湖北白鹅选育报告——微卫星标记多态性及其与肉质性状的相关分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)方法检测了湖北白鹅基因组DNA微卫星标记的多态性,计算了基因频率、基因平均杂合度、多态信息含量,分析了不同基因型与肌肉水分、脂肪、氨基酸等肉质性状间的相关性.结果表明,所检测的8个微卫星座位的平均等位基因数为2.75个,群体基因的平均杂合度为0.594 5,多态信息含量是0.508 7.在所检测的8个微卫星座位中.ADL166座位AB基因型、MCW0104座位AC基因型、MCW0004座位BB基因型、MCW0120座位AD基因型个体的肌肉水分含量显著或极显著地低于其他基因型个体;ADL210座位BB与BC基因型、MCW0104座位AC基因型、MCW0004座位BB与CC基因型、MCW0120座位BB与DD基因型、MCW0014座位AB与BB基因型个体的肌肉脂肪含量显著或极显著地高于其他基因型个体;ADL210座位AA基因型个体的肌肉氨基酸含量显著高于BC基因型个体,MCW0120座位AC基因型个体肌肉氨基酸含量显著高于DD基因型个体.     

猪肠毒素大肠杆菌F4受体的微卫星标记筛选

从猪13号染色体选取与肠毒素大肠杆菌(ETEC)F4受体基因连锁的8个微卫星座位,研究不同猪种间的遗传特性,并分析不同基因型与F4受体黏附表型的关系.结果表明,2个地方猪种(五指山猪和沙子岭猪)和2个外来猪种(大约克猪和杜洛克猪)在8个基因座均具有高度多态性,杂合度为0.6117～0.7500,多态信息含量在0.5749以上.对大约克猪和沙子岭猪的F4黏附性和微卫星的关联研究表明,在微卫星座位S0223和SW207,2个猪种不同基因型在F4ab和F4ac血清型黏附表型上差异显著或极显著,可能F4ab和F4ac受体就位于这2个位点之间.这2个微卫星座位可望作为ETECF4抗性基因的遗传标记.     

猪肠毒素大肠杆菌（ETEC）F4受体的微卫星标记分析

从猪13号染色体选取与Escherichia.coli（ETEC）F4受体基因连锁的8个微卫星座位研究不同猪种间的遗传特性,并分析不同基因型与F4受体黏附表型的关系。结果表明,2个猪种在8个基因座均具有高度多态性,杂合度（H）在0.6117～0.7500之间,多态信息含量（PIC）达0.5749以上。在微卫星座位S0223和 SW207,两个猪种不同基因型在F4ab和F4ac血清型黏附表型上差异显著或者极显著,可能F4ab和ac受体就位于这2个位点附近（之间）。这为抗性猪的选择提供了可能,这两个微卫星座位可望作为E.coli F4抗性基因的遗传标记。     

微卫星标记多态性及其与湖北白鹅肌肉肌苷酸含量的相关分析

[目的]为湖北白鹅肉质性状的间接选择提供参考依据。[方法]采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）检测湖北白鹅基因组DNA8个微卫星标记多态性,计算基因频率（P）、平均基因杂合度（H）、多态信息含量（PIC）,分析白鹅性别、日龄及基因型与肌肉肌苷酸含量的相关性。[结果]所检测的8个微卫星座位的平均等位基因数为2．75个,H为0．5945,PIC为0．5087。56日龄鹅肉样肌苷酸含量为（1360．25±82．56）mg／g,显著高于180日龄鹅肉样肌苷酸含量（1088．07±63．56）mg／g。所检测的8个微卫星座位,ADL166座位AA基因型、ADL210座位AA与BC基因型、MCW0104座位AB与BC基因型、MCW264座位AA基因型、MCW0085座位AA与BB基因型、MCW0004基因座BC基因型、MCW0120座位AC基因型、MCW0014座位AA基因型个体的肌肉肌苷酸含量较高。[结论]这些微卫星标记有望作为遗传标记对鹅的肉质性状进行标记辅助选择。     

