基于宏基因组学技术分析不同贮藏条件下鲶鱼片中的菌相变化

【目的】分析鲶鱼肉片贮藏过程中微生物多样性和菌群动态变化,探究天然保鲜剂对鲶鱼肉片菌相及菌落组成的影响。【方法】试验分8组,即新鲜鲶鱼片(CK0);空气包装(air-package,AP)鲶鱼片低温贮藏(4±1)℃第4、7天(AP4和AP7)样品;气调包装(modified atmosphere package,MAP,60%CO_2/40%N_2)鲶鱼片冰温贮藏(-0.7±0.02℃)第10、30天(MAP10和MAP30)样品;添加5%天然保鲜液(由壳聚糖、蜂胶、溶菌酶、Nisin和茶多酚复配而成)MAP鲶鱼片冰温贮藏第10、30和40天(MAPP10、MAPP30和MAPP40)样品。采用宏基因组学技术,测定并分析不同贮藏方式鲶鱼片全部微生物的16S r DNA序列,比较各组菌群的物种组成和丰度信息,通过Alpha多样性分析和主成分分析,考察包装方式、贮藏温度和天然保鲜液对微生物的抑制作用。【结果】8组样品中454焦磷酸测序共鉴定出25个门、433个属的细菌。MAP10、MAPP10、MAPP30中的最优势菌属和CK0一致,均为Actinomyces;而AP4和AP7中的最优势菌分别为Aeromonas(70.49%)和Pseudomonas(59.01%)。从微生物角度来看,MAP+冰温贮藏优于AP+冷藏。随着贮藏时间的延长,气调包装中的Lactococcus丰度由15.78%(MAP10)急剧上升为82.85%(MAP30)。添加天然保鲜液的MAPP10和MAPP30中Lactococcus几乎检测不到。【结论】气调包装协同冰温贮藏显著降低了鲶鱼片中细菌菌群的丰度和多样性,有利于延长鲶鱼肉的保质期。天然保鲜液中的茶多酚、Nisin和壳聚糖等能显著抑制MAP+冰温贮藏的鲶鱼片中的主要腐败菌属Lactococcus的生长繁殖。     

林麝粪便细菌多样性研究

为研究林麝粪便细菌的结构与组成,选取6只2~3岁的圈养条件相同且健康的公林麝,饲喂精粗比为2∶8的饲粮,收集其新鲜粪便,提取其总DNA,然后用16SrRNA细菌通用引物进行PCR扩增,并用Illumina Miseq250PE测序平台,对扩增子进行Miseq双端测序。结果显示:1)借助Illumina Miseq250PE测序平台对样品进行测序,共获得85 091条有效序列,5 133个有效OTU。2)所得OTU经物种注释被归类为23个门,其中厚壁菌门(Firmicutes)(51.1%±19.9%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(35.6%±15.5%)、变形菌门(Proteobacteria)(5.2%±5.6%)和未分类菌门(*Unassigned)(2.2%±1.0%)为优势菌门,其总和达到菌群相对含量的94.1%;将其进一步分为240个菌属,其中18个为共享菌属,拟杆菌目(*Bacteroidales)(16.5%±10.2%)、瘤胃菌科(*Ruminococcaceae)(14.7%±13.8%)和梭菌目(*Clostridiales)(13.7%±3.9%)含量相对较高。3)OTUs稀释曲线均未达到平台期,说明测序深度不足以覆盖所有的菌群。4)非加权聚类图(PUGMA)显示样品B和E、C和F的菌群多样性相似度较高,而样品A和其他样品的相似度相对较低。由此可见,在正常状态下,健康林麝粪便分布有23个门类细菌群落,以Firmicutes、Bacteroidetes和Proteobacteria为优势菌群,进一步将林麝粪便细菌群落细分为240个属且发现林麝个体间菌群差异性较小且与其他草食动物优势菌群结构相似。     

