地方晒烟种质资源SRAP标记的遗传多样性分析

解析地方晒烟种质资源的遗传背景,为晒烟种质的高效利用提供依据。本研究筛选多态性丰富的14对SRAP引物组合,对贵州省内广泛地理来源的136份地方性晒烟资源进行遗传多样性分析,根据Model-base和NJ聚类进行遗传结构分析。结果表明:参试材料具有较高的遗传多样性,共扩增出250个稳定的多态性位点,多态性位点比率为97.6%,有效等位基因数(Ne)为1.22,Nei's基因多样性指数(H)为0.15,Shannon's信息指数(I)为0.26,材料间平均遗传距离为0.778,多数材料间亲缘关系较远。Model-base遗传结构分析和NJ聚类结果一致,将总材料划分为三大亚群,亚群Ⅰ包含46份资源,亚群Ⅱ包含47份资源,亚群Ⅲ包含43份资源,划分结果与材料的地理来源关系不大,三个亚群多样性依次为:亚群Ⅱ亚群Ⅰ亚群Ⅲ。     

基于表型性状和EST-SSR分子标记的参薯种质资源遗传多样性分析

为明确中国南方8个省份收集的42份参薯栽培种的遗传背景,本研究利用表型性状和EST-SSR标记分析该种质资源群体的遗传多样性。结果表明,11个表型性状的变异系数区间为9.52%～80.95%。根据11个表型性状,对42份参薯种质资源进行聚类分析,发现这些种质资源可被分为两个主要类群。此外,利用83对EST-SSR引物共筛出56对具有多态性,共扩增到117个条带,其中102个为等位变异位点,每对引物检测出的多态性位点为1～4个,每个引物平均多态性位点为1.82个。采用NTSYS-pc 2.10对EST-SSR标记扩增位点获得的基因型数据进行分析,发现42份样品遗传相似性系数介于0.367 3～0.935 1之间,平均值为0.651 2,当遗传相似性系数为0.674 0时,可将42份样品划分为三大类。本研究结果说明中国南方参薯具有较丰富的遗传多样性,为进一步的特异种质资源的筛选提供理论依据。     

云南椰子种质资源遗传多样性的ISSR分析

为摸清云南椰子种质资源遗传多样性现状,促进资源的有效利用,以在云南收集的60份椰子种质为试材,利用ISSR分子标记技术对其遗传多样性进行了分析。结果表明：27条ISSR引物共扩增出272个位点,其中230个为多态性位点,多态性比率为84.56%,引物多态性指数为0.85,SM遗传相似系数平均值为0.664。根据各种质的SM,运用NTSYSpc2.10e软件的UPGMA方法构建了种质的系统聚类图,60份椰子被聚为3个类群(A、B、C)。其中,A类群为全部由本地种质组成的一个独立类群;C类群既包括部分本地种质,也包括来源于本地以外的其他种质。研究结果显示出云南椰子种质具有较高的遗传多样性;这些种质与外地种质具有独立性和关联性的特点。该研究结果可为云南椰子种质资源的进一步研究和利用提供参考。     

适于新疆制干类型辣椒种质资源遗传多样性的SRAP和SCoT分析

本研究对72份制干辣椒种质资源采用SRAP和SCoT分子标记技术进行遗传多样性研究。以期从分子水平上揭示新疆制干辣椒种质资源间的亲缘关系,为其种质搜集、利用和遗传改良提供一定的理论基础。结果表明,在10对SRAP引物组合共检测出78个位点,其中多态性位点数69个,多态性比例为88.64%,平均每条引物扩增位点为7.8个,PIC为0.819;20对SCoT引物扩增出203个位点,其中多态性位点数174个,多态性比例为85.71%,平均每条引物扩增位点为10.15个,PIC为0.861。UPGMA聚类结果显示,在相似性系数为0.74时,72份材料可被分为2个类群;阈值为0.79时类群2又可分为5组,表明制干辣椒种质间具有相对丰富的遗传多样性。分析结果将有助于更好地保护和利用制干辣椒种质资源,研究结果为进一步进行制干辣椒的种质研究及利用提供了帮助。     

95份南瓜种质资源亲缘关系的SSR分析

为研究95份南瓜资源的遗传关系,提高南瓜育种效率,应用150对简单重复序列(SSR)标记及聚类分析方法对95份核心资源进行遗传多样性分析。结果显示,有32对引物能够在不同南瓜种质间扩增出清晰而稳定的多态性标记。利用MEGA 4.0统计软件中UPGMA聚类分析,95份南瓜的平均遗传距离为0.583,最大为0.9412,最小为0;分支总长度SBL=10.3384。在分支距离为0.39时,32对SSR引物可以将95份资源可以分为3个类群。第Ⅰ类群,主要为印度南瓜,第Ⅱ类群为中国南瓜,第Ⅲ类群71号为美洲南瓜。本研究为种质资源的鉴定评价,优良种质的挖掘以及品种选育提供了参考。     

