浙江千岛湖海南鳽基因组测序组装与特征分析研究

2017年，通过采集浙江淳安1只救助死亡的海南鳽Gorsachius magnificus个体进行全基因组DNA提取，使用二代测序及重头组装技术，首次开展海南鳽基因组测序组装，并将其与鹈形目Pelecaniformes中的白鹭Egretta garzetta、朱鹮Nipponia nippon、卷羽鹈鹕Pelecanus crispus、普通鸬鹚Phalacrocorax carbo这四种鸟类进行比较基因组学分析研究。结果表明：（1）组装测得海南鳽的全基因组，获得基因组大小为1.14 Gbp，重叠群N50指标为77.8 kbp，大片段N50指标为1.95 Mbp，这些指标说明海南鳽基因组大小符合预期，组装质量较为理想；（2）对该个体全基因组从头测序，获得72 Gbp的碱基数据得到约56X测序深度；（3）比较基因组分析表明，海南鳽与白鹭、朱鹮的系统关系更为接近，与卷羽鹈鹕、普通鸬鹚的进化关系较远；（4）在基因的适应性方面，海南鳽享有大量特有的基因，同时与其他夜行性鸟类一样，在感官、神经及昼夜节律调节上与其他昼行性鸟类有较大的分化。本研究从遗传上初步证实海南鳽是一种演化上非常特化的夜行性鸟...     

‘豫杂一号’泡桐叶绿体基因组序列及特征分析

泡桐是中国重要的速生树种,对我国经济发展有着重要作用。以‘豫杂一号’泡桐为材料,IlluminaHiseq2000测序,对其全基因组序列基本结构特征、密码子偏好性和重复序列进行统计分析。结果表明,‘豫杂一号’泡桐为典型的四分体结构,全长序列为154615bp,编码114个基因,含4个rRNA,30个tRNA和80个蛋白质编码基因。该叶绿体全基因组测序的成功促进了叶绿体分子生物学的研究,也为泡桐以及其他物种的遗传育种和创制种质资源奠定了一定的理论基础。     

桉树全基因组测序及相关研究进展

重点介绍了桉树在全基因组测序完成后的研究进展情况。通过阐明其分类学地位、生物学特性、基因组的结构,以及阐述全基因组测序及相关研究的进展。分析全基因组测序对桉树基因组学、桉树育种学研究的巨大推动作用,并讨论其未来的研究发展方向。     

中国杨树分子遗传改良的研究现状

杨树是中国广泛栽培的重要造林树种之一 ,我国是世界上杨树资源丰富的国家 .杨树具有速生丰产、实用性强、无性繁殖能力强 ,且基因组较小等特点 ,现已成为研究林木生理和基因工程研究的模式树种 .该文概述了基因工程技术、遗传图谱构建、重要性状基因定位以及分子标记辅助选择育种等方面在中国杨树遗传改良中的应用研究进展 ,并对现代分子生物学技术在林木遗传改良应用中存在的主要问题和应用前景进行了讨论     

马尾松叶绿体基因组测序及特征分析

马尾松(Pinus massoniana)是我国南方重要的用材树种。为丰富马尾松基因组信息,弄清松属植物内部亲缘关系,本研究通过高通量测序技术对马尾松叶绿体基因组进行测序和组装,并对其进行特征分析和聚类关系研究。生物信息学分析结果表明,马尾松叶绿体基因组序列全长119 743 bp,GC含量为38.54%;共注释得到126个基因,包括84个蛋白编码基因,38个tRNA基因和4个r RNA基因,其结构无典型的反向重复序列;共检测到15个散在重复序列和26个串联重复序列;蛋白编码基因对应的密码子偏好使用A/T碱基,并且编码亮氨酸的密码子使用频率最高,编码半胱氨酸的密码子数最少。系统发育研究表明,马尾松与拉雅松(Pinus crassicorticea)亲缘关系最近,与湿地松(Pinus elliottii)和两个南亚松(Pinus latteri)亲缘关系较远。研究结果建立了适于松属植物完整叶绿体基因组组装及其特征分析的方法,对叶绿体基因组工程研究及松属种间的分子标记开发具有一定的参考价值,为松属植物的进化和系统发育提供方法指导。     