微卫星标记与鹿苑鸡体重的相关性初探

利用29对微卫星标记对鹿苑鸡基因组进行扫描,共发现124个等位基因,各座位等位基因数2～10个。通过统计软件SPSS,对29对微卫星标记与鹿苑鸡12周龄体重相关性进行了分析。结果表明：位于8号和3号染色体上的3对微卫星标记ADL278、LEI166、MCW222与鹿苑鸡12周龄体重呈显著相关。位于8号染色体ADL278座位上,基因型为CC个体的12周龄体重显著高于其他基因型个体。位于3号染色体的LEI166座位上发现3个等位基因,但仅检测到5种基因型,基因型AA缺失;在检测到的5种基因型中,基因型为AB个体的12周龄体重显著高于基因型为BB、BC、CC个体;AC个体的12周龄体重与其他基因型个体无显著差异。MCW222座位亦位于3号染色体,在该座位上,基因型为BC个体的12周龄体重显著高于基因型为AA、AB、AC、CC个体;基因型为BB个体与其他基因型个体12周龄体重差异不显著。     

微卫星标记与镜鲤部分生长性状的相关分析

利用41个SSRs标记对德国镜鲤抗寒品系F1代的68个个体基因组DNA进行检测,共检测到100个等位基因,各座位等位基因2～4个,片段长度91～376bp,有效等位基因1.4287～3.9454个,观察杂合度0.3676～1.0000,期望杂合度0.3023～0.7521,平均位点多态信息含量0.4059.利用统计软件SPSS的GLM程序,对41个微卫星标记与镜鲤体重、体高、头长和吻长的相关性进行分析.结果表明,标记hlj354与体重、体高、头长显著相关;标记hlj855与体重、体高和吻长显著相关;标记hlj919、hlj585与头长显著相关,标记hlj895、hlj704与吻长显著相关.     

猪GHR基因两个SNPs位点多态性与生长性状的关联分析

[目的]探讨猪GHR基因两个SNPs位点多态性与其生长性状的相关性,为保护广西巴马小型猪的遗传资源及推进猪分子标记辅助育种技术的发展奠定基础.[方法]采用PCR-RFLP和错配PCR-RFLP(CRS-PCR-RFLP)检测巴马小型猪×长白猪杂交F2代(简称巴×长F2代)资源家系中猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点的多态性,并对其相关生长性状进行关联分析.[结果]猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点在巴×长F2代资源家系中均表现出AA、AG和GG 3种基因型.G1248A位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除2月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体(P<0.05,下同),4月龄GG基因型个体的体重显著高于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异均不显著(P>0.05,下同).A1801G位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除1和6月龄GG基因型个体的体高显著低于AA、AG基因型个体,3和6月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异也不显著.[结论]猪GHR基因G1248A位点的G等位基因对个体体重、胸围有正选择作用,而A1801G位点的G等位基因对个体体高有负选择作用,对个体胸围有正选择作用,均可作为猪分子标记辅助育种的遗传选择标记.     

鸡微卫星DNA标记与其生长性状的相关分析

测定了固始鸡与安卡鸡杂交后自交F2代500多个个体的0,2,4,6,8,10,12周龄体重,检测10个微卫星DNA标记,对标记基因型生长性状值进行方差分析和多重比较。结果表明:对于2,8,12周龄体重,MCW166各基因型间有显著差异(P<0.05);6周龄体重,MCW166各基因型间有极显著差异(P<0.01);对于2周龄体重,ADL169各基因型间有极显著差异(P<0.01),4,6,8周龄体重,ADL169各基因型间有显著差异(P<0.05)。     

巴什拜羊微卫星标记多态性及其与生长指标关联性分析

【目的】以巴什拜羊为研究材料,通过分析微卫星DNA座位的基因型,并与生长性状进行相关分析,以寻找影响巴什拜羊生长性状的微卫星标记,为分子标记辅助选择提供依据。【方法】从GenBank数据库查询绵羊、山羊的微卫星座位,根据微卫星选择标准选择符合要求的10个微卫星标记,对巴什拜羊189个个体基因组DNA进行检测,采用最小二乘方法分析微卫星座位与生长指标的关联效应。【结果】10个微卫星标记共检测到110个等位基因,平均每个座位等位基因数为11个,平均多态信息含量为0.7914,平均杂合度为0.8149;10个微卫星座位中有8个微卫星座位与巴什拜羊体重、体尺等5项生长指标有显著和极显著的关联性,特别是基因座BM415与体重、体尺指标均呈极显著相关(P0.01),多重比较结果显示8个微卫星座位都存在优势基因型。【结论】发现了巴什拜羊群体生长指标具有显著效应,多态性较高的微卫星基因座,为开展巴什拜羊生长指标的分子标记辅助育种提供了有价值的遗传标记。     

