云南核桃品种遗传多样性的RAPD和ISSR标记研究

利用RAPD和ISSR分子标记技术对11份云南核桃(Juglans silillata Dode)品种进行了遗传多样性研究。研究结果表明,筛选出的8条RAPD和8条ISSR引物分别产生86和102条扩增带,其中多态性条带分别为53和62条,分别占总数的61.63%和60.78%。用POPGENE对两种标记方法的遗传多样性进行计算,有效等位基因数分别为1.3552和1.3707,基因多样性为0.2110和0.2143,Shannon信息指数为0.318 8和0.3216。以Nei氏遗传距离矩阵按UPGMA方法聚类分析结果RAPD和ISSR标记的遗传距离分别为0.0355~0.4113和0.1423~0.4011,平均值各为0.2288和0.2338,以上数据表明分析品种具有比较丰富的遗传变异,同时也说明尽管Mantel相关性检测两种标记方法相关性较低(r=0.543 9,P<0.05),但都可以有效地揭示核桃品种的遗传多样性状况。     

金银花ISSR分子标记及遗传多样性分析

以湖南、山东、河南的22个金银花主要栽培品种为材料,利用ISSR分子标记对22个金银花品种进行了遗传多样性分析.结果表明:从100条ISSR引物中筛选出10条能够扩增出清晰、稳定条带的引物;这10条引物对22个金银花品种基因组DNA扩增,共扩增出108条带,其中多态性条带96条,多态性条带比率为88.89%;22个金银花品种间的遗传相似性系数范围在0.41~1.00,平均遗传相似性系数为0.68.利用U PGM A进行系统聚类分析,22个供试金银花品种划分为2大类,第1类为忍冬种群,第2类为灰毡毛忍冬种群,每一大类又分为北方种群与南方种群.而且主成分分析结果支持以上的聚类分析结果.可见,利用ISSR标记可有效地分析金银花种质资源的遗传多样性,为金银花品种鉴别、分类、种质资源的有效利用提供理论依据.     

杠柳ISSR引物的筛选及PCR反应体系的优化

为建立适用于杠柳ISSR分子标记研究的扩增体系,进一步利用ISSR标记研究杠柳遗传多样性,探讨了杠柳ISSR分子标记中的各影响因素,分别对河北11个不同地区杠柳基因组DNA进行PCR扩增,在Taq MasterMix(康为世纪)基础上对影响ISSR-PCR扩增结果的模板DNA浓度、循环次数、引物退火温度进行梯度筛选。结果表明:在100条通用引物中共筛选出34条扩增条带清晰、整齐的ISSR引物;确立了适合杠柳ISSR分子标记的反应体系:总反应体积25μL,其中Taq MasterMix(含DNA聚合酶、MgCl_2、dNTPs、反应缓冲液以及稳定剂)12.5μL,模板DNA 1μL(70ng/μL),正向引物和反向引物各1μL(10μmol/L)。该体系的确立为今后利用ISSR技术对杠柳种质资源的遗传多样性分析奠定了技术基础。     

利用RAPD和ISSR分析百日草自交系间的种质遗传多样性

首次运用RAPD与ISSR技术分析了百日草20个自交系的种质遗传多样性.结果表明：从供试材料中147条RAPD引物和44条ISSR引物筛选到具有多态性的RAPD引物12条,ISSR引物9条.RAPD引物共扩增出147条带,多态性位点数为100,多态性位点比率为68.03%,平均多样性指数为0.3559,有效等位基因数为1.4169;ISSR引物共扩增出128条带,多态性位点数为97,多态性位点比率为76.38%,平均多样性指数为0.4013和有效等位基因数为1.4728.试验表明,RAPD、ISSR及两种分子标记整合后的结果较为相似,呈极显著的正相关.聚类结果将20个自交系基本分为2类：一类群来源虹越种子集团公司;另一类群来源甘肃酒泉种子集团公司,分类与原产地相关.RAPD与ISSR标记是研究百日草种质遗传多样性有效的工具,在分析百日草的亲缘关系特别是系谱关系时,ISSR是一种多态性和重复性优于RAPD的分子标记.两种分子标记整合后既能鉴定出自交系的系谱先后关系,也能反应来源相同自交系的亲缘关系.     