杜仲生物技术育种研究进展

从杜仲组织培养、遗传多样性、性别相关分子标记、全基因组测序及遗传连锁图谱构建、功能基因和转基因方面对杜仲生物技术育种研究进展总结了杜仲生物技术育种研究进展,并指出了存在的问题及今后的发展方向。     

基于ddGBS的桉树SNP挖掘和系统进化分析

【目的】利用ddGBS技术获得桉树树种间高质量SNP标记,为桉树系统分类提供新思路。【方法】通过对14个桉树树种(每个树种各两份样品)进行ddGBS建库测序分析,发掘SNP位点,开展位点注释及核苷酸多样性分析,并且通过IQ-TREE软件采用最大似然法(ML)构建系统进化树。【结果】测序共获得30.49 Gb的数据,平均每个样品的数据量为1.09 Gb;平均Q30为98%,表明测序质量好;平均GC含量(44.0%)与巨桉参考基因组接近;样品与巨桉参考基因组比对匹配率在45.0%～88.9%之间,平均为77.8%。按照数据无缺失、平均测序深度≥4 x、最小杂合比为0.05的条件筛选SNP,最终获得42 222个高质量SNP位点,其中14个桉树树种的特有SNP位点数为428～2 107不等。利用SnpEff软件进行位点注释分析后发现约有12 237个SNPs位于外显子区域。基于最终获得的42 222个高质量SNP位点构建系统进化树,14个桉树树种聚类结果与Hill和Johnson的桉属双蒴盖亚属及伞房属的分类结果一致。【结论】采用ddGBS技术高效发掘高质量SNP位点,可广泛应用于桉树SNP开发。利用开发的高质量SNP位点构建的系统进化树为桉树的进化研究提供了理论支持。通过ddGBS技术进行SNP标记开发及分型将对桉树关联遗传学研究和重要性状QTL定位具有重要意义。     

毛果杨基因组序列草图的构建与初步分析

本文报道黑三角叶杨(Populus trichocarpa Torr.& Gray),也即毛果杨全基因组序列测定及分析结果.采用鸟枪测序法并结合遗传作图最终获得该物种全基因组序列草图.本研究还鉴定出45 000多个蛋白质编码基因.分析结果进一步显示,该物种在杨柳科属种分化之前曾经历过一次全基因组复制事件,大约有8 000对经复制产生的重复基因至今依然保留在杨属基因组之中；至于年代更为久远的另一次复制事件则发生在杨属与拟南芥属种系分化之前.与拟南芥属相比,杨属植物在核苷酸取代,串联基因重复,以及染色体重排上似乎均显得较为缓慢.杨属基因组的蛋白质编码基因明显多于拟南芥属,每一个拟南芥基因平均约存在1.4至1.6个杨属同系物.不过,该两个基因组中蛋白质结构域的相对频率基本相同.此外,在杨属基因组中还发现大量与木质素纤维素壁生物合成,分生组织发育,抗性,以及代谢物转运相关的特异性基因.     

基于毛竹重测序的基因可变剪接研究

虽然测序技术得到显著提高,组学数据大量出现,但是竹子仍然缺少染色体水平的基因组,并且竹子中基因的可变剪接（AS）进化情况仍不清楚。本研究通过使用大量的组学数据和基于染色体构象捕获技术的基因组辅助（Hi-C）组装策略,组装得到了染色体水平的毛竹（Phyllostachys edulis）基因组,基因组质量显著提升,Scaffold N50达到79.90 Mb,是上一版本的243倍。通过单分子实时测序和人工验证在毛竹中鉴定出51 074个结构完整的高质蛋白质编码基因模型。此外,利用Illumina和Pacific Bioscience（PacBio）测序平台对毛竹26个不同代表性组织样本进行了大规模转录组测序,从中鉴定出25 225个可变剪接基因和266 711个特异的可变剪接事件,得到一个完整的可变剪接图谱。通过与近缘物种进行同源基因比较,发现可变剪接基因集中在表达水平高且组织特异性低的保守基因中,并发现在毛竹木质素生物合成途径关键基因中存在基因家族扩展、大量可变剪接事件和正向选择。本研究成果将为比较基因组学研究和深入分析基因可变剪接提供数据支持,也为研究可变剪接在竹子进化和多样化中的作用提供了一个全局视角。     