牙鲆微卫星分子标记与生长性状的相关性分析

研究利用30对牙鲆微卫星标记,对牙鲆雌核发育家系91个个体基因组DNA进行检测,在30对微卫星标记中,共检测到124个等位基因。其中,各座位的等位基因数3～8个,等位基因片段大小为80～170bp,平均有效等位基因数3.257。其中poli11座位的等位基因数目最多为8。平均多态信息含量为0.6197,平均杂合度为0.6672。利用SAS8.2中的一般线性模型(GLM)对30个微卫星标记与牙鲆的生长性状进行连锁显著性检验。发现在30个微卫星座位中,有8个座位分别与体重、体长、体高显著相关。其中,poli6TUF位点与体重相关;poli30TUF、poli107TUF、poli108TUF、poli116TUF、poli123TUF、poli130TUF6个座位与体长显著相关;poli145TUF与体重、体长显著相关,而与体高相关性不显著。poli9-8TUF与体重、体长、体高3个性状均显著相关(P<0.05)。将基因型与生长性状进行Duncan多重比较,找到4种与生长性状相关的基因型。     

利用微卫星技术分析两个肉用绵羊品种级进杂交群体的遗传结构

利用10个微卫星基因座对陶赛特和萨福克两个肉用绵羊品种及其与新疆细毛羊级进杂交一代和二代羊群进行遗传学检测,计算各个群体的基因频率、有效等位基因数、杂合度(H)、多态信息含量(PIC)以及级进杂交群体与原始改良品种群体的遗传距离.结果表明,10个微卫星在两个级进杂交群体的等位基因数有5～13个,有效等位基因数在3.529以上,等位基因频率分布不均匀,杂合度(H)大于0.7167,多态信息含量(PIC)大于0.6648,这些遗传参数在级进杂交一代都是最高的.遗传距离分析表明,萨福克(或陶赛特)与本地新疆细毛羊级进杂交一代离萨福克(或陶赛特)较远,而萨福克(或陶赛特)杂交二代离萨福克(或陶赛特)较近.     

黑龙江野鲤与德国镜鲤杂交组合的亲子鉴定分析

利用微卫星多态性进行鱼类亲子鉴定,在鱼类选育中具有重要意义。采用8个微卫星标记对黑龙江野鲤♀×德国镜鲤♂(正交组合),及德国镜鲤♀×黑龙江野鲤♂(反交组合)进行亲子鉴定。结果显示:(1)正交组中父母本和子代观测杂合度分别为0.607 1、0.714 3和0.681 8,多态信息含量依次为0.442 1、0.281 3和0.553 5;反交组中父母本和子代观测杂合度分别为0.708 3、0.538 6和0.743 8,多态信息含量依次为0.673 5、0.375 9和0.624 1,表明8个位点具有较高的多态性。(2)正交组中,8个位点累计排除率为99.92%,亲本与子代的配对率为98.00%(置信度为95%);反交组中,8个位点累计排除率为99.99%,亲本与子代的配对率为99.00%(置信度为95%)。(3)关于使用微卫星标记数与鉴定率的探讨,对3、4、5、6、7、8个微卫星标记时的累计排除率和亲子配对率进行比较,结果表明,正反交组分别利用6和8个多态性良好的引物就能正确鉴定。研究亮点:(1)将亲子鉴定技术运用在黑龙江野鲤和德国镜鲤杂交育种过程中,能够更加准确地构建家系,有效地避免近亲交配,防止种质退化;(2)对微卫星标记数与鉴定率的探讨结果表明,正反交组分别利用6和8个多态性良好的引物就能正确鉴定。     

吉富品系尼罗罗非鱼选育系F6～F9遗传变异的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对连续选育的吉富品系尼罗罗非鱼F6,F7、F8、F9R4个世代群体的遗传变异进行了分析。结果表明：（1）17条引物在4个世代的88尾个体间共检测到172个位点。（2）F6, F7,F8、F94世代的多态座位比例分别为：23．4％、21．1％、19．4％、18．3％，呈递减状态，U检验差别不显著（P〉0．05）；4世代的Nei遗传相似系数分别为：O．8961、0．9084,0．9186、0．9254，呈递增状态，t检验差别不显著（P〉0．05）；Shannon多样性指数分别为：0．1485、0．1314,0．1178、0．1083，呈递减状态，t检验差别不显著（P〉0．05）。（3）4世代间的遗传变异占群体总变异的比例是23．9％（Shannon多样性指数分析）和12．5％（AMOVA分析）。以上结果表明，4代选育虽未导致选育群体遗传多样性产生显著的差异，但却清楚地显示了逐代选育使选育系群体趋于纯化．选育系F8、F9世代已表现出较好的遗传稳定性。     

