ds23)、中国分离物(ND和ZAN)和美国分离物(Ds MV-U2)亲缘关系较近,聚在同一分支。综上,Ds MV在山东省芋主栽区发生普遍,其cp基因序列之间变异相对较大。     

通辽市塞外红苹果中3种苹果潜隐病毒的检测及变异分析

【目的】明确通辽地区塞外红苹果（Malus pumila ‘Saiwaihong’）中苹果褪绿叶斑病毒（ACLSV）、苹果茎痘病毒（ASPV）和苹果茎沟病毒（ASGV）3种苹果潜隐病毒的普遍率和遗传多样性。【方法】从通辽市开鲁县8个乡镇随机采集了96份塞外红苹果枝条，采用RT-PCR法对样品进行3种苹果潜隐病毒检测。对检测为阳性的样品进行病毒基因克隆、测序，并进行序列一致性分析和系统发育分析。【结果】检测结果表明，被检测的塞外红苹果中3种苹果潜隐病毒均有不同程度的发生，并且存在2种或3种病毒的复合侵染。基于CP基因对病毒一致性和变异情况进行分析，结果表明，来源于塞外红苹果的29个ACLSV分离物的核苷酸序列一致性为78.1%～99.9%，与其他15个已知的ACLSV分离物的一致性为69.1%～93.6%；来源于塞外红苹果的12个ASPV分离物的核苷酸序列一致性为83.6%～99.7%，与其他15个已知的ASPV分离物的一致性为75.4%～91.5%；来源于塞外红苹果的21个ASGV分离物的核苷酸序列一致性为96.4%～100.0%，与其他已知的40个ASGV分离物的一致性为89.9%～...     

贵州辣椒叶脉黄化病毒分离物检测及其P0、CP、MP基因进化分析

为明确辣椒叶脉黄化病毒（Pepper vein yellows virus，PeVYV）在贵州辣椒上的发生分布及其分子变异情况。用RT-PCR法对采自贵州省25个采样地点的548份辣椒疑似病毒病样品进行检测。结果表明：129份为阳性样品，检出率为23.54%。将获得的14个不同采样点PeVYV分离物和已报道的中国和其他国家PeVYV分离物进行序列比对，P0基因核苷酸同源性为90.9% ~ 100.0%，氨基酸相似性为97.7% ~ 100.0%；CP基因核苷酸同源性为93.7% ~ 100.0%，氨基酸相似性为97.9% ~ 100.0%；MP基因核苷酸同源性为94.7% ~ 100.0%，氨基酸相似性均为100.0%。在系统进化树中，有13个采样点PeVYV分离物P0基因聚在一起，与中国分离物（KP326573）的亲缘关系较近，而遵义播州PeVYV分离物与澳大利亚分离物的亲缘关系较近。贵州所有PeVYV分离物CP基因与中国、澳大利亚、美国和西班牙分离物聚为一支，但不同采样点的PeVYV分离物又聚为两个不同的分支。而不同采样点MP基因全部聚在一起，且与其他地区PeVYV分离物的差异不明显。研究结果表明贵州辣椒上不同地区PeVYV分离物具有一定的分子差异，存在遗传分化现象。     

中国柑橘叶斑驳病毒和碎叶病毒发生状况及其分子特性研究

柑橘叶斑驳病毒(Citrus leaf blotch virus,CLBV)和柑橘碎叶病毒(Citrus tatter leaf virus,CTLV)均可侵染柑橘的不同种。为明确CLBV及CTLV在中国柑橘上的发生状况和分子特性,采用RT-PCR技术对来源于中国7个省的342份和346份柑橘样品进行检测,检出率分别为9.6%和11.0%。对14个CLBV分离物和15个CTLV分离物的外壳蛋白(Coat protein,CP)基因部分序列分析显示,CLBV分离物间cp核苷酸和编码氨基酸序列相似性分别为82.1%~100%和88.1%~100%,CTLV分离物的cp核苷酸和编码氨基酸序列相似性分别为89.5%~100%和92.5%~100%。测定的14个CLBV分离物在系统进化树中聚为2个组;而CTLV分离物分组不明显,该病毒的系统进化与寄主来源无明显关系。     

草莓病毒1山东分离物全基因组分析

草莓病毒1(strawberry virus 1,StrV-1)属于弹状病毒科(Rhabdoviridae)细胞质弹状病毒属(Cytorhabdovirus),可侵染草莓。利用高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)结合RT-PCR和RACE技术从采自山东省烟台市乳山市草莓种植基地的草莓品种‘全明星’上获得了StrV-1山东分离物(StrV-1-CN)的基因组全长(GenBank登录号:MW795715)。该分离物基因组全长为14 051 nt,3’和5’非编码区序列分别为181和767nt,其负义链含有9个开放阅读框(open reading frame,ORF),从3’到5’端分别编码N、P’、P、P3、M、G、P6、P7和L等9个蛋白。序列分析表明,StrV-1-CN与已报道的StrV-1分离物基因组全长核苷酸序列一致性为77%～88%。系统发育分析结果表明,StrV-1-CN与捷克分离物B和1/2017聚在一个分支,亲缘性最近。     