极小种群濒危植物盐桦叶绿体基因组特征分析

【目的】为了解析极小种群植物盐桦叶绿体基因组结构,筛选SSRs分子标记和桦属叶绿体基因组高变区,采用高通量测序技术完成盐桦叶绿体基因组测序并与其近缘种进行比对分析。【方法】采集盐桦幼叶,使用TIANGEN试剂盒提取DNA并利用HiSeq Xten测序平台进行测序。以欧洲矮桦叶绿体基因组作为参考,使用MITObim v1.8和NOVOplasty软件拼接组装盐桦叶绿体基因组,并利用生物信息学手段进行特征分析。【结果】利用质量控制后的30 000 000条clean data,成功拼接完成序列全长为160 648 bp的盐桦叶绿体基因组,NCBI登录号为MG674393。其中,大单拷贝(LSC)区段长度89 553 bp,GC含量33.7%,小单拷贝(SSC)区段长19 027 bp,GC含量为29.7%,2个反向重复区(IRs)区段均为26 034 bp,GC含量42.5%。成功注释了盐桦叶绿体基因组共114个基因,其中包括79个蛋白编码基因,31个tRNA基因和4个rRNA基因。盐桦叶绿体基因组含有91个SSRs位点,其中33个SSRs均由A或T组成。SSRs主要分布于LSC区,56个SSRs位于LSC区,13个SSRs位于SSC区,而IRs区有22个SSRs。对盐桦和欧洲矮桦叶绿体全基因组进行比对分析,结果显示ndhC-trnV、petA-psbJ、rpl22-rps19区域的核酸变异度(π0.2)显著高于其他区域,高变区的位置都位于LSC区,而IRs区和SSC区内2种植物变异度较小。正选择分析显示ycf1,rpoC1,rpl2与ndhA 4个基因出现正选择信号。盐桦、欧洲矮桦与其他双子叶植物共14条叶绿体全基因组序列通过MP、NJ方法进行聚类分析,MP和NJ树中的11个节点中有9个支持度为100%。支持盐桦和欧洲矮桦亲缘关系最近,桦木属物种与天目铁木在同一分支。【结论】通过高通量测序和生物信息学分析,得到盐桦叶绿体基因组。比对分析表明结构、基因组成和SSRs分布都与欧洲矮桦叶绿体基因组相似,二者在3个片段区域存在较高的核酸多态性,可作为桦属植物叶绿体基因组高分辨率的分子条形码。正选择分析确定有4个基因出现正选择信号(ycf1,rpoC1,rpl2,ndhA)。本研究结果可为极小濒危植物盐桦的保护工作提供重要的遗传背景信息。     

建设生态经济沟是山区群众脱贫致富的好途径

生态经济沟是河北省群众在长期的山区治理中创造的一套好经验,已显示出显著的经济效益和生态效益。本文论述了两年来本省生态经济沟建设的概况、推广前景、经济效益和生态效益,以及推广建设生态经济沟的关键问题。     

河北省太行山区生态经济沟建设考察报告

考察报告认为,生态经济沟是山区建设引进商品经济思想的产物。生态经济沟要实行“统分结合,双层经营”,具体形式不拘一格。生态经济沟建设承担着把自然经济拉上商品经济轨道的职能和提高土地生产力的职能。职能的双重性决定了地位的重要性。建议生态经济沟要因地制宜,要有计划;要做到生态效益、经济效益并重;要适时把生态经济沟的经营导向基地化、专业化。     

森林旅游可持续发展的经济分析

从经济角度而言,森林旅游的可持续发展就是要实现森林旅游经济效益的持续增长.通过对影响森林旅游经济效益增长的主要因素的分析,指出：努力保持森林旅游供需在数量上和结构上的均衡,制订合理的森林旅游产品价格,积极拓展森林旅游市场,并努力降低森林旅游业的经营成本,是提高森林旅游经济效益的关键和实现森林旅游可持续发展的有效途径.     

