球茎甘蓝SSR分子标记开发及指纹图谱构建

【目的】开发球茎甘蓝SSR分子标记,并构建球茎甘蓝的指纹图谱,以期从分子水平了解球茎甘蓝品种间的遗传多样性及亲缘关系,为球茎甘蓝育种材料选择提供参考。【方法】基于转录组数据,利用生物信息学方法开发球茎甘蓝的SSR标记并分析其分布特征,PCR检测SSR引物的有效性和多态性,筛选出多态性引物,用于分析18份球茎甘蓝材料的亲缘关系并构建指纹图谱。【结果】通过球茎甘蓝转录组测序共获得196642条Unigenes,其中85468条含有SSR位点,SSR出现频率43.46%;单一型SSR位点以单核苷酸（44.74%）为主要类型,其次为二核苷酸（26.37%）和三核苷酸（27.35%）类型。SSR位点有112种重复基序,其中单核苷酸重复基序以A/T为主（占44.16%）,二核苷酸重复基序以AG/CT为主（占18.11%）。PCR筛选获得29对引物能扩增出86条多态性条带,平均每对引物扩增出3.28条。根据扩增出的多态性条带对18份球茎甘蓝材料进行聚类分析,结果显示在遗传距离为0.61处将其分为五大类,同时还构建了18份球茎甘蓝DNA指纹图谱数据库,建立了相应的识别二维码。【结论】开发获得29个球茎...     

基于SSR技术的水稻DNA指纹图谱构建

水稻是我国重要的粮食作物,具有种植面积大、分布范围广等特点,然而由于水稻的遗传基础比较狭窄,在新品育种、品种区分及质量监控等方面经常出现问题。SSR技术作为第二代分子标记的典型代表,具有标记数量丰富、定位精准等优点,在水稻SSR指纹图谱的构建中提到不可替代的重要作用。该文主要综述了基于SSR技术构建的水稻DNA指纹图谱,对其技术要点及其构建意义进行分析,并对其发展趋势进行展望。     

甜樱桃品种SSR指纹图谱的构建

采用SSR标记技术构建甜樱桃品种的分子指纹图谱,为甜樱桃品种鉴定提供依据。以“泰山朝阳”、“泰山红日”和“红南阳”等品种为试材,从38对引物中筛选出5对多态性及稳定性高的SSR引物进行PCR扩增。5对引物扩增出的多态性带数在10—15条,平均为12．6条;引物的多态信息量（PIC）在0．8347—0．9020,平均0．8708。依据甜樱桃SSR带型特征,对每对引物生成的不同带型直接编号,简化甜樱桃SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA指纹图谱。表明SSR标记技术可用于鉴定甜樱桃种质。     

SSR分子标记技术及其在构建玉米DNA指纹库上的应用

SSR分子标记技术是在PCR基础上发展起来的一种DNA多态性检测技术,已广泛应用于植物基因组研究的各个领域。概述了SSR标记的原理、类型、功能及其引物的来源,利用SSR构建玉米DNA指纹库的进展,玉米DNA指纹库在品种鉴定、品种保护及品种监测等方面的应用等,以为玉米品种的研究提供参考。     

利用SRAP标记构建山东省苹果资源指纹图谱

构建山东省苹果属植物资源指纹图谱,为该地区资源保护、利用及创新奠定基础。以山东省内59份苹果属植物资源为试材,采用改良CTAB法提取基因组DNA,从15条正向引物和16条反向引物随机组合的240对SRAP引物中筛选出25对条带清晰、多态性高的引物组合用于试验。根据电泳胶图,计算多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性条带比率。按照Botstein公式计算多态信息含量;用POPGENE32软件计算观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s信息指数(I),并进行遗传多样性分析。用NTSYS-pc2.10e软件UPGMA方法进行聚类分析,并计算遗传相似性系数。采用引物对组合的方法,构建59份山东苹果资源数字指纹图谱。共检测出176个条带,其中多态性谱带158条,多态性比率达89.77%,平均每对引物组合产生7.04个条带和6.31个多态性条带。样品间平均观察等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数及Shannon’s信息指数分别为1.8898,1.4945,0.2861及0.4302。UPGMA聚类结果表明,59份样品...     

基于SSR构建中国主栽草莓品种指纹图谱

【目的】利用SSR分子标记构建中国主栽草莓品种的DNA指纹图谱,为保护育种者权益和实现草莓资源的高效鉴定提供基础数据。【方法】以中国目前主栽的草莓品种(70个)为材料,采用荧光毛细管电泳技术对28个SSR分子标记进行评估,利用筛选后的高效SSR标记构建草莓品种的DNA指纹图谱。【结果】从28对引物中选出了5对多态性较高、重复性较好的核心引物。核心引物共检测出40个等位位点,平均每对引物检测出8个等位位点;共检测到142个带型,平均每对引物检测出28.4个带型;各标记的多态信息含量(PIC)为0.79～0.87,平均PIC值为0.83;聚类分析结果表明,草莓品种之间的相似系数范围为0.65～0.97。【结论】成功构建了具有唯一对应关系的70个草莓品种的DNA指纹图谱,为未来草莓品种的资源保护和利用推广提供数据支撑。     

利用SSR分子标记构建苏香粳1号的指纹图谱

应用筛选出的4对SSR引物,建立了苏香粳1号的DNA指纹图谱.结果表明,苏香粳1号特异性的SSR指纹是引物RM3475的谱带1、引物RM3533的谱带2、引物RM6920的谱带1.通过与其他香稻材料的遗传关系分析,发现苏香粳1号与苏御糯遗传距离较大,从而在分子水平上解释和验证了苏香粳1号具有粳稻的遗传成分.     

