3龄思茅松毛虫幼虫肠道好氧细菌的分离及ARDRA多态性分析

从3龄思茅松毛虫(Dendrolimus kikuchii)幼虫肠道样品中分离得到11株好氧细菌.以细菌基因组DNA为模板,扩增16 S rDNA,并用4种限制性内切酶HaeⅢ和HindⅢ、HinfⅠ和TaqⅠ对PCR扩增产物进行ARDRA多态性分析.对聚类图谱的分析结果发现11株好氧细菌在70％的遗传相似度水平上聚成4个不同分类操作单元(OTU),表明3龄松毛虫中肠道内好氧细菌的遗传多样性水平偏低.     

双孢蘑菇和蘑菇的ITS-RFLP分析

对采自四川和西藏的双孢蘑菇(Agaricus bisporus)和蘑菇(A.campestris)9个野生菌株,以及双孢蘑菇5个栽培菌株为材料,进行了ITS-RFLP分析。结果表明,ITS-PCR条带约为750 bp,5种限制性内切酶(MspⅠ、HinfⅠ、HaeⅡ、AulⅠ、TaqⅠ)的ITS-RFLP分析结果为,只有4种限制性内切酶(HinfⅠ、HaeⅡ、AulⅠ、TaqⅠ)产生多态性条带,但完全能将双孢蘑菇和蘑菇区分的限制性内切酶为TaqⅠ;对5种限制性内切酶的ITS-RFLP分析数据进行聚类结果为,在相似系数为0.615水平以下分为2个类群,并将双孢蘑菇和蘑菇区分开;在相似系数为0.915水平上,供试的11个野生和栽培双孢蘑菇菌株分为3个亚类群。     

疣蝗肠道好氧细菌的分离及ARDRA多态性分析

将疣蝗中肠样品倍比稀释后涂布平板分离菌株,共分离得到11株好氧细菌。以细菌基因组DNA为模板,用细菌16SrDNA通用引物（27f,1492r）对模板扩增,并用4种限制性内切酶HaeⅢ和HindⅢ、HinfⅠ和TaqⅠ对PCR扩增产物进行ARDRA多态性分析。对聚类图谱的分析结果发现,11株好氧细菌在82%的水平上聚成3个不同分类操作单元（OTU）,表明疣蝗肠道内好氧细菌的遗传多样性水平偏低。     

不同微生物茵剂处理对鸡粪堆肥发酵的影响

选择3种混合菌剂进行了鸡粪堆肥发酵试验.研究表明,鸡粪堆肥通过接种微生物菌剂,可以明显提高堆肥初期的发酵温度,加快堆肥物料的水分挥发,改变鸡粪中的微生物数量,缩短堆肥发酵周期,促进堆肥快速腐熟,特别是接种菌剂1(乳酸菌、酵母菌、枯草芽孢杆菌、沼泽红假单孢菌混剂)效果最好,与对照相比,堆肥发酵初期温度提高,中期达到55℃以上,高温期持续8 d,水分含量降低8%,细菌、放线菌数量明显降低.     

不同微生物菌剂处理对鸡粪堆肥发酵的影响

选择3种混合菌剂进行了鸡粪堆肥发酵试验。研究表明,鸡粪堆肥通过接种微生物菌剂,可以明显提高堆肥初期的发酵温度,加快堆肥物料的水分挥发,改变鸡粪中的微生物数量,缩短堆肥发酵周期,促进堆肥快速腐熟,特别是接种菌剂1(乳酸菌、酵母菌、枯草芽孢杆菌、沼泽红假单孢菌混剂)效果最好,与对照相比,堆肥发酵初期温度提高,中期达到55℃以上,高温期持续8d,水分含量降低8%,细菌、放线菌数量明显降低。     

冬夏两季畜禽废水的活性污泥中细菌遗传多态性研究

对冬夏两季膜生物器处理畜禽废水的效果进行研究,分析两季废水中细菌遗传多态性与废水处理效果的关系.直接提取废水中活性污泥总DNA,构建16S rDNA基因文库.选取两季各8个成功的阳性克隆子,分别采用Hinf Ⅰ、Hae Ⅲ、Alu Ⅰ、Msp Ⅰ 4种限制性内切酶消化重组质粒,电泳分别表现出不同谱型.结果表明,4种限制性酶中,Hinf Ⅰ的酶切图谱反应的遗传信息量最丰富.细菌遗传多态性Shannon-Wiener指数冬季为0.953,夏季为2.079,即夏季多态性高于冬季;根据出水水质监测,夏季处理效果优于冬季,与多态性指数呈正相关.     

