棘孢木霉T4小分子疏水蛋白基因hyb2克隆及序列分析

为了深入研究生物防治菌棘孢木霉T4菌株小分子疏水蛋白hyb2的功能,基于已知小分子疏水蛋白基因hyb2部分cDNA序列设计引物,分别以棘孢木霉T4菌株菌丝体总mRNA和基因组DNA为模板,进行PCR扩增,克隆获得hyb2的全长cDNA和DNA序列,其GenBank接受号分别为JX014433和JX185070,cDNA序列编码区长度为321 bp,编码106个氨基酸。BlastP相似性分析表明该基因与深绿木霉的Tahyd5a (ABS59366)基因同源性最高为87%,SignalP信号肽分析表明N端第16和17个氨基酸中间有一个信号肽剪切位点(AFA||AP)。Pfam蛋白家族分析表明它属于hydrophobin_2 superfamily家族。将棘孢木霉T4菌株小分子疏水蛋白基因hyb2对深绿木霉ATCC74058基因组和绿色木霉Gv29-8基因组进行同源性搜索,在2个近缘种的基因组上分别获得9个和8个同源序列。其中,深绿木霉ATCC74058的hyb-a-7和绿色木霉Gv29-8的hyb-v-5疏水蛋白与棘孢木霉Hyb2相似性最高分别为87%和70%,2个序列分别位于深绿木霉ATCC74058染色体骨架5和绿色木霉Gv29-8染色体骨架22上。     

棘孢木霉ACCC30536葡聚糖酶Glu41基因克隆及分析

克隆获得生物防治菌棘孢木霉（T. asperellum）ACCC30536 菌株葡聚糖酶基因Glu41 的cDNA序列和DNA序列,cDNA和DNA的GenBank接受号分别为KJ541741 和KJ541742,编码区长度为1134bp,编码378 个氨基酸。克隆获得的启动子序列长度1500bp,含有6 个逆境响应元件。BlastP 相似性分析表明该基因与Glyco-hydrolase-16 家族中棘孢木霉CBS433.97 基因同源性最高相似度是60%,SignalP 信号肽分析显示N端第25 个和第26 个氨基酸中间存在一个信号肽剪切位点（AFA||AP）。Pfam 蛋白家族分析显示它属于Glyco-hydrolase-16 家族的葡聚糖酶基因。将棘孢木霉ACCC30536 菌株葡聚糖酶基因Glu41 基因对Glyco-hydrolase-16 家族中木霉属的CBS433.97 基因组进行同源性搜索,在基因组上获得4个同源序列。4 个同源基因表达中仅有Glu41 在杨树根茎叶粉的诱导条件下表达。表明棘孢木霉葡聚糖酶基因Glu41 与生物防治相关。     

几丁质酶基因克隆及其野生蕉转化

本研究根据GenBank公布的木霉几丁质酶基因(chitinase)序列设计一对引物,采用RT-PCR方法从木霉(Trichoderma spp.)中克隆获得了几丁质酶基因全序列,编码区共1275bp,推测其编码424个氨基酸,该基因与哈茨木霉(Trichoderma harzianum)的内切几丁质酶基因chit42(GenBank accession No.L14614)具有99%的同源性。在此基础上,将获得的几丁质酶基因从pGEM-T载体中用XbaⅠ和BamHⅠ切下,克隆到pBI121植物表达载体的XbaⅠ和BamHⅠ位点,构建了植物表达载体pBI-chit并将其转入根癌农杆菌菌株EHA105。该菌株转化野生蕉(Musa itinerans Cheesm.)胚性细胞悬浮系,经过抗性筛选、胚的诱导和萌发,获得成熟体细胞胚和再生苗。通过GUS组织化学法检测和PCR方法鉴定,结果表明外源基因已经成功转入到野生蕉中。本研究为下一阶段转化香蕉栽培品种和筛选抗香蕉枯萎病新种质奠定一定的基础。     

灰葡萄孢霉高效拮抗木霉菌株的筛选及其翻译延伸因子序列分析

为进一步开发利用木霉菌资源,对从菜田土壤中初步分离纯化获得的12株木霉菌株,采用对峙培养和生长速度测定法进行灰葡萄孢霉(Botrytis cinerea)高效拮抗木霉菌株的筛选,并通过翻译延伸因子序列同源性比较对其进行分子鉴定。结果表明菌株Tr-9701和Tr-1108的生长速度快,对病原菌的抑制率高,且协同应用有一定的增效作用。经对Tr9701和Tr1108翻译延伸因子同源序列分析,并结合其形态特征结果表明,Tr9701为绿色木霉(Trichoderma viride)和Tr1108为深绿木霉(Trichoderma atroviride)。绿色木霉和深绿木霉为菜田生境习居菌,2种菌株协同利用对蔬菜灰霉病有较好的协同增效作用,应进一步设计利用多靶位木霉菌来提高防病效果。     

