鳗鲡养殖循环水处理系统细菌的组成及其数量

为研究鳗鲡养殖循环水处理系统中细菌的组成与数量,从循环水处理系统中的养殖池、沉淀池、生物膜池、滤池和紫外消毒池采集水样,并从生物膜池和滤池中采集附着生物样品,分别用平板菌落计数法和16S rRNA基因克隆文库分析法进行细菌计数和附着样品的细菌组成分析.结果表明：1）养殖水经过各处理环节后,水体中细菌数量逐渐减少,如由养殖池中的2.98×106CFU/L降低至牡蛎壳填料滤池中的9.30×105CFU/L,再经过紫外消毒池后,水体中细菌数量又减少了96%,再降低至3.53×104CFU/L.2）生物膜池的尼龙丝挂网载体和滤池中牡蛎壳填料上附着细菌数量较多,其数量分别高达1.39×108CFU/g和1.52×108CFU/g.牡蛎壳上的附着细菌主要分为3大类：分别属于变形菌门（包括α-、β-和γ-变形菌纲）、拟杆菌门和异常球菌-栖热菌门,其中以β-变形菌纲细菌为优势类群,大部分细菌对环境有机物具有良好的分解作用.     

循环水养殖系统中3种生物填料对水质的净化作用

为了研究生物填料在循环水养殖系统中的应用,在室内构建罗氏沼虾循环水养殖系统,研究3种类型的生物填料对水质的净化作用。结果表明,3种生物填料(聚乙烯小球M_1、陶瓷环M_2、弹性毛刷M_3)构成的生物滤池对养殖水体总氮(TN)、总磷(TP)、氨氮(NH_3-N)、亚硝态氮(NO_2-N)、化学需氧量(COD_(Mn))均有不同程度的去除效果,其中M_3对TN、TP、NH_3-N的平均清除率分别为17.81%、17.36%、18.04%,明显高于其他2种填料,M_2对NO_2-N的平均清除率为19.28%,明显高于M_1和M_3,3种填料对COD_(Mn)的平均清除率差异不明显。由结果可知,弹性毛刷填料对循环水养殖水质有较好的净化作用,是较为实用的生物填料。     

循环水养殖系统中不同滤料生物挂膜水处理效果及微生物群落分析

为探究循环水养殖系统中不同滤料生物挂膜、微生物多样性和水处理效果间的关系,采用不同的滤料——电气石球(T)、聚乙烯环(PE)、聚苯乙烯泡沫滤珠(EPS)进行挂膜和养殖废水处理试验,并通过Illumina Miseq高通量测序对滤料表面和水体中微生物群落结构及多样性进行分析。结果表明:在48 d的挂膜期间,电气石球组氨氮、亚硝酸盐消除时间较短,比聚苯乙烯泡沫滤珠组早4 d,比聚乙烯环组早8 d,在水处理效果试验过程中,48 h内3种生物滤料对氨氮、亚硝酸盐的去除效率依次为电气石球聚乙烯环聚苯乙烯泡沫滤珠;细菌微生物丰富度和多样性分析显示,各组滤料循环水中相同门分类细菌丰富度较高的为变形菌门Proteobacteria、厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteroidetes、放线菌门Actinobacteria和硝化螺旋菌门Nitrospirae,其中,变形菌门和硝化螺旋菌门均具有重要的脱氮功能;水体中和滤料表面的细菌群落组成分析显示,电气石球组水体中的变形杆菌门明显高于聚乙烯环组水体,电气石球组滤料中变形杆菌门和硝化螺旋菌门明显高于聚乙烯环组和聚苯乙烯泡沫滤珠组。研究表明,通过综合比较挂膜时间、水处理效果和微生物多样性,各滤料的水处理效果为电气石球优于聚乙烯环和聚苯乙烯泡沫滤珠,各系统中均具有大量脱氮功能的变形菌门和硝化螺旋菌门细菌且对水处理效果产生重要作用。     

