杨树Genomic-SSR与EST-SSR分子标记遗传差异性分析

利用16个杨树无性系对Genomic-SSR和EST-SSR两种SSR标记的遗传差异性进行分析。统计分析结果表明,Genomic-SSR平均检测到的等位基因数为4.1、Shannon指数为1.0646、观测杂合度为0.4427、期望杂合度为0.5523;EST-SSR平均检测到的等位基因数为2.8、Shannon指数为0.6985、观测杂合度为0.2330、期望杂合度为0.4684。聚类分析结果显示,EST-SSR相对Genomic-SSR能更精准地鉴别基因型。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面EST-SSR与Genomic-SSR均具有显著的遗传差异性。通过对两种分子标记遗传差异的比较分析,可为合理利用SSR标记进行物种遗传多样性等相关研究提供依据。     

波尔山羊10个微卫星标记多态性分析

为了解波尔山羊群体的遗传多样性,选择了位于不同染色体上、具有较高多态性的10个微卫星标记对波尔山羊群体进行研究。结果表明:在BM1329等10个微卫星标记上共检测到145个等位基因,每个标记都检测到至少10个等位基因(平均每个标记检测出14.5个),有效等位基因数为6.4～14.9个,基因频率最高的是OarAE101标记的95 bp片段(0.239 1);10个微卫星标记的多态信息含量都在0.95以上,均为高度多态标记,遗传多样性丰富,其中BMS1591标记的多态信息含量最高,为0.995 5;各标记的观测杂合度在0.616 7～0.984 4之间,期望杂合度在0.8441～0.932 8之间,平均期望杂合度为0.894 0,属于高度杂合标记和高度杂合品种,遗传变异较大。     

两个罗氏沼虾种群的遗传多样性研究

为了解罗氏沼虾广东种群和广西种群的遗传多样性,指导罗氏沼虾的遗传育种工作,利用12个微卫星标记对罗氏沼虾广西和广东2个种群的遗传多样性进行了分析。结果表明,12个微卫星位点在2个罗氏沼虾种群中的扩增产物均具有多态性,共获得71个等位基因,每个位点平均等位基因数为5.92个。广西种群的平均有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、平均多态信息含量分别为3.9183、0.9505、0.7376、0.6558,广东种群的平均有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、平均多态信息含量分别为4.4374、0.9413、0.7609、0.6834,高于广西种群。结果表明,两个罗氏沼虾种群均具有较高的遗传多样性,具有较大的育种潜力。     

基于SSR分子标记的辽西地区驴群体遗传多样性分析

中国驴种质资源丰富,辽宁西部地区是中国重要的驴养殖区域,为了解辽宁西部地区驴群体的遗传多样性,该研究使用13个微卫星标记对辽西地区三个驴群体(即建平三粉驴、建平灰驴、阜蒙三粉驴)进行遗传多样性分析。通过统计3个群体的等位基因数、杂合度和多态信息含量,计算其遗传距离并构建NJ聚类树。结果表明,13个微卫星标记在3个群体中共检测出93个等位基因,平均多态信息含量为0.6036、平均有效等位基因数为3.3434、平均期望杂合度为0.6486;3个群体的平均等位基因数是5.3077~6.6920个,期望杂合度是0.6424~0.6508。根据遗传距离构建的NJ聚类树显示,3个群体分为两支:建平灰驴独立为一支,建平三粉驴和阜蒙三粉驴聚为一支。可见,3个群体遗传多样性处于高度多态性水平,且存在一定程度的遗传分化。     

基于微卫星标记的养殖施氏鲟亲鱼群体遗传多样性

为了解施氏鲟养殖场后备亲本的遗传背景,抑制种质资源退化,防止近交衰退,采用30对鲟属微卫星分子标记,分析施氏鲟后备亲鱼的遗传多样性,筛选出多态性微卫星标记引物。将筛选的引物进行荧光标记,对32尾后备亲鱼进行基因组DNA扩增,采用毛细管电泳进行基因分型,统计分析等位基因数、多态信息含量(PIC)等遗传多样性指标。结果表明:筛选出多态性微卫星标记13对基因,13个位点共扩增等位基因166个,平均等位基因数为12.77,平均有效等位基因数为8.03,等位基因频率为0.006 7~0.4314,平均期望杂合度为0.860 7,平均多态信息含量为0.844 9。初步表明,该亲鱼群体具有较高的遗传多样性。     