双孢蘑菇培养料发酵过程中细菌群落结构分析

为探明双孢蘑菇培养料发酵过程中细菌群落多样性和组成的演变,获得相关优势菌落的信息,本研究利用变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)对不同季节不同发酵阶段样品的的细菌进行特异性扩增,并选取主要DNA条带进行克隆、测序和生物信息学分析。结果显示,不同发酵时期带谱差异明显。发酵过程中,培养料中主要有芽孢杆菌属、黄杆菌属、杆菌属、假单胞菌属、Solibacillus、嗜热裂孢菌属、高温双歧菌属和未知分类地位的不可培养细菌。不同季节(春季、冬季)的培养料一次发酵过程中细菌多样性变化趋势相似,且发酵结束时细菌菌落结构相似。双孢蘑菇培养料在发酵过程中细菌群落结构至少经历了3个阶段的演替,即建堆初期、一次发酵阶段和二次发酵阶段。双孢蘑菇培养料发酵过程中细菌种群丰富,并随着发酵的不同阶段发生演替,种群多样性受环境温度的影响。双孢蘑菇培养料发酵过程中一直存在的细菌群落与具有木质纤维素降解特性细菌的序列相似度较高,有利于培养料转化为双孢蘑菇栽培基质。     

双孢蘑菇堆肥过程中细菌群落结构分析（英文）

分别以玉米秸、牛粪和稻草、牛粪为主要原料,设计两种双孢蘑菇(Agaricus bisporus)堆肥配方并进行堆肥发酵,研究二者堆肥过程中细菌群落多样性。在建堆、一次发酵结束和二次发酵结束3个时期分别采集堆肥样品,提取总DNA,以大肠杆菌16S r DNA序列设计通用引物,进行PCR-DGGE扩增和序列分析。结果获得56条特异条带16S r DNA基因信息(Gen Bank登录号为KF630598-KF630653),分属于细菌的7个门、42个属。两种配方堆肥过程中主要类群属于变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria),主要的优势种属包括Bacillus属、Paenibacillus属、Thermomonospora属、Thermasporomyces属、Pseudomonas属和Cellvibrio属。多样性指数分析显示,在堆肥过程中,稻草配方微生物多样性变化呈连续上升趋势,而玉米秸配方堆肥微生物多样性呈先升高、再降低的趋势。主成分分析(PCA)显示,玉米秸配方一次发酵结束的样品与二次发酵结束的样品聚为一类,说明玉米秸配方堆肥比预期提前腐熟。本研究表明,稻草配方微生物多样性高,所需腐熟时间长;玉米秸配方微生物多样性略低,但所需腐熟时间大大缩短。     

金堂黑山羊GoLA-DRB3基因多态性与体尺性状相关性研究

采用TaqⅠ、PstⅠ和HaeⅢ三种限制性内切酶对111只金堂黑山羊GoLA-DRB3基因第二外显子的遗传多态性进行检测,结果表明:金堂山羊GoLA-DRB3第二外显子多态性极丰富,且为多碱基突变;除241位点外,第122、154、168和220几个位点的碱基突变均未达到Hardy-Weinberg平衡状态;TaqⅠ酶切的各基因型对胸围、管围影响达到显著水平(P<0.05);PstⅠ酶切的3种基因型间体长及管围差异极显著(P<0.01),HaeⅢ酶切的3种基因型对体高影响达到极显著水平(P<0.01)。     

隔指孢属rDNA TIS区间限制性片断长度多态性（RFLP）分析

利用PCR－RFLP方法对捕食线虫真菌隔指孢属进行了系统发育研究。以ITS1和ITS4为引物对该属8种8个菌株的核糖体DNA转录间区（ITS）进行了PCR扩增，4种内切酶（AluⅠ,HaeⅢ,HpaⅡ,TaqⅠ)酶切。结果表明，该属的ITS区长度没有明显差异，其分子长在564－595bp之间，酶切图谱能体现不同种间的多态性，根据4种内切酶酶切结果，利用UPGMA法构建的节丛孢属分子系统树，基本体现了属内不同种间的亲缘关系，从分子水平证明了隔指孢属形态分类上的合理性。     

云南高峰黄牛BoLA-DRB3基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析*

 通过PCR扩增获得云南高峰黄牛BoLA-DRB3基因第2外显子284bp的特异性条带，用核酸限制内切酶HaeⅢ,RsaⅠ,BstYⅠ和TaqⅠ对其进行消化分析。其中HaeⅢ酶切位点存在9种基因型，由A,B,D,E和F 5种复等位基因控制；RsaⅠ酶切位点存在46种基因型，由A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,P,L,M,N,U,V,W和Y 18种复等位基因控制；BstYⅠ酶切位点存在10种基因型，由A,B、C,D和E 5种复等位基因控制；TaqⅠ酶切位点只出现了一种基因型。分析发现云南高峰黄牛DRB3基因第2外显子的61,70,94,104,124,150,154,163,173,182,202和217位的碱基表现出了多态性。经x²检验表明，BstYⅠ和TaqⅠ酶切位点已经达到了Hardy-Weinberg平衡状态,而HaeⅢ和RsaⅠ两个酶切位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态。     

