橡胶基因组中一个与酿酒酵母脯氨酸特异性通透酶基因部分同源的多态性片段的克隆及序列测定

橡胶树(Hevea brasiliensis Muell.Arg.)的传统种植区主要分布于高温多雨的热带地区,抗旱基因或DNA标记的筛选鉴定对于橡胶耐旱品系的选育及橡胶树向温光和雨量相对不足的非传统植胶区的拓展具有十分重要的意义.RAPD分析是目前遗传多态性研究及特异性基因片段鉴定最有效的分子学工具之一.本研究借助聚合酶链式反应(PCR)对来自37个橡胶无性系的基因组DNAs进行了RAPD分析.结果显示,多态性及特异性扩增条带的数量随无性系及引物的不同而有所差异,有些扩增带为一些无性系共有,而另一些则仅存在于个别或少数无性系之中.根据引物OPB-12的两个特异性扩增条带(1.2和1.4 kb)在各无性系中单独或同时存在与否,我们鉴定出了两个相应的特异性RAPD标记,其中1.4 kb扩增带尤其引人注目.克隆及测序结果表明,该RAPD片段与酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)脯氨酸特异性通透酶基因存在一定程度同源性.针对该片段设计一对特异性引物并再次对基因组DNA进行更严格条件下的PCR扩增,结果从14个参试无性系中获得了该1.4kb条带.这种由RAPD标记通过特异性引物设计转化得到的SCAR(序列特异性扩增区)标记可用于橡胶树优良或特异性基因的筛选及鉴定.     

橡胶基因组中一个与酿酒酵母脯氨酸特异性通透酶基因部分同源的多态性片段的克隆及序列测定

橡胶树(Hevea brasiliensis Muell.Arg.)的传统种植区主要分布于高温多雨的热带地区,抗旱基因或DNA标记的筛选鉴定对于橡胶耐旱品系的选育及橡胶树向温光和雨量相对不足的非传统植胶区的拓展具有十分重要的意义.RAPD分析是目前遗传多态性研究及特异性基因片段鉴定最有效的分子学工具之一.本研究借助聚合酶链式反应(PCR)对来自37个橡胶无性系的基因组DNAs进行了RAPD分析.结果显示,多态性及特异性扩增条带的数量随无性系及引物的不同而有所差异,有些扩增带为一些无性系共有,而另一些则仅存在于个别或少数无性系之中.根据引物OPB-12的两个特异性扩增条带(1.2和1.4kb)在各无性系中单独或同时存在与否,我们鉴定出了两个相应的特异性RAPD标记,其中1.4 kb扩增带尤其引人注目.克隆及测序结果表明,该RAPD片段与酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)脯氨酸特异性通透酶基因存在一定程度同源性.针对该片段设计一对特异性引物并再次对基因组DNA进行更严格条件下的PCR扩增,结果从14个参试无性系中获得了该1.4kb条带.这种由RAPD标记通过特异性引物设计转化得到的SCAR(序列特异性扩增区)标记可用于橡胶树优良或特异性基因的筛选及鉴定.     

滩地13个杨树无性系遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记手段,研究杨树无性系的遗传多样性。在探讨杨树叶片基因组DNA提纯方法和优化PCR扩增反应体系的基础上,采用18个引物对13个杨树无性系的基因组DNA进行扩增;每个引物扩增的DNA片段数为1～14个,共产生126条带,其中多态带53条,占42%,平均每个引物扩增出3条多态带。结果表明:通过对126条谱带的聚类,分析了供试杨树无性系的系统发育,并通过比较各品种间的特异带或特征带的差异进行无性系鉴别和测定,运用特殊谱带,建立了杨树无性系的分子检索表。     

RAPD标记检测与肉鸡肥度性状关联的QTLs--肉鸡个体间RAPD指纹变异

采用随机扩增多态 DNA( RAPD)技术分析了肉鸡群个体间 RAPD指纹的变异程度。 1 0个随机引物在 3 6只公鸡中共扩增出 83个片段 ,其中有 67个是多态性片断 ,多态率为 80 .72 %,1 1个随机引物在 3 6只母鸡中共扩增了 99个片段 ,其中有 86个是多态性片段 ,多态率为 86.87%。公、母鸡群体内个体间遗传相似系数分别为 0 .7858、 0 .73 2 8。结果表明 :RAPD标记的多态性明显 ,作为一种 DNA标记 ,它可以用于分析鸡群体的遗传结构。     

