江西铅山红芽芋和青秆芋的转录组比较分析

为探究江西铅山红芽芋和江西铅山青秆芋之间的分子差异,以江西铅山红芽芋(HYY组)和江西铅山青秆芋(QGY组)的试管苗为试验材料进行转录组分析。结果表明:HYY组Clean reads为41 298 676,GC含量为53.09%;QGY组Clean reads为45 551 860,GC含量为51.17%。HYY组和QGY组表达量FPKM的对数值在0～2,表达量密度在0～0.7。HYY组和QGY组表达的共有基因数为14 038,HYY组单独表达的基因数为17 843,QGY组单独表达的基因数为18 634。HYY组和QGY组表达量的相关系数为0.035,样本间相关性较差。HYY组和QGY组共产生差异表达基因32 555个,与QGY组比较,HYY组上调基因15 887,下调基因16 668。GO富集分析显示,差异基因主要注释到多糖代谢过程、基因沉默、果胶分解代谢过程、碳水化合物代谢过程、生长素激活的信号通路、细胞外区、膜的固有成分、膜的组成成分、膜部件、凋亡细胞、作用于糖基键水解酶活性,水解O-糖基化合物的水解酶活性、蛋白质二聚活性、DNA结合、氧化还原酶活性对二酚及其相关物质的作用等功能。KEGG富集分析显示,差异基因主要注释到植物激素信号转导、植物病原相互作用、半胱氨酸与蛋氨酸代谢、苯丙酸生物合成、皮质醇合成与分泌、过氧化物酶体、植物MAPK信号途径、不匹配修复、淀粉和蔗糖代谢、硫代谢、戊糖和葡萄糖醛酸相互转化、C型凝集素受体信号通路、甘油酯代谢、不饱和脂肪酸的生物合成、α-亚麻酸代谢、二萜生物合成、类黄酮生物合成、脂肪酸延长、光合作用、吲哚生物碱生物合成等途径。     

江西铅山红芽芋抗病蛋白基因克隆和表达分析

对江西铅山红芽芋抗病蛋白基因进行克隆和表达分析，以期为解析江西铅山红芽芋的抗病机制奠定基础，同时为江西铅山红芽芋的遗传改良提供候选基因。通过江西铅山红芽芋试管苗转录组数据库筛选到江西铅山红芽芋抗病蛋白基因的核心片段，利用RT-PCR技术克隆江西铅山红芽芋抗病蛋白基因，并用生物信息学方法和实时定量PCR进行序列分析和器官表达分析。结果表明，江西铅山红芽芋抗病蛋白基因cDNA总长度为264 bp, G+C含量为46.59%;江西铅山红芽芋抗病蛋白由88个氨基酸组成，分子量为10 116.53 u,等电点为6.42,为亲水性蛋白；二级结构由α-螺旋(23.68%)、β-片层(14.77%)、无规则卷曲(61.36%)构成；三级结构为单体；江西铅山红芽芋抗病蛋白主要存在于叶绿体和细胞核中；江西铅山红芽芋抗病蛋白在进化上与芋(Colocasia esculenta)的亲缘关系较近，尤其是与芋的hypothetical peotein Taro＿046555(MQM13626.1)、hypothetical peotein Taro＿046554(MQM13625.1)和hypothetical ...     

江西铅山红芽芋TIFY9基因克隆与功能分析

为了深入探究江西铅山红芽芋TIFY 9基因的功能,通过江西铅山红芽芋试管苗转录组数据库筛选到江西铅山红芽芋TIFY 9基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆该基因,并采用生物信息学方法、转基因瞬时表达和实时定量PCR进行序列分析、亚细胞定位、器官表达分析和功能分析.结果表明:江西铅山红芽芋TIFY 9基因cDNA总长...     

