冀中南地区16个平菇栽培菌株的ISSR分析

应用ISSR分子标记技术对16个平菇栽培菌株进行遗传多样性研究。从16个ISSR引物中筛选出8个引物,扩增到78个多态性位点,其大小分布在200~3 000 bp之间。聚类分析结果表明,16个平菇菌株在遗传相似系数为0.75处可分为6个组群:第1组包括为以89为代表的5个菌株;第2组包括白平菇菌株;第3组包括以冀农11为代表的4个菌株;第4组包括558菌株;第5组包括以99为代表的3个菌株;第6组包括以夏抗8为代表的2个高温菌株。     

水稻白叶枯病菌北方菌株遗传多样性rep - PCR分析

为了揭示水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)北方菌株的遗传结构组成,利用rep - PCR 技术对103个从辽宁、吉林、河北、山东稻区采集的Xoo菌株、9个标准小种(R1 -R9)代表菌株和13个水稻细菌性条斑病菌(X.oryzae pv.oryzicola,Xoc)菌株进行了遗传多样性分析.结果表明,ERIC -PCR和BOX-PCR分析均能较好地揭示出测试菌株的遗传多态性,分别获得了84种和90种分子谱型;在相似系数为70%时,ERIC -PCR将所有测试菌株聚类为17个簇群,其中1个为优势簇群;BOX - PCR将测试菌株聚类为10个簇群,其中2个为优势簇群.在相似系数为50%时,Xoo与Xoc测试菌株分别聚类为2个不同的簇群.     

芒果细菌性黑斑病病菌rep-PCR遗传多样性

采用REP、ERIC和BOX引物对22株从海南、四川、广西芒果产区采集的芒果细菌性黑斑病菌菌株和1株源自美国菌种保藏中心(ATCC)的标准菌株进行rep-PCR分析,并根据DNA指纹特征,用NTSYS软件进行聚类分析。结果表明,3组引物共扩增出463条带,其中有302条多态性条带,多态检测率为65.23%。综合分析3组引物组合的指纹图谱数据,以相似系数0.65为阀值时,供试的23株菌株可以分为A和B 2个遗传相似组,其中来自四川米易县的2株菌株与标准菌株ATCC11637聚在A组,而来自海南省、广西省的所有菌株均聚在B组。取相似系数为0.87时,A组群又可分为2个亚组,而B组群则进一步分为6个亚组。研究结果表明,芒果细菌性黑斑病菌菌株有丰富的遗传多态性和较大的遗传变异,但各遗传聚类组群菌株来源广泛,与地理来源及芒果品种均无明显相关性。     

东北小麦白粉菌遗传多样性及其地域关联性分析

利用ISSR分子标记技术,分析从辽宁春麦区及山东、河南、湖北冬麦区收集并鉴定的26个小麦白粉菌生理小种的遗传多态性,并探讨菌株遗传多态性与其来源地的关联性。用18条ISSR引物对各小种的DNA进行扩增,其中8条引物能产生稳定的多态性图谱。多态性聚类分析结果显示,26个小麦白粉菌菌株可聚为4类,菌株的DNA多态性与其毒性多态性之间存在一定程度的关联性。依据ISSR聚类分析结果,辽宁春麦区和其他3省的优势小种、次优势小种按相应类群聚在一起,尤其是主要小种11号、411号与近邻山东冬麦区的小种聚为一类。说明东北春麦区小麦白粉病菌与南部冬麦区尤其是山东的小麦白粉病菌具有较高的亲缘关系,为东北春麦区白粉病初菌源来自山东等南部冬麦区的早期推论提供了DNA分子佐证。     

香蕉枯萎病菌遗传多态性及其致病力分化

为了明确我国香蕉主要种植区香蕉枯萎病菌（Fusarium oxysporum f.sp.cubense,FOC）的致病力及其遗传多态性,本研究采用对寄主鉴定和RAPD技术分析来自海南、广西、广东、福建、云南的FOC 生理小种、致病力分化及遗传多态性。结合巴西蕉和粉蕉鉴定与RAPD技术,与香蕉枯萎病菌1号（FOC1）和4 号生理小种（FOC4）对比,55 个FOC 菌株中,有28 个菌株属于1 号生理小种、海南10 个、广西8 个、广东4 个、福建4 个、云南2 个;27 个菌株属于4 号生理小种,海南20 个、广西4 个、广东1 个、福建1 个、云南1 个。强致病力菌株有23 个菌株,中致病力菌株有15 个,弱致病力菌株有17 个;通过遗传多态性分析,9 条引物PCR扩增供试菌株,共扩增出136 条谱带,其中多态性的条带有126 条,多态性位点频率为93.4%,在遗传阈值为0.68 时,55 个供试菌株与FOC1 和FOC4划分为4 个RAPD 菌群,除1 号生理小种BF26 菌株单独形成郁菌群外,4 号生理小种和其余1 号生理小种均未单独形成菌群,Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ群同时含有1号和4号生理小种。因此,我国香蕉种植区香蕉枯萎病菌仍以1号和4 号生理小种为主,但是生理小种的遗传分化在分子水平上趋于复杂化,香蕉枯萎病菌群体具有丰富的多态性,其致病力的强弱和菌株遗传关系无直接的相关性,跟地理分布也没有相关性,香蕉枯萎病菌的遗传多态性可能更多依赖其寄主。这些结果为香蕉的抗病育种、品种的合理布局以及香蕉枯萎病的综合防治提供理论依据。     