利用RAPD标记进行杉木无性系的识别

针对目前杉木无性系管理和利用中存在识别困难的问题,利用RAPD标记技术进行杉木无性系的识别研究,19个S系列随机引物对8个杉木无性系的扩增结果显示：共得到157条DNA扩增带,平均每个引物产生8．26条带,其中91条带表现为多态性,占总带数的57．96％,扩增片段长度为200～2500bp,8个杉木无性系间表现了较丰富的DNA多态性;利用5个引物的13个分子标记完全可以对8个不同杉木无性系进行识别,谱带清晰,因此利用RAPD技术进行杉木无性系识别是可行的。     

WHBE兔遗传特异性的RAPD分析

应用随机扩增多态DNA技术(RAPD)对WHBE兔、日本大耳白兔和新西兰兔进行了遗传分析.用10个随机引物对其基因组DNA进行PCR扩增.根据电泳结果选用其中8个引物扩增的条带进行遗传分析,共检测到107条扩增片段,其中多态性片段32条,占29.91%,反映了家兔品系间的遗传变异.多态性统计分析表明,WHBE免和日本大耳白兔的遗传相似度最高,为0.7948.其中4个引物既可扩增出3个品系共同的DNA条带,也可扩增出不同品系的特征条带,表明WHBE兔与日本大耳白兔和新西兰兔之间有遗传的相似性,也存在遗传差异.这些结果表明应用RAPD技术可以很好地检测家兔不同品系间以及同一品系不同个体间的亲缘关系.     

线辣椒种质资源遗传多样性分析

中国线辣椒(C.annuumvar.annuum)是一种特有的辣椒类型,具有丰富的种质资源,但目前对其遗传多样性的研究甚少.本研究采用RAPD和SSR分子标记,对20份辣椒种质资源(其中线辣椒13份,其他辣椒资源7份)的遗传多样性进行鉴定分析,并比较分析了形态特征.结果表明:2种标记均能有效鉴定材料间遗传多样性,其中SSR标记优于RAPD标记.RAPD标记共扩增出218条DNA片段,每个引物平均可扩增出3~10条DNA片段,多态性比率(PPB)为77.1%;材料间遗传相似系数(GS)为0.615~0.905.SSR标记共扩增出153条DNA片段,每对引物平均扩增出2~8条DNA片段,多态性比率(PPB)为82.3%;材料间遗传相似系数(GS)为0.632~0.886.相关性分析表明,RAPD和SSR标记与形态标记的相关系数分别为0.743和0.710,2种标记与形态标记的相关系数为0.658,均达到了显著水平.聚类分析结果显示,大部分具有亲缘关系的资源及形态学、生物学特征相近的资源聚在一类,说明分子标记的聚类分析结果与形态学分类结果具有较好的相符性.     

RAPD分子标记技术用于实验兔品系鉴定的初探

本文选用新西兰白兔(New Zealand White Rabbit,NZWR)、青紫兰兔(Chinchilla Rabbit,CR)、日本白兔(Japanese White Rabbit,JWR)3个品系的血样提取基因组DNA,并应用随机引物扩增多态性DNA技术(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)进行遗传分析和比较。结果表明,使用随机引物PCR扩增后,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测共发现78个条带,其中多态性片段25条,占32.1%,从7套共140个随机引物中筛选出10个多态性较高的引物,包括BH9、AD1、BH11、AN12、AN14、O19、AD3、AD19、O4和O14。其中BH9、AD1扩增效果最好,扩增产物有较大的共性和较好的多态性,可作为实验兔品系鉴定的分子依据。日本白兔和新西兰兔片段共享度最高为0.8268,青紫兰兔和日本白兔最低为0.6190,统计结果显示RAPD标记多态性丰富,3品系的种内相似度大于种间相似度。该技术可用于实验兔的遗传检测。     

甜瓜亲本与其F_1代的RAPD标记分析

利用RAPD标记方法,从分子水平上探测了甜瓜亲本与其杂种F1的遗传差异,用27个引物对11个甜瓜基因型进行了扩增,共扩增出44条有效谱带,其中多态性条带19条,占总条带数的43.18%。每条引物可扩增3～8条带,平均每条引物产生1.63条有效带。根据RAPD遗传距离进行分析,杂种F1多偏向母本自交系遗传;甜瓜亲本自交系间的遗传距离为0～0.39。作为父本,TopMark自交系与H16自交系相比,子代更多继承了Top-Mark自交系的遗传特性。以上结果与田间性状表现相符,RAPD标记用于甜瓜遗传差异的研究切实可行,其结果可用于育种过程中的亲本选配和分子标记辅助选择。     

