黑龙江部分野生黑木耳菌株的分子ID构建

为分析黑龙江地区28株野生黑木耳菌株的遗传多样性,并构建种质分子身份证。利用SSR分子标记对供试菌种进行遗传多样性分析,用NTSYS软件进行聚类分析并用ID Analysis 1.0软件种质分子身份证。结果表明：7对引物共检测到131个多态性片段,品种间特异性指数介于23.015~53.827之间,平均为30.00;在相似水平在0.58时,28个供试黑木耳菌株被分为3个组群。结果仅需5对引物即可将28份参试菌株完全区分开。     

52份俄罗斯引进马铃薯种质资源的遗传多样性与分子身份证构建

马铃薯是世界上重要的栽培作物,俄罗斯品种因其类型丰富而闻名,为了将俄引资源中的优良基因快速用于我国马铃薯品种改良,本研究利用新近发表的SSR分子标记,对52份从俄罗斯引进的马铃薯品种进行群体结构性研究并构建其分子身份证。结果显示,从100份引物中筛选出的23对的目标条带清楚、多态性高且扩增稳定的引物,在俄罗斯马铃薯群体中共检测到86个多态性目标条带,每对引物可观测等位基因数为2~5个,平均等位基因数为3.7个。引物位点的多态信息含量指数(PIC)变幅为0.033 9~0.688 4,平均多态性信息含量为0.528 5。品种间特异性指数差异较大,介于150.762~273.970之间,平均为184.921。俄罗斯马铃薯材料蕴含了比较丰富的遗传变异,显示了较高水平的基因多样性。在多样性研究基础上,利用STL029、STPOAC58、STM1106、STL047、STM0051、STM1030及STL004共7对引物构建了63份种质资源的分子身份证,可有效区分各品种。上述结果为利用俄引资源改良黑龙江省马铃薯品种提供了分子遗传学信息     

基于SSR标记的板栗种质资源遗传多样性分析

本研究利用筛选出的21对SSR分子标记对来自12个省(市)的279份板栗资源进行遗传多样性分析,为种质资源的开发利用与核心种质的构建提供科学依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2～6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量变化范围在0.614 5～0.972 3之间,平均0.866 8。通过检测10个群体的遗传多样性参数,发现山东群体Shannon's信息指数(I=0.487 0)、Nei's多样性指数(H=0.319 5)、有效等位基因数(Ne=1.530)及多态位点百分率(PPB=100%)均最大,是遗传多样性最丰富的群体;群体间遗传分化系数Gst=0.099 3,表明群体内遗传分化大于群体间分化;基因流Nm=4.536 1,说明板栗各群体间存在适度的基因交流;聚类结果和主坐标分析图表明,各群体的遗传关系和地理来源有一定联系。     

花椰菜种质资源遗传多样性SRAP标记分析

为了从分子水平上揭示花椰菜种质资源间的亲缘关系,为其种质搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础。本研究采用SRAP分子标记技术对24份花椰菜种质资源进行遗传多样性研究。从30个引物组合中筛选得到23对多态性引物组合,共检测到257条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数从5到20不等。其中多态性片段为185条,多态性比例为71.98%,表明花椰菜种质间具有相对丰富的遗传多样性。相似系数分析表明种质间遗传相似系数为0.5491~0.9626,平均为0.7490。SRAP分子标记聚类分析结果显示来源和地域可作为花椰菜种质聚类的农性状之一。     

利用DAMD分子标记构建甜菜品种的分子身份证

为了根据遗传背景快速区分和鉴定甜菜品种的真实性和特异性,补充和打破形态学鉴定法的短板和局限,以96份甜菜登记品种为试材,采用DAMD分子标记技术构建了甜菜品种的分子身份证。结果显示,有7条扩增条带清晰、多态性较好的DAMD引物可用于鉴别甜菜品种,这7条引物共检测出103条带,其中多态性条带101条,多态性98.1%;96个品种间的最小遗传距离为0.039,最大为0.485,平均遗传距离0.237。通过聚类分析,96个甜菜品种被分为两类群,类群I仅有54号品种,类群II包含其余95个品种,类群II进一步又分两个亚群。仅利用URP1F、URP17R和URP2R这3条引物组合将96个供试甜菜品种完全区分。利用DAMD引物构建甜菜品种的分子身份证,为快速、高效地鉴定甜菜品种提供了一种新的途径,也为保护育种家和农民的利益提供了保障。     