石家庄市县域经济发展分析

从农业经济和非农业经济两方对石家庄地区县域经济进行比较分析。结果表明：石家庄县域经济发展不平衡,存在较大差距,平原地区的经济发展远远高于山区和半山区。处于平原地区的藁城市的农林牧渔总产值最高,达7.07×105万元,比处于山区的井陉县高5.77×105万元,农村非农行业产值藁城市最高,为56.0×105万元,为灵寿县的7倍多。     

害虫管理决策中的经济分析

害虫管理决策的经济分析是现代害虫管理理论和实践的重要组成部分。本文综述了60年代以来此领域的一些研究进展,主要包括:①经济阈值理论;②边际分析理论与损益分析技术的应用;③决策理论的应用;④行为模型;⑤对策论的应用探讨;⑥模糊决策,灰色决策等的应用展望。     

Economic evaluation of forest drainage and fertilization in northern Ontario peatlands with an investment decision model

Drainage and fertilization of an existing peatland black spruce (Picea mariana (Mill.) B.S.P.) stand and 24 possible methods of planting a clear-cut area near Cochrane, Ontario were evaluated by means of a recently developed forestry investment decision model, FIDME.Results indicate that, on the basis of the cost estimates used and assumptions made, drainage of the existing stand is the most economical treatment if it can reduce the rotation age by 30 years or more. Drainage combined with fertilization is the second best alternative if this treatment can reduce the rotation age by 40 years or more. Fertilization of the undrained site ranks a distant third, and then only if it reduces the rotation age by 10 years; otherwise, it will be uneconomical to apply.In the case of the clear-cut area, planting bare-root stock on a mechanically prepared but undrained site without weed control ranked first among the 24 alternatives considered; the same treatment, but with weed control included, ranked second. Planting containerized seedlings on a mechanically prepared but undrained site with weed control ranked third, followed by planting bare-root stock on a mechanically prepared and drained site with weed control. In contrast, planting containerized seedlings on an unprepared site and with no weed control ranked as the least cost-effective method considered.     

坚持“以林为主”拉动农村经济发展的思考

本文结合集安市市情，提出拉动农村经济发展要坚持以林为主的基本思路。     

力避盲目发展倾向提高基地建设效益──保康县高效经济林发展透视

调查发现，高效经济林建设中普遍存在着盲目发展的问题，应加强项目决策、科学管理和配套服务等，引导其良性发展。     

固原退耕还林区经济林木甘肃鼢鼠防治经济阈值研究

对固原退耕还林区经济林木鼠害情况进行调查.结果表明:林木死亡率与鼢鼠密度之间呈显著相关关系:y=-1.923 4 3.432 0x(r=0.934 8).根据退耕还林区鼢鼠对不同定植年限山杏林木的危害造成的损失、防治费用和林木价格等,研究了固原地区退耕还林区经济林木鼢鼠防治阈值,并确定山杏定植1年时防治阈值为1.907只·hm-2,定植2～4年时为0.989～1.273只·hm-2,定植4～6年时为0.859～0.989只·hm-2.同时,以林木被害率和鼠口密度为指标,确定了退耕还林区经济林木鼠害程度划分标准.     

人工针叶混交林改建经济林的效益分析

在早年营造的针叶混交林中,由于树种的遗传性不同,红松处于被压状态,营养生长和生殖生长受到严重抑制。本文分析了人工针叶混交林改建林分和未改建林分红松球果产量与经济效益的差异,球果产量2者相差33.1倍,产值2者相差48.6倍。说明通过疏伐改建,培育红松果材兼用经济林是可行的。