内蒙古呼和浩特地区苹果坏死花叶病毒的检测与遗传多样性研究

采用RT-PCR方法对从内蒙古呼和浩特地区采集的29份表现花叶症状的海红果(Malus micromalus Makino)叶片样品进行了苹果坏死花叶病毒(ApNMV)的检测,ApNMV的检出率为100%,说明ApNMV在呼和浩特地区表现花叶症状的海红果上普遍发生。分别克隆并测序了29份海红果样品中ApNMV的全长外壳蛋白(CP)基因,结果表明,29个ApNMV分离物CP基因间核苷酸序列一致性为94.1%～99.8%,与NCBI数据库中其他19个ApNMV分离物全长CP基因核苷酸一致性为86.1%～97.1%。利用ApNMV CP基因的全长序列构建了系统发育树,48个ApNMV分离物共分成5个组,本研究中的29个ApNMV分离物与2个日本分离物LC108995和NC040470聚集在一起,形成组Ⅰ;其余ApNMV分离物分别形成了组Ⅱ～组Ⅴ。     

柑橘鳞皮病毒3个分离物全基因组序列分析

运用转录组测序和RT-PCR方法克隆测定了柑橘鳞皮病毒（Citrus psorosis virus,CPsV）3个分离物CHN-1、CHN-2和CHN-3的全基因组。序列分析结果表明,CHN-1、CHN-2和CHN-3的基因组全长分别为11 282、11 279和11 278 nt,均包含4个开放阅读框。CHN-1、CHN-2和CHN-3之间的核苷酸相似性为93.48% ~ 95.98%,编码氨基酸相似性为98.18% ~ 98.86%;与6个已知国外CPsV分离物的外壳蛋白基因核苷酸序列相似性为85.83% ~ 95.23%,其对应氨基酸序列相似性为94.09% ~ 99.32%。系统进化分析显示CHN-1、CHN-2和CHN-3与地中海沿岸国家的CPsV分离物聚为一簇,可能具有共同的起源。     

‘赣南早’与‘纽荷尔’脐橙对柑橘衰退病病毒变异的影响

研究‘纽荷尔’脐橙及其芽变品种‘赣南早’对柑橘衰退病病毒(Citrus tristeza virus,CTV)分离株变异的影响及抗性差异。将CTV分离株YC-3接种后分析‘赣南早’上的分离株YC-3Z和‘纽荷尔’上的分离株YC-3N外壳蛋白(CP)基因的限制性片段长度多态性(RFLP)和单链构象多态性(SSCP)及序列差异,测定两个品种体内CTV的复制水平及与抗性相关防御酶活性的变化。结果表明CTV分离株YC-3Z、YC-3N与接种前的YC-3相比,RFLP组群和SSCP谱带数无变化;密码子的替换主要发生在第3位的碱基位点上,其次为第1位,第2位未发生替换;密码子转换数多于颠换数;CTV分离株YC-3N密码子发生了非同义突变;CTV分离株在‘纽荷尔’上的复制水平是在‘赣南早’上的3.3倍。酶活性测定表明‘赣南早’和‘纽荷尔’接种CTV后,体内过氧化物酶(POD)、超氧化物歧化酶(SOD)活性增加了78.2%以上,苯丙氨酸解氨酶(PAL)和多酚氧化酶(PPO)活性均有提升,过氧化氢酶(CAT)活性降低,但两个品种间5种防御酶活性不存在显著差异。     

胡葱黄条病毒吉林毛葱分离物全基因组序列测定与分析

使用RT-PCR方法从吉林省疑似感染胡葱黄条病毒(Shallot yellow stripe virus,SYSV)的分蘖洋葱(毛葱)叶片中获得了SYSV吉林毛葱分离物SYSV-JL(MN607702)的全基因组序列。SYSV-JL的全长序列为10?427 nt,与GenBank已登录的3条SYSV全长或近全长序列在多个基因上保持着较高的序列一致性,但在P1基因上核苷酸和氨基酸序列一致性较低,分别为69.5%～84.2%和60.9%～76.9%,进一步通过变异分析发现,P1基因包含369个变异位点,表现出较为明显的高变异特征。系统发育分析显示,不同SYSV分离物具有较为明显的地区差异,SYSV-JL分离物与多个中国分离物系统发育关系较近。     

