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1.
分析大豆亲本材料的遗传多样性,发掘农艺性状关联位点的优异等位变异,为大豆杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据。本试验利用59个SSR标记对90份大豆种质资源进行多态性扫描和遗传多样性分析。筛选出46个标记,应用STRUCTURE2.3.2软件进行群体结构遗传分析,利用Tassel2.1软件MLM模型对18个农艺性状进行关联分析,发掘优异等位变异。结果表明:(1)59个标记中50个标记具有多态性,共检测出154个等位变异;多态性信息值PIC分布范围为0.042~0.765,平均PIC=0.421;SSR标记位点的Shannon指数(H’)的分布范围为0.1066~1.6804,平均值为0.8241;遗传距离的变异范围为0.0307~1.4529,平均值0.7015。(2)供试材料分为4个亚群。发现7个与分枝数、百粒重、叶形、主茎节数、生育期和蛋白含量相关联的标记,表型变异的解释率为0.003~0.339。研究在各关联位点找到了Satt263-A279、Satt156-A203、Satt567-A112等表型效应明显的优异等位变异。为大豆育种优异基因的克隆提供科学依据。  相似文献   

2.
金针菇种质资源5个农艺性状与SSR标记的关联分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
金针菇(Flammulina velutipes)是一种重要的商业化栽培食用菌,为挖掘控制金针菇重要农艺性状的基因组区段,本研究以90份金针菇种质资源为实验材料,测定其原基期、菌柄直径、菌柄长度、菌盖直径和单瓶产量5个农艺性状,利用全基因组序列开发的95份多态简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记对供试材料进行基因组扫描,在分析实验材料的群体结构和连锁不平衡基础上,采用一般线性模型方法对5个农艺性状进行关联分析。结果表明,各供试材料的5个农艺性状均有极显著差异。95份多态SSR标记共检测到582个等位变异,平均每个位点的等位变异数为6.13个。标记多态信息含量(polymorphism information content,PIC)变化范围为0.204~0.818,平均为0.542。群体遗传结构分析将供试材料分为8个亚群体,群体内SSR位点间存在较高的连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD),不平衡程度D’值大于0.5的组合数占总组合数的33.01%。关联分析检测出28个标记与5个性状显著相关,其中原基期的关联标记有2个,菌柄直径的关联标记有12个,菌柄长度的关联标记有3个,菌盖直径的关联标记有9个,单瓶产量的关联标记有5个。关联SSR标记对表型变异解释率的变幅为5.11%~23.55%。研究表明,所选金针菇种质资源群体的遗传多样性以及连锁不平衡程度较高,适用于关联分析研究。本研究结果对金针菇核心种质资源库构建以及分子标记辅助育种具有参考价值。  相似文献   

3.
麦长管蚜(Sitobion avenae)是影响中国小麦(Triticum aestivum)生产的主要害虫之一。本研究选用99个简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记对54份苗期和成株期麦长管蚜抗性一致的小麦品种进行聚类分析和麦长管蚜抗性关联分析。结果表明,99个SSR标记共鉴定出1 038个等位变异,平均每个位点的等位变异数为10.48个,变异数目在2~30个之间;SSR标记位点的多态性信息含量(PIC)的变异范围为0.178 6~0.973 8,平均为0.717 8。聚类分析表明,54份小麦品种聚成2大类群,大部分地理来源相近或麦长管蚜抗性相似的材料聚于同一亚类群。通过一般线性模型(general linear model,GLM)和混合线性模型(mixed linear model,MLM)两种关联分析模型,分别获得16个和4个麦长管蚜抗性相关联的标记,这些标记分别位于11条染色体的14个染色体臂上,GLM分析中各标记对表型变异解释率为0.221 9~0.556 7,MLM分析中各标记对表型变异解释率为0.029 5~0.063 3。研究结果为小麦抗麦长管蚜杂交育种及分子标记辅助育种提供理论依据。  相似文献   

