适于草果遗传多样性分析的RAPD引物筛选

以云南省文山州西畴县和德宏州陇川县的12株草果优良无性系为材料,利用RAPD标记技术,选用192个RAPD随机引物,对草果进行PCR扩增,并用UPGMA法对RAPD引物扩增条带进行聚类分析,计算其遗传相似系数,以期筛选出适用于草果遗传多样性分析的RAPD有效引物。实验共筛选出21个条带清晰、多态性丰富并具有可重复性特点的有效引物。21个引物在实验选用的12份样品中共扩增出177条DNA带,其中多态性带数为119条,占扩增总带数的67.2%,每个引物平均扩增出8.4条带。结果表明,12份草果样品聚为A组和B组,其中A组又分为两个亚组,聚类结果与所选用材料的地理来源基本一致,这也说明该研究所筛选得到的21个RAPD引物适用于草果的遗传多样性分析。该研究为应用RAPD标记技术对草果进行遗传多样性分析等研究奠定了基础。     

锥栗主栽农家品种遗传多样性的SSR分析

为给锥栗杂交育种和遗传作图的亲本选配提供参考,应用SSR分子标记技术,分析了福建省建瓯市17个锥栗主栽农家品种的遗传多样性。结果表明:不同农家品种遗传多样性丰富,利用筛选出的12对引物组合扩增的片段大小主要在50~2 000 bp之间,共扩增出180个位点,多态位点163个,占90.56%;17个锥栗主栽农家品种的遗传相似性系数在0.509 2~0822 1之间,乌壳长芒和牛角仔(晚熟)的相似性系数最大,中尖嘴与白露仔的相似性系数最小,且在相似性系数为0.60处,大尖嘴和中尖嘴单独聚为I类,在相似性系数为0.77处,第II类又被分为A~H共8个组;SSR引物组合Cs CAT33和Cm TCR4共同构建了17个锥栗主栽农家品种的DNA指纹图谱。     

落羽杉属树种及其杂交后代亲缘关系的RAPD分析

利用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术,对落羽杉属原种及其杂交后代共13个样本进行亲缘关系鉴定.从100个10 bp的随机引物中筛选出13个扩增效果较好的引物,共扩增出92条带,其中72条为多态性带.根据扩增结果进行聚类分析,结果表明杂交F1代中山杉302(落羽杉×墨西哥落羽杉)与母本落羽杉更为接近.在回交后代(中山杉302×墨西哥落羽杉)中,BCF1118与BCF1140相似系数最大;BCF11与母本F1302亲缘关系最近;BCF1118与父本墨西哥落羽杉亲缘关系最近.     

广东银杏遗传多态性的RAPD分析

采用RAPD分析法对32个银杏品种或群体的叶片DNA进行遗传多态性分析,从56个随机引物中筛选出8个单引物和4对双引物进行RAPD扩增及琼脂糖凝胶电泳,并进行UPGMA聚类分析.结果表明,8个单引物和4对双引物的RAPD扩增共得到85条DNA带,其大小主要分布于300～2 500 bp之间,其中81条具有多态性,多态百分率为95%,每条(对)引物产生DNA带的平均数为7.08.根据聚类分析的结果,供试的样品可分为两大类,北京梅核、南雄上矽(雄)、华口大白果为一类,其它的为第二类.在四个泰兴品种中,泰兴2号和泰兴3号的相似性系数达0.97,表明它们的遗传关系非常接近,可能为同一品种;而原产广东的不同品种或群体之间的遗传差异较大,可能有不同的起源.此外,若将32个银杏品种或群体按照综合分类法进行品种类群划分,不同品种类群之间的界限并不清晰,有较多的品种交叉.     

撑篙竹遗传变异的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)方法对6个群体30丛撑篙竹个体进行了遗传变异的研究。28个随机引物共检测到173个位点,其中85个是多态位点,平均每个引物提供6．18个RAPD信息量,扩增出的DNA片段大小一般在200～2000bp范围之间;用POPGENE1．31版软件进行遗传多样性分析：平均Nei’s基因多样性为0．2114,Shannon’s信息指数为0．3277,基因分化系数0．1853,表明群体间有一定的分化;各群体平均遗传距离0．0350,表明群体亲缘关系较近;试用UPGMA方法对不同产地的撑篙竹群体作聚类分析,初步可将6个群体聚为3类。     

韩国、美国和中国栗疫病菌的遗传变异分析

用RAPD方法,对来自韩国、美国和中国的26个栗疫病菌菌株进行了遗传变异分析.使用筛选的12个随机引物,共扩增了115个0.19～3.1 kb大小的扩增片段,其中多态性片段占61.7%.聚类分析结果,相似系数为0.92时,26个菌株分为两大组,一组由21个菌株组成,包括大部分韩国菌株和美国菌株;另一组包括部分韩国菌株和中国菌株.表明美国菌株和大部分韩国菌株的遗传相似性很高,部分韩国菌株有较大的变异,而中国菌株则表现出了遗传上的远缘关系.     