粳稻种质资源SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

【目的】构建新疆粳稻种质资源的DNA指纹图谱,了解新疆粳稻育成品种的遗传相似性。【方法】利用均匀分布于水稻12条染色体的70对SSR引物,以新疆粳稻育成品种及引进资源为材料,进行遗传多样性分析并构建SSR指纹图谱。【结果】有63对引物具有多态性片段,共检测到388个有效等位基因,平对每对引物6.1587个等位基因;引物平均多态性频率为0.2371。89个材料间的遗传相似系数在0.72～0.88,相似性较高,以0.73为标准,可分为5大群。【结论】新疆粳稻育成品种的遗传背景相似性较高、多样性不够丰富,遗传基础相对比较狭窄,加强新的基因资源鉴定利用及育种材料创制。     

基于SSR标记辣椒品种DNA指纹图谱的构建

基于辣椒全基因组开发的SSR标记,对青海地区主栽的26份主栽辣椒品种进行遗传多样性分析并构建分子指纹图谱.结果从117对SSR标记中筛选出6对扩增稳定,多态性较好的引物,6对标记共扩增到36个基因位点,多态性比例为97％;26份青海地区主栽辣椒品种之间遗传相似系数为0.42～1.00,在GS 0.5处可将26份辣椒材料...     

SSR分子标记技术在苹果种质资源及遗传育种研究中的应用

简要介绍了SSR分子标记技术的基本原理及其优点,综述了SSR分子标记技术在苹果种质资源和遗传育种研究中的广泛应用,如在苹果品种鉴定、种质资源评价、亲缘关系和遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建、基因标记及定位等方面的应用,并对其在苹果研究中存在的问题和应用前景进行了讨论,可为开展苹果分子遗传育种提供参考。     

新疆早熟陆地棉SSR标记遗传多样性分析及指纹图谱构建

采用SSR分子标记对41份北疆地区早熟陆地棉品种进行遗传多样性分析,并构建其DNA指纹图谱。最终100对引物筛选出8对多态性较好引物,共检测50条带,其中多态性33条,多态性比率66%,每对引物平均扩增到6.25条条带。多态信息含量(PIC)为0.568 0~0.784 6,平均值为0.646 2。聚类分析表明,供试材料在遗传距离为0.42时可划分为3类,第3大类又可以划分为2大亚类,多数品种属于第3大类。利用其中7个特异性标记引物获得的数据构建供试材料的分子指纹图谱。新陆早系列在选育过程中亲本的来源较为广泛,遗传背景较复杂,获得的SSR分子指纹图谱能够用于新疆早熟陆地棉品种及相关材料的鉴定。     

高粱SSR分子连锁图谱的构建

选用高粱品种B2V4×1383-2杂交组合获得的F2分离群体(共150个个体)为材料,以SSR标记构建高粱的连锁图谱。通过对129对Xtxp型SSR引物组合进行筛选,共得到75对多态性引物,利用筛选出的75对引物进行选择性扩增,得到了75个SSR多态性位点。经Map maker/EXP(version 3.0)软件处理,构建了包含12个连锁群,46个遗传标记的连锁图谱,该图谱覆盖443.9 cM,平均图距为9.6 cM。     

石斛种质资源遗传多样性的SSR分析及指纹图谱构建

利用20对SSR标记对10个石斛品系进行遗传多样性分析,共获得118条扩增带,其中59条具有多态性,每对引物组合可扩增出1~6条多态性条带,平均2.95条。10个石斛品系间Jaccard遗传相似系数为0.162~0.885,表明孙桥农业园区的石斛具有较好的遗传多样性,同时构建了10个石斛品系的特征指纹图谱。     

砂梨核心种质SSR标准指纹图谱构建

砂梨[Pyrus pyrifolia(Burm.f.)Nakai]一般为二倍体植物,染色体基数为17,从分布在砂梨17条不同的染色体上的60对简单序列重复标记(Simple sequence repeats,SSR)引物中筛选出分别位于17条染色体的17对多态性引物对97份砂梨核心种质进行扩增,共检测到等位基因276个,每对引物检测到的等位基因数在8~26个,平均为16.4个,表明所选引物具有较高的鉴别力。多态信息含量指数(PIC)变幅为0.670(CH03d12)~0.926(CH03d02),平均为0.817,显示出较高的多态性信息,表明砂梨核心种质蕴含有极为丰富的遗传多样性,具有极高的代表性。试验建立起一套基于SSR分子标记的引物组合与鉴定体系标准,通过反映不同染色体上的遗传信息,在同一平台上可以同时将数百份甚至上千份的品种资源区分开来,这对梨科研、教学及生产中的资源收集保存、品种鉴别、品种权保护具有十分重要的意义。     