4.
东北春大豆花荚脱落性状与SSR标记的关联分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
花荚脱落是大豆生殖生长过程中的一种自我调节现象,同时也是限制大豆产量提高的主要因素之一。为了筛选与大豆花荚脱落相关的SSR标记位点,研究分别以2011年种植的104个和2012年种植的314个东北春大豆种品种组成的两个自然群体为材料,选用分布于20个连锁群的205对SSR引物对供试材料进行基因分型。利用TASSEL软件包中的GLM程序,以Q值作为协变量,进行花荚脱落性状与SSR标记的关联分析。结果显示,在供试材料中共检测到763个等位变异,每个标记有2~12个等位变异,每个标记多态性信息量为0.054~0.771。花荚脱落性状与SSR标记的关联分析表明,共有33个SSR标记位点与东北春大豆花荚脱落性状显著相关,在2011年和2012年均检测到的位点有4个,分别为B2连锁群上的Satt534、E连锁群上的Satt452、J连锁群上的Satt244以及O连锁群上的Satt478。本研究结果为选育出花荚脱落率低的东北春大豆的标记辅助育种提供了理论依据。图3,表5,参30。  相似文献   

5.
为挖掘甘蓝型油菜主花序长度和主花序角果数性状显著关联单核苷酸多态性(SNP)位点,并鉴别相关候选基因,本研究以300份甘蓝型油菜自交系为试验材料,对甘蓝油菜主花序长度和主花序角果数性状进行一年两地表型考察,并结合该群体前期开发的201 817个SNP标记,采用一般线性模型(GLM)和混合线性模型(MLM)进行全基因组关联分析(GWAS),此外,对性状显著关联SNP位点两侧100 kb区域内相关候选基因搜寻并进行功能预测。结果表明,300份甘蓝型油菜主花序2性状在两地均表现出表型变异。GLM关联分析发现,两地共检测到22个主花序长度和41个主花序角果数显著关联SNP位点;MLM分析发现,两地共检测到9个主花序长度和31个主花序角果数显著关联SNP位点,MLM结果与部分GLM分析结果一致。相关候选基因功能预测结果表明,有28个候选基因参与油菜花序分生组织和花器官发育、生长素合成与极性运输、信号转导等生物学过程,表明以上候选基因可能参与调控油菜主花序生长及主花序角果形成。本研究为揭示油菜主花序性状的遗传变异,培育耐密植高产油菜品种提供了理论依据和技术参考。  相似文献   

6.
  【目的】  筛选与小麦耐低钾性状相关的标记,为揭示小麦耐低钾性状的遗传机理奠定基础。  【方法】  本研究以198份中国黄淮南片麦区的小麦品种 (系) 作为供试群体。小麦种子发芽后,幼苗在正常钾营养液中生长4天,然后在低钾 (0.01 mmol/L) 和正常钾 (2 mmol/L) 营养液中生长25天。调查生物量,分析地上部和根部钾含量,计算小麦7个性状的相对值,利用小麦35K SNP芯片结合Q + K混合线性模型 (mixed linear model,MLM) 对7个耐低钾性状进行全基因组关联 (genome-wide association study,GWAS) 分析,筛选位于显著关联位点上的候选基因并进行功能注释,对显著关联位点进行等位变异分析,发掘优异等位变异。  【结果】  低钾胁迫条件下,地上部、根部、全株钾累积量和钾累积量根冠比显著降低,地上部、根部、全株钾利用指数显著升高。群体结构分析和PCA分析均将供试群体分为2个亚群。通过GWAS分析,共检测到75个显著关联单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism,SNP) 标记 (P < 0.001),分布在除1A、3B、3D、4D和6A染色体外的16条染色体上。通过候选基因搜寻及注释,共筛选出13个可能与小麦耐低钾胁迫相关的候选基因。等位变异分析共挖掘了 14 个优异等位变异,其中 6 个优异等位变异在供试群体中出现的频率较大。  【结论】  7个耐低钾性状均具有明显的数量性状特征,变异系数范围为20.66%~30.44%。40%的SNP标记分布在2B、5B和6B染色体上,21个SNP位点与多个耐低钾性状显著关联,单个SNP标记解释的表型贡献率的变异范围为5.78%~11.22%。TraesCS4A02G335400、TraesCS2B02G306000、TraesCS5B02G260000可能参与物质转运过程,TraesCS1D02G350600和TraesCSU02G105300可能参与逆境胁迫响应等生理过程,TraesCS2A02G000200可能参与逆境胁迫下的信号转导过程。  相似文献   