瓠瓜种质资源遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD分子标记对源自中国7个省份的38份瓠瓜种质资源进行遗传多样性分析.20个随机引物共扩增出104条多态性带,平均每个引物扩增的多态性带数为5.2条,多态性位点百分率为51.2%.利用NTSYS-pc软件计算种质问的遗传距离,用15PGMA法进行聚类分析,将供试的38份种质可分为3个类群8组,用EIGEN方法进行主坐标分析,将其分为3个类群13组.两种分类方法所获结果基本一致.RAPD分子标记表现出与瓠瓜的农艺性状分类和地区分布有一定的相关性.     

87份中熟棉种质资源亲缘关系和遗传多样性研究

为了阐明不同中熟棉种质资源间的亲缘关系,为优势杂交组合选配亲本材料,最终得到目标优良种质及审定品种,利用SRAP分子标记技术对87份中熟棉品种（系）进行遗传多样性分析。从80对引物组合中筛选出多态性引物,用于供试材料的PCR扩增。结果显示,筛选出的17对多态性引物共扩增出168个位点,其中90个位点呈现多态性,平均每对引物产生5.29个多态性位点,多态率达53.57%。利用NTSYS-pc2.11软件数据分析显示,87份材料之间的相似系数为0.61~1.00,平均值为0.82。当遗传相似系数为0.73时,可将87份棉花材料分为两大类,其中第Ⅰ类群包含65个材料,第Ⅱ类群包含22个材料。遗传多样性分析表明本文中选用的中熟棉种质资源遗传基础比较狭窄,今后结合分子标记结果选用亲缘关系较远的材料作为杂交亲本,创制新的中熟棉种质资源。     

21种不同类型葡萄种质资源遗传多样性的SSR分析

本研究通过SSR标记解析不同类型葡萄种质遗传多样性差异和亲缘关系,为资源分类与品种鉴定提供理论依据。利用15对SSR引物对21种不同类型葡萄种质进行PCR扩增,对扩增情况、遗传距离与亲缘关系等进行分析。15对SSR引物共扩增出等位基因位点91个,其中多态性位点89个,多态性比率高达97.8%,其中13对引物扩增多态性百分率达到100%。21份供试材料间遗传相似系数变化范围在0.45~0.91之间,并在遗传相似系数0.62处被分为2个类群。研究表明SSR标记从分子水平上解析了不同类型葡萄种质的遗传差异性,揭示了材料间亲缘关系,为育种研究提供了一定参考依据。     

基于SSR标记的76份紫心甘薯品种的遗传多样性分析

为探明中国育成的紫心甘薯品种之间的遗传多样性和遗传差异,本研究利用124对SSR引物对搜集到的76个紫心甘薯品种进行遗传多样性分析。通过6%的聚丙烯酰胺凝胶电泳获得76个品种的PCR扩增条带数据,构建0～1数据矩阵,利用NTSYS 2.10e软件计算Nei's遗传距离,将遗传距离系数矩阵导入MEGA 7.0.26,进行遗传距离分析和NJ聚类分析;利用Structure 2.3.4软件进行群体结构分析。结果表明:124对引物共扩增出750条条带,其中多态性条带为90.13%,每对引物检测出2～18个等位变异,平均6.05个;76个紫心甘薯品种的遗传距离在0.044 2～0.601 0之间,平均为0.292 1,进一步分析发现,中国各薯区品种间的遗传距离较近,外引品种绫紫与中国各薯区品种间的遗传距离较远,因此可以通过引进国外紫薯品种来扩大中国紫心甘薯的遗传背景;在遗传距离0.261 3处可分为3个族群,在0.225 3处可分为9个族群,在0.217 3处将第Ⅸ族群划分为4个亚群,来源地相近或拥有相同亲本的紫心甘薯材料有聚在一起的趋势;通过对群体结构K值分析,发现76份品种划分为3个稳定的群体,最大Q值分析发现,最大Q值越大群体的遗传背景就越简单,最大Q值0.6时,品种的遗传成分来源于不同群体,群体间存在明显的基因交流,76个紫心甘薯品种遗传成分有3个变异来源。     

