安徽省4个地方鸡品种OCX-32基因外显子4的多态性及其与淮南麻黄鸡蛋品质的相关分析

【目的】研究OCX-32基因在淮南麻黄鸡、五华鸡、淮北麻鸡和皖南三黄鸡等4个安徽省地方鸡品种中的遗传多态性及OCX-32基因与淮南麻黄鸡蛋品质的相关性,为揭示这些群体的遗传特征提供基础数据。【方法】采用PCR-RFLP技术,对淮南麻黄鸡、五华鸡、淮北麻鸡和皖南三黄鸡4个地方鸡品种的OCX-32基因外显子4进行遗传多态性研究,并对外显子4遗传多态性与淮南麻黄鸡蛋品质的相关性进行分析。【结果】OCX-32基因外显子4存在A494C1个单核苷酸多态性位点。该位点在安徽省4个地方鸡品种中的基因频率和基因型频率分布差异不大,C等位基因频率较高。4个地方鸡品种群体在A494C位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,均表现为中度多态。相关分析结果表明,OCX-32基因外显子4的A494C位点基因多态性与淮南麻黄鸡的开产蛋质量、30周龄蛋质量、蛋白高度和哈氏单位显著相关(P0.05);CC基因型的开产蛋质量和30周龄蛋质量显著高于AA基因型,AA和CC基因型的蛋白高度显著高于AC基因,AA基因型的哈氏单位显著高于AC基因型(P0.05)。【结论】OCX-32基因与淮南麻黄鸡蛋品质存在一定的相关性,可作为发掘淮南麻黄鸡蛋品质的分子育种标记。     

淮南麻黄鸡CRBP2基因第3外显子PCR-SSCP多态性及其与蛋品质的相关分析

利用PCR-SSCP和DNA测序技术对淮南麻黄鸡CRBP2基因第3外显子的多态性进行了检测,并分析其与蛋品质的相关性。结果表明:在淮南麻黄鸡样本群中CRBP2基因第3外显子存在C/T的突变位点,共检测到3种基因型(CC、CT和TT),C和T等位基因的频率分别为0.45和0.55,多态信息含量和杂合度分别为0.37和0.47,表明该位点处于中度多态。χ2适合性检验表明淮南麻黄鸡样本群在该位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。淮南麻黄鸡CRBP2基因第3外显子各基因型间开产日龄、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度、蛋黄色泽和蛋黄比率差异不显著(P0.05),CC基因型的开产蛋重和30周龄蛋重分别比TT基因型高1.66%和2.60%(P0.05),TT基因型的哈氏单位显著高于CC和CT基因型(P0.05)。     

3 个鸡种NKX2-5 基因多态性 与胫长的关联性分析

以贵州特有鸡种高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡为试验对象,利用PCR-SSCP和DNA测序等方法检测了NKX2-5基因T563C、C675T位点在3个试验鸡群中不同基因型与胫长的关联性。T563C与胫长关联分析表明,高脚鸡群体中TT基因型个体胫长显著高于CC型,百宜黑鸡群体中TT基因型显著高于CT型,矮脚鸡群体中不同基因型个体间胫长差异不显著;C675T突变位点在3个鸡种中只有CC和CT两种基因型,且各鸡种不同基因型个体间胫长差异不显著。     

河北太行鸡不同群体含黄素单氧化酶3基因多态性检测

为了研究含黄素单氧化酶3(FMO3)基因T329S突变位点在河北太行鸡不同群体中的等位基因及基因型频率分布情况,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析方法(PCRRFLP)和DNA测序技术分别对赞皇、平山、唐县地区3个河北太行鸡群体FMO3基因及基因型频率进行检测。结果显示,平山地区太行鸡群体中未检测到SS型个体,而平山、唐县地区太行鸡群体中均有FMO3基因SS型个体;赞皇、平山、唐县3个太行鸡群体中T等位基因的频率分别为0.129 8、0.075 0、0.084 2,其频率均远低于等位基因A的频率。独立性卡方检验结果显示,不同群体间基因型频率分布差异不显著;经适合性卡方检验,赞皇、平山、唐县3个太行鸡群体卡方值分别为1.173 0(P0.05)、0.035 1(P0.05)、0.188 5(P0.05),说明该基因位点A→T碱基突变在3个群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态;通过分析3个不同群体遗传变异参数发现,3个太行鸡群体在该基因位点上均处于低度多态(PIC0.25)。以上结果表明,河北太行鸡群体中FMO3基因型频率较低,可以通过PCR-RFLP的方法予以剔除。     

