基于SSR标记的梨资源遗传多样性分析

本研究利用SSR标记技术对56份梨资源进行了遗传多样性分析。利用筛选出的6对SSR引物共扩增40条谱带,其中多态性位点38个,多态性位点比例为95%,每对引物产生有效等位基因6.3个。各位点期望杂合度H值在0.0354～0.491,平均为0.1964;有效等位基因Ne值在1.0367～1.9648,平均值为1.2958;香农指数I值平均值为0.3256,说明了供试梨材料的遗传多样性较低。利用SSR标记可将44个栽培品种区分开,但无法区分芽变和原种。根据SSR标记揭示的多态性,采用NTSYS-pc软件,以UPGMA法进行聚类分析,结果显示所检测的56份梨材料在相似系数0.71处可分为4组,其中中国的白梨、秋子梨和砂梨相互交错在一起,没有独自各自成组。     

SSR和SRAP标记研究油菜杂交种骨干亲本的遗传多样性

用SSR和SRAP两种分子标记方法研究51份甘蓝型油菜杂交种亲本系的遗传多样性,并对两种分子标记研究结果进行比较。结果发现,在51份材料中,45对SSR引物共扩增出194条多态性条带,平均每对引物为4.3条,25对SRAP引物共扩增出197条多态性条带,平均每对引物为7.9条。UPGMA聚类分析表明,SSR和SRAP标记都可将51份亲本材料划分为五大类群,本所选育的玻里马细胞质雄性不育系（Polima CMS）的主要保持系和恢复系都聚在同一类群的不同亚群中。根据系谱资料分析发现,SRAP标记划分的类群与系谱资料更为接近,SRAP标记更适用于遗传关系较近材料的遗传多样性分析。SRAP标记揭示的亲本间遗传距离要大于SSR标记揭示的遗传距离。两种不同标记方法揭示出油菜亲本遗传多样性的差异主要是由不同的标记方法揭示的标记位点等位基因变异数不同造成的。     

鲢微卫星标记的荧光多重PCR体系建立及其应用

为了提高鲢微卫星(SSR)分型效率,本研究从已开发 SSR 标记中筛选出 14 对具有高多态性和扩增稳定性的SSR 引物,并组成一个四重 PCR(A)和两个五重 PCR(B 和 C)。以单对引物 PCR 为对照,对多重 PCR 的条件进行优化,包括退火温度、Taq DNA 聚合酶浓度、dNTPs 浓度、Mg2+浓度、PCR Buffer 使用量等。优化结果为,各体系最佳退火温度时,25 μL体系中包括 2 U Taq DNA 聚合酶,0.4 mmol/LdNTPs,2.3 mmol/L Mg2+,以及 3 μL的 10×PCR Buffer。优化后的多重 PCR 扩增稳定,各对引物扩增良好,SSR分型效率显著提高。利用建立的多重 PCR 体系对采自石首老河四大家鱼原种场和监利老江河四大家鱼原种场各 100 尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)样本进行 SSR 分析。结果显示,石首和监利两个原种场的样本都保持有较高的遗传多样性,其中观测杂合度分别是 0.8479 和 0.9443,期望杂合度分别为0.7967 和 0.8134。群体间分子方差分析(AMOVA)FST=0.00613,说明两个原种场鲢群体间没有发生遗传分化。本研究最终建立了三个准确、稳定的荧光标记多重 PCR 体系,具有较大应用价值。运用建立好的 3 个荧光标记多重PCR 对 2 个鲢群体进行遗传多样性分析,结果为两处原种场的进一步科学管理提供了可靠依据。     

不同种群草鱼遗传结构的TRAP分析

应用TRAP(targetregionamplifiedpolymorphism)技术,对草鱼(Ctenopharyngodonidella)野生种群和两个人工养殖种群的遗传结构进行了比较。从15个引物组合中,筛选出7个扩增效果比较好的引物组合,在3个种群中共检测到103个扩增位点,其中野生种群、淡水中心种群和前洲种群的多态性位点分别为67、55和46,表明人工养殖草鱼种群的遗传多样性有所降低。与野生种群相比较发现,人工养殖种群仅33.98%位点的基因频率保持不变,表明人工养殖种群的遗传结构发生了改变。淡水中心种群、前洲种群与野生种群间的遗传距离分别为0.0421和0.0809。引物组合Ga5-800-E5扩增的结果发现,人工养殖种群中存在扩增位点明显减少的区域,这为寻找鉴定草鱼野生种群和养殖种群的遗传标记提供了依据。     

换锦花EST-SSR标记开发及遗传多样性分析

为开发换锦花EST-SSR标记和分析其遗传多样性,本研究利用MISA软件对换锦花转录组信息进行SSR位点检测,再利用Primer3.0设计引物,经PCR扩增和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测引物的有效性和多态性,并绘制换锦花种质资源的聚类图。结果表明,共检测到9 918个SSR位点,发生频率为18.59%,分布距离为3.729 kb;SSR位点重复单元为1~3个碱基,其中,单碱基重复三碱基重复二碱基重复,分别占SSR总数的61.08%、23.22%和14.23%,四碱基及以上重复单元相对较少。共设计出9 302对SSR引物,随机选取并合成278对引物进行PCR扩增,能够清晰扩增出的引物有185对(66.55%),在石蒜属的七个种中具有多态性的有59对(31.89%),其中11对(18.64%)能够在浙江和江苏种群的30份换锦花种质资源表现出丰富的多态性。综上,本研究开发的EST-SSR标记具有丰富的多态性,在换锦花以及石蒜属植物的遗传多样性分析、杂交种鉴定及遗传图谱的构建应用中具有重要意义。     