乌克兰鳞鲤同工酶及mtDNA D-loop区段的RFLP分析

[目的]分析乌克兰鳞鲤的遗传结构,以期为乌克兰鳞鲤的遗传育种研究提供依据。[方法]利用水平式淀粉凝胶电泳法对乌克兰鳞鲤（46尾）进行了AAT、α-GPD、GPI、IDH、MDH和PGM共6种同工酶以及肌浆蛋白（PROT）的电泳分析。应用PCR技术扩增了其mtDNA的D-loop区段,利用12种限制性内切酶对其扩增片段进行了RFLP分析;并对2种单倍型的PCR扩增片段进行了序列分析。[结果]同工酶检测出的12个基因座位中,α-GPD＊、GPI＊和PGM＊存在变异,多态基因座位比例及平均杂合度预期值分别为25%和0.092 0。RFLP检测结果表明PCR扩增到约1.6 kb的DNA片段,8种限制性内切酶（AluⅠ、DraⅠ、EcoRⅠ、HaeⅢ、HapⅡ、HinfⅠ、TaqⅠ和XspⅠ）有酶切位点,DraⅠ和TaqⅠ个体间存在变异。将不同酶切类型结果组合后,得到2种单倍型。[结论]根据同工酶检测结果,可以认为乌克兰鳞鲤含有中国鲤与欧洲鲤2种血统;与RFLP分析结果相比,序列分析表明2种单倍型在DraⅠ和TaqⅠ酶切位点以外也存在碱基差异。     

6S rDNA-RFLP法快速鉴定蒙古国传统乳制品中的乳酸菌

以17株标准菌株为参照,采用限制性片段长度多态性（RFLP）分析和16S rDNA序列分析相结合的技术,对分离自蒙古国5个地区传统乳制品中的55株乳酸菌进行了快速鉴定。结果表明,通过限制性内切酶AluⅠ、HaeⅢ、BsmaⅠ、TspRⅠ和HinfⅠ的指纹图谱分析,将49株乳杆菌和2株片球菌准确鉴定到种,其他4株肠球菌鉴定到属。采用16S rDNA-RFLP方法鉴定乳酸菌具有准确性,可靠性和高效性。     

思茅松毛虫6龄幼虫肠道细菌的ARDRA分析与鉴定

从自然种群的思茅松毛虫(Dendrolimus kikuchii Matsumura)6龄幼虫肠道环境中分离、纯化、培养获得了6株细菌.以细菌基因组DNA为模板进行PCR扩增,用2种双酶组合Hae Ⅲ和Hin d Ⅲ、HinfⅠ和TaqⅠ对PCR产物进行核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDRA),得到了3个操作分类单元(OTUs).对每个操作分类单元(OTU)的代表菌株进行16 S rDNA序列测定,序列分析结果表明,分离到的6株肠道细菌中,6N01、6N02、6N03、6N04和6N05属于芽孢杆菌属(Bacillus sp.),6N06属于克雷伯氏杆菌属(Klebsiella sp.).     

高温菌群接种生活垃圾好氧堆肥的实验

利用从垃圾中分离、筛选、驯化的高温菌群对生活垃圾进行接种好氧堆肥实验,通过堆肥过程中微生物数量、温度的变化等来研究接种高温菌群在生活垃圾好氧堆肥过程中的作用,以及接种高温菌群与不接种高温菌群好氧堆肥效果的差异。结果表明,接种高温菌群后,好氧堆肥高温阶段持续时间增长,加快了有机物的降解速度,从而缩短了堆肥周期。     

攀西地区葛藤根瘤菌的RFLP遗传多样性

利用16S rDNA PCR-RFLP和16-23S IGS PCR-RFLP技术对分离自四川攀枝花的43株葛藤根瘤菌进行了遗传多样性研究。供试菌株的16S rDNA用HaeⅢ、MspⅠ、HinfⅠ和TaqⅠ酶切后具有16种遗传图谱类型。16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析结果表明,在53%的相似性水平上,供试菌株与参比菌株分为两个分支,在81%的相似水平上所有菌株分为13个群。     

