鹌鹑MC4R基因编码区群体遗传变异检测分析

 根据GenBank数据库提供的鹌鹑黑素促黑素受体4（MC4R）基因序列,设计出5对扩增引物,采用PCR SSCP分段检测方法对朝鲜鹌鹑MC4R基因外显子区域的多态性进行了检测,并对存在多态性的DNA片段进行了序列测定。SSCP分析的结果显示,第4号引物扩增的基因片段具有明显的多态性,并检测到了3种基因型（AA型,AB型,BB型）。将测序结果与GenBank数据库中鹌鹑MC4R基因序列进行比对,发现了一个单核苷酸多态性（SNP）位点：855bp位点存在一个T→C同义转换突变。基因型AA,AB和BB的频率分别为0.1933,0.6867和0.1200;等位基因A和B的频率分别为0.5367和0.4633;多态信息含量（PIC）和杂合度（H）分别为0.3736和0.4974;χ2检验的结果表明,该突变位点的基因频率未处于Hardy Weinberg平衡状态（P<0.01）。     

德化黑鸡黑素皮质素受体1（MC1R）基因单核苷酸多态性分析

采用聚合酶链式反应及单链构象多态(PCR-SSCP)技术以及DNA直接测序的方法,对德化黑鸡MC1R基因编码区进行单核苷酸多态性(SNPs)分析。结果表明:引物P2扩增片段具有多态性,并表现为AA、AB和BB等3种基因型;经序列分析发现,BB型存在2个突变位点:分别在1094处(G-A)和1095处(T-C),其中在1095处的突变还导致氨基酸的改变(Cys-Arg)。由基因型分布情况表明,德化黑鸡C系(乌色)和D系(非乌色)均以AA型为主;BB型(含SNP)仅存在于C系中,而在D系中未发现,推测BB型可能是乌色性状特有或与乌色性状相关。     

琅琊鸡Mx基因3′端部分序列PCR-RFLP与序列分析（摘要）

[目的]从分子角度对琅琊鸡Mx基因的遗传变异进行研究,为琅琊鸡分子标记辅助选择、抗病育种提供依据。[方法]采用常规的酚/氯仿抽提法提取基因组DNA。Mx基因3′端部分序列引物参考杨宁（上游引物P1：5′-GCCTACCAATACCTGG-TAGACTTT-3′,下游引物P2：5′-GCTCCCCCTCCTITCAAATA-3′）。琅琊鸡Mx基因3′端部分序列的PCR产物采用1%琼脂糖凝胶电脉检测,在紫外凝胶成像系统下观察并保存图像。利用3%琼脂糖凝胶电泳检测HaeⅢPCR-RFLP。根据酶切结果,选取不同基因型个体的PCR扩增产物,用DNA快速纯化回收试剂盒纯化。根据《分子克隆试验指南》,经连接、转化、克隆后,按照TaKaRa公司质粒DNA小量纯化试剂盒说明,对经PCR扩增鉴定为阳性的菌液提取质粒。鉴定后将重组质粒送TaKaRa公司测序。[结果]琅琊鸡群体中存在Mx基因HaeⅢ酶切位点的多态性,且均有A、B两个等位基因,基因频率分别为0.562和0.438。经独立X~2性检验,Mx基因HaeⅢ酶切位点的基因型分布在琅琊鸡群体中极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0.01）。对多态片段进行克隆测序分析,结果表明,该扩增片段长度大小为357 bp,通过DNAMAN分析软件对报道序列（NC_006088,杨宁）和Mx基因序列作比对分析,发现琅琊鸡Mx基因3′端部分序列扩增区域在20 506～20 862位点,变异序列在20771～20 802位点存在长度为31 bp的碱基缺失。HaeⅢ在本序列195 bp位点存在识别序列,对AB基因型（2条带）个体酶切产物是长度为195 bp和162 bp的2段,在3%琼脂糖凝胶中显示2条带;对AA基因型（1条带）个体发生酶切反应时,由于存在62～93位点长度为31 bp碱基缺失,所以酶切产物是长度为164 bp和162 bp的2段,与试验预期结果相一致。[结论]在山东省地方鸡种琅琊鸡Mx基因3′端序列中发现存在HaeⅢ-RFLP。     