基于不同生物填料的跑道养殖尾水净化

为开发生物填料在跑道养殖水体净化方面的应用,采用不同类型的6种填料,在室内开展对跑道养殖水体净化效果的研究。结果表明,在自然挂膜条件下,6种生物填料(火山石、珊瑚石、白色弹性毛刷、蓝色立体弹性填料、多孔组合球、聚乙烯小球)生物膜的成熟时间各不相同,珊瑚石挂膜所需时间最短,为13 d。在稳定运行期,不同生物填料对跑道养殖尾水总氮(TN)、总磷(TP)、氨氮(NH_3-N)、亚硝酸盐氮(NO~-_2-N)、化学需氧量(COD_(Mn))均有不同程度的去除效果,其中,蓝色立体弹性填料对TN和COD_(Mn)的平均清除率最高,分别为19.58%和30.77%,显著高于其他填料(P0.05);珊瑚石填料对TP的平均清除率显著高于其他填料(P0.05);6种填料生物膜成熟后,和初始水质指标相比,各填料对水体NO~-_2-N和NH_3-N的去除率均在75%以上,且浓度保持在较低水平。结果表明,蓝色立体弹性填料对跑道养殖尾水有较好的净化效果,是一种较为实用的生物填料。     

蓝藻水华发生过程中细菌群落结构的动态变化

为探究养殖水体蓝藻水华从暴发到降解的整个过程中水体细菌群落的变化特征,于2015年5—7月在珠江水产研究所养殖基地进行为期8周的室内模拟试验,模拟养殖水体蓝藻水华从暴发到降解的整个过程,并采用高通量测序技术分析蓝藻水华发生过程中水体细菌群落的组成。结果表明,养殖水体细菌群落组成在蓝藻水华从暴发到降解的整个过程中发生了显著变化。拟杆菌门(Bacteroidetes)在水体中的比例随蓝藻水华的暴发而上升,随蓝藻水华的降解而下降;放线菌门(Actinobacteria)在水体中的比例随蓝藻水华的暴发及降解呈现一直下降的趋势;蓝藻水华衰败末期水体中的溶解氧几乎耗尽,隶属于厚壁菌门(Firmicutes)的厌氧菌嗜阳菌属(Heliophilum)在水体中的比例升高;试验期间养殖水体的细菌多样性,随蓝藻水华的暴发而降低,又随蓝藻水华的降解而升高。     

集约化养鸡场舍内细菌气溶胶群落结构研究

为了给评价禽舍内生物气溶胶的危害提供基础数据,对笼养和网上养殖两种方式下,集约化养殖鸡舍内细菌气溶胶的浓度进行检测,并利用变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)对空气中全部细菌的群落结构进行对比分析.结果显示:笼养舍内细菌气溶胶浓度和生物多样性均高于网上养殖,相同养殖方式下,生物多样性随着鸡龄的增加而呈现减小趋势;鸡舍空气环境中优势细菌主要为拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),其中笼养和网上养殖舍内细菌气溶胶的优势菌属分别为Enterobacter和Escherichia.     

洞庭湖区可培养细菌群落结构及其空间分布特征

对洞庭湖区水体及沉积物的理化特性进行分析,并采用纯培养分离及16S rRNA基因序列分析方法对其细菌的群落结构进行研究。结果表明,洞庭湖区水体为中性偏碱性水质,东、南、西洞庭综合营养状态指数分别为43.77、46.26和48.16,皆属于中营养水平。从洞庭湖水体及沉积物中共获得94株细菌,隶属于4门17属41种,优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）,其次为厚壁菌门（Firmicutes）,优势属为不动杆菌属（Acinetobacter）。细菌群落结构在空间分布上有较大差异,从水样和沉积物中共分离到17个属,只有5个属为共有属,水样中有8个特有属,沉积物样品中有4个特有属;东洞庭湖水体和沉积物中菌种种类及丰度高于其他2个湖区。研究结果显示,洞庭湖区可培养细菌资源丰富,细菌群落空间分布差异较为明显,水体富营养化程度高的区域细菌多样性低,说明湖区的污染程度不同,导致水质理化指标的差异,进而影响细菌群落结构及多样性。因此外源污染引起的理化因子的改变对微生物的菌群结构及多样性有较大影响。     