人工饲养蓝狐微卫星DNA的多态性

选取16个微卫星位点对5个蓝狐群体进行遗传多态性研究,利用PopGen32和MEGA4对5个群体的等位基因数、有效等位基因数、等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量等遗传参数进行了分析。结果表明:5个群体137个个体共计检出162个等位基因,每个位点等位基因数为4～13。位点多态信息含量为0.17～0.84,5个群体中3个群体为高度多态性,其余2个群体为中度多态。位点的观测杂合度为0.18～0.89,位点的期望杂合度为0.18～0.86,茂兴湖群体的杂合程度均高于其他4个种群。选取的16个微卫星位点均表现出较高的多态性,在蓝狐多样性分析中具有一定的有效性,可用于蓝狐遗传多样性的分析。     

济宁青山羊微卫星标记多态性分析

选择位于不同染色体上、具有较高多态性的12个微卫星标记,对济宁青山羊群体的遗传多样性进行研究。结果表明,CSRD247等12个微卫星标记共检测到97个等位基因,每个标记都检测到5个以上的等位基因,平均为8.08个,有效等位基因数为3.1957~6.2113个,基因频率最高的是CSRD247标记的235 bp片段(0.4583);12个微卫星标记多态信息含量(PIC)都在0.630以上,均为高度多态标记,遗传多样性丰富,其中SRCRSP5标记的多态信息含量(PIC)最高,为0.828,各标记的观测杂合度在0.4286~0.9048之间,期望杂合度在0.5981~0.8397之间,平均期望杂合度为0.7574,属于高度杂合标记和高度杂合品种,遗传变异大。本研究可为济宁青山羊品种的选种、选育及保种工作奠定基础。     

长江三角洲白山羊保种群体的SSR遗传多样性分析

长江三角洲白山羊是皮、肉、毛兼优的地方山羊品种。通过微卫星标记（SSR）对长江三角洲白山羊保种群体进行遗传多样性分析,可为种质资源保护和品种改良提供数据支持。选取30个SSR标记,采用PCR扩增和毛细管电泳技术检测海门山羊、崇明白山羊和崇明地区杂交白山羊的遗传多样性。对各群体不同位点和各位点不同基因型进行分析。海门山羊、崇明白山羊和崇明地区杂交山羊群体中等位基因总数分别为205、191和147个,平均有效等位基因数（Ne）为4.012、3.812、3.092,平均期望杂合度（He）为0.683、0.668、0.617,平均观测杂合度（Ho）为0.726、0.691、0.633,平均多态信息含量（PIC）为0.647、0.630、0.567。三个群体的平均近交系数（Fis）为0.011 0,平均遗传分化系数（Fst）为0.050 7,平均基因流（Nm）为4.680 6。杂交山羊和崇明白山羊的遗传距离较近,和海门山羊遗传距离较远。系统进化树聚类分析表明,崇明白山羊与崇明杂交山羊聚为一类。两个纯种长江三角洲白山羊群体和杂交群体均表现出较高的杂合度、多态性和遗传变异;两个保种群体为中度遗传分化,近亲繁殖率低,存在基因交流,可用于种质资源的保存和利用。     

滩羊八个微卫星位点的遗传多样性分析

选取了8个微卫星位点对甘肃滩羊群体遗传多样性进行检测,计算了等位基因频率、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量.结果表明:位点OarFCB128的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最高(Ne=10.26,H=0.902,PIC=0.885);位点MCM38的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最低(Ne=6.18,H=0.838,PIC=0.809);8个微卫星位点在滩羊群体中多态性丰富.表明滩羊群体的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,所选微卫星位点可用于滩羊遗传多样性评估.     

利用欧榛SSR标记分析榛属亲缘关系的研究

利用54对欧榛SSR引物,对榛属12个种、平欧杂交榛及平平欧杂交榛共64份榛属资源进行了遗传多样性及亲缘关系分析。结果表明,欧榛遗传变异丰富,64份榛属资源18对SSR引物在欧榛10个样本中共检测到95个等位基因,每个位点的等位基因数2～10个,观测杂合度值(Ho)和期望杂合度值(He)的变化范围分别为0.214～0.816和0.348～0.800。聚类分析结果显示,64份榛属种质可划分为6组,平榛与欧榛亲缘关系最近。由此可知,欧榛SSR标记是榛属植物资源遗传分析的有力工具,为平榛资源的遗传改良在分子水平上提供了理论依据和基础。     