豇豆种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP和SSR分析

为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41 份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65 对SRAP引物和10 对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31 对SRAP引物和5 对SSR引物,对41 份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2 种PCR扩增共获230 条扩增条带,其中SRAP检测到196 条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3 条,多态性 片段为161 条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34 条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8 条,多肽性片段为25 条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP 和SSR 标记的结果,利用UPGMA 构建了41 份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674 以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41 份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。     

94份谷子核心种质资源分子身份证构建

为科学准确的鉴别谷子种质资源,加强对谷子种质资源管理和新品种保护。筛选出33对SSR标记对94份谷子种质资源进行了分子身份证的构建。从分布在谷子9条染色体上的500多对SSR标记中,筛选出33对多态性标记扩增国内外94份谷子种质资源,检测到203个多态性片段,每对标记的等位基因数为3～10,平均为6.2个。标记位点的多态信息含量(PIC)变幅为0.429～0.864,平均为0.740。品种间特异指数差异较大,为63.336～268.523,平均为189.000。结果表明,根据标记的等位基因数确定10对分子标记b185、b260、b224、b103、b225、CAAS1044、b186、b253、b105、CAAS3008组合,即可将94份核心种质资源完全区分开。     

142份甜高粱品种的分子身份证构建

从分布在高粱染色体10个连锁群上的103对SSR引物中,筛选出41对多态性引物, 并用其扩增国内外142份甜高粱种质资源, 检测到189个多态性片段, 每对引物的等位基因数在2~11之间,平均为4.6个。引物位点的多态信息含量指数(PIC)变幅为0.089~0.850,平均为0.543。品种间特异指数差异较大,介于109.1~454.7之间,平均为189.0。结果表明, 根据引物的等位基因数确定11对引物(Xtxp329、Xtxp258、Xtxp113、Xtxp303、Xtxp61、Xtxp201、Xtxp14、Xtxp91、Xtxp47、Xtxp217和Xtxp67)组合, 并用于构建142份品种资源的分子身份证, 有效地区分了各品种。     

一个芝麻应用核心种质的DNA分子身份证构建

构建并研究应用核心种质是深入挖掘芝麻优异基因和提高育种效率的有效途径。经过对核心种质农艺、形态等性状4年4点的观察统计, 构建了包括大粒、高木酚素、高油等23种应用型在内的131份芝麻应用核心种质。为了准确鉴别这批应用核心种质并对芝麻DNA分子身份证的构建方法进行探索, 本研究利用SSR变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术, 从基于芝麻全基因组开发的32对SSR引物中, 筛选出7对核心引物, 进而采用SSR荧光标记毛细管电泳技术, 共检测出53个多态性位点, 最多一个引物检测到12个多态性位点。将毛细管电泳得到的分子量数据以数字+英文字母方式编码, 用ID Analysis 4.0软件根据最少引物区分最多种质的原则选核心引物中的6对(ZMM1494、ZMM1648、ZMM3037、ZMM2818、ZMM1851、ZMM1935)组合, 构建出如“4A32645(AC017)”这种简单、易使用的字符串DNA分子身份证, 并确定了不同应用型的组内引物组合。还对131份应用核心种质构建了条形码和二维码DNA分子身份证, 可迅速被电子设备识别, 拓宽了DNA分子身份证的使用范围, 并为以后芝麻种质标准化和品种DNA分子身份证库的构建奠定了重要的技术基础。     

豇豆种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP和SSR分析

为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65对SRAP引物和10对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31对SRAP引物和5对SSR引物,对41份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2种PCR扩增共获230条扩增条带,其中SRAP检测到196条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3条,多态性片段为161条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8条,多肽性片段为25条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP和SSR标记的结果,利用UPGMA构建了41份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。