吉富品系尼罗罗非鱼选育系F6～F9遗传变异的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对连续选育的吉富品系尼罗罗非鱼F6,F7、F8、F9R4个世代群体的遗传变异进行了分析。结果表明：（1）17条引物在4个世代的88尾个体间共检测到172个位点。（2）F6, F7,F8、F94世代的多态座位比例分别为：23．4％、21．1％、19．4％、18．3％，呈递减状态，U检验差别不显著（P〉0．05）；4世代的Nei遗传相似系数分别为：O．8961、0．9084,0．9186、0．9254，呈递增状态，t检验差别不显著（P〉0．05）；Shannon多样性指数分别为：0．1485、0．1314,0．1178、0．1083，呈递减状态，t检验差别不显著（P〉0．05）。（3）4世代间的遗传变异占群体总变异的比例是23．9％（Shannon多样性指数分析）和12．5％（AMOVA分析）。以上结果表明，4代选育虽未导致选育群体遗传多样性产生显著的差异，但却清楚地显示了逐代选育使选育系群体趋于纯化．选育系F8、F9世代已表现出较好的遗传稳定性。     

蒙古驴微卫星多态性分析

利用10对微卫星引物对94头蒙古驴进行DNA多态性分析,主要研究了有效等位基因数、多态信息含量和杂合度等指标.结果表明:10个微卫星位点中,HTG7、HTG10、AHT4、HTG6、HMS6、HMS3共6个位点具有高度多态性(PIC＞0.5),HMS7位点具有中度多态性,其等位基因数、有效等位基因数、多态信息含量、杂合度最低.其余3个微卫星座位(HMS1,HTG4和HMS5)为单态,没有多态性.总体上看,蒙古驴的遗传多态性很高,有利于遗传资源的开发与利用.     

级进杂交绵羊微卫星基因杂合度与生长性能的关系

利用10个微卫星基因座对陶赛特绵羊及其与新疆细毛羊级进杂交一代、二代和三代4个绵羊群体进行了遗传学检测，计算出各个群体的平均杂合度和平均生产性能的数值，分析群体杂合度与生产性能间的相关系数和变化趋势。结果表明：随级进杂交程度的增加，群体的杂合度逐渐降低，趋向于陶赛特群体的杂合度；微卫星标记杂合度与各个时期的体重、体高、体长和管围间呈正相关，其中杂合度与各个时期的体长呈显著正相关，而与各个时期的胸围呈负相关。微卫星基因杂合度对各个时期生长性能的相关效应在不同级进杂交群体问存在一定的差异。由此得到3点启示：（1）基因杂合度与生长性能间不是简单的相关关系；（2）级进杂交可使有害基因与中性标记连锁遗传，从而部分或全部抵消杂合优势的表现，甚至出现杂合劣势；（3）不同时期基因间的互作对于性状的作用是不一样的。     

凡纳滨对虾三个亲本及其子代群体的SSR分析

利用微卫星标记技术,采用8对微卫星引物对凡纳滨对虾3个亲本群体（OIQ、SISQ、Kona Bay Q）及其子一代（OIZ、SISZ、Kona Bay Z）共计120个个体进行遗传分析。结果表明,8对微卫星引物在6个群体中共检测到28个等位基因,每个位点的等位基因数为2～6个,平均等位基因数为3.5;各位点的期望杂合度均比观测杂合度高;多态信息含量（PIC）值为0.4794～0.7699,说明这8个位点在凡纳滨对虾中具有较高的信息含量。在亲本和子代群体遗传结构分析中,子代的有效等位基因数、杂合度和多态信息含量等指标均略低于亲本群体,但子代的遗传多样性并未受到太大影响,仍保持较好的遗传力。     