木霉菌对棉花黄萎病菌拮抗的作用

以绿色木霉(Trichoderma viride)、康氏木霉(Trichoderma koningii)，以及二株未知种名的木霉菌株(Trichoderma spp.)为供试菌，采用对峙培养测定其对棉花黄萎病菌(Verticillium dahliae)的抑制作用，并研究了四种木霉菌产生的非挥发性代谢物对菌丝干重的影响。结果表明：在对峙培养中，木霉菌对棉花黄萎病菌均有明显抑制作用，木霉菌产生的非挥发性代谢物可以强烈抑制棉花黄萎病菌生长，明显降低其菌丝干重，并具有热稳定性。光学显微镜下观察，木霉菌丝在棉花黄萎病菌丝上平行或波浪式生长且棉花黄萎病菌丝出现细胞原生质浓缩和菌丝断裂等现象。     

DNA条形码技术在花黄斑蜂鉴定中的应用

为鉴定新疆阿拉尔苜蓿田的一种主要传粉昆虫,通过利用基因条码技术与形态特征分析,采用动物基因组DNA小量抽提试剂盒提取虫体基因组总DNA的方法,以鳞翅目通用引物扩增其线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段,切胶纯化后以试剂盒进行T-载体克隆,挑取阳性克隆送公司测序,获得序列在BOLD数据库中进行分子鉴定;同时根据形态特征进行常规鉴定。结果显示该基因片段序列与吉尔吉斯斯坦的2个黄斑蜂属未鉴定种虫标本相似度最高（99%以上）,其次是希腊与俄罗斯的花黄斑蜂(Anthidium florentinum)标本相似度（96%以上）,与其他切叶蜂标本序列相似度较低;形态学观察也发现与花黄斑蜂形态描述一致。因此,认定苜蓿田中这种常见黄斑切叶蜂为花黄斑蜂。     

红花檵木CHS基因的克隆与序列分析

查尔酮合酶(chalcone synthase, CHS)是进入类黄酮和花色素苷次生代谢的第1个关键酶。根据植物查尔酮合成酶保守区序列设计引物,以红花檵木(Loropetalurn chinense var. rubrum)大叶红的嫩叶为材料,用RT-PCR方法,分离得到了一个查尔酮合成酶基因的cDNA（GenBank登录号为JQ609678）,将该基因命名为LcvrCHS1。该序列长927 bp,编码232个氨基酸残基。其核苷酸序列与GenBank已登录的同样来源的核桃、山茶属植物CHS序列同源性达83%,与其他科植物（绣球花、葡萄、桃、马铃薯、甘草、领春木属）CHS序列同源性也达到80%以上;其编码的氨基酸序列与山茶属、葡萄、鳄梨、洋梨、沙梨、映山红CHS基因编码的氨基酸序列同样具有高度同源性,同源性高达98%。     

乙酰乳酸合成酶基因(budB)整合表达载体的构建

为了进一步了解2,3-丁二醇合成路径中关键酶的表达量与产量之间的关系,本研究根据Gen Bank中乙酰乳酸合成酶基因(bud B)的基因序列设计引物,以产酸克雷伯氏菌(Klebsiella oxytoca)HD79基因组DNA为模板,通过PCR扩增技术得到目标酶基因,目的片段全长1680 bp。以表达载体p RSFDuet-1为骨架,利用基因工程手段构建整合表达载体p R1SW-bud B。电转化法将其转化至菌株HD79感受态细胞中,通过高浓度Kan筛选和PCR双重鉴定验证后测定ALS酶活力。结果表明,乙酰乳酸合成酶基因整合表达载体构建成功,酶活可达1.0627 U/mg,比原始菌株提高了4.35倍。在一定程度上为实现2,3-丁二醇的工业化生产奠定基础。     

甜高粱蔗糖磷酸合成酶基因(SPS3-1)的克隆与序列分析

以甘蔗蔗糖磷酸合成酶基因(SPSⅢ-2,NCB1登录号为EU278617) cDNA序列为探针,对高粱EST数据库进行同源检索、筛选和拼接,后经基因组PCR、分子克隆、序列分析验证分离了甜高粱蔗糖磷酸合成酶基因组DNA序列(SPS3-1,GeneBank登录号为FJ750250).该序列全长6 325 by,包含13个...     