GARS-AIRS-GART基因编码区多态性和鸡肉IMP含量的相关性

以鸡GARS-AIRS-GART基因为侯选基因,隐性白羽鸡、丝羽乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡为实验材料,采用PCR-SSCP法对GARS-AIRS-GART基因所有外显子进行SNPs检测.结果在外显子3、4和21中各发现了一个单核苷酸多态性位点.方差分析结果表明:外显子3和外显子21的基因型与IMP含量之间不存在显著关联;外显子4中的6 545处的C→A突变位点对胸肌IMP含量的影响在不同鸡种之间的表现不完全一致.在隐性白羽鸡、萧山鸡和白耳鸡群体中,三种基因型个体之间的IMP含量差异均不显著.在丝羽乌骨鸡和藏鸡群体中,AA型个体的IMP含量显著高于AC型和CC型,推测该位点的基因型效应可能是其等位基因与丝羽乌骨鸡、藏鸡群体中的特殊遗传背景之间存在交互作用,或者是与影响肌肉IMP含量的QTL之间存在着暂时的连锁不平衡的缘故.     

基于线粒体标记的淮南麻黄鸡遗传结构及其遗传多样性分析

通过探究淮南麻黄鸡的遗传多样性和遗传结构,为淮南麻黄鸡的种质资源保护和开发利用提供遗传背景资料。对淮南麻黄鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)控制区全序列进行测序,并结合红色原鸡的序列进行生物信息学分析。淮南麻黄鸡mt DNA控制区全长1 231~1 232 bp,共发现26处单核苷酸变异位点,核苷酸多样性(Pi)为0.006 6,单倍型多样性(Hd)为0.917,平均核苷酸差异(K)为7.573。群体共包含14种单倍型,可以分为A、B、C和E 4个分支分别包括3、3、7和1种单倍型。淮南麻黄鸡在线粒体水平上有较高的多态性,并且来自多个不同的母系,有很好的开发潜力。     

F3代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联分析

【目的】明确F₃代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联性,筛选出优异基因为后期培育新品系提供理论依据。【方法】以F₃代波杂山羊为研究对象,通过血液DNA混池测序鉴定XKR4基因SNP位点,统计SNP位点的等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度（Ho）、期望杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）及多态信息含量（PIC）等,以卡方（χ2）检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并利用SPSS 25.0分析不同基因型与F₃代波杂山羊生长性状的关联性。【结果】 F₃代波杂山羊XKR4基因Intron-1区域存在2个SNPs位点,分别是C194069A和T194091A。C194069A位点的等位基因频率中C>A,优势基因型为CC型; T194091A位点的等位基因频率中T>A,优势基因型为TT型;C194069A和T194091A位点均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。关联分析结果表明:在初生群体中,T194091A位点AA基因型与其他基因型的体斜长存在显著差异（P<0.05,下同）;在3月龄群体中,C194069A和T194091A位点各基因型的生长性状指标间均无显著差异（P>0.05,下同）;在6月龄群体中,C194069A和T194091A位点AA基因型的体重分别与相应位点的CC基因型和TT基因型存在显著差异;在12月龄群体中,C194069A位点AA基因型在体重和胸围方面均极显著优于CC基因型（P<0.01,下同）,在体高方面与CC基因型存在显著差异,T194091A位点AA基因型的体重、体斜长分别与TT基因型呈显著或极显著差异。此外,在0~6月龄和0~12月龄,C194069A和T194091A位点AA基因型的日增重与CC基因型和TT基因型分别存在呈显著或极显著差异。【结论】 F3代波杂山羊XKR4基因存在2个SNPs位点（C194069A和T194091A）,且均表现为AA基因型个体的生长性能优于其他基因型个体,即XKR4基因可作为F₃代波杂山羊生长性状的候选基因。     

