花生根瘤菌遗传多样性的RFLP分析

利用16S rRNA PCR-RFLP和16S-23S rRNA IGS PCR-RFLP技术对分离自我国不同地区的55株花生慢生根瘤菌和6株参比菌株进行了遗传多样性研究.16S rRNA PCR-RFLP分析结果表明,在63%的相似性水平上,91%的供试花生幔生根瘤菌与B.japonicum和B.elkanii聚在一起;16S-23S rRNA IGS PCR-RFLP分析结果表明,供试花生慢生根瘤菌具有较丰富的遗传多样性,在65.8%的相似性水平上可分为3大类群.     

16S rRNA序列分析在猪肠道细菌鉴定中的应用

为建立16S rRNA基因序列分析鉴定猪肠道细菌的方法,选择细菌的16S rRNA基因为靶序列设计引物,对11株猪肠道细菌进行PCR扩增,并对PCR产物进行测序和序列分析.序列分析结果显示,A2、A4序列与柠檬明串珠菌同源性＞99％;B2序列与鼠乳杆菌同源性＞99％;C2序列与唾液乳酸杆菌同源性＞99％;F3序列与类肠膜魏斯氏菌同源性＞97％;F6和F7序列与融合魏斯氏菌同源性＞99％;M3和M8序列与洛菲氏不动杆菌同源性＞98％;M9和M11序列与粪肠球菌同源性＞99％.表明建立的16S rRNA基因序列分析方法可以应用于鉴定猪肠道细菌.     

4株鸭疫里默氏杆菌的PCR快速鉴定及药敏试验

从湖北省武汉郊区和监利市两地的发病雏鸭分离纯化到4株鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA),通过对该菌形态学鉴定、生化试验、细菌16S rRNA的快速鉴别诊断证明了4株细菌均为鸭疫里默氏杆菌.将不同来源的菌株各选一株HBSPX和HBJL,进行了16S rRNA目的片段的扩增并测序,测序结果表明这两株细菌与其他鸭疫里默氏杆菌的16S rRNA同源性高达99.4％和98.9％.药敏试验结果表明,HBSPX株对阿莫西林、先锋Ⅵ高度敏感,但HBJL株对氯洁霉素和红霉素高度敏感.     

沙棘和沙枣根瘤中固氮放线菌物种多样性研究

[目的]以沙棘和沙枣根瘤为研究对象,深入研究固氮放线菌物种的多样性。[方法]以通常用于分离弗兰克氏菌属（Frankia）固氮放线菌的无氮BAP、S、JA、ISP4、CB-CcI3、DPM和FTW等为固体和液体培养基,对采集自内蒙古通辽和赤峰的沙棘（Hippophae）和沙枣（elaeagnus）植物根瘤进行放线菌的分离纯化,并依据16S rDNA序列测定结果对分离物进行系统发育分析。[结果]分离得到的8株放线菌分属于小单孢菌属（Micromonospora）、链霉菌属（Streptomyces）、野野村菌属（Nonomuraea）和假诺卡菌属（Pseudonocardia）,所有根瘤样品中均未分离到弗兰克氏菌属菌株;采用弗兰克氏菌属16S-23S rDNA间隔区序列的特异性引物对所采集的沙棘和沙枣植物根瘤总DNA进行PCR扩增,未出现特异性的16S-23S rDNA间隔区序列条带。[结论]非豆科植物根瘤内固氮放线菌具有物种多样性,为今后固氮放线菌物种多样性研究提供借鉴。     

鸭疫里氏杆菌广西分离株16S rRNA基因序列的测定和系统进化分析

选取3株不同血清型的鸭疫里氏杆菌广西分离株GXRA 01、GXRA 07和GXRA 09,利用细菌通用引物,通过PCR方法成功扩增出16S rRNA的部分基因片段,通过克隆、序列测定获得3个分离株16S rRNA基因的核苷酸序列,并与G enB ank中注册的一些菌株的16S rRNA基因序列进行比较、系统进化关系分析发现:3株RA分属两个基因群,I群(GXRA 01)与AY 871818和AY 871819的16S rRNA序列的同源性达99.9%,Ⅱ群(GXRA 07、GXRA 09)与G enB ank中16S rRNA序列的同源性达99.3%-99.6%,GXRA 07与GXRA 09之间的同源性为100%,表明这3株菌株应为鸭疫里氏杆菌。     