益生菌和复合营养剂对鱼虾混养池塘水质及细菌群落结构的影响

通过向鱼虾混养池塘中添加益生菌和复合营养剂对养殖水环境进行生态调控,并评价其水质调控效果;运用Illumina HiSeq2500测序平台对养殖水体细菌多样性进行16S rDNA测序,获得其细菌组成及丰度信息。水质检测结果表明,在该调控方式下,透明度、pH、溶解氧(DO)、氨氮(NH_3-N)及亚硝酸盐(NO_2-N)等参数变化幅度均在养殖鱼、虾适宜范围内,有害弧菌的浓度远低于致病浓度,表明该水质调控方式能够维持养殖水环境稳定,抑制病原菌的繁殖。细菌群落组成及丰度分析结果显示,养殖水体得到的OTU数目为1 878,其中,在界、门、纲、目、科、属和种上的OTU数目分别为4,43,79,91,652,952,16;养殖水体中相对丰度占主要优势的细菌微生物为蓝细菌门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),分别占总细菌的38.19%,28.11%,18.85%,12.85%和0.08%。结果表明,添加益生菌和复合营养剂后鱼虾混养池塘细菌群落结构多样性水平较高,含有多种水产养殖中的常用益生菌。本研究结果为鱼虾健康养殖和养殖水体生态环境的改善提供了理论依据。     

基于高通量测序的生物炭施用量对植烟土壤细菌群落的影响

以烤烟K326根系土壤为研究对象,对原始土壤(OEE)、不施用生物炭(CK)以及3个生物炭施用量递增处理(0. 75、1. 5、2. 25 t/hm~2)的根系土壤进行高通量测序,分析细菌群落多样性及组成,以期为生物炭改良山地土壤提供参考。结果表明,与CK相比,生物炭处理细菌Chao1、Shannon指数均有所降低,但生物炭的施入对放线菌门(Proteobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、装甲菌门(Armatimonadetes)的群落丰度有明显的提高作用,而对酸杆菌门(Acidobacteria)的群落丰度则表现出抑制作用,对螺旋体菌门(Saccharibacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、变形菌门(Actinobacteria)群落丰度的促进或抑制作用因施用量不同而不同。生物炭处理之间细菌优势菌门组成相似度较高,与OEE细菌优势菌门组成相似度较低,与CK细菌优势菌门组成相似度较OEE高,但较其他生物炭处理低。     

华重楼根茎内生细菌群落多样性及其功能预测

内生菌广泛存在于植物组织内部,是植物微生态系统的重要组成部分。为了解华重楼根茎内生细菌的群落组成和其潜在的生物学功能,采用高通量16S rRNA测序技术分析了2 年生华重楼根茎内生细菌群落多样性,并通过PICRUSt分析,评价了其内生细菌的潜在功能。结果表明,5个华重楼根茎共获得112 267条16S rRNA V3-V4区高质量序列片段,内生细菌群落的α-多样性Chao1指数、Observed species指数、PD whole tree指数和Shannon指数的平均值分别为3417.7、748.0、40.7和8.3;其优势门为厚壁菌门和放线菌门,优势变形菌纲为γ-变形菌纲和α-变形菌纲,优势菌属为Dubosiella(占比为5.61%)。16S rRNA功能预测结果显示,华重楼根茎内生细菌功能主要涉及膜运输、能量代谢、碳水化合物代谢、氨基酸代谢和辅酶因子、维生素代谢等。华重楼根茎内生细菌群落多样性丰富,具有大量代谢相关的有益菌。     

不同种植地胆木根际的细菌群落结构和多样性

为探明胆木根际主要细菌的群落结构和多样性,明确细菌群落的结构和多样性与土壤理化性质的相关关系,为后续开展不同种植区胆木促生根际细菌的分离筛选工作和为不同立地条件下胆木的质量评价奠定基础。采用高通量测序技术对5个种植区 15 份胆木的根际土壤样品进行分析,采用Excel、DPS和SPSS 20.0软件对数据进行多重比较和相关性分析。结果表明:15 份土壤样品平均序列长度为414～418 bp,样品DM4、DM7、DM10、DM12和DM14的平均细菌分类操作单元个数分别为1 084、1 012、1 109、870和997,获得1 223个细菌分类操作单元;从对样品的群落结构分析可知,优势细菌门为Rokubacteria、WPS-2、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes)、浮霉菌门（Planctomycetes)、厚壁菌门（Firmicutes)、疣微菌门（Verrucomicrobia)、绿弯菌门（Chloroflexi)、放线菌门（Actinobacteria)、变形菌门（Proteobacteria)、酸杆菌门（Acidobacteria）等10个门。优势菌属为孢杆菌属（Bacillus）、酸杆菌属（Acidobacter)、链霉菌属（Streptomyces)、伯克氏菌属（Burkholderia)、Gammaproteobacteria、酸热菌属（Acidothermus),以及未确定的菌属uncultured_bacterium_Subgroup_2 、Candidatus_Udaeobacter、Candidatus_Koribacter 和AD3;从对样品的细菌多样性分析可知,五指山的样品在物种丰度和多样性上均高于琼中县的样品;从对样品的相关性分析可知,土壤理化性质与优势菌门相关,如有机质、速效钾、有效磷和碱解氮与厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）呈显著负相关,与浮霉菌门（Planctomycetes）呈显著正相关;湿度、有机质和速效钾对细菌物种丰度以及细菌多样性呈显著正相关,温度和pH值呈显著负相关。五指山和琼中种植区胆木的主要群落结构组成大体上一致,但所占丰度比不一样;细菌的群落丰度和细菌多样性具有差异,说明细菌群落丰度和细菌多样性与不同种植区相关,且五指山样品的细菌群落丰度和细菌多样性均高于琼中地区;土壤理化性质对根际细菌的主要菌门、细菌群落丰度和细菌多样性有影响。     