IGFⅡ基因SNPs及其与京海黄鸡生长性能关系的研究

以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP技术检测到IGFⅡ基因外显子区5个SNPs位点,并分析其对不同周龄京海黄鸡体重的遗传效应。结果表明:5个位点分别发生G64A、C173A、G6707C、T7506C、G7641A的单碱基突变,P3位点偏离Hardy-Weinberg平衡。最小二乘方差分析表明,FF和FG基因型个体的12周龄体重存在显著差异,FF基因型个体的16周龄体重显著大于其余基因型;组合基因型AB/CC/EE的12、16周龄体重显著大于AB/CD/EE基因型个体,AB/CD/EG基因型个体的8周龄、300日龄体重均显著大于AB/CD/EE基因型个体,推断IGFⅡ基因可能是影响京海黄鸡体重的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因。     

MSTN基因突变对优质鸡肌肉生长的影响

为了研究肌肉生长抑制素基因(MSTN)在优质鸡群体中的遗传变异及其对肌肉生长特性的影响,以优质鸡S3系为研究对象,采用PCR-SSCP及测序技术进行多态性检测。结果发现MSTN基因G195C和A234G 2个突变位点。公鸡群体在G195C处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05),各群体在G195C和A234G位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。最小二乘方差分析显示,在G195C位点处,S3系优质母鸡的CC基因型个体胸肌重、腿肌重、肌纤维密度与GG基因型个体差异显著(P0.05),肌纤维面积CC基因型个体极显著高GG基因型个体(P0.01)。在A234G位点处,肌纤维密度GG型个体显著小于AA基因型个体(P0.05),肌纤维面积极显著高AA基因型个体(P0.01)。基因组合CCGG型个体屠体重、胸肌重、腿肌重显著高于GGAA型个体(P0.05),肌纤维面积和肌纤维密度间差异极显著(P0.01)。在G195C和A234G位点处,S3系优质公鸡突变型CC和GG基因型个体在屠体重、胸肌重和腿肌重间差异不显著(P0.05)。在A234G位点处肌纤维密度GG型个体显著小于AA基因型个体(P0.05),肌纤维面积极显著高于AA基因型个体(P0.01)。基因组合CCGG型个体屠体重、胸肌重、腿肌重显著高于GCAA型个体(P0.05),肌纤维面积和肌纤维密度间差异极显著(P0.01)。因此,MSTN是影响鸡肌肉生长的一个主效基因,基因突变显著影响优质鸡肌肉的生长,为优质鸡肌肉生长性状的选育提供遗传学依据,其肌肉生长性状的分子遗传学基础需进一步研究。     

湛江三黄鸡2个脂肪性状相关基因的多态性及其与屠宰腹脂性状的相关分析

以102只湛江三黄鸡为材料,采用PCR-RFLP方法,分析FA SN基因和A-FA BP基因的多态性对其中30只个体进行屠宰测定以分析基因型与屠宰性状间的相关性.研究结果表明,HaeⅢ酶切扩增的FASN基因,检测出多态,B等位基因频率0.7828,明显高于C等位基因,基因频率分布态势与红色原鸡相同,而与多个培育鸡品种不同.HinfⅠ酶切A-FA BP基因,检测到突变,A等位基因频率0.9559,占绝对优势.基因型与屠宰和腹脂性状的相关分析表明,FASN基因位点为CC基因型鸡的腹脂率最低,而屠宰率以BB基因型鸡较高.     