奶牛子宫内膜炎致病菌的16S rRNA序列鉴定

【目的】对奶牛产后子宫内膜炎致病菌进行16S rRNA序列鉴定。【方法】从产后子宫内膜炎患牛子宫分泌物中分离致病菌,通过细菌培养、纯化、分离、革兰氏染色和生化试验进行初步鉴定。选取代表性菌株11株,利用细菌通用引物,通过PCR方法,对其16S rRNA基因的核苷酸序列进行扩增,将扩增产物与pMD19-T载体连接构建克隆载体,经PCR和双酶切鉴定正确后测序,测序结果与GenBank中已注册菌株的16S rRNA基因序列进行比对。【结果】共分离到致病菌株60株,有代表性的11株细菌归类为:SD01为琼氏不动杆菌,SD02为粪肠球菌,SD03为金黄色葡萄球菌,SD04为中间葡萄球菌,SD05为溶血葡萄球菌,SD06为鲁菲不动杆菌,SD07为无乳链球菌,SD08为芽孢杆菌,SD09为枯草芽孢杆菌,SD10为大肠杆菌,SD11为假单胞杆菌。【结论】通过国际公认的16S rRNA序列鉴定技术,准确鉴定出引起奶牛子宫内膜炎的致病菌种类,为临床治疗该病提供了理论依据。     

产生伴胞晶体的芽胞杆菌CTC菌株的16S-23SrRNA间隔区分析

根据能形成伴胞晶体的特征，芽胞杆菌CTC菌株被鉴定为苏云金芽胞杆菌幕虫亚种。但该菌株明显不同于典型的苏云金芽胞杆菌，因为其伴胞晶体蛋白并不是由杀虫晶体蛋白基因编码，而是编码细胞表面S-层蛋白基因的产物，且伴胞晶体蛋白没有检测到对昆虫的毒性。本研究基于对CTC菌株及参照菌的16S-23S rRNA间隔区、编码S-层蛋白的基因进行扩增并测序，从系统发育水平检测到CTC菌株明显与苏云金芽胞杆菌幕虫亚种典型菌株T02存在差异，表明芽胞杆菌CTC菌株更接近蜡状芽胞杆菌。     

嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因克隆及系统发育

[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。     

芝麻粕降解菌株的筛选诱变及鉴定

从自然界筛选得到一株能够降解芝麻粕粗蛋白的菌株LQ,对其16S rRNA基因序列进行了测定,构建了分子系统发生树,分析了相关细菌相应序列的同源性。结果表明:菌株LQ的16S rRNA基因序列长度为1 447 bp,与芽孢菌属等细菌的16SrRNA基因序列自然聚类,在检索出的芽孢杆菌序列中,该菌株与解淀粉芽孢杆菌的同源性达99%,为解淀粉芽孢杆菌。对菌株LQ进行紫外诱变,其蛋白酶活力587.3 U/mL。     

一株约翰逊不动杆菌的分离和鉴定

在土壤中分离到一株细菌STRB，该菌可以在SFM、LB、EMB、PDA、MM、MacC等多种培养基上生长，革兰氏染色为阴性，电镜观察无鞭毛。生化指标检测显示，该菌株对多数糖类不能发酵，经bioMerieux Vitek公司的革兰氏阴性细菌检测试验卡(GNI)鉴定为醋酸钙不动杆菌。设计2对简并引物对其16S rRNA进行PCR扩增，16S rRNA序列及其进化树分析结果显示，该菌为约翰逊不动杆菌。     

副猪嗜血杆菌的分离与鉴定及其16S rRNA 生物信息学分析

从湖南省内送检的疑似患多发性浆膜炎与关节炎的猪病料中分离到12株细菌,细菌学试验证明12株细菌均符合副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)形态、培养和生化特性.根据HPS 16S rRNA序列设计引物对12株细菌进行PCR扩增,均得到预期目的条带,将扩增片段测序并运用DNAStar软件与GenBank中不同血清型HPS基因序列进行比对,表明其与Genbank中已公布的不同血清型HPS菌株16S rRNA序列的同源性为90.4%~99.9%,其中与血清5型同源性最高,对所测序列与参考序列进行遗传进化树分析,结果表明其中11株属于血清5型HPS.     

