SSR分子标记及其在茶树DNA指纹图谱上的应用

本文综述了SSR分子标记、DNA指纹图谱原理及SSR分子标记在茶树指纹图谱上的应用,提出SSR分子标记在茶树指纹图谱构建过程中存在的问题并给出建议,旨在为豫南茶树种质资源DNA指纹图谱构建提供一定的借鉴和指导。     

19个自育葡萄品种(系)指纹图谱构建

【目的】 利用SSR标记技术开展19个葡萄品种(系)的指纹图谱构建,为种苗认证、品种登记和植物新品种保护提供依据。【方法】 以19个葡萄品种(系)为试材,利用16对SSR标记荧光引物,对其进行PCR扩增和毛细管电泳,获得指纹条带,构建指纹图谱,并筛选可以将19个品种(系)区分的引物组合,绘制种质分子身份证数字码。【结果】 从16对SSR标记引物选择了VRZAG67、VVS2、VVMD7、VCHR4a、VVMD5等5对多态性信息量相对较高的SSR标记,完成了品种(系)的指纹图谱构建,并对其进行了赋值编码,形成了身份识别码。【结论】 构建的指纹图谱和分子身份证可以鉴定和区别19个品种(系),但由于葡萄种质较多,如果继续区别更多的品种,需要增加的 SSR 引物数量。     

基于SSR标记的甜瓜品种（系）DNA指纹图谱库的构建

【目的】建立甜瓜品种的DNA指纹图谱数据库,实现对甜瓜品种进行快速、准确的鉴定。【方法】应用SSR分子标记技术,首先利用20份具有代表性的甜瓜品种（系）筛选SSR引物,然后对105份不同甜瓜品种（系）进行指纹图谱的构建。【结果】从1 219对SSR引物中筛选出18对引物为105份材料形成了多态性的指纹图谱,其中每对引物可以检测到4-14条数目不等的多态性条带,平均为9条;多态性信息含量（PIC）平均为0.68,变化范围为0.55-0.82。105份材料间的相似系数为0.70-0.99。利用这18对SSR核心引物构建的指纹图谱库能够有效区分所有供试材料,并且为每份材料建立了一份独特的指纹图谱。【结论】SSR标记适于构建甜瓜品种  （系）的DNA指纹图谱库,可为甜瓜品种鉴定提供依据。     

SSR标记在玉米研究中的应用研究进展

简单重复序列作为第二代分子标记技术,在农作物分子辅助育种、种质资源鉴定等方面得到了广泛的应用。该文介绍了SSR标记引物开发及其原理,并对SSR标记在玉米种质资源遗传多样性分析、DNA指纹图谱构建、杂交种种子纯度鉴定以及杂种优势种群划分等方面的应用进行了综述,旨在为推进精准育种、缩短育种周期等提供参考。     

基于SSR的藕莲新品种(系)指纹图谱构建

[目的]利用SSR分子标记构建藕莲品种(系)鉴定的DNA指纹图谱,为藕莲品种鉴定和新品种选育提供技术支持。[方法]利用SSR标记对9个莲藕新品种(系)进行鉴定,统计条带并进行遗传多样性分析,选择核心引物,建立DNA指纹图谱。[结果]从45对引物中筛选到9对多态性引物,对9个品种(系)扩增得到条带,共扩增出52条带,其中差异条带32条,多态性比率为61.54%,扩增片段大小为100～400 bp。选出4对SSR核心引物构建9个藕莲品种(系)的DNA指纹图谱。[结论]藕莲品种遗传多样性水平较低,4对引物组合所构建的DNA指纹图谱可用于藕莲品种鉴定。     