江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗的离体保存

以江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗为试验材料,从温度、培养基养分水平、培养基物理状态、渗透压调节剂、生长抑制剂、活性炭等方面对铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗进行离体保存,从DNA分子标记、气孔参数、光合参数和叶绿素荧光参数等方面衡量江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存后的遗传稳定性,并对江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存后相关基因表达水平进行qRT-PCR检测.结果表明,5℃低温、1 mg/L多效唑(PP333)、18 g/L蔗糖、0.6 g/L琼脂、1/8 MS、2 g/L活性炭、20 g/L甘露醇、0.5 mg/L脱落酸均有利于江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗的离体保存,并且可以显著提高其离体保存过程中蔗糖合成酶、超氧化物歧化酶[Cu-Zn]、过氧化物酶、多胺氧化酶、衰老相关半胱氨酸蛋白酶、L-抗坏血酸氧化酶等基因的表达水平.与常温继代苗对照组相比,江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存后复苏苗经SSR检测,电泳峰型一致,遗传距离为0,遗传相似系数为1,可以聚为一类;铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存后复苏苗和常温继代苗对照组的气孔长径、短径、周长、气孔数量、气孔密度、净光合速率(Pn)、气孔导度(Gs)、细胞间CO2浓度(Ci)、蒸腾速率(Tr)、实际光化学效率ΦPSⅡ、捕获激发能效率Fv′/Fm′、光化学猝灭系数(qP)、非光化学猝灭系数NPQ均无显著差异.由此可见,铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存可以保证其种质遗传稳定性.     

卵形鲳鲹卵巢不同发育时期的转录组测序分析

【目的】鉴定筛选出与卵形鲳鲹卵巢发育相关的候选基因及信号通路,为揭示其卵巢性成熟过程的分子机制打下基础。【方法】挑选卵巢发育处于?期和Ш期的雌性卵形鲳鲹,分别构建卵形鲳鲹卵巢?期和Ш期的cDNA文库,采用Illumina HiSeqTM 2500进行转录组测序,经过滤、质量控制及拼接组装后获得的Unigenes在七大数据库（Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot、KEGG和GO）中进行比对;通过FPKM及DEGseq筛选出差异表达基因,以GOseq和KOBAS对差异表达基因分别进行功能注释及信号通路富集分析,并采用MISA和GATK3进行SSR鉴定及SNP分析。【结果】卵形鲳鲹卵巢组织转录组测序获得的325156432条Raw reads,经过滤筛选得到317206752条Clean reads,拼接组装后得到59554条Unigenes;69.65%的Unigenes在Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot、KEGG和GO等七大数据库中注释成功,其中有24599条Unigenes被注释到GO数据库,15997条Unigenes被注释到KEGG数据库。在卵形鲳鲹卵巢组织的2个发育时期共鉴定获得56115个基因,经差异表达分析后获得17737个差异基因,其中8169个基因在卵巢Ш期上调表达、9568个基因在卵巢Ш期下调表达。GO功能注释分析发现,卵形鲳鲹卵巢差异表达基因主要注释在细胞过程、氮化合物代谢过程、初级代谢过程、核、核部分、离子结合及水解酶活性等条目上;而KEGG信号通路富集分析结果显示,17737个差异表达基因显著富集在318条代谢途径上,其中前20条KEGG信号通路包括2-氧代羧酸代谢、PI3K-Akt信号通路、甲状腺激素信号通路、磷脂酶D信号通路、Fc εRI信号通路和细胞周期等。卵形鲳鲹卵巢转录组（59554条Unigenes）中共存在30133个SSRs和82490个SNPs。【结论】GnRHR、FSHR、FSHβ、CYP11A、SIRT3和PEG3等差异表达基因及PI3K-Akt信号通路和VEGF信号通路等与卵形鲳鲹卵巢的发育密切相关,共同调节卵巢的发育与成熟,在卵巢性成熟过程中发挥重要作用。     