耐镉、铬丝状真菌菌株的筛选与鉴定

采用梯度浓度驯化方法,从重金属镉、铬污染的稻田土壤中分离、筛选出8株耐铬、镉真菌菌株。5株耐镉浓度为16mmol/L的菌株,4株耐铬浓度为1000mg/L的菌株,其中X29菌株耐镉浓度为16mmol/L,耐铬浓度为1000mg/L。经形态观察、18S rDNA扩增和序列分析,确定了这8株菌株的种属地位分别为：绿僵菌(Metarhizium anisopliae),拟茎点霉(Phomopsis sp.),曲霉（Aspergillus sp.）,木霉（Trichoderma sp.）,尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum）,酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）,青霉（Penicillium sp.）;其中Strain35和Strain55都为青霉,其余6株分别属于不同菌株。本研究不仅为镉、铬污染环境的微生物修复提供了重要菌株,同时也暗示了微生物在重金属降解和修复中有着良好的应用潜力。     

耐镉耐铬丝状真菌菌株的筛选与鉴定

采用梯度浓度驯化方法,从重金属镉、铬污染的稻田土壤中分离、筛选出8株耐铬、镉真菌菌株。5株耐镉浓度为16 mmol/L的菌株,4株耐铬浓度为1000 mg/L的菌株,其中X29菌株耐镉浓度为16 mmol/L,耐铬浓度为1000 mg/L。经形态观察、18S r DNA扩增和序列分析,确定了这8株菌株的种属地位分别为:绿僵菌(Metarhizium anisopliae),拟茎点霉(Phomopsis sp.),曲霉(Aspergillus sp.),木霉(Trichoderma sp.),尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum),酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae),青霉(Penicillium sp.);其中Strain35和Strain55都为青霉,其余6株分别属于不同菌株。研究结果不仅为镉、铬污染环境的微生物修复提供了重要菌株,同时也暗示了微生物在重金属降解和修复中有着良好的应用潜力。     

中国腐霉属新记录种——Pythium nunn的形态学鉴定及rDNA-ITS系统发育分析

为了调查北京地区苗圃基地的腐霉属种类,采用花瓣、叶片诱捕法对采集到的土样进行诱导,以分离出腐霉菌。结果表明:有5株形态相似的菌株在形态及培养形状上较为一致,且异于中国已报道的其他腐霉种。运用改进的CTAB法提取菌株的基因组DNA,测定其rDNA-ITS序列,并与模式菌株CBS808.96进行多重序列比对,相似度为99.26%。选取与Pythium nunn同组的所有腐霉种以及其他组别的部分腐霉种,以Phytophthora polymorphica为外类群,采用NJ法构建了系统进化树。根据形态特征及分子序列分析结果,将此5株菌株鉴定为Pythium nunn。Pythium nunn是一种具有生防潜力的卵菌,可以为后续的生物防治研究提供试验基础。     

小麦返白系相关基因的克隆与表达

为研究小麦返白系阶段性“白化-复绿”的分子机制,以中国春小麦叶绿体基因组序列的LSC区为参考序列,分段设计引物,PCR扩增中国春、矮变1号、返白系的相应基因片段,在返白系中获得特异基因片段WFC01.提取中国春、矮变1号幼嫩叶片和返白系白化及复绿叶片总RNA,毛细管法转膜,WFC01为探针进行Northern杂交.结果表明,与对照矮变1号和中国春相比,返白系随着叶片的白化,WFC01基因片段的表达受到明显抑制,几乎无表达,随着叶片的复绿,WFC01基因片段的表达恢复正常,与对照表达量一致,表明该基因的表达与返白系的阶段性白化、复绿有关.     

一种脉孢霉的分离鉴定及拮抗菌筛选

对黑木耳栽培中的污染杂菌进行分离鉴定及拮抗菌筛选,为进一步研究和治理提供理论依据。采用组织分离法获得纯培养菌株,基于ITS鉴定其分类学地位,采用平板对峙法筛选生防放线菌。获得纯培养菌株,编号CP-1。ITS序列扩增,得到一条571bp的序列(GenBankNo.KP027411);与好食脉孢霉和粗糙脉孢霉的相似度分别为99%和98%;结合形态学特征,CP-1与好食脉孢霉的相似性更高。生防链霉菌BUAS13-03菌株抗性最佳,抑菌圈直径为2.8±0.3cm。确定菌株CP-1为好食脉孢霉;生防菌BUAS13-03对CP-1的拮抗效果较好。本研究对黑木耳好食脉孢霉的生物防治提供理论基础和试验依据。     