纯血马和百色马IGF1R基因蛋白编码区序列的多态性分析

[目的]研究纯血马和百色马IGF1R基因成熟蛋白编码区序列的多态性,为揭示马矮小性状的分子机理和马的分子育种提供理论参考。[方法]采集纯血马和百色马的血样各57份,按常规酚仿法抽提DNA。利用DNA混合池和PCR产物直接测序的方法检测IGF1R基因的多态位点,利用PCR-RFLP技术分析这些多态位点在纯血马和百色马中的基因型及其频率分布。[结果]在马IGF1R基因的第2、第5和第16外显子上存在4个多态位点,其中突变179627 T→C为纯血马和百色马共有,且两者在基因型频率上差异不显著;突变212077 G→A为纯血马所独有;突变406 T→C和212 110 G→A为百色马所独有。[结论]马IGF1R基因的多态位点可能与百色马的矮小和纯血马的高大有关。     

绵羊MC1R和Agouti基因多态性与毛色性状的关联分析

[目的]MC1R和Agouti基因作为动物毛色主要候选基因,在调控黑色素的合成、参与毛色形成过程中起关键作用。研究绵羊MC1R和Agouti基因单核苷酸多态性,旨在探究MC1R和Agouti基因单核苷酸多态性与绵羊毛色的关系。[方法]随机采集特定杂交模式群体中黑色和白色绵羊的颈静脉血样各30份,提取DNA,并用PCR技术扩增MC1R和Agouti基因cDNA序列,测序获得目的片段碱基序列,比对后筛选分析MC1R和Agouti基因编码区SNPs位点,用SHEsis在线软件对单碱基突变位点连锁不平衡和单倍型分析。[结果]结果表明,受试群体中检测到的MC1R基因中有5个碱基突变位点,其中3个同义突变,2个错义突变;Agouti基因中检测到外显子4上有2个碱基突变位点,其中1个同义突变,1个错义突变。关联分析表明,Agouti基因中的2个突变位点及MC1R基因中的2个错义突变与被毛表型不相关(P0.05),MC1R基因中的3个同义突变位点与毛色性状显著相关(P0.05)。连锁不平衡发现,MC1R基因5个突变位点之间的连锁程度较强,单倍型分析表明,该群体中有8种单倍型组合,其中TGTGT和TGCTT与毛色显著相关(P0.05)。[结论]Agouti基因外显子的单核苷酸突变多态性与其被毛不相关,MC1R基因3个同义突变位点和2个单倍型组合与毛色性状相关。     

吉林梅花鹿IGF-I基因启动子区单核苷酸多态性分析

[目的]对吉林梅花鹿IGF-I基因进行单核苷酸多态性分析,为梅花鹿产茸性状的分子育种提供新的分子生物学依据。[方法]采用PCR-SSCP技术分析IGF-I基因在吉林左家梅花鹿群体中的多态性,并对IGF-I基因多态片段进行克隆、测序,确定多态位点的突变位置。[结果]P1引物扩增的群体出现了AA、BB、AB和CC4种基因型,基因型频率分别为0.100、0.300、0.433和0.167,等位基因频率为0.317、0.517和0.166;P2引物扩增的群体出现3种基因型,分别用GG、TT和GT,基因型频率分别为0.500、0.333、0.167,等位基因频率为0.667和0.333。测序结果表明,在引物P1扩增片段中,在105～107处发生了AGT碱基的插入,在125和126处发生了T→A的突变,落在IGF-I基因的启动子区;引物P2扩增片段中,在236处有1个C→T的突变,落在IGF-I基因的启动子区。2个SNPs形成AG、AT、BG、BT、CG和CT6种单倍型,频率分别为0.239、0.077、0.311、0.206、0.117和0.050。[结论]IGF-I基因在吉林左家地区梅花鹿群体中具有遗传多态性,发现了多个突变位点,然而这些碱基的突变是否影响到IGF-I基因的生物活性,还有待进一步研究。     

