部分肉牛类群CAPN1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性

通过研究部分肉牛类群CAPN1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉牛生产性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程,提高肉牛生产性能提供参考。采用PCR-SSCP技术对早胜牛(庆阳类群、平凉类群)、南杂牛(南德温牛×早胜牛庆阳类群)、秦杂牛(秦川牛×早胜牛平凉类群)、西杂牛(西门塔尔牛×早胜牛平凉类群)、荷斯坦奶公牛和澳洲黑牛共391头个体的CAPN1基因外显子9进行遗传变异检测,运用SPSS17.0软件分析早胜牛平凉类群遗传变异与肉质性状的关联性。结果表明,CAPN1基因第9外显子存在突变位点G458C,并检测到GG、GC和CC 3种基因型。相关性分析表明,CAPN1的G458C位点与pH、剪切力和滴水损失差异显著相关(P0.05),CC基因型剪切力和滴水损失显著低于GG和GC型(P0.05),其他性状在各基因型间差异不显著。因此,推测CAPN1基因的突变位点G458C可以作为牛肉嫩度的遗传标记。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

CAPN1基因遗传变异及其对牛肉质性状的效应分析

[目的]探索钙蛋白酶1 (CAPN1)基因在中国黄牛不同群体中的变异,以及CAPN1基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记.[方法]采用PCR-SSCP技术对雷琼牛、云南高峰牛,BMY牛与中国西门塔尔牛共367个个体CAPNl基因Exonll-Exon16与Intron21遗传变异检测,运用SPSS17.0软件中的GLM模型分析检测到的遗传变异与中国西门塔尔牛部分肉质性状的关联性.[结果]发现了CAPN1基因DNA序列中的两个突变位点A4558G和C4684T,分别检测到AA/AG/GG和CC/CT/TT 3种基因型.相关分析表明,A4558G位点GG基因型个体剪切力和大理石花纹评分显著低于AG和从型个体(P<0.05);C4684T位点TT基因型个体剪切力显著低于CT型个体(P<0.05).组合基因型分析表明,GGTT组合剪切力显著低于CCAA、CTAG和CTAA(P<0.05),大理石花纹评分显著低于其它基因型组合(P<0.05),脂肪颜色评分显著高于AGTT(JP<0.05),其余指标间无显著差异(P<0.05).[结论]初步推测CAPNI基因A4558G和C4684T的位点,可以作为牛肉嫩度和大理石花纹评分的遗传标记.     

Polymorphism of Kappa-casein gene and its associations with milk performance traits in red steppe

为研究草原红牛κ-酪蛋白基因的多态性及与泌乳性状相关性,采用PCR-RFLP方法检测κ-酪蛋白基因外显子5的遗传多态性.结果检测到TT、TC和CC三种基因型,统计分析表明,此多态位点与草原红牛乳蛋白和乳糖呈显著相关,乳蛋白:CC基因型极显著高于CT基因型和TT基因型(P＜0.01),而CT基因型也极显著高于TT基因型(P＜0.01).乳糖:TT基因型和TC基因型极显著高于CC基因型(P＜0.01),而TT和TC基因型之间差异不显著(P＞0.01).其他泌乳性状的基因型间差异不显著(P＞0.01).结果表明,κ-CN基因对草原红牛乳蛋白和乳糖具有较大的遗传效应,可初步推断κ-CN是控制这一性状的众多基因之一,是影响草原红牛乳蛋白和乳糖的一个主效基因或与主效基因相连锁,可作为选育草原红牛高乳蛋白及低乳糖奶牛的分子标记,用于标记辅助选择意义重大.     

皖东牛CAPN1、CAST基因多态性与肉质性状相关性

选用135头体重(493±33)kg,年龄相近皖东育肥牛,颈静脉采血,利用DNA直接测序法测定CAPN1、CAST基因多态性;试验结束屠宰试验育肥牛,取肉样分析皖东牛肉质性状,分析肉质性状与基因多态性相关性。结果表明,皖东牛CAPN1基因存在AA型和BB型2种基因型,4个单核苷酸多态性位点(SNPs),其中内含子8的C429G和G437A位置各1个突变位点,内含子9的C572T位置1个突变位点,外显子9的G458C位置1个突变位点;CAPN1基因中度多态且极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。皖东牛CAST基因有CT基因型和CC基因型,5个SNPs位点,其中内含子8的A220G、A223G和G239A位置各1个突变位点,外显子9的C369T和G375A位置各1个突变位点;CAST基因中度多态并处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。BB基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于AA基因型(P<0.05),CT基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于CC基因型(P<0.05),基因型对其他肉质性状影响差异不显著(P>0.05)。CAPN1和CAST基因多态位点与肌肉嫩度密切相关,可作为皖东牛肉质性状提升候选基因。     

