苦瓜AFLP和SRAP的PCR反应体系优化及应用比较

【目的】优化苦瓜AFLP和SRAP的PCR反应体系,比较这两种分子标记在苦瓜应用中的优劣,为苦瓜突变体筛选提供参考。【方法】以8份苦瓜种质为材料,对AFLP和SRAP反应体系中各反应因素浓度进行筛选优化;分别选取5对条带清晰、重复性好的AFLP和SRAP引物对8份苦瓜材料进行扩增,比较其多态性。【结果】在AFLP反应体系中,在0～10倍稀释范围内,以连接产物稀释5倍时反应效果较好;将预扩产物稀释30倍进行选择性扩增为宜。在SRAP反应体系中,Mg2+浓度为2.5 mmol/L、dNTP浓度为0.2 mmol/L时,反应效果较好。多态性分析结果显示,5对AFLP引物共扩增出145条带,多态性条带有18条,多态性比率为12.41%;5对SRAP引物扩增条带数为109条,其中多态性条带数有9条,多态性比率为8.25%。【结论】AFLP和SRAP两种分子标记技术均可以很好反映苦瓜种质资源的遗传多样性,但AFLP扩增产物的平均多态性高于SRAP,能够比较稳定地筛选出差异条带。     

17种木犀科植物的AFLP指纹分析

应用AFLP技术对木犀科17种植物的亲缘关系进行了分析,利用从16对引物中筛选出的多态性好的5对引物,共扩增出条带553条,其中多态性条带451条,多态性比率81.6%;不同属之间,白蜡属的多态性比率最低;采用UPGMA法进行了聚类分析,初步证明丁香属和女贞属之间亲缘关系最近,连翘属和素馨属亲缘关系较近;筛选出了15种木犀科植物的特征性AFLP标记,为分子水平开展木犀科植物的分类研究提供了有益参考。     

梨栽培品种荧光AFLP分析

利用荧光AFLP技术,对梨属6个栽培种84个品种进行研究.从64对引物组合中筛选出9对用于选择性扩增,共获得859条带,其中多态性带795条,多态性为92.5%,平均每对引物组合产生95条带.扩增结果显示,9对引物组合在16个品种中扩增出23条特征带;每对引物组合均能将所有品种鉴别开,表明荧光AFLP技术用于梨品种鉴定的效率很高.通过聚类,从分子水平对梨品种的亲缘关系进行分析,为梨属植物的分类、品种鉴定和亲缘关系分析提供了分子水平的依据.     

苦瓜AFLP和SRAP的PCR反应体系优化及应用比较

【目的】优化苦瓜AFLP和SRAP的PCR反应体系,比较这两种分子标记在苦瓜应用中的优劣,为苦瓜突变体筛选提供参考。【方法】以8份苦瓜种质为材料,对AFLP和SRAP反应体系中各反应因素浓度进行筛选优化;分别选取5对条带清晰、重复性好的AFLP和SRAP引物对8份苦瓜材料进行扩增,比较其多态性。【结果】在AFLP反应体系中,在0-10倍稀释范围内,以连接产物稀释5倍时反应效果较好;将预扩产物稀释30倍进行选择性扩增为宜。在SRAP反应体系中,Mg^2＋浓度为2．5mmol／L、dNTP浓度为0．2mmol／L时,反应效果较好。多态性分析结果显示,5对AFLP引物共扩增出145条带,多态性条带有18条,多态性比率为12．41％;5对SRAP引物扩增条带数为109条,其中多态性条带数有9条,多态性比率为8．25％。【结论】AFLP和SRAP两种分子标记技术均可以很好反映苦瓜种质资源的遗传多样性,但AFLP扩增产物的平均多态性高于SRAP,能够比较稳定地筛选出差异条带。     