‘徐香’与‘海沃德’猕猴桃冷藏期间组织结构与生理变化差异

以猕猴桃‘徐香’（较不耐贮藏）和‘海沃德’（耐贮藏）果实为试材，研究其在0 ℃贮藏期间生理及组织结构的变化差异，从而探究其与耐贮性的关系。结果表明：贮藏期间两品种果肉硬度均不断下将，‘海沃德’果肉硬度降至10 N的时间为150 d，而‘徐香’仅为95 d；‘徐香’的呼吸高峰和乙烯释放高峰的出现分别较‘海沃德’早20 d和10 d，且峰值分别高出16%和250%。贮藏期间‘徐香’果实的质量减少率也显著高于‘海沃德’。在整个贮藏期间，‘海沃德’果实的淀粉、原果胶、纤维素含量均高于‘徐香’，而淀粉酶（AM）、果胶代谢相关酶（多聚半乳糖醛酸酶PG、果胶甲酯酶PE、β–半乳糖苷酶β-Gal）和纤维素酶（Cx）的活性高峰值均低于‘徐香’。‘海沃德’的表皮毛极显著细短于‘徐香’；且角质层厚度及表皮细胞层数都大于‘徐香’；贮藏期间果肉细胞的形变程度‘海沃德’小于‘徐香’；‘海沃德’的细胞壁厚于‘徐香’，且贮藏期间中胶层分裂缓慢，线粒体较完整。总之，耐贮性好的猕猴桃品种角质层和表皮细胞厚，质量减少率较低，呼吸速率和乙烯释放速率慢，细胞壁酶活性低。     

瓜类蚜传黄化病毒在南疆的检测及系统进化

2019年从南疆7个县/市采集表现瓜类蚜传黄化病毒(Cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV)侵染典型特征的47份甜瓜叶片样品,通过RT-PCR进行CABYV的检测,从县/市各选出1份代表性样本,进行特异性片段的克隆、测序,以及核苷酸多样性、蛋白序列和系统发育分析。结果显示,28份样本呈现CABYV阳性,检出率为59.57%,巴楚县、阿克苏市、莎车县、伽师县、疏勒县、疏附县、洛浦县的检出率分别为80.00%、28.57%、83.33%、60.00%、37.50%、71.42%、66.67%。克隆测序获得了707 bp的核酸序列,核苷酸多样性值在0.012～0.018之间,所有序列均具有2个开放阅读框(ORF)。ORF1编码199个氨基酸的外壳蛋白(CP),各县/市的序列相似性为99.07%。ORF2编码191个氨基酸的运动蛋白(MP),各县/市的序列相似性为98.80%。基于CP和MP序列构建的系统发育树表明,各县/市得到的所有CP和MP均聚在亚洲分支。CABYV在南疆甜瓜主产区普遍发生,且不同区域核苷酸变异很低,这些地区的CABYV与中国及日本分离物的亲缘关系较近,而与欧洲及中国台湾分离物的亲缘关系较远。     

梁山慈竹新品种‘西科1号’

‘西科1号’是由梁山慈竹（Dendrocalamus farinosus）通过甲基磺酸乙酯诱变，再进一步筛选出的新品种。一年生竹秆厚被少量白粉，多年生的主枝不明显，纤维素含量高（55.28%），木质素含量低（20.02%），良浆得率高（39.29%），硫酸盐浆的撕裂指数大（16.96 mN · m² · g^-1），耐折度强（2.1），竹材性能好，笋营养丰富，且具有一定观赏性，是优质的工业用、笋用和观赏用竹种。     

福建西番莲上首次检出东亚西番莲病毒

为明确东亚西番莲病毒（East Asian passiflora virus,EAPV）在福建西番莲上的发生情况,采用血清学和RT-PCR检测技术对采集的西番莲病样进行检测,并对阳性样品PCR产物进一步克隆、测序和序列分析。结果表明,11份样品的马铃薯Y病毒属（Potyvirus）病毒血清学检测结果为阳性,大豆花叶病毒（Soybean mosaic virus,SMV）血清学检测结果均为阴性;应用Potyvirus属通用引物从11份样品中扩增得到预期大小约660 bp的目的片段,序列比对发现,其中10份阳性样品与已报道的夜来香花叶病毒（Telosma mosaic virus,TeMV）核苷酸序列高度一致,1份样品与已报道的EAPV核苷酸序列一致性超过98.3%。针对EAPV疑似样品（命名为FJBXG-P1）,利用特异性引物扩增得到预期大小约955 bp的目的片段,获得的外壳蛋白（Coat protein,CP）基因序列全长870 bp（GenBank登录号：MG650164）。序列比对发现,EAPV分离物FJBXG-P1的CP基因序列与已报道的EAPV核苷酸序列、氨基酸序列一致性分别为81.0% ~ 97.6%和84.0% ~ 96.9%;系统发育分析结果表明,38个EAPV分离物在系统发育关系上聚为两簇（GroupⅠ和GroupⅡ）,其中GroupⅠ为AO株系,GroupⅡ为IB株系,FJBXG-P1分离物属于AO株系。福建西番莲上EPAV的检出,是该病毒在中国大陆地区发生的首次报道。