陇东地方牛和西杂肉牛M-calpain和H-FABP基因多态性及其与肉质性状的相关性分析

【目的】研究陇东地方牛和西门塔尔杂交肉牛2个基因的多态性及与肉质性状的相关性。【方法】采用PCR-RFLP方法对陇东地方牛和西门塔尔杂交肉牛的M-calpain基因和H-FABP基因进行多态性分析,并利用最小二乘法拟合线性模型分析了基因型与肉质性状之间的相关性。【结果】发现M-calpain基因突变位点C1795T和H-FABP基因序列中的突变位点C1006G,分别检测到3种基因型AA/AB/BB和GG/GC/CC。相关分析表明M-cal-pain基因中AB基因型在剪切力上差异显著高于AA基因型(P?0.05);BB基因型的滴水损失显著高于AB基因型(P?0.05);H-FABP基因中GC和CC基因型对牛肉滴水损失有显著的影响(P?0.05)。【结论】推测M-cal-pain基因C1795T和H-FABP基因C1006G的突变位点可以作为陇东地方牛和西门塔尔杂交肉牛牛肉嫩度和大理石花纹的遗传标记。     

中国荷斯坦牛CXCR1基因遗传多态性与体细胞评分的关联分析

【目的】研究中国荷斯坦奶牛CXCR1基因的多态性及其与体细胞评分(Somaticcellscore,SCS)的关系,寻找与中国荷斯坦牛SCS相关的分子遗传标记,加快抗病育种进程。【方法】采用PCR-SSCP技术对来自30个公牛家系的610头中国荷斯坦牛CXCR1基因进行多态性检测,利用最小二乘均数法对CRCR1基因的多态位点与SCS进行相关分析,利用PHASE软件对4个多态位点进行单倍型分析。【结果】检测到4个SNPs,在5侧翼区发现了3个SNPs(-1830(A/G)、-1768(T/A)、-344(T/C)),在编码区783(C/A)位点为新发现的SNP。-1830(A/G)位点AA基因型个体SCS极显著低于AG基因型个体(P0.01),-1768(T/A)位点TT基因型个体SCS极显著低于TA基因型个体(P0.01),-344(T/C)位点TT基因型个体SCS极显著低于TC、CC个体(P0.01)。783(C/A)位点基因型个体的SCS差异不显著。单倍型Haplo2(ATTA)纯合基因型的SCS极显著低于Haplo1(ATCA)、Haplo3(GACA)和Haplo4(GATA)单倍型纯合基因型(P0.01)。【结论】-1830(A/G)位点AA基因型、-1768(T/A)位点TT基因型和-344(T/C)位点TT基因型以及单倍型Haplo2(ATTA)纯合体对中国荷斯坦牛的SCS具有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性的筛选。     

秦川肉牛FGF2基因多态性与其生长和肉质性状的关联分析

【目的】研究秦川肉牛FGF2基因的多态性及其与肉牛生长和肉质性状的关联性。【方法】选取18~24月龄的健康秦川肉牛384头,测定其生长和肉质性状指标,采集血样,采用DNA技术检测FGF2基因全部外显子中的单核苷酸突变位点,对突变位点进行基因型分型,研究其单核苷酸基因多态性(SNP),并以一般线性模型(GLM)分析该SNP位点与秦川肉牛生长和肉质性状的关联性。【结果】在第1、2外显子上未发现突变位点,在第3外显子上存在4个SNP突变位点:SV1(g.A54740T),SV2(g.A54758C),SV3(g.T56809C)和SV4(g.C59443T)。其中,SV1有AA、AT和TT 3种基因型,SV2有AA、AC和CC 3种基因型,SV3有TT、TC和CC 3种基因型,SV4有CC、CT和TT 3种基因型。相比其野生基因型,SV1位点突变会降低体斜长、体高、腰高、胸深、胸围、腰角宽、尻长和体质量性状(P0.05);SV2、SV3和SV4位点突变会改善这些性状(P0.05);SV1位点突变会降低坐骨端宽性状(P0.05),但SV3和SV4位点突变会改善坐骨端宽性状(P0.05);SV4位点突变会改善背膘厚性状(P0.05);SV2和SV4位点突变会改善眼肌面积性状(P0.05);SV1突变会改善肌间脂肪性状(P0.05)。【结论】FGF2基因对秦川肉牛生长性状和肉质性状有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