利用ISSR和AFLP标记分析石斛种质资源的遗传多样性

本研究利用ISSR和AFLP两种分子标记对51个药用石斛材料(包括35个铁皮石斛种质资源)进行遗传多样性研究。利用ISSR标记筛选出6条引物,共扩增出79条带,平均每条引物扩增条带数约为13.17条,多态条带比率都达到100%。利用AFLP标记筛选出5对引物,共扩增207条带,其中206条具多态性,多态性比率高达99.52%。两标记分析获得的群体种系间关系与变异基本一致,且群体内的分化较小,群体间的分化较大,群体间的基因流动较小。所得到的聚类图表明:ISSR和AFLP标记技术能有效地将研究材料分开,且基本反映了它们之间的亲缘关系,说明两种标记均适合用于石斛植物的遗传多样性研究。     

部分菊花品种遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术研究了26个菊花品种的遗传多样性,7个引物组合共扩增出385条带,其中多态性条带285条,多态性占74.03%,平均每个引物组合扩出多态性条带40.7条,每一个引物组合都可将26个品种完全分开。利用AFLP数据,进行聚类分析,将26个菊花品种聚为5类。结果表明:AFLP技术在菊花品种分类中的应用是可行的。     

3种分子标记分析罗非鱼选育群体 的多态性效率比较

应用RAPD、AFLP、SSR等3种分子标记,对吉富品系尼罗罗非鱼选育群体的多态性进行了分析.在40条RAPD引物、19对SSR引物、64对AFLP引物中,具有多态性、重复性好的引物分别为17条、19对和8对,扩增出多态性条带数分别为35、92、181条.结果表明,RAPD、AFLP、SSR多态性条带比例分别为20.35％、79.64％和58.77％,平均每个(对)多态性引物可以扩增出多态性片段数目分别为2.06、4.84和22.63.说明SSR和AFLP是研究吉富罗非鱼选育群体更为有效的分子标记.     

AFLP和RFLP标记检测水稻亲本遗传多样性比较研究

 利用AFLP和RFLP技术对 2 0个水稻品种 (系 )进行了遗传多样性分析。在AFLP分析中 ,用 6 4对引物组合进行了初筛 ,然后用其中适合水稻的 15对引物进行了详细研究 ,每对AFLP引物组合扩增出了 4 7～ 118条带 ,其中多态性带为 5～ 32条 ,15个引物组合共得到多态性条带 2 99条 ;在RFLP分析中 ,4 9个RFLP探针共检测出 10 7条多态性带。聚类分析表明 ,两种标记均能将 2 0个材料分成籼粳两大类群 ,但AFLP标记比RFLP标记更能反映品种间系谱亲缘和地理生态上的差异。两种标记检测出的遗传距离的趋势是一致的 ,但AFLP标记相对于RFLP而言提高了品种间的遗传距离的估计 ,降低了亚种间遗传距离的估计 ,因此 ,AFLP更适应于多样性的研究 ,RFLP更适应于籼粳分类及度量籼粳分化程度     

7种木兰科常绿植物亲缘关系的ISSR和AFLP分析

利用ISSR和AFLP 2种分子标记方法对7种木兰科常绿植物遗传多态性和亲缘关系进行了分析,建立了木兰科常绿植物ISSR和AFLP的优化反应体系,构建了UPGMA系统树.利用筛选的11个引物对7份样本进行ISSR分析,共获得131条带,其中多态性带86条,平均每个引物产生11.10条带,平均多态性检出率为70.37%,说明供试的7种材料种质间有较高等位多态性.用22对EcoRⅠ/MseⅠ引物组合对7份样本进行了AFLP分析,共扩增出1 310条带,其中多态性带1 204条,平均每对引物扩增带数59条,多态性率92.5%.通过2种标记发现,木兰属与含笑属聚类在一起,他们之间存在的遗传差异通过分子标记可以鉴定出来,而木莲属的川滇木莲在聚类分析中差异性最明显,尤其与含笑属,虽然他们的外部形态相似,但遗传距离较远.研究还发现,在2组试验的遗传相似系数结果中,均有超出0～1范围的数值出现,根据分析为偏分离现象,初步推断出现此种结果应与材料来源有关.     