山麻鸭开产期和产蛋高峰期卵巢组织转录组分析

【目的】探明山麻鸭开产期和产蛋高峰期卵巢组织的转录组差异,丰富蛋鸭转录组数据信息。【方法】选取6份山麻鸭卵巢组织样品（开产期和产蛋高峰期各3份）,利用Illumina HiSeq^TM 2000进行高通量测序,构建山麻鸭开产期和产蛋高峰期卵巢组织转录组文库,并用测序评估、基因功能注释等生物信息学方法进行分析。【结果】经过测序获得质量不低于20的碱基比例（Q20）均高于93%;开产期获得了43 489 798条reads,4 380 847 061 bp数据量;高峰期获得了42 782 676条reads,4 307 499 083 bp数据量;分别有70.92%和72.70%的reads能比对到鸭参考基因组序列上。对开产期与产蛋高峰期转录组进行比较,发现开产期有26 808个表达基因,产蛋高峰期有27 013个表达基因,与开产期为参考,在高峰期卵巢组织中共获得1 929个差异表达基因,其中上调基因989个,下调基因940个;进一步将这些差异基因在Nr数据库进行注释,发现获得注释的基因有1 423个,其中上调基因695个,下调基因728个;COG功能注释分析发现这些差异表达基因共获得663个功能注释,涉及25个功能分类;GO 功能注释分析表明,有1 122个基因获得GO 功能注释,可以分为61个功能分类,这些分类主要涉及到分子绑定、催化活性、细胞过程、生物调节等诸多生理生化过程,其中涉及到发育繁殖生物学过程的相关注释基因有406个;KEGG分析发现共有425个基因注释到160个代谢通路中,其中GnRH信号通路、GPI-anchor生物合成、TGF-β信号通路、核糖体生物合成等通路显著富集。GnRH信号通路和TGF-β信号通路在卵巢的生理生殖活动发挥了重要作用,而GPI-anchor生物合成和核糖体生物合成,这两类代谢通路在卵巢生理生殖活动的作用尚不明确。【结论】利用高通量测序技术对山麻鸭开产期和产蛋高峰期卵巢组织的转录组进行测序和分析,揭示了山麻鸭不同生理状态下卵巢组织差异表达基因的数量,获得了差异表达基因的功能、分类和代谢通路。为丰富蛋鸭卵巢组织转录组信息,为开展蛋鸭产蛋性状相关基因的研究及分子调控机制研究奠定基础。     

怀玉山三叶青2个栽培种块根的转录组分析

【目的】筛选怀玉山三叶青2个栽培种:怀玉1号(HY1组)和怀玉2号(HY2组)与黄酮类化合物合成相关差异表达基因。【方法】以怀玉山三叶青怀玉1号(HY1组)和怀玉2号(HY2组)的块根为试验材料进行转录组分析。【结果】HY1组和HY2组的Clean reads分别为42 311 662和41 411 202。2组样品Q30碱基百分比均不小于95.75%。HY1组和HY2组的转录因子家族多为MYB-superfamily、 bHLH、 AP2/ERF、 NAC、 C2C2、 WRKY等。HY1组和HY2组表达量FPKM的对数值在0-2。HY1组和HY2组表达量密度在0-0.7。HY1组和HY2组表达的共有基因数为22 367,HY1组单独表达的基因数为18 196,HY2组单独表达的基因数为8 137。HY1组和HY2组表达量的相关系数为0.913,样本间相关性好。HY1组和HY2组共产生差异表达基因12 199个。与HY1组比较,HY2组上调基因数为3 551,下调基因数为8 648。GO富集分析显示,差异基因主要注释到光合作用光系统I光捕获、光合作用捕获、叶绿素代谢过程、蛋白质发色团连锁、前体代谢产物和能量的产生、叶绿素生物合成过程、氧化应激反应、α-氨基酸代谢过程、光合作用、质体小叶、光系统Ⅰ、光系统Ⅱ、质体类核仁、光系统、叶绿素结合、单加氧酶活性、铁离子结合、血红素结合、裂解酶活性功能。KEGG富集分析显示,差异基因主要注释到光合作用-天线蛋白、核糖体、乙醛酸和二元酸代谢、苯丙酸生物合成、二苯乙烯类、二芳基庚烷类和姜辣素的生物合成、类黄酮生物合成、光合作用、光合生物的固碳作用、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢、植物激素信号转导、谷胱甘肽代谢、丙酮酸代谢、苯丙氨酸代谢、植物昼夜节律、黄酮和黄酮醇的生物合成、半胱氨酸与蛋氨酸代谢、氰胺酸代谢、类胡萝卜素生物合成、α-亚麻酸代谢、卟啉与叶绿素代谢等代谢途径。【结论】与黄酮类化合物相关差异表达基因如芪合酶(stilbenesynthase)、无色花色素双加氧酶(leucoanthocyanidindioxygenase)、查尔酮异构酶蛋白(CHI protein)、查尔酮合酶2(chalcone synthase 2)、黄烷酮3-羟化酶(flavanone 3-hydroxylase)、无色花色素还原酶(1leucoanthocyanidin reductase 1)、类黄酮3'-羟化酶(flavonoid 3'-hydroxylase)基因在怀玉2号(HY2组)块根中上调,而查尔酮合酶(chalcone synthase)、黄酮醇合酶(flavonol synthase)、类黄酮3',5'-甲基转移酶(flavonoid 3', 5'-methyltransferase)基因在怀玉2号(HY2组)块根中下调,导致怀玉山三叶青怀玉1号(HY1组)和怀玉2号(HY2组)块根总黄酮含量的差异。     