浙江省柑橘胶孢炭疽菌遗传多样性的ISSR分析

为了解柑橘炭疽病菌的种内遗传多样性,从32条ISSR引物中筛选出多态性好、条带清晰的5条引物,对28株炭疽病菌株进行ISSR-PCR扩增.结果显示:5条引物共扩增出43个条带,多态性条带41个,多态性比例为95.34%,说明柑橘炭疽病菌种内遗传多样性丰富.利用NTSYS软件分析并构建UPGMA聚类图,当相似系数为0.73时,28株菌可以分为5个类群,不同菌株间遗传变异较大,遗传变异与地域来源无显著的相关性.     

木薯细菌性枯萎病病原菌的RAPD分析

为了研究木薯细菌性枯萎病病原菌种群间遗传、变异分化,选取来自各个地区的黄单胞病菌代表菌株45个,利用多态性较好的8条引物对其基因组DNA进行PCR扩增,并构建指纹图谱.利用统计分析软件NTSYS对样品的PCR结果进行了UPGMA聚类分析,结果表明,供试菌株间遗传变异较大,菌株间存在丰富的遗传多态性.经综合聚类分析,在75％的相似水平上,可将供试菌株划分为7个类群.     

四川省阿坝州小麦条锈菌遗传多样性分析

对阿坝及其周边地区条锈病菌生理小种和AFLP多态性进行了研究.49个参试菌株条锈病菌生理小种分为2种类型:水源11致病类群类型和Hybrid46致病类群,分别占44.9 %和55.1 %,其中水-14和CY32为优势小种.CY31仅在黑水县检测到,云南盐津菌株CY32比例显著高于其他采样点.利用E2M3、E4M3、E7M3、E2M4、E6M4、E4M6、E6M7等7个引物组合,对各菌株基因组DNA进行扩增出,共扩增出168条可统计的条带,其中多态性条带为32条,多态率为19.05 %.49个样品AFLP的Dice相似系数范围为:0.4063~1.0,其中阿坝州菌株聚类分析后被分作A、B两组,后者在相似系数0.7814水平上又分为两个亚组.松潘县的菌株中,4个菌株属于A组,9个菌株属于B组第一亚组,6个菌株属于第二亚组.来自黑水县和九寨沟县的菌株均属B组的第二亚组.第二亚组遍及阿坝州各采样点.来自凉山州普格县的菌株与阿坝州的菌株的遗传相似性很低,在相似系数0.73水平时归入C组.但在阿坝和凉山分别个测出1个菌株,与区内其它菌株均不相似,但彼此间相似系数为0.7813;可见四川条锈病菌阿坝群体独立于梁山州群体,但又有一定的联系.来自云南盐津的条锈病菌根据AFLP多态性被划成B组的第三亚组,与普格县菌株相差较大而与阿坝州菌株更相似,其来源尚有待进一步研究.在同一块田中,条锈病菌的组成可以相差很大,遗传相似系数为1.0的菌株一块田内发现两株.松潘青云乡至川主寺沿公路晒场、院坝子上自生麦苗上菌株在不同采样点间病菌也有差别.未发现生理小种和AFLP性之间的关联性.以CY32为例,其AFLP多态性十分明显,菌株分属A、B1、B2、B3等不同类型.表明病菌毒性突变可以在不同遗传背景的菌株中发生,新小种的发生可能不是由1个突变克隆不断繁殖扩大而来.     