山羊MC4R基因多态性与体质量性状的关联性分析

为探讨黑素皮质素受体4(MC4R)基因多态性对山羊体质量的影响,以波尔山羊为研究对象,采用池DNA为模板,PCR扩增MC4R基因,Sanger测序法筛选其在波尔山羊中的SNPs位点,PCR-RFLP方法进行多态位点分型,单因素方差分析不同基因型间波尔山羊各月龄体质量的差异。结果表明,编码区502 bp处新检测到A/G单碱基颠换,位于BseJⅠ酶切位点内,在波尔山羊群体中存在AA(0.779 1)、AG(0.202 5)和GG(0.018 4)3种基因型,关联分析发现AA基因型个体初生体质量、1周龄体质量显著高于AG基因型(P0.05),1周龄体质量极显著高于GG基因型(P0.01),2周龄、2月龄、3月龄体质量显著高于GG型(P0.05)。连锁分析发现,A502G、C693T、A946C和C986T位点共存在8种不同的基因型组合,AACCAACC型个体初生体质量显著高于AGCCAACC型(P0.05),AACCAACT型个体周岁体质量显著高于AACTACCC型和AGCTACCC型(P0.05)。综上所述,MC4R基因的A502G位点A基因对山羊早期体质量增加更有利,基因型组合AACCAACT对山羊周岁体质量增加更有利,可以作为山羊生长性状选择的候选分子标记。     

琅琊鸡Mx基因3'端部分序列PCR-RFLP与序列分析

[目的]为琅琊鸡分子标记辅助选择、抗病育种提供依据。[方法]利用PCR-RFLP技术对琅琊鸡Mx基因3’端片段的HaeIII的酶切多态性进行分析。[结果]琅琊鸡群体中存在Mx基因Haem酶切位点的多态性,且均有A、B2个等住基因,基因频率分别为0．562和0．438。Mx基因Hoe III酶切位点的基因型分布在琅琊鸡群体中极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0．01）。对多态片段进行克隆测序分析,结果表明,该扩增片段长度大小为357bp,多态片段存在长度为31bp的碱基缺失。[结论]在山东省地方鸡种琅琊鸡眠基因3’端序列中发现存在Hoe III-RFLP。     

波尔山羊MC4R胞内3环基因片段单核苷酸多态性对体重的影响

为探讨黑素皮质素受体4(melanocortin receptor-4,MC4R)基因多态性对波尔山羊生长性状的影响,对波尔山羊MC4R基因进行了克隆测序,筛选多态性位点。结果表明:MC4R胞内3环基因片段存在2个碱基颠换,分别是编码区663 bp处C/A颠换、693 bp处C/T颠换;其中693 bp处C/T存在于Csp6Ⅰ酶切位点内,以此建立了基于Csp6Ⅰ酶切的PCR-RFLP检测方法,并对163只波尔山羊进行检测分析;在受检波尔山羊中检测到CC、CT 2种基因型,2种基因型在波尔山羊各月龄体重方面差异均不显著,且在群体中表现为低度多态,群体遗传杂合度较低,表明C693T位点在波尔山羊群体中的遗传一致性较高。     

麦洼牦牛MC4R基因多态性及与生长性状的相关分析

为探究黑皮质素4受体基因(MC4R)在麦洼牦牛群体中的遗传多态性,开展其与生长性状间的关联分析,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对100头麦洼牦牛MC4R基因外显子区域进行多态性分析,并运用最小二乘方差分析法,对各基因型间体高、体质量、体斜长、胸围、管围等生长性状指标进行差异显著性检验。结果表明:MC4R基因引物P6上存在EE和EF 2种基因型,其中,粉嘴群只有EF基因型,存在严重偏态,EF型在2个群体中占绝对优势,E等位基因为优势基因;2个群体均处于中度多态(0.25相似文献   

中国荷斯坦牛AGPAT6基因第2内含子PCR-SSCP分析

[目的]寻找影响奶牛产奶性能的候选基因。[方法]以中国荷斯坦牛为研究对象,采用PCR．SSCP方法对AGPAT6基因第2内含子进行单核苷酸多态性检测并分析多态位点对奶牛产奶量、乳脂率、乳蛋白率和乳中体细胞评分的影响。[结果]扩增出462bp的中国荷斯坦牛AGPAT6基因第2内含子;PCR—SSCP分析该基因第2内含子有AA、AB和BB3种基因型,其频率分别为0．1511、0．6578和0．1911;不同基因型与中国荷斯坦牛产奶量、乳脂率和乳蛋白率之间显著相关（P〈0．05）,与体细胞评分相关不显著（P〉0．05）。[结论]初步认为AGPAT6是影响奶牛产奶性能的一个候选基因或分子标记,该研究为奶牛选育提供了理论依据。     

泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因序列的遗传多样性分析

[目的]通过克隆泰山螭霖鱼的COⅠ基因序列,研究其与鲤科几属鱼类的进化关系,确定泰山螭霖鱼的分类地位。[方法]以泰山螭霖鱼30个个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的部分序列进行PCR扩增和序列对比,检测泰山螭霖鱼的遗传多样性;计算泰山螭霖鱼不同单倍型与Gen Bank中鲤科5个属鱼类的遗传距离,采用聚类分析方法,构建NJ和UPGMA系统进化树。[结果]30个个体泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因片段长度约1 600 bp,无碱基的插入和缺失,纯化并去除引物序列后获得约1 493 bp的核苷酸序列,存在6种单倍型,共检测到6个多态位点,包括4个转化、2个颠换,其单倍型多样性(Hd)为0.460,核苷酸多样性(Pi)为0.000 78,平均核苷酸差异数(K)1.163。遗传距离和NJ和UPGMA系统进化树表明,泰山螭霖鱼与多鳞白甲鱼的COⅠ序列一致,泰山螭霖鱼所在的突吻鱼属与光唇鱼属的亲缘关系最近,与金线鲃属、倒刺鲃属、华鲮属的亲缘关系较远。[结论]该研究为其种质资源的管理与保护及遗传育种提供分子生物学依据。     

zyxin基因SNP(exon 1)与京海黄鸡生长和屠体性状的相关性

以京海黄鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术检测斑联蛋白基因(zyxin)8个外显子SNP(单核苷酸多态性),探讨zyxin基因的多态性与鸡生长和屠体性状之间的关系。结果发现zyxin基因外显子1有1个SNP突变位点,表现为3种基因型,分别用AA、AB和BB表示。统计分析结果表明:BB型的公鸡腹部脂肪重、屠宰率显著高于AA型与AB型(P<0.05),AA型与AB型差异不显著。AB型的母鸡心重、胸肌率、腿肌率显著高于AA、BB型,而半净膛率、全净膛率低于AA、BB型。公鸡、母鸡的生长和屠体性状在不同基因型间比较,除了半净膛率以外,其余各指标均存在显著或极显著差异。以上研究结果表明,zyxin基因可能是影响京海黄鸡部分内脏组织、器官和屠宰率等相关指标的基因。     

抗浪鱼MC4R基因的PCR扩增及序列分析

[目的]对抗浪鱼MC4R基因进行PCR扩增。[方法]采用PCR方法,依据鲫鱼的黑素促黑素受体-4（MC4R）基因保守区的核苷酸序列,采用引物设计软件,对抗浪鱼的MC4R基因设计出一对引物进行PCR扩增和纯化测序,并利用phylip软件对抗浪鱼和其他已知MC4R基因序列的鱼类构建基因进化树。[结果]抗浪鱼MC4R基因的扩增长度为1001bp。9种鱼类的MC4R核苷酸序列聚为2大类。其中,比目鱼单独聚为一类;斑剑尾鱼、舌齿鲈、白斑角鲨、斑马鱼、抗浪鱼、黑青斑河豚、中华多纪豚和红旗东方豚聚为一类。[结论]抗浪鱼与斑马鱼的亲缘关系最近,与比目鱼的亲缘关系最远。     

野猪·家猪及其杂种猪ACSL4基因3′UTR区多态性分析

[目的]为猪的分子育种研究提供理论依据。[方法]采用酚-氯仿法从野猪、民猪、大白猪、长白猪、杜洛克和杂种猪的耳组织中提取基因组DNA,根据GenBank上猪ACSL4基因cDNA全序列设计3对引物,进行PCR-SSCP和测序,分析ACSL4基因3UTR区的多态性。[结果]3对引物中,仅K3引物的PCR-SSCP产物有多态性,检测到3种基因型(AA、BB和AB)。在ACSL4基因3′UTR区3862 bp处发生T→C碱基突变。仅在大白猪、长白猪,杜洛克和杂种猪中发现多态性位点,而在民猪和野猪中未发现。杜洛克、大白猪和杂种猪间不同基因型的分布都有极显著差异(P<0.01),长白猪和大白猪各基因型的分布无显著差异(P>0.05)。[结论]该研究为丰富猪种的种质特性资料库和充分利用种质资源提供了依据。     