7.
利用79对SSR引物对黄淮麦区129份种质资源进行了分析。结果表明, 79对引物共检测到335个等位变异,每个引物检测到的等位变异数目2~8个,平均4.240个,变异最大的位点主要位于B组染色体上。79个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.015~0.820之间,平均0.498。种质资源间的遗传相似系数在0.253~0.909之间,平均0.492。聚类分析把这些种质资源分为4大类和7个亚类。聚类结果与地域并不吻合,但能较好地反映出亲本的特性和其间的亲缘关系。关键词:黄淮麦区;小麦;种质资源;遗传多样性;SSR标记;聚类分析  相似文献   

8.
玉米的叶形结构与其抗旱性紧密相关,挖掘不同水分环境下调控玉米叶形相关性状的显著关联分子标记位点,可为揭示玉米叶形结构的分子遗传机理、克隆相关调控基因并进行抗旱理想株型育种提供参考。本研究在不同水分环境下分析187份玉米自交系叶长、叶宽、叶夹角、叶向值、叶面积、叶形系数及叶片卷曲度等7个叶形相关性状的变化,采用SSR标记对这些材料进行全基因组扫描并分析其遗传多样性,采用一般线性模型(GLM)寻找不同水分环境下与玉米7个叶形相关性状关联的分子标记。结果表明:1)干旱环境下187份玉米自交系的叶长、叶宽、叶夹角、叶面积均显著降低,而叶向值、叶形系数及叶片卷曲度均明显升高,且干旱环境下这7个叶形相关性状的变异比率为30.53%~198.31%。2)145对SSR标记共检测出652个等位变异,变异范围在2~13个;多态性信息量(PIC)变异范围为0.201~0.966,平均0.478。采用UPGMA聚类及群体遗传结构分析均将供试材料分为旅大红骨(LRC)、唐四平头(TSPT)、兰卡斯特(Lan)、P及瑞德(Reid)等5大类群。3)采用GLM模型,在不同水分环境下共检测到15个SSR标记与玉米的7个叶形相关性状在P0.01水平下关联,各标记对表型的解释率为2.25%~27.30%,72.97%的标记可在干旱环境下被检测到;其中umc1124、umc2363、umc2214、umc1742、phi331888、umc1378、bnlg1863、umc2134和umc1345标记同时与不同水分环境下的多个叶形相关性状连锁,表现出明显的"一因多效"现象。这些研究结果将为玉米叶形结构的遗传改良及抗旱理想株型分子标记辅助选择育种提供参考。  相似文献   

9.
黄淮麦区部分小麦种质资源的遗传差异分析   总被引:10,自引:0,他引:10  
利用79对SSR引物对黄淮麦区129份种质资源进行了分析。结果表明,79对引物共检测到335个等位变异,每个引物检测到的等位变异数目2~8个,平均4.240个,变异最大的位点主要位于B组染色体上。79个SSR位点的遗传多态性信./010.015~0.820之间,平均0.498。种质资源间的遗传相似系数在0.253~0.909之间,平均0.492。聚类分析把这些种质45674大类和7个亚类。聚类结果与地域并不吻合,但能较好地反映出亲本的特性和其间的亲缘关系。  相似文献   

10.
人工合成小麦是通过人工融合粗山羊草(Aegilops tauschii)(2n=2x=14,DD)的D基因组与普通硬粒小麦(Triticum aestivum)(2n=6x=42,AABBDD)的A、B基因组获得的一种新型六倍体小麦,是获得基因变异的有效工具。本研究通过构建含有86份人工合成小麦和24份常规小麦的自然群体,利用102对SSR标记与4个重要的农艺性状进行关联分析。共检测出660个等位变异,每个位点的等位变异数为3~11个,平均为4.6个。多态性信息量(PIC)范围为0.2477~0.8971,平均为0.7235。供试材料被划分为三个亚群。2015年和2016年分别发现20个、17个与4个性状相关的位点(P0.01)。2015年,解释率为0.0398~0.2472,2016年则为0.063 9~0.191 3。这些显著性标记丰富了小麦的遗传多样性,为小麦分子标记辅助育种提供了新的资源。  相似文献   