水稻细菌性条斑病菌DNA多态性与致病性研究

利用６０个随机引物对来自我国不同稻区的水稻细菌性条斑病菌株基因组ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增,其中２０个引物均出现清晰和重复性的ＤＮＡ扩增片段,扩增片段大小在０．５ｋｂ至３．５ｋｂ;应用Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ软件ＵＰＧＭＡ程序进行树状聚类分析,聚类结果表明,我国水稻细菌性条斑病菌具有明显的遗传分化,在遗传距离为０．３０时,供试菌株可划分为７个遗传相似组（谱系）。其中第１、第２和第５组为优势组群,分别由７、８、６个菌株组成。根据菌株在１２个已知基因品种上的抗感反应,将供试菌株分为１３个致病型,在遗传距离为０．５０水平上聚类归属于６个簇。菌株的致病类群与其ＤＮＡ的遗传变异具有弱相关性。     

新疆棉花枯萎病菌的RAPD分析

将供试新疆棉花枯萎病菌32个代表菌株及3个标准菌株进行RAPD分析，筛选出14个随机引物，共产生252个RAPD分子标记，其中79.4％具有多态性。通过聚类分析将供试菌株划分为5个RAPD组，此结果与常规鉴别寄主反应法划分生理小种的结果基本一致，RAPD分析为传统方法的结果提供了分子水平的证据，从分子水平上证明新疆棉花枯萎菌群体内7号小种占绝对优势。RAPD可作为一种标记手段用于棉花枯萎病菌生理小种及遗传分化的检测。     

水稻白叶枯病原菌遗传和致病型多样性分析

采用Rep-PCR分子指纹技术对国内已知致病型和云南省各水稻产区采集的56个白叶枯病代表菌株进行分析．用ERIC、J3等引物对其DNA进行Rep-PCR特异性扩增,扩增结果经综合聚类分析,在70％的相似水平上,可将测试菌株划分为10个组群,其中4、5、8、9、10为主要组群;来自云南省的菌株分属于6个组群中,遗传分群与菌株的地理来源关系密切．根据菌株在已知抗性基因的近等基因系的反应,菌株可分为18个致病型,云南省的水稻白叶枯病菌株致病型复杂多样,远远高于国内其他省份测试的致病型．     

云南水稻白叶枯病生理小种初析及鉴别品种的筛选

 从云南省10个地州40个县市的水稻白叶枯病标本中分离纯化得到115个水稻白叶枯病菌株。利用已知抗性基因的近等基因系,在孕穗期应用剪叶法接种明确其生理小种。并筛选出一套鉴别品种IRBB1,IRBB3,IRBB4,IRBB5,IRBB7,IRBB13,IRBB14,IRBB18,IRBB21. 云南省的水稻白叶枯病菌小种组成复杂,有自身的特殊性。已鉴定出25个小种,暂定名为YN1～YN25. 优势生理小种为YN1,YN13,YN21,其中YN13分布于楚雄、玉溪、红河、丽江等4个地区共8县（市）,YN21分布于大理、红河等地区。云南的小种多样性分布可能与它的地理条件有关。     

水稻白叶枯病菌gacA基因的克隆、测序及敲除研究

根据黄单胞菌gacA基因的同源性设计简并引物，采用PCR方法从水稻白叶枯病菌（Xanthomonas oryzae pvoryzae，Xoo）中克隆了gacA同源基因，命名为gacAxoo。序列比较显示，该基因在黄单胞菌中是相对保守的。蛋白质保守结构域搜索表明，GacAxoo属于LuxR家庭的一员，具有与其他GacA蛋白相似的结构。通过同源重组的方法，构建了gacAxoo的插入突变体，为下一步研究gacAxoo的功能奠定了良好的基础。     

水稻白叶枯病菌内源过氧化氢在细胞分裂周期中的时空定位变化

【目的】分析细菌内源过氧化氢在细胞分裂周期中的时空变化,探讨细菌增殖中过氧化氢的生理功能。【方法】采用组织化学法通过透射电子显微镜技术观察水稻白叶枯病菌内源过氧化氢的积累位置。【结果】不同菌株内源过氧化氢水平不同,在细菌的整个细胞分裂周期中观察到过氧化氢在细胞壁上的积累水平维持稳定,在多个菌株的细胞分裂过程中,除细胞壁之外,还在2个新的位点（类间体结构和核区）出现过氧化氢的大量积累,表现出数量和空间定位的显著变化。【结论】在多个水稻白叶枯病菌菌株中发现胞内额外的大量过氧化氢积累和定位与细胞分裂的进程密切相关,这种过氧化氢的时空变化很可能是细菌分裂时的普遍现象。推测过氧化氢应在细菌增殖中具有重要作用。     

