草莓病毒1山东分离物全基因组分析 |
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引用本文: | 何成勇,赵晓丽,许腾飞,高德航,李世访,王红清.草莓病毒1山东分离物全基因组分析[J].园艺学报,2023(1):153-160. |
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作者姓名: | 何成勇 赵晓丽 许腾飞 高德航 李世访 王红清 |
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作者单位: | 1. 中国农业大学园艺学院;2. 中国农业科学院植物保护研究所,植物病虫害生物学国家重点实验室 |
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摘 要: | 草莓病毒1(strawberry virus 1,StrV-1)属于弹状病毒科(Rhabdoviridae)细胞质弹状病毒属(Cytorhabdovirus),可侵染草莓。利用高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)结合RT-PCR和RACE技术从采自山东省烟台市乳山市草莓种植基地的草莓品种‘全明星’上获得了StrV-1山东分离物(StrV-1-CN)的基因组全长(GenBank登录号:MW795715)。该分离物基因组全长为14 051 nt,3’和5’非编码区序列分别为181和767nt,其负义链含有9个开放阅读框(open reading frame,ORF),从3’到5’端分别编码N、P’、P、P3、M、G、P6、P7和L等9个蛋白。序列分析表明,StrV-1-CN与已报道的StrV-1分离物基因组全长核苷酸序列一致性为77%~88%。系统发育分析结果表明,StrV-1-CN与捷克分离物B和1/2017聚在一个分支,亲缘性最近。
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关 键 词: | 草莓 草莓病毒1 基因组全长 高通量测序 |
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