11.
小麦穗部性状是与籽粒产量关系密切的重要农艺性状。本研究以一个由99个株系组成的来源于波兰小麦(Triticum polonicum L.)和普通小麦(Triticum aestivum L.)品系中13杂交后代的F8重组自交系(recombinant inbred lines,RIL)群体为实验材料,利用微卫星(simple sequence repeat,SSR)标记对穗长、穗粒数和有效小穗数进行数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)定位分析。所构建的A染色体组和B染色体组共14个连锁群的遗传连锁图谱由115个SSR标记位点组成,图谱全长822.9cM,标记间的平均遗传距离为7.16cM。采用复合区间作图法在两年的环境中检测到分布在2A、3A、3B、5B和7B染色体上的6个穗长QTL,5个穗粒数QTL和2个有效小穗数QTL,表型变异贡献率分别为9.21%~22.94%,9.18%~19.71%和11.48%~13.01%。两年中都在3A染色体上的Xbarc12~Xbarc310区间内检测到控制穗粒数的主效QTL,说明该QTL较少受环境条件的影响,是一个稳定可靠的穗粒数QTL。该QTL与最近标记的遗传距离为0.01cM,可用于小麦产量性状的分子标记辅助育种。  相似文献   

12.
  【目的】  鉴定不同磷水平油菜种子植酸浓度 (PA_Conc)和含量 (PA_Cont) 显著关联的 SNP 位点,挖掘候选基因及其优异单倍型,为油菜低植酸品种的培育提供遗传基础和优异基因资源。  【方法】  采用田间试验,测定正常供磷(施磷,P2O5 90 kg/hm2)及低磷(不施磷,P2O5 0 kg/hm2)条件下403个甘蓝型油菜品种种子中的PA_Conc和PA_Cont,利用基于全基因组重测序技术获得的530多万个高质量SNP (single nucleotide polymorphism)标记,用 TASSEL 5.0 软件中的一般线性模型(general linear model,GLM)和混合线性模型(mixed linear model,MLM)进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS),鉴定种子植酸浓度和含量显著关联的SNP位点及其候选基因。采用Bcftools提取BnaA07.MRP13基因的SNP,利用Haploview 4.2软件进行单倍型分析。  【结果】  关联群体正常供磷处理PA_Conc变异范围为17.52~81.32 mg/g,PA_Cont变异范围为0.30~0.99 mg/5粒种子;低磷处理PA_Conc变异范围为17.47~49.05 mg/g,PA_Cont变异范围为0.33~0.85 mg/5粒种子。与正常供磷相比,关联群体低磷胁迫下的PA_Conc和PA_Cont均值分别降低13.5%和10.8%。GLM模型检测到56个与油菜种子植酸浓度和含量显著关联的SNP位点,分布在除A08和C03外的17条染色体上,它们对表型变异的解释率为7.33%~14.28%。其中A03染色体上含有最多的SNP (9个)。MLM模型共检测到23个与油菜种子植酸浓度和含量显著关联的SNP位点,分布在A03、A05、A06、A07、A09、C01、C02、C04、C05、C06和C07等11条染色体上,它们对表型变异的解释率为9.6%~14.28%。其中A03染色体上含有8个SNP。对显著SNP位点上下游300 kb范围内的基因进行分析,挖掘出可能与种子中植酸合成相关的14个候选基因,其中包括拟南芥植酸合成通路中的MRP、PLC、PIP5K和SULTR4等同源基因。对BnaA07.MRP13进行候选基因关联及单倍型分析,鉴定出高植酸单倍型“BnaA07.MRP13ContHap1”(TTTA)和低植酸单倍型“BnaA07.MRP13ContHap2”(CCCT)。自然群体中18%的品种(72/403)为低植酸单倍型,种子平均植酸含量为 0.56 mg/5粒种子,极显著低于高植酸单倍型 (平均植酸含量为0.62 mg/5粒种子)。  【结论】  正常供磷和低磷胁迫下,油菜种子植酸浓度和含量均具有广泛的遗传变异。GLM模型和MLM模型分别检测到56和23个与油菜种子植酸浓度和含量显著关联的SNP位点,预测的与油菜种子植酸含量相关的候选基因有14个,发现的BnaA07.MRP13的高和低植酸单倍型为后续油菜种子植酸含量的遗传改良奠定了基础。  相似文献   