     

ISSR分子标记技术在桃品种鉴定中的应用

为了有效地鉴别桃苗木优良品种或类型,为桃种质资源研究和新品种保护提供理论基础,利用ISSR标记对28份桃种质进行了品种鉴定及亲缘关系检测。结果发现：23条ISSR引物共扩增出188条DNA片段,其中96条具有多态性,多态性频率为51.06%;材料间遗传相似系数GS变幅为0.84～0.97,平均为0.92。获得28份供试材料的指纹图谱,鉴定出9条特异出现DNA片段和11条特异缺失DNA片段。通过UPGMA聚类分析发现,供试材料中地理来源及部分农艺性状相近的品种或类型聚为小类,但大的聚类群没有明确的划分标识,可能与桃种质在地区间互换及所选择的ISSR标记有关。     

新陆早棉花品种DNA指纹图谱的构建及遗传多样性分析

以新疆2013年前审定的51个新陆早常规棉花品种为材料, 从5000对SSR引物中筛选出多态性高、稳定性好、且定位在棉花26条染色体上(每条染色体上选择2~3对)的75对核心引物,检测到多态性位点226个, 每个标记检测到的基因型位点数在2~12之间, 平均为3.01个;引物多态信息量(PIC)值介于0.0799~0.8752之间, 平均值为0.6624。结果显示, 在51份新陆早棉花常规品种中, 可利用特征引物将21份品种一次性区分开。利用40对引物可以完全区分开新陆早51份常规品种, 并构建供试品种的指纹图谱。同时利用NTSYS-pcV2.10软件聚类分析表明, 51个新陆早棉花品种遗传相似系数变化范围为0.4269~0.9873, 平均值为0.7071, 说明新陆早棉花品种之间遗传多样性较狭窄;遗传相似系数矩阵和聚类分析将51个新陆早品种分为4大类型, 与原品种选育系谱高度吻合。     

32个甜菜品种指纹图谱构建与遗传多样性分析

为了对国外引进的甜菜品种进行鉴别以及分析不同甜菜品种之间的亲缘关系,利用SSR标记构建了32份引进甜菜品种的指纹图谱并进行了遗传多样性分析。从101对SSR引物中筛选出了21对谱带清晰、易于识别的引物,这21对引物共检测出127个等位位点,其中多态性位点为107个,多态性比率为83.6%,每对SSR引物扩增出的等位位点数为2~11个,平均每对引物扩增出6.1个基因型,扩增的条带大小在90~500 bp之间。利用3对引物SB04,S6和S7的引物组合构建的指纹图谱就能够区分32个品种。聚类分析结果表明,在遗传距离0.17处,所有的供试品种被分为3类,从分子水平上说明甜菜品种之间的遗传基础比较狭窄。聚类分析结果与甜菜品种的来源具有很好的一致性,基本上是同一公司或者同一国别的品种被聚在了一起。     

谷子品种遗传差异的RAPD标记分析

利用RAPD标记对来自春、夏谷区不同育种单位的23份谷子品种进行了多态性和聚类分析。结果表明,23份品种的RAPD标记的多态性较低,13个引物共扩增出56条多态性带,平均每个引物扩增多态性带为4.31条,引物S30和S45都有7条多态性带,能够鉴别的品种最多为13个。聚类分析表明,当遗传相似性系数为0.75时,23个品种可分为4类,不同生态区的品种可以归为一类,而同一生态区的品种也可以归为不同的类,基于RAPD的遗传相似性和品种来源地没有必然的一致性。     