新疆库米什金矿土壤可培养细菌的多样性分析

[目的]了解新疆库米什一处金矿土壤可培养细菌的多样性及建立菌种资源库.[方法]采集库米什金矿土壤样品,采用两种不同培养基(LB,TSB)分离纯化细菌,对其进行形态观察(菌落及细胞)、生理测定、16SrDNA测序和系统进化分析.[结果]从两种培养基上总共得到50株细菌,根据基于16S rDNA的系统进化分析表明,50株菌分别属于3个大类群:厚壁菌门(Firmicutes ),放线菌门(Actinobacteria),γ-变形菌纲(γ-Proteobaeteria),12个属,30个分类单元.其中芽抱杆菌属(Bacillus)为优势细菌种群,占已测种群的63.3;.菌株L10-5与Bacillus foraminis (AJ717382)有96.463;的相似率,可能为潜在新种.[结论]库米什金矿土壤可培养细菌具有较高的多样性,存在潜在新菌种资源,值得进一步研究.     

基于高通量测序技术对三种太岁样品细菌组成的分析

利用Illumina公司Mi Seq技术,检测3种太岁样品细菌群落的差异性,分析太岁样品的细菌多样性和群落结构,揭示细菌在太岁构成中的作用和在不同太岁间的内在联系。结果表明,3种太岁样品的高通量测序分析共得到有效序列64 114条,归为4 033个OTU,属于35个门、61个纲、89个目、201个科及625个属,还有一些未有明确的分类学信息。变形菌门和厚壁菌门为优势门,在2、8、9号太岁样品中所占比例分别是63.95%、79.65%、76.82%。2、8、9号太岁中的最优势属及所占比例分别为Edaphobacter(23.84%)、梭菌属(12.94%)、芽孢杆菌属(17.60%)。3种太岁样品各自的优势属不尽相同,没有共有且占比均大的属。3种太岁样品的细菌群落的多样性丰富,且三者的细菌组成差异较大,不能建立起明显的内在联系。     

云南热区咖啡种植地红壤细菌群落多样性分析

为了解云南热区咖啡种植地红壤细菌类群的生态分布情况，利用高通量测序技术分别对云南潞江坝（干热区）和芒市（湿热区）5个不同咖啡种植年限的红壤细菌多样性进行分析。16S rDNA测序质控后，获得五个咖啡种植地土样Clean Reads数平均为80 167，细菌物种数目平均为3 118。2个云南咖啡主产区红壤细菌群落划分为39个已知菌门，其中优势门为变形菌门、酸杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、芽单胞菌门、拟杆菌门、浮霉菌门、疣微菌门和厚壁菌门。潞江坝与芒市咖啡种植地红壤的细菌群落组成、优势菌属、相对丰度、多样性指数均存在一定差异。其中，潞江坝咖啡种植5和8 a的红壤细菌物种数目和丰富度均高于芒市咖啡种植4和6 a的红壤，但与芒市咖啡种植20 a的红壤无显著差异。随咖啡种植年限的增加，潞江坝或芒市咖啡种植地红壤的细菌优势属均发生了一定变化，但细菌群落的丰富度和多样性无显著差异。该结果为云南热区咖啡种植红壤的细菌类群及其作用研究提供了参考信息，有助于云南咖啡种植的可持续发展。     