辣椒DH群体果实性状的分离及与F2群体的比较

为分析DH群体的遗传稳定性及其DH群体内性状分离与同来源的F2群体之间异同,本研究利用辣椒花药培养技术,构建一个由“羊角椒(97403)×方灯笼甜椒(97410)”的杂交而成的牛角椒组合作为供体的且由103个DH系组成的DH群体,对该DH群体进行单果重等5个主要果实性状的遗传表现进行分析,并与同来源的F2群体进行比较。结果表明:原供体及其双亲的5个果实性状的变异系数均较小,三者之间的各性状均存在显著差异,说明原供体及其双亲的整齐一致性;对DH群体和F2群体各性状的平均值、变异系数及其性状分离区间的分析和对比结果表明,5个果实性状均是受多基因控制的数量性状,且由于基因重组无论是DH群体还是F2群体均能产生正向和负向两个方向的超亲基因型。但DH群体与F2群体比较各性状的分离区间明显增大,超亲分离类型明显增加,且获得的各DH系均为稳定遗传的自交系,提高了花培育种的选择效率。     

作物雄性不育遗传的核质关系浅析

不同授粉方式的作物其育性基因型的整体分布不同是选育不育系不同途径的主要原因:白花授粉作物的自交导致基因同质化。其育性核基因型和胞质基因型演化成各种异质性的群体;异花授粉作物是互交、杂结合的群体。具有育性核基因复杂性和胞质基因多样性。提出细胞核、细胞质多育性基因基础上的核质互作雄性不育假说,试述了各种不同来源雄性不育的遗传模式。认为自花授粉作物的突变型雄性核不育可能在不同育性基因型群体中寻找相应的可育胞质基因而获得保持系。     

波德代羊及其杂种一代二代血红蛋白多态性的研究

运用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对引入我国的肉用品种绵羊波德代及其杂种一代二代和本地土种羊(蒙古羊)的血红蛋白(Hb)多态性进行了检测分析.结果表明:波德代羊及其杂种存在3种基因型,HbAB型在3个群体中均占优势,频率分别为0.725 0,0.527 8,0.517 2,其中HbB基因为优势基因.在土种羊中HbBB为优势基因型,频率为0.724 1,优势基因为HbB.     

世界栽培豌豆(Pisum sativum L.)资源群体结构与遗传多样性分析

【目的】评价国家种质库长期保存的国内外栽培豌豆(Pisum sativum L.)资源的遗传多样性水平,揭示其遗传多样性、等位基因和群体结构差异,据此评估其重要程度及价值,为中国豌豆资源研究策略和方向的正确选择、国内外资源的充分发掘利用和深入研究提供理论依据。【方法】利用21对豌豆多态性SSR引物,对来自国外五大洲66个国家和中国28个省(区、市)的1984份栽培豌豆进行SSR标记遗传多样性和群体结构分析;采用Structure2.2软件完成资源群体结构剖析、推断参试材料的合理组群数、确定每份参试材料的适当群体划入及其相关参数计算;利用NTSYSpc2.2d软件估算其遗传距离,进行主成分分析(PCA)并绘制三维空间聚类图;采用PopgeneV1.32估算种质群的等位位点分布等参数,利用FstatV2.9.3.2进行种质群间遗传多样性差异显著性测验。【结果】通过对国、内外栽培豌豆资源群间SSR等位基因数(NA)、有效等位基因数(NE)、有效等位基因所占比重(NE/NA)、等位基因丰度(AR)、基因多样性指数(GD)、Shannon's信息指数(I)的比较,发现除等位基因数(NA)外,国内资源的其它5个遗传多样性指标全面高于国外资源。在21个SSR基因位点中,国内、外资源群在7个位点间存在等位基因种类的差异。群体结构分析将1984份世界栽培豌豆资源划分成三大组群。组群A包含96.49%的国外栽培豌豆参试资源,可代表典型的国外栽培豌豆资源类型;组群B的资源88.18%来源于陕西和内蒙古,可代表中国典型的春播区栽培豌豆资源类型;组群C的资源52.05%源于中国秋播区,47.44%源于中国春播区,可代表中国秋播区和除陕西、内蒙古外的春播区栽培豌豆资源类型。组群间遗传多样性差异达到显著水平。PCA作图分析也明确显示世界栽培豌豆资源群体中存在3个边界明显的资源富集区(基因库I、II、III),且与三大组群的群体结构分析结果精确对应。【结论】国内资源的遗传多样性程度整体上超过国外资源,国外资源群体内个体间的差异程度平均高于国内资源。群体结构分析侦测到世界栽培豌豆资源中存在A、B、C共三大资源类群,类群间的遗传多样性差异达到了显著水平,且与PCA做图分析显示的3个边界明显的基因库间存在着精确对等关系:"类群A"几乎等同于"基因库I","类群B"几乎等同于"基因库II",而"类群C"几乎等同于"基因库III";基因库I由国外资源富集而成,基因库II由中国陕西和内蒙古资源富集而成,基因库III由中国秋播区资源和陕西、内蒙古以外的春播区资源富集而成,由此得出世界栽培豌豆由3个基因库构成的结论。国外栽培豌豆种质资源构成了"基因库I",国内栽培豌豆种质资源构成了"基因库II"和"基因库III",表明国内、外资源均很重要,但国内资源甚于国外。     