我国中低纬度地区白蜡DNA图谱构建及SSR标记遗传多样性分析

白蜡是我国一种常见绿化树种,因纬度位置、海拔高度和海陆分布等自然地理因素不同,造成地区之间种质资源的自然差异。真实性和纯度是种质资源检测的重要指标之一,因此建立快速、精准、便捷的SSR分子标记技术对于白蜡种质的溯源及新品种授权具有重要意义。本研究以2013年山东省林业科学研究院在白蜡种质资源调查项目中采集并保存的38份白蜡为试材,利用SSR分子标记技术对我国不同纬度地区的白蜡种质资源进行指纹图谱构建,从150对候选引物中成功筛选出15条特异性强、条带清晰的引物作为核心引物,共检测出3.8个基因型,每对引物扩增的基因型2~6个不等。并构建白蜡DNA指纹图谱,采用5对引物组合即可将38份白蜡种质完全区分。聚类分析结果表明,白蜡种质间的亲缘关系与纬度因素具有一定的相关性。     

菊芋种质资源鉴定及DNA指纹图谱的构建

[目的]为挖掘菊芋优异种质资源,补充菊芋DNA指纹图谱。[方法]本研究以12份菊芋品种和8份美国菊芋资源为基础,通过8对SSR与7对SRAP引物,检测菊芋基因组DNA差异,对待测品种和资源通过毛细管电泳以进行品种差异鉴定、聚类分析和DNA指纹图谱的构建。[结果]共筛选出14对特异性良好的引物,其中7对SSR引物共扩增出435个位点,具有多态性位点234个,多态性比率为53.7%;8对SRAP引物共扩增出285个位点,具有多态性位点146个,多态性比率为51.2%。聚类分析结果表明,20份菊芋材料被分为六大类,相近地理来源的菊芋大都聚为同一大类,美国菊芋种质资源被单独分为几类。共筛选出6对特异性较高的引物序列,构建了供试菊芋品种和资源的DNA指纹图谱。[结论]为不同产地和来源的菊芋种质资源鉴定和溯源提供了理论基础。结果表明SSR、SRAP标记用于菊芋品种选育及鉴定是可行的。     

基于SSR技术的水稻DNA指纹图谱构建

水稻是我国重要的粮食作物,具有种植面积大、分布范围广等特点,然而由于水稻的遗传基础比较狭窄,在新品育种、品种区分及质量监控等方面经常出现问题。SSR技术作为第二代分子标记的典型代表,具有标记数量丰富、定位精准等优点,在水稻SSR指纹图谱的构建中提到不可替代的重要作用。该文主要综述了基于SSR技术构建的水稻DNA指纹图谱,对其技术要点及其构建意义进行分析,并对其发展趋势进行展望。     

果桑种质资源SRAP指纹图谱构建及遗传差异分析

为了有效区分15份果桑种质资源,利用分子标记SRAP技术进行遗传差异分析并构建DNA指纹图谱。从42对SRAP引物组合中筛选出17对引物进行PCR扩增,得到306条清晰条带,其中多态性条带253条,多态性比率为82.68%,供试材料间的遗传相似系数(GS)在0.390 9～0.811 1之间。选用2对多态性引物（Me2/Em1 和Me7/Em5）,初步构建了15份果桑种质材料的DNA指纹图谱。经过非加权组平均法(UPGMA)聚类分析,以遗传相似系数0.666为阈值,将供试材料分为3组;根据条带的有无转换为二进制编码形成数字指纹图谱,简便快速区分每份种质材料。采用SRAP分子标记建立的指纹图谱适合于果桑品种的分类和鉴定。     

基于SSR构建中国主栽草莓品种指纹图谱

【目的】利用SSR分子标记构建中国主栽草莓品种的DNA指纹图谱,为保护育种者权益和实现草莓资源的高效鉴定提供基础数据。【方法】以中国目前主栽的草莓品种(70个)为材料,采用荧光毛细管电泳技术对28个SSR分子标记进行评估,利用筛选后的高效SSR标记构建草莓品种的DNA指纹图谱。【结果】从28对引物中选出了5对多态性较高、重复性较好的核心引物。核心引物共检测出40个等位位点,平均每对引物检测出8个等位位点;共检测到142个带型,平均每对引物检测出28.4个带型;各标记的多态信息含量(PIC)为0.79～0.87,平均PIC值为0.83;聚类分析结果表明,草莓品种之间的相似系数范围为0.65～0.97。【结论】成功构建了具有唯一对应关系的70个草莓品种的DNA指纹图谱,为未来草莓品种的资源保护和利用推广提供数据支撑。     