锥栗农家品种的遗传多样性及亲缘关系分析

采用ISSR技术对37个锥栗农家品种进行遗传多样性及亲缘关系分析。从65条通用引物中筛选出13条扩增效果较好的引物进行扩增,每条引物的扩增谱带从9(引物828) 16条(引物821)不等,平均每个引物产生12个ISSR片段,共扩增出156条谱带,其中多态性条带129条,占82.69%,平均每个引物扩增的DNA多态性条带为9.9条。结果表明:锥栗农家品种具有丰富的遗传多样性水平;供试农家品种的观测等位基因数1.826 9,有效等位基因数1.509 7,Nei's基因多样度(H_e)为0.292 3,Shannon信息指数为 0.434 4;13条引物可区分37份农家品种及其优株。根据遗传一致度构建反映品种间亲缘关系的UPGMA聚类图,37个锥栗品种可划分为2大类群7个亚类。     

20个茶花品种遗传关系的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对茶花品种群中有代表性的20个国内外茶花品种进行了品种间遗传关系的分析.从60对随机扩增引物中筛选出了21对扩增带型清晰及重复性好的引物序列,共扩增出153条带,其中146条呈现多态性,多态性条带比例为95.4%;Nei's基因多样性指数介于0.40～0.48,Shannon信息指数在0.57～0.67,基因分化系数介于0.5～0.7,基因流值介于0.2～0.5,遗传相似系数介于0.50～0.74,平均为0.63.参试的20个茶花栽培品种间遗传差异相对比较窄;结合花型形态学特征与UPGMA聚类分析结果,可将20个茶花品种分为2个大类群.此外,结果显示:ISSR分子标记适用于分析山茶品种间遗传多样性和亲缘关系.     

25种无花果种质资源的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对来自不同地区的25种无花果种质资源进行聚类分析,研究其遗传多样性并进行种质资源鉴定。以25种无花果叶片为材料,CTAB法提取其基因组DNA,进行ISSR分析,利用软件DPS(V7.5)计算遗传距离,利用UPGMA方法进行聚类分析,构建25种无花果样品的系统进化树。结果表明:从27条引物中筛选出19条有效引物进行ISSR分析,扩增得到86条带,26条是单态的,60条是多态的,多态性程度为69.77%。25种无花果间的遗传距离在0.038-0.833之间,平均为0.605。通过构建群居亲缘关系的分子系统树表明25种无花果品种在遗传距离为0.73处被分成2类:布兰瑞克单独聚为一类,其他品种聚为一类。25种无花果品种间的遗传差异较小,相关性较高;ISSR可作为一种特异性的分子标记用于无花果的品种鉴定。     

优良观赏枫香种质的遗传多样性分析

本研究利用ISSR分子标记技术对12个优良观赏枫香种质资源进行遗传多样性研究。从12份不同枫香单株叶片样本中提取DNA,设计适应枫香的ISSR扩增正交体系优化实验,筛选出19条ISSR引物得到127条扩增带,其中多态性条带为94条,多态性条带比率为74.01%。再利用ISSR分子标记技术对数据进行遗传多样性和相似度分析,发现除4号和11号样本具有较高的遗传相似度0.83外,其他样本的遗传相似度为0.61～0.79,清楚的显示其优良种质的遗传差异性,具有较高的遗传多样性。     

4组形态相似川茶花品种的分子鉴别

采用ISSR分子标记,对重庆南山植物园中花色、花型十分相似的4组10个川茶花品种进行分子鉴别。从23条引物中筛选出5条谱带清晰、重复性好的引物用于PCR扩增,共获得72条谱带,其中64条谱带呈现多态性,多态位点百分率为88.89%。利用5条引物所建立的DNA指纹图谱显示,第Ⅰ组的氅盔和吊金钟是2个独立的品种;第Ⅱ组的胭脂莲、胭脂鳞和鱼鳞甲是3个独立的品种;第Ⅲ组的泸州大红和泸州二红也是2个不同的品种;第Ⅳ组的红佛鼎与紫金冠、似紫冠可以区分,但后两者难以区分,很可能就是同一个品种。     