‘黔画乌鸡’IL8RB基因外显子2变异对胸肌常规肌肉品质的影响

【目的】探研肉鸡IL8RB基因变异对肉质性状的遗传效应.【方法】采用PCR产物直接测序和结合序列比对软件筛查鉴定IL8RB基因外显子2遗传变异,分析其与‘黔画乌鸡’肉质性状的相关性.【结果】在‘黔画乌鸡’IL8RB基因外显子2中发现4个中度多态的同义突变位点g.22589317 C>T、g.22589423 C>T、g.22589485 C>T和g.22589476 T>C,4个SNP位点均产生3种基因型,基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡;g.22589317 C>T位点对嫩度的影响达到显著水平(P<0.05),基因型TT个体的嫩度值显著高于基因型CC个体(P<0.05);g.22589423 C>T和g.22589476 T>C位点均对粗脂肪含量的影响达到显著水平(P<0.05),g.22589423 C>T位点的基因型TT个体显著高于基因型CT个体(P<0.05),g.22589476 T>C位点的基因型CC个体显著高于基因型CT和TT个体(P<0.05).【结论】综合各基因型各指标之间的差异,揭示g.22589317C>T位点的CC基因型、g.22589423 C>T位点的TT基因型和g.22589476 T>C位点的CC基因型是改善肉质的有利基因型,可能作为提高肉鸡肌肉品质的分子遗传标记.     

草原红牛κ-酪蛋白基因的多态性及与泌乳性状关联性分析

为研究草原红牛κ-酪蛋白基因的多态性及与泌乳性状相关性,采用PCR-RFLP方法检测κ-酪蛋白基因外显子5的遗传多态性。结果检测到TT、TC和CC三种基因型,统计分析表明,此多态位点与草原红牛乳蛋白和乳糖呈显著相关,乳蛋白:CC基因型极显著高于CT基因型和TT基因型(P<0.01),而CT基因型也极显著高于TT基因型(P<0.01)。乳糖:TT基因型和TC基因型极显著高于CC基因型(P<0.01),而TT和TC基因型之间差异不显著(P>0.01)。其他泌乳性状的基因型间差异不显著(P>0.01)。结果表明,κ-CN基因对草原红牛乳蛋白和乳糖具有较大的遗传效应,可初步推断κ-CN是控制这一性状的众多基因之一,是影响草原红牛乳蛋白和乳糖的一个主效基因或与主效基因相连锁,可作为选育草原红牛高乳蛋白及低乳糖奶牛的分子标记,用于标记辅助选择意义重大。     

肉鸭PLIN基因PCR RFLP多态性与胴体、脂肪性状关联分析

研究PLIN基因外显子2和内含子2多态性与肉鸭部分产肉性状的关系。以361只北京鸭(Z2系、Z4系、Z2×Z4杂交系)和樱桃谷鸭为材料,利用PCR-RFLP方法和测序技术,对PLIN基因外显子2和内含子2进行SNPs位点检测,并对SNPs位点与部分产肉性状进行关联性分析。结果显示,在外显子2检测到C→T突变,分析表明,樱桃谷鸭群体中,胴体质量、全净膛质量和腹脂质量分数在CC和CT型之间差异极显著(P<0.01),腹脂质量和皮脂质量分数在CC和CT型之间差异显著(P<0.05);北京鸭Z4系群体中,全净膛质量在TT型与CC、CT型之间差异显著(P<0.05);北京鸭杂交系群体中,全净膛质量在CC和CT型之间差异显著(P<0.05)。在内含子2检测到C→T突变,分析表明,北京鸭Z4系群体中,全净膛质量在EE和DE型之间差异极显著(P<0.01),EE和DD型之间差异显著(P<0.05);北京鸭杂交系群体中,胸肌质量在DD和DE型之间差异极显著(P<0.01),皮脂质量分数在DD和EE型之间差异显著(P<0.05)。说明PLIN基因单核苷酸多态性对肉鸭胴体、脂肪性状有一定的影响,可作为影响胴体和肉质的候选基因,指导优良肉鸭品种的选育工作。     

白羽番鸭脂联素基因内含子多态与肉质的关联分析

采用PCR-SSCP法对白羽番鸭脂联素基因内含子进行SNP检测,并分析SNP对肉质的遗传效应。结果表明,检测到3种基因型(CC、CT和TT)和2个等位基因(C和T),CT和C分别为优势基因型和优势等位基因。序列比对发现,在内含子内存在1个SNP位点T290C,该位点在白羽番鸭群体中表现为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);最小二乘法分析表明,CC基因型个体的IMF显著高于TT基因型个体(P<0.05),失水率极显著低于TT基因型个体(P<0.01);CT基因型个体的失水率显著低于TT基因型个体(P<0.05)。结果揭示,T290C位点可能对脂肪沉积有显著影响,CC基因型是白羽番鸭肉质较为优良的基因型。     

