长蛸ISSR-PCR优化反应体系的建立及优化研究

以长蛸DNA为模板,利用单因子试验分别对影响长蛸ISSR-PCR反应的DNA浓度、Taq DNA聚合酶、Mg2＋、dNTPs和引物的浓度进行了优化,并通过梯度PCR确定最适退火温度,最终确定长蛸最佳反应体系和PCR扩增程序为：25μL体系,其中包括Taq DNA聚合酶1.5 U,Mg2＋2 mmol/L,dNTPs 0.15 mmol/L,引物0.4μmol/L,DNA模板量约50 ng确立退火温度为52℃。利用所建立的ISSR-PCR反应体系,通过对24份野生长蛸样本的检验,获得了清晰、重复性好、多态性高的条带,研究结果对于把ISSR标记技术引入研究长蛸不同地理群体遗传多样性和遗传结构具有重要意义。     

菊芋ISSR-PCR反应体系的建立与优化

利用正交试验设计的方法,从Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度和Taq酶浓度4因素对菊芋ISSR-PCR反应体系进行优化分析,并在此基础上对模板DNA浓度及退火温度进行梯度检测。结果表明:菊芋20μl最佳反应体系包括10×PCR buffer,200μmol/L dNTP,0.5μmol/L引物,1.5 mmol/L Mg2+,1.0 U Taq DNA聚合酶和50 ng模板DNA。这一优化系统的建立,将为菊芋种质资源鉴定及遗传多样性的研究奠定基础。     

采用正交设计方法优化梨ISSR-PCR反应体系

采用正交设计的方法对梨ISSR-PCR反应体系的5因素(Taq DNA聚合酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs、引物的浓度)在4水平上进行优化试验,PCR结果用DPS数据处理软件分析,建立的梨ISSR-PCR的最佳反应体系(20μL)为:Taq DNA聚合酶1.0U、M2+的浓度2.0mmol·L-1、模板DNA 10～80 ng、dNTPs 0.10mmol·L-1、引物0.3 μmol·L-1.对梨ISSR-PCR最佳反应体系进行了梯度退火试验,得到的最佳退火温度为55℃.     

油茶SSR-PCR反应体系的优化研究

[目的]优化油茶（Camellia oleifera）SSR-PCR反应体系。[方法]应用改良CTAB法提取油茶基因组DNA,采用L16（45）正交设计试验,对影响油茶SSR-PCR反应体系的5个因素（Taq聚合酶浓度、模板浓度、dNTPs浓度、引物浓度和Mg2＋浓度）在4水平上进行筛选。PCR结果经统计分析软件DPS分析,并对退火温度进行了摸索,确立了油茶SSR-PCR的优化体系。[结果]油茶SSR-PCR的优化体系总体积为20μl,包括Taq聚合酶量为1.0 U/20μl,模板浓度75 ng/20μl,dNTPs浓度为0.15 mmol/L,引物浓度为0.40μmol/L,Mg2＋浓度为1.50 mmol/L,退火温度为50℃。[结论]该研究确定的优化体系可以为油茶资源遗传多样性分析奠定技术基础。     

香蕉ISSR反应体系的建立

以35份香蕉品种为材料,采用正交设计L25(56)对PCR反应中的DNA质量浓度、TaqDNA聚合酶用量、Mg2+浓度、引物浓度、退火温度及甲酰胺浓度等6个因素在5个水平上进行了优化试验.建立了稳定的、可重复的香蕉ISSR最佳反应体系和PCR扩增参数.确定在25μL的反应体系中,DNA模板质量浓度为0.8 ng/μL,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,dNTPs浓度为0.3 mmol/L,引物浓度为0.2μmol/L,Taq酶为1.25 U,退火温度为52℃.     