基于SSR标记的楸树遗传多样性及核心种质构建

利用SSR标记对192个楸树种质资源进行遗传多样性和亲缘关系研究。试验筛选出13对引物对192份供试材料进行扩增,共获得89个等位基因位点,有效等位基因平均为3.795 9,Shannon’s多样性指数平均值为0.506 6;Nei’s遗传多样性平均值为0.667 7。用MEGA6.0软件对192份楸树材料进行遗传距离分析,通过聚类分析构建出供试材料楸树种质资源间的聚类图。利用SSR分子标记,采用多次聚类结合位点优先的取样策略,比较了样本数不同的4个核心样本群的等位基因数、有效等位基因数、Shannon’s指数和Nei’s遗传多样等参数,初步构建了192份楸树种质材料的46份核心种质。核心种质保留了初始种质23.96%的样品。     

广西邕宁普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)种群遗传多样性及核心种质构建研究

[目的]研究广西邕宁普通野生稻种群的遗传多样性和核心种质构建,为普通野生稻种群保护提供依据。[方法]从水稻12条染色体上均匀选取24对SSR标记对243份样本进行遗传多样性分析。[结果]结果表明,24对引物均表现出多态性,多态位点比率为100%;24个多态位点共检测出103个等位变异,平均等位基因数A为4.291 7,平均有效等位基因数E是2.511 2,平均期望杂合度He为0.573 2,平均多态信息含量PIC为0.572 0。根据聚类结果分析,从243份材料中筛选出31份核心种质,包含了24个SSR位点检测到的所有的遗传变异,其平均期望杂合度He是0.595 8,平均多态信息含量PIC是0.586 3,基本上可以代表广西邕宁普通野生稻种群的遗传多样性。[结论]广西邕宁普通野生稻资源具有丰富的遗传多样性,建议对该地区普通野生稻种群的遗传多样性进行重点保护和利用     

利用SSR标记构建板栗初级核心种质

为科学利用现有板栗种质资源并对其进行高效管理和保存。本研究利用简单重复序列(SSR)标记,采用非加权算数平均聚类法(UPGMA)对来自12个省(市或自治区)的279份板栗种质进行多次聚类抽样。聚类抽样时将2种遗传相似系数(SM系数和Dice系数)和2种取样方法(随机取样法和位点优先取样法)分别组合获得不同样本群,再比较不同样本群的有效等位基因数(Ne)、Nei’s多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I),研究构建板栗初级核心种质的适宜方法,并采用t检验和主坐标分析评价初级核心种质的代表性,结合表型特征对其进行确认。结果表明:应用位点优先取样法取得的种质比随机取样法具有更高的Ne、H和I;应用SM相似性系数构建的核心样本,其遗传多样性指标要优于Dice相似性系数;根据主坐标结合形态学指标分析,利用位点优先取样法和SM相似性系数经过3次聚类构建了68份板栗初级核心种质,保留了原种质24.37%的样品,Ne、H和I分别为1.539、0.329和0.502,均高于原种质各遗传多样性指标,能够较全面的代表整个板栗资源的遗传多样性。综上,基于SSR标记利用SM系数聚类,并结合位点优先取样法是构建板栗初级核心种质较适宜的方法。     

利用AFLP标记技术评价甘蓝型油菜的遗传多样性和亲缘关系

利用AFLP分子标记技术分析了25份甘蓝型油菜品种的遗传多样性.9对AFLP引物扩增出193条带,其中,73条呈多态性,多态性比率为38％.每对引物检测出的平均等位基因数为3.56,有效等位基因数为1.41.基因多样性、香农指数和遗传差异分别为0.25、0.62和0.39.在遗传相似系数0.66处,所有的甘蓝型油菜可分为3个类群,遗传相似系数表明,橄榄型油菜表现出丰富的遗传多样性.UPGMA聚类分析表明,品种间的亲缘关系与种质性状或来源关系不明显.     

利用SSR分子标记分析苎麻居群的取样策略

[目的]研究我国重要纤维植物苎麻的遗传多样性,确定苎麻居群的合理取样策略。[方法]以不同生境的5个居群为研究对象,每个居群分单株采集24株,分为4、8、12、16、20、24株6个取样梯度,利用8对SSR引物进行遗传多样性分析。[结果]①分布于不同生境的苎麻居群的等位基因数和遗传多样性指数各不同;②随着分析单位个体数目从4株增加到20株,各居群的多态位点数和遗传多样性指数均表现增大的趋势,但当分析单位的个体数目在加株以上时,多态位点数和遗传多样性指数基本不再发生变化;⑧当分析单位个体数目为20株时,各居群的多态住点数和遗传多样性指数分别包含了各自居群95％以上的遗传变异。[结论]在利用SSR技术进行苎麻居群遗传多样性研究中,以单个居群随机采集20株苎麻为最少分析单位个体数目。     