红松种子园单株ISSR-PCR遗传多样性分析

以林口青山红松无性系种子园216个单株生健康嫩叶为试验材料,利用ISSR-PCR分子标记技术分析其遗传多样性的试验结果表明:从100条引物中共筛选出11条具有多态性的ISSR引物,经ISSR-PCR扩增后共获得102个位点,多态性谱带102条,多态位点比率为100%,单株有效等位基因数变动范围为1.0046~2.000,群体总基因多样性指数为0.3333,Shannon多样性指数为0.0164~0.6931,期望杂合度为0.0046~0.5000,红松种子园单株具有丰富的遗传多样性。     

湖北三潭风景区野生省沽油遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对湖北三潭风景区野生省沽油群体32个样本进行遗传多样性分析,从18条ISSR引物中筛选出10条引物用于PCR扩增,共扩增出147条DNA条带,其中多态性条带134条,占91.16%,平均每个引物扩增条带的数目为14.7条。利用POPGENE1.32和NTSYS-pc软件分析得出该野生省沽油样本的平均有效等位基因数为1.4319,平均Nei′s基因多样性指数为0.2653,平均Shannon信息指数为0.4118;样本间的遗传相似系数在0.47～0.87之间;UPGMA聚类结果,在遗传相似性系数0.6558处可把供试的32个样本分为3大类,表明该野生省沽油群体的遗传多样性比较丰富。     

不同种源印楝遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对印楝进行遗传多样性分析,用9条引物进行扩增,共检测出81条清晰的位点,其中79条具有多态性,多态位点百分率为97．53％,Nei＇s基因多样性指数为0．3803,Shannon信息指数为0．5537,表明印楝遗传多样性很丰富。种源间遗传分化系数为0．4702,Shannon’s居群分化系数为0．4677,表明印楝种源内的遗传分化大于种源间的分化。聚类分析将13个种源分为2大类,来自缅甸的11个种源聚成一类,来自澳大利亚和印度的种源聚成另外一类。结果表明,ISSR分子标记技术适合于印楝的遗传多样性分析。     

桂花优良品种‘珍珠彩桂’遗传多样性的ISSR分析及指纹图谱构建

利用ISSR分子标记技术对44个桂花品种进行遗传多样性研究,从100条引物中筛选出10条引物对供试材料基因组总DNA进行PCR扩增,共扩增出条带122条,其中多态性条带112条,多态性比例为91.8%。经Pop Gen32软件包分析,44个桂花品种的平均有效等位基因数为1.592 8,平均Nei’s基因多样性指数为0.341 9,平均Shannon信息指数为0.506 3,遗传一致度介于0.475 4~0.926 2之间,说明桂花品种间遗传多样性较高。UPGMA聚类将44个品种分成7类。建立了新品种‘珍珠彩桂’和其它43个桂花品种的DNA指纹图谱,可从分子水平将‘珍珠彩桂’与现有其它桂花栽培品种进行鉴别。研究结果为桂花分类、品种鉴定、分子育种和子代鉴定提供了重要依据。     

枇杷属植物遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR技术对41份枇杷属植物材料进行分类和遗传多样性研究。从100条引物中筛选出20条引物共产生436条带,其中多态性带392条,占89.9%。平均有效等位基因数为1.3,平均Nei’s基因多样性指数为0.2085,平均Shannon信息指数为0.3323,表明枇杷属植物中具有较丰富的遗传多样性。发现特异性条带33个,但并未发现春季开花或秋冬开花的特异标记,所用ISSR标记分析枇杷属植物的亲缘关系所得聚类结果表明,开花时期不能作为枇杷属植物的分类依据。相似系数0.722可将41份枇杷属植物分为野生类群和栽培类群,而栽培品种却不能按单一性状进行聚类。对枇杷属植物的分类方法进行讨论。     