红壳色文蛤选育群体遗传多样性的微卫星分析

【目的】了解群体选育过程中红壳色文蛤（Meretrix meretrix）选育群体的遗传多样性变化及世代遗传分化情况,为文蛤育种计划的可持续性提供理论依据。【方法】以江苏黄文蛤原种（SY）、江苏红文蛤原种（SR）及5个红壳色文蛤选育群体（SRF₁~SR5F₅）为研究对象,利用15对微卫星引物对各文蛤群体基因组DNA进行PCR扩增,然后通过Gel-Pro32 4.0、PopGen 32和MEGA 6.0等在线软件分析7个文蛤群体的遗传多样性。【结果】从7个文蛤群体中共检测出766个等位基因,每个微卫星位点在每个群体中检测出3~18个等位基因,且等位基因数（Na）随选育世代增加呈下降趋势。15个微卫星位点的平均多态信息含量（PIC）在0.575~0.630,均属于高度多态性位点。7个文蛤群体的平均观测杂合度（Ho）为0.442~0.502,平均期望杂合度（He）为0.629~0.680,群体中63.81%的微卫星位点偏离Hardy-Weinberg平衡,表明各微卫星位点存在一定程度的杂合子缺失;群体内近交系数（F_is）范围为-0.0157~0.7409,平均为0.2777,表明文蛤群体内存在一定程度的近交水平;群体间遗传分化系数（F_st）平均为0.0455,即文蛤群体变异中仅有4.55%是由不同群体间的基因差异所产生,而95.45%的变异来源于群体内部;各群体的基因流（Nm）为0.9002~18.9478,平均为8.8065,说明7个文蛤群体间的遗传分化较低。UPMGA聚类分析发现7个文蛤群体聚类呈两大支,江苏红文蛤原种及其选育群体聚为一支,而江苏黄文蛤原种（SY）独自聚为一支。【结论】经过5代人工选育的红壳色文蛤选育群体虽然较基础群体其遗传多样性指数略有下降,但并未导致各选育群体的遗传结构发生改变,仍具有较高的遗传多样性。在连续的选择育种计划中,应增加亲本养殖环境多样化,避免因人工繁育的亲本和养殖群体规模较小引起遗传漂移或近交衰退而致使某些等位基因缺失,导致后代的遗传结构发生改变。     

许氏平鲉微卫星标记的开发及评价

采用磁珠富集法筛选具多态性的许氏平鲉微卫星标记,并用一个野生群体对其多态性进行了评价。三引物PCR法筛选出58个阳性克隆进行了测序,共得到47个含微卫星核心的DNA序列,筛选出15对具有多态性的微卫星引物。所有位点上共得到66个等位基因片段,每个位点的观测等位基因数(A)为2~14个,平均等位基因数为4.4,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)范围分别为0.062 5~0.968 8、0.061 5~0.929 1。每个位点的多态信息含量(PIC)显示,有6个位点表现出高度或中度多态。经Bonferroni校正后,HJ2-32、HJ4-27、HJ4-45和HJ4-47四个位点的等位基因频率显著偏离了Hardy-Weinberg平衡。连锁不平衡检测表明,各位点间无连锁不平衡现象。     

Microsatellite Analysis of Genetic Diversity Between Loach with Different Levels of Ploidy

We used microsatellite markers to investigate the genetic parameters of three different polyploidy populations of Misgurnus anguillicaudatus from Honghu City, Hubei Province. Polyacrylamide gel electrophoresis banding patterns of diploid（2n）, triploid（3n） and tetraploid loaches（4n） were analyzed with Pop Gen software. A total of 68 alleles were obtained from seven microsatellite loci and the polymorphism information content（PIC） indices were all above 0.5. The average expected mean heterozygosity values（He） were 0.8420, 0.7186 and 0.8521; the average observed mean heterozygosity values（Ho） were 0.9674, 0.9785 and 0.8928; and the HardyWeinberg P values were 0.3078, 0.3151 and 0.3762, for diploid, triploid and tetraploid individuals, respectively. The results indicated that the three populations were highly polymorphic, with no deviations from Hardy-Weinberg equilibrium observed at all the seven microsatellite loci. This indicated a high level of genetic diversity within the populations. A cluster analysis diagram showed that the shortest genetic distance was between diploid and tetraploid loaches and they shared a close phylogenetic relationship. The triploid and tetraploid individuals had the most distant phylogenetic relationship.