生物信息数据库简介及在农业上的应用

随着生物技术与生物信息学的不断发展，生物信息数据库中信息呈指数增长，理解其中所包含的生物学知识、揭示生物内在规律将成为今后自然科学研究中的重要课题。本文介绍了近几年来世界生物信息数据库发展的状况，并筒述生物信息数据库在农业上的应用。     

生物信息学在农业上的应用

生物信息学是基因、基因结构、基因产物功能分析必不可少的技术手段。根据生物信息数据库的现状,讨论了生物信息学在农业上的应用,如挖掘新的基因、电子克隆及系统进化分析等。将生物信息学与常规育种技术相结合,对提高育种效率,创新遗传资源,加快作物改良进程都有重要意义。     

生物信息学研究领域概述

1　海量生物信息数据的管理1.1　数据库的开发在庞大的原始数据基础上 ,根据不同的特征将其加工 ,构建出若干高级数据库 ,这不仅给用户带来很多方便 ,更重要的是专业人员注入的知识对用户有很大的启发。二级数据库、专门数据库等的研制开发是生物信息学下一步的重点工作之一。目前著名的二级数据库有 :蛋白质结构分类数据库 (ＳＣｏＰ) ,受体数据库 ,克隆载体数据库等。1.2　数据库接口和检索工具的研制数据库的内容来自万千生物学者的日积月累 ,最终又为生物学所用 ,但不能要求一般生物学工作者具有高深的计算机和网络知识。因此 ,必须开发…     

农业生物信息学网络资源与检索

随着生物信息学的不断发展,网络环境下农业生物信息资源呈指数级增长,如何有效检索利用这些资源成为一个突出的问题。从数据库、在线农业生物学文献、生物信息搜索引擎、专业网站这4个方面对网络环境下农业生物信息资源的检索途径进行了整理汇总及介绍。     

数据库技术在海洋生物资源与生物栖息环境数据管理中的应用

讨论了如何建立和管理符合地理信息系统需要的海洋生物资源与生物栖息环境数据库。数据库采用Access开发平台，开发操作界面清晰明了，开发的功能有数据录入、导入、导出、查询、修改、汇总统计、打印等，系统界面用户可视化，清晰、直观地显示查询结果，其适用范围是针对海上勘测海洋生物资源与生物栖息环境的专业数据管理，能胜任数据库的日常维护与管理。同时介绍了数据库技术在数据管理中的作用。数据库在日后的海洋渔业资源与环境的研究、评价中必将得到广泛的应用。     

数据库技术在海洋生物资源与生物栖息环境数据管理中的应用

讨论了如何建立和管理符合地理信息系统需要的海洋生物资源与生物栖息环境数据库。数据库采用Access开发平台，开发操作界面清晰明了，开发的功能有数据录入、导入、导出、查询、修改、汇总统计、打印等，系统界面用户可视化，清晰、直观地显示查询结果，其适用范围是针对海上勘测海洋生物资源与生物栖息环境的专业数据管理，能胜任数据库的日常维护与管理。同时介绍了数据库技术在数据管理中的作用。数据库在日后的海洋渔业资源与环境的研究、评价中必将得到广泛的应用。     

植物蛋白质组研究方法

蛋白质组研究是后基因组时代的热点领域,介绍了蛋白质组概念提出的背景,蛋白质组与基因组的联系与区别,蛋白质纽研究的内容,重点综述了植物蛋白质纽研究的技术．双向凝胶电泳仍为蛋白质分离的核心技术,该技术在某些方面作了改进和发展;生物质谱是蛋白质鉴定的关键技术,进一步发展了生物传感芯片质谱及蛋白质芯片技术;对蛋白质纽研究的信息处理依赖于生物信息学的发展,介绍了国内外相关的蛋白质数据库及建立数据库主要应用的图像软件。     

基于WebGIS森林火灾数据库分类管理系统的设计与实现

阐述了地理信息系统(GIS)空间数据在GIS系统中的重要性和开发此系统的必要性,重点介绍了森林火灾数据库分类管理系统的设计思想、技术方法、数据构成、GIS数据模型和系统功能,并且对开发本系统涉及的计算机、网络、数据库等方面技术的特点进行了分析.森林火灾数据库分类管理系统实现了计算机网络、数据库、面向对象等多种先进技术在GIS领域的综合应用.     

基于Asp.net的论坛管理系统的设计与实现

BBS是现代社会大多数网站提供的供用户发表看法与交流信息的一个重要途径,本文介绍了网上论坛管理系统的开发平台及工具选择、数据库设计、代码设计以及系统开发过程中所运用的关键技术.     

生物信息学及其在检验检疫中的应用

在对生物信息学概述的基础上介绍了其在生物及其产品风险评估、检疫检测技术、预警机制建立、检验检疫资源共享平台建设、物种资源查验、生物鉴定监测、分子可视化自动比对、检疫性生物阳性参比物质研究、检疫性生物流行病学研究中的应用,并展望了生物信息学在检验检疫中的应用前景.     