基于RNA-Seq技术的黄连根茎与须根转录组分析

采用RNA-Seq技术，对黄连根茎与须根进行转录组分析，经过trinity软件组装得到130 592条Unigenes，平均长度为700 bp，其中68 976条Unigenes在NR、GO、KEGG、eggNOG、Swiss-Prot和Pfam数据库获得基因注释信息，仅占全部Unigenes的52.82%。39 572个Unigene被注释到GO数据库的生物学进程、细胞组分和分子功能三大类的52个小类中；参与KEGG的5大类代谢通路，34个代谢路径，共搜索到24 999个SSR位点，单核苷酸、两核苷酸和三核苷酸为黄连根部SSR的主要重复基序。黄连根茎与须根的差异表达基因有13 496个，在黄连须根中上调的差异基因有8 375个，下调的有5 121个。两者差异基因GO富集分析表明，跟次生代谢相关进程的前5项为次生代谢进程、次生代谢物生物合成过程、生物碱代谢过程、异喹啉生物碱生物合成过程和异喹啉生物碱代谢过程。在细胞组分分类中，膜结构、细胞壁和外封装结构为差异基因富集的前三；在分子功能分类中，跟氧化还原酶活性相关条目占差异基因富集显著的前四。在KEGG数据库中，共有3 749个差异基因定位到125个代谢途径中，其中，24个差异基因注释到异喹啉生物碱生物合成，在关联的8条KEGG通路中，筛选得到11个关键酶基因；同时，有39个差异基因注释到络氨酸代谢途径中，在关联的21条KEGG通路中，筛选得到10种关键酶基因。黄连根部转录组数据的获得为研究黄连异喹啉类生物碱的合成及黄连根茎与须根代谢差异奠定了基础。     