利用RAPD分子标记分析东北地区杂草稻的亲缘关系

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对东北地区杂草稻生态型以及普通水稻共15个样品进行亲缘关系的分析.所分析的10个随机引物共扩增出了93条DNA片段,其中多态性条带为36条,多态性比例为38.71%,利用93个RAPD标记,在MEGA2.1软件中,计算遗传距离,建立UPGMA聚类图.结果表明:RAPD分子标记可以将杂草稻与普通稻、杂草稻不同生态型之间分开;杂草稻之间形态相似、地理分布相近的物种聚类在一起.     

辣椒杂交一代与其亲本基因差异的初步研究

用RAPD技术对1个辣椒杂种一代及其亲本的基因差异进行研究,结果表明:几乎所有引物扩增出的杂种一代的RAPD产物和两亲本或亲本之一没有明显差异,但引物OPG-08扩增出双亲具有而在F1消失的DNA片段,揭示出双亲杂交后的受精过程中基因可能发生变异。     

大白菜DH0与DH1代群体的遗传稳定性分析

以游离小孢子培养获得的HY大白菜DH0代及其自交后代DH1群体与HY(F1),共33份材料为试验材料,调查了其株高、球茎和外叶数3个农艺性状,发现不同的株系性状分离较大。同时采用RAPD技术分析了2代之间的遗传稳定性。从106条RAPD随机引物中筛选出33条重复性好并且具有多态性的引物,进行扩增。从33份材料中扩增了206条带,其中多态带为136条(66.1%)。通过系统聚类分析,DH0代及其子代DH1代遗传关系近,绝大部分能优先聚在一起。说明纯合的小孢子植株单株性状在遗传中很少发生变异,具有很好的遗传稳定性。     

RAPD标记分析番茄亲本及其F_1的遗传距离和杂种优势

利用RAPD技术对22个番茄材料从分子水平揭示了亲本和其杂种F1的遗产差异。11个引物共扩增出了74条DNA带,平均每个引物6.72条,其中61条具有多态性,占总条带数的82.4%,平均每个引物扩增5.1条多态性带。通过RAPD遗传距离分析发现F1有偏向于父本遗传的趋势。对番茄亲本材料间的遗传距离与所配F1的单果重、株高、可溶性固性物含量等杂种优势进行了相关性分析,结果表明均呈不显著相关,用RAPD遗传距离对杂种优势的预测有待进一步研究。     

家蚕显性赤蚁(Ia)的RAPD分析

家蚕赤蚁突变基因作为标志基因在遗传分析、连锁检索和基因定位研究中发挥了重要的作用。用家蚕显性赤蚁Ia品种(09-041)与非显性赤蚁品种(08-101)杂交,经F1自交,取F2代的显性赤蚁与非赤蚁个体为材料,采取混合样品分析法进行RAPD多态性分析．通过250个RAPD随机引物,分别在显性赤蚁与非显性赤蚁中获得扩增带1089条和1083条,共有220个引物在2个材料中有扩增片段,其中有8个引物在显性赤蚁中扩增出多态性特异带,有2个引物在非显性赤蚁中扩增出多态性特异带,有30个引物在2个材料中无扩增产物。实验初步获得8个与家蚕显性赤蚁基因可能连锁的RAPD分子标记,为进一步的Ia基因定位、克隆及遗传分析等工作奠定了一定的基础。     

RAPD标记构建辣椒分子连锁图谱研究初报

以辣椒属长椒变种的两个自交系杂交所得的F1代经自交获得F2 代的 93个单株为作图群体 ,利用RAPD技术开展了辣椒分子遗传图谱的构建研究 :选用Operon公司的 3 2 0个随机引物对亲本进行了RAPD多态性检测 ,通过多次重复筛选 ,获得了 3 3个多态性引物 ,得到 49个具有较好重复性和稳定性的RAPD标记 ,其中 11个标记表现为偏分离标记 ;利用MAPMAKER/expversion 3 .0软件初步构建了辣椒的分子连锁图谱 ,该图谱由 11个连锁群组成 ,含有 2 8个RAPD标记 ,总长度为 2 82 .41cm。     