13.
It is important to evaluate yield and agronomic traits when selecting for elite lines in Brassica napus L. In this study, 488 global collections of B. napus L. were evaluated for yield and agronomic traits during two consecutive years under growing conditions in central China. A series of phenotypic data for yield and agronomic traits were obtained. Large variations in yield and agronomic traits were found among these accessions, making selection possible for these characters. Chinese accessions, in general, tended to have higher plot yield (POY), higher seed yield per plant (PY), higher thousand-seed weight (TSW), more seeds per silique (SS), and fewer siliques per plant (PS) than foreign accessions. Comparing winter, semi-winter, and spring accessions, semi-winter accessions tended to have the highest POY, highest PY, highest TSW, most SS and fewest PS. Genotypic variation for TSW accounted for 71.23 % of the total variation, and it was the highest for all 12 of the phenotypic traits. Significant correlations were observed between different traits. Principal component analysis (PCA) revealed that significant variation among the traits with the first four principal components could explain 49.8 % of the total variation. Three major groups (winter, spring and semi-winter oilseed rape accessions) could be distinguished when projecting the accessions onto the first two PCAs. The information on variations in yield and agronomic traits detected in this study provided useful parents for rapeseed breeding. Moreover, the phenotypic data on yield and agronomic traits obtained may be used in our subsequent genome-wide association studies for B. napus.  相似文献   

14.
为给分子标记辅助选择和小麦品质育种提供依据,以小麦杂交组合99G44×京771重组自交系群体(RIL)为材料,利用SSR分子标记技术,采用复合区间作图法对小麦籽粒淀粉主要特性进行了QTL分析。结果表明,检测出1个与总淀粉含量有关的显著加性效应QTSA.-6B,位于6B染色体,位点总贡献率为10.91%;检测出1个与支链淀粉含量有关的显著加性效应QAmp.-1B,位于1B染色体,位点的总贡献率为9.54%;检测出1个与直链淀粉含量有关的显著加性效应QAms.-6B,位于6B染色体,位点总贡献率为7.29%;检测出1个与支/直比有关的显著加性效应QAmp./Ams.-6B,位于6B染色体,位点的总贡献率为12.69%;检测出1个与高峰粘度有关的显著加性效应QPV-1B,位于1B染色体,位点的总贡献率为5.91%;检测出2个与崩解值有关的显著加性效应QBD-1B和QBD-2D,位于1B、2D染色体,位点总贡献率为12.95%;检测出1个与回生值有关的显著加性效应QSB-1B,位于1B染色体,位点总贡献率为6.99%;检测出1个与低谷粘度有关的显著加性效应QTV-3B,位于3B染色体,位点的总贡献率为5.16%;检测出1个与膨胀势有关的显著加性效应QSP-1B,位于1B染色体,位点总贡献率为7.02%。本研究定位的淀粉品质性状的标记可作为小麦品质分子育种的工具。  相似文献   

15.
为明确切花菊抗寒性的遗传变异,挖掘优异基因资源,本研究利用电导率结合Logistic方程评价83个切花菊品种苗期叶片的低温半致死温度(LT50),通过关联分析探究抗寒性相关的优异等位变异位点并筛选抗性品种资源。结果表明,83个切花菊品种的LT50在-10.99~1.86℃之间,变异系数为79.81%,说明切花菊抗寒性差异较大;依据LT50的聚类分析将83份供试品种分为抗寒、中抗寒、低抗寒和不抗寒4种类型,分别占21.67%、22.89%、32.53%和22.89%。基于混合线性模型进行关联分析,共检测到11个等位变异位点(P<0.01),表型效应值为-3.51~0.83,表型变异贡献率为11.54%~18.83%;其中8个变异位点表现为增效,特别是携带E7M12-13位点品种的耐寒性显著(P<0.01)高于未携带该位点的品种。此外,根据增效位点挖掘到南农金柠檬、Qx097、QD028、Qx049、Qx153和Qx008等6个抗寒性强的品种资源。本研究结果为今后菊花耐寒性的遗传改良和分子标记辅助育种奠定了重要基础。  相似文献   