凡纳滨对虾转录组测序分析及肌肉生长发育相关基因的筛选

【目的】筛选出凡纳滨对虾生长发育的功能基因及代谢调控网络,揭示其生长发育的分子机制,为后续开展凡纳滨对虾分子生物学研究提供宝贵的基因数据来源。【方法】以快速生长群体和慢速生长群体的凡纳滨对虾肌肉组织为研究材料,通过Illumina HiSeqTM2500平台对构建的cDNA文库进行高通量测序分析,以StringTie进行拼接组装后利用DESeq2筛选差异表达基因,并基于KOG、GO、nr、COG、Swiss-Pro、KEGG和Pfam等数据库进行差异表达基因功能注释分析。【结果】经拼接组装共获得53458844条Clean reads,各样品Clean reads的Q30均在93.00%以上;Illumina测序获得的Clean reads与参考基因组的比对效率在87.75%~87.80%,说明转录组测序数据真实可靠。采用SnpEff进行SNP/InDel变异注释分析,结果显示,SNP位点中以A>G、G>A、C>T和T>C等4种类型的数量较多（14950~21562个）,InDel位点则以SYNONYMOUS_CODING的数量最多（33630个）。使用StringTie对Mapped reads（比对到参考基因组的Reads）进行拼接,共发掘到4607个新基因,分别输入COG、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG和nr数据库中进行序列比对,最终发现共有1098个新基因被注释,以被nr数据库注释的新基因数量最多（1077个）,而被COG数据库注释的新基因数量最少（416个）。基于Q-value<0.05且Fold Change>2的筛选条件,共获得1408个差异表达基因（661个为显著上调表达基因,747个为显著下调表达基因）;1408个差异表达基因被注释到53个GO功能条目中,其中,22条被注释到生物学过程（Biological process）,16条被注释到细胞组分（Cellular component）,15条被注释到分子功能（Molecular function）;KEGG信号通路富集分析发现3条重要的信号通路,分别是溶酶体通路（Lysosome）、氨基糖和核苷酸糖新陈代谢（Amino sugar and nucleotide sugar metabolism）及鞘脂类代谢（Sphingolipid metabolism）。在溶酶体通路中,CTSL基因、Nramp基因、MyoG基因和Myf5基因在凡纳滨对虾快速生长群体肌肉组织中呈上调表达,而Trypsin基因呈下调表达。【结论】通过转录组测序分析从快速生长群体和慢速生长群体的凡纳滨对虾肌肉组织中筛选出1408个差异表达基因（661个为显著上调表达基因,747个为显著下调表达基因）,主要富集在溶酶体、氨基糖和核苷酸糖新陈代谢及鞘脂类代谢等通路上,在对虾肌肉生长发育过程中发挥重要作用。     

偏肿革裥菌降解木质素关键基因挖掘

通过对白腐菌偏肿革裥菌(Lenzites gibbosa)在木质和非木质环境下的转录组进行测序,从而预测和筛选出L.gibbosa与木材降解有关的基因。采用高通量测序技术对木屑和非木屑处理条件下的菌丝样本进行转录组测序。利用eggNOG、GO等数据库注释方法对转录本进行比较分析,预测和筛选出L.gibbosa与木材降解有关的基因。L.gibbosa转录组测序两组试验组分别设置3个生物学重复样本,共得到6个样本42.71 Gb Clean Data,各样品Clean Data平均达到7.11 Gb,各样品的Reads与参考基因组的比对效率在88.51～91.37%。差异表达分析得到差异表达基因1 120个,其中上调370个,下调750个。差异基因被注释到GO数据库的有493个,注释到eggNOG数据库的有857个。eggNOG分析表明,差异基因表达多聚集在翻译后修饰、蛋白质折叠、蛋白分子伴侣;碳水化合物的运输和代谢;能量产生和转化;次生代谢产物的生物合成、运输和分解代谢等功能分类下。GO分析表明,显著性富集与频率较高的生物过程是氧化还原过程、氧化还原酶活性和木质素代谢过程。L.gibbosa降解木材与木质素分解代谢过程(GO:0046274)、氧化还原过程(GO:0055114)和氧化还原酶活性(GO:0016491)等3个基因本体功能类目密切相关。根据基因功能注释的结果得到7个与白腐菌降解木质素相关的重要差异表达基因。     

红芽芋地膜覆盖高产栽培技术

利用周宁县特殊的山区地理环境条件，采用地膜覆盖栽培红芽芋，使其收获期提前，达到增产增收的效果。该文总结其配套高产栽培技术。     

芋芽继代培养中激素、水解乳蛋白、碳源的调节研究

在继代培养中,为提高芋组培苗的增殖效果,降低组培苗生产成本,获得健壮的芋头组培苗。实验从激素、水解乳蛋白、碳源三个方面研究了其对芋组培芽继代培养的调节作用。结果表明:BA 4.0 mg/L NAA 0.1~0.2 mg/L的激素配比有利于芋芽的增殖,但当NAA的浓度为0.1 mg/L时,可大大抑制多次继代后根的发生。不同浓度水解乳蛋白(LH)对芋芽的分化率无显著差异,但添加LH可提高芋芽的生长速度,当LH为500 mg/L时,芋苗最高。蔗糖、食用白糖、葡萄糖对芋芽的增殖和生根效果较好,麦芽糖稍差;从降低生产成本度考虑,可选用食用白糖作为芋芽继代培养的碳源。     

