发菜总RNA提取方法的比较与优化

发菜是一种具有丰富胶质鞘、色素、多糖的陆生蓝藻。采用Omega RNA提取试剂盒、Trizol RNA提取法、天根试剂盒及优化后的Omega RNA提取试剂盒、Trizol法、天根试剂盒法从发菜藻体中提取RNA,并用核酸浓度测定仪和琼脂糖凝胶电泳检测提取的总RNA质量。结果表明,优化前后的Trizol法均无法提取到发菜总RNA;利用Omega试剂盒获得发菜总RNA已降解;利用天根试剂盒可获得发菜总RNA,进一步改进和优化天根试剂盒的提取程序,获得的发菜总RNA 23S、16S条带清晰,D260 nm/D280 nm、D260 nm/D230 nm分别为2.06、2.08。研究结果为深入开展发菜转录组研究奠定了基础。     

适合软枣猕猴桃花蕾转录组测序的总RNA提取方法研究

为了得到符合转录组测序要求的软枣猕猴桃花蕾RNA,比较了Trizol法、十二烷基苯磺酸钠(SDS)法、天根植物总RNA提取试剂盒以及改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法的提取效果。结果表明,Trizol法、SDS法和天根植物总RNA提取试剂盒均不能有效提取到软枣猕猴桃花蕾总RNA,改良后的CTAB法提取的RNA 28S和18S条带清晰,通过RT-PCR方法扩增出软枣猕猴桃Actin基因片段。将纯化后的RNA送样至测序公司,经深度检测样品合格,可以上机进行转录测序。     

3种芹菜茎组织总RNA提取方法的比较研究

[目的]为了获得质量较好的芹菜茎的总RNA,为后续分子生物学试验提供基础。[方法]试验对1种RNA提取方法(Trizol法)和2种RNA提取试剂盒(RNA prep Pure Plant Kit法、RNA simple Total RNA Kit法)方法进行比较研究。[结果]RNA prepPure Plant Kit方法得率低,且OD260/OD280值低于1.8,Trizol法OD260/OD230高于2.0,且得率低于RNA simple Total RNA kit法。只有RNA simple Total RNA kit法提取的RNA质量最好,得率最高。[结论]与Trizol法和RNA prep Pure Plant Kit法相比,RNA simple Total RNA Kit法提取的芹菜茎总RNA得率高,完整性好,凝胶电泳泳道无杂质,可以满足半定量RT-PCR的试验需要。     

适合于高通量测序的槟榔总RNA的提取方法

为了获得能满足高通量测序要求的槟榔叶片总RNA,采用通用植物总RNA提取试剂盒和异硫氰酸胍-苯酚法提取槟榔叶片的总RNA。结果表明:异硫氰酸胍-苯酚法提取的总RNA完整性好、纯度高,通用植物总RNA提取试剂盒不能从槟榔叶片中提取完整的总RNA;70℃,10 min的热处理会导致槟榔总RNA的降解,苯酚/氯仿抽提能得到高纯度、完整性好的总RNA;总RNA质量浓度达到979 mg·L-1,OD260/OD280=1.98,OD260/OD230=2.31,能满足转录组高通量测序的要求。     

鱼腥草叶片总RNA提取方法研究

[目的]筛选出适合鱼腥草（Houttuynia cordata）叶片RNA提取的方法。[方法]以鱼腥草叶片为材料,比较了经典RNA提取试剂盒、Trizol试剂盒A、Trizol试剂盒B以及富含多糖类材料RNA提取试剂盒提取鱼腥草RNA的效果。[结果]Trizol试剂盒A、Trizol试剂盒B和经典RNA提取试剂盒难以提取出高质量的RNA,而富含多糖类材料RNA提取试剂盒提出的RNA质量高,完整性好,可以满足进一步分子生物学研究的要求。[结论]普通RNA提取试剂盒难以提取出鱼腥草叶片的RNA。     