小麦SRAP-PCR体系的正交设计优化（摘要）

[目的]优化小麦SRAP-PCR技术体系。[方法]以小麦丰优68为试材,利用正交设计L16（45）对小麦SRAP-PCR反应体系中的5因素（Taq聚合酶、Mg2＋、模板DNA、dNTPs、引物）在4个水平上进行优化试验。[结果]不同因素对小麦SRAP反应体系影响的大小顺序为：Mg2＋〉Taq聚合酶〉dNTPs〉模板DNA〉引物;优化的小麦SRAP-PCR体系为：在20μl反应体系中,包括10×PCR buffer2.0μl、Mg2＋2.0mmol/L、Taq聚合酶2.0U、dNTPs0.2mmol/L、模板DNA40ng、引物0.6μmol/L。[结论]该优化体系为小麦资源SRAP遗传分析奠定了技术基础。     

长柱金丝桃ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为筛选可用于长柱金丝桃遗传分析的最适ISSR-PCR反应体系,采用正交试验对影响ISSR-PCR反应的5个重要因素(Taq DNA聚合酶、dNTPs、Mg~(2+)、引物和模板DNA浓度)进行4水平正交优化,并对退火温度、循环次数进行筛选。结果表明,20μL ISSR-PCR最佳反应体系包括Taq DNA聚合酶1.0 U、dNTPs 0.2 mmol·L-1、Mg2+3.0 mmol·L~(-1)、引物0.4μmol·L~(-1)、DNA模板40 ng,对ISSR-PCR反应的影响程度由大到小为:Taq DNA聚合酶、引物、Mg2+、dNTPs、DNA模板;引物UBC822的最佳退火温度52.7℃,最佳循环次数41,利用优化的反应体系从61条引物中筛选出12条稳定性好、多态性高的引物,验证试验表明优化的反应体系具有较高的稳定性。     

沙地云杉ISSR-PCR反应体系的初步优化

以沙地云杉叶基因组DNA为材料,采用单因素试验方法对ISSR-PCR体系中的主要成分Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物浓度、退火温度进行筛选,建立并优化沙地ISSR-PCR反应体系。结果表明,UBC835是最适引物,适宜退火温度为50℃。沙地云杉ISSR-PCR分析的最适反应体系(20μL PCR反应体系)为:2.0 mmol/L Mg2+、1.0 U/μL Taq DNA聚合酶、0.25 mmol/L dNTPs、0.25μmol/L引物、50 ng/μL模板DNA。PCR扩增程序:94℃预变性4 min;94℃变性45 s,50℃退火45 s,72℃延伸2 min,40个循环;72℃延伸7 min,4℃保存。     

大白菜InDel-PCR反应体系的优化

采用CTAB法提取大白菜基因组DNA,利用单因素试验对InDel-PCR反应体系中的dNTPs浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量、模板DNA用量、引物浓度、退火温度、三温循环时间等7个因素进行筛选和优化。结果表明,适用于大白菜InDel-PCR分析的最佳扩增条件为(20μL):dNTPs 0.1mmol/L、Mg2+1.5mmol/L、Taq DNA聚合酶0.4U、模板DNA 105ng、引物浓度0.4μmol/L、退火温度50℃、三温循环时间30s-30s-45s。该体系可用于大白菜遗传多样性分析及遗传图谱构建。     

玉米自交系SSR技术反应体系的优化

以玉米自交系为材料,研究了PCR反应体系的Mg(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度、模板DNA浓度及退火温度对玉米自交系SSR扩增结果的影响,确定适合玉米自交系SSR分子标记研究的优化体系.最终确定总反应体系为20μmol/L,Mg(2+)浓度3.0mmol/L、dNTPs 0.1mmol/L、引物0.45μmol/L、Taq DNA聚合酶0.4U、模板DNA 50ng.PCR扩增条件:94℃预变性5 min;94℃ 45s,56℃ 45s,72℃ 1 min,35个循环;最后72℃5 min.     