西瓜和甜瓜杂种一代种子纯度的RAPD鉴定

选用100条随机引物(S71-S190)对西瓜、甜瓜杂种一代和其父、母本的种子进行随机扩增多态性DNA(RAPD)分析,探索西瓜和甜瓜杂交品种种子纯度鉴定的便捷途径.结果表明:在100条引物中筛选出4条有特征条带的引物,其中S92号引物能使甜籽一号、白兰蜜和黄河蜜6号与其母本有效区分开来;S162号、S181号引物能使甜籽一号与其母本区分开来;S175号引物能使白兰蜜与其母本区分开来;但未发现使T×14E与其母本区分开来的引物.     

吉富品系尼罗罗非鱼选育系F6～F9遗传变异的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对连续选育的吉富品系尼罗罗非鱼F6,F7、F8、F9R4个世代群体的遗传变异进行了分析。结果表明：（1）17条引物在4个世代的88尾个体间共检测到172个位点。（2）F6, F7,F8、F94世代的多态座位比例分别为：23．4％、21．1％、19．4％、18．3％，呈递减状态，U检验差别不显著（P〉0．05）；4世代的Nei遗传相似系数分别为：O．8961、0．9084,0．9186、0．9254，呈递增状态，t检验差别不显著（P〉0．05）；Shannon多样性指数分别为：0．1485、0．1314,0．1178、0．1083，呈递减状态，t检验差别不显著（P〉0．05）。（3）4世代间的遗传变异占群体总变异的比例是23．9％（Shannon多样性指数分析）和12．5％（AMOVA分析）。以上结果表明，4代选育虽未导致选育群体遗传多样性产生显著的差异，但却清楚地显示了逐代选育使选育系群体趋于纯化．选育系F8、F9世代已表现出较好的遗传稳定性。     

吉富品系尼罗罗非鱼选育系F6～F9遗传变异的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对连续选育的吉富品系尼罗罗非鱼F6,F7、F8、F9R4个世代群体的遗传变异进行了分析。结果表明：（1）17条引物在4个世代的88尾个体间共检测到172个位点。（2）F6, F7,F8、F94世代的多态座位比例分别为：23．4％、21．1％、19．4％、18．3％，呈递减状态，U检验差别不显著（P〉0．05）；4世代的Nei遗传相似系数分别为：O．8961、0．9084,0．9186、0．9254，呈递增状态，t检验差别不显著（P〉0．05）；Shannon多样性指数分别为：0．1485、0．1314,0．1178、0．1083，呈递减状态，t检验差别不显著（P〉0．05）。（3）4世代间的遗传变异占群体总变异的比例是23．9％（Shannon多样性指数分析）和12．5％（AMOVA分析）。以上结果表明，4代选育虽未导致选育群体遗传多样性产生显著的差异，但却清楚地显示了逐代选育使选育系群体趋于纯化．选育系F8、F9世代已表现出较好的遗传稳定性。     

利用SCAR-PCR检测杂交油菜"蜀杂9号"的杂种纯度

用两个分别能在“蜀杂9号”父、母本之间稳定产生多态性的随机引物S18和S31,对父、母本DNA样品进行RAPD扩增,将得到的特异标记片段S18750和S31550进行回收、克隆和测序。根据测序结果设计序列特异性扩增(SCAR)引物SZ9SP1和SZ9SP2,将“蜀杂9号”的亲本RAPD标记转化为序列特异的SCAR标记。当用两对引物分别扩增杂种F1代单株总DNA时,能分别获得父、母本特异序列扩增带,表明获得的SCAR标记能可靠地用于“蜀杂9号”杂种纯度的检测。     

利用RAPD分子标记分析玉米种质遗传多样性

以RAPD分子标记技术对玉米的10个品种的全基因组DNA进行PCR扩增,再用Popgene32软件和SPSS13.0软件分析扩增结果,研究10个玉米的种质资源遗传关系。结果表明:(1)所选20个引物可扩增出214条RAPD条带;(2)所选引物扩增条带的多态性比率为86.4%,RAPD分子标记扩增10个玉米品种间的相似性系数分别在0.316￣0.654之间;(3)用RAPD-PCR扩增条带的分析结果建立了遗传相关系数矩阵、构建了分子树状图、可将10个玉米品种分为3个类群;(4)RAPD分子标记适合于构建玉米的DNA指纹图谱,进行品种鉴定和遗传分析。