基于AFLP标记的河八王种质资源遗传多样性分析及分子身份证构建

以广西地区的15份河八王无性系为材料,采用AFLP标记结合毛细管电泳进行分析,计算多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性条带比率。进行遗传相似系数和UPGMA聚类分析,并建立分子身份证。25对AFLP引物组合在15份河八王种质资源中共扩增出2 208个位点,其中多态性位点1 914个,多态性比率(PPB)为87.11%。UPGMA聚类分析表明,供试的15份河八王种质资源其遗传相似系数变化范围在0.656~0.878,在相似系数为0.706时,可划分为3个类群。结合特征带和不同引物组合方法可有效建立河八王种质资源特异分子身份证,置信概率达到99.99%。所供试河八王种质具有较丰富的遗传多样性水平,基于3对AFLP引物组合104条谱带构建的15份河八王种质分子身份证具有唯一性,AFLP标记是在分子水平上鉴定河八王种质的有效方法。     

山东核桃主要分布区种质资源遗传多样性AFLP分析

利用AFLP技术对山东省核桃主要分布区收集的55份核桃材料进行遗传多样性分析。结果表明,9对AFLP引物共扩增出566条谱带,其中440条为多态性条带,占总条带数的77.82%。聚类分析表明,材料间的遗传相似系数变幅为0.67～0.86;位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.705～0.904,平均值为0.786;在遗传相似系数0.738水平上,55份核桃种质资源可聚成3大类。AFLP标记揭示出该55份核桃各群体之间存在较大遗传变异,各地区群体内遗传相似系数较高。     

采用AFLP技术分析17个荷花(Nelumbo nucifera)品种的系统关系

【目的】采用AFLP技术,对17个荷花品种进行亲缘关系分析。【方法】从64个AFLP引物组合中筛选出10对多态性较高的引物,以17个荷花DNA为模板,进行PCR扩增,并对产物进行聚丙烯凝胶电泳分析。【结果】共获得条带523条,其中多态性条带370条,多态性比例达到70.75%;根据扩增条带信息进行聚类,可将17个品种分为2组;其中有5对引物,每对引物单独使用均可将17个品种完全区分开。【结论】AFLP用于鉴别荷花品种,具有较高的可行性;本研究为荷花分类和杂交育种的亲本选择提供参考信息。     

水稻AFLP标记的多态性、分布及分离的研究

采用５个ＰｓｔⅠ／ＭｓｅⅠ引物组合对来自２个籼稻品种Ｈ３５９和Ａｃｃ８５５８的重组自交系（ＲＩ,Ｆ７代,１３１个系）群体进行了扩增片断长度多态性（ＡＦＬＰ）分析,并对ＡＦＬＰ的多态性程度、ＡＦＬＰ标记的染色体分布及分离比例进行了研究．在ＡＦＬＰ分析中,共检测到９８个多态性带,其中７８个定位到连锁图中,并分布在所有的１２条染色体上,表明ＡＦＬＰ是一种高效的分子标记,可与ＲＦＬＰ标记结合应用于遗传图谱的构建和基因定位．     

AFLP在濒危植物岷江柏中的应用初探

以14个岷江柏野生居群个体为试材,对AFLP分析过程中的影响因子（酶切与连接、预扩增、选择性扩增和银染）进行了研究.筛选出4对扩增稳定且多态性丰富的AFLP引物;得到扩增条带274条,多态性带137条（占50.00%）.     