贮藏温度对草鱼片冰温保鲜的影响

为了延长冰温贮藏草鱼片的贮藏期,通过盐浸和冰温真空脱水的方法降低鱼肉冰点,从而降低冰温贮藏温度。将新鲜草鱼片用4%盐水在–0.5℃下浸渍10h,然后冰温真空脱水至60%±1%含水率(冰点为–4.2℃),设定了2组冰温组,T1组贮藏温度设定为(–0.5±0.5)℃;T2组为(–3.5±0.5)℃,以4℃冷藏组CT作为对照。在贮藏期间定期测定其pH值、菌落总数(TBC)、硫代巴比妥酸值(TBA)、游离氨基酸和挥发性盐基氮(TVB-N),并进行相应的感官评价,探究贮藏温度对草鱼片品质变化的影响。结果表明,通过降低冰点的方法降低贮藏温度,能够减缓草鱼片TBC、TBA和TVB-N的上升速度,显著延长贮藏期。–0.5℃与–3.5℃冰温贮藏的样品贮藏期分别为50d和60d,冷藏的样品贮藏期只有30d。综合分析,–3.5℃贮藏的草鱼片保鲜效果最优,感官最好,其次是–0.5℃。     

冰温贮藏调控藏羊肉脂质氧化对肉色稳定性的影响

【目的】为明确冰温贮藏下脂质氧化对藏羊肉肉色稳定性的影响.【方法】选取欧拉藏羊后腿肉为试验材料,分别在冰温(-1.4±0.1)℃和冷藏(4±1)℃条件下贮藏,测定贮藏期间(0、1、3、5、7、9 d)硫代巴比妥酸含量(TBARS)、过氧化值(POV)、肉色及其稳定性和肌红蛋白氧化状态的变化.【结果】结果表明,贮藏9 d时,冰温组TBARS值和POV值分别比冷藏组低42.92%和35.38%(P0.05);冰温组肉色a~*值、肉色b~*值、Chroma值和OMb相对含量分别比冷藏组高27.52%、8.14%、23.19%和34.75%(P0.05);冰温组肉色L~*值、Hue angle值、MMb相对含量分别比冷藏组低8.04%、13.13%、34.56%.冰温组TBARS值与Hue angle值具有极显著的正相关性(P0.01),冰温组POV值与MMb相对含量具有极显著的正相关性与OMb相对含量具有极显著的负相关性(P0.01);冷藏组TBARS值与Chroma值具有极显著的负相关性(P0.01);冷藏组TBARS值与Hue angle值具有极显著的正相关性(P0.01).【结论】冰温贮藏过程中脂质氧化对肉色稳定性有显著影响.总之,冰温贮藏能延缓宰后藏羊肉脂质氧化,从而维持肉色稳定性,研究结果为欧拉羊肉冰温贮藏提供了依据.     

基于16S rDNA-DGGE技术的真空包装鲢鱼片腐败菌群研究

【目的】对真空和非真空包装不同温度贮藏的鲢鱼片的腐败菌群进行研究,为真空包装冷藏鲢鱼片腐败菌群及货架期的确定提供参考。【方法】应用16SrDNA V3区变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析方法,研究不同温度(4,10,20℃)条件下,真空和非真空包装鲢鱼片的腐败菌群。【结果】鲢鱼片贮藏终点的微生物具有多样性,真空包装鲢鱼片的主要腐败菌为少食嗜酵母菌(Zymophilus paucivorans)、假单胞菌属(Pseudomonas)细菌、梭状芽孢杆菌(Clostridium frigidicarnis)、乳杆菌(Lactobacillus oligofermentans);不同温度下假单胞菌属细菌、漫游球菌(Vagococcus sp.)和莓实假单胞菌(Pseudomonas fragi)为优势菌;Pseudomonas sp.为鲢鱼片特征腐败优势菌。在4℃条件下,真空包装对一部分细菌起到抑制作用,鲢鱼片腐败菌群由少食嗜酵母菌、假单胞菌、梭状芽孢杆菌、威尔氏菌属(Weissella sp.)和乳杆菌构成。【结论】16SrDNA-DGGE技术可以有效揭示真空包装冷藏鲢鱼片腐败菌群结构。4℃冷藏和真空包装相结合可改变鲢鱼片菌群结构,同时抑制部分腐败菌,达到延长货架期的目的。     