云南不同地理种群草地贪夜蛾肠道可培养细菌多样性分析

【目的】明确云南不同地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道可培养细菌群落组成及种群间的差异,为草地贪夜蛾肠道细菌多样性及其生物学功能研究提供科学依据,并为解析草地贪夜蛾的环境适应机理打下基础。【方法】采用分离培养法对云南省普洱市澜沧、保山市隆阳、昆明市石林、红河州开远4个不同地理种群的草地贪夜蛾幼虫肠道细菌进行分离培养,结合形态学及16S rDNA测序方法进行细菌种类鉴定。【结果】从云南4个地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道中共分离获得27株形态、颜色和大小各异的细菌菌株,27株细菌菌株分属4门9科12属19种,优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),优势菌属为厚壁菌门肠球菌属(Enterococcus)。其中,澜沧、石林、开远和保山种群分别分离到3门4科6属8种共9株细菌、3门5科6属6种共6株细菌、2门3科4属5种共5株细菌和3门6科6属6种共7株细菌;4个地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道内均存在肠球菌属和克雷伯氏菌属(Klebsiella)细菌;4个地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道细菌的丰富度指数、Shannon指数、Simpson指数和均匀度指数分别为0.705~1.277、0.969~1.381、0.615~0.635及0.602~0.753。【结论】云南4个不同地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道内可培养细菌较丰富,不同地理种群肠道细菌多样性存在差异,但优势菌均为厚壁菌门的肠球菌属细菌,肠球菌属细菌对草地贪夜蛾肠道细菌群落起着决定作用。     

稻蟹共作与蟹单作模式下中华绒螯蟹肠道及养殖环境细菌群落组成比较

为分析稻蟹共作和蟹单作模式下中华绒螯蟹肠道及养殖环境细菌群落组成的差异,利用Miseq平台对微生物16S rRNA基因V4区高通量测序,比较分析两种模式下的细菌群落变化。结果显示:两种模式下具有显著差异(P0.05)菌门,肠道中为酸杆菌门(Acidobacteria)和互养菌门(Synergistetes);水体中为拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)和Armatimonadetes菌门;底泥中为浮霉菌门(Planctomycetes)。两种模式下具有显著差异(P0.05)菌属,肠道中有14个,水体中有18个,底泥中有13个。稻蟹共作与蟹单作肠道、水体、底泥的Chao、ACE丰富度指数,以及Shannon和Simpson多样性指数差异不显著。通过对两种模式下水体、土壤及肠道中具有显著差异(P0.05)的分支杆菌属(Mycobacterium)、红杆菌属(Rhodobacter)、黄杆菌属(Flavobacterium)、硝化螺旋菌属(Nitrospira),蓝藻细菌门(Cyanobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、柔膜菌门(Tenericutes)和厚壁菌门(Firmicutes)比较分析后发现:一些厌氧、高亚硝酸盐环境下的常见优势菌属在蟹单作水体、土壤中的丰度显著高于稻蟹共作,稻蟹共作条件下养殖河蟹的肠道微生物构成上更接近野生河蟹,其肠道细菌群落特点也反映出共作养殖环境优于单作模式,且有利于河蟹生长。     

广西涠洲岛3种海参共附生细菌多样性及其延缓衰老活性分析

【目的】明确广西涠洲岛海参共附生细菌多样性，筛选出具有延缓衰老活性的菌株，为挖掘延缓衰老活性的新化合物提供菌种资源。【方法】选用9种选择性培养基对来源于广西涠洲岛的3种海参［异色哈威参（Havelockia versicolor）、玉足海参（Holothuria leucospilota）和方柱翼手参（Colochirus quadrangularis）］共10份样品进行共附生细菌分离纯化，基于16S rRNA测序分析其多样性，并以秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）为模型评价共附生细菌发酵粗提物的延缓衰老活性。【结果】从广西涠洲岛3种海参中共分离获得63株共附生菌株，隶属于3门4纲14目25科35属，以放线菌纲（Actinobacteria）为优势菌群，共有31株（占49.21%）；放线菌GXIMD LM0085和GXIMD LM0159有可能为潜在新种，与对应有效发表菌株Kocuria assamensis、K.salsicia的相似性分别为97.38%和97.00%。不同培养基分离获得的海参共附生细菌在属类水平上存在明显的数量差异，以M9培养基分离获得的菌属数量最多（19属28株），P7培养基分离获得的最少（仅6属6株）；在筛选确定的35属细菌中，仅Cobetia和嗜盐单胞菌属（Halomonas）在9种培养基均有生长分布，多达13个属仅在单一的培养基中生长。不同海参分离获得的共附生细菌数量排序为1#异色哈威参>方柱翼手参>2#异色哈威参>玉足海参，除了玉足海参外，其他3只海参体内的共附生放线菌相对丰度明显高于体表共附生放线菌相对丰度。线虫寿命试验发现，有6株共附生细菌的发酵粗提物能显著延长秀丽隐杆线虫寿命（P<0.05），分别是GXIMD LM0037（寡养单胞菌属）、GXIMD LM0005（链霉菌属）、GXIMD LM0071（副球菌属）、GXIMD LM0114（寡养单胞菌属）、GXIMD LM0099（原小单孢菌属）和GXIMD LM0032（短状杆菌属）。【结论】广西涠洲岛海域海参蕴含着多样性丰富的共附生细菌资源，具有潜在的新物种，且部分菌株具有延缓衰老活性，在延缓衰老活性物质挖掘及新型抗衰老药物研发方面具有巨大潜力。     