利用SSR分子标记建立杂交水稻指纹图谱

利用微卫星标记对大穗稻1126进行了DNA指纹图谱构建和品种鉴定的研究,77对引物中具有多态性的引物共36对,占所用引物的46．75％。利用这些SSR引物建立了1126的DNA指纹数据库,可以有效解决杂交水稻亲本1126的真伪性及与其他品种的区分问题。三组引物RM21、RM505、RM212共同扩增可以很好地将1126与其亲本Lemont与蜀恢527区分开来,可作为大穗稻1126的特征引物加以鉴定。由此可见利用微卫星分子标记技术进行水稻种子质量鉴定应用前景广阔。     

西南常用玉米自交系SSR指纹图谱构建

本文对西南地区目前在生产上正在使用的73份(次)玉米自交系进行了SSR分析。从96对引物中筛选到多态性较丰富的20对引物，利用其中的233、250、265、277、286、290等6个核心引物的指纹组合将供试自交系完全区分开来，构建了西南地区常用玉米自交系的DNA指纹图谱。实验表明。利用SSR技术进行玉米自交系鉴定是可行、有效的。     

西北地区主栽豌豆品种SSR指纹图谱构建

采用SSR标记技术对7个西北地区主栽豌豆品种基因组DNA进行扩增,构建了不同品种豌豆的指纹图谱。结果表明,21对不同的SSR引物中有6对扩增出多态性DNA片段,其中1对引物PSAC75可使每一品种具有其自身的特征谱带。因此,SSR技术可从DNA水平鉴别豌豆品种的分子差异,从而为分子标记辅助育种提供技术依据。     

基于SSR标记的藜麦种质资源遗传多样性分析与指纹图谱构建

为了分析藜麦种质资源的遗传基础和遗传多样性,为藜麦种质资源的保护与高效利用提供理论依据。本研究以收集到的48份国内外藜麦种质资源为材料,采用简单重复序列(SSR)标记的方法,分析了藜麦种质资源的遗传多样性并构建DNA指纹数据库。结果表明,共筛选出25对多态性SSR分子标记,所有标记共检测到134个等位变异,每对引物检测出3～13个等位变异;Nei’s基因多样性指数(H)为0.107 5～0.368 7,均值为0.242 4;Shannon信息指数(I)为0.204 3～0.551 6,均值为0.383 3;多态性信息含量(PIC)为0.378 8～0.852 2,均值为0.604 2。聚类分析结果表明,48份藜麦种质资源被分为4个组,相近地区或生态环境的种质资源多聚在一组;利用3对SSR引物组合,构建了48份藜麦资源数字指纹图谱。本研究结果表明48份藜麦种质资源遗传多样性丰富;所筛选的SSR标记用于藜麦种质资源遗传多样性分析及品种鉴定是可行的。     

毛白杨多态SSR引物库和种质资源指纹图谱库构建

目的针对毛白杨优树种质资源形态学差异小、不易区分等问题,利用多态SSR引物构建优树种质资源指纹图谱,为毛白杨种质资源管理、新品种选育、知识产权保护等提供参考。方法本研究以山东冠县毛白杨种质资源库469个优树无性系为对象,从毛白杨SSR多态引物筛选入手,通过荧光SSR引物PCR扩增和毛细管电泳仪检测筛选SSR引物,并构建指纹图谱。结果在2 317对SSR引物中,共计得到清晰、特异、多态、稳定扩增的SSR引物406对,这些SSR引物在19条染色体上的分布数量介于3 ~ 39对之间,利用BLAST比对分析可将其中389对SSR引物定位到毛果杨基因组,构建了毛白杨优树种质资源多态SSR引物库。应用多态性较高的SSR核心引物,以及特异的SSR辅助引物相结合的技术策略,筛选出25对多态性较高的SSR核心引物,以及13对特异的SSR辅助引物,构建了毛白杨种质资源库内469个优良无性系指纹图谱库,并完成了指纹图谱的QR编码。结论本研究成功构建了毛白杨种质资源多态SSR引物库和优树无性系指纹图谱库,对与毛白杨类似的林木种质资源遗传变异研究以及品种鉴定、系谱分析等具有重要意义。      

基于SSR标记的我国咖啡种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建

为分析我国咖啡种质遗传背景,提高咖啡资源保护与利用效率,利用31个SSR分子标记对我国主要的92份咖啡种质进行遗传多样性检测。结果表明, 92份咖啡种质遗传相似系数变幅为0.666～0.997,平均为0.85,其中小粒种咖啡种内平均遗传相似系数为0.923。在遗传多样性分析基础上,利用5个SSR标记构建了25个中粒种咖啡品系的DNA指纹图谱。研究表明,我国咖啡种质资源遗传基础非常狭窄,利用现有咖啡资源开展品种选育潜力有限,应加强对野生特异种质的引种与发掘利用。