冰温贮藏对鸡肉鲜度和游离氨基酸变化的影响

比较分析了冰温贮藏[(-0.8±0.2) ℃]和4 ℃冷藏对鸡肉鲜度和品质的影响,得出鸡肉货架期;在鸡肉货架期内,定量分析2种不同贮藏方式的风味成分.结果表明,冰温贮藏能显著延长鸡肉的货架期,一级鲜度期限为25 d,而冷藏只有11 d.在一级鲜度期限内,冰温贮藏产生更多的游离氨基酸(冰温下增加了61%,冷藏增加了11%);必需氨基酸增加了61%,明显优于冷藏的33%;谷氨酸在冰温下增加了51%,冷藏增加了11%,冰温贮藏明显增加了鸡肉的鲜味和适口性.     

短期不同耕作方式对水稻根际土壤细菌群落结构多样性的影响

[目的]研究短期不同耕作方式对水稻根际土壤细菌群落结构多样性的影响,为阐释耕作对稻田土壤微生物多样性的形成机制提供科学依据.[方法]以旋耕、免耕和粉垄3种不同耕作方式下的水稻根际土壤为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术结合土壤理化性质,分析不同耕作方式下水稻根际土壤细菌群落多样性特征及其与土壤理化因子的关系.[结果]旋耕、免耕和粉垄处理文库覆盖率均较高,分别为98.96%、98.93%和99.04%.Alpha多样性分析结果显示,粉垄处理水稻根际土壤细菌群落多样性Shannon指数显著高于免耕处理(P<0.05,下同).旋耕、免耕和粉垄处理分别获得2747、2734和2813个OTUs,处理间无显著差异(P>0.05).各样本共检测到细菌类群206个种,隶属于47门48纲85目134科217属.物种群落组成分析表明变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门和硝化螺旋菌门是水稻根际土壤细菌主要优势菌群,共占比69.96%~73.51%;不同耕作处理水稻根际土壤细菌群落结构差异主要表现在菌群的相对丰度上,变形菌门、硝化螺旋菌门、浮霉菌门、放线菌门和绿菌门的相对丰度在3种耕作方式间差异显著.旋耕和免耕处理间OTU水平相似性较高.主成分分析结果显示,第一主成分(PC1)和第二主成分(PC2)菌群结构的差异性贡献率分别为43.15%和23.79%,细菌群落结构表现为粉垄处理受PC1影响明显、旋耕和免耕处理受PC2影响明显.冗余分析结果表明前2个排序轴共解释69.09%细菌群落变化;速效磷、碱解氮和pH是影响细菌群落的重要因子,与变形菌门、硝化螺旋菌门、浮霉菌门、放线菌门和绿菌门的群落分布显著相关.[结论]短期不同耕作方式可在一定程度上改变稻田土壤细菌群落多样性,不同耕作方式间的差异主要体现在细菌群落相对丰度上;土壤速效磷、碱解氮和pH是影响水稻根际土壤细菌群落分布的重要因素.从土壤微生物群落形成角度考虑,粉垄栽培优于旋耕和免耕.     

颐和园不同植被区土壤细菌群落特征

【目的】分析颐和园不同植被覆盖条件下的土壤细菌群落多样性和群落结构功能特征,为颐和园土壤生态环境管理提供科学依据。【方法】以颐和园内6类植被覆盖区域(牡丹种植区、宿根花卉区、落叶阔叶林区、针阔叶混交林区、野生灌草丛区和踩踏草坪区)的土壤为研究对象,采用Illumina HiSeq高通量测序技术分析土壤细菌群落组成并进行功能预测。【结果】颐和园土壤样品共获得1 472 561条有效序列,产生7 726个OTUs。土壤细菌中绝对优势类群为酸杆菌门(Acidobacteriota)、变形菌门(Proteobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、放线菌门(Actinobacteriota)和芽单胞菌门(Gemmatimonadota)等。土壤细菌群落主坐标分析和FAPROTAX功能预测分析表明,不同植被覆盖区土壤细菌主要类群丰度和功能菌群丰度均表现出显著差异;冗余分析和相关性分析表明,优势类群与环境因子间存在显著的相关关系。【结论】不同植物类群对土壤细菌群落构成、功能和多样性影响显著,踩踏草坪区细菌丰富度和多样性显著低于其他植被覆盖区;土壤环境因子pH值、电导率、全氮和碱解氮是...     