16.
普通野生稻稻米加工品质和外观品质性状QTL定位   总被引:5,自引:0,他引:5  
本研究利用一套以籼稻品种“特青”为遗传背景的云南元江普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)渗入系为材料,采用单标记回归分析和渗入片段叠代法,对出糙率、整精米率、垩白粒率、垩白度、长宽比等5个品质性状的QTL进行了分析,初步定位了16个QTL,有10个QTL来自野生稻的等位基因能改良群体的品质性状。在第5染色体RM289附近检测到了同时影响长宽比、垩白粒率QTL,来自野生稻的等位基因能增加长宽比、降低垩白粒率,贡献率也较高。在第8染色体RM152附近检测到降低垩白粒率和垩白度的QTL,其贡献率分别为14%和9%。本研究结果不仅为品质性状分子标记辅助选择提供参考,而且充分显示了利用野生稻的优异基因改良栽培稻品质性状的巨大潜力。  相似文献   

17.
小麦苗期耐盐相关性状的QTL分析   总被引:2,自引:2,他引:2  
以小麦敏盐品种太空6号和耐盐品种德抗961杂交形成的F2和F2:3家系为试验材料,选取小麦8条染色体上的321对SSR引物进行亲本间多态性的筛选,在太空6号和德抗961之间表现多态性的SSR引物为52个,位点为54个,其中barc172和cfa2121两个引物分别有两个多态性位点。对这54个位点进行连锁分析,构建了包含42个SSR标记、覆盖小麦基因组8条染色体的遗传连锁图,共704.5cM,标记间平均间距为16.8 cM。采用复合区间法进行耐盐QTL分析。对于4个性状共定位到6个QTL,分别位于5A,5B,5D染色体。对于发芽率,检测到1个QTL,位于染色体5D上,在标记cfd40~gwm182之间,贡献率为7.68%,表现加性效应;对于苗高,检测到2个QTL,分别位于染色体5D和5A上,在标记gwm182~wmc215及barc141~wmc415之间,贡献率分别为9.3%和8.14%,分别表现为显性和部分显性;对于根长,检测到2个QTL,均位于染色体5B上,在标记gwm234与wmc326及barc140与barc142之间,贡献率分别为8.74%和8.40%,分别表现为部分显性和超显性;对于鲜重,检测到1个QTL,位于染色体5D上,在标记wmc215~cfd29之间,贡献率为12.60%,表现超显性。与所得的QTL位点距离较近的SSR标记,如barc141等,可望为耐盐小麦品种的分子标记辅助选择提供参考信息。  相似文献   

18.
东北地区水稻品种与日本引进品种遗传多样性比较   总被引:1,自引:1,他引:0  
利用20个表型性状和40个SSR标记,对我国东北18份水稻选育品种和13份日本引进品种的遗传多样性,共检测到82个表型变异和108个SSR等位基因,其中中国东北水稻品种表型变异数和SSR等位基因数分别为72和103个(平均2.54个),日本引进品种表型变异数和等位基因数分别为63和94个(平均2.32个)。遗传变异主要...  相似文献   

19.
为了研究南瓜栽培品种的遗传多样性,本研究利用43个简单序列重复(SSR)分子标记,对35份南瓜育成品种及地方品种进行了分子标记分析,并调查了农艺性状。结果表明,43个SSR标记均能扩增出多态性条带,共检测到155个等位基因,平均每个标记能检测到3.6个等位基因,多态性信息含量(PIC)为0.130 8~0.775 4,平均值为0.487 2。利用非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析,结果表明35份材料可分为三大类,分别与中国南瓜、印度南瓜和美洲南瓜三个种吻合,且印度南瓜与美洲南瓜之间的亲缘关系较近。农艺性状调查结果表明,不同栽培种之间以及同一栽培种内的不同品种之间,都发现有农艺性状差别明显的情况。本研究为南瓜种质资源的保护、品种指纹图谱的建立及分子育种提供了理论依据。  相似文献   

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