多子芋母芋不同芽位切块作种对后代生长的影响

多子芋母芋的顶芽和不同部位的腋芽在切块作种后 ,不同部位芽的发芽率、生长势、产量的构成性状分为 3个群体 ,3个群体的强弱趋势表现为 :第 1个群体 (顶芽 ) >第 3个群体 (第 6～ 9芽 ) >第2个群体 (第 2～ 5芽 )。所有性状的各处理间的差异均未达显著水平     

红芽芋超低温疗法脱毒苗基因组DNA甲基化的MSAP分析

对红芽芋超低温疗法脱毒苗的基因组DNA甲基化进行MSAP分析。结果表明,红芽芋超低温疗法脱毒苗总甲基化率提高10.27%,全甲基化率提高12.98%,但半甲基化率下降2.71%。红芽芋超低温疗法脱毒苗去甲基化模式和甲基化模式并存,但去甲基化模式高于甲基化模式,说明较多基因被激活。     

香芋加工系列产品研究

香芋是一种在中国南方分布较广的经济作物,介绍了香芋的营养价值、加工现状及产品种类,着重介绍了香芋脆片、香芋淀粉、全粉、香芋酸奶及速冻香芋的加工工艺,并展望了香芋深加工业的发展前景.     

贵紫麦1号籽粒色素形成相关基因的差异表达

【目的】探明贵紫麦1号小麦灌浆期变紫后和变紫前2个时期籽粒的转录组差异,发掘影响贵紫麦1号花青素合成的关键基因和关键酶,丰富小麦籽粒色素转录组数据信息,为转录因子的克隆及表达提供参考。【方法】利用Illumina Hiseq 2000TM高通量测序技术对贵紫麦1号籽粒变紫前和变紫后2个时期进行转录组测序、文库构建及建库质量评估,对测序结果进行信息学分析。采用TTM对read count数据进行标准化处理,随后用DEGseq进行差异分析,设定q-value＜0.005且|log2 (fold change)|＞1为阈值。通过筛选分析,获得两者间差异表达基因,按照无参转录组分析方法,对差异表达基因进行BLAST搜索,Nr数据库比对,GO功能富集及KEGG pathway分析,找出与花青素相关的关键基因和关键酶,并结合qRT-PCR验证所找到的关键基因及关键酶在不同时期的表达水平,掌握这些关键基因的信息。【结果】测序结果表明,贵紫麦1号变紫后和变紫前分别获得13.36 G和12.69 G的clean bases,clean reads为106 906 108条和101 547 534条,占原始序列的93.73%和94.90%。通过Trinity软件对所得clean reads进行拼接,共获得170 396条转录本,长度为119 020 625。拼接clean reads后获得119 572条Unigenes。在BLAST搜索中,119 572个高质量独特序列中有86 004条（71.92%）Unigenes与现有基因模型具有至少1个显著匹配。在Nr数据库比对结果鉴定了至少5种具有与来自节节麦、乌拉尔图小麦、二穗短柄草、大麦、小麦等已知基因同一性且序列相似性高的Unigenes。KOG数据库比对结果显示,注释成功的基因按KOG的26个group进行分类,注释在一般功能基因,蛋白质翻译后修饰与转运、分子伴侣及翻译、核糖体结构与生物合成等类别基因所占比重较大,分别为15.79%、14.51%和10.54%。643个差异基因中,236个呈上调趋势,407个呈下调趋势。GO注释表明,按照基因参与的生物过程、所处的细胞组分、具有的分子功能下一层级分类,共44个分类,差异基因显著富集在碳水化合物代谢过程（GO:0005975,16.03%）、应激反应(GO:0006950,10.83%)和水解酶活性分子功能(GO:0016787,34.84%)等类别中。KEGG pathway富集分析可知,353个差异基因富集到153条相关通路上,其中淀粉与蔗糖代谢、苯丙素生物合成、类黄酮生物合成等通路富集显著。类黄酮生物合成途径相关基因共66个,2条相关上调表达Unigenes,涉及查尔酮酶、隐色花色素双加氧酶2个关键酶基因,log2(fold change)分别为3.4164和2.1258。对所得关键基因进行qRT-PCR验证,证实查尔酮酶、隐色花色素双加氧酶在贵紫麦中1号中表达量呈明显上调趋势,与转录组测序分析结果一致,测序结果可靠度高。【结论】比较分析贵紫麦1号籽粒变紫后和变紫前2个时期转录组测序结果,获得大量Unigenes数据及差异表达基因相关信息,明确类黄酮代谢途径中2个关键酶基因（CHS和ANS）在调控贵紫麦1号籽粒花青素合成过程中作用显著。     