皖南黑猪H-FABP基因5'-上游区和第二内含子的多态性分析及克隆测序

对皖南黑猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因5’-上游区和第二内含子的多态性进行分析及克隆测序,为开展皖南黑猪肉质性状分子育种奠定理论基础。采用PCR-RFLP(HinfⅠ、HaeⅢ、MspⅠ3种限制性内切酶)分子标记技术,分析了184头皖南黑猪H-FABP基因5’-上游区和第二内含子区的遗传变异情况,并对该基因的多态片段进行克隆和测序分析。结果显示:(1)在5’-上游区,HinfⅠ位点上存在多态性,等位基因H的基因频率为0.62,表现为中度多态(PIC=0.359 6);在第二内含子区,HaeⅢ位点上存在多态性,等位基因D的基因频率为0.92,表现为低度多态(PIC=0.130 7);而MspⅠ位点上尚未检测到多态,基因型均为AA型;HinfⅠ*位点上也存在多态性,等位基因B的基因频率为0.78,表现为中度多态(PIC=0.282 4);(2)χ2检验表明,除5’-上游区HinfⅠ多态位点外,其他3个位点均达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);(3)对H-FABP基因3个多态片段进行克隆测序分析发现,HinfⅠ-RFLP是由于1 324 bp处存在T→C的突变引起,HaeⅢ-RFLP是由于1811bp处存在C→G的突变引起,HinfⅠ*-RFLP是由于1 970 bp处存在C→T的突变引起。本试验确证了皖南黑猪H-FABP基因5’-上游区的多态位点并在第二内含子区检测到了HaeⅢ和Hinf*Ⅰ多态位点,这可为进一步分析H-FABP基因不同基因型与IMF含量的关系,以及确定影响IMF沉积的主效基因提供一定的数据基础。     

思茅松毛虫2龄幼虫肠道好氧细菌的筛选及毒力测定

[目的]筛选思茅松毛虫（Dendrolimu.kikuchii Matsumura）2龄幼虫肠道好氧细菌并测定其毒力。[方法]将思茅松毛虫2龄幼虫中肠样品倍比稀释后涂布平板分离菌株,共分离得到5株好氧细菌。以细菌基因组DNA为模板,用细菌16S rDNA通用引物（27f和1492r）对模板扩增,并用4种限制性内切酶Hae Ⅲ和Hind Ⅲ、HinfⅠ和TaqⅠ对PCR扩增产物进行ARDRA多态性分析。[结果]聚类图谱分析发现,5株好氧细菌在95%的相似水平上聚成2个不同分类操作单元（OTU）,表明思茅松毛虫2龄幼虫肠道内好氧细菌的遗传多样性水平偏低。室内毒力试验表明,肠道细菌杀虫死亡高峰期在4～10d,菌株4杀虫效果最佳,12d时校正死亡率达到53.57%。[结论]为防治思茅松毛虫提供了参考。     

圩猪H-FABP基因多态性分析及其与IMF含量的相关性

 【目的】探究圩猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的多态性,及其与IMF含量的相关性【方法】采用PCR-RFLP(HinfⅠ、HaeⅢ及MspⅠ3种限制性内切酶)分子标记技术,分析了123头圩猪H-FABP基因5′-上游区和第二内含子区的遗传变异情况。【结果】(1)在5′-上游区：HinfⅠ位点上存在多态性,等位基因H的基因频率为0.6545,表现为中度多态(PIC=0.3500);第二内含子区：HinfⅠ*位点上存在多态性,等位基因B的基因频率为0.7195,表现为中度多态(PIC=0.3222);Hae Ⅲ位点上也存在多态性,等位基因D的基因频率为0.6301,表现为中度多态(PIC=0.3575);而MspⅠ位点上尚未检测到多态,基因型均为AA型。(2)被测猪群的基因频率和基因型频率都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05);(3)所检测的基因型对肌内脂肪(IMF)含量影响的趋势为：HH＞Hh＞hh,dd＞Dd＞DD,BB＞Bb＞bb;遗传效应值分别为：4.6918、4.2665、3.7712、4.6124、4.3167、3.8173、4.3042、4.2358、4.1970;(4)对H-FABP基因3个PCR-RFLP多态片段进行克隆测序分析发现,HinfⅠ-RFLP是由于1 324 bp处存在T→C的突变引起,HaeⅢ-RFLP是由于1 811 bp处存在C→G的突变引起,HinfⅠ*-RFLP是由于1 970 bp处存在C→T的突变引起。测序结果与GenBank公布的X98558和Y16180序列有97.9%及98.3%的同源性。【结论】圩猪H-FABP基因5′-上游区和第二内含子区的多态性对其IMF含量有一定影响,但是否可作为研究该基因与圩猪IMF含量相关的重要遗传标记还需做进一步研究。