黄喉拟水龟松鼠葡萄球菌16S rDNA的序列测定和系统进化分析

从患病的黄喉拟水龟肝脏、肾脏分离到1株葡萄球菌（YLD81101）,经人工感染实验证实其为该病的病原菌。为了从分子水平上对其进行分类学鉴定,采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA进行PCR扩增、克隆及序列分析。结果扩增出长约1．5kp的目的片段,测序得到1条长度为1515bp的核苷酸序列（GenBank登录号GQ261178）。核苷酸相似性分析表明,所得序列与GenBank公布的松鼠葡萄球菌（Staphylococcus sciud,S．sciuri）CTSP9菌株16S rDNA核苷酸序列相似性最高（99．9％）。同时,用与该序列相关性较高的S．sciuri及常造成动物葡萄球菌病的S．aureus S、saufeuss．bsp．anaerobius、S.gallinarum、S.hyicus代表菌株构建的系统发育进化树显示,菌株YL081101与S.sciuri代表株聚为一簇。上述研究证实,分离菌株YL081101为松鼠葡萄球菌。     

广东6株纤维堆囊菌的分离与鉴定

采用滤纸片富集法对采自广东省信宜的土壤样品进行了粘细菌的分离和纯化,共获得6个菌株(Soce M1~So ce M6)。利用体视显微镜、倒置显微镜和扫描电镜对这些菌株的子实体、菌落及营养细胞等进行了形态学的观察和特征描述。同时,还测定了6个菌株的16SrRNA基因序列,应用blast程序与GenBank中已知的纤维堆囊菌及其他粘细菌序列进行比对,并采用邻位相连法(Neighbor-Joining,NJ)构建了分离菌株与相关菌株的系统发育树。结果表明:6个菌株均为纤维堆囊菌(Sorangiumcellulose),但这些菌株在形态特征和16SrRNA基因进化距离上存在着一定的差异,表现出纤维堆囊菌菌株的形态多样性和遗传多样性。     

新疆棉花根际土壤铁载体产生菌的遗传多样性及系统发育研究

 【目的】了解中国新疆地区铁载体产生菌的遗传多样性和系统发育,为筛选高效铁载体产生菌提供依据。【方法】采用BOXAIR-PCR、16S rRNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析方法对分离自新疆地区棉花根际土壤的铁载体产生菌的遗传多样性进行分析。【结果】在BOXAIR-PCR分析中,68株供试菌分为11个遗传群;在16S rRNA PCR-RFLP分析中,68株供试菌分10个遗传群;代表菌株的16S rDNA 全序列分析表明,供试菌分属于假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacter）、不动细菌属（Acinetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、产碱杆菌属（Alcaligenes）、短状杆菌属（Brachybacterium）和泛菌属（Pantoea）。其中,假单胞菌属（Pseudomonas）为优势属。【结论】分离自新疆地区棉花根际土壤铁载体菌存在极大的遗传多样性。     

小麦纹枯病菌拮抗链霉菌SCY505的筛选与鉴定

从河南省许昌地区的小麦田土样中分离到1株对小麦纹枯病菌有稳定拮抗作用的链霉菌菌株SCY505。在形态特征、生理生化特性和细胞壁化学组分分析的基础上,结合16S rDNA及16S-23S rDNA intergenic spacer region(ISR)序列分析,对菌株SCY505进行了分类鉴定,同时测定了该菌株的拮抗谱。结果表明,SCY505的基内菌丝无横隔,不断裂;气生菌丝多分枝,孢子丝直生或呈螺旋状,孢子椭圆形或圆柱形,表面光滑;细胞壁化学组分Ⅰ型;16S rDNA序列长度1521bp(GU045548),与淡紫灰链霉菌的16S rDNA序列同源性达99.7%,ISR序列长度372bp(GU358067),与淡紫灰链霉菌亚种(U93347)的ISR序列同源性为82.9%,初步认为SCY505是淡紫灰链霉菌的一个亚种,暂命名为淡紫灰链霉菌许昌亚种(Streptomyces lavendulaesub sp.xuchangensis)。该菌株对供试的10种植物病原真菌均有较好的抑制效果。     