基于SSR标记的燕山板栗种质资源遗传多样性分析

利用筛选出的21对SSR引物对7个燕山板栗群体142份资源和1个太行山板栗群体9份资源进行遗传多样性分析,并构建不同群体的聚类树状图和主坐标分析图,旨在为燕山板栗种质资源的遗传背景明晰和创新利用提供依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2～6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量为0.614 5～0.972 3,平均0.866 8。8个板栗群体有效等位基因数Ne、Nei’s多样性指数H、Shannon’s信息指数I、总遗传多样性指数Ht、群体内遗传多样性指数Hs分别为1.457 8、0.309 9、0.468 0、0.306 2和0.291 2,说明燕山板栗群体的遗传多样性和变异度较高,其中遵化群体的多态性位点百分率最高,为97.18%,青龙和迁西群体次之,分别为95.77%和94.37%,表明遵化、迁西一带是燕山板栗资源遗传多样性最为丰富的区域。UPGMA聚类分析表明,迁西和宽城群体间的遗传相似性最大,亲缘关系最近;怀柔和邢台(太行山)群体间的遗传相似性最小,遗传差异较大。聚类分析图和主坐标分析图可将燕山板栗主产区青龙、迁西、宽城、兴隆、遵化和怀柔群体资源划为1类,而处于太行山区邢台群体为1类,说明燕山板栗和外来品种存在明显的差异,各群体的遗传关系和地理来源有一定关联性。     

微卫星标记对籼稻品种遗传多样性分析

从水稻全基因组12条染色体上的439对SSR引物中选取30对,对国内外的12个籼稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物中有29对具有多态性,多态性位点百分率为96.7%。这些多态性引物在12个材料中共扩增出137条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2～8个等位基因,平均4.7/位点。等位基因有效数(Ae)变幅为1～5.539,平均为3.47。多样性指数中,香浓多样性指数(I)为0～0.819,平均0.651;而Nei基因多样性指数变幅为0～1.907,平均1.3。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将12份材料分为2个类群,国内和国外两个群体。说明SSR标记在区分水稻品种的生态型及遗传多样性研究方面具有重要作用,进一步证实了SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型的有效手段     

甘肃地方桃种质资源的遗传多样性

为了解甘肃地方桃种质资源的遗传多样性，采用SSR引物对60个甘肃省地方桃品种或类型进行鉴定分析。结果表明：12对引物共扩增出55个条带，其中多态性条带42个，多态性位点百分率为76.53%；平均每对引物产生有效等位基因多态位点数3.25个；位点杂和度(H)为0.537 2～0.757 8，平均为0.647 4；香农指数（I）为0.636 5～1.321 5，平均为0.897 9。UPGMA聚类分析显示,60份材料的相似系数为0.025～0.950，平均为0.630，在相似系数0.675处聚为7个类群。表明甘肃地方桃品种遗传多样性丰富。聚类结果与形态学分类及地理起源基本一致。     

25个油棕SSR标记的开发及应用这些标记评估油棕资源的遗传多样性

应用NCBI网站上公布的EST序列,挖掘SSR位点,并根据SSR位点的侧翼序列设计引物,对18份油棕资源的DNA进行了PCR扩增,扩增结果显示,在72对引物的PCR扩增中,25对引物具有多态性特征,并且其杂合度在0.1049和0.6605之间,平均杂合度为0.4702,这暗示了这些标记具有中度的多样性。同时,应用这些有多态性的标记评估了这些油棕资源的遗传多样性和群体结构,分析结构显示:椰子研究所油棕资源圃的遗传多样性最为丰富,此外,聚类分析表明不同位置来源的油棕资源展现了显著的遗传差异。本研究开发的SSR标记将能被应用到油棕的遗传育种研究中。     

应用简化基因组技术对富民枳遗传多样性检测

富民枳是云南特有的极小种群野生植物,野生资源仅剩15株。通过二代测序技术,对其进行简化基因组测序,开发一批特异性高的单核苷酸多态性标记,分析天然种群和回归种群的遗传多样性。经过遗传变异检测,共获得SNP位点491 189个,通过样品最低测序深度>2,样品缺失率<0.5、次要基因型频率(MAF)>0.05筛选以后,得到有效SNP位点41 077个。基于过滤后的SNP,运用生物信息学分析方法,对富民枳完成了群体的遗传多样性分析,研究分析了富民枳天然种群和回归种群的私人等位基因数目、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)、核苷酸多样性(π)和平均近交系数(FIS)5个遗传多样性参数。结果表明,富民枳现存植株的遗传多样性较高,具有很高的遗传资源保存价值,但是回归种群的Ho值、He值、π值分别为0.398 3、0.291和0.330 6,分别仅是天然种群遗传多样性的87%、78%和73%,并未达到90%以上遗传多样性的标准。