2种方法从大鼠晶状体中提取总RNA及评测

[目的]测评2种方法从大鼠晶体中提取总RNA的效果[方法]采用2种方法从大鼠晶状体中提取总RNA,通过测定总RNA的浓度以及A260/A280、A260/A230、琼脂糖凝胶电泳、RT-PCR方法对其进行评价。[结果]使用柱式法从大鼠晶状体中提取总RNA,其28S、18S亚基清晰可见,Nano Drop2000测定显示A260/A280、A260/A230均在1.8~2.0,可用于反转录聚合酶链反应等下游试验。Trizol法提取结果显示总RNA降解较多,不适合进行下游试验。[结论]柱式法操作简便,全程可在常温下进行,总RNA质量高,适宜于实验教学及科研。Trizol法提取总RNA操作要求相对较高,且易受到苯酚污染及乙醇残留,但适合抽提大量样本的总RNA,对于实验教学有一定难度。     

棉纤维总RNA提取方法的比较与分析

【目的】筛选适合棉纤维总RNA的提取方法,并对其进行改良,以满足转录组和表达谱测序要求。【方法】采用三种方法提取棉纤维总RNA,即改良的热硼酸法、Trizol法和离心柱试剂盒法。【结果】改良的热硼酸法提取的棉纤维总RNA质量最好,同时对该方法的改良更适合不同时期相同棉花品种和相同时期不同棉花品种棉纤维总RNA的提取。【结论】通过比较棉纤维总RNA的提取方法,发现改良的热硼酸法提取棉纤维总RNA质量最好,且对该方法的改良提取的总RNA更能够满足转录组和表达谱测序的要求。     

白皮松总RNA三种提取方法的比较研究

[目的]对白皮松（Pinus bungeana）松针总RNA提取方法做比较,以得到完整的、高质量的白皮松总RNA。[方法]采用Trizol法、RNA提取试剂盒法和LiCl沉淀法3种方法提取白皮松总RNA,通过琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测总RNA的完整性和提取纯度。[结果]LiCl沉淀法提取的RNA收率高,完整性好,OD260/OD280均在1.80～2.00,28S、18S条带清晰。[结论]LiCl沉淀法能高效地从白皮松针叶组织中分离出纯度高、完整性好的RNA样品。     

白皮松总RNA3种提取方法的比较研究

[目的]对白皮松（Pinus bungeana）松针总RNA提取方法做比较,以得到完整的、高质量的白皮松总RNA。[方法]采用Trizol法、RNA提取试剂盒法和LiC l沉淀法3种方法提取白皮松总RNA,通过琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测总RNA的完整性和提取纯度。[结果]LiC l沉淀法提取的RNA收率高,完整性好,OD260/OD280均在1.80～2.00,28S、18S条带清晰。[结论]LiC l沉淀法能高效地从白皮松针叶组织中分离出纯度高、完整性好的RNA样品。     

改良Trizol法从灌浆期小麦胚乳中提取高质量总RNA的研究

[目的]在传统的Trizol法基础上进行改良,探索一种适合于灌浆期小麦胚乳高质量总RNA提取的方法.[方法]用改良的Trizol法从花后10、15、20 d的小麦胚乳中提取总RNA,经核酸分析仪及电泳检测其质量,进行RT-PCR扩增小麦SBEⅡa基因片段并测序比对.[结果]OD260/OD280:1.95～1.98,OD260/OD230:2.0～2.25,产率:544.00～645.46 μg/g,表明提取的总RNA浓度和纯度均达到要求.测序及Blast比对表明成功克隆小麦SBEⅡa基因片段.[结论]改良后的Trizol法可以高效的从灌浆期小麦胚乳中提取高质量的总RNA.     

杜仲树皮总RNA提取方法的比较

[目的]从杜仲树皮中获得高质量的总RNA。为开展杜仲后续mRNA分离、杜仲抗真菌蛋白基因克隆、及杜仲树皮cDNA文库构建等研究奠定基础。[方法]以杜仲树皮为材料,分别采用改良CTAB-LiCl法、RNApure Plant Kit法和RNAiso Plus法进行总RNA提取,用琼脂糖甲醛变性凝胶电泳检测总RNA的完整性,用紫外分光光度计检测总RNA的纯度和得率。[结果]改良CTAB-LiCl法和RNA-pure PlantKit法提取的杜仲树皮总RNA纯度和完整性较高,A260/A280值均在1.800~2.000,28和18 SrRNA条带清晰,RNA得率较高;而RNAiso Plus法提取的杜仲树皮总RNA的纯度和完整性较低,A260/A280值为1.652,28S和18S rRNA条带存在降解和弥散现象,RNA得率低。[结论]改良CTAB-LiCl法和RNApure Plant Kit法抽提获得的杜仲树皮总RNA质量较高,能满足后续RT-PCR和RACE等试验的要求,这为成功克隆杜仲相关基因奠定了基础。关键词杜仲树皮;RNA提取;方法;比较     