百合花青素苷合成酶基因片段的克隆及表达分析

为了克隆百合花青素苷合成酶基因(anthocyanidin synthase, ANS),通过已报道的其他物种的ANS基因保守序列设计简并引物,采用同源克隆的方法成功克隆得到了百合ANS基因片段,该片段长701 bp,编码233个氨基酸残基。根据蛋白比对结果,百合ANS基因编码的氨基酸序列与郁金香、荷兰鸢尾、甜樱桃的一致性分别为86%、81%、77%。采用半定量RT-PCR法分析表明,该基因在百合花瓣中的表达水平最高,叶和茎次之,鳞茎中不表达。本研究从百合中分离得到了ANS基因片段,为后续获得基因全长打下了基础。     

猪肺炎支原体地方毒株P97-R1基因序列分析及原核表达

为克隆和表达猪肺炎支原体(Myeoplasma hyopneumoniae) 地方毒株Z株P97-R1基因,探索不同菌株P97-R1基因的差异及其蛋白作为诊断抗原的可能性,本研究根据GenBank登陆的猪肺炎支原体(Mhp)232株P97基因,使用Primer Permier 5.0和DNAman设计引物,以猪肺炎支原体地方毒株Z株基因组DNA为模板,用PCR方法扩增出了P97-R1基因片段,并将该基因片段连接到T-easy和pET-32a载体上分别进行测序和原核表达。测序结果与参考株232株序列对比分析发现Z株P97-R1区发生了多处碱基突变;经DNAstar软件分析表明Z株包含11个5aa重复序列,232株P97-R1区包含15个5aa重复序列,推测Rl重复序列的差异与菌株毒力强弱有关。Z株P97-R1基因原核表达产物经SDS-PAGE分析,得到了分子量约为30 KD的蛋白,经Western-blot鉴定表明该表达蛋白具有免疫原性。这为Mhp的诊断、预防及进一步深入研究奠定了基础。     

一株病原真菌拮抗菌的分离与鉴定研究

本实验室从食用菌的栽培料从分离得到一株产抗真菌物质的菌株MAF-1。经检测其对1株土壤未知真菌、一些炭疽病菌、木霉、梢腐病原菌具有良好的抑制效果。经生理生化实验及16S rDNA 同源性序列分析,鉴定该菌株为短小芽孢杆菌属(Bacillus pumilus)。     

“金手指”香蕉抗枯萎病基因同源序列的克隆与分析(英文)

本研究以抗镰刀菌枯萎病香蕉种质"金手指"(AAAB)为材料,根据已克降的抗枯萎病基因的NBS保守结构域设计简并引物,通过同源序列克隆获得了20条来自基因组DNA的RGA片段,大小为530 bp左右.根据其推断的氨基酸序列,经保守结构域分析,其结构域均为NB-ARC,属于non-TIR-NBS类候选抗病基因类序列.它们均具有P-loop(GMGGVGKTT),Kinase-2(LLVLDDIW),RNBS-B(CKVLFTTRS)及疏水氨基酸结构域GLPL(GLPLALKVL)等4个保守氨基酸基元.20个RGA之间核苷酸序列的相似性在41.1%～99.3%之间,氨基酸序列的相似性在33.2%～96.3%之间.同时,对分离得到的20条RGAs进行系统发育树分析,发现它们分布在5个不同的区域.并且所编码的氨基酸序列与已知抗枯萎病基因Fom-2、I2C-1、I2C-2和I2等编码的氨基酸序列表现出28%～54%的同源性,证明了抗病基因在进化上具有一定的保守性.因此,这些抗病基因同源片段(RGA)的分离将为进一步从香蕉中分离抗枯萎病基因打下基础,也可作为分子标记筛选香焦抗枯萎病的候选基因.     

皇冠草（Echinodorus amazonicus）细胞色素P450相似基因的研究

为了研究皇冠草基因组内的细胞色素P450基因或与P450基因相似的序列,根据哺乳动物细胞色素P450基因设计8条引物,以皇冠草总DNA为模板,进行PCR扩增。结果表明：共获得了26条扩增片段,片段长度300~1500 bp;将其中三条片段进行测序,BLAST分析表明这些序列与已发表的16种植物的细胞色素P450基因具有一定的相似性。这表明在皇冠草基因组内存在P450基因或者有与P450基因相似的序列。     

无花果ACC合成酶基因克隆及序列分析

为进一步利用基因工程手段调控无花果乙烯的合成,以无花果果肉为材料提取基因组DNA,根据已报道的无花果ACC合成酶基因序列设计引物,采用PCR技术扩增得到一条约600 bp的特异片段,将该片段克隆到pGM-Teasy vector上经PCR、酶切和测序鉴定。序列分析结果表明,基因全长590 bp,编码196个氨基酸,该序列与GenBank上已登陆的Masui Dauphine-ACS1的cDNA序列同源性达99%,氨基酸同源性达98%。结果表明,成功克隆到了无花果ACS基因片段。