鹅－鱼立体养殖环境的菌群特征研究

禽－鱼立体混合养殖是全球罗非鱼养殖的一种重要模式．由于该模式可能存在着致病菌由禽向鱼类沿养殖链和食物链传递的风险,被认为会对罗非鱼的健康养殖造成危害,但目前缺乏相应的理论依据．通过连续采集某鹅－鱼养殖场中罗非鱼鳃、鹅粪便、池塘水体及底泥样品,采用高通量测序技术检测了其中的菌群结构及多样性,结果发现,在５次采集的鱼鳃、鹅粪便、池塘水及底泥样品中,平均分别鉴定到细菌２２门和１６９属、２７门和１７６属、３８门和２０６属、６０门和２０５属,菌群丰富度最高的为底泥样品（Ｓｈａｎｎｏｎ指数６.６４）．在门水平,鱼鳃、底泥、池塘水的菌群组成较稳定,其优势菌群依次为厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和蓝藻门．鹅粪便则在随时间变化差异较大．在属水平,鹅粪便和鱼鳃上没有发现共同的致病菌．但值得注意的是,鹅粪便中含有众多病原菌如不动杆菌属（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、梭杆菌属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、梭菌属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）和空肠弯曲菌属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）．鱼鳃上则发现有丰富的乳酸杆菌属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、土芽孢杆菌属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ）和芽孢杆菌属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）等有益菌,同时也有假单胞菌属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）和链球菌属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）等病原菌．底泥中发现的大部分细菌为厌氧菌,如脱氯单胞菌属（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、厌氧粘细菌属（Ａｎａｅｒｏｍｙｘｏｂａｃｔｅｒ）和地杆菌属（Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ）．β-多样性分析表明,不同来源样品的细菌组成相似性很小．结果表明立体养殖池塘中各类样品的菌群组成在属水平差别较大;没有直接证据表明,病原菌会由鹅水平转移至罗非鱼．     

Buried straw layer and plastic mulching increase microfl ora diversity in salinized soil

Salt stress has been increasingly constraining crop productivity in arid lands of the world. In our recent study, salt stress was alleviated and crop productivity was improved remarkably by straw layer burial plus plastic film mulching in a saline soil. However, its impact on the microflora diversity is not well documented. Field micro-plot experiments were conducted from 2010 to 2011 using four tillage methods:(i) deep tillage with plastic film mulching(CK),(ii) straw layer burial at 40 cm(S),(iii) straw layer burial plus surface soil mulching with straw material(S+S), and(iv) plastic film mulching plus buried straw layer(P+S). Culturable microbes and predominant bacterial communities were studied; based on 16 S r DNA, bacterial community structure and abundance were characterized using denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE) and polymerase chain reaction(PCR). Results showed that P+S was the most favorable for culturable bacteria, actinomyces and fungi and induced the most diverse genera of bacteria compared to other tillage methods. Soil temperature had significant positive correlations with the number of bacteria, actinomyces and fungi(P0.01). However, soil water was poorly correlated with any of the microbes. Salt content had a significant negative correlation with the number of microbers, especially for bacteria and fungi(P0.01). DGGE analysis showed that the P+S exhibited the highest diversity of bacteria with 20 visible bands followed by S+S, S and CK. Moreover, P+S had the highest similarity(68%) of bacterial communities with CK. The major bacterial genera in all soil samples were Firmicutes, Proteobacteria and Actinobacteria. Given the considerable increase in microbial growth, the combined use of straw layer burial and plastic film mulching could be a practical option for alleviating salt stress effects on soil microbial community and thereby improving crop production in arid saline soils.