甘蔗茎RNA提取方法研究（摘要）（英文）

[目的]找出提取甘蔗茎RNA的适宜方法。[方法]采用SDS法、试剂盒法、GHCL法3种方法提取甘蔗茎基因组RNA,并对提取的RNA进行质量比较。[结果]试剂盒法提取的RNA产率高,电泳条带清晰,RNA完整性好,无明显降解,OD260/OD280比值较好。试验操作要点：在RNA的提取过程中必须使操作温度保持在4℃左右（操作时温度可以通过垫加冰块来实现）,从而充分抑制RNase的活性;植物组织称取要适量,将植物组织在液氮中充分研磨后,应在液氮还未充分挥发前将研磨物加入Eppendorf管中,样品要充分研磨,通过加大提取液中变性剂的量防止在此过程中内源RNase将植物组织中RNA降解;在用酚/氯仿/异戊醇抽提及氯仿/异戊醇抽提过程中,吸取上清液时,应尽量小心,不要吸取中间层从而防止酚类、蛋白质类的干扰。此外,提取的RNA还应及时保存于-70℃低温下,避免频繁冻融影响其质量以及RNA的降解。[结论]试剂盒法是有效提取甘蔗茎RNA的方法。该研究为甘蔗的分子生物学研究奠定了基础。     

油松成熟胚总RNA的提取方法

[目的]对油松成熟胚总RNA的提取方法进行比较,以期得到完整的高质量油松成熟胚RNA。[方法]以油松成熟胚为材料,用SDS法、Trizol法和CTAB法及改良的SDS法对油松成熟胚总RNA进行提取,以紫外分光光度计测OD值,并用琼脂糖凝胶电泳检验提取效果。[结果]改良SDS法提取的RNA产率高,完整性好,A260/A280为1.97,A260/A230为2.08,28 S、18 S、5 S条带清晰且28 S亮度是18 S的2倍。通过RT-PCR检测,ds cDNA片段的弥散带分布范围在0.3～3.0 kb,进一步验证改良的SDS法可获得高质量的RNA,用于后续的分子生物学研究。[结论]改良SDS法成本低,操作简单,提取时间短,RNA质量好,是多酚多糖植物总RNA提取比较有效的方法。     

一种用于桑RAD-Seq高通量测序的基因组DNA提取方法

[目的]筛选一种能够得到高质量桑树基因组DNA的方法。[方法]采用天根试剂盒法(Plant Genomic DNA Kit离心柱型),并稍加改进,从11个桑种的新鲜嫩叶中提取DNA。[结果]该方法简单快速,不需要复杂仪器,且能有效地除去桑叶中的多糖、多酚、蛋白质等杂质,得到的DNA能够满足RAD-Seq高通量的测序要求。[结论]建立了一种用于桑RAD-Seq高通量测序的基因组DNA提取方法。     

大豆基因组DNA提取纯化方法研究

[目的]通过逐步富集的方法,提高大豆DNA的纯度和质量,为其他动植物基因组DNA的提取纯化提供参考。[方法]以梅桥大豆为试验材料,在CTAB法提取大豆基因组DNA的基础上,对大豆基因组DNA进行了纯化,对纯化后的DNA进行了光密度、紫外光谱、琼脂糖电泳和RAPD-PCR等的检测。[结果]光密度和紫外光谱检测表明A260/A230介于1.678~1.722,平均为1.697,A260/A280介于1.733~2.022,平均为1.844;琼脂糖电泳检测证实DNA分子量较大、完整性好、RNA残留少;RAPD-PCR检测得到了谱带清晰、多态性丰富的电泳谱带。DNA的得率为66.969μg/g。该试验的研究方法具有DNA质量高、操作简便、试验条件要求不高的特点。[结论]该方法可以应用于其它动植物的DNA提取纯化。