基于表型和ISSR标记滇产黄杨叶栒子遗传多样性分析

[目的]从表型和分子2个角度揭示黄杨叶栒子(Cotoneaster buxifolius Lindl.)野生种群的遗传多样性。[方法]利用33个表型性状和ISSR分子标记对滇产野生黄杨叶栒子进行了遗传多样性分析。用PopGen 32软件计算多样性指数,用SPSS 16.0软件构建系统发育树系图。[结果]黄杨叶栒子种内表型性状在居群间存在着丰富的变异,居群间表型性状叶片大小变异系数达25.99%,萼裂片相关3个性状变异达40.66%,差异较大;24条ISSR引物扩增出228条带,其中,153条具有多态性,平均多态率为81.56%,Nei’s基因多样性指数和Shannon多样性指数分别为0.352 0和0.505 9,具有较高的遗传多样性;采用UPGMA法构建遗传关系聚类图,形态和分子标记的2种聚类结果基本一致:分布在同一地区的各个居群多数能聚在一起,地理位置的隔离促进了黄杨叶栒子居群间的遗传分化;个别居群未能与同一产区的其他居群聚在一起,而聚进了其他产区的居群之中,其原因可能是同一产区内各居群的小生境不完全相同,在不同产区内也有相似的小生境,导致黄杨叶栒子居群间发生了趋同进化。[结论]黄杨叶栒子遗传多样性丰富,居群间的亲缘关系及分布与地理位置、海拔位置有密切关系。     

珙桐天然种群遗传多样性的ISSR标记分析

利用ISSR分子标记分析来自11个天然珙桐种群的遗传多样性。从100条引物中筛选出5条引物能扩增出稳定、清晰且具多态性的条带,共扩增出77个条带。其中74个为多态,多态条带百分率(PPB)为96.10%;各种群PPB值为37.66%～63.64%,平均为54.07%。种内Shannon多样性指数(HSP)为0.4849,种群内Shannon多样性指数(HPOP)为0.1886～0.3274,平均为0.2774。这表明珙桐在物种和种群水平上均维持较高的遗传多样性。分子方差分析显示,种群间与种群内遗传变异分别占总遗传变异的46.22%,53.78%,种群间呈高度遗传分化。种群间遗传距离与对应的地理距离呈显著正相关(r=0.546,P<0.01)。UPGMA法聚类分析将11个珙桐种群分为3组。研究结果为珙桐遗传资源保护策略制定提供有价值的种群遗传学信息。     

枫香优良观赏种质的遗传多样性分析

利用ISSR标记技术对12份枫香观赏种质进行遗传多样性分析,通过正交实验优化枫香的ISSR-PCR扩增体系,即在20μL体系中加入PCR反应缓冲液2μL、镁离子1.5 mmol.L-1、Taq DNA聚合酶0.75 U、dNTP 0.15 mmol.L-1、引物0.4mmol.L-1、DNA模板80 ng。筛选出的19条ISSR引物共得到131条扩增带,其中多态性条带为94条,多态性条带比率为71.75%。12份种质的有效等位基因数是1.482,基因多样性0.3012,Shannon信息指数0.4674,表明遗传多样性水平相对较高。进一步的聚类将这些种质分成3类,其中4号样本和11号样本的遗传相似度最高。     

石蒜和忽地笑ISSR分子鉴别及其遗传多样性研究

本文应用6条ISSR引物对石蒜和忽地笑11个种群共279个样本进行试验,欲从分子水平上研究其遗传差异,并对其遗传多样性和遗传结构等方面进行研究。6条引物共扩增出62个条带,其中多样性条带为60条,多态性可达96.8%。其中有5条引物可以扩增出鉴别石蒜和忽地笑的特异性扩增条带,共计11条,其中4条为石蒜种群特有,7条为忽地笑种群特有,从而将二者鉴别出来。另外石蒜和忽地笑种群多态位点百分率(PPB)分别为95.2%和58.1%,Nei’s基因多样性(H)分别为0.297和0.157,Shannon多样性指数(I)分别为0.454和0.248。石蒜和忽地笑种群的基因分化系数Gst分别为0.374和0.457,说明其天然种群的大部分变异(62.6%和54.3%)存在于种群内。石蒜和忽地笑种群的基因流Nm分别为0.836和0.593,比较小。UPGMA聚类结果显示,8个石蒜种群聚为一类,然后与3个忽地笑种群最后聚在一起。