肌苷酸合成酶系PURH基因对苏禽乌骨鸡胸肌肌苷酸含量的关联分析

在分析氨基咪唑氨甲酰核苷酸转甲酰基酶/次黄嘌呤核苷酸环水解酶基因(fused IMP cyclohydrolasegene/phosohoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase PURH)对苏禽乌骨鸡鸡群体肌肉肌苷酸含量的遗传效应。采用PCR-SSCP方法检测苏禽乌骨鸡PURH基因外显子9和外显子16多态性,分析多态位点不同基因型与90日龄胸肌肌苷酸(IMP)含量的关联,各种基因型与胸肌IMP含量的方差分析结果表明:PURH基因外显子16中多态位点T17446C与IMP含量显著相关,TT型个体胸肌IMP含量较CT型高出0.757 mg/g,TT型个体胸肌IMP含量较CC型高出1.083 mg/g,均达到极显著水平(P<0.01),CT型个体IMP含量也显著地高于CC型(P<0.05)。因此,可以利用该基因型对鸡的肉质风味性状进行标记辅助选择。     

鹌鹑ESR1基因的多态性与蛋品质的关联分析

为了探讨雌激素受体(ESR1)基因的多态性及其与鹌鹑蛋品质的关系,采用PCR-RFLP和直接测序法对中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑3个群体的ESR1基因与鹌鹑蛋品质性状进行关联分析。结果表明:鹌鹑ESR1基因外显子1、外显子4、外显子8在北京白羽鹌鹑、中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个群体中都检测到了CC、CT、TT三种基因型。外显子1在3个鹌鹑群体中均表现为CC基因型频率最高;外显子8在3个鹌鹑群体中均表现为TT基因型频率最高;外显子4在中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑中TT基因型频率最高,分别为0.409、0.617,而北京白羽鹌鹑以CC基因型频率最高(0.667)。相关性分析结果显示,在3个检测群体中,外显子4的CC基因型和CT基因型的蛋黄高度和蛋黄指数显著高于TT基因型(P<0.05),TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型和CT基因型(P<0.05),CT基因型和TT基因型的蛋壳厚度显著高于CC基因型(P<0.05)。外显子8在蛋黄指数上,CC基因型显著高于CT基因型和TT基因型(P<0.05);CT基因型和TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型(P<0.05)。ESR1基因可以作为有价值的候选基因应用于蛋用鹌鹑的分子标记辅助选择。     

F3代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联分析

【目的】明确F₃代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联性,筛选出优异基因为后期培育新品系提供理论依据。【方法】以F₃代波杂山羊为研究对象,通过血液DNA混池测序鉴定XKR4基因SNP位点,统计SNP位点的等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度（Ho）、期望杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）及多态信息含量（PIC）等,以卡方（χ2）检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并利用SPSS 25.0分析不同基因型与F₃代波杂山羊生长性状的关联性。【结果】 F₃代波杂山羊XKR4基因Intron-1区域存在2个SNPs位点,分别是C194069A和T194091A。C194069A位点的等位基因频率中C>A,优势基因型为CC型; T194091A位点的等位基因频率中T>A,优势基因型为TT型;C194069A和T194091A位点均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。关联分析结果表明:在初生群体中,T194091A位点AA基因型与其他基因型的体斜长存在显著差异（P<0.05,下同）;在3月龄群体中,C194069A和T194091A位点各基因型的生长性状指标间均无显著差异（P>0.05,下同）;在6月龄群体中,C194069A和T194091A位点AA基因型的体重分别与相应位点的CC基因型和TT基因型存在显著差异;在12月龄群体中,C194069A位点AA基因型在体重和胸围方面均极显著优于CC基因型（P<0.01,下同）,在体高方面与CC基因型存在显著差异,T194091A位点AA基因型的体重、体斜长分别与TT基因型呈显著或极显著差异。此外,在0~6月龄和0~12月龄,C194069A和T194091A位点AA基因型的日增重与CC基因型和TT基因型分别存在呈显著或极显著差异。【结论】 F3代波杂山羊XKR4基因存在2个SNPs位点（C194069A和T194091A）,且均表现为AA基因型个体的生长性能优于其他基因型个体,即XKR4基因可作为F₃代波杂山羊生长性状的候选基因。     

中国荷斯坦奶牛PPARGC1A基因内含子9的SNP与产奶性状的相关分析

采用PCR产物直接测序的方法,对213头中国荷斯坦奶牛的PPARGC1A基因进行单核苷酸多态性分析,并研究不同基因型与产奶性状的相关关系。结果表明,PPARGC1A基因内含子9存在C>T SNP位点,可分为有CC、CT和TT这3种基因型,基因型频率分别为0.3568、0.6291和0.0141;该位点突变偏离Hardy-Weinberg平衡状态且中度多态;CC基因型与中国荷斯坦奶牛的乳脂肪率显著相关。PPARGC1A基因可以作为研究中国荷斯坦奶牛泌乳性状的候选基因。