柑橘栽培品种（系）DNA指纹图谱库的构建

 【目的】构建柑橘栽培品种（系）的DNA指纹图谱数据库,为建立柑橘种苗纯度及真实性鉴定技术体系和技术规范奠定基础。【方法】利用SSR标记和ISSR标记对102个柑橘栽培品种（系）进行DNA指纹分析,筛选适合的特征引物,构建柑橘栽培品种（系）的指纹图谱数据库。【结果】从200对SSR引物中筛选到重复性好、多态性丰富的12对引物作为柑橘品种（系）鉴定的特征引物,12对SSR特征引物组合可鉴别42个品种（系）;在此基础上,对未出现SSR特征指纹的60个品种（系）进行ISSR指纹分析,从40个ISSR引物中筛选到2个可用于品种鉴定的特征引物,结合SSR标记,可快速、准确地鉴别70个柑橘的品种（系）。并利用这12对SSR特征引物和2个ISSR特征引物构建了70个柑橘栽培品种（系）的DNA特征指纹图谱数据库。【结论】SSR和ISSR标记适于构建柑橘栽培品种DNA指纹图谱库;指纹图谱库的建立为柑橘种苗纯度及真实性鉴定奠定了基础。     

分子标记技术在葫芦科瓜类作物中的应用进展

简述了分子标记技术即RFLP、RAPD、SSR、AFLP在葫芦科瓜类作物遗传图谱构建、性状连锁标记分析和分子辅助选择、品种及杂交种纯度的鉴定与品种DNA指纹图谱、种质资源与遗传进化分析等领域的应用,着重论述了分子标记技术在黄瓜、甜瓜和西瓜方面研究的进展情况,并探讨了其应用前景和存在的问题。     

基于SSR标记的葡萄品种(系)遗传多样性分析与指纹图谱构建

[目的]对供试葡萄材料进行遗传多样性分析,构建其指纹图谱,为葡萄分类、种质鉴定和制干葡萄定向育种提供科学依据.[方法]利用SSR标记对新疆44个相对适宜制干葡萄(VitisL)品种(系)进行遗传多样性分析及指纹图谱构建.[结果]以52对SSR引物对供试材料的基因组DNA进行PCR扩增,筛选出8对多态性高、谱带清晰的引物.共扩增出190条带,均为多态性条带,多态性百分率为100;.多态性信息含量指数(PIC)变幅为0.686 8～0.964 0,平均为0.908 4.UPGMA聚类分析表明,44份葡萄品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.63～0.92,在遗传相似系数0.654处,可将44份供试材料分为5个类群,在一定程度上反映了品种之间的亲缘关系.利用Vmc9a2.1、UDV-017、UDV-033和UDV-041等4条引物构建了品种DNA指纹图谱,可区分44个供试材料.[结论]SSR标记方法可分析供试材料的亲缘关系,利用筛选出的4种引物可构建其DNA指纹图谱.     

江西省2009年水稻区试品种的DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

构建DNA指纹图谱对新品种登记注册、种子质量鉴定、品种权益保护、遗传资源评价等具有重要的意义。本研究利用12对水稻SSR引物,构建江西省2009年度区域试验品种的DNA指纹图谱。通过聚类分析发现本研究中的水稻品种种质资源遗传多样性相对狭窄。     

基于SSR分子标记技术的新疆苹果资源指纹图谱的构建

为快速、准确的对现有新疆野苹果种下类型和栽培品种进行鉴定,构建新疆苹果资源的DNA指纹图谱数据库。本研究利用SSR分子标记技术,先筛选鉴别能力强的SSR特征引物,再应用组合法构建62份新疆苹果资源DNA指纹图谱,最终对新疆野苹果种下类型和部分栽培品种进行聚类分析。研究显示,使用12对引物进行PCR扩增,共扩增条带80条,其中多态性条带79条,多态性百分率98.75%,筛选出鉴别能力最强的4对特征引物CH03d07、MS06g03、CH02a08、CH02b12;应用组合4对引物对62份新疆苹果种质资源构建指纹遗传图谱,能有效区分所有供试材料;同时根据该图谱的特异性标记位点,在遗传相似系数0.62处可将62个供试材料分为4大类群。从分析结果看,本研究构建的SSR标记适于构建新疆苹果资源的DNA指纹图谱库。     