中国中北部青檀的AFLP分析

为揭示中国中北部青檀的遗传多样性,本研究从贵州、北京、甘肃、江苏、安徽、山东、河南7省12个种群收集了31 份青檀样品,对其进行AFLP分析。利用从26 对AFLP引物组合中筛选出的6对引物对样本DNA进行扩增,共产生223条谱带,其中211 条为多态性条带,比率达94.26%。结果显示中国中北部的青檀材料之间存在较高的遗传多样性,且AFLP 技术可以有效地对其进行分析。31 个样品的遗传相似系数在0.6413-0.9193之间,平均为0.7489,聚类分析结果显示样品首先按照种群聚在一起,但也有交叉。     

Assessment of genetic diversity in glandless cotton germplasm resources by using agronomic traits and molecular markers

Seventy-one glandless cotton germplasm resources were firstly evaluated genetically by using nine agronomic traits, 33 simple sequence repeat (SSR) primers and ten amplified fragment length polymorphism (AFLP) primer combinations. Principal component analysis (PCA) of the agronomic traits showed that the first six principal components (PCs) explained a total of 86.352% of the phenotypic variation. A total of 329 alleles were amplified for 33 SSR primers, and 232 polymorphic bands in a total of 389 bands were obtained by using ten AFLP primer combinations. The average polymorphic information content (PIC) value was 0.80 and 0.18 for SSR primers and AFLP primer combinations, respectively. The DIST (average taxonomic distance) and DICE (Nei and Li’s pairwise distance) coefficients ranged from 0.373 to 3.164 and 0.786 to 0.948, respectively, for agronomic traits and SSR&AFLP data based on UPGMA analysis. This suggested that there was a higher diversity in the evaluated population for both agronomic traits and molecular markers. The Mantel’s test showed that the correlation between the dendrograms based on agronomic traits and SSR&AFLP data was non-significant.     

AFLP分析西南区扁穗牛鞭草种质资源

利用AFLP分子标记技术,选用8对EcoR I/M seI的引物组合,对不同生境类型的48份扁穗牛鞭草种质资源进行分析,共扩增出可辨认带312条,其中多态性带285条,平均每对引物得到35.6条多态性带,多态性达88.60%,48份野生牛鞭草材料的相似系数范围0.6867-0.9090,遗传距离为0.3133-0.1810。结果说明西南地区野生扁穗牛鞭草具有丰富的遗传基础和遗传多样性,加强西南地区扁穗牛鞭草种质资源系统化研究,对于资源的保护,优质、高产、适应性强新品种的选育及畜牧业的发展都具有重大意义。     

19个地方鸡种遗传变异的微卫星和AFLP指纹分析

利用20个微卫星标记和6对AFLP引物组合对19个地方鸡种进行了遗传检测,并根据两种标记 分析的遗传距离进行了聚类分析。结果发现,19个地方鸡种在20个微卫星位点上的平均杂合度为0．582 4- 0．743 2,平均多态信息含量为0．523 8-0．702 3;6对AFLP引物组合在19个地方鸡种中共检测到294条多态性 条带,平均每个引物组合产生49条,同时在每个品种群体中还检测到了数量不等的特异性条带;19个地方鸡种两 种标记分析的聚类结果具有较大的一致性,并与所保存地方鸡种的地理分布、现实状况相吻合。这表明同时应用微 卫星和AFLP指纹分析我国地方鸡种的遗传多态性和品种间的亲缘关系,其结果具有更高的可靠性和科学性。     

朱红橘及其突变体牛肉红金橘的AFLP分析

为弄清朱红橘红色突变体牛肉红金橘遗传的真实性,利用AFLP分子标记技术对朱红橘(Citrus reticulata Blanco)及其实生变异体牛肉红金橘进行了遗传鉴定.结果表明:从120对EcoRI/MseⅠ酶切引物中筛选出具有多态性的引物7对(MCO5E04,MCO4E01,MC04E02,MC04E03,MC04E04,MC04E06,MCO5E02);对朱红橘及其突变体牛肉红金橘进行AFLP扩增,共扩增出648条带,其中,72条具有多态性,多态性比例占11.11%;应用NTSYSpc 2.1软件统计分析,品种(系)间的遗传距离为0.0215853.牛肉红金橘与朱红橘在DNA水平上确实存在差异,牛肉红金橘为遗传上稳定的变异体,具有成为新的红肉品种的遗传基础,可作为新型材料加以保护和利用.