高粱DNA的提取纯化及抗丝黑穗病基因的初步分析

[目的]为快速选育抗病高粱新品种提供理论依据。[方法]采用CTAB法提取高粱基因组DNA,运用RAPD分子标记技术对高粱的抗丝黑穗病基因进行初步分析。[结果]琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,采用CTAB法提取高粱叶片DNA有较好的提取效果。通过对70个随机引物进行筛选,获得了34个具有多态性扩增谱带的RAPD引物,确定为适宜引物。34个适宜引物共扩增出107条谱带,平均每个引物扩增出3.1条谱带,使高粱基因组呈现出1种多态性。[结论]高粱抗丝黑穗病基因的RAPD扩增谱带集中分布在600～3 000 bp。     

内蒙古白绒山羊褪黑激素受体基因SNP与产绒性状的关联

【目的】研究绒山羊褪黑激素受体（melatonin receptor,MTNR）基因的SNP与绒山羊产绒性状的关系,寻找可用于辅助选择的分子标记。【方法】以内蒙古阿尔巴斯型白绒山羊为研究对象,选择绒山羊褪黑激素受体（MTNR1a和MTNR1b）基因部分序列作为候选基因,采用PCR-SSCP分子标记技术和DNA测序技术研究其多态性,然后运用最小二乘方差分析方法,对各基因型间生产性状指标进行差异显著性检验。【结果】① 在绒山羊MTNR1a基因外显子1和2,以及MTNR1b基因外显子1没有检测到SSCP多态,而在绒山羊MTR1b基因外显子2中存在SSCP多态,首次检测到了3个SNP;② P4引物位点存在NM_001206907:g.648 bp处C-G突变,该突变没有导致氨基酸的改变;以及NM_001206907:g.665 bp处的G-A突变,该突变导致第223个密码子CGC变成CAC,从而使精氨酸变成组氨酸（Arg-His）;方差分析表明,该位点多态对绒山羊产绒量有显著影响（P＜0.05）;③AA基因型具有较高的产绒量,比AB、BB基因型产绒量分别高98.78和148.23 g,同时该多态位点基因型与年龄互作效应对绒山羊绒厚度有显著影响（P＜0.05）;④ P5引物位点存在NM_001206907:g.1 015 bp处的G-A突变,该突变导致第339个密码子GGC变成AGC,从而使甘氨酸变成丝氨酸（Gly-Ser）,分析表明该多态位点基因型与年龄互作效应对绒山羊绒细度存在边际显著影响（P＜0.1）;⑤ 这两个位点多态对绒山羊产羔数量、羔羊初生体重等繁殖性状均无显著影响（P＞0.05）。【结论】P4-AA基因型可以作为内蒙古阿尔巴斯型白绒山羊产绒量性状辅助选择的标记基因型。     

免疫鸡群肾型传染性支气管炎病毒的分离和鉴定

[目的]鉴定免疫鸡群肾型传染性支气管炎病毒（IBV）。[方法]以接种IBV的鸡胚尿囊液为模板,根据GenBank中登录的IBV的N基因序列设计引物,通过RT-PCR扩增出目的片段,经酶切鉴定后对其进行测序鉴定。[结果]PCR扩增片段长度为409bp,将其Ⅳ基因核苷酸序列与不同地区分离株（山东、黑龙江等）以及欧洲呼吸型疫苗株（M41）的IBV核苷酸序列进行比较,结果表明,不同毒株的核苷酸同源性在85．6％～100．0％,此次分离所得IBV的N基因与IBVSD0708株（EU352625）N基因的核苷酸同源性高达99．3％,而与呼吸型疫苗株M41（M28566）的同源性仅为87．3％。测序结果及序列分析可以证实分离到的病毒为IBV,命名为HN／HL株。[结论]该研究为鸡传染性支气管炎病毒的控制奠定了基础。