棉花DNA提取及优化SSR反应体系的建立和应用

对棉花DNA提取程序和SSR反应体系进行了研究。利用正交设计对模板DNA、引物、Taq酶和Mg^2＋浓度4种成分以3个梯度进行优化和选择,结果表明,最优反应体系为15μL,其中含有：10×Taq buffer 1．5μL、Mg^2＋（25mmol／μL）1．5肛L、dNTPs（25mmol／μL）2．0μL、引物（20pmol／μL）各2．0μL、Taq酶（2．0U／μL）0．15μL、DNA模板（25ng）3．0μL、ddH2O补至15μL。采用建立的反应体系,利用8对引物对3个品种进行扩增,6％的变性聚丙烯酰氨凝胶电泳检测结果显示该体系扩增结果清晰稳定。     

水稻SSR－PCR的反应体系优化及RIL亲本间多态性引物筛选

[目的]为比较三组概率分析法和传统 QTL定位法,建立高效稳定的 SSR扩增技术体系,筛选出在双亲间具有多态性的引物。[方法]本研究利用水稻Ⅱ-32B和特青两个亲本对605对均匀分布于12条染色体的 SSR引物的扩增情况进行了初步筛选,并研究了其扩增多态性和最优 SSR-PCR反应体系[结果]结果表明：适宜水稻的 SSR-PCR反应体系（10μl）为10×Buffer 2μl,Mg2＋终浓度2.0 mmol/L, dNTP 终浓度0.5 mmol/L,引物终浓度1.0μmol/L,DNA模板1μl,Taq DNA聚合酶0.15 U。从分布于全基因组的 SSR引物中筛选出142对在双亲间具有多态性的引物。[结论]为完成后续的QTL定位研究奠定良好的基础。     

北五味子RAPD-PCR反应条件优化

以采自吉林省汪清地区野生北五味子叶片为材料,提取其基因组DNA,并以此为模板进行北五味子RAPD—PCR反应条件的优化．结果表明,PCR反应混合液为：25μLPCR反应体系中加入20ng模板DNA,200μmol／LdNTPs,0．3μmol／L引物,2．0mmol／LMg^2＋,1UTaqDNA聚合酶,2．5μL 10×Buffer;PCR反应程序为：94℃预变性5min后,在94℃变性1rain,40℃退火1min,72℃延伸2min,共40个循环后,在72℃下最后延伸5min时,在不同引物中均扩增出清晰而稳定的DNA电泳谱带．     

辣椒SRAP-PCR反应体系优化及杂交群体多态性引物筛选

[目的]对辣椒SRAP反应体系进行研究和优化,并利用优化体系对164对多态性引物进行筛选。[方法]采用单因素随机试验设计和L25(65)正交试验设计对辣椒SRAP反应体系中6种关键因素(退火温度、Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA)进行体系优化,并以"泡椒"×"青皮大椒"的亲本和F1代为材料,利用聚丙烯胺酰胺凝胶进行筛选。[结果]辣椒SRAP-PCR的最佳反应体系为:退火温度35.5℃,Taq DNA聚合酶1.0 U,模板DNA 2.25 ng/μl,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.4μmoL/L,Mg2+2 mmol/L,总体积为20μl。利用该体系,从164对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富、条带稳定的31对引物组合。[结论]该体系的建立与多态性引物组合的筛选为SRAP标记技术在辣椒育种中的应用奠定了基础。     

利用单因子和正交设计双重实验法优化鹧鸪茶RAPD-PCR反应体系

为了建立鹧鸪茶RAPD-PCR的优化反应体系,首先通过单因素试验选定其各影响因子比较适宜的浓度范围,再利用正交试验设计方法,对影响鹧鸪茶RAPD-PCR反应的5种因素进行四水平优化试验。并运用SAS软件对试验结果进行了分析,最后确定优化的RAPD-PCR反应体系为：10×Buffer缓冲液2.5 μL+Mg2+ 2.5 mmol/L + dNTPs 0.2 mmol/L + TaqDNA聚合酶1.5 U + S28引物0.48 mmol/L + 80 ng模板,定容至25 μL。PCR扩增程序为：94℃预变性4 min,然后按94℃变性30 s,38℃退火45 s,72℃延伸120 s,进行45个循环,最后72℃延伸10 min;16℃保存。该优化的RAPD-PCR反应体系具有良好的稳定性和重现性,可应用于鹧鸪茶不同居群间亲缘关系和遗传多样性分析。     