结球甘蓝西园六号种子纯度的SSR和SRAP鉴定

用SSR和SRAP标记技术对结球甘蓝西园六号进行品种纯度鉴定,从94对SSR引物和109对SRAP引物 中分别筛选出4对条带清晰、多态性较高且具有高度区分度的引物.依据8对引物在西园六号及其亲本的聚丙烯酰 胺凝胶电泳检测结果,构建了清晰的品种指纹图谱.通过对特异片段的序列分析,比较了亲本特异片段的碱基差异 并揭示了杂交后代中产生非亲条带的本质,将SSR转化为SCAR标记.SSR和SRAP分子标记构成的DNA 指纹 图谱及SCAR标记,为西园六号品种纯度快速鉴定提供了科学依据.     

利用SSR分子标记建立杂交水稻指纹图谱

利用微卫星标记对大穗稻1126进行了DNA指纹图谱构建和品种鉴定的研究,77对引物中具有多态性的引物共36对,占所用引物的46．75％。利用这些SSR引物建立了1126的DNA指纹数据库,可以有效解决杂交水稻亲本1126的真伪性及与其他品种的区分问题。三组引物RM21、RM505、RM212共同扩增可以很好地将1126与其亲本Lemont与蜀恢527区分开来,可作为大穗稻1126的特征引物加以鉴定。由此可见利用微卫星分子标记技术进行水稻种子质量鉴定应用前景广阔。     

基于SSR标记构建白蜡种质资源分子身份证

以山东省林业科学研究院寿光试验站收集的46份白蜡为试验材料,对白蜡种质资源分子身份证的构建进行探究。利用SSR标记技术对白蜡试材进行区分,从150对引物中筛选出11对SSR引物对选定白蜡试材进行扩增,每个引物可以检测到3~5个基因型,平均每对引物扩增出2.52条带和2.09条多态性带,平均多态性位点百分率为82.93%。将11对引物及其检测出的等位基因依次赋值,构建了供试白蜡种质资源的分子身份证,能够达到区分各品种的目的。     

SSR荧光标记毛细管电泳分析16个博落回种质资源的遗传多样性

为分析我国13个省份博落回种质资源的遗传多样性,明确其亲缘关系和遗传差异。利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对16份博落回种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：16个博落回种质资源多态信息含量(PIC)值的变化范围为0.375～0.687,遗传相似系数范围为0.071 4～0.714 2。聚类分析结果显示,在相似系数0.3处可将16份博落回种质资源分为3个大类群,第Ⅰ大类有7份种质资源,第Ⅱ大类有1份种质资源,第Ⅲ大类有8份种质资源。此外,构建了16份博落回种质资源的DNA指纹图谱数据库,开发了相对应的指纹图谱。研究结果可为博落回种质资源的分类鉴定、遗传多样性分析和品种选育提供可用的分子标记以及参考依据。     

黑龙江省建三江地区主栽粳稻DNA指纹图谱构建研究

利用农业行业标准(NY/T1433-2007)推荐的12对引物,采用简单重复系列(Simple Sequence Repeats,SSR)标记和毛细管电泳方法,对黑龙江省建三江地区的12个主栽粳稻品种进行检测,构建DNA指纹图谱和品种的分子身份证。12对引物在12份品种中共检测到30个等位基因,每对引物检测到的等位基因数平均值为2.5个。根据引物在水稻品种中的扩增和毛细管电泳测定的结果,采用0/1矩阵构建由30位数字组成的DNA指纹图谱。分子身份证包括品种本身信息及SSR指纹信息,通过软件生成水稻品种身份证条形码和二维码,为水稻品种的鉴定及溯源管理提供技术支撑。