3个小麦品种抗白粉病基因的等位性分析

研究了小麦品种黔丰3号、肯贵阿和81-7241对白粉菌411菌株的抗性遗传和基因的等位关系。结果表明,3个抗源品种与感病品种绵阳15号杂交后,其F_1、F_2及B_1F_1的抗性反应表明,它们各具有一对显性抗性基因。抗亲杂交等位性测定表明,各组合的F_2群体均有少数感病植株出现,其抗、感比为15:1,说明各抗性基因是非等位的。根据不同毒性的白粉菌株接种各品种的反应型差异,也间接证明了各抗性基因不相同。     

位置功能候选基因HMGA1、C6orf106和ENSSSCG00000023160与猪肢蹄结实度的关联性

【目的】建立一种通过内在的四肢骨关节评分来评估猪肢蹄结实度的方法,并计算关节评分与表观评估的肢蹄结实度之间的相关系数。此外,在F2、莱芜、二花脸、苏太和杜长大5个猪群中,研究三个位置功能候选基因HMGA1、C6orf106和ENSSSCG00000023160与猪肢蹄结实度之间的关联性。【方法】根据关节面裂痕的大小和深浅以及损伤的严重程度,对5块四肢骨的关节进行评分(1—5分)。如果关节面裂痕很大且很深,或损伤很严重,则评为1分;如果关节面没有裂痕和损伤,则评为5分。评分越高,说明关节越健康,肢蹄越结实。此外,基于笔者前期全基因组关联分析的结果,在猪7号染色体最强关联SNP两侧翼各0.2 Mb的区域内,筛选出HMGA1、C6orf106和ENSSSCG00000023160三个位置功能候选基因。在F2群体中,通过基因测序,搜寻这3个基因的多态位点,并根据多态位点在6个物种间的保守性,筛选出11个多态位点。利用Taqman探针,对3个HMGA1位点和3个C6orf106位点进行基因分型,而另一个基因的5个多态位点则通过基因型填补(genotype imputation)方法进行基因分型。最后,利用R软件Gen ABEL程序包,分析最小等位基因频率(MAF)大于0.05的多态位点与肢蹄结实度之间的关联性。【结果】在C6orf106和ENSSSCG00000023160基因中,分别鉴别到174和5个多态位点。关节评分之间呈显著的正相关,绝大部关节评分与蹄趾、肢蹄和步态评分之间无相关,而与肱二头肌长度和重量呈显著的负相关。公猪的肩胛骨关节评分极显著低于母猪的评分,但是臂骨肩关节和后肢跗关节评分显著高于母猪相应的关节评分。在F2群体中,3个候选基因均与肢蹄结实度关联,但是ENSSSCG00000023160的关联程度不如另外2个基因强,可以排除它为肢蹄结实度的因果基因。因此,该基因没有在其余的4个群体中进行检测。在二花脸群体中,HMGA1的g.2029CT和g.3155AG位点均与肢蹄结实度关联,另一个位点的MAF小于0.05。在其它3个群体中,HMGA1 3个位点的MAF都小于0.05。在莱芜群体中,仅C6orf106的g.6953TC位点的MAF大于0.05,该位点与肢蹄结实度显著关联。在苏太和杜长大群体中,C6orf106的g.2054TC和g.6953TC位点的MAF大于0.05,但它们与肢蹄结实度性状之间无显著关联。【结论】建立了一套利用四肢骨关节评分来评估肢蹄结实度的方法,该方法是对现有的表观评估方法的重要补充。因为蹄趾、肢蹄和步态评分与关节评分无相关,所以它们不能取代关节评分。关联分析结果排除了ENSSSCG00000023160是肢蹄结实度因果基因,但没有排除HMGA1和C6orf106的可能性,因此,有必要对这2个基因进行更深入的研究。     