乐昌含笑种群遗传多样性的研究

基于随机扩增多态DNA(RAPD)方法分析了珍稀木兰科植物乐昌含笑6个种群的遗传多样性及分化程度。19条随机引物扩增出111个可分析位点,多态位点百分比为81．98％,经POPGENE分析发现,乐昌含笑的Nei’s基因多样度(Hc)为0．3255,Shannon表型指数(I)为0．4751,与其它植物比较具有较高水平的遗传多样性。6个乐昌含笑群体间基因分化系数(Gst)值为0．2226。群体内的遗传变异大于群体问的遗传变异。按照遗传距离将乐昌含笑6个群体划分为两类：第1类有广西三江、湖南宜章、湖南双牌和湖南资兴的群体,第2类包括江西官山和湖南醴陵的群体;研究表明：第2类种群的遗传多样性指数高于第1类种群的遗传多样性指数。     

部分野生与栽培牡丹种质资源亲缘关系的RAPD研究

利用RAPD技术对芍药属牡丹组的 11个野生牡丹类群和 12个栽培牡丹品种间的亲缘关系进行了研究。筛选出的 17个单引物和 1个组合引物共扩增出 191条谱带 ,其中 15 3条表现多态性 (占 80 1% ) ,揭示了牡丹组植物丰富的遗传多样性。对扩增结果进行UPGMA聚类分析表明 :革质花盘亚组的野生类群与栽培品种聚为一类 ,革质花盘亚组各野生种与栽培品种间的亲缘关系都比较近。 5个野生种与受试牡丹品种间的平均遗传距离值为 0 4 8～ 0 5 7,与栽培牡丹间亲缘关系从近到远依次为 :杨山牡丹、四川牡丹、卵叶牡丹、紫斑牡丹和矮牡丹。另外 ,本次RAPD试验扩增出的 2 5个特异标记可用于牡丹组内种间、品种间的分类与鉴定。     

利用RAPD技术研究6种蜘蛛的遗传多样性

采用RAPD技术对园蛛科6种蜘蛛的遗传多样性进行了研究，从100个10pb寡核苷酸随机引物中筛选出10个扩增结果清晰且重复性好的随机引物对基因组DNA进行了扩增，共记录129条片段，平均每个引物12.9条，种群内多态位点比例在17.05%-45.38%。平均遗传多态度0.3096,Shannon多样性指数0.4732。从统计结果来看，6种蜘蛛没有普遍存在的位点；种间遗传多样性较丰富，种内的遗传多样性较低，外部形态相似的种间遗传距离较近，亲缘关系较近。     

湖北三潭风景区野生省沽油遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对湖北三潭风景区野生省沽油群体32个样本进行遗传多样性分析,从18条ISSR引物中筛选出10条引物用于PCR扩增,共扩增出147条DNA条带,其中多态性条带134条,占91.16%,平均每个引物扩增条带的数目为14.7条。利用POPGENE1.32和NTSYS-pc软件分析得出该野生省沽油样本的平均有效等位基因数为1.4319,平均Nei′s基因多样性指数为0.2653,平均Shannon信息指数为0.4118;样本间的遗传相似系数在0.47～0.87之间;UPGMA聚类结果,在遗传相似性系数0.6558处可把供试的32个样本分为3大类,表明该野生省沽油群体的遗传多样性比较丰富。     

应用RAPD分析快速鉴定外生菌根蘑菇分离物的真伪

采用DNA指纹比较技术对部分外生菌根蘑菇分离菌株的真伪进行了鉴定，结果表明：不同来源的点柄乳牛肝菌Suillus granulatus子实体之间的DNA相似系数为0.939。但各菌丝体分离菌株与其来源子实体的DNA相似系数为1.000，每个供试引物获得的RAPD指纹图谱全部对应相同，证实分离物为真正的牛肝菌分离菌株。试验还鉴定与子实体DNA具极高同源性的细裂硬皮马勃Sclerodema areolatum的组织分离菌丝体是真正的分离菌株。供试大红菇Russula rubra分离培养物与供试子实体之间存在很大的DNA异质性，因此判定该分离物为杂菌或其它生物体分离物，并非大红菇的分离菌株。试验结果显示：RAPD指纹技术是外生菌根蘑菇分离物真伪鉴定的一种快速可靠的方法。文章就RAPD鉴定共生真菌分离菌株的可靠性与技术范围进行了讨论。     