遮光性套袋对桃果实转录组的影响

【目的】探明遮光性套袋在桃果实上的转录组差异,丰富桃转录组数据信息。【方法】选取遮光性套袋与对照的桃果实样品,利用Illumina Hi Seq TM 2500进行高通量测序,构建桃果实转录组文库,并用测序评估、基因功能注释等生物信息学方法进行分析。【结果】经过测序获得16.62 Gb clean data测序数据,且碱基百分比(Q30)大于91%,遮光性套袋和对照2个桃果实样品分别获得65 300 730个reads和66 603 686个reads,分别有85.73%和84.60%的reads与桃参考基因组匹配。以无袋处理为参考,对转录组数据进行比较,遮光性套袋处理共获得1 963个差异表达基因,其中,下调基因708个,上调基因1 255个;在Nr数据库中对差异基因进一步进行注释,注释到1 957个基因,其中,下调基因有705个,上调基因有1 252个;COG功能注释分析发现这些差异表达基因共获得853个功能注释,涉及23个功能类别;在GO功能注释分析中,注释到1 609个基因,可以分为53个功能分类,这些分类主要涉及到分子结合、催化活性、细胞过程、生物调节等诸多生理生化过程;KEGG分析发现共有421个基因被注释到94个代谢通路中,其中,光合作用相关通路、类黄酮生物合成、核糖体生物合成等通路显著富集。光合作用通路和类黄酮生物合成通路在果实着色中发挥了重要作用,而核糖体生物合成代谢通路在果实成熟着色中的作用尚不明确。同时也进行了两组样品的果实品质检测,结果表明,遮光性套袋对桃果实的可溶性固形物及可溶性总糖产生显著性影响,可溶性固形物及可溶性总糖显著降低,而对于果实总酸的影响不大,在果实大小上几乎没有影响。【结论】在遮光性套袋处理状态下,获得一定数量的桃果实差异表达基因,光合作用通路和类黄酮生物合成通路基因在果实着色中发挥重要作用,遮光性套袋对桃果实的可溶性固形物及可溶性总糖产生显著性影响。     

小鼠中年期和老年期睾丸组织转录组分析

为丰富小鼠睾丸组织转录组研究领域的基础数据,对中年期(180日龄)和老年期(360日龄)小鼠睾丸组织进行转录组测序分析,在中、老年期分别获得25 187 980个和28 840 576个可用Reads,比对到参考基因组上的Reads分别有18 861 721和22 355 657个,占总读数的74.88%和77.51%,并检测到中、老年期小鼠睾丸组织中分别有17 770和18 073个基因表达。以中年期为对照,老年期睾丸组织中下调基因122个,上调基因185个,其中可清楚注释的基因共285个。GO分析发现285个差异表达被归纳到生物过程、细胞组分与分子功能3个大类的25个小类,主要涉及膜、氧化还原过程、转运蛋白活性、生殖发育及衰老等。KEGG分析发现差异表达基因涉及139个信号通路,主要代谢通路为信号转导、脂代谢、碳水化合物代谢、内分泌系统和神经系统等生物学机制。差异表达基因中RPKM1的有57个,其所涉及信号通路主要为脂代谢、固醇类激素生成、TNF信号通路、补体系统、胰岛素和溶酶体等。