水稻白叶枯病菌基因组简单重复序列分析

［目的］分析水稻白叶枯病菌基因组中的串联简单重复序列（simple sequence repeats,SSRs）,为其在白叶枯病菌基因组分析和遗传多样性研究提供标记信息。［方法］利用开放的基因组数据库资源,对已完成测序的3个白叶枯病菌菌株KACC10331、MAFF311018和PXO99^A进行系统的比较分析,包括基因组中SSR的结构类型、分布、丰度等;并以实例解读了在应用中可能遇到的问题。［结果］在这3个白叶枯病菌菌株的基因组中,由1～6个核苷酸为基序的SSR序列分别有940、926和1 035个;平均每隔5.26、5.34和5.06 kb的距离就有1个大于15 bp的SSR序列。在1～6个核苷酸为基序的SSR序列中,数量最多的是6碱基重复,其次分别是3、5、4、2碱基重复序列,而单碱基重复数目极少。在这3个菌株的基因组中,种类丰富、变异性高的是4、5、6个核苷酸的重复基序,但等位序列上3种菌株间的基序可能不同。［结论］3种白叶枯病菌菌株的SSR在结构类型和分布规律上均具有一定的相似性。     

水稻白叶枯病菌内源过氧化氢的产生及定位

采用辣根过氧化物酶-酚红法定量检测病原菌细胞内源过氧化氢的产生,并通过组织化学法观察细胞中过氧化氢积累的亚细胞定位.结果表明:辣根过氧化物酶-酚红法及组织化学染色法均检测到水稻白叶枯病菌内源过氧化氢的产生.透射电子显微镜观察结果和辣根过氧化物酶-酚红法定量检测结果均显示,过氧化氢在水稻白叶枯病菌细胞中普遍存在,不同病原菌内源过氧化氢的水平有极显著差异.病原菌细胞中过氧化氢的积累主要定位在细胞壁.     

云南滇西高原粳稻区白叶枯病菌遗传多样性初探

用IS-PCR和rep-PCR法分析了17个采自云南滇西高原粳稻区的水稻白叶枯病菌(Xanthomonasoryzaepv.O-ryzae)和7个其他地区的水稻白叶枯病菌的群体遗传多样性。用2个适合中国水稻白叶枯病菌的引物J3和ERIC对这24个菌系基因组DNA进行PCR扩增反应,J3引物有14条条带,ERIC引物有13条条带,2个引物呈现18种谱型。用PHYLIPVersion3.6软件UPGMA聚类分析法分析白叶枯病菌系之间的遗传距离,可将24个病原菌分为4簇,3个来自菲律宾的白叶枯病菌与中国的菌系距离较远,云南高原粳稻区分离的菌系十分复杂,4个簇中都有,但主要集中在2个簇中,共有14个菌系。     

水稻白叶枯病菌hisF基因的克隆及功能初析

根据黄单胞菌hisF基因的同源性设计简并引物,采用PCR方法从水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)中克隆了hisF同源基因,命名为hisFXoo.NCBI网站蛋白质保守结构域搜索表明,HisFXoo属于组氨酸生物合成蛋白家族的一员,具有与其他HisF蛋白相似的结构.序列比较显示,该基因在黄单胞菌中是相对保守的.同源性搜索比较显示,与水稻条斑病菌(Xoryzae pv.oryzicola,Xooc)的hisF(登录号:DQ372107)同源性高达98%.通过同源重组的方法,构建了hisFXoo的插入突变体,在NA+Amp平板上筛选后,并且经过PCR及Southern杂交验证插入正确.在MMX基本培养基中生长测定发现,hisF突变体生长能力明显下降,证明hisF基因与Xoo生长代谢相关.但是,该突变体仍具有致病性,并且毒力与野生型菌株没有明显差异.     

水稻白叶枯病菌对拌种灵抗药性分子机制研究

  通过紫外诱变获得了抗拌种灵水稻白叶枯病菌（Xanthomonas oryzae pv.oryzae）的突变体，这些突变体可以在含100 μg·ml-1拌种灵平板上生长，而敏感菌株在10 μg·ml-1浓度下则不能生长。敏感菌株琥珀酸脱氢酶活性受拌种灵强烈抑制，而抗药突变体的酶活性较低，且不受药剂抑制。应用6对引物，从水稻白叶枯病菌野生敏感菌株和室内诱导抗药性菌株中扩增到琥珀酸脱氢酶基因全序列。该基因全长3 616 bp，编码1 115个氨基酸，含有2个内含子。与柑橘溃疡病菌（Xanthomonas axonopodis pv. citri）琥珀酸脱氢酶核苷酸同源性93%，氨基酸同源性97%；与其它6种病原细菌琥珀酸脱氢酶基因编码的氨基酸序列同源性为43%～95%。敏感菌株和抗药菌株的琥珀酸脱氢酶序列分析表明，琥珀酸脱氢酶铁硫蛋白亚基中229位氨基酸由组氨酸（CAC）突变为酪氨酸（TAC）是导致X. oryzae对拌种灵产生抗药性的主要原因。