文冠果种质资源的RAPD分析

利用RAPD标记技术对文冠果种质资源进行亲缘关系分析。11个引物在6份文冠果种质中共扩增出140条谱带,其中多态性谱带78条,多态性谱带比率为55.7%。UPGMA聚类结果表明,遗传距离为0.47时,6份供试样品可分为2类。     

百合鳞叶DNA提取及RAPD分析

以百合新鲜鳞叶为材料,利用RAPD分子标记对来自我国5省共16份百合样品进行了分析。结果表明:采用改良CTAB法提取百合鳞叶中DNA条带清晰较,且从120条随机引物中筛选出35条有效引物,共得到769个扩增位点,其中628个位点具有多态性,占81.7%。聚类分析表明,16个百合材料在阈值为0.940 7时分为2个RAPD群,即分别属于百合科的百合属和大百合属;阈值为0.579 0时,百合属分为3个种,即分别为百合、卷丹和细叶百合。这些均可为进一步研究百合的分子生物学特性打下基础,为鉴定中药材百合品种品系的新方法提供充分的实验依据。     

树木溃疡病病原真菌类群分子遗传多样性研究Ⅱ--Botryosphaeria属28S rDNA-PCR-RFLP和RAPD解析

BotryosphaeriaCes.etdeNot .(无性阶段是DothiorellaSacc .)属病原真菌能引起多种林木溃疡病的发生 ,在我国分布区域十分广泛。病原菌因较大的寄主范围和地理分布区域表现出明显的分子遗传分化 ,通过对来自 5个区 1 4个寄主种 (品种 )的 30个菌株进行 2 8SrDNA PCR RFLP和RAPD解析 ,结果表明 ,所有供试菌株都能扩增出稳定一致的 2 8SrDNA条带 ,6种内切酶不能区分该属内部的 2 8SrDNA差异。RAPD结果表现出该属丰富的多样性 (92 81 % ) ,在 0 845相似系数的水平上所有菌株被识别为 1 3类 ,其中有地理分化、寄主分化的表现 ,也有不表现地理、寄主分化的。从DNA水平上证实引起雪松溃疡病的病原为B .dothidea ,表明B .dothidea不仅能够寄生被子植物 ,还能寄生裸子植物 ,有非常宽阔的寄主范围。随机扩增引物K1 6和R1 4可以作为陕西菌株和湖南菌株与其它地区菌株区别的鉴别性引物。传统上认为苹果轮纹病菌 (B .berengerianadeNot.f.sp .piricola (Nose)KoganezawaetSakuma)为苹果干腐病菌 (B .berengerianabeNot.)的专化型 ,它们与杨树溃疡病原分属两个种。本试验分析表明这种分类较为合理。     

不同地域的代表性基因型龙眼RAPD分析

利用RAPD标记技术对不同地域之间有代表性的16个基因型龙眼进行遗传分析。结果表明,6条随机引物共扩增出84个多态性位点,平均每条引物扩增出14条多态性条带;地域不同的基因型龙眼具有丰富的遗传多样性,云南、贵州和广东的龙眼遗传多样性较高,其次是福建、台湾、广西、泰国、四川,而印度尼西亚最低;同一龙眼产区中,福建不同基因型龙眼之间多态性最高,达34.52%,其次是贵州、广东、广西、泰国,四川龙眼之间多态性最低,仅为15.48%。聚类分析结果表明,在相似系数0.59的水平上16个基因型龙眼可以分为3个遗传群体;龙荔作为龙眼近缘种与龙眼栽培种的DNA指纹具有明显差异;泰国和印度尼西亚的基因型龙眼可以归类到中国的部分基因型龙眼群体中,印证了泰国、印度尼西亚基因型来源于中国。此外还讨论了利用RAPD构建不同基因型龙眼指纹图谱的可行性。     