RAPD和ISSR标记对甜瓜种质遗传多样性的研究

利用RAPD和ISSR两种分子标记技术对37份甜瓜(CucumismeloL.)种质进行了遗传多样性研究.在供试材料中筛选到具有多态性的RAPD引物21个,ISSR引物10个(其中ISSR-2与ISSR-4等量混合组成ISSR-10引物对).RAPD引物共扩增出多态性带106条,多态性条带比率(PPB)为58.62%,平均多态信息量(PIC)为0.47;ISSR引物共扩增出多态性带73条,PPB值为65.51%,平均PIC值为0.53.根据两种标记的结果,采用UPGMA聚类分析,将供试材料分为两大类群野生甜瓜和栽培甜瓜;栽培甜瓜又分为厚皮甜瓜和薄皮甜瓜两大亚群,各野生甜瓜种质之间的遗传距离较大,这与其分类地位基本一致.两种分子标记的分析结果呈极显著正相关(r=0.62>r=0.01).研究表明,RAPD和ISSR标记可用于甜瓜种质遗传多样性的研究.     

用ISSR分析四川苎麻品种(系)间的遗传关系及雄性不育分子标记的建立

本文从100条ISSR引物中筛选出21条引物,对8个四川苎麻品种(系)间的遗传关系进行了分析。PCR扩增结果表明,21条引物在8份材料中共扩增出86条带,平均每条引物扩增出4.1条,其中多态性位点71个,各引物扩增出的位点数3~8个不等,平均每条引物可以检测到3.4个多态性位点。聚类分析和遗传距离分析结果表明,供试品种川7、川8与其亲本遗传距离较远。3个杂交品种(川7、川8、川9)均表现特有的偏父本遗传现象。此外,本研究用ISSR引物U835筛选到了1个雄性不育分子标记,并将其扩增产物克隆测序,结果表明该序列大小为658bp。根据该序列,此标记被转化成稳定的SCAR标记,可用于苎麻雄性不育分子标记辅助育种。     

山东省46个花生品种SSR指纹图谱构建与遗传多样性分析

为从分子水平上快速鉴别花生品种和选配优良杂交组合,以山东省审定的46个花生品种为材料,利用微卫星(SSR)标记进行DNA指纹图谱的构建和遗传多样性分析。从788对SSR引物中筛选出50对多态性高、稳定性好、谱带清晰的引物,共检测到175个等位位点,其中122个为多态性位点,多态性比率达70.52%;每对SSR引物扩增出的等位位点数为2~7个,多态性信息量变化范围为0.6753~0.8412,平均为0.823。此外,利用14对引物可将46份材料完全区分开。聚类分析表明,在相似系数0.77处,所有供试材料聚为一类,在相似系数0.80处,仍有76%的材料聚在一起。利用SSR标记构建的指纹图谱可为花生种质资源管理及育种实践提供依据。     

大豆种质资源RAPD标记遗传多样性研究

为深入研究并充分利用野生大豆资源,本文利用RAPD分子标记对40份大豆材料加以分析,旨在从DNA分子水平上探索野生大豆、地方品种和育成品种之间的遗传多样性状况。结果表明:50个RAPD引物筛选出具有多态性且扩增条带清晰的引物38个,共检测出407条带,其中多态谱带309条,多态性程度为75.92%。每个引物可扩增出2～14条多态性带,平均产生多态性谱带8.1条;平均多样性指数为2.3377,变幅范围为0.5865～4.2133。遗传相似系数变幅范围为0.44～0.92,平均为0.75。野生大豆的多态比例(94.35%)、多样性指数(2.2336)分别高于育成品种(87.47%、1.7331)和地方品种(83.54%、1.6198)。遗传相似系数为野生大豆(0.6498)地方品种(0.7015)育成品种(0.7177),育成品种与地方品种间为0.6599,育成品种与野生大豆间为0.6487,地方品种与野生大豆间为0.6045。UPGMA聚类分析结果表明,40份大豆材料聚为6类,育成品种和地方品种各自聚为一类,野生大豆聚为4类。野生大豆特异等位基因数远远高于育成品种和地方品种二者的相加之和。本研究从分子水平上揭示了野生大豆与栽培大豆区别明显,宜作为一个独立的种,同时野生大豆变异幅度大,遗传基础广,是大豆育种实践中的优良基因资源。     

菠菜转录组SSR位点分析及其分子标记的开发

简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记具有多态性高、重复性好、共显性等特点,己广泛用于蔬菜作物遗传育种研究中.本研究利用MISA软件对菠菜(Spinacia oleracea)转录组SSR位点信息进行分析,开发适用于菠菜的SSR分子标记,并对不同菠菜材料的遗传多样性进行分析.结果显示,在获得的44 796条基因簇(Unigene)中检测出2 045个SSR位点,检测出2 045个SSR位点,分布在1 940条Unigene上,发生频率为4.33％,平均距离为19.81 kb.菠菜SSR中以单、三、四核苷酸重复为主,分别占总SSR的19％、65％和7％,重复长度主要为18～24 bp,占菠菜总SSR的93.55％,以重复次数6次和7次为主,分别占菠菜总SSR的31.42％和31.05％.菠菜转录组中单核苷酸重复类型为A/T,二核苷酸重复主要为GA/TC和AG/CT,三核苷酸重复主要以CAA/TTG、GTT/AAC、GAA/TTC、TGT/ACA和GAT/ATC为主.本研究共设计了2 199对SSR特异位点引物,随机挑选218对引物对9个不同类型的菠菜材料进行扩增检测,其中38对表现出多态性.利用UPGMA做图进行聚类分析,9份菠菜材料聚为3类.本研究通过对菠菜转录组SSR位点信息分析及其分子标记的开发,获得了多态性较为丰富的SSR位点,为菠菜遗传多样性的分析、遗传图谱的构建及分子标记辅助育种提供了基础资料.