水稻遗传育种相关生物信息数据库和工具的研究进展

水稻Oryza sativa L.是主要的粮食作物，也是单子叶植物研究的模式植物。面对日益严峻的环境和人口压力，培育高产、优质、环境适性强的水稻品种是解决当前粮食安全问题的有效途径。随着多组学技术的快速发展，积累了海量的水稻遗传育种相关的数据。生物信息数据库和在线分析工具是存储这些数据的载体，用以整合、可视化和共享数据，并为数据的深入挖掘和利用提供工具，从而为育种决策提供数据支撑。本综述系统梳理了近20年来开发的水稻生物信息数据库和在线分析工具，并基于内置数据集和功能对它们进行了分类和总结。最后，讨论了现有的水稻生物信息数据库和在线分析工具的问题与不足，并对它们在大数据和人工智能时代的发展方向进行了展望。     

生物信息学在蛋白质组学上的应用

蛋白质组学是后基因时代标志性的研究新领域,其快速发展很大程度上依赖于生物信息学的蓬勃壮大。从生物信息学与蛋白质数据库、蛋白质分析、蛋白质功能的联系3个方面,对生物信息学在蛋白质组学上应用的研究进展进行综述。     

XML在生物信息学中的应用

[目的]阐明XML在生物信息学研究中的重要地位与作用。[方法]通过详细阐述XML的基本原理,系统地比较和分析XML与其他应用于生物数据管理的标记语言包括HTML、BSML、BioML等的利与弊,以期阐明XML作为一种数据语言在生物信息学中的重要作用。[结果]XML是一个很有前途的扩展性标准语言,是生物信息学数据库内部数据交换的重要枢纽。[结论]XML是用于生物信息学的各个领域中生物数据管理最有效的标记语言。     

植物紫黄素脱环氧化酶结构特征的生物信息学分析

利用国际互联网上的生物学数据库(GenBank,Swiss-Prot和Prosite)所提供的信息资源和工具(PHDsec 和SignalP)及软件技术(DNAstar),从生物信息学角度对植物紫黄素脱环氧化酶(VDE)进行序列的比较分析和结构预测,得出了其转运肽特征、相关保守位点和特殊结构域以及序列的二级结构特征,并对其进行了相应功能的探讨.     

Chopper： Efficient Algorithm for Tree Mining

With the development of Internet, frequent pattern mining has been extended to more complex patterns like tree mining and graph mining. Such applications arise in complex domains like bioinformatics, web mining, etc. In this paper, we present a novel algorithm, named Chopper, to discover frequent subtrees from ordered labeled trees. An extensive performance study shows that the newly developed algorithm outperforms TreeMinerV, one of the fastest methods proposed previously, in mining large databases. At the end of this paper, the potential improvement of Chopper is mentioned.     

PKS-NRPS数据库的研究进展

非核糖体多肽合成酶(NRPS)和聚酮合成酶(PKS)是调控次级代谢物聚酮类物质和非核糖体多肽合成的关键酶。随着生物息学的快速发展,国外的NRPS-PKS数据库和预测软件不断推出。本文对几个重要NRPS和PKS领域的数据库与预测软件的研究做一综述     

基于mtDNA中国地方鸡种系统发生数据库建立

在.NET编程环境下,运用代理程序的方法从GenBank中获取中国地方鸡种数据,并将有关mtDNA的数据进行整理,引用Matlab生物信息学工具箱,以组件技术将其打包和发布,建成中国地方鸡种mtDNA数据库。实验人员可以应用系统发生分析组件、经过运算得到中国地方鸡种进化树图结果。说明通过Matlab、SQL和.NET混合编程构建中国地方鸡种mtDNA数据库系统,实现了基于mtDNA的中国地方鸡种生物进化关系分析功能。     

农业科研项目管理数据库的研究与实现

应用Visual Foxpro6.0软件和GCMIS高参管理信息系统编制的可同时在网络和单机应用的“农业科研项目管理数据库”,涵盖了农业科研项目申报书、任务合同书及鉴定验收情况的主要内容,反映信息全面且专业实用性强。该数据库管理系统以中文WINDOW为工作平台,包括数据的建立、增加、修改、查询、打印等功能。该数据库最突出的优点为系统的维护修改功能,使用户可在十分钟内完成对系统的调整和修改并立即投运,运行快捷方便。该库几经修改和升级,已经在河北省农林科学院推广应用,获得普遍好评。     

农业科技成果分类评价网络信息系统

在研究农业科技成果分类体系、分类评价指标体系和评价管理体系的基础上,综合考虑系统的评价功能、数据(库)、评价动态信息储存和管理功能等,采用C#语言在Windows的IIS6.0支持下开发了农业科技成果分类评价网络信息系统。软件结构为基于WEB的C/S结构,可通过计算机互联网实施远程访问、管理和评价。介绍了该系统的结构、开发目标与特点、开发平台与方法及系统功能设计等。     

蜜蜂丙糖磷酸异构酶基因及其编码蛋白的生物信息学分析及分子进化研究

运用生物信息学的方法对蜜蜂丙糖磷酸异构酶(AMTPI)基因及其编码蛋白序列进行了初步分析,得到了与基因和蛋白质组学研究相关的一些基本参数.结果表明,AMTPI基因序列由744个碱基组成,编码由247个氨基酸组成的蛋白质.AMTPI总的原子数目为 3 818,分子式为C1 207H1 920N328O359S4,分子量为 26 898.71,等电点pI＝8.04,摩尔消光系数为 34 950,在哺乳动物体内的半衰期为30 h.疏水性分析结果表明AMTPI为亲水蛋白,不稳定参数为27.32,属较稳定蛋白,不含信号肽序列,跨膜结构不明显,亚细胞定位于细胞质.AMTPI具有多种二级结构形式,是典型的(α/β)8结构,在SWISS-MODEL服务器三维建模后,运用ViewerLite 5.0进行序列编辑,获得了AMTPI的三级结构模型.多重比对结果显示,多个物种丙糖磷酸异构酶(TPI)的整体相似度较高,有多个保守结构,可以作为分子进化研究的材料.用MEGA 4.0软件按Minimum evolution方案进行分子系统演化分析,获得了TPI氨基酸序列的分子进化树.