不同类型玉米种质群体的SSR遗传多样性分析

利用SSR标记对人工合成群体、地方种质群体和热带、亚热带群体等3种不同类型群体进行遗传多样性分析,26对SSR引物在供试群体内共扩增出184个等位位点.多态性位点数、多态位点比例、基因型数以及遗传距离等分析表明,三类群体均具有较丰富的遗传变异,且热带、亚热带群体内个体间的遗传距离大于地方种质群体和人工合成群体.这一结果说明热带、亚热带群体内的遗传变异较大,面人工合成群体与地方种质群体内的遗传变异则相对较小且基本相当.     

不同基因型玉米单倍体雄穗自然加倍研究

为探讨不同基因型的玉米单倍体雄穗自然加倍的情况,利用由7个优良自交系组配的FAPW/BN490A、BN490A/BN486A、PHZ51/H33和MT-1/H32等4个单倍体群体研究玉米单倍体的花药外露与花粉育性。结果表明:FAPW/BN490A群体位于雄穗分枝的花药外露概率高于位于雄穗主轴的花药外露概率;在所研究的4个单倍体群体中,FAPW/BN490A群体的花药外露率和可育花粉率均为最高,平均值分别为35.7%和72.2%;其次为BN490A/BN486A群体(13.0%,53.8%)与PHZ51/H33群体(13.0%,48.7%),MT-1/H32群体的最低,分别为12.0%和47.4%;通过多重比较发现FAPW/BN490A群体的花药外露率和花粉可育率与其余3个群体均显著差异,但其余3个群体间无差异,表明玉米单倍体的雄穗育性只在特定基因型间存在差异;在4个单倍体群体花药不外露株的植株中,均存在一定比例可育的花药,花粉可育率为0~95.0%,且每个群体可育花粉率在0~25.0%和25.0%~50.0%的植株较多,而50.0%~75.0%和75.0%的植株较少,即不同基因型的玉米单倍体群体中,花药不外露株的雄穗育性有较低程度恢复,且可育花粉率越高的植株数越少。     

水稻抗白叶枯病恢复系的分子育种

利用4类粳型亲籼系与携带有2个恢复基因Rf3、Rf4和4个抗白叶枯病基因Xa4、xa5、xa13和Xa21的品系构建回交群体，应用与目标基因紧密连锁的以PCR为基础的分子标记进行辅助选择（MAS）．在BC1F1选择到2个恢复基因和4个抗白叶枯病基因全杂合的植株19个．在BC1F2对19个当选株系进行MAS，共选择到28株至少含有4个纯合目标基因的单株，其中3个单株在6个目标基因座位上均带有纯合目标基因型．测交结果表明，选取的2个具6个纯合目标基因的单株对野败型细胞质雄性不育系有良好的恢复力．     

用第8染色体的SSR标记分析香稻居群遗传多样性

用5对与香味基因连锁的SSR标记对广西种植的香稻、非香地方籼型栽培稻、非香地方粳型栽培稻以及南亚香稻UPRB系列、UPRH系列、B系列共6个居群进行遗传多样性分析。结果表明,6个居群在第8染色体的遗传多样性以南亚香稻B系列居群的最大;聚类表明,南亚香稻居群与广西水稻居群(包括香稻与非香稻居群)各自聚为一类,说明南亚香稻与广西水稻种质在第8染色体上存在遗传差异,证明了南亚香稻类群的独特性。