不同种植地胆木根际的细菌群落结构和多样性

为探明胆木根际主要细菌的群落结构和多样性,明确细菌群落的结构和多样性与土壤理化性质的相关关系,为后续开展不同种植区胆木促生根际细菌的分离筛选工作和为不同立地条件下胆木的质量评价奠定基础。采用高通量测序技术对5个种植区 15 份胆木的根际土壤样品进行分析,采用Excel、DPS和SPSS 20.0软件对数据进行多重比较和相关性分析。结果表明:15 份土壤样品平均序列长度为414～418 bp,样品DM4、DM7、DM10、DM12和DM14的平均细菌分类操作单元个数分别为1 084、1 012、1 109、870和997,获得1 223个细菌分类操作单元;从对样品的群落结构分析可知,优势细菌门为Rokubacteria、WPS-2、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes)、浮霉菌门（Planctomycetes)、厚壁菌门（Firmicutes)、疣微菌门（Verrucomicrobia)、绿弯菌门（Chloroflexi)、放线菌门（Actinobacteria)、变形菌门（Proteobacteria)、酸杆菌门（Acidobacteria）等10个门。优势菌属为孢杆菌属（Bacillus）、酸杆菌属（Acidobacter)、链霉菌属（Streptomyces)、伯克氏菌属（Burkholderia)、Gammaproteobacteria、酸热菌属（Acidothermus),以及未确定的菌属uncultured_bacterium_Subgroup_2 、Candidatus_Udaeobacter、Candidatus_Koribacter 和AD3;从对样品的细菌多样性分析可知,五指山的样品在物种丰度和多样性上均高于琼中县的样品;从对样品的相关性分析可知,土壤理化性质与优势菌门相关,如有机质、速效钾、有效磷和碱解氮与厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）呈显著负相关,与浮霉菌门（Planctomycetes）呈显著正相关;湿度、有机质和速效钾对细菌物种丰度以及细菌多样性呈显著正相关,温度和pH值呈显著负相关。五指山和琼中种植区胆木的主要群落结构组成大体上一致,但所占丰度比不一样;细菌的群落丰度和细菌多样性具有差异,说明细菌群落丰度和细菌多样性与不同种植区相关,且五指山样品的细菌群落丰度和细菌多样性均高于琼中地区;土壤理化性质对根际细菌的主要菌门、细菌群落丰度和细菌多样性有影响。     

五种植被覆盖下红壤的细菌群落结构组成及其特征

采用16S rDNA扩增子测序方法探究了5种植被[艾草(Artemisia argyi)、一年蓬(Erigeron annuus)、马唐(Digitaria sanguinalis)、鬼针草(Bidens pilosa)和飞扬草(Euphorbia hirta)]根际的微生物群落.结果表明,变形杆菌(37.8%±2.1%)、酸杆菌门(17.7%±3.8%)和拟杆菌门(16.5%±6.15%)为此片红壤的主要优势菌群.植被类型在一定程度上影响了根际土壤细菌群落丰度及多样性.在门水平,鬼针草土样中的拟杆菌门和硝化螺旋菌门、一年蓬土样中的放线菌门相对富集;在目水平,假单胞菌目和噬纤维菌目分别在艾草土样和鬼针草土样中相对富集.样本共有的OTUs数目约占各个样本OTUs总数的50%,各样品特有的OTUs占比1%～4%.不同植被覆盖下土样细菌的α-多样性指数无显著性差异,飞扬草土样的物种丰度(Chao1=2 388)和多样性指数(H′=9.508)略高于其它样品,艾草土样的物种丰度(Chao1=2 154)和多样性指数最低(H′=8.964).PCoA与OTU聚类分析显示,鬼针草土样与飞扬草土样的群落组成最为相似,马唐土样与前二者差异最大.结果表明,不同植被下红壤细菌菌群物种组成和多样性相对稳定,但不同植被条件会造成土壤中细菌种群在丰度和个别物种上的差异,表现出各自独特的物种特征.