具有溶磷能力的相思根瘤菌16S rDNA序列分析

为了测定具有溶磷能力的相思根瘤菌的16S rDNA序列。在TY培养基上将菌株培养至对数生长期,以提取的总DNA为模板,采用双向引物进行PCR扩增,对获得的目的产物进行纯化和测序。采用PHYLIP软件中DNADIST程序分析各菌株间的相似性,采用Clustal X和Treeconw软件获得菌株的系统发育树状图。系统发育学分析表明:G7-3、G31-1-5、G31-1-10位于根瘤菌属(Rhizobium)分支中;F7-2-11位于慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)分支;DH001、LH001、LL007酸、Y木1F、3-2-6位于Mesorhizobium分支中;H1-1-1属于类芽孢杆菌(Paenibacillussp.)。该研究初步确定了具有溶磷能力的相思根瘤菌菌株的发育学地位。     

西北半干旱地区黄芪根瘤菌DNA同源性及16S rDNA全序列分析

 数值分类表明 ,分离自西北半干旱地区的 9株黄芪根瘤菌构成一个独立的表观群。在此基础上 ,进行了DNA同源性及 16 S r DNA全序列分析。 9株菌的 G +C mol%在 5 9.1～ 6 0 .3之间 ;群内 DNA同源性为 81.5 %～91.0 % ,大于 70 % ;中心菌株 SH2 90 B与各已知种模式菌株 DNA同源性在 10 .5 %～ 6 3.0 % ,小于 70 %。 SH2 90 B的16 S r DNA全序列与参比菌株的序列进行比较 ,得到系统发育树状图。其处在土壤杆菌 -山羊豆根瘤菌构成的分支中 ,与 R.galegae和 R.huatlense的 16 S r DNA全序列相似性分别为 96 .8%和 97.5 % ,大于 95 %以上 ,它们应归属于同一个属。因此 ,菌株 SH2 90 B代表一个新的根瘤菌种     

攀西地区葛藤根瘤菌的RFLP遗传多样性

利用16S rDNA PCR-RFLP和16-23S IGS PCR-RFLP技术对分离自四川攀枝花的43株葛藤根瘤菌进行了遗传多样性研究。供试菌株的16S rDNA用HaeⅢ、MspⅠ、HinfⅠ和TaqⅠ酶切后具有16种遗传图谱类型。16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析结果表明,在53%的相似性水平上,供试菌株与参比菌株分为两个分支,在81%的相似水平上所有菌株分为13个群。     

盐碱土中可培养中度嗜盐菌的研究

为了调查大庆盐碱地的中度嗜盐菌资源,采集重度盐碱化的土壤样本进行嗜盐微生物的分离纯化,获得45株中度嗜盐细菌。形态学特征显示,40%菌落呈黄色,其余为乳白色;细胞为直线或弯曲的杆状,G+和G-细菌比例为19:26。进一步的生理生化特征分析筛选出8株进行16S rDNA基因序列的测定及系统发育分析。结果表明,它们分别属于Bacillus(3株),Halomonas(2株)和Alkalibacillus(3株)属的菌株。菌株15-2应为现有种Bacillus agaradhaerens,X10-1(或X10-7)可能为Bacillus属潜在的新种,15-7(或X10-2)可能为Halomonas潜在的新种,有待于进一步的验证。研究虽然仅获得了有限的中度嗜盐菌资源,但却丰富了我们对大庆盐碱土中可培养中度嗜盐菌多样性的认识,为今后合理开发和利用大庆地区的嗜盐微生物资源提供了素材和参考。     

拮抗杉木致害菌Fusarium oxysporum海洋细菌3728的生物学特征及其鉴定

从南海红树林木榄(Bruguiera gymnorrhizo)根际土壤中分离到一株具有拮抗杉木致害菌尖孢镰刀菌萎蔫专化型SF2(Fusariumoxysporum f.sp.vasinfectum)活性的海洋细菌3728菌株,对分离菌株的形态特征、培养特征、生理生化特征和16S rRNA基因序列进行了系统的研究。发现细菌3728与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)序列相似性最高,达到100%,在系统进化树中与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis AJ276351)处于同一分支上,结合形态和生理生化分析结果,将其鉴定为枯草芽孢杆菌。