利用SSR标记分析山东省花生区试品种的遗传多样性特点

摘要:利用SSR标记对山东省花生区试品种进行遗传多样性分析,以参加国家北方区试的17份省外花生品种为对照。结果表明,10对SSR引物在45份花生品种共扩增出57条带,其中45条呈现多态,多态性比率为78.95%。引物的多态性信息含量（PIC）变幅为0.369～0.857,平均值为0.683。多样性指数比较表明,山东省的基因多样性指数H（0.2476）和Shannon指数I（0.3723）均低于河南省（0.2928、0.4241）和省外（0.2929,0.4268）。山东省内品种间的遗传相似系数介于0.440-1.000之间,平均为0.730,省外品种间的遗传相似系数变化范围为0.311-0.962,平均为0.638,显著性测验表明山东省区试品种内的相似性极显著高于省外品种内的相似性。聚类分析表明山东省花生区试品种遗传基础较近,绝大部分品种聚在第II类群;河南省和河北省的部分品种与其他品种亲缘关系较远。与省外区试品种相比,山东省花生区试品种遗传基础较近,应不断引入省外亲缘关系较远的品种以拓宽其遗传基础。     

新疆彩色棉23个品种指纹图谱的构建及遗传多样性分析

以新疆截止2012年审定的23份新彩棉品种为材料,利用SSR标记进行DNA指纹图谱的构建和遗传多样性分析。从5000对SSR引物中,挑选出多态性高、稳定性好、均匀分布在棉花26条染色体上的52对引物,在23份新彩棉品种中筛选出核心引物47对,SSR扩增检测到多态性基因型位点数共计162个,每个标记检测到的基因型位点数在2~7之间,平均为3.45个;引物多态信息量(PIC)值介于0.4537~0.8686之间,平均值为0.7096。结果显示:在23份新彩棉品种中,14份品种采用特异或特征引物可以一次性区分开,其余9份品种需要采用引物组合来实现区别该品种与其他品种。最少选用18对特异引物及组合引物就可以完全区分开新彩棉1~23号品种。利用18对SSR标记构建了新彩棉1号至23号品种的指纹图谱。利用NTSYS-pcV2.10软件聚类分析表明:23个新彩棉品种遗传相似系数变化范围是0.3781~0.9298,平均为0.5511,表明新彩棉品种之间存在着丰富的遗传多样性。     

吉林省主推玉米品种的SSR分子标记纯度鉴定

针对吉林省主推玉米品种,构建了一套科学高效的纯度鉴定体系。以吉林省主推的50个玉米品种为研究材料,从GB/T 39914-2021公布的40对SSR引物中筛选出9对用于吉林省主推玉米品种的纯度鉴定。筛选出的9对引物杂合度在82%~100%,平均杂合度为91.5%,PIC值在0.44~0.75,平均PIC值为0.63。该组引物多态性高、稳定性强、分辨率高且非特异扩增片段少。将9重扩增体系进行优化,形成吉林省主推玉米品种纯度鉴定体系。用这9对引物对吉林省主推的6个品种进行纯度鉴定,可准确检测出品种的典型株、自交苗和异型株,共检测出10个自交苗和7个异型株,6份样品最高纯度为98%,最低纯度为96%,鉴定结果与田间鉴定结果相关性系数为0.766,相关性较高,结果可靠。     

山东省水稻品种（系）的遗传多样性分析

利用全自动DNA分析仪荧光SSR-PCR技术和农业行业标准《水稻品种鉴定技术规程SSR标记法（NY/T1433-2014）》中公布的48对SSR引物,对山东省育成和审定的48个水稻品种（系）进行遗传多样性分析。结果表明,有40对SSR引物在48个品种（系）间表现多态性,多态率为83.3%。检测到等位基因133个,每对引物的等位基因数变幅为1~7个,平均3.32个。SSR引物的多态性信息量（PIC）变化范围为0.0384~0.7333,平均值0.2560。标记指数（MI）的变化范围在0.08~5.13,平均值0.93。48个水稻品种（系）间的遗传相似系数（GSC）在0.6390~0.9859之间,平均值0.7800,89.6%品种（系）的GSC在0.7189~0.9859之间,亲缘关系较近;以GSC为基础,按UPGMA方法在阈值0.75处将48个品种（系）划分为4大类群。由此可见,山东省育成和审定的水稻品种（系）遗传多样性不够丰富,品种（系）间的亲缘关系较近,需要进一步拓宽亲本选择范围,扩大遗传背景。