基于SSR和InDel标记的海南荔枝种质资源遗传多样性分析

为了解232份主要来自海南的栽培荔枝、半野生荔枝和野生荔枝的遗传多样性及其演化地位,摸清荔枝品种中存在的同名异物和同物异名问题;本研究依据获得的荔枝EST序列和基因组序列开发了一批SSR和InDel标记,利用这些标记对232份荔枝种质资源进行了遗传多样性研究;取6个荔枝品种DNA为模板,筛选出18对SSR引物和12对InDel引物应用于遗传多样性研究,检测到基因位点141个,等位基因变异数范围为2~11个,平均4.70个,多态性位点为139个,多态性位点比率是98.58%。UPGMA聚类分析发现,232份荔枝种质资源的遗传相似系数是0.66~1.00;发现SSR引物的多态性大于InDel引物;在遗传相似系数为0.76处,供试材料分为15类,多数来自海南的荔枝资源能一起聚类,海南11份野生荔枝资源分别聚类在5个类群中,说明海南野生荔枝资源的遗传多样性较丰富。研究将为进一步开展荔枝遗传改良和育种提供依据。     

125份武夷山茶树种质资源的遗传多样性分析及DNA指纹图谱的建立

为开展武夷山茶树种质资源的科学利用与创新研究,本研究利用筛选出的12条ISSR引物对125份武夷山茶树种质资源进行分析。结果显示,12条引物共扩增出167个位点,其中多态性位点有160个,多态性比率为95.8%。供试茶树的遗传相似系数介于0.461 1~0.922 2之间,平均值为0.631 8,基于遗传相似系数建立了聚类树状图,揭示了125份茶树种质的亲缘关系。从160个多态性位点中筛选出18个多态性最丰富的位点,建立125份武夷山茶树种质资源的DNA指纹图谱,依据图谱差异可鉴定不同的茶树种质。     

8份剑麻种质亲缘关系的ISSR和RAPD分析

为了揭示剑麻栽培品种的遗传多样性,利用ISSR和RAPD分子标记技术对8份剑麻种质的亲缘关系进行分析。结果表明,筛选后选用的8条ISSR引物和8条RAPD引物,分别产生了53条和66条扩增条带,其中多态性条带分别为44条和61条,多态性条带百分率分别为83.02%和92.42%。根据2种标记的扩增结果,用UPGMA法对8份剑麻种质进行聚类分析,供试材料之间具有较高的遗传多样性,其品种间遗传相似系数分别为0.59~0.80和0.52~0.76。2个标记的聚类结果基本一致,但有点差异,可将供试的8份剑麻种质划分为2类群,而且2个标记聚类结果呈显著相关性,相关系数为0.70。可见,剑麻种质资源的遗传多样性丰富。     

应用RAPD标记进行茶树优异种质遗传多态性、亲缘关系分析与分子鉴别

采用RAPD分子标记技术,对茶树优异种质资源的遗传多态性、亲缘关系和分子鉴别进行了研究。结果表明,20个引物在15份优异资源中得到1050个RAPD位点,平均52．5个位点／引物,70个位点／资源。在所获得的137条可重现谱带中,8条是单态的,129条是多态的,多态性程度达94．2％;引物的多态性相对频度为0．24～0．83,总平均为0．47;遗传距离在0．16～0．62之间,平均为0．37,这可能与我国是茶树的原产地和起源中心有密切关系。RAPD数据的类平均法聚类结果显示,15份资源可划分为3个类群,从相似性系数讨论了资源间的亲缘关系。应用12个引物产生的20个特异标记的存在和11个特异的缺失,可以鉴别所有15份优异茶树种质资源。RAPD可以作为茶树优异种质资源遗传多态性、系统演化和分子鉴别研究的有效手段之一。     

薄皮甜瓜种质资源遗传多样性的RAPD分析

RAPD分子标记对来源不同的41份薄皮甜瓜种质资源进行了遗传多样性分析。11个随机引物共扩增出78条带,平均每个引物扩增的多态性带数为5.3条,多态性带百分率为74.4%。利用NTSYS-pc软件计算种质间的遗传距离,用UPGMA法进行聚类分析,将供试的41份种质可分为3个类群8组,用EIGEN方法进行主坐标分析,将其分为4个类群12组。两种分类方法结果基本一致,后者能更为直观地反映群体之间的关系。     

基于RAPD标记的芥蓝种质资源遗传多样性分析

调查了44份芥蓝种质的植物学性状,并利用RAPD分子标记分析了其遗传多样性。结果从150条随机引物中筛选出20个引物,20个引物共扩增出177条谱带,其中多态谱带105条,平均每个引物扩增出8.9条谱带和5.3条多态性谱,多态性比率为59.32%。基于RAPD标记,利用NTSYS-pc2.11构建了聚类树状图谱,遗传距离为0.70时,44份芥蓝资源可聚成六大类群。芥蓝种质存在着一定的遗传多样性,但原产华南而且主要产区也在华南,遗传多样性要小于芸薹属其他蔬菜。     