青海云杉ISSR-PCR反应体系的建立与优化

[目的]确定适应青海云杉ISSR-PCR反应的最佳反应体系。[方法]以青海云杉（Picea crassifolia kom.）为材料,对影响其ISSR—PCR扩增结果的各因素（Mg^2＋、dNTPs、TaqDNA聚合酶、模板DNA、引物、退火温度）进行筛选和优化。[结果]青海云杉ISSR—PCR最佳反应体系为在20山反应体系中包含1μl 10×buffer,1．5mmol／L的Mg^2＋ 0．2mmol／L的dNTPs,TaqDNA聚合酶1．0U,模板DNA 40ng,引物0．6μmol／L。对青海云杉ISSR-PCR最佳反应体系的退火温度进行梯度试验发现,引物UBC818的最适退火温度为54．2℃,且最适退火温度因引物而异。[结论]该优化ISSR．PCR反应体系的建立,为今后利用ISSR技术进行青海云杉种质资源分类、遗传图谱构建和基因定位奠定了技术基础。     

假臭草EST-SSRs标记的开发

从NCBI的dbEST数据库中下载假臭草同族植物的EST序列,经EST序列处理及SSR位点查询,首次设计了27对假臭草EST-SSRs引物,以海南省文昌市假臭草DNA为模板,采用单因素和L16(45)正交试验对其EST-SSRs PCR反应体系进行优化。建立了假臭草EST-SSRs最佳20μLPCR反应体系:Mg2+浓度为2.75 mmol/L,模板DNA用量为35 ng,Tag DNA聚合酶为2.25 U,dNTPs浓度为0.3 mmol/L,引物浓度为0.6μmmol/L。并用14个不同来源的假臭草样本对其体系进行验证实验,结果均能获得稳定的、清晰明亮的扩增谱带。假臭草EST-SSRs标记的开发为深入研究其遗传多样性提供了基础。     

光皮桦EST-SSRPCR反应体系的优化

为获得稳定的聚合酶链式反应（PCR）产物,采用正交设计L25（56）对光皮桦Betula luminifera表达序列标签一简单重复序列聚合酶链式反应（EST-SSR PCR）反应体系中的5个因素：DNA模板浓度,引物浓度,镁离子（Mg2＋）浓度．三磷酸碱基脱氧核苷酸（dNTPs）浓度和DNA聚合酶量进行优化,每个因素设计5个水平。优化试验结果表明：光皮桦EST-SSR最佳PCR反应体系：4．0mg·L-1DNA模板,0．500μmol·L-1引物,1．250mmol·L-1Mg2＋,0．250mm01·L-1dNTPs．0．0725×16．67mkat·L-1 rTaq酶。通过梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度。对优化出的EST—SSRPCR反应体系进行稳定性检测．结果均能获得稳定、清晰可辨的DNA谱带。图6表3参15     

云南松胚乳DNA提取与ISSR-PCR反应体系的建立

以云南松胚乳为试验材料,用改进的SDS法进行DNA的提取,并对其纯度、浓度及产率进行检测,结果表明：DNA扩增效果良好,完全能满足进一步试验的需要 采用单因子试验分析法分别研究模板DNA浓度、引物浓度、Mg2＋浓度、TaqDNA聚合酶用量、dNTP浓度、退火温度对反应体系的影响,建立并优化云南松ISSR-PCR 20μL反应体系：buffer（10 mmol/L Tris-HCl,50 mmol/L KCl,0.1%Triton X-100 pH 9.0）,0.3μmol/L引物,1.5 m mol/L MgCl2,0.5 U TaqDNA聚合酶,0.2 mmol/L dNTPs,30 ng模板DNA,引物（GA）8的最适退火温度为52.5℃。