分子标记法和形态学特征对杏仁栽培种及野生种基因型的遗传关系构建的辨别

应用23个形态学特征,19个扩增片段长度多态性(AFLP)引物组合,80个随机扩增多态DNA(RAPD)引物和32个简单序列重复(SSR)引物对,比较三种分子标记法在29个杏仁栽培种和3个野生种遗传关系构建中的信息景和效率.根据预期杂合度的评价,与AFLPs和RAPDs相比,SSRs具有较高水平的多态性和较大的信息量.AFLPs预期朵合度值最低,但其辨别效率值最高,因为AFLPs能揭示每个反应中的大量条带,导致各种类型的多样性指数均较高.三种分子标记法对杏仁基因型的辨别效率均较高,只是SSRs无法辨别‘Monagha'和‘Sefied'杏仁基因型.三种分子标记法基因型相似性相关系数统计上显著,但SSR数据要低于RAPDs和AFLPs的值.尽管三种分子标记法树形图拓扑结构存在一些差异,但相似性水平均较高.SSRs、RAPDs和AFLPs的系统树图及其综合数据都能依据地理散布反映大多数栽培种的关系.AMOVA检测到每个地理组中栽培种和野生种的变异.辅助程序分析表明,实验所应用的标记物数量足以保证基因相似性估计的可靠性和标记法间的比较是有意义的.     

利用RAPD分析药用石斛的遗传多样性及亲缘关系

通过对9种药用石斛进行遗传多样性和亲缘关系的分析,为更好地开发利用石斛资源奠定基础。采用RAPD技术,应用NTSYS软件对9种石斛的RAPD-PCR结果进行分析。利用从103条随机引物中筛选出的70条随机引物对供试材料DNA进行随机扩增,共得到520条带,其中多态性带有491条,多态性百分率为94.42%。采用UPGMA类平均法对扩增出的谱带进行遗传聚类分析,得出反映各种间亲缘关系的树状图。在遗传距离（D）=0.44处,可将供试材料分为2类,RAPD对基因组的分析结果与传统分类学的结果差异不大。试验结果表明,RAPD技术可有效地应用于药用石斛的遗传多样性及亲缘关系的研究。     

DNA fingerprinting of Populus trichocarpa clones using RAPD markers

Nine trees from a single, natural population of black cottonwood (Populus trichocarpa Torr. et Gray) in Alaska were screened for randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers with ten different 10-base random oligonucleotide primers in order to evaluate the use of RAPD analysis for distinguishing black cottonwood clones. Nine primers amplified the genomic DNA targets; two primers were able to differentiate all clones. Eight clones were distinguished among the nine tree samples assayed. Two trees showed identical banding patterns with all primers used; therefore it is suggested that these trees are from the same clone. The RAPD fingerprinting method is simple and powerful-one primer can distinguish different clones, while the use of multiple primers reduces fingerprint similarity and resolves discrepancies.     

黄心夜合的遗传多样性研究

运用随机扩增多态DNA（RAPD）技术,对黄心夜合[Michelia martinii（Levl.）Levl.]自然分布区的6个自然种群遗传多样性进行了研究。从100个随机引物中筛选出能产生清晰、稳定的多态性标记引物18个,共检测出110个位点,其中多态性位点为96个,占87.27%;在物种水平上,有效等位基因数目（Ne）,Nei’s基因多样性系数（He）和Shannon表型多样性指数（I）分别为1.735 2,0.416 3和0.597 1;总的遗传变异量（Ht）为0.339 8,其中居群内遗传变异量（Hs）为0.258 7,各居群间的遗传分化系数（Gst）达到0.323 1.应用UPGMA法对遗传距离进行聚类分析并构建树系图,结果表明：黄心夜合自然种群具有较高的遗传多样性,其种群间的遗传差异与其地理分布有关。     

Analysis of genetic relationship among Arbutus unedo L. genotypes using RAPD and SSR markers

The strawberry tree (Arbutus unedo L.) is an underutilized, drought tolerant, fire resistant species with a south western distribution in Europe, and with ecological and putative socio-economical impact in Portugal and Mediterranean countries. Our aim was to develop an appropriate set of molecular markers to enable genetic diversity to be assessed and to fingerprint Arbutus unedo genotypes for breeding and conservation purposes in Portugal. Twenty-seven trees from a broad geographic range were screened with 20 random amplified polymorphic DNA (RAPD primers) and 11 microsatellite markers (SSR). The RAPDs generated 124 bands, 57.3% of which were polymorphic, with an expected heterozygosity of 27%. We cross-amplified 11 SSR primers developed for Vaccinium spp., and 5 were found to be polymorphic in A. unedo, with 75% of expected heterozygosity, a number of alleles of 11.6, a null allele frequency of 7.6% and a polymorphic information content of 71%. Although the SSRs were more polymorphic and informative than the RAPDs, both markers displayed high genetic variability with the gathered data. No geographic pattern was observed in the genetic variation distribution based on both marker systems, and the lack of correlation between genetic and geographical matrices was confirmed by Mantel tests. Likely, no correlation was found between pairwise SSR and RAPD band-sharing matrices. These results and their implications on A. unedo breeding and conservation programs are discussed.