龙眼种质资源的RAPD分析

利用RAPD技术对龙眼的95份种质资源和一份荔枝种质资源进行研究。从200条随机引物中筛选出18条多态性引物,共扩增出197条带,DNA扩增带的多态性为100%,这表明96份材料的遗传多样性和遗传资源的丰富性。利用SPSS13.0统计软件对RAPD表型数据矩阵进行分析。根据欧氏距离（ED）法计算各样品间的遗传距离,采用UPGMA（类平均法）,进行分析,建立亲缘关系聚类树状图。结果表明,RAPD标记能在分子水平揭示龙眼的遗传背景与亲缘关系     

基于SRAP标记的花椒种质资源遗传多样性及群体结构分析

为探讨花椒种质资源的遗传多样性和群体结构特征,用SRAP分子标记技术对采自陕西、山西、云南、四川、甘肃5个种源地的269份花椒属样品的遗传多样性进行了研究。结果表明:从120对引物组合中筛选出了16对图谱带型清晰、丰富、重复性好的引物组合;269份花椒属样品用这些引物组合共扩增出169条清晰可重复的条带,其中多态性条带151条,多态性比率为93.8%;通过UPGMA分子系统聚类法,将269份花椒属种质划分为2个类群,即竹叶椒类群和花椒类群;在所研究的5个种源中,陕西花椒的遗传多样性水平最高,陕西和甘肃花椒的遗传距离最小,陕西和云南花椒的遗传距离最大;AMOVA分子变异分析显示,在花椒总的遗传变异中,种源内占74%,而种源间仅占26%;Structure群体遗传结构和UPGMA聚类结果一致,且种源间存在明显的基因交流现象。结果为花椒资源的收集、分类和鉴定工作以及育种工作提供了理论依据。     

不结球白菜形态性状及SSR遗传多样性关联分析

分析不结球白菜遗传多样性,筛选与形态性状相关联且具有多态性的标记位点,为不结球白菜的分子辅助育种选择、种质资源的利用和新品种选育提供依据。本研究以类型差异大、有南方特色的54份种质资源为材料,对其6个质量性状和5个数量性状进行3次田间调查,从40对引物中筛选出25对SSR引物进行遗传多样性分析,结合形态性状对54份不结球白菜种质资源进行统计分析。结果表明:6个质量性状间具有丰富的多样性,5个数量性状间有显著的差异性,其中SA变异系数最大,FC与L、W和SA呈显著正相关;25对SSR引物共检测到72个多态性位点,平均每对SSR引物产生2.88个多态性位点,PIC平均值为0.3831,说明不结球白菜SSR具有丰富的遗传多样性;54份不结球白菜的遗传相似系数变化范围为0.492~0.963,平均为0.742,在遗传距离0.6处可将供试材料划分为3个类群;通过关联分析发现5个与数量性状关联的标记位点,各标记的表型变异解释率在0.4657~0.6329,平均为0.5393。本试验获得的5个标记位点可为不结球白菜分子标记育种提供依据。     

应用SRAP标记分析黑芝麻核心种质遗传多样性

利用SRAP分子标记技术对中国芝麻资源核心收集品中的黑芝麻种质进行遗传多样性分析。结果表明,13对引物组合对100份黑芝麻核心种质共扩增出稳定清晰的条带182条,其中多态性条带126条,占69.2%,每对引物组合的条带数和多态性带数分别为14.0个和9.7个;供试材料间成对遗传相似系数介于0.469~0.986,平均为0.726,通过UPGMA法,在遗传相似系数为0.68处可将供试材料聚为5个类群,表明黑芝麻核心种质具有较丰富的遗传多样性,聚类结果与地理分布没有明显的关系;遗传多样性指数是南方黑芝麻核心种质(0.3557)＞中部种质(0.3415)＞北方种质(0.2986)。本研究结果较全面反映了中国保存的黑芝麻种质资源遗传多样性特点,为我国黑芝麻资源进一步考察收集和引进,以及优异黑芝麻基因资源挖掘和育种利用提供了理论依据。     

贵州引进甘薯种质资源形态标记聚类分析

以引进的33份甘薯种质资源为试验材料,利用形态标记聚类分析法,研究材料间亲缘关系,为贵州甘薯新品种选育提供参考。结果表明,在欧式聚类9.71处,可将33份材料分为两大类群,类群Ⅰ包括31份材料,分成两个亚群;类群Ⅱ包括两份材料。同一类群的性状相差小,欧氏距离相近;类群间的性状差异较大,欧氏距离相差大。